第一节 民族革命
章太炎第三次流亡来到日本，7月7日，由孙中山主盟，孙毓筠介绍，正式加入了中国同盟会，并接受了同盟会总部的要求，接任《民报》总编辑人和发行人。刚到东京时，他住在孙毓筠寓所，这时，便住进了东京牛込区新小川町二丁目八番地的民报社。
《民报》创刊号出版于1905年11月26日。在章太炎出狱前，已经出版了五期并号外一份，编辑人兼发行人是章太炎“以弟蓄之”的张继，主要撰稿人是胡汉民、汪精卫、陈天华、宋教仁等人。根据简章，《民报》坚持所谓六大主义：“一、颠覆现今之恶劣政府；二、建设共和政体；三、维持世界真正之平和；四、土地国有；五、主张中国日本两国之国民的联合；六、要求世界列国赞成中国之革新事业。”同盟会的宣传家们在各期《民报》中热情地宣传了这些主张，并围绕着要不要进行推翻清朝统治的暴力革命、要不要建立共和国、要不要进行以解决土地问题为核心的社会革命这三大问题，同梁启超主编的《新民丛报》展开了激烈的论战，使《民报》迅速取得了执革命舆论之牛耳的地位。
1906年7月25日，《民报》第六号出版。从这一期开始，直至1908年10月《民报》被日本当局封禁为止，章太炎除中途一度因脑病发作，改由张继、陶成章编辑了三期外，一直主持《民报》的编辑和发行工作。作为民报社社长，他对同盟会的革命方略包括民族革命、政治革命、社会革命理论及革命的策略路线，作出了重要贡献。
当时，围绕着要不要进行以“反满”作旗帜的民族革命，同盟会受到来自保皇主义和无政府主义两个方面的反对。两个反对派理论上都振振有词，甚至对革命派形成咄咄逼人之势。章太炎是“反满”最早倡导者之一，主持《民报》后，在同两个反对派的论战中，他进一步充实和发展了他的民族革命理论。
保皇主义者据以反对进行民族革命的一部最有影响的理论著作，是英国社会学家甄克思所著、严复译述于1904年由商务印书馆印行的《社会通诠》一书。甄克思将人类社会分为图腾、宗法、军国三种形态，而将重视区分民族界限、热衷倡导民族主义说成宗法社会的思想意识，说：“宗法社会，始以羼族为厉禁，若今日之社会，则以广土众民为鹄，而种界则视为无足致严。”严复以这一理论为根据，否定了以“反满”为直接目标的民族主义革命。他说：“中国社会，宗法而兼军国者也。故其言治也，亦以种不以国。……是以今日党派虽有新旧之殊，至于民族主义，则不谋而合，今日言合群，明日言排外，甚或言排满。……虽然，民族主义将遂足以强吾种乎？愚有以决其必不能者矣。”甄克思与严复的这一理论，被保皇派人士反复援引，用以反对推翻清朝统治的革命，反对展开反对帝国主义侵略的群众斗争。汪精卫在《民报》创刊号上发表的《民族的国民》，对此就曾表示遗憾。《民报》第二号发表胡汉民的专文《述侯官严氏最近政见》，对严复的观点则曲为解释，说：“严氏政见，其对于民族国民主义实表同情，薄志弱行者慑于革新事业之难，托而自遁，非严氏本旨也。”他们震慑于严复的权威、学识，都没有对严复的理论观点和政治立场进行直截了当的正面论评。
严复是章太炎的老朋友，先前，他对严复相当钦敬，曾将《儒术真论》和初刻本《訄书》送请严复指正。自从张园国会上分道扬镳以来，章太炎与严复政治上、思想上距离便日渐扩大。对于严复在《社会通诠》的按语中提出的观点究竟如何评价？章太炎没有因为过去同严复的友好交往而手软，没有因为严复在学术界久享盛名而怯阵，他撰就《〈社会通诠〉商兑》发表于《民报》第十二号，正面驳斥甄克思和严复的观点，给以此否定“反满”与反帝斗争的种种论点以有力的反击。
章太炎在文章中首先通过中外历史发展的实际，证明了民族主义的高涨，正是所谓“军国社会”的产物，它正是以“军国社会”为“利器”，十分有力地促进了所谓“宗法社会”的瓦解，因此，把民族主义归结为宗法社会意识，是没有根据的。他写道：
今吾党所言民族主义……所为排满者，岂徒曰子为爱新觉罗氏，吾为姬氏姜氏，而惧子之殽乱我血胤耳？亦曰：覆我国家，攘我主权而已。故所挟以相争者，惟日讨国人，使人人自竞，为国御侮之术。此则以军国社会为利器。以此始也，亦必以终，其卒乃足以方行海表。岂沾沾焉维持祠堂族长之制，以陷吾民于大湫深谷中者？
夫排外者，惟其少隘也，故于未灭我国家者则仇之，已灭我国家者则置之。铁道之争，华工之约，其利害岂不甚巨？顾其害，尚有大于此者。虽然，彼所争者，亦国家一部之事耳。……
且今之民族主义，非直与宗法社会不相一致，而其力又有足以促宗法社会之镕解者。……今外有强敌以乘吾隙，思同德协力以格拒之。推本其原，则曰：以四百兆人为一族，而无问其氏姓世系为。察其操术，则曰：人人自竞，尽尔股肱之力，以与同族相系维。……内之以同国相维，外之以同患相救，当是时，则惟军国社会是务，而宗法社会弃之如脱屣耳。
