第三节 思想颓唐
当陈独秀创刊《青年杂志》的时候，章太炎正被软禁于钱粮胡同，伴着清灯、古书打发着枯寂的岁月。他的思想与学术都已自成体系。他认为，自己的使命只是使这一体系更加完善，阐述与传授这一体系。对于正在勃兴的新文化运动，他因而也就异常隔膜。1917年春，就在胡适发表了《文学改良刍议》、陈独秀发表了《文学革命论》之后不多久，章太炎却在上海发起建立了一个“亚洲古学会”，说“迩来西势东渐，我亚人群，有菲薄旧日文明，皮傅欧风，以炫时俗者，亚洲古学，益虑沦亡。……近者欧战发生，自相荼毒，惨酷无伦，益证泰西道德问题扫地以尽，而东方高尚之风化，优美之学识，固自有不可灭者”，直言不讳地“以与全洲人士提倡旧日之文明”为己任，站到了势头日猛的新文化运动的对立面。
1921年11月，柳诒徵在南京高师史地研究会编辑的《史地学报》创刊号上发表了《论近人讲诸子之学者之失》一文，说今之学者“非儒谤古”，“大抵诵说章炳麟、梁启超、胡适诸氏之书，辗转稗贩，以饰口耳”。文章特别指名斥责章太炎“好诋孔子”，说胡适等人无非是为之“推波助澜”。文章抨击章太炎的《诸子学略说》等文“偏于主观，逞其臆见，削足适履，往往创为莫须有之谈，故入人罪”，说《诸子学略说》中关于孔、老关系的论述，将孔子说成一个其学出于老子而又存心夺老子之名的人物，乃系“以无稽之谈诬之也”。柳诒徵所反对的，实际上是当时“打倒孔家店”的整个思想运动，他“引绳披根”，追源溯始，以为章太炎乃是祸首，并据此断言：“国学沦胥，实诸氏之过也。”
对于柳诒徵这篇文章，章太炎非但没有提出异议，反而公开声明，完全接受柳教授的指责。他在致柳诒徵书中说，自己“妄疑圣哲”，“乃十数年前狂妄逆诈之论”，《章氏丛书》中已经刊落，“不意浅者犹陈其刍狗”，“足下痛与箴砭，是吾心也，感谢感谢”。他在信中还特别说明：“鄙人少年本治朴学，亦唯专信古文经典，与长素辈为道背驰。其后深恶长素孔教之说，遂至激而诋孔。中年以后，古文经典笃信如故，至诋孔则绝口不谈”，只是“前声已放，驷不及舌，后虽刊落，反为浅人所取”，追悔莫及。因此，他以为柳诒徵敢于对他的旧论及胡适等人的新论“辞而辟之”，“正如凤鸣高冈，鸠鹊不能以啁噍相对”，使人心大快。
章太炎给柳诒徵的这封信，写于1922年6月15日。从4月1日开始，他应江苏省教育会之邀，在上海主讲“国学”，每周一次，共讲了十次，到6月17日结束。这是他继东京、北京两次讲学之后，第三次登坛主讲。在演讲中，他虽然没有为先前“诋孔”而表示忏悔，但是，已经不再有先前那种锋芒。就演讲的内容而言，和前两次相比，并没有增添什么东西。学术上停止了新的开拓，实际上，就是结束了自己的学术生命。刚刚开讲时，吸引了三四百名听众，还有一大批人被阻挡在讲堂之外；到后来，听讲者只剩下了七八十人，许多人因失望而辍听，与先前两次讲学形成鲜明的对比。
1923年9月，正是“联省自治”名存实亡之时，由章太炎任社长、汪东编辑的《华国月刊》问世了，这是章太炎思想与学术日趋颓唐的又一重要标志。他在为这份月刊所写的发刊辞中劈头就说：“近世乱已亟，而人心之俶诡，学术之陵替，尤莫甚于今日。”他指责了一番“居位者率懵不知学”，但主要矛头是指向新学的提倡者，这些人被他说成“大氏稗贩泰西，忘其所自，得矿以为至宝，而顾自贱其家珍，或有心知其非，不惜曲学以阿世好”。他自己对国内外新学、新理已都不再感兴趣，反而表白：“睹异说之昌披，惧斯文之将队，尝欲有所补救，终已未徨。”《华国月刊》的使命，便是所谓“甄明学术，发扬国光”。
