第一节 党治谠言
1911年10月11日，章太炎正在讲堂上“拿佛学印证《庄子》”，从号外中获知武昌起义的消息，但直到“闻湖南、江西相继反正”，他方才中断“讲业”。10月25日，他主持起草发布了《中国革命党宣言书》，以中国革命党本部的名义，劝诫清廷陆海军将士明辨是非，不要与义师争命，并呼吁东西各国严守中立。他还发表了一封致满洲在东留学生诸君的公开信，要他们警惕日本侵华野心，欢迎革命成功，以优游共和政体之中。他还在槟榔屿《光华日报》上发表了长篇论文《诛政党》，对康有为、梁启超、张謇、杨度、蒋智由、严复、马良、汤寿潜、郑孝胥等立宪派头面人物逐一给予猛烈的抨击，揭露他们各为朋党，“操术各异，而竞名死利则同；为民蠹害，又一丘之貉也”。文章指出：“欧、美政党贪婪竞进虽犹中国，顾尚有正鹄。政府有害民之政，往往能挟持不使遂行；及自秉政，他党又得议其后。兴革多能安利百姓，国家赖焉。汉土则独否。盖欧、美政党自导国利民，至中国政党，自浮夸奔竞，所志不同，源流亦异。”正因为如此，文章要人们千万不要寄希望于这样一些人物，更不要将他们的朋党与西方近代政党等量齐观，“托命此曹，亦犹鹈之巢苇苕也”。章太炎认为，中国真正的近代政党建设与政党政治，都有待于革命成功以后。
上海革命党人11月3日发动起义，7日建立上海军政府。章太炎一听到上海光复的消息，就带了十多名青年学子乘火车离开东京，11月11日上午10时在神户乘轮船离开了他已旅居了5年零4个月的日本。
11月15日，章太炎回到上海。16日《民立报》发表《欢迎鼓吹革命之文豪》，说：“章太炎，中国近代之大文豪，而亦革命家之巨子也。……今章太炎已回国返沪矣，记者谨述数语以表欢迎之忱，惟望我同胞奉之为新中国之卢骚。”这时，已有十四省相继宣布“独立”。清廷为了扑灭革命，起用了袁世凯。可是，起义各省互不统属，各自为政。怎样将革命力量和一切可以争取的力量联合起来，共同推进革命形势，以推翻清王朝，建立中华共和制度，这是放在革命党人面前的中心问题，也是章太炎所面临的最大问题。
首要的任务是促进起义各省联合为一体。章太炎想利用自己的社会地位与影响，“任调人之职，为联合之谋”。第一步，是他说服了吴淞都督李燮和放弃都督称号，奉苏州军政府都督、原江苏巡抚程德全为江苏全省军政府都督，以推动结束江苏一省五都督的局面。接着，他在积极支持攻克南京、出兵援鄂的同时，发起组织中华民国联合会，企图以此推动各地区、各派系的联合，为中华民国的建立提供组织基础。
11月20日，章太炎与程德全联名在上海《时报》上发表了《为统一意见发起中华民国全国联合会宣言》，说：“当困居专制政体之下，其功在于破坏；而在今日已脱离旧政府之羁绊，所重尤在建设。”鉴于“吾国疆宇广阔，交通素未便利，各省语言不同，习尚互异，声气既多隔阂，心志间有未齐”，故“拟发起中华民国联合大会，附设言论机关，集合各省宏通达识之士，公同研究共和联邦政治与今时适用问题，发挥刊布，期以整一宗旨；并调查各省独立团体之情况，而监察其行为，庶以扶助共和政府之完全成立，而保亚洲和平之大局”。同一天，他们还通电各地军政府及各独立团体，要求各地“公选驻省干事员四人”，以便专门联络通信。
12月14日，章太炎手定的《中华民国联合会章程》在《民立报》与《时报》等上海大报上同时刊布，规定该会“为联合全国一致进行起见，定名为中华民国联合会”，“以联合全国，扶助完全共和政府之成立为宗旨”。该会设正会长一人，副会长一人，驻会干事每省一人，驻省干事每省四人，参议员每省二人，由驻会干部组成总务、会计、书记、交际、调查五科，分科办事。章程规定该会事务主要为四个方面：一、“对于各独立团体，如有妨碍共和之进行者，应联络各团体设法纠正之”；二、“对于中央政府及各都督府，凡关于充实兵力之事，应尽力协助之”；三、“对于政治、外交问题，得开会研究，条陈意见于政府”；四、“设《大共和报》为发表言论机关”。在这个章程上签名的首先是章太炎，以下为程德全、赵凤昌、张謇、唐文治、陈三立、黄云鹏、应德闳等人。
中华民国联合会的酝酿与筹备过程，实际上就是光复会与中部同盟会等不同革命团体以及转向革命营垒的原立宪派人士逐步联合的过程。要不要联合已经投身光复、赞成共和的原立宪派人士，当时意见并不统一，章太炎为此在给张继、于右任的一封信中曾说：“资政院、谘议局人，不可称立宪党，立宪党亦与保皇党殊。……立宪党者，其间亦玉石不齐，与革命党相类。若夫愤国权之沦丧，哀行政之苛残，屈于满洲帝制之下，而不得不以君主立宪为名者，盖三分居二焉。今者民国成立，名分已移，安有屈强不悟，以崇戴大事为表帜者哉？”谈到自己对于原立宪党人的态度时，他说：“曩日所以力排二党者，虑其为建虏用耳。今者孱胡已去，天下为公，虽无公旦之贤，握发吐哺，期于招延彦圣。若夫怀媢嫉之心，挟阴私之计，宁使人材蛰伏，邦国殄瘁，而必不可使一党居于势要者，非独仆所不为，亦愿诸君与同盟人深戒之也。”正是基于这一认识，章太炎视他们为建立共和所应联合的一支重要的社会政治力量。
从一开始筹建临时中央政府起，就出现了分歧。武昌作为首义地区，成了一个中心；而上海，作为江浙一带人文荟萃之区，中部同盟会基地，南北东西交通枢纽，成了又一个中心。11月20日，在上海召开的各省都督府代表联合会议决定承认武昌鄂军都督府为中华民国中央军政府，但坚持代表联合会议仍然继续留驻上海，使中央政府事实上二元化。上海方面的态度，出于对黎元洪的不信任，对原湖北谘议局的不信任，以及对原文学社、共进会成员的不信任，希望将中央政府的实际权力控制在自己手中。陈其美、程德全、汤寿潜乃至张謇等人当时在这个问题上采取了基本一致的立场。这些做法，延缓了统一的中央政权建立的时机，使已经光复的各省无法集中他们的力量同袁世凯相抗。