这里，宗法社会实际上就是自然经济的古代社会的代名词，而军国社会则是近代工商社会的代名词。20世纪初中国革命家们倡导“反满”，反对帝国主义侵略中国，究竟立足于何处，又以何处为归宿？章太炎毫不含糊地说明了，中国革命家们所坚持的民族主义，决不是为了维护什么封建的宗法制度，恰恰相反，“吾党所称之民族主义，所恃以沃灌而使之孳殖者，舍军国社会而外，无他法”。唤起人们的民族意识，使人们竭力致死，见危授命，以“尽责于吾民族之国家”，这正是军国社会的客观要求，它的归宿也必然是军国社会的确立，“吾党所持者，非直与宗法无似，而其实且与之僢驰。”
严复以为，民族主义不足以遂强吾种。而摭拾严复余唾的那些鼓簧弄舌者，则以为民族主义的发展趋势必定“有败而无成”。其理由，一曰中国是一落后的宗法社会，不足以与西方列强先进的军国社会抗衡，二曰革命党人只能“以会盟驰说相励”，而“无军事之实”。对此，文章指出：第一，“国之兴废，非徒以社会文化高下为衡，顾民气材力何如耳！”第二，革命理论宣传，“言谈虽虚，要以促社会之自觉”，其效果将远不止“寸鳞一翮之助”。法国革命时，“官军有利器，足以摧坚入深，而革命党无军需，仓皇遇警，有持机案道具以相格者。此非必败之道耶？徒以大风所播，合军民为一心，而效死以藩王室者少，故民党得因之成业”。中国革命党人固然手上没有掌握什么军事力量，但也决不是仅仅满足于口头宣传，“夫战争之事，宁我薄人，而无恃他人之不吾薄。吾岂徒效法人所为，冀人之倒戈厥角以为恃？固曰：鸠合骏雄，厚集群力，以成戎衣之烈。是所焦心茧足以求之者，顾岂非军国社会之事哉？”据此，章太炎断言，尽管列强军国社会已经高度发展，中国统治者又掌握着很大的军事力量，革命仍然完全可以夺得胜利。他豪迈地说：“法人有言，所志不成，当尽法国而成蒿里，以营大冢于其上。士苟知此，彼天然淘汰、优胜劣败之说，诚何足以芥蒂乎？循四百兆人之所欲击，顺而用之，虽铲类赤地，竟伸其志可也！”
信赖民众，信赖民众的觉悟，相信民众觉醒之后将团结起来进行殊死的战斗，这就是军国社会的精神，这就是革命将可胜利的保证。章太炎从这里看到了希望，因而便有了前进的勇气和信心。
甄克思、严复为什么会错误地把民族主义硬性说成宗法社会的观念呢？章太炎认为，这是因为甄克思没有认真研究东方各国的历史，便以偏概全，把局部地区的特殊现象夸大成了普遍规律。他指出，“甄氏之意，在援据历史，得其指归。然所征乃止赤、黑、野人之近事与欧、美、亚西古今之成迹。其自天山以东中国、日本、蒙古、满洲之法，不及致详。……未极考索之智，而又非能尽排比之愚，固不足以悬断齐州之事”。而严复在译述西书时，又没有对中国历史进行系统而深入的研究，只知将他一知半解的某些中国事状与甄克思书中所说的一些条例加以比附粘合，以甄克思的观点为判断是非的最高标准，“历史成迹，合于彼之条例者则必实，异于彼之条例者则必虚；当来方略，合于彼之条例者则必成，异于彼之条例者则必败”。简单化，绝对化，当然不可避免地就要作出错误的结论。章太炎在《〈社会通诠〉商兑》中反复强调：只有坚持从中国事状本身出发，只有对于中国的风俗形势有深入的了解，才能从中归纳出符合中国实际的条例，只有这样，所得的结论方才不致重纰贝也缪。
旅居法国的张静江、李石曾、吴稚晖、褚民谊在巴黎所创办的《新世纪》所热衷的是欧洲无政府主义，他们从另一个方面来反对同盟会所倡导的民族革命。《新世纪》于1907年7月6日发刊的第三期首先发难，对章太炎在《民报》纪元节庆祝会上朗读的祝辞大兴问罪之师，说祝辞中所使用的“以皇祖轩辕之灵”、“起征胡之铙吹，流大汉之天声”等辞句，“反背科学，有乖公理”，是鼓吹“三种迷信：一、崇拜帝王；二、崇拜祖宗；三、仇视异族”，是要使革命停留于所谓“旧世纪之革命”。《新世纪》1907年7月27日出版的第六期，更进而指责说：“今主民族主义者，即排满也；夫排满，则私矣。”“民族主义者，复仇主义也；复仇主义者，自私主义也。”同盟会的民族革命纲领，被他们诋为“不凭公道真理”、“既失博爱之谊，即生残忍之心”。
章太炎在《排满平议》、《定复仇之是非》、《四惑论》、《台湾人与〈新世纪〉记者》等文中，对这些攻讦进行了正面的反击。
