第五节 立教判教
章太炎所致力的，是一场名副其实的哲学革命。然而，章太炎哲学，并没有像康德哲学、黑格尔哲学那样感染一大批人，渗透进许多学科，成为风靡一时的时代思潮，也没有像它们那样经过一代一代的批判与继承延续下去，推向更高的峰巅。章太炎企图从世界观的高度去认识和解决时代、国家、革命所提出的一系列重大而尖锐的问题，但是，时代、国家、革命却几乎没有理睬他这样的努力。这种冷淡，固然由于章太炎的哲学过于晦涩抽象，和当时主要从一些通俗的宣传性读物和引人注目的警句口号中吸取思想材料的读者距离过远；加上他的哲学里许多精粹的思想和真知灼见往往淹没在大量相对主义、悲观主义甚至虚无主义的说教之中，这一调门与当时正需要战鼓雷鸣的革命实践者完全格格不入，激进的战士们对他的哲学便干脆不予置理；然而，更为根本的缘由，还是革命者们和他们的敌人当时都沉浸在政治冲突之中，政治斗争压倒了哲学的深入思考，人们没有时间、精力，也没有兴趣和足够的毅力去考察那些与政治实践看来距离十分遥远的抽象问题，这就是说，当时整个国家与社会的气氛，就缺乏哲学味道。1913年章太炎在北京被袁世凯监禁之后绝食求毙时，曾经悲叹说：“经史小学，传者有人，光昌之期，庶几可待。文章各有造诣，无待传薪，惟示之格律，免入歧途可矣。惟诸子、哲理，恐将成广陵散耳。”理论自身力量的不足，理论实现的困难，使章太炎寄希望于建立新的宗教。
出狱东渡之初，章太炎就提出，要“用宗教发起信心，增进国民的道德”。在现成的各种宗教之中，他所看中的就是佛教，说：“佛教的理论，使上智人不能不信；佛教的戒律，使下愚人不能不信；通彻上下，这是最可用的。”在佛教各种宗派中，他又特别欣赏法相、华严二宗：“这华严宗所说，要在普度众生，头目脑髓，都可施舍与人，在道德上最为有益。这法相宗所说，就是万法惟心，一切有形的色相，无形的法尘，总是幻见幻想，并非实在真有……在哲学上今日也最相宜。要有这种信仰，才得勇猛无畏，众志成城，方可干得事来。”他还将佛教“一切众生，皆是平等”的教义，解释成“佛教最恨君权”，“佛教最重平等，所以妨碍平等的东西，必要除去”，由此断言：“提倡佛教，为社会道德上起见，固是最要；为我们革命军的道德上起见，亦是最要。”不久，他又撰写专论，正式提出了“建立宗教”的口号，并明确提出：“宗教之高下胜劣，不容先论，要以上不失真、下有益于生民之道德为其准的。”
按照所谓“上不失真”的要求，章太炎将历史上的各种宗教分成多神教、一神教、无神教三类。他说，“居今之世，欲建立宗教者，不得于万有之中而横计其一为神，亦不得于万有之上而虚拟其一为神”，只能建立“无神”的宗教。根据这个要求，美洲之摩门、印度之湿婆韦纽、西藏的莲华生教等等固无足论，即是吠陀、基督、天方等教，专奉大梵、耶和瓦、安茶，“以为道祇在是，神祇在是”，犯了同样的“欲取一实以概无量无边之实”的错误，也不合适。唯有佛教，他以为符合无神教的要求。但是，佛教在传布中也夹杂了许多多神教的杂质，以致许多人将佛也看成一种鬼神，所以，他说，必须对佛教诸宗派作出一番选择，最终的结论只能是：“今之立教，惟以自识为宗。”所谓“以自识为宗”，后来又被他概括为“依自不依他”，“自贵其心，不援鬼神”。没有鬼神崇拜而称之为宗教，并明白称之为“无神教”，违背了宗教一词的基本含义。恩格斯在批判19世纪40年代的路易·勃朗派时就说过：“如果无神的宗教可以存在，那末没有哲人之石的炼金术也是可以存在的了。”章太炎也深知此间的矛盾。他写道：“问者曰：立教以惟识为宗，识之识性，即是真如，既无崇拜鬼神之法，则安得称为宗教？”针对这一问题，他回答说：“识性真如，本非可以崇拜。惟一切事端之起，必先有其师，以本师代表其事，而施以殊礼者，宗教而外，所在多有。士人之拜孔子，胥吏之拜萧何，匠人之拜鲁班，衣工之拜轩辕，彼非以求福而事之，又非如神教所崇拜者，本无其物而事之。以为吾之学术出于是人，故不得不加尊礼。此于诸崇拜中最为清净，释教亦尔。”人们尊崇释迦，乃是“尊其为师，非尊其为鬼神。虽非鬼神，而有可以崇拜之道。故于事理皆无所碍。”这里，他努力将宗教哲学化，并使哲学本身融化在宗教中，将对释迦的尊崇与手工业行会工匠对鲁班、轩辕的尊崇等量齐观，表明他图谋建立的宗教，实际上是要借助释迦的历史影响和宗教的形式，使其“以自识为宗”的哲学逐步普及化而已。
特别是要做到“下有益于生民之道德”，章太炎觉得，更非利用宗教这一形式不可。他在谈到哲学、道德与宗教的关系时说：“世间道德，率自宗教引生。彼宗教之卑者，其初虽有僧侣祭司，久则延及平民，而僧侣祭司亦自废绝。则道德普及之世，即宗教消熔之世也。于此有学者出，存其德音，去其神话，而以高尚之理想经纬之以成学说。”而这也就是哲学。他认为，无论是西方，还是中国，宗教、道德与哲学都毫无例外地是这样周而复始地依次演变的。比如，中国的孔、老，希腊的苏格拉底、柏拉图，便都是“以哲学而为宗教之代起者”；其后，孔、老之学“迁为汉儒”，苏氏、柏氏之学“缘生基督”，致使“哲学复成宗教”；再后，西方从培根、笛卡尔等人开始，中国从程、朱、陆、王等人开始，“又复变易旧章，自成哲学”；它们便都是循着这一路线而递次相生的。章太炎说，当下又到了以宗教取代哲学的时代，而此时将兴的宗教，除经由他简择出来的佛教外，则别无其他。
之所以必须采取宗教这一形式，章太炎以为还有一个重要的理由，这就是要使“以惟识立宗”的道德真正普遍化，影响及于一般群众，非保持一批专职的宗教人士为民众作表率不可。他写道：“今之世非周、秦、汉、魏之世也。彼时纯朴未分，则虽以孔、老常言，亦足化民成俗。今则不然。六道轮回地狱变相之说，犹不足以取济。非说无生，则不能去畏死心；非破我所，则不能去拜金心；非谈平等，则不能去奴隶心；非示众生皆佛，则不能去退屈心；非举三轮清净，则不能去德色心。”然而，所有这些哲理，都非滞留在尘俗生活旋涡中的一般人所能实践，因此，就有必要保持一些专职的僧侣，让他们有条件按照最高的理想去实践，为一般世人作出榜样。否则，理想与实践就必然要脱节，“非有至高者在，则余绪亦无由流出”。当时，章太炎一再表示要落发为僧，“愿言息尘劳，无生以为师”，可以说，正是在这一思想的支配下准备采取的实际行动。
本希望借助宗教形式克服理论力量的不足，促进理论的实现，可是，结果与他的主观愿望恰好相反，这样做，反而使他所致力的哲学革命走向信仰主义和僧侣主义，与政治革命实践及广大群众距离更加遥远。因此，章太炎在同盟会机关刊物《民报》上鼓吹提倡佛教的文字，使许多革命党人感到困惑不解，也遭到许多革命党人的反对。铁铮（袁金钊）便曾著文提出非议，以为“佛家之学，非中国所常习。虽上智之士，犹穷年累月而不得；况于一般国民，处水深火热之中，乃望此迂缓之学以收成效，何异待西江之水以救枯鱼！”章太炎答称：“光复诸华，彼我势不相若，而优胜劣败之见既深中于人心，非不顾利害，蹈死如饴者，则必不能以奋起，就起，亦不能持久。”而佛学，尤其是其中法相宗、禅宗，“自贵其心，不依他力，其术可用于艰难危急之时”，正有利于培养和造就这样一种奋斗精神，使革命者“排除生死，旁若无人，布衣麻鞋，径行独往，上无政党猥贱之操，下作惴夫奋矜之气”。然而，这番解释并不足以消除人们心中的疑窦。
反对章太炎倡导佛学的，还有玄洋社、黑龙会。1908年2月25日《民报》第二十一号刊登了章太炎一篇考史文章《大乘佛教缘起说》。内田良平主办的黑龙会刊物《东亚月报》在是年5月10日出版的第二号上，发表了署名“梦庵”的《寱语》，指责章太炎在《民报》上发表《大乘佛教缘起说》，系改《民报》为佛报，完全违背和破坏了《民报》“六大主义”。《寱语》写道：
独怖《民报》之作佛报者，何为而然乎？《民报》既自标榜以其六条主义，此《缘起说》，足以济渡恶劣政府乎？足以建设共和乎？佛教之平和思想，死于千载之上，曷得抱亡骸为维持新世界新真正之平和之具？况土地国有，与乞食之士谋之乎？以之求日华之连合，以之要求世界列国赞成中国之革新事业，皆远之远矣。无一于此，而《民报》之作此佛报者，抑出于何意乎？《民报》宜作民声，不宜作佛声也。
章太炎本人在《民报》第二十一号上发表了《答梦庵》，就梦庵提出的指责作了答复。他写道：“今问梦庵，《民报》所谓六条主义者，能使其主义自行耶，抑待人而行之耶？待人而行，则怯懦者不足践此主义，浮华者不足践此主义，猥贱者不足践此主义，诈伪者不足践此主义。以勇猛无畏治怯懦心，以头陀净行治浮华心，以惟我独尊治猥贱心，以力戒诳语治诈伪心。此数者，其他宗教伦理之言，亦能得其一二，而与震旦习俗相宜者，厥惟佛教。是固非言语文字所能成就，然方便接引，非文辞不为功。以是相导，令学者趣入法门，以自磨厉，庶几民德可兴，而六条主义得人而弘其道。谁谓改《民报》作佛声者？”他还特别说明：“凡诸宗教，过弛则风节衰，过张则职业废。吾所为主张佛教者，特欲发扬芳烈，使好之者轻去就而齐生死，非欲人人皆归兰若。”针对《东亚月报》创刊号一开头就刊登了孔子、王阳明等人的画像，发表了伊藤博文和朝奸宋秉畯的序文，章太炎评论说：“东亚月报》首登孔子、阳明诸象，能救东亚之衰微耶？孔子殁已二千岁，其遗说亦与佛书同往，于此新世界者，形势礼俗，岂有相关？彼阳明者，君不问道，而求为之强战，则古人所谓辅桀者，佛教视之，亦罗刹药叉而已。……即观《东亚月报》序文，一则淫昏之伊藤博文，一则狐媚之宋秉畯耳。以伊藤博文、宋秉畯为斗极，则鄙夷陋巷也亦宜。”8月出版的《东亚月报》第四号发表了梦庵的《答太炎书》，就章太炎提出的指责逐一进行辩解，并破口大骂章太炎“聋盲无稽”，是“颜回而抱文殊臭骸者”。章太炎在《民报》第二十三号上又发表了《再答梦庵》，只有一句：“公等可与治乎？”表示已经对他们不屑与理。
然而，尽管章太炎多次做了解释，许多人仍然不以为提倡佛教有何益处。《东亚月报》的攻讦，在许多人的思想中也还是留下了印痕。1909年11月下旬香港《中国日报》对章太炎的一项指控，就是：“章炳麟以其一知半解、干燥无味之佛学论，占据《民报》全册之大部，一若以《民报》为其私有佛学之机关报者。……由是各地阅者以《民报》主张佛学甚于本来之六大主义，多辞退不阅。”
为确立“以自识为宗”、“依自不依他”的新宗教，章太炎用佛教中判教的方法，对其他各种哲学和宗教一一作了评析。
章太炎认为，所有非“以自识为宗”的哲学和宗教，从哲理上看，几乎毫无例外地，都是犯了以下两类错误中的一种。这两类错误，一为“增益执”，二为“损减执”。所谓“增益执”，指“于无，无因强立为有”；所谓“损减执”，指“于有，无因强拨为无”。前者，主要是指强行将人们的主观意念或正在变幻中的某些具体事物规定为万物本体、客观实在；后者，主要是指拒不承认宇宙万象都自有“种子”为其客观依据；而这两者，都是由于不了解“真如”的性质以及遍计所执性、依他起性、圆成实性的区别所致。章太炎认为，唯我论、唯物论、有神论、唯理论等种种先前哲学与宗教，几乎都是在这两点上失足的。
章太炎以为，由“增益执”导致的第一种颠倒了的世界观，就是古印度数论派和近代西方费希特、叔本华所代表的主观唯心主义、唯我主义。
章太炎介绍数论派的观点说：“僧佉（译曰数论）之说，建立神我。以神我为自性三德所缠缚，而生二十三谛。此所谓惟我论也。”数论以所谓“二十五谛”构成其哲学体系，这二十五谛又分作三大部分：其一为“自性”，由所谓“忧德、喜德、暗德”三要素构成，这三种要素相互冲突，便会产生一系列变易，所以“自性”是为“作者”；其二为“变易”，包括中间“二十三谛”，变易的次序是“自性”生“大”（或名“觉”、“想”、“智”、“慧”），“大”生“我慢”（或名“转异”），“我慢”生“五唯”（声、触、色、味、香）、“五知根”（耳、皮、眼、舌、鼻）、“五作根”（口、手、足、男女根、大遗根）以及“心根”，其中“五唯”又分别产生“五大”（空大、风大、火大、水大、地大）；其三为“神我”，以“思”或“知”为其根本，它不生不灭，是为“见者”。数论以为这三个部分之中，起决定或核心作用的是独立自在的“神我”，只有当它与“自性”结合起来，方才能实际地产生“变易”，显现“二十三谛”。“我也与自性合，如生盲人负生跛人，是和合者能生世间。”章太炎评论数论的这些观点说：“说神我者，以为实有丈夫，不生不灭。其说因于我见而起。乃不知所谓我者，舍阿赖耶识而外，更无他物。此识是真，此我是幻。执此幻者以为本体，是第一倒见也。”