1924年8月，章太炎在《华国月刊》第一卷第十二期上发表了《救学弊论》一文，抨击翁同龢喜谈公羊，而忘其他经史，潘祖荫好铜器款识，而排《说文》，“以奇诡眇小为学，其弊也先使人狂，后使人陋，尽天下为陋儒，亦犹尽天下为帖括之士”，斥责张之洞“优养士类”，致使“惰游之士遍于都邑，唯禄利是务，恶衣恶食是耻”，“与齐民已截然成阶级”。为此，他提出：“今之学校，先宜改制，且择其学风最劣者悉予罢遣，闭门五年然后启，冀旧染污俗悉已湔除，于是后来者始可教也。”竟要将许多学校关闭五年！重新开启以后，又该怎么教学呢？《救学弊论》提出：“教之之道，为物质之学者，听参用远西书籍，唯不通汉文者不得入；法科有治国际法者，亦任参以远西书籍授之；若夫政治、经济，则无以是为也。”重复了他当年曾亟力反对过的张之洞“中学为体，西学为用”的主张。他特别痛恶“文科”的现状，不仅不容许在这一领域内参用“远西书籍”，而且不容许在这一领域中泛泛地研治所谓“国学”。他要求“文科”必须“专务史学”。他写道：“今诸科之中，唯文科最为猖披，非痛革旧制不可治。微特远西之文徒以绣其鞶帨，不足任用而已，虽国学者亦当有所抉择焉。……欲省功而易进，多识而发志者，其唯史乎？其书虽广，而文易知；其事虽烦，而贤人君子之事与夫得失之故悉有之……其所从入之途，则务于眼学，不务耳学；为师者亦得以余暇考其深浅也。如此则诡诞者不能假，慕外者无所附，顽懦之夫亦渐可以兴矣。……吾所以致人于高明光大之域，使日进而有志者，不出此道。”
辛亥革命前，他视“用国粹激动种姓，增进爱国的热肠”为最紧要的事，那主要是为了打掉民族自卑感和民族虚无主义，建立起近代民族文化，用以对抗帝国主义的奴化思想，取代传统的封建文化。那时，他并不反对在政治、经济、文化等各个领域内，取法东西各国先进的理论、制度。他本人就非常注意学习和研究西方哲学、社会学以至政治、法律等等方面的“学理”。可是，现在，他将“参用远西书籍”限定于自然科学、技术科学等所谓“物质之学”领域内，而将政治、经济及社会科学、人文科学等领域视作禁脔，要求将全部西学排拒于这些领域之外，实际上，已经退到了张之洞“中学为体，西学为用”的泥淖中。
章太炎对于正在中国大地上出现的新的革命风暴从一开始就采取了怀疑与对立的态度。孙中山接受中国共产党和共产国际的帮助，改组国民党，于1924年1月在广州举行国民党第一次全国代表大会，确定了联俄、联共、扶助农工三大政策，建立了有中国共产党党员参加的领导中枢，实现了国共合作，预示着中国大革命的高潮即将到来。可是，对于这一重要转折，章太炎全无思想准备，也完全不理解。他对自己先前所已构造的思想体系深信不疑，自身不愿冲破，也不愿意别人冲破；他本就好固执己见，刚愎自用，而来自抬轿子者所谓“洞烛几见”、“深识老谋”、“高山仰止”、“为民意所归”一类颂辞，更使他自以为是，给自己的思想构筑了重重壁垒。因此，对于他原先思想体系所容纳不了的新的历史变动，他从一开始就感到完全格格不入。对于共产国际给予中国革命的支持和帮助，对于孙中山的联俄、联共政策，他尤为疑虑不止。过去沙皇俄国的侵华野心，日本一批浪人与政客在支持同盟会的帷幕掩盖下所进行的种种阴谋勾当，使他对于十月革命后的俄国以及在中国进行活动的共产国际代表也根本不信任。旧的成见与新的臆想结合起来，使他对于孙中山的三大政策以及不久开始的大革命采取了对立的态度。他的这一态度，受到了反对国共合作的一批国民党右派代表人物的欢迎，因而很快便被他们所包围，被他们拖去做反对大革命的炮手。