章太炎一回国，就主张“应承认武昌为临时政府”。在其后十多天中，他又反复强调：“方今惟望早建政府，速推首领，则内部减一日之棼乱，外人少一日之觊觎。”为了尽速组成中央政府，他建议由黎元洪、黄兴为元帅、副元帅，“由首领委任内阁总理，总理组织内阁各部”。他并推举由宋教仁出任内阁总理，由汤寿潜、蔡元培、张謇、伍廷芳分掌邮传、学部、财政、外交。他希望按照这一方案，组成既以革命党人为核心、又能团结各派力量的中央政权。当各省代表会议在汉口召开后，12月2日，他又打电报给新当选的代表会议议长谭人凤，说：“革命军起，革命党消，天下为公，乃克有济。今读来电，以革命党人召集革命党人，是欲以一党组织政府。若守此见，人心解体矣。诸君能战即战，不能战，弗以党见破坏大局。”在他看来，同盟会也好，光复会也好，原先都是处在秘密状态的、人数相当有限的革命团体，他们在武昌起义以来的革命发展过程中，起了领导与核心作用，但是，仅仅凭借他们自身的力量，或者用立即扩大组织，将赞成革命与共和的人全部拉入革命党内的办法，造成“以一党组织政府”的局面，并不符合当时各派力量配置的实际状况，也不利于促进各派力量的团结与合作，不利于中央政府的早日组成。章太炎的这封电报，要求突破同盟会、光复会原先适应秘密活动而形成的必要限界，广泛地联合革命军大纛下的各派力量，组成统一政府，反映了他希望实现革命军大联合、及早建成统一的中央政权以与清廷及袁世凯相抗的强烈愿望。但是，他的这封电报，非但没有促进革命军各派力量的真正统一，反而在革命党人内部增加了思想混乱，围绕着对待革命党、原立宪派应当采取什么态度这个问题，发生了激烈的纷争与冲突。
12月2日，章太炎应邀与黄兴、宋教仁、陈其美、程德全、汤寿潜共商临时政府组建问题。在会上，黄兴力主设于南京，章太炎坚持“以武昌为都城，以金陵为陪都”。攻占南京的捷报，武昌吃紧的消息，使主张定都南京的意见一下子占了上风。12月4日，苏、浙、沪三都督邀集各省留沪代表紧急会议，要求定南京为临时政府所在地，推举黄兴为大元帅。章太炎提议推举黎元洪为副元帅，为会议所通过。
1911年12月25日，从海外归来的孙中山乘轮船到达上海，受到各界人士的盛大欢迎。组建临时中央政府的工作，加紧进行起来。
就在临时政府正式成立的日子里，章太炎为了实现他联合各派力量、建立共和政府的计划，加紧进行了活动。1912年1月4日，《大共和日报》创刊，章太炎作为报社社长为它写了发刊辞，说：“风听胪言，高位之所有事；直言无忌，国民之所自靖。日报发刊，大义在兹。箴当世之痈疣，谋未来之缮卫，能为诤友，不能为佞人也。”表明了为建立共和、新创民国勇于建言的立场。这一天下午，中华民国联合会在上海江苏教育总会召开成立大会，正式宣布成立。到会者两百多人。投票选举结果，章太炎得一百二十六票，当选为会长；程德全得八十一票，当选为副会长。继由各省会员互选参议员，结果，江苏为唐文治、张謇；浙江为蔡元培、应德闳；湖南为熊希龄、张通典；湖北为黄侃；安徽为汪德渊、程承泽；四川为黄云鹏、贺孝齐；其他江西、广西、云南、广东、甘肃、贵州等省，各一名或二名不等。大会还一致决定，在各省设立分会。中华民国联合会总部设于上海，分设总务、文牍、交际、会计四个科，各科主任干事分别为孟森、王伯群、王绍鏊、张弧，俱由会长指名任命。总会还另设“特务干事”若干名，“由参议会公推名望最著者任之，以维持会务，并力图发展”。首批被推举的就有张謇、赵凤昌、叶楚伧、庄蕴宽等四人。据章太炎自己的说明，“特务干事，即领袖之异名，国有大疑，即当咨访”。由此，中华民国联合会便成了武昌起义以来新建立的第一个全国性的政治团体。
在《大共和日报》的发刊辞和在中华民国联合会成立大会上发表的长篇演说中，章太炎比较系统地阐述了他关于立国的具体设想和建国的主要要求。
首先，关于国家体制问题，章太炎反对仿行美国式的联邦制。他指出：“盖美之各州，本殖民地，各有特权，与吾各省之为行政区划、统一已久者不同，故绝不能破坏统一，而效美之分离。至所谓独立者，对于满廷而言，非对于新建之民国也。”他倾向于仿行法国式的体制，说：“君主世及之制既亡，大总统遂为相争之的。不速限制，又与专制不殊。惟有取则法人，使首辅秉权，而大总统处于空虚不用之地。”这就是实行内阁制，而不是实行总统制。但是，他看到，全盘照搬法国体制，也不能解决中国所有实际问题：“今日人情偏党，省界亦深，政党未成，一人秉钧，其乡人又连茄而至。草创之初，诚无善术矣。法美两制，皆不适于中区。”为此，他提出，要“因地制宜，不尚虚美，非欲尽效法兰西、美利坚之治也。……民主立宪起于法，昌于美。中国当继起为第三种，宁能一意刻画、施不可行之术于域中耶？”
第二，关于政权的构成或政权的具体形式问题，章太炎基本上坚持了先前在《代议然否论》中所提出的主张。他于立法、司法、行政三权分立之外，又着重阐述了教育与纠察二权独立的必要性，一再说明：“三权分立之说，现今颇成为各国定制。然吾国于三权而外，并应将教育、纠察二权独立。盖教育与他之行政关系甚少，且教育宗旨定后，不宜常变，而任教授者，又须专门学识，故不应随内阁为进退。纠察院自大总统、议院以至齐民，皆能弹劾，故不宜任大总统随意更换。”在给临时大总统孙中山的一封信中，他特别论述了尊重纠察权独立的重要性：“私衷过虑，以为天下恒少善人，况承满政府腐败之余，贪墨生心，奸欺得志，非督以威刑，格以绳墨，旧染将不可涤除。独于执事尊重纠察一事，有所采择，亦以救弊宜然耳。”在纠察院建立起来以前，应当特别重视发挥报章在这一方面的作用：“报章之作，所以上通国政，旁达民情，有所弹正，比于工商传言。粤当扰攘之世，法律未颁，议员未选，托之空言，亦以救世。是故不侮鳏寡，不畏强御，是新闻记者之职也。……诸新闻记者，其当不务谄媚，不造夸辞，正色端容，以存天下之直道。”
第三，关于立法的原则和立法的工作。章太炎在论述新政权的立法工作时，主张必须考虑到中国的实际情况。他说：“中国本因旧之国，非新辟之国。其良法美俗应保存者，则存留之，不能事事更张也。盖中国与美绝不同，美为新建之国，其所设施，皆可意造，较中国易，无习惯为之拘束也。与法亦悬殊，法系破败之国，推翻一切，而中国则不然，如悉与习惯相反，必不能行。”他又说：“夫推舟于陆，行周于鲁，世知其不能也。政治、法律皆依习惯而成，是以圣人辅万物之自然而不敢为。其要在去甚，去奢，去泰。若横取他国已行之法，强施此土，斯非大愚不灵者弗为。”在这些论说中，章太炎触及了法的基础这样一个根本性的问题。他看到了，法决不是凭借某些个人的意志和灵感就能确定并为社会所接受的。“政治、法律皆依习惯而成”，“辅万物之自然而不敢为”，都突出了法的基础是不依个人的意志为转移的那些自然形成的现实生活秩序。鼎革之际，立法是非常必要的，“去甚，去奢，去泰”，即适应现实生活的变化，对法不断进行调整，使之更能体现人们的所谓共同利益，在章太炎看来，是新政权立法所应遵循的正确方针。所以，他主张首先重视对国势民俗的综合考察与了解，并以此作为立法的基础。为此，他专门写了一篇《先综核后统一论》，说：“往者清政府诸议官，不审民情，徒鉴往律之弊，而勿能斟酌国俗，贸然取则日本，上晞唐律，作新刑律以更旧制，终于为世酿嘲，斯武断之罪也。……夫诚欲统一者，不在悬拟一法，而在周知民俗，辅其自然，故其事必从综核起。”特别是“赋税之则，刑律之条”，章太炎以为，“其事细如牛毛，其乱棼如讨羽，顺而理之，后或可以渐革。逆而施之，在今日已跋踬不行矣。”为此，他建议：“政府当遣十数大使于各省，分科巡视，知其政俗，以告执政，以周知天下之故。”