章太炎认为，费希特、叔本华的观点与数论派的观点实际上差不多。他写道：“似僧佉派而或进或退者，则前有吠息特，后有索宾霍尔是也。”费希特、叔本华都是从康德出发，抛弃康德哲学中的“自在之物”，而走向主观唯心主义与唯我主义的。费希特宣称，康德的“物自身是一种纯粹的虚构”，是“完全没有实在性”的，离开了“自我”，离开了人的主观精神，一切都是虚构。他将“自我”说成独立自在的本源性的实体，“绝对地、无须任何根据地有效”，并“能为一切有根据的判断的根据”。整个宇宙运动，在他这里，被解释为“自我建立本身”、“自我建立非我”和“自我与非我统一”的过程。叔本华表面上承认康德关于自在之物的世界与现象世界的区分，但是，他将自在之物歪曲为所谓“生活意志”、“生存意志”或“生命意志”，说正是这个“意志”构成了“世界的内容和本质”，它“既是每一特殊事物的内在本质和核心，也是全部事物的实质和核心，它既表现于盲目的自然力中，也表现于人的自觉的行为中”，“世界上形形色色的事物，都是这个意志的表现、客观化，世界只是这个意志的一面镜子”。叔本华还更进一步，将这个意志世界归结为“我”的意志，宣称：“任何一切属于世界或可能属于世界的东西都不可避免地为主体所决定，并且只是为了主体而存在。”他的最终结论因而就是：“世界是我的表象。”章太炎认为，费希特、叔本华的这些观点，属于和僧佉派一样的颠倒了的世界观。
僧佉派、费希特、叔本华都将“我”看作自性永存的绝对实体。章太炎很不客气地指出：“邪见所指为我……寻其界说，略有三事：恒常之谓我；坚住之谓我；不可变坏之谓我。质而言之，我者，即自性之别名。此为分别我执，属于遍计所执自性者。”《成唯识论》解释“分别我执”一词的含义时说过：“分别我执，亦由现在外缘力故，非与身俱。要待邪教及邪分别，然后方起，故名分别。唯在第六意识中有。此亦二种：一、缘邪教所说蕴相，起自心相，分别计度，执为实我；二、缘邪教所说我相，起自心相，分别计度，执为实我。”章太炎说，僧佉派的“神我”，费希特的“自我”，叔本华的“我的意志”，其实都是因“邪见”而起的这种“分别我执”。所谓“属于遍计所执自性”，即指它们皆“由意识周遍计度刻画而成”，都是意识在对事物进行普遍的分别计较时将意识活动的产物执着为实有，所导致的结果。
章太炎断然宣称：“遍计所执之我，本是绝无。”游离于因缘关系之外，或者只成为因缘关系的起点或终结的绝对实体“我”，是根本不存在的。《人无我论》从十个方面对此作了论证。文章指出，如果“我”是绝对自在的实体，那么，它就不受任何设定，也不受制约于其他任何条件，既然如此，“我非形色，亦非领受，亦非名号，亦非作业，亦非心识”，就“不应与彼五蕴和合而称为我”，然而，“若不和合，所谓我者，毕竟安在？”文章针对僧佉派关于“思”或“知”为“神我”根本的论点反诘道：“世界造作事业，为以思为本因，为以我为本因？若以思为本因者，但是思作，而非我作；若以我为本因者，我既常住，不应更待思觉方能造作。若谓思在故我在，思即是我者，是则无思之时即无有我。”这种自相矛盾的状况恰好证明了作为“绝对实体”的“神我”、“自我”，纯属虚构。文章针对将“我”视为永恒而绝对的实体这一论点，进一步诘责说：“此我为依自故能有所作，为依他故能有所作？若依自者，此我既常，而自作生灭病苦杂染等事，不应道理；若依他者，我有所依，则已失我性，既非绝对，而能常住，不应道理。”这也就指出了费希特“自我”说的致命之处，既然自我为永恒的实体，为什么要产生出“非我”呢？既然于自我之外，复有非我存在，那么，自我的所谓绝对性、永恒性也就成了空话。文章还分别从其他许多方面反复论证，“谛实常住”的“神我”、“自我”并不存在。
章太炎截然否认“我”为“谛实常住”的绝对本体，并不否认人们通常所说的“我”的存在。他写道：“常人所指为我，自婴儿堕地已有顺违哀乐之情，乃至一期命尽，无一刹那而不执有我见。……此为俱生所执，属于依他起自性者。”《成唯识论》在解释“俱生我执”时说过：“俱生我执，无始时来，虚妄熏习内因力故，恒与身俱，不待邪教及邪分别，任运而转，故名俱生。”所谓“依他起自性”，指依托各种“因缘”而形成的具有相对确定性的一类“自性”或“本质”。《瑜伽师地论》曾解释说：“云何依他起自性？谓从众缘所生自性。”“依他起自性，由何故依他？答：由因缘故。”章太炎认为，僧佉派、费希特、叔本华等所说的“神我”、“自我”，属于“遍计所执自性”，纯属观念的虚构，实际根本不可能存在，而一般人所谓的“我”，属于“依他起自性”，则与此不同。它不是观念的虚构，而是实际存在的各种因素、条件互相作用的产物。作为缘生的结果，它当然要受制约于各种缘生的条件与前提，它的所谓“本质”必须依从许多具体的设定，它并非永恒而绝对的实体，而只是一种具有相对确定性的存在，即“幻有”。但是，“所谓依他起之我者，虽是幻有，要必依于真相。譬如长虹，虽非实物，亦必依于日光、水气，而后见形。此日光、水气是真，此虹是幻。所谓我者，亦复如是。”正是在这一点上，“依他起自性”之“我”与“遍计所执自性”之“我”明确地区分了开来。
所谓“依他起”之“我”，所依的真相究竟是什么呢？章太炎说：“自阿赖耶识建立以后，乃知我相所依，即此根本藏识。此识含藏万有，一切见相，皆属此识枝条，而未尝自指为我。于是与阿赖耶识展转为缘者，名为意根，亦名为末那识，念念执此阿赖耶识以为自我。”“我为幻有，而阿赖耶识为真。即此阿赖耶识，亦名为如来藏，特以清净杂染之分，异其名相。”“依他起”之“我”不是凭空产生的，不是人们主观的意念推衍、设想出来的，它的产生与存在，正表现了作为万物本体的“真如”或“阿赖耶识”的客观存在，也只有依托于“真如”或“阿赖耶识”，“依他起”之“我”方才能够成立。
章太炎认为，僧佉派、费希特、叔本华等人的根本性错误，就是不承认“真如”为唯一的本体，而臆造出一个“神我”或“自我”精神实体来取代“真如”。他写道：“若以佛法相稽，惟许有阿赖耶识，并不许有神我。”“阿赖耶识所变我相，五蕴所集我相，非实、非遍、非常，故说无我。”僧佉派、费希特、叔本华舍弃“真如”本体于不顾，反而“执此幻者以为本体”，所以，便成了“第一倒见”。
在说明“真如”或阿赖耶识如何产生“依他起”之“我”时，章太炎反复强调说：“唯识云者，许各各物皆唯是识，非许唯有自心一识。”“阿赖耶识为情界、器界之本，非局限于一人。”“真如”或阿赖耶识并非独立存在的某一具体的物，更非随同各种主观意念的不同而互为区别的精灵，它存在于“情界、器界”所有的“依他起”之“我”中，构成它们共同的普遍的本质。他断言，若不坚持这一点，便会使“真如”或“阿赖耶识”蜕变为僧佉派所说的“神我”：“一切众生，同此真如，同此阿赖耶识。是故此识非局自体，普遍众生，惟一不二。若执自体为言，则惟识之教，即与神我不异。”
章太炎坚持“金亦有识，诸无生者皆尔。”他并说：“非说金石皆有身识，不能成唯识义。”他的“真如”本体论同僧佉派、费希特、叔本华等人主观唯心主义的本体论的基本分歧，以及他的观点同唯识论传统看法的区别，在这一个问题上清楚地显示出来。他在东京所作的关于佛法的一次讲演，曾专门谈到佛法有许多不能说得圆满之处，有待后人补正，其中最为突出的，就是“佛法只许动物为有情，不许植物为有情，至于矿物，更不消说了”。《瑜伽师地论》将植物有生命说斥为“离系外道”的谬说，章太炎反驳说：“植物也有呼吸，不能说无寿；也有温度，不能说无煖；也有牝牡交合的情欲，卷虫食蝇的作用，不能说无识。依这三件，植物决定有命。”他还进一步详细说明了为什么必须承认矿物等各种无生物也同样“有识”。他写道：“原来阿赖耶，含有三个：一是业识，二是转识，三是现识。业就是作用的别名，又有动的意思。矿物都有作用，风、水等物更能流动，可见矿物必有业识。转识就是能见的意思，质言就是能感触的作用。矿物既然能触，便是能感，可见矿物必有转识。现识就是境界现前的意思。矿物和异性矿物，既能亲和，也能抵抗，分明是有境界现前。可见矿物也有现识。若依《成唯识论》分配，业识便是作意，转识便是触，现识便是受，并与阿赖耶识相应，但没有想、思二位。所以比较动植物的知识，就退在下劣的地位。”不仅如此，章太炎还进而认为：“矿物不但有阿赖耶识，兼有意根。何以见得呢？既有保存自体的作用，一定是有‘我执’。若没有‘我执’，断无保存自体的理。”从形式上看，章太炎在这里所说的观点似乎接近“物活论”，其实，恰好相反，通过他对矿物与动植物的比较说明，倒更清楚地表明，他所说的“阿赖耶识”并非指人的主观意念，而是指各种物质形态自身的运动或相互作用，从矿物的运动、亲和与排斥这类简单活动一直到人的思维这样复杂的活动，都包括在内。“情界”与“器界”的本源“真如”，作为客观实在的本体，与主观唯心主义者所说的“神我”、“自我”截然对立，在这里也就得到了明证。
章太炎将“唯物论”看作由“增益执”而产生的第二种颠倒了的世界观，即所谓“第二倒见”。
章太炎这里所说的唯物论，除去古代朴素唯物主义与近代机械唯物主义外，还包括休谟一类唯心主义的经验论。由于混同了经验论与唯物论，在他这里，休谟被与培根、霍布士、洛克等人一道列为唯物论的代表人物。
章太炎从本体论与认识论两个方面进行了辨析。
《人无我论》曾经赞扬了“近世唯物论者”对主观唯心主义或唯我论的批判，同时，又对于他们执持各种具体的物质为实在表示了不满。该文写道：“近世唯物论者亦能知第二我执（指属于所谓”遍计所执自性“的”分别我执“为谬，而或以多种原质互相集合为言，或以生理单位异于物质为言。此虽能破人我，乃举其所谓自性者以归诸他种根力，又堕法我之谬论。”章太炎以为，这些唯物论者之所以失足，就是不懂得只有“真如”方才是万物本体。
章太炎说，古代印度唯物论者分作两大派别：“一据有方分言”，以“阿耨、缽逻摩怒、电子、原子”四大种子为万物之源；“一家复说为无方分”，以“坚、湿、煖、轻”四种造色种子为万物之源。“近世亦有二说”，也是一以“有方分”言，一以“无方分”言。章太炎认为，这两派的观点都不能真正成立。
以“有方分”者而论，章太炎指出：“说物质者，欧洲以为实有阿屯，印度以为实有缽逻摩怒，执为极细。而从此细者剖之，则其细至于无穷。名家所谓‘一尺之棰，日取其半，万世不竭’者，彼不能辞其过矣。”“六十四种原质，析至邻虚，终无不可复析之量。既可复析，即不得强立‘原子’之名。”以此，章太炎断言：这些极微的物质粒子“分析无尽，非种非原”。
再以“无方分”者而论，章太炎指出：“若无方分，此不可见、闻、臭、尝、触、受，则非见量；此最遍性，则无比量（比量皆以通明局，以遍明狭。物界最遍，故无比量）。……若依无方分物质言，惟是非量。以无方分者无现量，非色、非声、非香、非味，且非是触。无现量，故亦无由成比量。”以此，“今计无方分之实质”，便只能是“非接非谟，本在知识以外，实不可得”。章太炎针对近代机械唯物论者所提出的物质概念，即将物质看作所谓“不可断截、破坏、贯穿，不可取舍、乘履、搏掣，非长非短，非方非圆，非正非不正，非高非下，无有细分，不可分析，不可睹见，不可听闻，不可嗅尝，不可摩触”的原始粒子的看法，指出：“执为无厚（无厚即非延长，谓其本无形式，非粗非细），离于色、声、香、味、触等感觉所取之外，惟其中心力存。此虽胜于极细之说，然未见有离于五尘之力，亦未见有离力之五尘。力与五尘互相依住，则不得不谓之缘生。既言缘生，其非本体可知。”
概言之，无论是有方分者，还是无方分者，都不是也不可能是最基本的、无法再行分割的、元始的物质粒子。它们照旧可以无限分割，它们也同其他物体一样要受到各种因素的制约，它们的主要特征同样是所谓“非实、非遍、非常”。它们的这种相对性、特殊性与暂时性，用唯识论的语汇说来，便叫作“幻”。章太炎认为，只有确认“真如”为唯一真实的本体，才能避免旧唯物论的这些缺陷。而旧唯物论的错误，正在于它将处在变动中的一些过渡性或中间环节的具体物质微粒宣布为万物之源、世界本体，颠倒了本末。所以，他感叹地作出结论说：“此心是真，此质是幻。执此幻者以为本体，是第二倒见也。”
在认识论方面，章太炎着重说明，若按照“惟物者，自物而外，不得有他”这一标准来衡量，那就只有唯感性经验是信的印度斫婆迦师、英国的休谟，才够资格称得上“真唯物论”。因为“斫婆迦说，以为现量诚谛，比量虚妄”，“而休谟之说，惟许现象，不许本质”，一个不容许追求事物之间的因果关系，一个不容许探寻现象背后的本质，“惟以现所感触为征”，比之不满足于直接的感性经验，而努力发现事物的因果关系与本质的所谓“相似之唯物论”来，要更加坚定，更加彻底。章太炎指出，这种“真唯物论”，以因果、本质等等俱为“心所妄念”，并非客观实在所有，这一观点，同唯识法相哲学将“遍计所执自性”看作“意识周遍计度”的产物，几乎不谋而合，足见这种“真唯物论”与唯识法相哲学并不绝对排斥。因此，他写道：“即实而言，唯物之与唯心，其名义绝相反，而真唯物论乃即真唯心论之一部。”