1924年冬，激烈反对国民党改组和国共合作的冯自由、居正、田桐、马君武等一批国民党右派分子，一齐聚集到上海南阳桥裕福里二号章太炎寓所，“咸主张非号召同盟会旧人，重行集合团体，不足以匡济时局”，并一致推举章太炎领衔发出所谓《护党救国公函》。由章太炎执笔撰写的这份公函声称：“曩无尺寸之藉，而能取中夏于满洲之手，今有数省之力，而倒授军阀以主器之权”，追根溯源，“由民党涣散之故”。公函呼吁“同盟旧人，重新集合团体，稍就次，乃旁求时彦熔于一冶”，就是企图以恢复同盟会为名，重新结集力量，同改组后的国民党相抗。1925年2月，章太炎和十多名右派代表人物终于组织了一个“辛亥革命同志俱乐部”，“并光复、共进诸会及滦州派与同盟会同冶于一炉”，不久又去掉名称中“革命”二字，正式定名为“辛亥同志俱乐部”。
1925年3月12日，孙中山在北京逝世。8月20日，国民党左派领袖廖仲恺在广州被刺身死。其后不久，蒋介石、汪精卫渐次控制了广州国民政府军政大权。汪精卫当年复刊《民报》时排斥章太炎留下的宿怨，蒋介石指挥暗杀陶成章结下的旧仇，加上他们两面三刀，纵横捭阖，在南方革命阵营中种种叫人们捉摸不定的表现，使章太炎对广东革命政府更充满不信任之情。
1925年9月，章太炎应湖南省长赵恒惕邀请，到长沙主持湖南县长考试。路过汉口时，湖北省长萧耀南亲往旅馆探晤，并设筵为他洗尘；路过岳阳时，在1924年第二次直奉战争中败北而蛰居在这里的吴佩孚，特派参议长将他迎到自己的军舰上“作三小时之密谈”；到达长沙时，赵恒惕更亲率湖南省文武官员到车站迎接，“军警鸣炮致敬，为欢迎外宾从来未有之盛”。所有这些，无非是要章太炎引他们为知己，供他们驱驰。章太炎果然不负所望。在主考县长的试题中，除去《宰相必起于州部论》这类古色古香的题目外，还有着《拟严禁败坏政俗之书籍令》这样一些“其注重点，在防止过激文书之传播”的“趋时”作品。章太炎十月返沪后在上海国民大学以校长身份发表演说，公然提出要把研究“国学”与“反对共产党”联系起来，诬陷广东革命政府和中国共产党“借着俄人的势力，压迫我们中华民族”，充当了军阀们反苏、反共的炮手。
章太炎返沪之时，自称浙、闽、皖、赣、苏五省联军总司令的孙传芳起兵驱逐盘踞于苏、皖两省的奉系军阀势力已接近全功，11月上旬，奉军从徐州北撤，孙传芳成了东南五省的宰制者。章太炎和江、浙等五省旅沪士绅为表示对孙传芳的支持，发起组织“五省协会”，“其目的似在辅助及监督五省总司令之行动，一面以五省人民之力，以建议五省兴革之事”。1926年1月12日，章太炎五十九寿辰，孙传芳特送“大餐券一百席、白兰地一箱”并寿诗、寿联等为贺。章太炎成了孙传芳的上宾。
在一大批地方军阀和资产阶级右派政客的簇拥下，章太炎到处反对所谓“赤化”。他公然宣称：“护法倒段题目虽大，而以打倒赤化相较，则后者尤易引人注意。”“盖今日国内之问题，已不在此，而在注意如何打倒赤化。”。1926年4月，章太炎又出面在上海纠集各反共势力组织所谓“反赤救国大联合”，自任“干事会”主席，攻击“过激派欲以赤化政策亡人国”，声称“居今之世，反对赤化，实为救国要图”，杀气腾腾地叫嚷：“对于赤党，其据地称兵者，则由军人张其挞伐；其聚众骚动者，则由士工谋与抵抗。”章太炎所谓“由军人张其挞伐”来对付“据地称兵者”，具体化就是要“以北事付之奉、晋，而直军南下以保江上，开诚布公，解除宿衅，与南省诸军共同讨伐”蒋介石所统率的北伐军及冯玉祥所统率的国民军。
政治上、思想上的颓唐，使章太炎的学术活动也进一步退化落伍。孙传芳一面调兵遣与对国民革命军作战，一面在南京举行“投壶”典礼，并设立“修订礼制会”，要修订整套“礼制”：一、吉礼，包括家祭、祠堂祭、墓祭、荐寝、公私学校祭孔子；二、凶礼，包括丧礼、丧服；三、宾礼，包括相见礼、集会礼；四、嘉礼，包括冠礼、婚礼、宴礼、祝嘏等。章太炎则以他“国学大师”的身份，被聘担任了“投壶”典礼的“大宾”及“修订礼制会”的会长。1926年8月6日，假古董、假斯文的“投壶”典礼在南京“联军总司令部大堂”举行，章太炎因事未能赶到；8日夜，他由沪乘车抵宁，主持了次日举行“修订礼制会”的成立典礼，并补行了“雅歌投壶礼”。