第四，关于新政权所应实施的经济政策。在中华民国联合会成立大会上，章太炎就此专门阐述了自己的观点。他说：
近来对于民生问题，颇有主张纯粹社会主义者。在欧洲程度已高之国，尚不适用，何况中国？惟国家社会主义，仍应仿行。其法如何？
（一）限制田产。然不能虚设定数，俟查明现有田产之最高额者，即举此为限。
（二）行累进税，对于农、工、商业皆然。
（三）认遗产相续税。凡家主没后，所遗财产与其子弟者，当依其所遗之数抽税。
至若土地国有，夺富者之田以与贫民，则大悖乎理。照田价而悉由国家买收，则又无此款，故绝对难行。如共产主义之限制军备，只可就兵力已充之国言之，而非适用于今日之中国也。若财政问题，现时只宜整理，不应增加。厘正漏规而搜括中饱，改正税则而平均负担，国家收入自必倍增于前日。然富国必先足民，国民经济应为发展，金融机关宜求整理，则统一币制、设立国家银行，实为今日不可缓之事也。
比之《民报》时期倡导的“均配土田”，章太炎这时在土地问题上显然后退了一大步。但就他这时整个经济主张而言，所谓仿行“国家社会主义”，所谓“厘正漏规”和“改正税则”，所谓发展“国民经济”、整理“金融机关”、“统一币制，设立国家银行”等等，毫无疑问，仍是要求在新政权建立以后推行一条积极发展实业的路线。
章太炎这一时期的言论和主张遭到原同盟会许多成员的抨击。孙中山回国后，12月30日，在上海召开了中国同盟会本部临时会议，在沪的各省分会负责人应邀出席了这次会议，章太炎被摒斥于会外。会上通过一份意见书，对章太炎倡言“革命军起，革命党消”进行了猛烈的抨击，说：“吾党偏怯者流，乃唱为‘革命军起，革命党消’之言，公然登诸报纸，至可怪也。此不特不明乎利害之势，于本会所持之主义亦懵之，是儒生阘茸之言，无一粲之值。”孙中山就任临时大总统后，即提出各部部长名单，交各省代表会讨论。原拟宋教仁长内务，章太炎长教育，遭到代表中同盟会一派的反对，经黄兴出面折冲，改任程德全、蔡元培。章太炎于是又被摒斥于临时政府之外。南京临时政府成立后，浙督汤寿潜调任交通总长，所遗浙江都督一职，汤寿潜提议由章太炎或陶成章、陈其美代理。章太炎闻讯，即专电汤寿潜及浙江军政人士，表示自己“天性耿介，唯愿处于民党地位”，而大力推荐陶成章，不料，1月14日，陶成章在上海法租界广慈医院被陈其美遣蒋介石着人刺杀身死。时陶成章“欲以继汤寿潜督浙，与李燮和、林述庆联络一气，左提右挈，而光复会之羽翮张，横绝东南”，而陶一死，“炳麟失其谋主，燮和无与提挈，光复会于是无能为役矣”。
在陶死后，许多地方，都发生了排斥光复会、杀害光复会成员的事件。就中最为突出的，就是广东都督陈炯明命令将在潮汕光复中功勋卓著的光复会成员许雪秋、陈云生、梁金鳌等部民军包围缴械，并将许雪秋、陈云生、陈涌波三人就地枪决。章太炎亲自给孙中山写了一信，要求他出面干预，阻止事态继续向坏的方面发展。信中写道：
自癸甲以来，徐锡麟之杀恩铭，熊成基之袭安庆，皆光复会之旧部人也。近者李燮和攻拔上海，继是复浙江、下金陵，光复会新旧部人皆与有力。虽无赫赫之功，庶可告无罪于天下。……纵令一二首领政见稍殊，胥附群伦，岂应自相残杀？……唯愿力谋调处，驰电传知，庶令海隅苍生，咸得安堵。
同室操戈，使章太炎悲痛。孙中山立即给陈炯明和中国同盟会广东支部发了长篇电文，确认“同盟、光复二会，在昔同为革命党之团体”，强调：“两会欣戴宗国，同仇建虏，非只良友，有如弟昆。纵前兹一二首领政见稍殊，初无关于全体，今兹民国新立，建虏未平，正宜协力同心，以达共同之目的，岂有猜贰而生阋墙？”
孙中山于2月初委任章氏与张静江为总统府枢密顾问。2月7日，章太炎在孙中山所派迎接专使但焘的陪同下抵达南京。据报道，章氏当天即与孙中山相晤，“谈组织政党事，甚欢洽”。据陪同章太炎会见孙中山的王绍鏊回忆，章太炎对孙中山说：“各省虽已先后独立，但同时也形成了各自为政的局面，情况十分复杂，需要有一个联合的组织，把各地的革命力量团结起来，才能对付袁世凯。”
就在章太炎从南京回到上海的时候，南北议和已经进入结束阶段。2月12日，清帝发布了退位诏书；次日，袁世凯致电南京临时政府，承认“共和为最良国体”；同一天，孙中山咨文向参议院辞去临时大总统职务，并推荐袁世凯继任。为了便于制约袁世凯，孙中山、黄兴都力主建都南京，迫令袁世凯南下就职。章太炎起初对南北议和并不热心。岑春煊对章太炎说过：“在清宜死社稷，在南宜北伐，无议和理。”章太炎“颇是之”。正是基于这样一种态度，对于南北议和中种种交涉，他几乎全未置喙。然而，面对光复会受到摧残、排挤的严酷事实，他对南京临时政府渐渐失去了信任；边警告急，沙皇俄国乘机在外蒙策划“独立”，在内蒙与新疆制造混乱，日本与其他列强也在不断施展阴谋，使他对南京临时政府政令不出石头城的软弱无力、无所作为状态日益不满，转而寄希望于袁世凯，以为南北议和成功，将可早日结束南北分裂局面，稳定国内，共同对付外来侵略势力。这就是他所自述的：“以南府昏缪，自翦羽翼，不任燮伐，假手袁氏，势自然也。”在述及对袁世凯的看法时，他特别强调说：“夫国人所以推袁项城者，岂以为空前绝后之英乎？亦曰国家多难，强敌乘之，非一时之雄骏，弗能安耳。”建都何处最为合适，返国以后，章太炎变动了好几次。起初，南北对峙，他急于推动已经独立的各省早日建成统一的中央政权，力主建都于首义之区武昌；南北议和期间，袁世凯态度尚捉摸不定之时，他曾设想建都于中原平陆“邺洛之间”，“庶几控制北维，不忧疏逖”。这时，外患日亟，清廷在北方又仍保留相当势力，而袁世凯又信誓旦旦忠于共和，“永不使君主政体再行于中国”，章太炎便建议仍然建都于北京。