然而，章太炎只是在否定“遍计所执自性”的客观实在性这一点上，引斫婆迦与休谟为同调。由此再进一步，他们便分道扬镳了。章太炎不仅在坚持有自在之物“真如”的存在以及能够认识“真如”这一点上，与斫婆迦师、休谟观点相反，即在因果关系问题上，他的立场和斫婆迦师、休谟也大相径庭。斫婆迦师和休谟根本否认因果律，他们把因果联系说成人们思想中或想象中的一种习惯性的联系，章太炎则以为这种联系原于阿赖耶识中的“种子”或“原型观念”。他说：“因果非物，乃原型观念之一端。”“因果之识亦心种子，不以前后因果而有心，唯依心而成前后因果。”“凡言因果，其间差别众多。瑜伽、唯识并说十因五果。若专藉一因而成一果者，近事固鲜其例。……一果本非一因所成。《大毗婆沙论》二十一云：‘一法既与多法为能作因，多法亦与一法为能作因。’今依法相，但说主因为能生因，其余诸缘可说为方便因。”唯识法相哲学之所以说“无因论”，并非不承认因果关系的客观存在，而是要求充分承认因果关系的复杂性，要求防止将人们对因果关系的主观设定与猜度应用于本体“真如”。他就此写道：“瑜伽师地论》说：‘因是无常。’《大毗婆沙论》二十一亦云：‘我说诸因以作用为果，非以实体为果，又说诸果以作用为因，非以实体为因。’诸法实体恒无转变，非因果故。”
章太炎认为，整个说来，“唯物者，虽不知圆成实性，犹据依他起性”，这比唯我论者执着“遍计所执”之“我”为实在要好得多，比之唯神论、唯理论更要高明。唯物论以“现量”为凭据的认识方法，比之唯我论、唯理论也要合宜得多，“识者以自证而知，物者以触、受而知，皆有现量，故可就成也”。以此，他说：“凡非自证及直觉、感觉所得者，皆是意识织妄所成。故不能真知唯识者，宁持唯物。”而且，它更加切合世俗的需要：“唯物之论，于世俗最无妄矣。”
以神为万物本体和创造者的有神论，被章太炎看作“增益执”所造成的“第三倒见”，也给置在应当排除者之列。他写道：
说神教者，自马步诸逑而上，至于山川土谷，稍进则有祠火与夫尊祀诸天之法，其最高者，乃有一神、泛神诸教。其所崇拜之物不同，其能崇拜之心不异。要以藐尔七尺之形，饥寒疾苦，辐凑交迫，死亡无日，乐欲不恒，则以为我身而外必有一物以牵逼我者，于是崇拜以祈获福。此其宗教，则烦恼障实驱使之。或有山谷之民，出自窟穴，至于高原大陆之上，仰视星辰，外睹河海，而爽然自哀其形之小，所见所闻，不出咫尺，其未知者，乃有无量恒河沙数。且以万有杂糅，棼不可理，而循行规则，未尝衍于其度，必有一物以钤辖而支配之，于是崇拜以明信仰。此其宗教，则所知障实驱使之。
不能退而自观其心，以知三界惟心所现，从而求之于外，于其外者，则又与之以神之名，以为亦有人格。此心是真，此神是幻，执此幻者以为本体，是第三倒见也。
在这里，章太炎清楚指出，有神论的主要特征，就是盲目地崇拜一种异己的力量，屈从于某一外在力量的统治。这种崇拜之心的产生，既有社会根源，又有认识根源。不是人们控制社会生活，而是社会生活的无常和苦难，使社会成了一种不可思议的异己力量，宰制着人们的命运，这就是社会根源；而眼界的狭窄和偏颇，普遍的愚昧和无知，使人们对宇宙繁杂的变化及其有规则的运动感到困惑不解，于是，便以为冥冥之中有一个万能的主宰，这就是认识根源。
在这里，章太炎还清楚地指出，宇宙万物的递化轮转，都是作为万物之本原的“真如”及阿赖耶识自身的运动，有神论成为一种颠倒了的世界观，就是因为它力图在宇宙万物之外，寻得一个独立于世界之外并高踞于万物之上的造物主，将这个造物主看作世界的创造者。章太炎在其他许多地方，还反复揭露和批评了有神论的这一谬误。他说：“信神教者，以为天公巨灵，特生人类，以蕃其种，以润色其世宙。故非独死生不能自主，屏居遁世，不与社会耦俱，则已背上神之命。此误认万物为有作者，从而演为法戒，以根本之迷谬及其枝条。”他又说：“若万物必有作者，则作者亦更有作者，推而极之，至于无穷。然则神造万物，亦必被造于他，他又被造于他。此因明所谓犯无穷过者。”
章太炎非常有力地批判了以人格神上帝为崇拜对象的基督教有神论。“基督教之立耶和瓦也，以为无始无终，全知全能，绝对无二，无所不备，故为众生之父。”然而，只要稍作思考，便可发现，这四条一项也不能成立。无始无终是超绝时间，可是，基督教义明说上帝创造世界用了七天时间，并规定了世界的末日，这怎么能说是无始及无终呢？如果说，这仅是世界之始终，而非上帝之始终，那么，就要责问“彼耶和瓦之心，何其起灭无常也”！上帝忽而要创造世界，又忽而要毁灭世界，“其心既起灭无常，则此耶和瓦亦必起灭无常”。基督教义自身就推翻了“无始无终”的神话，这是其一。全知全能，就是无所不知，无所不能，可是，基督教义明说上帝的制品人类并非纯善无缺，且有与上帝对立的天魔撒旦专门与神和人处处为敌，这不正证明了上帝所知有限，所能也有限么？“是故全知全能之说，又彼教所以自破也。”这是其二。“绝对无二者，谓其独立于万有之上也。”可是，基督教义又偏要说上帝创造万有，“则问此耶和瓦之创造万有也，为于耶和瓦外无质料乎，为于耶和瓦外有质料乎？”若所有质料皆具足于耶和瓦中，则一切万有亦具足于耶和瓦中，根本不需要上帝去创造；若耶和瓦外本有质料，则上帝就不再是绝对无二了。“是故绝对无二之说，又彼教所以自破者也。”这是其三。无所不备，“谓其无待于外也”，可是，上帝既然需要创造人类，创造世界，就不能说他无待于外了。“是故无所不备之说，又彼教所以自破者也。”这是其四。神学教条中所有这些无可解脱的自相矛盾之处，充分证明了上帝的存在及上帝创世说全属不经之谈。《新约·以弗所书》说：“上帝就是众人的父，超乎众人之上，贯乎众人之中，也在众人之内。”章太炎指出：“父者，有人格之名，非无人格之名。”而上帝既为有人格之神，即当“与生人各有自性”，这样，也就否定了上帝“无所不备”、“绝对不二”的说教；同时，既称为父，即当有母与之对待，“若云不待牝牡，可以独父而生，此则单性生殖，为动物最下之阶”！
章太炎的这番驳论，对基督教的神学体系是有力的一击。他曾自述：“往者作《无神论》，大为基督教人所反对。广州教会有《真光报》，以仆为狂悖至极。”
章太炎不仅批判了以人格神为崇拜对象的有神论，而且还由此更深入一步，对吠檀多的以非人格神“高等梵天”为崇拜对象的有神论，对斯宾诺莎的泛神论、哈特曼的神是精神及康德的神不可知论，逐一进行了批判。
吠檀多派，是古代印度的一个重要哲学派别，以阐释吠陀和奥义书的原本教义为其主要使命，包括商羯罗、罗摩奴阇、摩达婆、宁跋阿罗加、婆罗跋、有知派等许多小派别。在近代，印度著名哲学家辨喜曾大力提倡吠檀多哲学。章太炎对吠檀多哲学有浓厚兴趣，但反对其中有神论的倾向。
吠檀多哲学的主要观点，章太炎曾扼要作了介绍。他写道：
若夫吠檀多教亦立有神，而其说有远胜于基督教者。彼所建立，一曰高等梵天，二曰劣等梵天。高等梵天者，无属性，无差别，无自相。劣等梵天者，有属性，有差别，有自相。而此三者，由于无明而起。既有无明，则劣等梵天亦成于迷妄。而一切万物之心相，皆自梵出，犹火之生火花。是故梵天为幻师，而世间为幻象，人之分别自他，亦悉由梵天使其迷妄。若夫高等梵天者，离言说相，离名字相，离心缘相，谓之实在而不可得，谓之圆满而不可得，谓之清净而不可得。所以者何？实在、圆满、清净之见，皆由虚妄分别而成，非高等梵天之自性也。人之所思想者，皆为劣等梵天，唯正智所证者，乃为高等梵天。既以正智证得，则此体亦还入于高等梵天，非高等梵天之可入，本即高等梵天而不自知也。若其不尔，则必堕入轮回，而轮回亦属幻象，惟既不离虚妄分别，则对此幻象而以为真。此则吠檀多教之略说已。
吠檀多派所说的“梵天”，相当于哲学上的“有”或“存在”。高等梵天，是纯粹的“有”与纯粹的“存在”；劣等梵天，是杂染的“有”与杂染的“存在”。“无明”，指的是人对于自身本性、自身与梵天之间真实关系的无知。由于这种无知，导致“有”或“存在”异化，形成“幻有”。章太炎以为，这一理论与唯识法相哲学有相通之处，可是，吠檀多强行把作为本体而存在的“有”名之曰“梵天”，并分成“高等”与“低等”两个，却是“根本误谬”。
章太炎指出，如果“高等梵天”有直接的因果作用，那么，它就必须有其“自性”。“既有自性，则无任运转变”。但是，这样一来，“无明”便无从产生，“劣等梵天”也就无从生起。反之，如果“高等梵天”没有直接的因果作用，那么，它就“无异于佛家之真如”。但是，这样一来，吠檀多的理论便要皈依于唯识法相哲学了：“真如无自性，故即此真如之中得起无明，而劣等梵天者乃无明之异语。真如、无明，不一不异，故高等梵天与劣等梵天亦自不一不异。”章太炎在这里说明，如果强行要把“高等梵天”看成具有独立自性的造物主，把“劣等梵天”看成它在“无明”之下制作出来的产品，那么，它就必然要同其他有神论一样，陷入无以自拔的恶性循环逻辑谬误；反之，如果把“高等梵天”看成与“真如”一样“无自性”的本体，承认“真如”与“无明”不一不异，承认“高等梵天”与“劣等梵天”不一不异，那么，它就将使“高等梵天”失去全部“神”性，而与唯识法相合流。以此，章太炎说：“由吠檀多之说，若变为抽象语，而曰真如、无明，则种种皆可通。若执此具体语，而曰高等梵天、劣等梵天，则种种皆不可通。此非有神教之自为障碍耶？”
对于斯宾诺莎的泛神论，章太炎给予很高评价。他写道：“近世斯比诺莎所立泛神之说，以为万物皆有本质，本质即神。……世界流转，非神之使为流转，实神之自体流转。离于世界，更无他神；若离于神，亦无世界。此世界中，一事一物虽有生灭，而本体则不生灭。万物相支，喻如帝网，互相牵掣，动不自由。……观其为说，以为万物皆实，似不如吠檀多教之离执著，若其不立一神，而以神为寓于万物，发蒙叫旦，如鸡后鸣，瞻顾东方，渐有精色矣。万物相支之说，不立一元，而以万物互为其元，亦尽华严‘无尽缘起’之义。虽然，神之称号，遮非神而为言，既曰泛神，则神名亦不必立，此又待于刊落者也。”在这里，章太炎充分肯定了斯宾诺莎万有皆有本质、万有即本质自身运转的思想，赞许了斯宾诺莎万事万物互相联系和互相制约的观点，对他以万物皆是实在的立论则提出了批评，并反对他实际上取消了神，却又仍然保留了神这个名称。斯宾诺莎认为自然中没有任何偶然的东西，一切事物的运动都受必然性支配，对此，章太炎也提出了批评。他反对斯宾诺莎的这种机械论，写道：“荷兰哲学家苏比诺萨云：万物变化，皆随定理，无不整齐，虽一物不能逭。故一粒沙砾，随风飘至，亦有定法。若使此沙砾飘往他处，他物不得居其处，而又将往他处，则秩序为之紊乱矣。是则以为天地未祛，数既前定……斯近释氏之羯磨，而益使生民束缚于昊宰，斯又迂也。”斯宾诺莎停留于泛神论而未能再向前跃进一步，走向无神论，章太炎认为，是因为他也未能摆脱所谓“增益执”的影响。以此，他惋惜地说：“诸事神者，皆起于增益执。泛神之说虽工，而由不了依他，故损减自心而增益外界。”
德国唯心主义哲学家哈特曼的代表作是《无意识哲学》。哈特曼在这部著作中，力图调和黑格尔的泛理性论与叔本华的泛意志主义。哈特曼说，宇宙的本体是“无意识者”，它有两重属性，一是理性，二是意志。“无意识者”，即是绝对精神和神；理性和意志，则分别导致“宇宙恶”与“人格恶”。章太炎在《菌说》的修订稿中曾经概略地介绍了他的这些观点，说：“近世西方论善恶者分理性、非理性。塞伦古（谢林）变堪德（康德）之说，以为人能自由，终成恶果，而此能自由以造恶因者，亦上天赋之。先是黎步尼知（莱布尼兹）尝作神恶论矣，自塞氏后，赫路托门（哈特曼）补苴其说，大氐谓：神赋人善，而与以自由。六根之欲，亢极过程，恶在根本者，则曰宇宙恶，此为积极，出于理性者也。好恶异人，贡高辟戾，恶不缘于情欲者，则曰人格恶，此为消极，出于非理性者也。夫此诸家言神恶、宇宙恶，其渊衷理照，盖与荀子微近矣。惜乎其以哲学杂景教，犹未能堕除门户也。”在《无神论》中，章太炎指出：“赫尔图门之说，以为神即精神。精神者，包有心物，能生心物。此则介于一神、泛神二论之间。”这一“包有心物”论，同其他有神论一样，也无法自圆其说。其后，他在《与人书》中，更为明确地指出，哈特曼以“无意识”为神、绝对精神、宇宙本体，是不能成立的。他写道：“近世哲学、心理学家所谓‘无意识者’，其意义至为汗漫，与吾辈所持有异。既有种种观念，则初必与‘作意’相应，后必与‘思’相应。遍行五境，无不经历，而岂得以‘无意识’名之？彼所云‘无意识者’，谓非审决印持不可引转者耳。以唯识正教衡之，此但得云无胜解，不得云无意识。一念心起，必不能逃于意识之外，而况已有恶念者？”
最后，章太炎还批评了康德，因为康德的不可知论为上帝及有神论的存在保留了地盘。章太炎写道：“精如康德，犹曰：‘神之有无，超越认识范围之外，故不得执神为有，亦不得拨神为无。’可谓千虑一失矣。”为什么呢？他说：“凡见量、自证之所无，而比量又不可合于论理者，虚撰其名，是谓‘无质独影’。”而所谓“上帝”，所谓“神”，既非现量所能直接感知，亦非自证所能证知，比量即推理又不能证明它的存在，便是这种虚撰其名的“无质独影”，当然必须“竟拨为无”。