在大革命高潮中，章太炎起劲为“反赤”摇旗呐喊。当时，他所声讨的一个主要对象就是蒋介石。他在讨蒋介石的通电里揭露说：“详其一生行事，倡义有功者，务于摧残至尽；凡口言国家主义者，谓之反革命。是其所谓革命者，非革他人之命，而革中华民国之命也。……且其天性阴鸷，反颜最速，非若孙中山之可以辞解，岑（春煊）、陆（荣廷）诸公之可以义结也。权利所在，虽蚁伏叩头以求解免，必不可得。幸而为彼容纳，则奴隶之下更生阶级，地权兵柄，悉被把持。”这段话，对蒋介石的剖析可谓入骨三分。出乎章太炎预料，正是他所痛恶的蒋介石把“反赤”变成了血淋淋的现实。紧接着，章太炎所不齿的汪精卫又与蒋介石亦步亦趋发动了反革命的大屠杀。而“反赤”的结果，就是使中国沦沉于黑暗之中。
“四·一二”政变过了方才三个星期，蒋介石操纵下的上海“纪念五四”大会就假借民意，于通过“肃清上海各学校之共产党分子”、“杀徐谦、邓演达”、“驱逐鲍罗廷”等项决议时，又特立一项，“请国民政府通缉”章太炎、沈恩孚、张君劢、黄炎培、蒋维乔、刘海粟、张东荪等一批“学阀”。6月16日，国民党上海特别市党部临时执行委员会又专门呈请蒋记中央，“通缉学阀，以制止反动”，名列“著名学阀”之首的依然是章太炎。尤其使章太炎为之伤心的，是蒋介石废除五色国旗而以青天白日旗为国旗，以及蒋介石公然无忌地推行所谓“以党治国”。他愤愤不平地写道：“今之拔去五色旗、宣言以党治国者，皆背叛民国之贼也。”按其罪行，“惟袁（世凯）氏与之相等，而徐（世昌）、段（祺瑞）、曹（锟）辈，皆视此为轻。”1928年11月21日，他满腔愤气，无可发露，便借招商局轮船公司代表招待新闻界之机，大发了一通牢骚，谴责“他们现在说以党治国，也不是以党义治国，乃是以党员治国，攫夺国民政权，而对外仍以中华民国名义，此与袁世凯称号洪宪后仍以中华民国年号对外意义相同”，并说：“袁世凯个人要做皇帝，他们是一个党要做皇帝，这就是叛国。叛国者，国民应起而讨伐之。”他的这通牢骚，当然是如披逆鳞，如捋虎须。果然，国民党上海市三区指导委员会第二天就举行常委会，议决呈请上海市党部转呈中央“通缉反动分子章炳麟”。呈文称：章太炎“不了解本党暂代国民执行政权，迨训政后政权还政人民之深意，而厚诬本党与袁逆类似，且公然鼓吹推翻国民政府，其居心灼然可知。……章逆既为知识阶级，复有历史上反革命之铁证，今复于宴会席上狂放厥词，显系危害政府，捣乱本党。应请钧会转呈中央党部，按照中央颁布之惩戒反革命条例办理，即日训令军警机关通缉，实为党便”。上海市党部立即通过这一提案，要求国民党中央对章太炎通缉。
章太炎不胜懊伤与悲哀，因而说：“袁氏帝制，不过叛国，而暴敛害民，邪说乱俗，则尚袁氏所未有也。一夺一与，情所不安，宁作民国遗老耳。”1928年6月3日，黎元洪病死于天津，章太炎寄去一副挽联：“继大明太祖而兴，玉步未改，佞寇岂能干正统？与五色国旗俱尽，鼎湖一去，谯周从此是元勋！中华民国遗民哀挽。”佞寇，当囊括了冯国璋、段祺瑞、徐世昌、曹锟、蒋介石等新老军阀；谯周，曾劝蜀后主刘禅降魏，这里当是指所有向蒋介石新军阀统治屈服输诚者。因为黎元洪去世的这一天，正是张作霖放弃北京、退出关外的日子。“公薨，诘旦，北畿皆改树青天白日旗矣。”所以，挽联中称黎元洪“与五色国旗俱尽”，而章太炎本人，也因此自称“中华民国遗民”，表示他心目中的“中华民国”至此已经灭亡，他绝不承认蒋介石的统治继续代表着“中华民国”。