2月14日，南京参议院就国都问题进行投票，主张北京者二十票，主张南京者五票，主张武昌者二票，主张天津者一票。2月15日，由于孙中山坚持，南京参议院就国都问题复议，结果，主南京者改为十九票，主北京者六票。就建都而发生的这场争论，使章太炎在一部分同盟会员中更成了大逆不道的异端或叛逆者。2月15日，南京参议院举行临时大总统选举会，以一致票推选袁世凯为临时大总统，并称誉袁为“中华民国之第一华盛顿”。
在章太炎眼中，袁世凯长期从政，有丰富的处理国务的实际经验，直接掌握着当时中国最大的一支军事力量，他逼使清帝退位，宣布拥护共和，不仅避免了一场内战，遏制了外来军事干涉，而且使真正实现举国统一和共和有了希望。因此，袁世凯继任临时大总统，重新激起了他企图实现统一共和的热情。
为了顺应形势的变化与发展，3月2日，在章太炎主持下，中华民国联合会在江苏教育总会举行了改组大会，正式宣布改组为“统一党”。章太炎解释说：“统一二字，若当国势巩固之后，本无庸说，现在则不得不有所需求。以中国此时南北尚未和合，外藩尚未亲附，政权兵权尚未集中，故宜标示此义。”这就明白宣示，改组中华民国联合会为统一党，目的在于集天下之智勇，聚天下之精材“以使南北和合、外藩亲附、政权兵权集中，以实现真正的统一。《统一党章程》”总纲“第一条开宗明义宣布：本党以统一全国建设，强固中央政府，促进完美共和政治为宗旨。”第二条宣布：本党政纲如左：（一）固结全国领土，厘正行政区域；（二）完成责任内阁制度；（三）融和民族，齐一文化；（四）注重民生，采用社会政策；（五）整顿财政，平均人民负担；（六）整顿金融机关，发达国民经济；（七）振兴陆海军备，提倡征兵制度；（八）普及义务教育，振起专门学术；（九）速成铁路干线，力谋全国交通；（十）厉行移民垦殖事业；（十一）维护国际平和，保全国家权利。“这些政纲勾画出了统一党所追求的”完美之共和政治“的具体形象。章太炎说，统一党”不取急躁，不重保守，稳健为第一义。这一特色在统一党的总纲中得到了清楚的反映。
统一党理事五名，他们是章太炎、张謇、程德全、熊希龄、宋教仁。从统一党的领导层特别是理事与参事的构成来看，则确如章太炎所说，统一党系“集革命、宪政、中立诸党而成”。章太炎说，统一党的组织原则是“无故无新，唯善是与，只求主义不涉危险，立论不近偏枯，行事不趋狂暴，在官不闻贪佞者，皆愿相互提携，研求至当”。“无故无新”，实际上只不过是招徐与容纳宪政、中立诸党人的美言；而“唯善是与”，善的标准当然只是统一党的那些政纲。
章太炎抢先建立了第一个“恃国会为生活者”的政党，目标正是想在“南北混一，区夏镜清”的新形势下，实行共和制下的政党政治。张孝若在回溯他的父亲张謇同章太炎当时的意图时说：“那时候章公炳麟在上海常与我父见面，会商民国成立以后的政治建设，一面谋巩固民主根基，一面谋民权民气在正当的轨道上发扬，尤其着重在政党的建设。认为要促进政治上的演进，政见上的表现，必须有对待的二党在同一国体之下，各自团结，拿政纲、政见互相切磋，互相砥砺，使人民有从违择舍的自由和信从。”章太炎所谋求的，是建立一个与同盟会相对等的政党，以稳健与兼容并包而与同盟会共建两党制的政党政治。
4月9日，章太炎被袁世凯礼聘为总统府高等顾问。4月23日，他在袁世凯所派的专使王赓陪同下，乘轮北上，于27日抵达北京。一介书生，完全不了解政坛行为规则，而又偏偏卷入一场场政争，常常作了别人的工具而不自知。所以，许多人为他惋惜，婉转地劝告他离开政坛继续去做自己的学问。
《民立报》便指出：“太炎素贱视政党议士，至比之干矢鸟粪，今竟甘为抱粪之蜣螂，而作党魁，朝曳据于朱门，夕奔走于豪右，不恤宗国之危亡，而惟党见是争！”以此，《民立报》对“诸夏衰微，学绝道丧，太炎以四百州仅存之硕果，不务兴废继绝，而驰驱于京邑”表示深憾，实际上就是期待章太炎脱离政治旋涡而潜心学术。黄宗仰在《大共和日报》上发表了一封给他的公开信，对他说：“先生曩者戢影东海，著书立说，翕合气类，阐幽发微。洎乎去年返驾沪渎，组织党会！先生十数年来，屏谢室家，清操壁立，坚苦卓绝，一意孤行；又尝精研内典，圆解出世法，期以学之一途熔铸大同主义，始终皦如也。明星泰斗，天下仰之。……窃以为我国今日如河汾教授之宗、雅典学派之脉，非先生无以树绵蕞而振铎当世。”字字句句都是要他珍惜自己昔日的历史与清名，劝告他及早摆脱袁世凯的政治染缸：“北都软红，夙号孽冶。黄海虽浊，尚较专制旧魔窟略可吸收空气！”
章太炎雄心勃勃地建立了统一党，力图以这个党为基础，兼借助于袁世凯的政治经验、军事实力和临时大总统的权力，去实现他的“统一全国建设，强固中央政府，促进完美共和政治”的理想。但他的幻梦并没有延续很久，就被政治现实击得粉碎。
第一个打击，是在张謇主持下，统一党与民社、国民协进会、民国公会等政团合并，组成共和党，5月9日，在上海张园举行成立大会，选举原民社领袖黎元洪为理事长，张謇、章太炎、伍廷芳、那彦图为理事，由张謇代黎元洪行使理事长职权，章太炎实际上已被排斥于领导中枢之外。正如《中国同盟会杂志》在一篇文章中所说：“盖事势至于彼时，有湖北之民社派与南北各处之官僚派，已足以自树一帜，再无利用章氏之必要。”张謇在自己的日记中曾感叹：“连接章函电，槎枒特甚，乃知政治家非文章士所得充。”不懂政治手腕，书生气十足，这当是他们决意撇开章太炎的一个基本原因。章太炎不愿意做个傀儡，宣布辞去共和党理事之职。6月5日，他在北京主持原统一党党员特别大会，决议从共和党中重新独立出来，并被推选为统一党总理。但这时北京本部实际上为王赓所控制，其他地方如山东、江西统一党支部坚持独立，与共和党发展到“以白刃相见”，四川统一党支部则“与演进、政济、民社三党并合”。章太炎终于发现，统一党也好，共和党也好，其他党也好，“若者健稳，若者暴乱，徒有议论形式之殊，及其偕在议院，胡越同舟，无非以善腾口舌为名高，妄扩院权为奉职，奔走运动为真才，斯皆人民之蠡蠹，政治之批稗。长此不息，游民愈多，国是愈坏。”为此，他断言：“中国之有政党害有百端，利无毛末。”并宣布退出统一党。时正值内阁总理唐绍仪因与袁世凯不合拂袖出京，各党纷纷推举总理，章太炎发表了《内阁进退论》，断言：“吾意政党内阁，在今日有百害而无一利；两党交构，亦有轧轹之忧。”以此，他倡议“建无党总理”，说“各部总长虽数党杂糅也，调和于无党总理之下，则意见销而事举”。9月5日，章太炎出席了孙中山在京举行的茶话会，在会上发表了演说，要求袁世凯、黎元洪、孙中山三人都超然于所有党派之外：“鄙意以为袁、黎、孙三公皆无须立党，行事而当，发言而正，人心助顺，是四万万人皆其党，又安用私党耶？”这一建议正表明，章太炎政治上是如何幼稚，但政党政治的幻灭，在这里也充分显示出来。