对于有神论的批判，最终仍然归结到必须破除“遍计所执自性”，掌握“依他起自性”，追求“圆成实自性”。章太炎说，从对草木龟鱼、徽章咒印顶礼膜拜的图腾崇拜，到对大梵、耶和瓦及真主顶礼膜拜的吠陀、基督、天方诸教，或“于万有之中而横计其一为神”，或“于万有之上而虚拟其一为神”，都是“欲取一实以概无量无边之实”，犯了“遍计所执之过”。为了彻底破除有神论，章太炎要求建立一理性宗教、哲学宗教、道德宗教与之相对抗。他于是提出：“今之立教，惟以自识为宗。识者云何？真如即是惟识实性，所谓圆成实也。而此圆成实者，太冲无象，欲求趋入，不得不赖依他。逮其证得圆成，则依他亦自遣除。”
客观唯心主义的唯理论，被章太炎视为由于执持“遍计所执自性”为实在即犯了“增益执”错误的又一种颠倒了的世界观。他说：“蠕生者之察万物，得其相，无由得其体。虽得之，不横以无体为体。有文教者得其体矣，太上有唯识论，其次有唯物论。……最下有唯理论师，以无体之名为实，独据遍计所执性，以为固然。”他所说的唯理论师，主要指谢林、黑格尔、蒲鲁东等人，也包括其他一些与经验论相对立的唯理论者。
章太炎对唯理论的责难，首先是它“以无体之名为实”。他写道：“无体之名，浮屠谓之不相应行（非心非物，故曰不相应行。《成唯识》有不相应行二十四种。康德所说十二范畴，亦皆不相应行也）。意识用之以贯万物，犹依空以置器，而空不实有。海羯尔（黑格尔）以有、无、成为万物本，笛佉尔（笛卡尔）以数名为实体，此皆无体之名。庄周曰：‘名者，实之宾。’（《逍遥游》）尹文曰：‘有形者必有名，有名者未必有形。’（《大道上》）今以有名无形者为实，此蠕生所不执也。”所谓“不相应行”，指其体相无从得知的那些概念，如“色同分”、“心同分”、“物同分”、“人同分”等类概念“众同分”，“天人”、“男女”等双词汇“名身”等等，既非心，又非物，是人们对变迁、流动、造作中的诸现象作出的概括。章太炎认为，康德所说的单一性、多数性、总体性、实在性、否定性、制限性等十二范畴，黑格尔所说的有、无、成等“纯粹理念”，笛卡尔的“天赋观念”即数学与几何学定理，便都属于这种“不相应行”。笛卡尔、黑格尔等将这些不相应行的概念独立起来，说成超越于人们思想并存在于事物之先的纯粹的、唯一真实的实体，宣称只有它们方才是一切事物绝对真实的基础，只有它们才是事物与对象的本质。章太炎引用庄周与尹文的论述，强调名以表实，但名不等于实，名更不能先于实而独立存在，证明笛卡尔、黑格尔完全颠倒了名与实的关系。
章太炎对唯理论的另一责难，就是它将宇宙的运动纳入了黑格尔所说的由“有”经“无”而至“成”的简单公式。他认为，“海羯尔有、无、成之说”乃是“执著空言”。他特别反对“有、无、成”这一公式中的目的性内容，说：“或窃海格尔说有、无、成义，以为宇宙之目的在成，故惟合其目的者为是。夫使宇宙而无所知，则本无目的也。使宇宙而有所知，以是轻利安稳之身，而倏焉生成万物之自蠹？”他认为，无论人们承认还是不承认，宇宙万物的变化绝非以大功告成而终结，而恰恰是以新的矛盾、竞争和冲突为其向新质转化的开始，“生生不已，终于竞争”，“非入无余涅槃而灭度之，亦终于未济而已”。他并毫不讳言地确认了矛盾冲突的绝对性，说：“小亚细亚学者海逻克梨提（赫拉克利特）之言曰：‘争者，群生之父，万物之王。一日息其争战，则宇宙将自灭亡。’其言虽悖，而适合于事情。”
与此相联系，章太炎对黑格尔的发展观也持怀疑态度，并从先前热烈倡导进化论转向鼓吹所谓“俱分进化论”。他写道：
近世言进化论者，盖昉于海格尔氏。虽无进化之明文，而所谓“世界之发展即理性之发展者”，进化之说已蘖芽其间矣。达尔文、斯宾塞尔辈应用其说，一举生物现象为证，一举社会现象为证。如彼所执，终局目的必达于尽美醇善之区，而进化论始成。……
虽然，吾不谓进化之说非也。……若云进化终极必能达于尽美醇善之区，则随举一事，无不可以反唇相稽。彼不悟进化之所以为进化者，非由一方直进，而必由双方并进，专举一方，惟言智识进化可尔。若以道德言，则善亦进化，恶亦进化；若以生计言，则乐亦进化，苦亦进化。双方并进，如影之随形，如罔两之逐景。非有他也，智识愈高，虽欲举一废一，而不可得。曩时之善恶为小，而今之善恶为大；曩时之苦乐为小，而今之苦乐为大。然则以求善求乐为目的者，果以进化为最幸耶，其抑以进化为最不幸耶？
进化之实不可非，而进化之用无所取。自标吾论曰：俱分进化论。
所谓“俱分进化论”，强调了事物发展总包含着互相对立的正反两种趋向，反对黑格尔认为发展可以达到最终完成境界的保守倾向。然而，它没有充分注意到黑格尔发展论中极为丰富的积极内容，没有足够重视黑格尔所揭示的整个自然的、历史的、精神的世界运动和发展的内在联系，因而，便将孩子与脏水竟一道泼掉了。
章太炎对唯理论的责难，其三就是它夸大了必然性的作用，将使人们最终“一切不自由”。章太炎写道：“如布鲁东（蒲鲁东）氏之说，则曰：‘天下一事一物之微，皆将有而非现有，转变化成，体无固定。而百昌之在恒沙世界，节族自然，盘旋起舞，合于度曲，实最上极致之力使然。有此极致，故百昌皆向此极致，进步无已。是虽必然，而亦自由。是故一切强权，无不合理。凡所以调和争竞者，实惟强权之力。’此以互相牵掣为自由，其说已暗昧难知矣。原其立论，实本于海格尔（黑格尔）氏，以力代神，以论理代实在。采邑有殊，质地无改，即使万物皆归于力。故持论至极，必将尊奖强权。名为使人自由，其实一切不得自由。后此变其说者，不欲尊奖强权矣，然不以强者抑制弱者，而张大社会以抑制个人，仍使百姓千名互相牵掣，亦由海格尔氏之学说使然。名为使人自由，其实亦一切不得自由也。”这里着重说明，黑格尔“以力代神，以论理代实在”，将规律性、必然性及逻辑公式的作用绝对化，就会陷入新的命定论，扼杀人们的自由。章太炎以此还进一步提出：“合法者，对不合法而言耳。有生之物，以有自由，而举动率多逾法。彼无生者，既无自由，则不得不由他物相牵而动。万物相支，互为推荡，其合法亦奚足羡？”他还说：“凡取一物一事，而断其合法与否，此亦惟在自心，非外界所能证也。……于此则被以不合法之名，于彼而被以合法之名，此特人心之自为高下，而于物何与焉？”以此，他宣称：“云何合法？心之合法。与其归敬于外界，不若归敬于自心。”
章太炎对唯理论的责难，其四就是它将世界的本源归结为所谓“绝对精神”。
绝对精神，或绝对理念，是先于自然界与人类社会而存在的宇宙精神。黑格尔用它取代康德的“自在之物”，从而取消了意识之外独立存在的客观物质世界。全部世界运动被归结为绝对精神自我异化而又自我复归的三个阶段：逻辑阶段、自然阶段、精神阶段。思维、概念被说成本质，而物质、存在则被说成思维、概念的表现或现象。20世纪初，日本哲学界有不少人将黑格尔的哲学与马鸣《大乘起信论》哲学加以比较，认为二者非常相像，特别是马鸣的“如来藏”与黑格尔的“绝对精神”非常接近。对此，章太炎给以坚决驳斥。他说：“吾观日本人说佛教者，或以马鸣哲学比之海格尔说，徒以形式相同，强为比傅，其义绝远。斯正随文之过耳。”其义绝远，主要就表现在：章太炎所说的“真如”，只表示客观的、永恒的实在，它存在于变化着、运动着的宇宙万物之中，并构成其真实的本质；而黑格尔的“绝对精神”，则是完全脱离了客观物质世界的精神性实体，它先于物质世界而存在，并成为整个世界的创造者。章太炎在说明“真如即是唯识实性”时强调说过：“若执识外别有真如者，即与计有、无为实物者同过。又此土学者，或立道，或立太极，或立天理，要之非指物即指心，或为综计心物之代语，故亦无害。若谓心物外别有道及太极、天理者，即是妄说。”所谓“其义绝远”，还表现在：章太炎不承认“真如”的运动及诸法流转服从某种固定的法则，而黑格尔则坚持“绝对精神”的运动决不会逾越他所勾画出来的“纯概念”运动的辩证法。章太炎为黑格尔哲学程式化了的形式所激怒，愤愤地写道：“自我观之，承志顺则，自比于厮养之贱者，其始本以对越上神。神教衰，而归敬于宿命。宿命衰，而归敬于天钧。俞穴相通，源流不二。世有大雄无畏者，必不与竖子聚谈猥贱之事已。”这就是斥责用任何逻辑公式或自然法则来使人们俯首贴耳，听从命运的安排，坚持只有确认“真如”为唯一本体，才能最终堵塞一切通向上帝与宿命之路。
章太炎认为，为了正确认识世界的本来面目，除去破除“增益执”外，还必须破除“损减执”。他认为，康德所说的“感性直观的纯形式”空间与时间，“知性的纯概念”十二范畴，以及休谟、康德关于现象的界说，便属于“损减执”的典型。
在康德哲学中，空间与时间，只是人们感性直观所固有的一种主观形式，十二范畴，只是人们知性先天就具有的用以整理感性材料的构架，它们都超越于经验，都不是客观实在。人们借助于空间、时间和十二范畴而获得的关于对象的知识，也就是为人们所认知的诸现象，因之便必然与客观存在着的“自在之物”相脱离。章太炎认为，将空间、时间、十二范畴与诸种现象都看成纯然主观的东西，不承认它们各有其客观依据，正是犯了“损减执”的过错。
章太炎针对“以空间、时间为空”的观点，提出责问：“假令空是绝无，则物质于何安置？假令时是绝无，则事业于何推行？”他指出：“若言无空间者，亦必无物而后可；若言无时间者，亦必无事而后可。”既然承认“色尘之相”的存在，便不能不承认空间与时间的存在。他并指出：“若空间，则于五尘之静相有所关系矣；若时间，则于五尘之动相亦有所关系矣。”所谓于静相有所关系，就是指空间起于五尘之“我慢”：“空间者，起于我慢。例如，同时同地，不能并容二物。何以不容？则因我慢而有界阂，因界阂而有方所。涤除我慢，则空间亦无自建立矣。”所谓于动相有所关系，就是指时间起于“心法生灭相续无已”：“即自位心证自位心，觉有现在；以自位心望前位心，觉有过去；以自位心望后位心，比知未来。是故心起即有时分，心寂即无时分。”这里所说的“我慢”、“心起”，所指的就是由“真如”或“阿赖耶识”引起的运动，正如章太炎所说：“凡言心者，正当言识，以心本义为心藏，引伸为识之代词。”“我慢”，在这里主要指五尘的广延性；而“心起”，则主要指运动的延续性；章太炎也说明了，只要五尘存在，只要“真如”与“阿赖耶识”仍在运动，空间与时间就必然存在着。
康德说，“世界在时间里有开始，在空间里有界限”这一正题，同“世界在时间里没有开始，在空间里没有界限，它在时间与空间两个方面都是无限的”这一反题，两者都是成立的，这就恰好证明时间和空间都是主观的感性形式，并非客观存在。章太炎介绍康德这一观点说：“彼其所以遮拨空、时者，以前此论空间者，或计有边，或计无边，论时间者，或计有尽，或计无尽，互为矛，纠葛无已，于此毅然遮拨为无，而诤论为之杜口。”康德这一推论是否正确呢？章太炎认为，并不正确。他针对有限与无限的矛盾，指出：无限这一概念完全是一个假设的概念，“所以知无量者，由于心起分别，先以大小长短相形，至不可形，而立无量之名。”事实上，它只是对难以穷尽的有限事物所作的简单化的概括。穷究下去，便可发现，任何事物都意味着既无限大，又无限小，它们自身便是有限与无限的统一：“彼所谓无量者，谓其至大无外、至长无际耳。然至大者，极于无量；而取最小之微尘递分析之，其小亦无有量。至长者，极于无量；而取最短之一刹那为之分析，则复有其短者，递析递短，而其短亦无有尽。”“以吾形而比于华藏，以吾寿而比于永劫，并细且短不可以量计也；若复取吾形而比于递分之微尘，取吾寿而比于递析之刹那，其大且长，又不可计其量矣。”即以空间与时间而言，有限与无限总是相比较而存在的：“小不可令至无厚，大不可令至无外；一瞚不可令无生住，终古不可令有本剽。其犹一尺之棰，取半不竭。故虽等在处识、世识之中，而别相卷舒，非矩蒦壶箭所能定也。”因此，用空间与时间所包含的有限与无限的矛盾来证明空间与时间纯为主观的感性形式，并将二者“毅然遮拨为无”，也就完全站不住脚了。
章太炎还指出，空间是否有边、时间是否有尽的问题，同事物本身是否有边有尽的问题，是紧密地联系在一起的。他写道：“若以物言，亦可执有边、无边之见。所以者何？现见六十四种极微，积为地球，推而极之，以至恒星世界。此恒星世界、极微之量，果有边际乎，抑无边际乎？若以事言，亦可执有尽无尽之见。所以者何？现见单细胞物复生单细胞物，经过邬波尼杀昙数层累阶级而为人类，由此人类，复生人类，此一切众生之流注相续者，果有始终乎，抑无始终乎？”这就是说，空间是否有边的问题，其实就是从极微之量到恒星世界，诸物是否有边的问题；时间是否有尽的问题，其实也就是从单细胞到人类一切众生流注相续是否有尽的问题。以此，要说空间、时间俱应“遮拨为无”，那就必须“取物质、事业二者与空间、时间同日而遮拨之”；而绝不可“破空而存物，破时而存事”。章太炎指出，康德也深知完全否定物质、事业的存在过于偏激，因此“于物质中之五尘，亦不得不谓其幻有，而归其本体于‘物如’”。他反诘道：既然承认五尘为“幻有”，“则空间、时间何因不许其幻有耶？”既然承认“物有物如”，则“空间、时间何因不许其有空如、时如？”