“中华民国遗民”，以这一身份自居，充分表现了章太炎政治上的绝望。“反赤”的结果，反出了蒋介石的独裁，青天白日旗成了白色恐怖的象征。“僦居虽近市，弇关如深湫”，他感到从未有过的孤寂、空漠。他缄默了，在书室里的藤靠椅上，终日宴坐，默默对着壁上黎元洪题赠的“东南朴学”匾额及剥制的一张鳄鱼皮。“握中余玉虎，楼上对香炉。见说兴亡事，拏舟望五湖。”他或“兼治宋明理学，借以惩忿”，“寻研理学家治心之术，兼亦习禅”，以释“忿心”，或“只以作诗遣垒，时亦作字，每日辄写三四十篆，余更无事”。直到胸中不平之气在时间的流逝中渐渐淡化，方才能够坐下来继续从事学术研究。
1921年11月，柳诒徵在南京高师史地研究会编辑的《史地学报》创刊号上发表了《论近人讲诸子之学者之失》一文，说今之学者“非儒谤古”，“大抵诵说章炳麟、梁启超、胡适诸氏之书，辗转稗贩，以饰口耳”。文章特别指名斥责章太炎“好诋孔子”，说胡适等人无非是为之“推波助澜”。文章抨击章太炎的《诸子学略说》等文“偏于主观，逞其臆见，削足适履，往往创为莫须有之谈，故入人罪”，说《诸子学略说》中关于孔、老关系的论述，将孔子说成一个其学出于老子而又存心夺老子之名的人物，乃系“以无稽之谈诬之也”。柳诒徵所反对的，实际上是当时“打倒孔家店”的整个思想运动，他“引绳披根”，追源溯始，以为章太炎乃是祸首，并据此断言：“国学沦胥，实诸氏之过也。”
对于柳诒徵这篇文章，章太炎非但没有提出异议，反而公开声明，完全接受柳教授的指责。他在致柳诒徵书中说，自己“妄疑圣哲”，“乃十数年前狂妄逆诈之论”，《章氏丛书》中已经刊落，“不意浅者犹陈其刍狗”，“足下痛与箴砭，是吾心也，感谢感谢”。他在信中还特别说明：“鄙人少年本治朴学，亦唯专信古文经典，与长素辈为道背驰。其后深恶长素孔教之说，遂至激而诋孔。中年以后，古文经典笃信如故，至诋孔则绝口不谈”，只是“前声已放，驷不及舌，后虽刊落，反为浅人所取”，追悔莫及。因此，他以为柳诒徵敢于对他的旧论及胡适等人的新论“辞而辟之”，“正如凤鸣高冈，鸠鹊不能以啁噍相对”，使人心大快。
章太炎给柳诒徵的这封信，写于1922年6月15日。从4月1日开始，他应江苏省教育会之邀，在上海主讲“国学”，每周一次，共讲了十次，到6月17日结束。这是他继东京、北京两次讲学之后，第三次登坛主讲。在演讲中，他虽然没有为先前“诋孔”而表示忏悔，但是，已经不再有先前那种锋芒。就演讲的内容而言，和前两次相比，并没有增添什么东西。学术上停止了新的开拓，实际上，就是结束了自己的学术生命。刚刚开讲时，吸引了三四百名听众，还有一大批人被阻挡在讲堂之外；到后来，听讲者只剩下了七八十人，许多人因失望而辍听，与先前两次讲学形成鲜明的对比。
1923年9月，正是“联省自治”名存实亡之时，由章太炎任社长、汪东编辑的《华国月刊》问世了，这是章太炎思想与学术日趋颓唐的又一重要标志。他在为这份月刊所写的发刊辞中劈头就说：“近世乱已亟，而人心之俶诡，学术之陵替，尤莫甚于今日。”他指责了一番“居位者率懵不知学”，但主要矛头是指向新学的提倡者，这些人被他说成“大氏稗贩泰西，忘其所自，得矿以为至宝，而顾自贱其家珍，或有心知其非，不惜曲学以阿世好”。他自己对国内外新学、新理已都不再感兴趣，反而表白：“睹异说之昌披，惧斯文之将队，尝欲有所补救，终已未徨。”《华国月刊》的使命，便是所谓“甄明学术，发扬国光”。
1924年8月，章太炎在《华国月刊》第一卷第十二期上发表了《救学弊论》一文，抨击翁同龢喜谈公羊，而忘其他经史，潘祖荫好铜器款识，而排《说文》，“以奇诡眇小为学，其弊也先使人狂，后使人陋，尽天下为陋儒，亦犹尽天下为帖括之士”，斥责张之洞“优养士类”，致使“惰游之士遍于都邑，唯禄利是务，恶衣恶食是耻”，“与齐民已截然成阶级”。为此，他提出：“今之学校，先宜改制，且择其学风最劣者悉予罢遣，闭门五年然后启，冀旧染污俗悉已湔除，于是后来者始可教也。”竟要将许多学校关闭五年！重新开启以后，又该怎么教学呢？