上海革命党人11月3日发动起义，7日建立上海军政府。章太炎一听到上海光复的消息，就带了十多名青年学子乘火车离开东京，11月11日上午10时在神户乘轮船离开了他已旅居了5年零4个月的日本。
11月15日，章太炎回到上海。16日《民立报》发表《欢迎鼓吹革命之文豪》，说：“章太炎，中国近代之大文豪，而亦革命家之巨子也。……今章太炎已回国返沪矣，记者谨述数语以表欢迎之忱，惟望我同胞奉之为新中国之卢骚。”这时，已有十四省相继宣布“独立”。清廷为了扑灭革命，起用了袁世凯。可是，起义各省互不统属，各自为政。怎样将革命力量和一切可以争取的力量联合起来，共同推进革命形势，以推翻清王朝，建立中华共和制度，这是放在革命党人面前的中心问题，也是章太炎所面临的最大问题。
首要的任务是促进起义各省联合为一体。章太炎想利用自己的社会地位与影响，“任调人之职，为联合之谋”。第一步，是他说服了吴淞都督李燮和放弃都督称号，奉苏州军政府都督、原江苏巡抚程德全为江苏全省军政府都督，以推动结束江苏一省五都督的局面。接着，他在积极支持攻克南京、出兵援鄂的同时，发起组织中华民国联合会，企图以此推动各地区、各派系的联合，为中华民国的建立提供组织基础。
11月20日，章太炎与程德全联名在上海《时报》上发表了《为统一意见发起中华民国全国联合会宣言》，说：“当困居专制政体之下，其功在于破坏；而在今日已脱离旧政府之羁绊，所重尤在建设。”鉴于“吾国疆宇广阔，交通素未便利，各省语言不同，习尚互异，声气既多隔阂，心志间有未齐”，故“拟发起中华民国联合大会，附设言论机关，集合各省宏通达识之士，公同研究共和联邦政治与今时适用问题，发挥刊布，期以整一宗旨；并调查各省独立团体之情况，而监察其行为，庶以扶助共和政府之完全成立，而保亚洲和平之大局”。同一天，他们还通电各地军政府及各独立团体，要求各地“公选驻省干事员四人”，以便专门联络通信。
12月14日，章太炎手定的《中华民国联合会章程》在《民立报》与《时报》等上海大报上同时刊布，规定该会“为联合全国一致进行起见，定名为中华民国联合会”，“以联合全国，扶助完全共和政府之成立为宗旨”。该会设正会长一人，副会长一人，驻会干事每省一人，驻省干事每省四人，参议员每省二人，由驻会干部组成总务、会计、书记、交际、调查五科，分科办事。章程规定该会事务主要为四个方面：一、“对于各独立团体，如有妨碍共和之进行者，应联络各团体设法纠正之”；二、“对于中央政府及各都督府，凡关于充实兵力之事，应尽力协助之”；三、“对于政治、外交问题，得开会研究，条陈意见于政府”；四、“设《大共和报》为发表言论机关”。在这个章程上签名的首先是章太炎，以下为程德全、赵凤昌、张謇、唐文治、陈三立、黄云鹏、应德闳等人。
中华民国联合会的酝酿与筹备过程，实际上就是光复会与中部同盟会等不同革命团体以及转向革命营垒的原立宪派人士逐步联合的过程。要不要联合已经投身光复、赞成共和的原立宪派人士，当时意见并不统一，章太炎为此在给张继、于右任的一封信中曾说：“资政院、谘议局人，不可称立宪党，立宪党亦与保皇党殊。……立宪党者，其间亦玉石不齐，与革命党相类。若夫愤国权之沦丧，哀行政之苛残，屈于满洲帝制之下，而不得不以君主立宪为名者，盖三分居二焉。今者民国成立，名分已移，安有屈强不悟，以崇戴大事为表帜者哉？”谈到自己对于原立宪党人的态度时，他说：“曩日所以力排二党者，虑其为建虏用耳。今者孱胡已去，天下为公，虽无公旦之贤，握发吐哺，期于招延彦圣。若夫怀媢嫉之心，挟阴私之计，宁使人材蛰伏，邦国殄瘁，而必不可使一党居于势要者，非独仆所不为，亦愿诸君与同盟人深戒之也。”正是基于这一认识，章太炎视他们为建立共和所应联合的一支重要的社会政治力量。
从一开始筹建临时中央政府起，就出现了分歧。武昌作为首义地区，成了一个中心；而上海，作为江浙一带人文荟萃之区，中部同盟会基地，南北东西交通枢纽，成了又一个中心。11月20日，在上海召开的各省都督府代表联合会议决定承认武昌鄂军都督府为中华民国中央军政府，但坚持代表联合会议仍然继续留驻上海，使中央政府事实上二元化。上海方面的态度，出于对黎元洪的不信任，对原湖北谘议局的不信任，以及对原文学社、共进会成员的不信任，希望将中央政府的实际权力控制在自己手中。陈其美、程德全、汤寿潜乃至张謇等人当时在这个问题上采取了基本一致的立场。这些做法，延缓了统一的中央政权建立的时机，使已经光复的各省无法集中他们的力量同袁世凯相抗。
章太炎一回国，就主张“应承认武昌为临时政府”。在其后十多天中，他又反复强调：“方今惟望早建政府，速推首领，则内部减一日之棼乱，外人少一日之觊觎。”为了尽速组成中央政府，他建议由黎元洪、黄兴为元帅、副元帅，“由首领委任内阁总理，总理组织内阁各部”。他并推举由宋教仁出任内阁总理，由汤寿潜、蔡元培、张謇、伍廷芳分掌邮传、学部、财政、外交。他希望按照这一方案，组成既以革命党人为核心、又能团结各派力量的中央政权。当各省代表会议在汉口召开后，12月2日，他又打电报给新当选的代表会议议长谭人凤，说：“革命军起，革命党消，天下为公，乃克有济。今读来电，以革命党人召集革命党人，是欲以一党组织政府。若守此见，人心解体矣。诸君能战即战，不能战，弗以党见破坏大局。”在他看来，同盟会也好，光复会也好，原先都是处在秘密状态的、人数相当有限的革命团体，他们在武昌起义以来的革命发展过程中，起了领导与核心作用，但是，仅仅凭借他们自身的力量，或者用立即扩大组织，将赞成革命与共和的人全部拉入革命党内的办法，造成“以一党组织政府”的局面，并不符合当时各派力量配置的实际状况，也不利于促进各派力量的团结与合作，不利于中央政府的早日组成。章太炎的这封电报，要求突破同盟会、光复会原先适应秘密活动而形成的必要限界，广泛地联合革命军大纛下的各派力量，组成统一政府，反映了他希望实现革命军大联合、及早建成统一的中央政权以与清廷及袁世凯相抗的强烈愿望。但是，他的这封电报，非但没有促进革命军各派力量的真正统一，反而在革命党人内部增加了思想混乱，围绕着对待革命党、原立宪派应当采取什么态度这个问题，发生了激烈的纷争与冲突。
