辛亥革命爆发后,《国粹学报》只出了第82期。此期为1911年第9-13号合刊。其中刊有国学保存会《拟推广本会之志愿》及《古学汇刊略例》。前文写道:
今者满清退位,汉德中兴,海内识微之士,多谓本会为精神革命之先河。同人等固未敢自居文字之功,然硁硁自守,抱其素志,毋敢少渝。中间虽屡经官家之注目,始饴以金资,继加以威哧,同人不为少动中止,乃延一线至今日。际兹民国成立,言论结社得以自由,同人等固当不懈而益勤,思以发展其素抱。
它所拟定的“推广条例”包括:一、刊印先哲遗书;二、停办《国粹学报》,另组《古学汇刊》;三、设古物流通处、金石采访处及古学研究所;四、推广藏书楼;五、设考古展览会。《古学汇刊》由缪荃孙为总纂,邓实仍为主任。定每两月出一编,分上、下二篇,上篇刊前人遗著,下篇刊近人新著。宗旨在“发明绝学,广罗旧闻”。内容是“专主经史、杂记之有关系而足资考订者,欲使读者得此足以增益见闻,助长学识”。后来《古学汇刊》从1912年6月至1914年8月,共出12编24册后停刊。而国学保存会的“推广本会志愿”并未实现。
《国粹学报》的停刊标志着国粹派阵营的流散。自1907年以来,国粹派进行文化理论的调整。调整的结果是章太炎和刘师培因不同原因放弃了用无政府主义理论来发展国粹派文化理论的企图,并在所谓力避浮华,覃精求实,探索历史文化典籍的客观面貌上达到了默契。1909年《国粹学报》第13号(总第62期)刊有编辑社所谓“明年之特色”,其中归纳出《国粹学报》历年的撰述大旨就是:“力避浮华而趋于朴学,务使文有其质,博而寡要,非关于学术源流,有资考古者不录。庶几韩子所云惟陈言之务去者。至于保存古物,不遗故闻,训释周秦诸子之书,使尽可读,引申乾嘉诸儒之学,不绝其绪,诠明小学,以为求学之门径,谨守古谊,以毋越先民之训,五年于兹。”这与其说是对《国粹学报》前五年的总结,不如说是对《国粹学报》发展方向的预计。1909年前后,章太炎以音韵训诂为基,以周秦诸子为极,亦讲释典。而刘师培则致力于典籍的校释,都好像不愿引西证中,不愿再去讨论玄言妙理。但辛亥革命爆发之后,面对纷至沓来的种种现实问题,章太炎也不可能做“使魏晋诸贤尚在,可与对谈”的纯粹学术研究,刘师培在孤心苦诣,以经师自期的同时,也要用宗教来化解内心的幽愤。而国粹派阵营也就因丧失一个统一的奋斗目标和宗旨渐形消散。流散的国粹派成员,在政治主张上渐归于消极。邓实在上海“以金石书画自娱,厌倦文墨,无复当年豪兴”。黄节虽一度出任广东高等学堂监督,但不久即退归北大任教。他对理想破灭,国事日非,深感失望,为人写字常钤“如此江山”印章。他们的共同特点就是不满现实,尤其是对民国建立以来的种种社会弊端深恶痛绝,认为民国社会跟他们所理想的社会相差甚远。
在消沉的国粹派阵营中,章太炎仍然坚持了对中国文化命运的理性思考。他提出用儒家思想来解决时弊。1914年,章太炎在北京被袁世凯软禁,“始玩爻象,重籀《论语》诸书,然若有悟者”。他一改早年孔不如老、中年孔老不如佛的看法,完全从正面肯定儒学的价值。说孔子忠恕之道,融归纳与演绎为一体,推己及人,“退藏于密,处虞机以制辞言,不以一型锢铸”,比佛教道教要高明得多。虽然佛教关于人生问题的分析较儒学精微,但“居贤善俗,仍以儒术为佳,虽心与佛相应,而形式不可更张”。至于西方哲学,虽然逻辑清楚,解析精微,但在个人体验上不如东方哲学。“大抵远西学者,思想精微,而证验绝少。康德、肖宾开尔(叔本华)之流,所论不为不精至。至于心之本体何如?我与物质之有无何如?须冥绝心行,默证而后可得,彼无其术,故不能决言也。”他认为儒家学说是民族文化的真正精华。章太炎晚年对于中国历史文化的重新评价,乃是他对国粹理论的可贵探索。虽然他没有找到解决问题的根本途径,但他思考问题的角度以及认识的深入,直接引发了20世纪20年代前后一个新的“本土文化主体论”阵营的产生。这就是逐渐集合在以《学衡》为核心的“学衡”派。
刘师培后期也表现出对于传统的迷恋。但他与章太炎等人不同。袁世凯复辟帝制,章太炎“以大勋章作扇坠,临总统府之门,大诟袁世凯的包藏祸心”,虽因此遭禁锢,“而革命之志,终不屈挠”。刘师培却参加筹安会,鼓吹帝制。黄侃、马叙伦曾当面怒斥刘师培。黄节曾两次致书刘师培,责其解散筹安会。但刘师培一意孤行,愈演愈烈。刘师培后期既未能真正理性地思考传统文化中的优秀成分,也没有关切国粹派理论的前途。这时期他的思想与国粹派诸人特别是章太炎相较,不可同日而语。