《救学弊论》提出：“教之之道，为物质之学者，听参用远西书籍，唯不通汉文者不得入；法科有治国际法者，亦任参以远西书籍授之；若夫政治、经济，则无以是为也。”重复了他当年曾亟力反对过的张之洞“中学为体，西学为用”的主张。他特别痛恶“文科”的现状，不仅不容许在这一领域内参用“远西书籍”，而且不容许在这一领域中泛泛地研治所谓“国学”。他要求“文科”必须“专务史学”。他写道：“今诸科之中，唯文科最为猖披，非痛革旧制不可治。微特远西之文徒以绣其鞶帨，不足任用而已，虽国学者亦当有所抉择焉。……欲省功而易进，多识而发志者，其唯史乎？其书虽广，而文易知；其事虽烦，而贤人君子之事与夫得失之故悉有之……其所从入之途，则务于眼学，不务耳学；为师者亦得以余暇考其深浅也。如此则诡诞者不能假，慕外者无所附，顽懦之夫亦渐可以兴矣。……吾所以致人于高明光大之域，使日进而有志者，不出此道。”
辛亥革命前，他视“用国粹激动种姓，增进爱国的热肠”为最紧要的事，那主要是为了打掉民族自卑感和民族虚无主义，建立起近代民族文化，用以对抗帝国主义的奴化思想，取代传统的封建文化。那时，他并不反对在政治、经济、文化等各个领域内，取法东西各国先进的理论、制度。他本人就非常注意学习和研究西方哲学、社会学以至政治、法律等等方面的“学理”。可是，现在，他将“参用远西书籍”限定于自然科学、技术科学等所谓“物质之学”领域内，而将政治、经济及社会科学、人文科学等领域视作禁脔，要求将全部西学排拒于这些领域之外，实际上，已经退到了张之洞“中学为体，西学为用”的泥淖中。
章太炎对于正在中国大地上出现的新的革命风暴从一开始就采取了怀疑与对立的态度。孙中山接受中国共产党和共产国际的帮助，改组国民党，于1924年1月在广州举行国民党第一次全国代表大会，确定了联俄、联共、扶助农工三大政策，建立了有中国共产党党员参加的领导中枢，实现了国共合作，预示着中国大革命的高潮即将到来。可是，对于这一重要转折，章太炎全无思想准备，也完全不理解。他对自己先前所已构造的思想体系深信不疑，自身不愿冲破，也不愿意别人冲破；他本就好固执己见，刚愎自用，而来自抬轿子者所谓“洞烛几见”、“深识老谋”、“高山仰止”、“为民意所归”一类颂辞，更使他自以为是，给自己的思想构筑了重重壁垒。因此，对于他原先思想体系所容纳不了的新的历史变动，他从一开始就感到完全格格不入。对于共产国际给予中国革命的支持和帮助，对于孙中山的联俄、联共政策，他尤为疑虑不止。过去沙皇俄国的侵华野心，日本一批浪人与政客在支持同盟会的帷幕掩盖下所进行的种种阴谋勾当，使他对于十月革命后的俄国以及在中国进行活动的共产国际代表也根本不信任。旧的成见与新的臆想结合起来，使他对于孙中山的三大政策以及不久开始的大革命采取了对立的态度。他的这一态度，受到了反对国共合作的一批国民党右派代表人物的欢迎，因而很快便被他们所包围，被他们拖去做反对大革命的炮手。
1924年冬，激烈反对国民党改组和国共合作的冯自由、居正、田桐、马君武等一批国民党右派分子，一齐聚集到上海南阳桥裕福里二号章太炎寓所，“咸主张非号召同盟会旧人，重行集合团体，不足以匡济时局”，并一致推举章太炎领衔发出所谓《护党救国公函》。由章太炎执笔撰写的这份公函声称：“曩无尺寸之藉，而能取中夏于满洲之手，今有数省之力，而倒授军阀以主器之权”，追根溯源，“由民党涣散之故”。公函呼吁“同盟旧人，重新集合团体，稍就次，乃旁求时彦熔于一冶”，就是企图以恢复同盟会为名，重新结集力量，同改组后的国民党相抗。1925年2月，章太炎和十多名右派代表人物终于组织了一个“辛亥革命同志俱乐部”，“并光复、共进诸会及滦州派与同盟会同冶于一炉”，不久又去掉名称中“革命”二字，正式定名为“辛亥同志俱乐部”。