12月2日，章太炎应邀与黄兴、宋教仁、陈其美、程德全、汤寿潜共商临时政府组建问题。在会上，黄兴力主设于南京，章太炎坚持“以武昌为都城，以金陵为陪都”。攻占南京的捷报，武昌吃紧的消息，使主张定都南京的意见一下子占了上风。12月4日，苏、浙、沪三都督邀集各省留沪代表紧急会议，要求定南京为临时政府所在地，推举黄兴为大元帅。章太炎提议推举黎元洪为副元帅，为会议所通过。
1911年12月25日，从海外归来的孙中山乘轮船到达上海，受到各界人士的盛大欢迎。组建临时中央政府的工作，加紧进行起来。
就在临时政府正式成立的日子里，章太炎为了实现他联合各派力量、建立共和政府的计划，加紧进行了活动。1912年1月4日，《大共和日报》创刊，章太炎作为报社社长为它写了发刊辞，说：“风听胪言，高位之所有事；直言无忌，国民之所自靖。日报发刊，大义在兹。箴当世之痈疣，谋未来之缮卫，能为诤友，不能为佞人也。”表明了为建立共和、新创民国勇于建言的立场。这一天下午，中华民国联合会在上海江苏教育总会召开成立大会，正式宣布成立。到会者两百多人。投票选举结果，章太炎得一百二十六票，当选为会长；程德全得八十一票，当选为副会长。继由各省会员互选参议员，结果，江苏为唐文治、张謇；浙江为蔡元培、应德闳；湖南为熊希龄、张通典；湖北为黄侃；安徽为汪德渊、程承泽；四川为黄云鹏、贺孝齐；其他江西、广西、云南、广东、甘肃、贵州等省，各一名或二名不等。大会还一致决定，在各省设立分会。中华民国联合会总部设于上海，分设总务、文牍、交际、会计四个科，各科主任干事分别为孟森、王伯群、王绍鏊、张弧，俱由会长指名任命。总会还另设“特务干事”若干名，“由参议会公推名望最著者任之，以维持会务，并力图发展”。首批被推举的就有张謇、赵凤昌、叶楚伧、庄蕴宽等四人。据章太炎自己的说明，“特务干事，即领袖之异名，国有大疑，即当咨访”。由此，中华民国联合会便成了武昌起义以来新建立的第一个全国性的政治团体。
在《大共和日报》的发刊辞和在中华民国联合会成立大会上发表的长篇演说中，章太炎比较系统地阐述了他关于立国的具体设想和建国的主要要求。
首先，关于国家体制问题，章太炎反对仿行美国式的联邦制。他指出：“盖美之各州，本殖民地，各有特权，与吾各省之为行政区划、统一已久者不同，故绝不能破坏统一，而效美之分离。至所谓独立者，对于满廷而言，非对于新建之民国也。”他倾向于仿行法国式的体制，说：“君主世及之制既亡，大总统遂为相争之的。不速限制，又与专制不殊。惟有取则法人，使首辅秉权，而大总统处于空虚不用之地。”这就是实行内阁制，而不是实行总统制。但是，他看到，全盘照搬法国体制，也不能解决中国所有实际问题：“今日人情偏党，省界亦深，政党未成，一人秉钧，其乡人又连茄而至。草创之初，诚无善术矣。法美两制，皆不适于中区。”为此，他提出，要“因地制宜，不尚虚美，非欲尽效法兰西、美利坚之治也。……民主立宪起于法，昌于美。中国当继起为第三种，宁能一意刻画、施不可行之术于域中耶？”
第二，关于政权的构成或政权的具体形式问题，章太炎基本上坚持了先前在《代议然否论》中所提出的主张。他于立法、司法、行政三权分立之外，又着重阐述了教育与纠察二权独立的必要性，一再说明：“三权分立之说，现今颇成为各国定制。然吾国于三权而外，并应将教育、纠察二权独立。盖教育与他之行政关系甚少，且教育宗旨定后，不宜常变，而任教授者，又须专门学识，故不应随内阁为进退。纠察院自大总统、议院以至齐民，皆能弹劾，故不宜任大总统随意更换。”在给临时大总统孙中山的一封信中，他特别论述了尊重纠察权独立的重要性：“私衷过虑，以为天下恒少善人，况承满政府腐败之余，贪墨生心，奸欺得志，非督以威刑，格以绳墨，旧染将不可涤除。独于执事尊重纠察一事，有所采择，亦以救弊宜然耳。”在纠察院建立起来以前，应当特别重视发挥报章在这一方面的作用：“报章之作，所以上通国政，旁达民情，有所弹正，比于工商传言。粤当扰攘之世，法律未颁，议员未选，托之空言，亦以救世。是故不侮鳏寡，不畏强御，是新闻记者之职也。……诸新闻记者，其当不务谄媚，不造夸辞，正色端容，以存天下之直道。”
第三，关于立法的原则和立法的工作。章太炎在论述新政权的立法工作时，主张必须考虑到中国的实际情况。他说：“中国本因旧之国，非新辟之国。其良法美俗应保存者，则存留之，不能事事更张也。盖中国与美绝不同，美为新建之国，其所设施，皆可意造，较中国易，无习惯为之拘束也。与法亦悬殊，法系破败之国，推翻一切，而中国则不然，如悉与习惯相反，必不能行。”他又说：“夫推舟于陆，行周于鲁，世知其不能也。政治、法律皆依习惯而成，是以圣人辅万物之自然而不敢为。其要在去甚，去奢，去泰。若横取他国已行之法，强施此土，斯非大愚不灵者弗为。”在这些论说中，章太炎触及了法的基础这样一个根本性的问题。他看到了，法决不是凭借某些个人的意志和灵感就能确定并为社会所接受的。“政治、法律皆依习惯而成”，“辅万物之自然而不敢为”，都突出了法的基础是不依个人的意志为转移的那些自然形成的现实生活秩序。鼎革之际，立法是非常必要的，“去甚，去奢，去泰”，即适应现实生活的变化，对法不断进行调整，使之更能体现人们的所谓共同利益，在章太炎看来，是新政权立法所应遵循的正确方针。所以，他主张首先重视对国势民俗的综合考察与了解，并以此作为立法的基础。为此，他专门写了一篇《先综核后统一论》，说：“往者清政府诸议官，不审民情，徒鉴往律之弊，而勿能斟酌国俗，贸然取则日本，上晞唐律，作新刑律以更旧制，终于为世酿嘲，斯武断之罪也。……夫诚欲统一者，不在悬拟一法，而在周知民俗，辅其自然，故其事必从综核起。”特别是“赋税之则，刑律之条”，章太炎以为，“其事细如牛毛，其乱棼如讨羽，顺而理之，后或可以渐革。逆而施之，在今日已跋踬不行矣。”为此，他建议：“政府当遣十数大使于各省，分科巡视，知其政俗，以告执政，以周知天下之故。”