对于“排满”这一口号，究竟该怎么看？章太炎明确指出，“凡所谓主义者，非自天降，非自地出，非摭拾学说所成，非冥心独念所成，正以现有其事，则以此主义对治之耳”。而“排满”，则正是从中国政治现实出发提出的革命口号，这正是通过革命解决政权问题的客观需要。这是因为“吾侪所执守者，非排一切政府，非排一切满人，所欲排者，为满人在汉之政府”。章太炎驳斥了《新世纪》歪曲“反满”口号的许多谬说。褚民谊攻击“排满”是将满人“不分善恶，一网打尽”，章太炎反驳说：“排满洲者，排其皇室也，排其官吏也，排其士卒也。若夫列为编氓，相从耕牧，是满人者，则岂欲剚刃其腹哉？”褚民谊攻击“排满”将对汉人“因其汉人，不分善恶，而置之不问”，章太炎反驳说：“满人之与政府相系者，为汉族所当排；若汉族为彼政府用，身为汉奸，则排之亦与满人等。近世革命军兴，所诛将校，十九是汉人尔。……或曰：若政府已返于汉族，而有癸、辛、桓、灵之君，林甫、俊臣之吏，其遂置诸？应之曰：是亦革命而已。”褚民谊攻击“排满”是自私复仇，将导致展转相杀，复仇无已。章太炎反驳说：“复仇者，以正义反抗之名，非展转相杀谓之复仇！”在《定复仇之是非》一文中，章太炎更指出：“民族主义，非专为汉族而已。”民族主义与反对王权、反对强权并不相悖，“然必举具体之满洲清主，而不举抽象之强种王权者，强种与王权，其名无限；满洲与清主，其名有限。今之强种，孰如白人？今之王权，孰如独逸帝？苟取无限之名以为旌帜，则中国之事犹在后，而所欲先攻者，乃在他矣。今只为一区说法，斯无取笼罩一切之名，惟此现量在前者是。循是以推，强种之白人，非不当为黑人赤人驱之也；王权之独逸帝，非不当为世界生民废之也。然规定行事者，至急莫如切肤，至审莫如量力。今日汉人，其智力岂足方行域外，则斯事固为后图矣”。他特别强调指出：“余向者所称说，固非以民族主义自画而已，人我法我，犹谓当一切除之，虽独唱寡和，然犹不惮烦辞，冀导人心于光大高明之路，乃至切指事情，则仍以排满为先务。”无政府主义，虽然很高妙，但是，“无政府主义者，与中国情状不相应。……为中国应急之方，言无政府主义，不如言民族主义也”。
《新世纪》攻击“排满”“反背科学，有乖公理”，不合进化，违反自然。在20世纪初新学风靡于青年学子中的时候，这四项确实是非常严重的罪名。为了回击这种骇人的责难，说明“排满”的正义性与合理性，维护同盟会正在致力的革命事业，章太炎写了一篇《四惑论》，对《新世纪》“以为神圣不可干”的“公理”、“进化”、“唯物”、“自然”，进行清理与辨析。
《新世纪》视若神圣不可侵犯的“公理”究竟是什么呢？章太炎说，《新世纪》之所谓“公理”，“其所谓公，非以众所同认为公，而以己之学说所趣为公”，其实是一偏之见。章太炎强调，在社会生活中，衡定是与非，只能是看它是否符合社会的实际需要，是否符合社会绝大多数民众的愿望与要求，而决不能是某一种预先就已规定了的先验观念或先验模式。而且，就个人与社会的关系而言，两者应当互相尊重，不可以一方压制另一方：“人类所公认者，不可以个人故凌轹社会，不可以社会故凌轹个人。”在社会生活中，必须做到“使万物各从其所好”，如果将某一种特殊的学说甚或一己偏见强行宣布为“公理”，强制人人必须依循，借社会之力以“抑制个人”，结果，势必剥夺社会广大成员的自由，社会的真正解放也将无从谈起。
对于进化的事实，章太炎并不否认；《四惑论》所反对的，是《新世纪》的“进化教”。他写道：“余谓进化之说，就客观而言之也；若以进化为主义者，事非强制，即无以使人必行。彼既标举自由，而又预期进化，……若是者，正可名‘进化教’耳。本与人性相戾，而强为训令以笼愚者曰：尔之天性然。若是而主持强权者，亦可为训令以笼人曰：服从强权者，尔之天性然。此与神教之说，相去几何？”
至于《新世纪》所说的崇尚“唯物”与遵循“自然规则”，章太炎以为，前者是“自物而外，不得有他”，其实只不过是“以物质文明求幸福者，不自量度，而妄尸惟物之名”。若“自物而外，不得有他”，势必致于使人们“不执鞭为隶于人，而执鞭为隶于物”，“其猥贱又甚于向之为隶者”。而后者，则只能将人们引向屈服于自然。他指出：“就人间社会言之，凡所谓是非者，以侵越人为规则为非，不以侵越自然规则为非；人为规则，固反抗自然规则者也。……循乎自然规则，则人道将穷，于是有人为规则以对治之，然后烝民有立。”要人们一切依循于自然规则，那就无疑要求放弃征服自然、改造自然的全部事业，放弃整个社会生活，这实际上就是要人们皈依于宿命论，继续俯首帖耳地遵从所谓天命：“承志顺则，自比于厮养之贱者，其始本以对越上神，神教衰而归敬于宿命，宿命衰而归敬于天钧。俞穴相通，源流不二。”
《四惑论》表现了浓厚的非理性主义的倾向。然而，它所表现的是对《新世纪》假借服膺于科学、顺应于进化、尊重唯物及信奉自然规则等等名义来否定同盟会纲领及群众实际斗争的愤懑，是对那些无政府主义者用以吓人的这些时髦理论的憎恶；它的目标，不是放在“高蹈太虚”，而是放在反对机械地套用从西方耳食而来的某些固定模式，坚持要依据中国自身的实际状况找到能够切实解决现实苦难的行动方案。
