1949年4月,南京解放。蒋介石撤退南京时,亲自布置潜伏特务破坏,企图炸掉一切重要目标。安置上万名军统人员转入警察机构,中统578名特工渗透到政府机关任职,各特务系统在南京留下的特务人员总共达3300多人。面对空前复杂的局面,中共中央认为,必须任命一名强有力的公安局长前往南京稳定社会治安。因此,中共中央向西北局发报,点名周兴出任南京市第一任公安局长。周兴奉命调离延安,随军解放南京,率领城市接管干部——金陵支队,接管了国民党庞大的警察机构——首都警察厅。周兴认为,新政权百废待兴,不能按部就班地治理南京,必须采取大动作。于是,大举开展肃特、大抓破获特务案件、大力部署“银币之战”、大搞扫黄运动等一系维稳工作,一连串漂亮的行动,使南京的社会治安和经济秩序迅速稳定,展示了共产党接管大城市的能力。
不久,二野挺进大西南,周兴又随同刘邓大军进川,在山城重庆安营扎寨。大西南,是国民党经营8年的抗日后方,局面同样空前复杂。周兴出任西南军政委员会公安部长。这时,他已经有了接管南京的经验。他首先细致地摸清了四川、贵州、云南三省的社会、经济情况,为大规模镇压反革命做好准备。至1950年底,共消灭土匪90万,逮捕登记特务5万余人,缴获电台150多部,破获敌特案件5000余起。至1953年底,镇压反革命分子80余万名,破获特务案件569起,歼灭空降特务37名,剿匪110多万人,取缔非法组织291个,缴获毒品200余万两,逮捕惯犯2.9万余人,破获刑事案件21万余件,逮捕处理犯人27万余人。还从上到下在西南地区各系统建立了人民公安保卫体系。
他十分关心隐蔽战线的斗争。1953年9月,他携秘书、云南省公安厅六处处长和两名警卫等人员,赴云南滇西一带视察,了解边疆对敌斗争情况。他来到腾冲县听取腾冲公安局汇报工作后,指出:“腾冲内外情况复杂,你们狡猾不足,老实有余。”他考虑到当时有隐蔽斗争经验的干部严重不足的情况时说:“现在就好像是一只老母鸡带着一窝小鸡,还好,小鸡没有被老鹰叼走。”四天后,周兴一行离开腾冲,腾冲县公安局那位汇报工作的同志很想去国境线见识一下,就在周兴临走时向他说:“周部长,我跟你去边境跑一趟,给你当个警卫员吧!”周兴笑了,幽默地说:“你给我当警卫员?边境上没事则已,如果出了什么事,恐怕我还得给你当警卫员哩!”随行的警卫战士都笑了。
南京是国民党的“都城”,重庆是国民党的“陪都”,周兴先后在中国的两个“都城”担任第一任公安局长,积累了丰富的城市公安工作经验。
1954年8月,周兴调任中央公安部副部长,分管全国的治安劳改工作。他对首都的社会治安特别关心。1957年初,一批盲流人员涌进北京前门火车站,同一些流氓、小偷混杂一起。有的人到闹市区去进行盗窃、诈骗、流氓活动,对社会治安危害很大。周兴在一个寒风刺骨的深夜,带着两名工作人员到前门火车站微服查访,天亮才回家。第二天,他向中央领导写了一份简报,汇报了首都治安出现的突出问题,并提出了具体对策。不久,彭真作了批示,决定由周兴负责,在首都迅速开展一场打击刑事犯罪活动的斗争。当时,对一些大事不犯、小事不断的人如何处理很伤脑筋。毛泽东指示,要考虑从法律上搞个器械。周兴受命,具体组织起草了新中国第一部治安法规《治安管理处罚条例》。周兴对每一稿都反复琢磨,仔细推敲,经过半年多的努力,最后经全国人大讨论通过,由毛泽东颁布执行。
1958年1月,周兴调任最高人民检察院常务副检察长。一上任他就检察机关如何“保卫党的中心工作”进行了大量调查研究,制定了检察系统调查研究工作的许多文件,并将调查研究作为检察机关的三大业务之一(另两大业务是办案和学习)。
周兴于1958年9月下到河南等地开展调查研究,他的调查报告以文件形式下发全国各级检察机关,具有重要指导意义。周兴一直强调“办案质量”,要求各级检察机关把案子办得细致、踏实,防止错案、漏案。他在西南任政法委主任时,对死刑案件一般都要亲自审查。他特别强调“重证据,不轻信口供”,坚决禁止搞逼供信。他经常对办案人员说:“人命关天,脑袋掉了不能再长出来,我们可要慎之又慎!”
周兴在延安时期创立的专门工作和群众路线相结合的公安保卫工作的路线,时至今日,仍然是公安工作一直沿用的路线。周兴十分重视公安保卫人才的培养。他在延安时期举办保卫干部训练班,运用理论学习和实践锻炼的方法,培养和锻炼了一大批公安保卫人才,新中国成立后都成为国家和省级公安部门的骨干和领导人。在解放初期的10年中,周兴继续从事公安政法工作,成绩最为突出,成为我国公安政法战线的杰出领导人之一。