第四，关于新政权所应实施的经济政策。在中华民国联合会成立大会上，章太炎就此专门阐述了自己的观点。他说：
近来对于民生问题，颇有主张纯粹社会主义者。在欧洲程度已高之国，尚不适用，何况中国？惟国家社会主义，仍应仿行。其法如何？
（一）限制田产。然不能虚设定数，俟查明现有田产之最高额者，即举此为限。
（二）行累进税，对于农、工、商业皆然。
（三）认遗产相续税。凡家主没后，所遗财产与其子弟者，当依其所遗之数抽税。
至若土地国有，夺富者之田以与贫民，则大悖乎理。照田价而悉由国家买收，则又无此款，故绝对难行。如共产主义之限制军备，只可就兵力已充之国言之，而非适用于今日之中国也。若财政问题，现时只宜整理，不应增加。厘正漏规而搜括中饱，改正税则而平均负担，国家收入自必倍增于前日。然富国必先足民，国民经济应为发展，金融机关宜求整理，则统一币制、设立国家银行，实为今日不可缓之事也。
比之《民报》时期倡导的“均配土田”，章太炎这时在土地问题上显然后退了一大步。但就他这时整个经济主张而言，所谓仿行“国家社会主义”，所谓“厘正漏规”和“改正税则”，所谓发展“国民经济”、整理“金融机关”、“统一币制，设立国家银行”等等，毫无疑问，仍是要求在新政权建立以后推行一条积极发展实业的路线。
章太炎这一时期的言论和主张遭到原同盟会许多成员的抨击。孙中山回国后，12月30日，在上海召开了中国同盟会本部临时会议，在沪的各省分会负责人应邀出席了这次会议，章太炎被摒斥于会外。会上通过一份意见书，对章太炎倡言“革命军起，革命党消”进行了猛烈的抨击，说：“吾党偏怯者流，乃唱为‘革命军起，革命党消’之言，公然登诸报纸，至可怪也。此不特不明乎利害之势，于本会所持之主义亦懵之，是儒生阘茸之言，无一粲之值。”孙中山就任临时大总统后，即提出各部部长名单，交各省代表会讨论。原拟宋教仁长内务，章太炎长教育，遭到代表中同盟会一派的反对，经黄兴出面折冲，改任程德全、蔡元培。章太炎于是又被摒斥于临时政府之外。南京临时政府成立后，浙督汤寿潜调任交通总长，所遗浙江都督一职，汤寿潜提议由章太炎或陶成章、陈其美代理。章太炎闻讯，即专电汤寿潜及浙江军政人士，表示自己“天性耿介，唯愿处于民党地位”，而大力推荐陶成章，不料，1月14日，陶成章在上海法租界广慈医院被陈其美遣蒋介石着人刺杀身死。时陶成章“欲以继汤寿潜督浙，与李燮和、林述庆联络一气，左提右挈，而光复会之羽翮张，横绝东南”，而陶一死，“炳麟失其谋主，燮和无与提挈，光复会于是无能为役矣”。
在陶死后，许多地方，都发生了排斥光复会、杀害光复会成员的事件。就中最为突出的，就是广东都督陈炯明命令将在潮汕光复中功勋卓著的光复会成员许雪秋、陈云生、梁金鳌等部民军包围缴械，并将许雪秋、陈云生、陈涌波三人就地枪决。章太炎亲自给孙中山写了一信，要求他出面干预，阻止事态继续向坏的方面发展。信中写道：
自癸甲以来，徐锡麟之杀恩铭，熊成基之袭安庆，皆光复会之旧部人也。近者李燮和攻拔上海，继是复浙江、下金陵，光复会新旧部人皆与有力。虽无赫赫之功，庶可告无罪于天下。……纵令一二首领政见稍殊，胥附群伦，岂应自相残杀？……唯愿力谋调处，驰电传知，庶令海隅苍生，咸得安堵。
同室操戈，使章太炎悲痛。孙中山立即给陈炯明和中国同盟会广东支部发了长篇电文，确认“同盟、光复二会，在昔同为革命党之团体”，强调：“两会欣戴宗国，同仇建虏，非只良友，有如弟昆。纵前兹一二首领政见稍殊，初无关于全体，今兹民国新立，建虏未平，正宜协力同心，以达共同之目的，岂有猜贰而生阋墙？”
孙中山于2月初委任章氏与张静江为总统府枢密顾问。2月7日，章太炎在孙中山所派迎接专使但焘的陪同下抵达南京。据报道，章氏当天即与孙中山相晤，“谈组织政党事，甚欢洽”。据陪同章太炎会见孙中山的王绍鏊回忆，章太炎对孙中山说：“各省虽已先后独立，但同时也形成了各自为政的局面，情况十分复杂，需要有一个联合的组织，把各地的革命力量团结起来，才能对付袁世凯。”
就在章太炎从南京回到上海的时候，南北议和已经进入结束阶段。2月12日，清帝发布了退位诏书；次日，袁世凯致电南京临时政府，承认“共和为最良国体”；同一天，孙中山咨文向参议院辞去临时大总统职务，并推荐袁世凯继任。为了便于制约袁世凯，孙中山、黄兴都力主建都南京，迫令袁世凯南下就职。章太炎起初对南北议和并不热心。岑春煊对章太炎说过：“在清宜死社稷，在南宜北伐，无议和理。”章太炎“颇是之”。正是基于这样一种态度，对于南北议和中种种交涉，他几乎全未置喙。然而，面对光复会受到摧残、排挤的严酷事实，他对南京临时政府渐渐失去了信任；边警告急，沙皇俄国乘机在外蒙策划“独立”，在内蒙与新疆制造混乱，日本与其他列强也在不断施展阴谋，使他对南京临时政府政令不出石头城的软弱无力、无所作为状态日益不满，转而寄希望于袁世凯，以为南北议和成功，将可早日结束南北分裂局面，稳定国内，共同对付外来侵略势力。这就是他所自述的：“以南府昏缪，自翦羽翼，不任燮伐，假手袁氏，势自然也。”在述及对袁世凯的看法时，他特别强调说：“夫国人所以推袁项城者，岂以为空前绝后之英乎？亦曰国家多难，强敌乘之，非一时之雄骏，弗能安耳。”建都何处最为合适，返国以后，章太炎变动了好几次。起初，南北对峙，他急于推动已经独立的各省早日建成统一的中央政权，力主建都于首义之区武昌；南北议和期间，袁世凯态度尚捉摸不定之时，他曾设想建都于中原平陆“邺洛之间”，“庶几控制北维，不忧疏逖”。这时，外患日亟，清廷在北方又仍保留相当势力，而袁世凯又信誓旦旦忠于共和，“永不使君主政体再行于中国”，章太炎便建议仍然建都于北京。
2月14日，南京参议院就国都问题进行投票，主张北京者二十票，主张南京者五票，主张武昌者二票，主张天津者一票。2月15日，由于孙中山坚持，南京参议院就国都问题复议，结果，主南京者改为十九票，主北京者六票。就建都而发生的这场争论，使章太炎在一部分同盟会员中更成了大逆不道的异端或叛逆者。2月15日，南京参议院举行临时大总统选举会，以一致票推选袁世凯为临时大总统，并称誉袁为“中华民国之第一华盛顿”。