为了回击《新世纪》对《民报》和同盟会纲领的诋毁，章太炎还进一步揭露了这批无政府主义者灵魂深处的隐秘。他认为，这些“新世纪》记者”，其实只不过是“阳托名于无政府，而阴羡西方琛丽，一睹其士女车马宫室衣裳之好，魂精泄横，惧不得当，欲为顺民，复惧人之我诮，乃时吐谲觚之语，以震荡人”。
章太炎在说明民族革命的内涵时，自始至终突出了反对帝国主义侵略与奴役的内容。在同盟会所有领袖人物中，章太炎在这一方面旗帜最鲜明，所投入的力量也最多。
对帝国主义侵略问题，章太炎尖锐地指出，帝国主义在中国横行无忌，“矿冶阡陌之利日被钞略，邦交之法空言无施，政府且为其胥附”，循此以往，不出十年，必定会使中国“中人以下，不入工场被箠楚，乃转徙为乞丐，而富者愈与晳人相结，以陵同类”。他揭露了帝国主义对华经济侵略与政治控制的危害性，并清楚指出了“中人以下”是帝国主义侵略的主要受害者。
保皇主义者说，只要不革命，不去刺激帝国主义，帝国主义就不会干涉和瓜分中国。章太炎指出，事情恰好相反。英国窥伺西藏，沙俄染指东北、外蒙、新疆，这是出于他们由来已久的野心，“此虽满洲政府不亡，其势犹不可禁”。帝国主义之所以没有立即瓜分中国，保留着清朝政府和中国形式上的统一，主要还是自身的侵略利益：“诚知地大物博，非须臾所能摭拾，四分五裂之际，兵连不解，则军实匮而内乱生”。要避免帝国主义瓜分中国，唯一的指望就是革命，因为“革命果成，取此深根宁极之政府而复灭之”，“朝气方新，威声远播”，才能挫抑帝国主义者的侵略气焰。
章太炎大义凛然地对帝国主义侵略亚洲其他国家的罪恶行径进行了揭露和声讨。他痛斥“帝国主义则寝食不忘者，常在劫杀，虽磨牙吮血，赤地千里，而以为义所当然”。他特别痛斥法帝国主义作为“始创自由平等于己国之人”，而实施最不自由平等于他国，如对越南，便是“生则有税，死则有税，乞食有税，清厕有税，毁谤者杀，越境者杀，其酷虐为旷古所未有”。他反复重申：中国革命党人所说的民族主义，“非封于汉族而已，其他之弱民族，有被征服于他之强民族而盗窃其政权、奴虏其人民者，苟有余力，必当一匡而恢复之”。越南爱国志士阮尚贤在《东海赠章太炎先生》一诗中说：“烟涛万里一虚舟，岛国相逢话壮游，醉把奇书灯下读，满天风雨入西楼。”很生动地表现了章太炎与亚洲各国革命者的密切关系。章太炎的这些言行，与幻想“世界列国赞成中国之革新事业”的汪精卫、胡汉民等相比，确实是独树一帜。
正是基于这一立场，章太炎积极推动和支持亚洲各国革命者联合起来，共同进行反对帝国主义侵略与奴役的斗争。他到达日本后不久，印度志士缽逻罕、保什（即苏巴斯·钱德拉·鲍斯）慕名登门造访，“二君道印度衰微之状与其志士所经画者，益凄怆不自胜”，并询问中国近况。章太炎是时即提议，中印两国“当斟酌其长短，以相补苴”。这一倡议立即得到两位印度志士的赞同，缽逻罕并说，印度、中国、日本当如折扇，“印度其纸，支那其竹格，日本其系柄之环绳也”。眼看“百余年顷，欧人东渐，亚洲之势日微，非独政权、兵力浸见缩朒，其人种亦稍稍自卑”，中国、印度、日本的革命家都慷慨悲愤。为了改变这一状况，在章太炎、保什和日本著名社会主义、无政府主义活动家幸德秋水等人共同倡导下，1907年4月，在东京成立了以“反抗帝国主义，期使亚洲已失主权之民族各得独立”为宗旨的“亚洲和亲会”。据竹内善朔回忆，首次集会即在青山印度会馆的保什住所，与会者有中、日、印三国革命家；第二次集会在东京九段下一所唯一神教教会中，与会者除中、日、印三国革命志士外，还有安南、菲律宾等国志士参加。
章太炎受命起草《亚洲和亲会约章》，有汉、英、日三种文本。约章规定：
凡亚洲人，除主张侵略主义者，无论民族主义、共和主义、社会主义、无政府主义，皆得入会。
亚洲诸国，或为外人侵食之鱼肉，或为异族支配之佣奴，其陵夷悲惨已甚。故本会义务，当以互相扶持，使各得独立自由为旨。
亚洲诸国，若一国有革命事，余国同会者应互相协助，不论直接间接，总以功能所及为限。
约章还规定：
会中无会长、干事之职，各会员皆有平均利权，故各宜以亲睦平权之精神，尽相等之能力，以应本会宗旨。
无论来自何国之会员，均以平权亲睦为主。
现设总部于东京、支那、孟买、朝鲜、菲律宾、安南、美国等处。
据目前所知，参加亚洲和亲会的，除去以上各国外，还有缅甸、马来亚、朝鲜等国革命志士。日本会员有幸德秋水、堺利彦、山川均、大杉荣、森近运平、竹内善朔等人，中国会员则有“章太炎（炳麟）、张溥泉（继）、刘申叔（师培）、何殷振（震）、苏子毂（元瑛，法名曼殊）、陈仲甫（独秀）”等人。从亚洲和亲会约章以及会员构成可以看出，这是亚洲各国革命家为反对帝国主义殖民统治、争取各民族的独立与解放而建立的反帝革命同盟。就章太炎来说，这个组织的建立和约章的撰写，标志着他的民族革命思想发生了新的重要的飞跃。这个飞跃，一是在近代中国首次提出了“反对帝国主义而自保其邦族”的宗旨，二是努力谋求亚洲各国民族解放运动的互相支持、互相联合。为声援亚洲各国人民反对帝国主义、争取民族独立的斗争，《民报》在章太炎主持下，刊登了报道这些斗争的许多文章。