对于十二范畴，对于外界诸现象，亦即对于所谓“法尘”，章太炎亦作如是观。他指出，康德既然承认“五尘”有“物如”为其本体，那么，就不能不承认包括十二范畴在内的整个“法尘”也都有自在之物“真如”为其本体，因此，就没有理由说十二范畴与外界诸现象同客观实在完全脱节。他写道：“损减执者，不知五尘、法尘同是相分，此诸相分，同是依识而起。……今者排摈意思，以为所见法尘，惟是妄想，而无外境；又取此五识所见之外境在五识中本不分别以为外境者，却从意识所分以为外境。于彼则排摈意识，于此则又不得不借资于意识，矛盾自陷，尚可通乎？”对色、声、香、味、触的感知，离不开意识的作用，但并未因此而否认它们为“幻有”，有其本体“物如”，那么，又怎么能借口对诸外界现象的认识离不开意识，而否认诸“法尘”为“幻有”，并有其客观实在的本体呢？以此，他作出结论说：“五尘之安立，亦无异于法尘之安立。五尘固
出狱东渡之初，章太炎就提出，要“用宗教发起信心，增进国民的道德”。在现成的各种宗教之中，他所看中的就是佛教，说：“佛教的理论，使上智人不能不信；佛教的戒律，使下愚人不能不信；通彻上下，这是最可用的。”在佛教各种宗派中，他又特别欣赏法相、华严二宗：“这华严宗所说，要在普度众生，头目脑髓，都可施舍与人，在道德上最为有益。这法相宗所说，就是万法惟心，一切有形的色相，无形的法尘，总是幻见幻想，并非实在真有……在哲学上今日也最相宜。要有这种信仰，才得勇猛无畏，众志成城，方可干得事来。”他还将佛教“一切众生，皆是平等”的教义，解释成“佛教最恨君权”，“佛教最重平等，所以妨碍平等的东西，必要除去”，由此断言：“提倡佛教，为社会道德上起见，固是最要；为我们革命军的道德上起见，亦是最要。”不久，他又撰写专论，正式提出了“建立宗教”的口号，并明确提出：“宗教之高下胜劣，不容先论，要以上不失真、下有益于生民之道德为其准的。”
按照所谓“上不失真”的要求，章太炎将历史上的各种宗教分成多神教、一神教、无神教三类。他说，“居今之世，欲建立宗教者，不得于万有之中而横计其一为神，亦不得于万有之上而虚拟其一为神”，只能建立“无神”的宗教。根据这个要求，美洲之摩门、印度之湿婆韦纽、西藏的莲华生教等等固无足论，即是吠陀、基督、天方等教，专奉大梵、耶和瓦、安茶，“以为道祇在是，神祇在是”，犯了同样的“欲取一实以概无量无边之实”的错误，也不合适。唯有佛教，他以为符合无神教的要求。但是，佛教在传布中也夹杂了许多多神教的杂质，以致许多人将佛也看成一种鬼神，所以，他说，必须对佛教诸宗派作出一番选择，最终的结论只能是：“今之立教，惟以自识为宗。”所谓“以自识为宗”，后来又被他概括为“依自不依他”，“自贵其心，不援鬼神”。没有鬼神崇拜而称之为宗教，并明白称之为“无神教”，违背了宗教一词的基本含义。恩格斯在批判19世纪40年代的路易·勃朗派时就说过：“如果无神的宗教可以存在，那末没有哲人之石的炼金术也是可以存在的了。”章太炎也深知此间的矛盾。他写道：“问者曰：立教以惟识为宗，识之识性，即是真如，既无崇拜鬼神之法，则安得称为宗教？”针对这一问题，他回答说：“识性真如，本非可以崇拜。惟一切事端之起，必先有其师，以本师代表其事，而施以殊礼者，宗教而外，所在多有。士人之拜孔子，胥吏之拜萧何，匠人之拜鲁班，衣工之拜轩辕，彼非以求福而事之，又非如神教所崇拜者，本无其物而事之。以为吾之学术出于是人，故不得不加尊礼。此于诸崇拜中最为清净，释教亦尔。”人们尊崇释迦，乃是“尊其为师，非尊其为鬼神。虽非鬼神，而有可以崇拜之道。故于事理皆无所碍。”这里，他努力将宗教哲学化，并使哲学本身融化在宗教中，将对释迦的尊崇与手工业行会工匠对鲁班、轩辕的尊崇等量齐观，表明他图谋建立的宗教，实际上是要借助释迦的历史影响和宗教的形式，使其“以自识为宗”的哲学逐步普及化而已。
特别是要做到“下有益于生民之道德”，章太炎觉得，更非利用宗教这一形式不可。他在谈到哲学、道德与宗教的关系时说：“世间道德，率自宗教引生。彼宗教之卑者，其初虽有僧侣祭司，久则延及平民，而僧侣祭司亦自废绝。则道德普及之世，即宗教消熔之世也。于此有学者出，存其德音，去其神话，而以高尚之理想经纬之以成学说。”而这也就是哲学。他认为，无论是西方，还是中国，宗教、道德与哲学都毫无例外地是这样周而复始地依次演变的。比如，中国的孔、老，希腊的苏格拉底、柏拉图，便都是“以哲学而为宗教之代起者”；其后，孔、老之学“迁为汉儒”，苏氏、柏氏之学“缘生基督”，致使“哲学复成宗教”；再后，西方从培根、笛卡尔等人开始，中国从程、朱、陆、王等人开始，“又复变易旧章，自成哲学”；它们便都是循着这一路线而递次相生的。章太炎说，当下又到了以宗教取代哲学的时代，而此时将兴的宗教，除经由他简择出来的佛教外，则别无其他。
之所以必须采取宗教这一形式，章太炎以为还有一个重要的理由，这就是要使“以惟识立宗”的道德真正普遍化，影响及于一般群众，非保持一批专职的宗教人士为民众作表率不可。他写道：“今之世非周、秦、汉、魏之世也。彼时纯朴未分，则虽以孔、老常言，亦足化民成俗。今则不然。六道轮回地狱变相之说，犹不足以取济。非说无生，则不能去畏死心；非破我所，则不能去拜金心；非谈平等，则不能去奴隶心；非示众生皆佛，则不能去退屈心；非举三轮清净，则不能去德色心。”然而，所有这些哲理，都非滞留在尘俗生活旋涡中的一般人所能实践，因此，就有必要保持一些专职的僧侣，让他们有条件按照最高的理想去实践，为一般世人作出榜样。否则，理想与实践就必然要脱节，“非有至高者在，则余绪亦无由流出”。当时，章太炎一再表示要落发为僧，“愿言息尘劳，无生以为师”，可以说，正是在这一思想的支配下准备采取的实际行动。
本希望借助宗教形式克服理论力量的不足，促进理论的实现，可是，结果与他的主观愿望恰好相反，这样做，反而使他所致力的哲学革命走向信仰主义和僧侣主义，与政治革命实践及广大群众距离更加遥远。因此，章太炎在同盟会机关刊物《民报》上鼓吹提倡佛教的文字，使许多革命党人感到困惑不解，也遭到许多革命党人的反对。铁铮（袁金钊）便曾著文提出非议，以为“佛家之学，非中国所常习。虽上智之士，犹穷年累月而不得；况于一般国民，处水深火热之中，乃望此迂缓之学以收成效，何异待西江之水以救枯鱼！”章太炎答称：“光复诸华，彼我势不相若，而优胜劣败之见既深中于人心，非不顾利害，蹈死如饴者，则必不能以奋起，就起，亦不能持久。”而佛学，尤其是其中法相宗、禅宗，“自贵其心，不依他力，其术可用于艰难危急之时”，正有利于培养和造就这样一种奋斗精神，使革命者“排除生死，旁若无人，布衣麻鞋，径行独往，上无政党猥贱之操，下作惴夫奋矜之气”。然而，这番解释并不足以消除人们心中的疑窦。
反对章太炎倡导佛学的，还有玄洋社、黑龙会。1908年2月25日《民报》第二十一号刊登了章太炎一篇考史文章《大乘佛教缘起说》。内田良平主办的黑龙会刊物《东亚月报》在是年5月10日出版的第二号上，发表了署名“梦庵”的《寱语》，指责章太炎在《民报》上发表《大乘佛教缘起说》，系改《民报》为佛报，完全违背和破坏了《民报》“六大主义”。《寱语》写道：
独怖《民报》之作佛报者，何为而然乎？《民报》既自标榜以其六条主义，此《缘起说》，足以济渡恶劣政府乎？足以建设共和乎？佛教之平和思想，死于千载之上，曷得抱亡骸为维持新世界新真正之平和之具？况土地国有，与乞食之士谋之乎？以之求日华之连合，以之要求世界列国赞成中国之革新事业，皆远之远矣。无一于此，而《民报》之作此佛报者，抑出于何意乎？《民报》宜作民声，不宜作佛声也。
章太炎本人在《民报》第二十一号上发表了《答梦庵》，就梦庵提出的指责作了答复。他写道：“今问梦庵，《民报》所谓六条主义者，能使其主义自行耶，抑待人而行之耶？待人而行，则怯懦者不足践此主义，浮华者不足践此主义，猥贱者不足践此主义，诈伪者不足践此主义。以勇猛无畏治怯懦心，以头陀净行治浮华心，以惟我独尊治猥贱心，以力戒诳语治诈伪心。此数者，其他宗教伦理之言，亦能得其一二，而与震旦习俗相宜者，厥惟佛教。是固非言语文字所能成就，然方便接引，非文辞不为功。以是相导，令学者趣入法门，以自磨厉，庶几民德可兴，而六条主义得人而弘其道。谁谓改《民报》作佛声者？”他还特别说明：“凡诸宗教，过弛则风节衰，过张则职业废。吾所为主张佛教者，特欲发扬芳烈，使好之者轻去就而齐生死，非欲人人皆归兰若。”针对《东亚月报》创刊号一开头就刊登了孔子、王阳明等人的画像，发表了伊藤博文和朝奸宋秉畯的序文，章太炎评论说：“东亚月报》首登孔子、阳明诸象，能救东亚之衰微耶？孔子殁已二千岁，其遗说亦与佛书同往，于此新世界者，形势礼俗，岂有相关？彼阳明者，君不问道，而求为之强战，则古人所谓辅桀者，佛教视之，亦罗刹药叉而已。……即观《东亚月报》序文，一则淫昏之伊藤博文，一则狐媚之宋秉畯耳。以伊藤博文、宋秉畯为斗极，则鄙夷陋巷也亦宜。”8月出版的《东亚月报》第四号发表了梦庵的《答太炎书》，就章太炎提出的指责逐一进行辩解，并破口大骂章太炎“聋盲无稽”，是“颜回而抱文殊臭骸者”。章太炎在《民报》第二十三号上又发表了《再答梦庵》，只有一句：“公等可与治乎？”表示已经对他们不屑与理。
然而，尽管章太炎多次做了解释，许多人仍然不以为提倡佛教有何益处。《东亚月报》的攻讦，在许多人的思想中也还是留下了印痕。1909年11月下旬香港《中国日报》对章太炎的一项指控，就是：“章炳麟以其一知半解、干燥无味之佛学论，占据《民报》全册之大部，一若以《民报》为其私有佛学之机关报者。……由是各地阅者以《民报》主张佛学甚于本来之六大主义，多辞退不阅。”
为确立“以自识为宗”、“依自不依他”的新宗教，章太炎用佛教中判教的方法，对其他各种哲学和宗教一一作了评析。
章太炎认为，所有非“以自识为宗”的哲学和宗教，从哲理上看，几乎毫无例外地，都是犯了以下两类错误中的一种。这两类错误，一为“增益执”，二为“损减执”。所谓“增益执”，指“于无，无因强立为有”；所谓“损减执”，指“于有，无因强拨为无”。前者，主要是指强行将人们的主观意念或正在变幻中的某些具体事物规定为万物本体、客观实在；后者，主要是指拒不承认宇宙万象都自有“种子”为其客观依据；而这两者，都是由于不了解“真如”的性质以及遍计所执性、依他起性、圆成实性的区别所致。章太炎认为，唯我论、唯物论、有神论、唯理论等种种先前哲学与宗教，几乎都是在这两点上失足的。
章太炎以为，由“增益执”导致的第一种颠倒了的世界观，就是古印度数论派和近代西方费希特、叔本华所代表的主观唯心主义、唯我主义。
章太炎介绍数论派的观点说：“僧佉（译曰数论）之说，建立神我。以神我为自性三德所缠缚，而生二十三谛。此所谓惟我论也。”数论以所谓“二十五谛”构成其哲学体系，这二十五谛又分作三大部分：其一为“自性”，由所谓“忧德、喜德、暗德”三要素构成，这三种要素相互冲突，便会产生一系列变易，所以“自性”是为“作者”；其二为“变易”，包括中间“二十三谛”，变易的次序是“自性”生“大”（或名“觉”、“想”、“智”、“慧”），“大”生“我慢”（或名“转异”），“我慢”生“五唯”（声、触、色、味、香）、“五知根”（耳、皮、眼、舌、鼻）、“五作根”（口、手、足、男女根、大遗根）以及“心根”，其中“五唯”又分别产生“五大”（空大、风大、火大、水大、地大）；其三为“神我”，以“思”或“知”为其根本，它不生不灭，是为“见者”。数论以为这三个部分之中，起决定或核心作用的是独立自在的“神我”，只有当它与“自性”结合起来，方才能实际地产生“变易”，显现“二十三谛”。“我也与自性合，如生盲人负生跛人，是和合者能生世间。”章太炎评论数论的这些观点说：“说神我者，以为实有丈夫，不生不灭。其说因于我见而起。乃不知所谓我者，舍阿赖耶识而外，更无他物。此识是真，此我是幻。执此幻者以为本体，是第一倒见也。”
章太炎认为，费希特、叔本华的观点与数论派的观点实际上差不多。他写道：“似僧佉派而或进或退者，则前有吠息特，后有索宾霍尔是也。”费希特、叔本华都是从康德出发，抛弃康德哲学中的“自在之物”，而走向主观唯心主义与唯我主义的。费希特宣称，康德的“物自身是一种纯粹的虚构”，是“完全没有实在性”的，离开了“自我”，离开了人的主观精神，一切都是虚构。他将“自我”说成独立自在的本源性的实体，“绝对地、无须任何根据地有效”，并“能为一切有根据的判断的根据”。整个宇宙运动，在他这里，被解释为“自我建立本身”、“自我建立非我”和“自我与非我统一”的过程。叔本华表面上承认康德关于自在之物的世界与现象世界的区分，但是，他将自在之物歪曲为所谓“生活意志”、“生存意志”或“生命意志”，说正是这个“意志”构成了“世界的内容和本质”，它“既是每一特殊事物的内在本质和核心，也是全部事物的实质和核心，它既表现于盲目的自然力中，也表现于人的自觉的行为中”，“世界上形形色色的事物，都是这个意志的表现、客观化，世界只是这个意志的一面镜子”。叔本华还更进一步，将这个意志世界归结为“我”的意志，宣称：“任何一切属于世界或可能属于世界的东西都不可避免地为主体所决定，并且只是为了主体而存在。”他的最终结论因而就是：“世界是我的表象。”章太炎认为，费希特、叔本华的这些观点，属于和僧佉派一样的颠倒了的世界观。