在章太炎眼中，袁世凯长期从政，有丰富的处理国务的实际经验，直接掌握着当时中国最大的一支军事力量，他逼使清帝退位，宣布拥护共和，不仅避免了一场内战，遏制了外来军事干涉，而且使真正实现举国统一和共和有了希望。因此，袁世凯继任临时大总统，重新激起了他企图实现统一共和的热情。
为了顺应形势的变化与发展，3月2日，在章太炎主持下，中华民国联合会在江苏教育总会举行了改组大会，正式宣布改组为“统一党”。章太炎解释说：“统一二字，若当国势巩固之后，本无庸说，现在则不得不有所需求。以中国此时南北尚未和合，外藩尚未亲附，政权兵权尚未集中，故宜标示此义。”这就明白宣示，改组中华民国联合会为统一党，目的在于集天下之智勇，聚天下之精材“以使南北和合、外藩亲附、政权兵权集中，以实现真正的统一。《统一党章程》”总纲“第一条开宗明义宣布：本党以统一全国建设，强固中央政府，促进完美共和政治为宗旨。”第二条宣布：本党政纲如左：（一）固结全国领土，厘正行政区域；（二）完成责任内阁制度；（三）融和民族，齐一文化；（四）注重民生，采用社会政策；（五）整顿财政，平均人民负担；（六）整顿金融机关，发达国民经济；（七）振兴陆海军备，提倡征兵制度；（八）普及义务教育，振起专门学术；（九）速成铁路干线，力谋全国交通；（十）厉行移民垦殖事业；（十一）维护国际平和，保全国家权利。“这些政纲勾画出了统一党所追求的”完美之共和政治“的具体形象。章太炎说，统一党”不取急躁，不重保守，稳健为第一义。这一特色在统一党的总纲中得到了清楚的反映。
统一党理事五名，他们是章太炎、张謇、程德全、熊希龄、宋教仁。从统一党的领导层特别是理事与参事的构成来看，则确如章太炎所说，统一党系“集革命、宪政、中立诸党而成”。章太炎说，统一党的组织原则是“无故无新，唯善是与，只求主义不涉危险，立论不近偏枯，行事不趋狂暴，在官不闻贪佞者，皆愿相互提携，研求至当”。“无故无新”，实际上只不过是招徐与容纳宪政、中立诸党人的美言；而“唯善是与”，善的标准当然只是统一党的那些政纲。
章太炎抢先建立了第一个“恃国会为生活者”的政党，目标正是想在“南北混一，区夏镜清”的新形势下，实行共和制下的政党政治。张孝若在回溯他的父亲张謇同章太炎当时的意图时说：“那时候章公炳麟在上海常与我父见面，会商民国成立以后的政治建设，一面谋巩固民主根基，一面谋民权民气在正当的轨道上发扬，尤其着重在政党的建设。认为要促进政治上的演进，政见上的表现，必须有对待的二党在同一国体之下，各自团结，拿政纲、政见互相切磋，互相砥砺，使人民有从违择舍的自由和信从。”章太炎所谋求的，是建立一个与同盟会相对等的政党，以稳健与兼容并包而与同盟会共建两党制的政党政治。
4月9日，章太炎被袁世凯礼聘为总统府高等顾问。4月23日，他在袁世凯所派的专使王赓陪同下，乘轮北上，于27日抵达北京。一介书生，完全不了解政坛行为规则，而又偏偏卷入一场场政争，常常作了别人的工具而不自知。所以，许多人为他惋惜，婉转地劝告他离开政坛继续去做自己的学问。
《民立报》便指出：“太炎素贱视政党议士，至比之干矢鸟粪，今竟甘为抱粪之蜣螂，而作党魁，朝曳据于朱门，夕奔走于豪右，不恤宗国之危亡，而惟党见是争！”以此，《民立报》对“诸夏衰微，学绝道丧，太炎以四百州仅存之硕果，不务兴废继绝，而驰驱于京邑”表示深憾，实际上就是期待章太炎脱离政治旋涡而潜心学术。黄宗仰在《大共和日报》上发表了一封给他的公开信，对他说：“先生曩者戢影东海，著书立说，翕合气类，阐幽发微。洎乎去年返驾沪渎，组织党会！先生十数年来，屏谢室家，清操壁立，坚苦卓绝，一意孤行；又尝精研内典，圆解出世法，期以学之一途熔铸大同主义，始终皦如也。明星泰斗，天下仰之。……窃以为我国今日如河汾教授之宗、雅典学派之脉，非先生无以树绵蕞而振铎当世。”字字句句都是要他珍惜自己昔日的历史与清名，劝告他及早摆脱袁世凯的政治染缸：“北都软红，夙号孽冶。黄海虽浊，尚较专制旧魔窟略可吸收空气！”
章太炎雄心勃勃地建立了统一党，力图以这个党为基础，兼借助于袁世凯的政治经验、军事实力和临时大总统的权力，去实现他的“统一全国建设，强固中央政府，促进完美共和政治”的理想。但他的幻梦并没有延续很久，就被政治现实击得粉碎。
第一个打击，是在张謇主持下，统一党与民社、国民协进会、民国公会等政团合并，组成共和党，5月9日，在上海张园举行成立大会，选举原民社领袖黎元洪为理事长，张謇、章太炎、伍廷芳、那彦图为理事，由张謇代黎元洪行使理事长职权，章太炎实际上已被排斥于领导中枢之外。正如《中国同盟会杂志》在一篇文章中所说：“盖事势至于彼时，有湖北之民社派与南北各处之官僚派，已足以自树一帜，再无利用章氏之必要。”张謇在自己的日记中曾感叹：“连接章函电，槎枒特甚，乃知政治家非文章士所得充。”不懂政治手腕，书生气十足，这当是他们决意撇开章太炎的一个基本原因。章太炎不愿意做个傀儡，宣布辞去共和党理事之职。6月5日，他在北京主持原统一党党员特别大会，决议从共和党中重新独立出来，并被推选为统一党总理。但这时北京本部实际上为王赓所控制，其他地方如山东、江西统一党支部坚持独立，与共和党发展到“以白刃相见”，四川统一党支部则“与演进、政济、民社三党并合”。章太炎终于发现，统一党也好，共和党也好，其他党也好，“若者健稳，若者暴乱，徒有议论形式之殊，及其偕在议院，胡越同舟，无非以善腾口舌为名高，妄扩院权为奉职，奔走运动为真才，斯皆人民之蠡蠹，政治之批稗。长此不息，游民愈多，国是愈坏。”为此，他断言：“中国之有政党害有百端，利无毛末。”并宣布退出统一党。时正值内阁总理唐绍仪因与袁世凯不合拂袖出京，各党纷纷推举总理，章太炎发表了《内阁进退论》，断言：“吾意政党内阁，在今日有百害而无一利；两党交构，亦有轧轹之忧。”以此，他倡议“建无党总理”，说“各部总长虽数党杂糅也，调和于无党总理之下，则意见销而事举”。9月5日，章太炎出席了孙中山在京举行的茶话会，在会上发表了演说，要求袁世凯、黎元洪、孙中山三人都超然于所有党派之外：“鄙意以为袁、黎、孙三公皆无须立党，行事而当，发言而正，人心助顺，是四万万人皆其党，又安用私党耶？”这一建议正表明，章太炎政治上是如何幼稚，但政党政治的幻灭，在这里也充分显示出来。