章太炎还积极支持国内各地如火如荼开展起来的群众性的收回利权运动，并热切地要求使这一运动发展为群众性的直接战斗行动。
20世纪初，列强加紧攫夺中国的铁路建筑权、矿山开采权，各地人民为保护本国的主权，同列强和屈服于列强压力的清朝政府展开了针锋相对的斗争。章太炎身在东京，却很快地就认识到这些斗争可以成为革命军的强大后盾和有力的同盟军。1907年，江浙两省绅商各界为反对清廷将沪杭甬铁路建筑权出卖给英商，一再联名上书请愿，要求自行筹款修筑，以确保铁路主权。清政府为欺骗舆论，将直接出卖路权改为向英商借款筑路。为了将保护沪杭甬路权的这场斗争推向前进，11月10日，由章太炎发起，邀集在日本的江、浙两省人士与其他各省代表八百多人在锦辉馆集会，“首由章氏宣布宗旨，言发电报、举代表之无益，并言此次借款与造路为二事，今日办法，唯有由股东收回股本及自行断路，或运动省城罢市，庶可收回”。11月17日，由豫晋秦陇协会发起召开留学界全体大会，与会者4000余人，章太炎应邀在大会上发表演说，强调仅仅对清朝政府恐吓一番不会有多少作用，重申自己的主张：“积极的则罢工，消极的则断路。”在章太炎的积极倡议和推动下，江浙两省提出了远比先前激进的斗争口号，“商贾则议停贸易，佣役则相约辞工，杭城铺户且有停缴捐款之议。”斗争向纵深发展，并在全国许多地方引起了强烈的反响。
1908年夏，山东人民为保护津浦铁路沿线矿产的主权展开了大规模的反对德国帝国主义的斗争。各处学堂毕业生站在斗争的最前列，他们散发传单，集会演说，并决定以限制开矿、抵制德货为后盾。山东巡抚袁树勋出来严厉弹压，且公然宣称：“中国办事，向由官家主持，民人本无议政之责。”为此，章太炎发表了专门评论，痛斥袁树勋和清朝政府的卖国谬论和卖国罪行，就如何坚持保护利权的群众斗争发出了强有力的呼吁：“山东士民，当以何术榰柱独有？要结齐民，坚不鬻地为可。不然，则限制开矿，抵制德货耳。而清政府必且遮禁之、格杀之，继自今，愿尔山东士民为义和团，无为衍圣公（衍圣公曾以军乐迎德皇画像至其第）；为林清、王伦，无为吕海寰。北出则拊建州之背，西迤则断燕京之喉，东下则捣胶州之脊。事不就，则尽六千万人归魂于泰山蒿里！”
1908年7月14日，日本内阁更迭，桂太郎内阁取代了原来的西园寺公望内阁。为了把外交的重点放在对华关系上，桂太郎特地任命以顽强地谋求实现日本对华侵略要求、坚决反对美国插足中国东北而著称的小村寿太郎为外相。9月25日，小村向内阁会议提出《对外政策方针》及《有关满洲若干问题之方针》两项议案，中心就是解决中国东北所谓各项悬案，对清、对英、对美、对法、对德诸政策，几乎都是为了实现这一目的。这两项议案都得到了内阁同意。10月2日，小村训令驻清公使伊集院彦吉与清政府开始谈判。为了诱使清政府屈从日本所提出的侵占中国东北各项权益的无理要求，日本政府下令封禁《民报》与中国革命党人在日本出版的其他革命刊物，以示对清政府的“亲善”。为抗议日本政府这一行动，章太炎同日本当局面对面展开了针锋相对的斗争。
1908年10月19日，经小村寿太郎与内务大臣平田东助秘密策划，日本警察总监龟井三郎签署了一份由平田东助发布的命令，借口《民报简章》和《民报》第二十四号发表的《革命之心理》一文违反了日本出版条例，勒令“停止其发卖颁布”。20日晚，由东京牛込警察署出面，向章太炎宣读了上项命令。
21日，章太炎致书平田东助，退回他的命令书，对他的无理决定表示强烈抗议，指出：“民报简章》六大主义，前经贵内务省认可，今未将此项保证退还，突令不许登载与此简章同一主义之事项，本编辑人兼发行人不能承认，特将此纸缴还贵内务省。如以扰害秩序为嫌，任贵内务省下令驱逐退出日本国境可也。”23日，牛込警察署长奉命对章太炎“恳切晓谕”，说服他接受平田东助发布的命令书。这位署长当着章太炎的面，承认“此事关于外交，不关法律”。章太炎于是给平田东助又写去一信，痛斥日本当局同清朝政府的肮脏交易，并严正表示：日本政府“若以威吓利啗之故，而以《民报》之革命宗旨与满洲政府所赠利益交换，本编辑人兼发行人宁为玉碎，不为瓦全”。信中还说：“贵内务省既勒令本报改变简章，请以新假定六大主义疏写呈览：一、灭尽世界立宪国；二、破尽世界伪平和；三、以中华帝国统一东亚；四、以专制政府攘逐蛮夷；五、不与兽性民联合；六、不求卖淫国赞成。若作是说，语语与现在简章异撰或且反对，未知贵大臣允许否也？”26日，章太炎又第三次致书平田东助，揭露日本政府“迫胁《民报》使变其革命宗旨”，其实是“舍永远停止之名而取永远禁止之实”，指出日本当局不敢将此事公诸日本报章而“惟欲深秘其事”，正暴露了他们干的是见不得人的鬼蜮勾当。