僧佉派、费希特、叔本华都将“我”看作自性永存的绝对实体。章太炎很不客气地指出：“邪见所指为我……寻其界说，略有三事：恒常之谓我；坚住之谓我；不可变坏之谓我。质而言之，我者，即自性之别名。此为分别我执，属于遍计所执自性者。”《成唯识论》解释“分别我执”一词的含义时说过：“分别我执，亦由现在外缘力故，非与身俱。要待邪教及邪分别，然后方起，故名分别。唯在第六意识中有。此亦二种：一、缘邪教所说蕴相，起自心相，分别计度，执为实我；二、缘邪教所说我相，起自心相，分别计度，执为实我。”章太炎说，僧佉派的“神我”，费希特的“自我”，叔本华的“我的意志”，其实都是因“邪见”而起的这种“分别我执”。所谓“属于遍计所执自性”，即指它们皆“由意识周遍计度刻画而成”，都是意识在对事物进行普遍的分别计较时将意识活动的产物执着为实有，所导致的结果。
章太炎断然宣称：“遍计所执之我，本是绝无。”游离于因缘关系之外，或者只成为因缘关系的起点或终结的绝对实体“我”，是根本不存在的。《人无我论》从十个方面对此作了论证。文章指出，如果“我”是绝对自在的实体，那么，它就不受任何设定，也不受制约于其他任何条件，既然如此，“我非形色，亦非领受，亦非名号，亦非作业，亦非心识”，就“不应与彼五蕴和合而称为我”，然而，“若不和合，所谓我者，毕竟安在？”文章针对僧佉派关于“思”或“知”为“神我”根本的论点反诘道：“世界造作事业，为以思为本因，为以我为本因？若以思为本因者，但是思作，而非我作；若以我为本因者，我既常住，不应更待思觉方能造作。若谓思在故我在，思即是我者，是则无思之时即无有我。”这种自相矛盾的状况恰好证明了作为“绝对实体”的“神我”、“自我”，纯属虚构。文章针对将“我”视为永恒而绝对的实体这一论点，进一步诘责说：“此我为依自故能有所作，为依他故能有所作？若依自者，此我既常，而自作生灭病苦杂染等事，不应道理；若依他者，我有所依，则已失我性，既非绝对，而能常住，不应道理。”这也就指出了费希特“自我”说的致命之处，既然自我为永恒的实体，为什么要产生出“非我”呢？既然于自我之外，复有非我存在，那么，自我的所谓绝对性、永恒性也就成了空话。文章还分别从其他许多方面反复论证，“谛实常住”的“神我”、“自我”并不存在。
章太炎截然否认“我”为“谛实常住”的绝对本体，并不否认人们通常所说的“我”的存在。他写道：“常人所指为我，自婴儿堕地已有顺违哀乐之情，乃至一期命尽，无一刹那而不执有我见。……此为俱生所执，属于依他起自性者。”《成唯识论》在解释“俱生我执”时说过：“俱生我执，无始时来，虚妄熏习内因力故，恒与身俱，不待邪教及邪分别，任运而转，故名俱生。”所谓“依他起自性”，指依托各种“因缘”而形成的具有相对确定性的一类“自性”或“本质”。《瑜伽师地论》曾解释说：“云何依他起自性？谓从众缘所生自性。”“依他起自性，由何故依他？答：由因缘故。”章太炎认为，僧佉派、费希特、叔本华等所说的“神我”、“自我”，属于“遍计所执自性”，纯属观念的虚构，实际根本不可能存在，而一般人所谓的“我”，属于“依他起自性”，则与此不同。它不是观念的虚构，而是实际存在的各种因素、条件互相作用的产物。作为缘生的结果，它当然要受制约于各种缘生的条件与前提，它的所谓“本质”必须依从许多具体的设定，它并非永恒而绝对的实体，而只是一种具有相对确定性的存在，即“幻有”。但是，“所谓依他起之我者，虽是幻有，要必依于真相。譬如长虹，虽非实物，亦必依于日光、水气，而后见形。此日光、水气是真，此虹是幻。所谓我者，亦复如是。”正是在这一点上，“依他起自性”之“我”与“遍计所执自性”之“我”明确地区分了开来。
所谓“依他起”之“我”，所依的真相究竟是什么呢？章太炎说：“自阿赖耶识建立以后，乃知我相所依，即此根本藏识。此识含藏万有，一切见相，皆属此识枝条，而未尝自指为我。于是与阿赖耶识展转为缘者，名为意根，亦名为末那识，念念执此阿赖耶识以为自我。”“我为幻有，而阿赖耶识为真。即此阿赖耶识，亦名为如来藏，特以清净杂染之分，异其名相。”“依他起”之“我”不是凭空产生的，不是人们主观的意念推衍、设想出来的，它的产生与存在，正表现了作为万物本体的“真如”或“阿赖耶识”的客观存在，也只有依托于“真如”或“阿赖耶识”，“依他起”之“我”方才能够成立。
章太炎认为，僧佉派、费希特、叔本华等人的根本性错误，就是不承认“真如”为唯一的本体，而臆造出一个“神我”或“自我”精神实体来取代“真如”。他写道：“若以佛法相稽，惟许有阿赖耶识，并不许有神我。”“阿赖耶识所变我相，五蕴所集我相，非实、非遍、非常，故说无我。”僧佉派、费希特、叔本华舍弃“真如”本体于不顾，反而“执此幻者以为本体”，所以，便成了“第一倒见”。
在说明“真如”或阿赖耶识如何产生“依他起”之“我”时，章太炎反复强调说：“唯识云者，许各各物皆唯是识，非许唯有自心一识。”“阿赖耶识为情界、器界之本，非局限于一人。”“真如”或阿赖耶识并非独立存在的某一具体的物，更非随同各种主观意念的不同而互为区别的精灵，它存在于“情界、器界”所有的“依他起”之“我”中，构成它们共同的普遍的本质。他断言，若不坚持这一点，便会使“真如”或“阿赖耶识”蜕变为僧佉派所说的“神我”：“一切众生，同此真如，同此阿赖耶识。是故此识非局自体，普遍众生，惟一不二。若执自体为言，则惟识之教，即与神我不异。”
章太炎坚持“金亦有识，诸无生者皆尔。”他并说：“非说金石皆有身识，不能成唯识义。”他的“真如”本体论同僧佉派、费希特、叔本华等人主观唯心主义的本体论的基本分歧，以及他的观点同唯识论传统看法的区别，在这一个问题上清楚地显示出来。他在东京所作的关于佛法的一次讲演，曾专门谈到佛法有许多不能说得圆满之处，有待后人补正，其中最为突出的，就是“佛法只许动物为有情，不许植物为有情，至于矿物，更不消说了”。《瑜伽师地论》将植物有生命说斥为“离系外道”的谬说，章太炎反驳说：“植物也有呼吸，不能说无寿；也有温度，不能说无煖；也有牝牡交合的情欲，卷虫食蝇的作用，不能说无识。依这三件，植物决定有命。”他还进一步详细说明了为什么必须承认矿物等各种无生物也同样“有识”。他写道：“原来阿赖耶，含有三个：一是业识，二是转识，三是现识。业就是作用的别名，又有动的意思。矿物都有作用，风、水等物更能流动，可见矿物必有业识。转识就是能见的意思，质言就是能感触的作用。矿物既然能触，便是能感，可见矿物必有转识。现识就是境界现前的意思。矿物和异性矿物，既能亲和，也能抵抗，分明是有境界现前。可见矿物也有现识。若依《成唯识论》分配，业识便是作意，转识便是触，现识便是受，并与阿赖耶识相应，但没有想、思二位。所以比较动植物的知识，就退在下劣的地位。”不仅如此，章太炎还进而认为：“矿物不但有阿赖耶识，兼有意根。何以见得呢？既有保存自体的作用，一定是有‘我执’。若没有‘我执’，断无保存自体的理。”从形式上看，章太炎在这里所说的观点似乎接近“物活论”，其实，恰好相反，通过他对矿物与动植物的比较说明，倒更清楚地表明，他所说的“阿赖耶识”并非指人的主观意念，而是指各种物质形态自身的运动或相互作用，从矿物的运动、亲和与排斥这类简单活动一直到人的思维这样复杂的活动，都包括在内。“情界”与“器界”的本源“真如”，作为客观实在的本体，与主观唯心主义者所说的“神我”、“自我”截然对立，在这里也就得到了明证。
章太炎将“唯物论”看作由“增益执”而产生的第二种颠倒了的世界观，即所谓“第二倒见”。
章太炎这里所说的唯物论，除去古代朴素唯物主义与近代机械唯物主义外，还包括休谟一类唯心主义的经验论。由于混同了经验论与唯物论，在他这里，休谟被与培根、霍布士、洛克等人一道列为唯物论的代表人物。
章太炎从本体论与认识论两个方面进行了辨析。
《人无我论》曾经赞扬了“近世唯物论者”对主观唯心主义或唯我论的批判，同时，又对于他们执持各种具体的物质为实在表示了不满。该文写道：“近世唯物论者亦能知第二我执（指属于所谓”遍计所执自性“的”分别我执“为谬，而或以多种原质互相集合为言，或以生理单位异于物质为言。此虽能破人我，乃举其所谓自性者以归诸他种根力，又堕法我之谬论。”章太炎以为，这些唯物论者之所以失足，就是不懂得只有“真如”方才是万物本体。
章太炎说，古代印度唯物论者分作两大派别：“一据有方分言”，以“阿耨、缽逻摩怒、电子、原子”四大种子为万物之源；“一家复说为无方分”，以“坚、湿、煖、轻”四种造色种子为万物之源。“近世亦有二说”，也是一以“有方分”言，一以“无方分”言。章太炎认为，这两派的观点都不能真正成立。
以“有方分”者而论，章太炎指出：“说物质者，欧洲以为实有阿屯，印度以为实有缽逻摩怒，执为极细。而从此细者剖之，则其细至于无穷。名家所谓‘一尺之棰，日取其半，万世不竭’者，彼不能辞其过矣。”“六十四种原质，析至邻虚，终无不可复析之量。既可复析，即不得强立‘原子’之名。”以此，章太炎断言：这些极微的物质粒子“分析无尽，非种非原”。
再以“无方分”者而论，章太炎指出：“若无方分，此不可见、闻、臭、尝、触、受，则非见量；此最遍性，则无比量（比量皆以通明局，以遍明狭。物界最遍，故无比量）。……若依无方分物质言，惟是非量。以无方分者无现量，非色、非声、非香、非味，且非是触。无现量，故亦无由成比量。”以此，“今计无方分之实质”，便只能是“非接非谟，本在知识以外，实不可得”。章太炎针对近代机械唯物论者所提出的物质概念，即将物质看作所谓“不可断截、破坏、贯穿，不可取舍、乘履、搏掣，非长非短，非方非圆，非正非不正，非高非下，无有细分，不可分析，不可睹见，不可听闻，不可嗅尝，不可摩触”的原始粒子的看法，指出：“执为无厚（无厚即非延长，谓其本无形式，非粗非细），离于色、声、香、味、触等感觉所取之外，惟其中心力存。此虽胜于极细之说，然未见有离于五尘之力，亦未见有离力之五尘。力与五尘互相依住，则不得不谓之缘生。既言缘生，其非本体可知。”
概言之，无论是有方分者，还是无方分者，都不是也不可能是最基本的、无法再行分割的、元始的物质粒子。它们照旧可以无限分割，它们也同其他物体一样要受到各种因素的制约，它们的主要特征同样是所谓“非实、非遍、非常”。它们的这种相对性、特殊性与暂时性，用唯识论的语汇说来，便叫作“幻”。章太炎认为，只有确认“真如”为唯一真实的本体，才能避免旧唯物论的这些缺陷。而旧唯物论的错误，正在于它将处在变动中的一些过渡性或中间环节的具体物质微粒宣布为万物之源、世界本体，颠倒了本末。所以，他感叹地作出结论说：“此心是真，此质是幻。执此幻者以为本体，是第二倒见也。”
在认识论方面，章太炎着重说明，若按照“惟物者，自物而外，不得有他”这一标准来衡量，那就只有唯感性经验是信的印度斫婆迦师、英国的休谟，才够资格称得上“真唯物论”。因为“斫婆迦说，以为现量诚谛，比量虚妄”，“而休谟之说，惟许现象，不许本质”，一个不容许追求事物之间的因果关系，一个不容许探寻现象背后的本质，“惟以现所感触为征”，比之不满足于直接的感性经验，而努力发现事物的因果关系与本质的所谓“相似之唯物论”来，要更加坚定，更加彻底。章太炎指出，这种“真唯物论”，以因果、本质等等俱为“心所妄念”，并非客观实在所有，这一观点，同唯识法相哲学将“遍计所执自性”看作“意识周遍计度”的产物，几乎不谋而合，足见这种“真唯物论”与唯识法相哲学并不绝对排斥。因此，他写道：“即实而言，唯物之与唯心，其名义绝相反，而真唯物论乃即真唯心论之一部。”
然而，章太炎只是在否定“遍计所执自性”的客观实在性这一点上，引斫婆迦与休谟为同调。由此再进一步，他们便分道扬镳了。章太炎不仅在坚持有自在之物“真如”的存在以及能够认识“真如”这一点上，与斫婆迦师、休谟观点相反，即在因果关系问题上，他的立场和斫婆迦师、休谟也大相径庭。斫婆迦师和休谟根本否认因果律，他们把因果联系说成人们思想中或想象中的一种习惯性的联系，章太炎则以为这种联系原于阿赖耶识中的“种子”或“原型观念”。他说：“因果非物，乃原型观念之一端。”“因果之识亦心种子，不以前后因果而有心，唯依心而成前后因果。”“凡言因果，其间差别众多。瑜伽、唯识并说十因五果。若专藉一因而成一果者，近事固鲜其例。……一果本非一因所成。《大毗婆沙论》二十一云：‘一法既与多法为能作因，多法亦与一法为能作因。’今依法相，但说主因为能生因，其余诸缘可说为方便因。”唯识法相哲学之所以说“无因论”，并非不承认因果关系的客观存在，而是要求充分承认因果关系的复杂性，要求防止将人们对因果关系的主观设定与猜度应用于本体“真如”。他就此写道：“瑜伽师地论》说：‘因是无常。’《大毗婆沙论》二十一亦云：‘我说诸因以作用为果，非以实体为果，又说诸果以作用为因，非以实体为因。’诸法实体恒无转变，非因果故。”