1925年3月12日，孙中山在北京逝世。8月20日，国民党左派领袖廖仲恺在广州被刺身死。其后不久，蒋介石、汪精卫渐次控制了广州国民政府军政大权。汪精卫当年复刊《民报》时排斥章太炎留下的宿怨，蒋介石指挥暗杀陶成章结下的旧仇，加上他们两面三刀，纵横捭阖，在南方革命阵营中种种叫人们捉摸不定的表现，使章太炎对广东革命政府更充满不信任之情。
1925年9月，章太炎应湖南省长赵恒惕邀请，到长沙主持湖南县长考试。路过汉口时，湖北省长萧耀南亲往旅馆探晤，并设筵为他洗尘；路过岳阳时，在1924年第二次直奉战争中败北而蛰居在这里的吴佩孚，特派参议长将他迎到自己的军舰上“作三小时之密谈”；到达长沙时，赵恒惕更亲率湖南省文武官员到车站迎接，“军警鸣炮致敬，为欢迎外宾从来未有之盛”。所有这些，无非是要章太炎引他们为知己，供他们驱驰。章太炎果然不负所望。在主考县长的试题中，除去《宰相必起于州部论》这类古色古香的题目外，还有着《拟严禁败坏政俗之书籍令》这样一些“其注重点，在防止过激文书之传播”的“趋时”作品。章太炎十月返沪后在上海国民大学以校长身份发表演说，公然提出要把研究“国学”与“反对共产党”联系起来，诬陷广东革命政府和中国共产党“借着俄人的势力，压迫我们中华民族”，充当了军阀们反苏、反共的炮手。
章太炎返沪之时，自称浙、闽、皖、赣、苏五省联军总司令的孙传芳起兵驱逐盘踞于苏、皖两省的奉系军阀势力已接近全功，11月上旬，奉军从徐州北撤，孙传芳成了东南五省的宰制者。章太炎和江、浙等五省旅沪士绅为表示对孙传芳的支持，发起组织“五省协会”，“其目的似在辅助及监督五省总司令之行动，一面以五省人民之力，以建议五省兴革之事”。1926年1月12日，章太炎五十九寿辰，孙传芳特送“大餐券一百席、白兰地一箱”并寿诗、寿联等为贺。章太炎成了孙传芳的上宾。
在一大批地方军阀和资产阶级右派政客的簇拥下，章太炎到处反对所谓“赤化”。他公然宣称：“护法倒段题目虽大，而以打倒赤化相较，则后者尤易引人注意。”“盖今日国内之问题，已不在此，而在注意如何打倒赤化。”。1926年4月，章太炎又出面在上海纠集各反共势力组织所谓“反赤救国大联合”，自任“干事会”主席，攻击“过激派欲以赤化政策亡人国”，声称“居今之世，反对赤化，实为救国要图”，杀气腾腾地叫嚷：“对于赤党，其据地称兵者，则由军人张其挞伐；其聚众骚动者，则由士工谋与抵抗。”章太炎所谓“由军人张其挞伐”来对付“据地称兵者”，具体化就是要“以北事付之奉、晋，而直军南下以保江上，开诚布公，解除宿衅，与南省诸军共同讨伐”蒋介石所统率的北伐军及冯玉祥所统率的国民军。
政治上、思想上的颓唐，使章太炎的学术活动也进一步退化落伍。孙传芳一面调兵遣与对国民革命军作战，一面在南京举行“投壶”典礼，并设立“修订礼制会”，要修订整套“礼制”：一、吉礼，包括家祭、祠堂祭、墓祭、荐寝、公私学校祭孔子；二、凶礼，包括丧礼、丧服；三、宾礼，包括相见礼、集会礼；四、嘉礼，包括冠礼、婚礼、宴礼、祝嘏等。章太炎则以他“国学大师”的身份，被聘担任了“投壶”典礼的“大宾”及“修订礼制会”的会长。1926年8月6日，假古董、假斯文的“投壶”典礼在南京“联军总司令部大堂”举行，章太炎因事未能赶到；8日夜，他由沪乘车抵宁，主持了次日举行“修订礼制会”的成立典礼，并补行了“雅歌投壶礼”。