为了冲破日本当局的新闻封锁，把封禁《民报》的真相公之于世，章太炎以“中国革命党”名义发表《报告〈民报〉二十四号停止情形》，并“以英文单行本投寄各方，吁请世界人士给予同情”。1908年12月7日檀香山《太平洋商业广告报》便曾全文刊登了这份报告的英文本。章太炎还与同盟会领导人黄兴、宋教仁等反复磋商，决定将《民报》迁往美国、法国或南洋出版，相约“勿以小挟灰心，勿以威武屈节，庶几松柏后凋，竟伸其志”。
在抗议封禁《民报》的斗争中，章太炎态度鲜明，立场坚定，斗争有力。他成了日本政府封禁《民报》的主要障碍。日本政府于是便想方设法试图将章太炎逼走。11月13日，“有人对民报社放火”。11月14日，牛込警察署派人来黄兴住处探询，章太炎是否愿意由日本外务省支助一笔旅费渡航印度。为此，章太炎专函小村寿太郎，严词拒绝。日本方面本想利用章太炎赴印计划，出一笔钱，将他送出境去，结果碰了一鼻子灰。他们承认：章太炎“对此非但不予理睬，且意志坚决，认为此际根本不屑收受日本政府支付之费用。……章之真意，乃想前往美国，在该地鼓吹抵制日货，打击日本政府。”日本当局这一招又遭失败，清廷驻日使馆于是亲自出阵，指使汪云于11月26日和30日两次潜入民报社在饮食中下毒，“社员汤增璧饮茗，几死”，章太炎提高了警惕，这一阴谋也没有能够得逞。
在这些伎俩统统失败后，日本当局只好自己撕破保障新闻与言论自由的“文明”假面具，在东京地方裁判所对章太炎开庭审讯。日本检事在叙述起诉理由时说：“民报》主张颠覆清朝，日本秩序并未受到什么扰害。然而清国作为日本邻邦，该国革命便与日本有重大关系。清国革命一旦爆发，日本人起而仿效，那就必导致严重后果。故此，必须判处《民报》为犯罪。”对此，章太炎反驳说：“日本国的新闻条例，原禁止人家扰害日本的秩序，并不禁人家扰害别国的秩序。我这个《民报》一向说的颠覆清国政府，并没有涉及日本，清国政府或者可以说我们扰害秩序，日本政府决不能说我们扰害秩序的。……日本国家对着日本的人民，是认革命为扰害秩序的；若在我们的中国，却不认革命为扰害秩序。因为中国的历史，全是革命的历史。……只能说谋反有罪，不能说革命有罪；谋反与革命，原是两样的观念。所以非但日本不能说我们扰害秩序，就是清国政府，若严密的照法律讲起来，也不能说我们扰害秩序。”章太炎的辩护律师后藤德太郎则指出：“检事谓清国革命将于日本有害，此乃系外交、政治上的问题，而法庭所论及的只应是法律问题，因此，检事的指控不能成立。”章太炎的其他几位辩护律师也分别从不同的方面驳斥了日本当局所提出的指控。
然而，封禁《民报》已是日本当局既定决策，尽管章太炎据理慷慨陈词，并有阵容很强的律师队伍，其实早已预先确定了审讯结论。12月12日上午9时，东京地方裁判所继续开庭，裁判长不容分辩地宣布了判决结果。根据判决，《民报》被禁止发行，而章太炎本人，作为《民报》编辑被判处罚款50日元，作为《民报》发行人另被判处罚金50日元，由于《民报》发行所地址变动未及时申报等，章太炎又被加处罚金15日元。后来，由于章太炎拒交罚金，东京小石川警察署1909年3月3日下令将章太炎拘留，并宣布，将章太炎押往劳役场服役，以每做一天苦工抵1元罚金。章太炎的几个学生闻讯，十分着急，“龚未生（宝铨）来找鲁迅商量，结果转请许寿裳挪用了《支那经济全书》译本的印费的一部分，这才解了这场危难”。这一事实证实了章太炎在帝国主义列强面前没有软骨与媚骨，他的民族革命理论不是空谈，而是行动的纲领，他本人就是这样身体力行的。
《民报》创刊号出版于1905年11月26日。在章太炎出狱前，已经出版了五期并号外一份，编辑人兼发行人是章太炎“以弟蓄之”的张继，主要撰稿人是胡汉民、汪精卫、陈天华、宋教仁等人。根据简章，《民报》坚持所谓六大主义：“一、颠覆现今之恶劣政府；二、建设共和政体；三、维持世界真正之平和；四、土地国有；五、主张中国日本两国之国民的联合；六、要求世界列国赞成中国之革新事业。”同盟会的宣传家们在各期《民报》中热情地宣传了这些主张，并围绕着要不要进行推翻清朝统治的暴力革命、要不要建立共和国、要不要进行以解决土地问题为核心的社会革命这三大问题，同梁启超主编的《新民丛报》展开了激烈的论战，使《民报》迅速取得了执革命舆论之牛耳的地位。