章太炎认为，整个说来，“唯物者，虽不知圆成实性，犹据依他起性”，这比唯我论者执着“遍计所执”之“我”为实在要好得多，比之唯神论、唯理论更要高明。唯物论以“现量”为凭据的认识方法，比之唯我论、唯理论也要合宜得多，“识者以自证而知，物者以触、受而知，皆有现量，故可就成也”。以此，他说：“凡非自证及直觉、感觉所得者，皆是意识织妄所成。故不能真知唯识者，宁持唯物。”而且，它更加切合世俗的需要：“唯物之论，于世俗最无妄矣。”
以神为万物本体和创造者的有神论，被章太炎看作“增益执”所造成的“第三倒见”，也给置在应当排除者之列。他写道：
说神教者，自马步诸逑而上，至于山川土谷，稍进则有祠火与夫尊祀诸天之法，其最高者，乃有一神、泛神诸教。其所崇拜之物不同，其能崇拜之心不异。要以藐尔七尺之形，饥寒疾苦，辐凑交迫，死亡无日，乐欲不恒，则以为我身而外必有一物以牵逼我者，于是崇拜以祈获福。此其宗教，则烦恼障实驱使之。或有山谷之民，出自窟穴，至于高原大陆之上，仰视星辰，外睹河海，而爽然自哀其形之小，所见所闻，不出咫尺，其未知者，乃有无量恒河沙数。且以万有杂糅，棼不可理，而循行规则，未尝衍于其度，必有一物以钤辖而支配之，于是崇拜以明信仰。此其宗教，则所知障实驱使之。
不能退而自观其心，以知三界惟心所现，从而求之于外，于其外者，则又与之以神之名，以为亦有人格。此心是真，此神是幻，执此幻者以为本体，是第三倒见也。
在这里，章太炎清楚指出，有神论的主要特征，就是盲目地崇拜一种异己的力量，屈从于某一外在力量的统治。这种崇拜之心的产生，既有社会根源，又有认识根源。不是人们控制社会生活，而是社会生活的无常和苦难，使社会成了一种不可思议的异己力量，宰制着人们的命运，这就是社会根源；而眼界的狭窄和偏颇，普遍的愚昧和无知，使人们对宇宙繁杂的变化及其有规则的运动感到困惑不解，于是，便以为冥冥之中有一个万能的主宰，这就是认识根源。
在这里，章太炎还清楚地指出，宇宙万物的递化轮转，都是作为万物之本原的“真如”及阿赖耶识自身的运动，有神论成为一种颠倒了的世界观，就是因为它力图在宇宙万物之外，寻得一个独立于世界之外并高踞于万物之上的造物主，将这个造物主看作世界的创造者。章太炎在其他许多地方，还反复揭露和批评了有神论的这一谬误。他说：“信神教者，以为天公巨灵，特生人类，以蕃其种，以润色其世宙。故非独死生不能自主，屏居遁世，不与社会耦俱，则已背上神之命。此误认万物为有作者，从而演为法戒，以根本之迷谬及其枝条。”他又说：“若万物必有作者，则作者亦更有作者，推而极之，至于无穷。然则神造万物，亦必被造于他，他又被造于他。此因明所谓犯无穷过者。”
章太炎非常有力地批判了以人格神上帝为崇拜对象的基督教有神论。“基督教之立耶和瓦也，以为无始无终，全知全能，绝对无二，无所不备，故为众生之父。”然而，只要稍作思考，便可发现，这四条一项也不能成立。无始无终是超绝时间，可是，基督教义明说上帝创造世界用了七天时间，并规定了世界的末日，这怎么能说是无始及无终呢？如果说，这仅是世界之始终，而非上帝之始终，那么，就要责问“彼耶和瓦之心，何其起灭无常也”！上帝忽而要创造世界，又忽而要毁灭世界，“其心既起灭无常，则此耶和瓦亦必起灭无常”。基督教义自身就推翻了“无始无终”的神话，这是其一。全知全能，就是无所不知，无所不能，可是，基督教义明说上帝的制品人类并非纯善无缺，且有与上帝对立的天魔撒旦专门与神和人处处为敌，这不正证明了上帝所知有限，所能也有限么？“是故全知全能之说，又彼教所以自破也。”这是其二。“绝对无二者，谓其独立于万有之上也。”可是，基督教义又偏要说上帝创造万有，“则问此耶和瓦之创造万有也，为于耶和瓦外无质料乎，为于耶和瓦外有质料乎？”若所有质料皆具足于耶和瓦中，则一切万有亦具足于耶和瓦中，根本不需要上帝去创造；若耶和瓦外本有质料，则上帝就不再是绝对无二了。“是故绝对无二之说，又彼教所以自破者也。”这是其三。无所不备，“谓其无待于外也”，可是，上帝既然需要创造人类，创造世界，就不能说他无待于外了。“是故无所不备之说，又彼教所以自破者也。”这是其四。神学教条中所有这些无可解脱的自相矛盾之处，充分证明了上帝的存在及上帝创世说全属不经之谈。《新约·以弗所书》说：“上帝就是众人的父，超乎众人之上，贯乎众人之中，也在众人之内。”章太炎指出：“父者，有人格之名，非无人格之名。”而上帝既为有人格之神，即当“与生人各有自性”，这样，也就否定了上帝“无所不备”、“绝对不二”的说教；同时，既称为父，即当有母与之对待，“若云不待牝牡，可以独父而生，此则单性生殖，为动物最下之阶”！
章太炎的这番驳论，对基督教的神学体系是有力的一击。他曾自述：“往者作《无神论》，大为基督教人所反对。广州教会有《真光报》，以仆为狂悖至极。”
章太炎不仅批判了以人格神为崇拜对象的有神论，而且还由此更深入一步，对吠檀多的以非人格神“高等梵天”为崇拜对象的有神论，对斯宾诺莎的泛神论、哈特曼的神是精神及康德的神不可知论，逐一进行了批判。
吠檀多派，是古代印度的一个重要哲学派别，以阐释吠陀和奥义书的原本教义为其主要使命，包括商羯罗、罗摩奴阇、摩达婆、宁跋阿罗加、婆罗跋、有知派等许多小派别。在近代，印度著名哲学家辨喜曾大力提倡吠檀多哲学。章太炎对吠檀多哲学有浓厚兴趣，但反对其中有神论的倾向。
吠檀多哲学的主要观点，章太炎曾扼要作了介绍。他写道：
若夫吠檀多教亦立有神，而其说有远胜于基督教者。彼所建立，一曰高等梵天，二曰劣等梵天。高等梵天者，无属性，无差别，无自相。劣等梵天者，有属性，有差别，有自相。而此三者，由于无明而起。既有无明，则劣等梵天亦成于迷妄。而一切万物之心相，皆自梵出，犹火之生火花。是故梵天为幻师，而世间为幻象，人之分别自他，亦悉由梵天使其迷妄。若夫高等梵天者，离言说相，离名字相，离心缘相，谓之实在而不可得，谓之圆满而不可得，谓之清净而不可得。所以者何？实在、圆满、清净之见，皆由虚妄分别而成，非高等梵天之自性也。人之所思想者，皆为劣等梵天，唯正智所证者，乃为高等梵天。既以正智证得，则此体亦还入于高等梵天，非高等梵天之可入，本即高等梵天而不自知也。若其不尔，则必堕入轮回，而轮回亦属幻象，惟既不离虚妄分别，则对此幻象而以为真。此则吠檀多教之略说已。
吠檀多派所说的“梵天”，相当于哲学上的“有”或“存在”。高等梵天，是纯粹的“有”与纯粹的“存在”；劣等梵天，是杂染的“有”与杂染的“存在”。“无明”，指的是人对于自身本性、自身与梵天之间真实关系的无知。由于这种无知，导致“有”或“存在”异化，形成“幻有”。章太炎以为，这一理论与唯识法相哲学有相通之处，可是，吠檀多强行把作为本体而存在的“有”名之曰“梵天”，并分成“高等”与“低等”两个，却是“根本误谬”。
章太炎指出，如果“高等梵天”有直接的因果作用，那么，它就必须有其“自性”。“既有自性，则无任运转变”。但是，这样一来，“无明”便无从产生，“劣等梵天”也就无从生起。反之，如果“高等梵天”没有直接的因果作用，那么，它就“无异于佛家之真如”。但是，这样一来，吠檀多的理论便要皈依于唯识法相哲学了：“真如无自性，故即此真如之中得起无明，而劣等梵天者乃无明之异语。真如、无明，不一不异，故高等梵天与劣等梵天亦自不一不异。”章太炎在这里说明，如果强行要把“高等梵天”看成具有独立自性的造物主，把“劣等梵天”看成它在“无明”之下制作出来的产品，那么，它就必然要同其他有神论一样，陷入无以自拔的恶性循环逻辑谬误；反之，如果把“高等梵天”看成与“真如”一样“无自性”的本体，承认“真如”与“无明”不一不异，承认“高等梵天”与“劣等梵天”不一不异，那么，它就将使“高等梵天”失去全部“神”性，而与唯识法相合流。以此，章太炎说：“由吠檀多之说，若变为抽象语，而曰真如、无明，则种种皆可通。若执此具体语，而曰高等梵天、劣等梵天，则种种皆不可通。此非有神教之自为障碍耶？”
对于斯宾诺莎的泛神论，章太炎给予很高评价。他写道：“近世斯比诺莎所立泛神之说，以为万物皆有本质，本质即神。……世界流转，非神之使为流转，实神之自体流转。离于世界，更无他神；若离于神，亦无世界。此世界中，一事一物虽有生灭，而本体则不生灭。万物相支，喻如帝网，互相牵掣，动不自由。……观其为说，以为万物皆实，似不如吠檀多教之离执著，若其不立一神，而以神为寓于万物，发蒙叫旦，如鸡后鸣，瞻顾东方，渐有精色矣。万物相支之说，不立一元，而以万物互为其元，亦尽华严‘无尽缘起’之义。虽然，神之称号，遮非神而为言，既曰泛神，则神名亦不必立，此又待于刊落者也。”在这里，章太炎充分肯定了斯宾诺莎万有皆有本质、万有即本质自身运转的思想，赞许了斯宾诺莎万事万物互相联系和互相制约的观点，对他以万物皆是实在的立论则提出了批评，并反对他实际上取消了神，却又仍然保留了神这个名称。斯宾诺莎认为自然中没有任何偶然的东西，一切事物的运动都受必然性支配，对此，章太炎也提出了批评。他反对斯宾诺莎的这种机械论，写道：“荷兰哲学家苏比诺萨云：万物变化，皆随定理，无不整齐，虽一物不能逭。故一粒沙砾，随风飘至，亦有定法。若使此沙砾飘往他处，他物不得居其处，而又将往他处，则秩序为之紊乱矣。是则以为天地未祛，数既前定……斯近释氏之羯磨，而益使生民束缚于昊宰，斯又迂也。”斯宾诺莎停留于泛神论而未能再向前跃进一步，走向无神论，章太炎认为，是因为他也未能摆脱所谓“增益执”的影响。以此，他惋惜地说：“诸事神者，皆起于增益执。泛神之说虽工，而由不了依他，故损减自心而增益外界。”
德国唯心主义哲学家哈特曼的代表作是《无意识哲学》。哈特曼在这部著作中，力图调和黑格尔的泛理性论与叔本华的泛意志主义。哈特曼说，宇宙的本体是“无意识者”，它有两重属性，一是理性，二是意志。“无意识者”，即是绝对精神和神；理性和意志，则分别导致“宇宙恶”与“人格恶”。章太炎在《菌说》的修订稿中曾经概略地介绍了他的这些观点，说：“近世西方论善恶者分理性、非理性。塞伦古（谢林）变堪德（康德）之说，以为人能自由，终成恶果，而此能自由以造恶因者，亦上天赋之。先是黎步尼知（莱布尼兹）尝作神恶论矣，自塞氏后，赫路托门（哈特曼）补苴其说，大氐谓：神赋人善，而与以自由。六根之欲，亢极过程，恶在根本者，则曰宇宙恶，此为积极，出于理性者也。好恶异人，贡高辟戾，恶不缘于情欲者，则曰人格恶，此为消极，出于非理性者也。夫此诸家言神恶、宇宙恶，其渊衷理照，盖与荀子微近矣。惜乎其以哲学杂景教，犹未能堕除门户也。”在《无神论》中，章太炎指出：“赫尔图门之说，以为神即精神。精神者，包有心物，能生心物。此则介于一神、泛神二论之间。”这一“包有心物”论，同其他有神论一样，也无法自圆其说。其后，他在《与人书》中，更为明确地指出，哈特曼以“无意识”为神、绝对精神、宇宙本体，是不能成立的。他写道：“近世哲学、心理学家所谓‘无意识者’，其意义至为汗漫，与吾辈所持有异。既有种种观念，则初必与‘作意’相应，后必与‘思’相应。遍行五境，无不经历，而岂得以‘无意识’名之？彼所云‘无意识者’，谓非审决印持不可引转者耳。以唯识正教衡之，此但得云无胜解，不得云无意识。一念心起，必不能逃于意识之外，而况已有恶念者？”
最后，章太炎还批评了康德，因为康德的不可知论为上帝及有神论的存在保留了地盘。章太炎写道：“精如康德，犹曰：‘神之有无，超越认识范围之外，故不得执神为有，亦不得拨神为无。’可谓千虑一失矣。”为什么呢？他说：“凡见量、自证之所无，而比量又不可合于论理者，虚撰其名，是谓‘无质独影’。”而所谓“上帝”，所谓“神”，既非现量所能直接感知，亦非自证所能证知，比量即推理又不能证明它的存在，便是这种虚撰其名的“无质独影”，当然必须“竟拨为无”。
对于有神论的批判，最终仍然归结到必须破除“遍计所执自性”，掌握“依他起自性”，追求“圆成实自性”。章太炎说，从对草木龟鱼、徽章咒印顶礼膜拜的图腾崇拜，到对大梵、耶和瓦及真主顶礼膜拜的吠陀、基督、天方诸教，或“于万有之中而横计其一为神”，或“于万有之上而虚拟其一为神”，都是“欲取一实以概无量无边之实”，犯了“遍计所执之过”。为了彻底破除有神论，章太炎要求建立一理性宗教、哲学宗教、道德宗教与之相对抗。他于是提出：“今之立教，惟以自识为宗。识者云何？真如即是惟识实性，所谓圆成实也。而此圆成实者，太冲无象，欲求趋入，不得不赖依他。逮其证得圆成，则依他亦自遣除。”
客观唯心主义的唯理论，被章太炎视为由于执持“遍计所执自性”为实在即犯了“增益执”错误的又一种颠倒了的世界观。他说：“蠕生者之察万物，得其相，无由得其体。虽得之，不横以无体为体。有文教者得其体矣，太上有唯识论，其次有唯物论。……最下有唯理论师，以无体之名为实，独据遍计所执性，以为固然。”他所说的唯理论师，主要指谢林、黑格尔、蒲鲁东等人，也包括其他一些与经验论相对立的唯理论者。