在大革命高潮中，章太炎起劲为“反赤”摇旗呐喊。当时，他所声讨的一个主要对象就是蒋介石。他在讨蒋介石的通电里揭露说：“详其一生行事，倡义有功者，务于摧残至尽；凡口言国家主义者，谓之反革命。是其所谓革命者，非革他人之命，而革中华民国之命也。……且其天性阴鸷，反颜最速，非若孙中山之可以辞解，岑（春煊）、陆（荣廷）诸公之可以义结也。权利所在，虽蚁伏叩头以求解免，必不可得。幸而为彼容纳，则奴隶之下更生阶级，地权兵柄，悉被把持。”这段话，对蒋介石的剖析可谓入骨三分。出乎章太炎预料，正是他所痛恶的蒋介石把“反赤”变成了血淋淋的现实。紧接着，章太炎所不齿的汪精卫又与蒋介石亦步亦趋发动了反革命的大屠杀。而“反赤”的结果，就是使中国沦沉于黑暗之中。
“四·一二”政变过了方才三个星期，蒋介石操纵下的上海“纪念五四”大会就假借民意，于通过“肃清上海各学校之共产党分子”、“杀徐谦、邓演达”、“驱逐鲍罗廷”等项决议时，又特立一项，“请国民政府通缉”章太炎、沈恩孚、张君劢、黄炎培、蒋维乔、刘海粟、张东荪等一批“学阀”。6月16日，国民党上海特别市党部临时执行委员会又专门呈请蒋记中央，“通缉学阀，以制止反动”，名列“著名学阀”之首的依然是章太炎。尤其使章太炎为之伤心的，是蒋介石废除五色国旗而以青天白日旗为国旗，以及蒋介石公然无忌地推行所谓“以党治国”。他愤愤不平地写道：“今之拔去五色旗、宣言以党治国者，皆背叛民国之贼也。”按其罪行，“惟袁（世凯）氏与之相等，而徐（世昌）、段（祺瑞）、曹（锟）辈，皆视此为轻。”1928年11月21日，他满腔愤气，无可发露，便借招商局轮船公司代表招待新闻界之机，大发了一通牢骚，谴责“他们现在说以党治国，也不是以党义治国，乃是以党员治国，攫夺国民政权，而对外仍以中华民国名义，此与袁世凯称号洪宪后仍以中华民国年号对外意义相同”，并说：“袁世凯个人要做皇帝，他们是一个党要做皇帝，这就是叛国。叛国者，国民应起而讨伐之。”他的这通牢骚，当然是如披逆鳞，如捋虎须。果然，国民党上海市三区指导委员会第二天就举行常委会，议决呈请上海市党部转呈中央“通缉反动分子章炳麟”。呈文称：章太炎“不了解本党暂代国民执行政权，迨训政后政权还政人民之深意，而厚诬本党与袁逆类似，且公然鼓吹推翻国民政府，其居心灼然可知。……章逆既为知识阶级，复有历史上反革命之铁证，今复于宴会席上狂放厥词，显系危害政府，捣乱本党。应请钧会转呈中央党部，按照中央颁布之惩戒反革命条例办理，即日训令军警机关通缉，实为党便”。上海市党部立即通过这一提案，要求国民党中央对章太炎通缉。
章太炎不胜懊伤与悲哀，因而说：“袁氏帝制，不过叛国，而暴敛害民，邪说乱俗，则尚袁氏所未有也。一夺一与，情所不安，宁作民国遗老耳。”1928年6月3日，黎元洪病死于天津，章太炎寄去一副挽联：“继大明太祖而兴，玉步未改，佞寇岂能干正统？与五色国旗俱尽，鼎湖一去，谯周从此是元勋！中华民国遗民哀挽。”佞寇，当囊括了冯国璋、段祺瑞、徐世昌、曹锟、蒋介石等新老军阀；谯周，曾劝蜀后主刘禅降魏，这里当是指所有向蒋介石新军阀统治屈服输诚者。因为黎元洪去世的这一天，正是张作霖放弃北京、退出关外的日子。“公薨，诘旦，北畿皆改树青天白日旗矣。”所以，挽联中称黎元洪“与五色国旗俱尽”，而章太炎本人，也因此自称“中华民国遗民”，表示他心目中的“中华民国”至此已经灭亡，他绝不承认蒋介石的统治继续代表着“中华民国”。
“中华民国遗民”，以这一身份自居，充分表现了章太炎政治上的绝望。“反赤”的结果，反出了蒋介石的独裁，青天白日旗成了白色恐怖的象征。“僦居虽近市，弇关如深湫”，他感到从未有过的孤寂、空漠。他缄默了，在书室里的藤靠椅上，终日宴坐，默默对着壁上黎元洪题赠的“东南朴学”匾额及剥制的一张鳄鱼皮。“握中余玉虎，楼上对香炉。见说兴亡事，拏舟望五湖。”他或“兼治宋明理学，借以惩忿”，“寻研理学家治心之术，兼亦习禅”，以释“忿心”，或“只以作诗遣垒，时亦作字，每日辄写三四十篆，余更无事”。直到胸中不平之气在时间的流逝中渐渐淡化，方才能够坐下来继续从事学术研究。