1906年7月25日，《民报》第六号出版。从这一期开始，直至1908年10月《民报》被日本当局封禁为止，章太炎除中途一度因脑病发作，改由张继、陶成章编辑了三期外，一直主持《民报》的编辑和发行工作。作为民报社社长，他对同盟会的革命方略包括民族革命、政治革命、社会革命理论及革命的策略路线，作出了重要贡献。
当时，围绕着要不要进行以“反满”作旗帜的民族革命，同盟会受到来自保皇主义和无政府主义两个方面的反对。两个反对派理论上都振振有词，甚至对革命派形成咄咄逼人之势。章太炎是“反满”最早倡导者之一，主持《民报》后，在同两个反对派的论战中，他进一步充实和发展了他的民族革命理论。
保皇主义者据以反对进行民族革命的一部最有影响的理论著作，是英国社会学家甄克思所著、严复译述于1904年由商务印书馆印行的《社会通诠》一书。甄克思将人类社会分为图腾、宗法、军国三种形态，而将重视区分民族界限、热衷倡导民族主义说成宗法社会的思想意识，说：“宗法社会，始以羼族为厉禁，若今日之社会，则以广土众民为鹄，而种界则视为无足致严。”严复以这一理论为根据，否定了以“反满”为直接目标的民族主义革命。他说：“中国社会，宗法而兼军国者也。故其言治也，亦以种不以国。……是以今日党派虽有新旧之殊，至于民族主义，则不谋而合，今日言合群，明日言排外，甚或言排满。……虽然，民族主义将遂足以强吾种乎？愚有以决其必不能者矣。”甄克思与严复的这一理论，被保皇派人士反复援引，用以反对推翻清朝统治的革命，反对展开反对帝国主义侵略的群众斗争。汪精卫在《民报》创刊号上发表的《民族的国民》，对此就曾表示遗憾。《民报》第二号发表胡汉民的专文《述侯官严氏最近政见》，对严复的观点则曲为解释，说：“严氏政见，其对于民族国民主义实表同情，薄志弱行者慑于革新事业之难，托而自遁，非严氏本旨也。”他们震慑于严复的权威、学识，都没有对严复的理论观点和政治立场进行直截了当的正面论评。
严复是章太炎的老朋友，先前，他对严复相当钦敬，曾将《儒术真论》和初刻本《訄书》送请严复指正。自从张园国会上分道扬镳以来，章太炎与严复政治上、思想上距离便日渐扩大。对于严复在《社会通诠》的按语中提出的观点究竟如何评价？章太炎没有因为过去同严复的友好交往而手软，没有因为严复在学术界久享盛名而怯阵，他撰就《〈社会通诠〉商兑》发表于《民报》第十二号，正面驳斥甄克思和严复的观点，给以此否定“反满”与反帝斗争的种种论点以有力的反击。
章太炎在文章中首先通过中外历史发展的实际，证明了民族主义的高涨，正是所谓“军国社会”的产物，它正是以“军国社会”为“利器”，十分有力地促进了所谓“宗法社会”的瓦解，因此，把民族主义归结为宗法社会意识，是没有根据的。他写道：
今吾党所言民族主义……所为排满者，岂徒曰子为爱新觉罗氏，吾为姬氏姜氏，而惧子之殽乱我血胤耳？亦曰：覆我国家，攘我主权而已。故所挟以相争者，惟日讨国人，使人人自竞，为国御侮之术。此则以军国社会为利器。以此始也，亦必以终，其卒乃足以方行海表。岂沾沾焉维持祠堂族长之制，以陷吾民于大湫深谷中者？
夫排外者，惟其少隘也，故于未灭我国家者则仇之，已灭我国家者则置之。铁道之争，华工之约，其利害岂不甚巨？顾其害，尚有大于此者。虽然，彼所争者，亦国家一部之事耳。……
且今之民族主义，非直与宗法社会不相一致，而其力又有足以促宗法社会之镕解者。……今外有强敌以乘吾隙，思同德协力以格拒之。推本其原，则曰：以四百兆人为一族，而无问其氏姓世系为。察其操术，则曰：人人自竞，尽尔股肱之力，以与同族相系维。……内之以同国相维，外之以同患相救，当是时，则惟军国社会是务，而宗法社会弃之如脱屣耳。
这里，宗法社会实际上就是自然经济的古代社会的代名词，而军国社会则是近代工商社会的代名词。20世纪初中国革命家们倡导“反满”，反对帝国主义侵略中国，究竟立足于何处，又以何处为归宿？章太炎毫不含糊地说明了，中国革命家们所坚持的民族主义，决不是为了维护什么封建的宗法制度，恰恰相反，“吾党所称之民族主义，所恃以沃灌而使之孳殖者，舍军国社会而外，无他法”。唤起人们的民族意识，使人们竭力致死，见危授命，以“尽责于吾民族之国家”，这正是军国社会的客观要求，它的归宿也必然是军国社会的确立，“吾党所持者，非直与宗法无似，而其实且与之僢驰。”