章太炎对唯理论的责难，首先是它“以无体之名为实”。他写道：“无体之名，浮屠谓之不相应行（非心非物，故曰不相应行。《成唯识》有不相应行二十四种。康德所说十二范畴，亦皆不相应行也）。意识用之以贯万物，犹依空以置器，而空不实有。海羯尔（黑格尔）以有、无、成为万物本，笛佉尔（笛卡尔）以数名为实体，此皆无体之名。庄周曰：‘名者，实之宾。’（《逍遥游》）尹文曰：‘有形者必有名，有名者未必有形。’（《大道上》）今以有名无形者为实，此蠕生所不执也。”所谓“不相应行”，指其体相无从得知的那些概念，如“色同分”、“心同分”、“物同分”、“人同分”等类概念“众同分”，“天人”、“男女”等双词汇“名身”等等，既非心，又非物，是人们对变迁、流动、造作中的诸现象作出的概括。章太炎认为，康德所说的单一性、多数性、总体性、实在性、否定性、制限性等十二范畴，黑格尔所说的有、无、成等“纯粹理念”，笛卡尔的“天赋观念”即数学与几何学定理，便都属于这种“不相应行”。笛卡尔、黑格尔等将这些不相应行的概念独立起来，说成超越于人们思想并存在于事物之先的纯粹的、唯一真实的实体，宣称只有它们方才是一切事物绝对真实的基础，只有它们才是事物与对象的本质。章太炎引用庄周与尹文的论述，强调名以表实，但名不等于实，名更不能先于实而独立存在，证明笛卡尔、黑格尔完全颠倒了名与实的关系。
章太炎对唯理论的另一责难，就是它将宇宙的运动纳入了黑格尔所说的由“有”经“无”而至“成”的简单公式。他认为，“海羯尔有、无、成之说”乃是“执著空言”。他特别反对“有、无、成”这一公式中的目的性内容，说：“或窃海格尔说有、无、成义，以为宇宙之目的在成，故惟合其目的者为是。夫使宇宙而无所知，则本无目的也。使宇宙而有所知，以是轻利安稳之身，而倏焉生成万物之自蠹？”他认为，无论人们承认还是不承认，宇宙万物的变化绝非以大功告成而终结，而恰恰是以新的矛盾、竞争和冲突为其向新质转化的开始，“生生不已，终于竞争”，“非入无余涅槃而灭度之，亦终于未济而已”。他并毫不讳言地确认了矛盾冲突的绝对性，说：“小亚细亚学者海逻克梨提（赫拉克利特）之言曰：‘争者，群生之父，万物之王。一日息其争战，则宇宙将自灭亡。’其言虽悖，而适合于事情。”
与此相联系，章太炎对黑格尔的发展观也持怀疑态度，并从先前热烈倡导进化论转向鼓吹所谓“俱分进化论”。他写道：
近世言进化论者，盖昉于海格尔氏。虽无进化之明文，而所谓“世界之发展即理性之发展者”，进化之说已蘖芽其间矣。达尔文、斯宾塞尔辈应用其说，一举生物现象为证，一举社会现象为证。如彼所执，终局目的必达于尽美醇善之区，而进化论始成。……
虽然，吾不谓进化之说非也。……若云进化终极必能达于尽美醇善之区，则随举一事，无不可以反唇相稽。彼不悟进化之所以为进化者，非由一方直进，而必由双方并进，专举一方，惟言智识进化可尔。若以道德言，则善亦进化，恶亦进化；若以生计言，则乐亦进化，苦亦进化。双方并进，如影之随形，如罔两之逐景。非有他也，智识愈高，虽欲举一废一，而不可得。曩时之善恶为小，而今之善恶为大；曩时之苦乐为小，而今之苦乐为大。然则以求善求乐为目的者，果以进化为最幸耶，其抑以进化为最不幸耶？
进化之实不可非，而进化之用无所取。自标吾论曰：俱分进化论。
所谓“俱分进化论”，强调了事物发展总包含着互相对立的正反两种趋向，反对黑格尔认为发展可以达到最终完成境界的保守倾向。然而，它没有充分注意到黑格尔发展论中极为丰富的积极内容，没有足够重视黑格尔所揭示的整个自然的、历史的、精神的世界运动和发展的内在联系，因而，便将孩子与脏水竟一道泼掉了。
章太炎对唯理论的责难，其三就是它夸大了必然性的作用，将使人们最终“一切不自由”。章太炎写道：“如布鲁东（蒲鲁东）氏之说，则曰：‘天下一事一物之微，皆将有而非现有，转变化成，体无固定。而百昌之在恒沙世界，节族自然，盘旋起舞，合于度曲，实最上极致之力使然。有此极致，故百昌皆向此极致，进步无已。是虽必然，而亦自由。是故一切强权，无不合理。凡所以调和争竞者，实惟强权之力。’此以互相牵掣为自由，其说已暗昧难知矣。原其立论，实本于海格尔（黑格尔）氏，以力代神，以论理代实在。采邑有殊，质地无改，即使万物皆归于力。故持论至极，必将尊奖强权。名为使人自由，其实一切不得自由。后此变其说者，不欲尊奖强权矣，然不以强者抑制弱者，而张大社会以抑制个人，仍使百姓千名互相牵掣，亦由海格尔氏之学说使然。名为使人自由，其实亦一切不得自由也。”这里着重说明，黑格尔“以力代神，以论理代实在”，将规律性、必然性及逻辑公式的作用绝对化，就会陷入新的命定论，扼杀人们的自由。章太炎以此还进一步提出：“合法者，对不合法而言耳。有生之物，以有自由，而举动率多逾法。彼无生者，既无自由，则不得不由他物相牵而动。万物相支，互为推荡，其合法亦奚足羡？”他还说：“凡取一物一事，而断其合法与否，此亦惟在自心，非外界所能证也。……于此则被以不合法之名，于彼而被以合法之名，此特人心之自为高下，而于物何与焉？”以此，他宣称：“云何合法？心之合法。与其归敬于外界，不若归敬于自心。”
章太炎对唯理论的责难，其四就是它将世界的本源归结为所谓“绝对精神”。
绝对精神，或绝对理念，是先于自然界与人类社会而存在的宇宙精神。黑格尔用它取代康德的“自在之物”，从而取消了意识之外独立存在的客观物质世界。全部世界运动被归结为绝对精神自我异化而又自我复归的三个阶段：逻辑阶段、自然阶段、精神阶段。思维、概念被说成本质，而物质、存在则被说成思维、概念的表现或现象。20世纪初，日本哲学界有不少人将黑格尔的哲学与马鸣《大乘起信论》哲学加以比较，认为二者非常相像，特别是马鸣的“如来藏”与黑格尔的“绝对精神”非常接近。对此，章太炎给以坚决驳斥。他说：“吾观日本人说佛教者，或以马鸣哲学比之海格尔说，徒以形式相同，强为比傅，其义绝远。斯正随文之过耳。”其义绝远，主要就表现在：章太炎所说的“真如”，只表示客观的、永恒的实在，它存在于变化着、运动着的宇宙万物之中，并构成其真实的本质；而黑格尔的“绝对精神”，则是完全脱离了客观物质世界的精神性实体，它先于物质世界而存在，并成为整个世界的创造者。章太炎在说明“真如即是唯识实性”时强调说过：“若执识外别有真如者，即与计有、无为实物者同过。又此土学者，或立道，或立太极，或立天理，要之非指物即指心，或为综计心物之代语，故亦无害。若谓心物外别有道及太极、天理者，即是妄说。”所谓“其义绝远”，还表现在：章太炎不承认“真如”的运动及诸法流转服从某种固定的法则，而黑格尔则坚持“绝对精神”的运动决不会逾越他所勾画出来的“纯概念”运动的辩证法。章太炎为黑格尔哲学程式化了的形式所激怒，愤愤地写道：“自我观之，承志顺则，自比于厮养之贱者，其始本以对越上神。神教衰，而归敬于宿命。宿命衰，而归敬于天钧。俞穴相通，源流不二。世有大雄无畏者，必不与竖子聚谈猥贱之事已。”这就是斥责用任何逻辑公式或自然法则来使人们俯首贴耳，听从命运的安排，坚持只有确认“真如”为唯一本体，才能最终堵塞一切通向上帝与宿命之路。
章太炎认为，为了正确认识世界的本来面目，除去破除“增益执”外，还必须破除“损减执”。他认为，康德所说的“感性直观的纯形式”空间与时间，“知性的纯概念”十二范畴，以及休谟、康德关于现象的界说，便属于“损减执”的典型。
在康德哲学中，空间与时间，只是人们感性直观所固有的一种主观形式，十二范畴，只是人们知性先天就具有的用以整理感性材料的构架，它们都超越于经验，都不是客观实在。人们借助于空间、时间和十二范畴而获得的关于对象的知识，也就是为人们所认知的诸现象，因之便必然与客观存在着的“自在之物”相脱离。章太炎认为，将空间、时间、十二范畴与诸种现象都看成纯然主观的东西，不承认它们各有其客观依据，正是犯了“损减执”的过错。
章太炎针对“以空间、时间为空”的观点，提出责问：“假令空是绝无，则物质于何安置？假令时是绝无，则事业于何推行？”他指出：“若言无空间者，亦必无物而后可；若言无时间者，亦必无事而后可。”既然承认“色尘之相”的存在，便不能不承认空间与时间的存在。他并指出：“若空间，则于五尘之静相有所关系矣；若时间，则于五尘之动相亦有所关系矣。”所谓于静相有所关系，就是指空间起于五尘之“我慢”：“空间者，起于我慢。例如，同时同地，不能并容二物。何以不容？则因我慢而有界阂，因界阂而有方所。涤除我慢，则空间亦无自建立矣。”所谓于动相有所关系，就是指时间起于“心法生灭相续无已”：“即自位心证自位心，觉有现在；以自位心望前位心，觉有过去；以自位心望后位心，比知未来。是故心起即有时分，心寂即无时分。”这里所说的“我慢”、“心起”，所指的就是由“真如”或“阿赖耶识”引起的运动，正如章太炎所说：“凡言心者，正当言识，以心本义为心藏，引伸为识之代词。”“我慢”，在这里主要指五尘的广延性；而“心起”，则主要指运动的延续性；章太炎也说明了，只要五尘存在，只要“真如”与“阿赖耶识”仍在运动，空间与时间就必然存在着。
康德说，“世界在时间里有开始，在空间里有界限”这一正题，同“世界在时间里没有开始，在空间里没有界限，它在时间与空间两个方面都是无限的”这一反题，两者都是成立的，这就恰好证明时间和空间都是主观的感性形式，并非客观存在。章太炎介绍康德这一观点说：“彼其所以遮拨空、时者，以前此论空间者，或计有边，或计无边，论时间者，或计有尽，或计无尽，互为矛，纠葛无已，于此毅然遮拨为无，而诤论为之杜口。”康德这一推论是否正确呢？章太炎认为，并不正确。他针对有限与无限的矛盾，指出：无限这一概念完全是一个假设的概念，“所以知无量者，由于心起分别，先以大小长短相形，至不可形，而立无量之名。”事实上，它只是对难以穷尽的有限事物所作的简单化的概括。穷究下去，便可发现，任何事物都意味着既无限大，又无限小，它们自身便是有限与无限的统一：“彼所谓无量者，谓其至大无外、至长无际耳。然至大者，极于无量；而取最小之微尘递分析之，其小亦无有量。至长者，极于无量；而取最短之一刹那为之分析，则复有其短者，递析递短，而其短亦无有尽。”“以吾形而比于华藏，以吾寿而比于永劫，并细且短不可以量计也；若复取吾形而比于递分之微尘，取吾寿而比于递析之刹那，其大且长，又不可计其量矣。”即以空间与时间而言，有限与无限总是相比较而存在的：“小不可令至无厚，大不可令至无外；一瞚不可令无生住，终古不可令有本剽。其犹一尺之棰，取半不竭。故虽等在处识、世识之中，而别相卷舒，非矩蒦壶箭所能定也。”因此，用空间与时间所包含的有限与无限的矛盾来证明空间与时间纯为主观的感性形式，并将二者“毅然遮拨为无”，也就完全站不住脚了。
章太炎还指出，空间是否有边、时间是否有尽的问题，同事物本身是否有边有尽的问题，是紧密地联系在一起的。他写道：“若以物言，亦可执有边、无边之见。所以者何？现见六十四种极微，积为地球，推而极之，以至恒星世界。此恒星世界、极微之量，果有边际乎，抑无边际乎？若以事言，亦可执有尽无尽之见。所以者何？现见单细胞物复生单细胞物，经过邬波尼杀昙数层累阶级而为人类，由此人类，复生人类，此一切众生之流注相续者，果有始终乎，抑无始终乎？”这就是说，空间是否有边的问题，其实就是从极微之量到恒星世界，诸物是否有边的问题；时间是否有尽的问题，其实也就是从单细胞到人类一切众生流注相续是否有尽的问题。以此，要说空间、时间俱应“遮拨为无”，那就必须“取物质、事业二者与空间、时间同日而遮拨之”；而绝不可“破空而存物，破时而存事”。章太炎指出，康德也深知完全否定物质、事业的存在过于偏激，因此“于物质中之五尘，亦不得不谓其幻有，而归其本体于‘物如’”。他反诘道：既然承认五尘为“幻有”，“则空间、时间何因不许其幻有耶？”既然承认“物有物如”，则“空间、时间何因不许其有空如、时如？”
对于十二范畴，对于外界诸现象，亦即对于所谓“法尘”，章太炎亦作如是观。他指出，康德既然承认“五尘”有“物如”为其本体，那么，就不能不承认包括十二范畴在内的整个“法尘”也都有自在之物“真如”为其本体，因此，就没有理由说十二范畴与外界诸现象同客观实在完全脱节。他写道：“损减执者，不知五尘、法尘同是相分，此诸相分，同是依识而起。……今者排摈意思，以为所见法尘，惟是妄想，而无外境；又取此五识所见之外境在五识中本不分别以为外境者，却从意识所分以为外境。于彼则排摈意识，于此则又不得不借资于意识，矛盾自陷，尚可通乎？”对色、声、香、味、触的感知，离不开意识的作用，但并未因此而否认它们为“幻有”，有其本体“物如”，那么，又怎么能借口对诸外界现象的认识离不开意识，而否认诸“法尘”为“幻有”，并有其客观实在的本体呢？以此，他作出结论说：“五尘之安立，亦无异于法尘之安立。五尘固