严复以为，民族主义不足以遂强吾种。而摭拾严复余唾的那些鼓簧弄舌者，则以为民族主义的发展趋势必定“有败而无成”。其理由，一曰中国是一落后的宗法社会，不足以与西方列强先进的军国社会抗衡，二曰革命党人只能“以会盟驰说相励”，而“无军事之实”。对此，文章指出：第一，“国之兴废，非徒以社会文化高下为衡，顾民气材力何如耳！”第二，革命理论宣传，“言谈虽虚，要以促社会之自觉”，其效果将远不止“寸鳞一翮之助”。法国革命时，“官军有利器，足以摧坚入深，而革命党无军需，仓皇遇警，有持机案道具以相格者。此非必败之道耶？徒以大风所播，合军民为一心，而效死以藩王室者少，故民党得因之成业”。中国革命党人固然手上没有掌握什么军事力量，但也决不是仅仅满足于口头宣传，“夫战争之事，宁我薄人，而无恃他人之不吾薄。吾岂徒效法人所为，冀人之倒戈厥角以为恃？固曰：鸠合骏雄，厚集群力，以成戎衣之烈。是所焦心茧足以求之者，顾岂非军国社会之事哉？”据此，章太炎断言，尽管列强军国社会已经高度发展，中国统治者又掌握着很大的军事力量，革命仍然完全可以夺得胜利。他豪迈地说：“法人有言，所志不成，当尽法国而成蒿里，以营大冢于其上。士苟知此，彼天然淘汰、优胜劣败之说，诚何足以芥蒂乎？循四百兆人之所欲击，顺而用之，虽铲类赤地，竟伸其志可也！”
信赖民众，信赖民众的觉悟，相信民众觉醒之后将团结起来进行殊死的战斗，这就是军国社会的精神，这就是革命将可胜利的保证。章太炎从这里看到了希望，因而便有了前进的勇气和信心。
甄克思、严复为什么会错误地把民族主义硬性说成宗法社会的观念呢？章太炎认为，这是因为甄克思没有认真研究东方各国的历史，便以偏概全，把局部地区的特殊现象夸大成了普遍规律。他指出，“甄氏之意，在援据历史，得其指归。然所征乃止赤、黑、野人之近事与欧、美、亚西古今之成迹。其自天山以东中国、日本、蒙古、满洲之法，不及致详。……未极考索之智，而又非能尽排比之愚，固不足以悬断齐州之事”。而严复在译述西书时，又没有对中国历史进行系统而深入的研究，只知将他一知半解的某些中国事状与甄克思书中所说的一些条例加以比附粘合，以甄克思的观点为判断是非的最高标准，“历史成迹，合于彼之条例者则必实，异于彼之条例者则必虚；当来方略，合于彼之条例者则必成，异于彼之条例者则必败”。简单化，绝对化，当然不可避免地就要作出错误的结论。章太炎在《〈社会通诠〉商兑》中反复强调：只有坚持从中国事状本身出发，只有对于中国的风俗形势有深入的了解，才能从中归纳出符合中国实际的条例，只有这样，所得的结论方才不致重纰贝也缪。
旅居法国的张静江、李石曾、吴稚晖、褚民谊在巴黎所创办的《新世纪》所热衷的是欧洲无政府主义，他们从另一个方面来反对同盟会所倡导的民族革命。《新世纪》于1907年7月6日发刊的第三期首先发难，对章太炎在《民报》纪元节庆祝会上朗读的祝辞大兴问罪之师，说祝辞中所使用的“以皇祖轩辕之灵”、“起征胡之铙吹，流大汉之天声”等辞句，“反背科学，有乖公理”，是鼓吹“三种迷信：一、崇拜帝王；二、崇拜祖宗；三、仇视异族”，是要使革命停留于所谓“旧世纪之革命”。《新世纪》1907年7月27日出版的第六期，更进而指责说：“今主民族主义者，即排满也；夫排满，则私矣。”“民族主义者，复仇主义也；复仇主义者，自私主义也。”同盟会的民族革命纲领，被他们诋为“不凭公道真理”、“既失博爱之谊，即生残忍之心”。
章太炎在《排满平议》、《定复仇之是非》、《四惑论》、《台湾人与〈新世纪〉记者》等文中，对这些攻讦进行了正面的反击。
对于“排满”这一口号，究竟该怎么看？章太炎明确指出，“凡所谓主义者，非自天降，非自地出，非摭拾学说所成，非冥心独念所成，正以现有其事，则以此主义对治之耳”。而“排满”，则正是从中国政治现实出发提出的革命口号，这正是通过革命解决政权问题的客观需要。这是因为“吾侪所执守者，非排一切政府，非排一切满人，所欲排者，为满人在汉之政府”。章太炎驳斥了《新世纪》歪曲“反满”口号的许多谬说。褚民谊攻击“排满”是将满人“不分善恶，一网打尽”，章太炎反驳说：“排满洲者，排其皇室也，排其官吏也，排其士卒也。若夫列为编氓，相从耕牧，是满人者，则岂欲剚刃其腹哉？”褚民谊攻击“排满”将对汉人“因其汉人，不分善恶，而置之不问”，章太炎反驳说：“满人之与政府相系者，为汉族所当排；若汉族为彼政府用，身为汉奸，则排之亦与满人等。近世革命军兴，所诛将校，十九是汉人尔。……或曰：若政府已返于汉族，而有癸、辛、桓、灵之君，林甫、俊臣之吏，其遂置诸？应之曰：是亦革命而已。”褚民谊攻击“排满”是自私复仇，将导致展转相杀，复仇无已。章太炎反驳说：“复仇者，以正义反抗之名，非展转相杀谓之复仇！”在《定复仇之是非》一文中，章太炎更指出：“民族主义，非专为汉族而已。”民族主义与反对王权、反对强权并不相悖，“然必举具体之满洲清主，而不举抽象之强种王权者，强种与王权，其名无限；满洲与清主，其名有限。今之强种，孰如白人？今之王权，孰如独逸帝？苟取无限之名以为旌帜，则中国之事犹在后，而所欲先攻者，乃在他矣。今只为一区说法，斯无取笼罩一切之名，惟此现量在前者是。循是以推，强种之白人，非不当为黑人赤人驱之也；王权之独逸帝，非不当为世界生民废之也。然规定行事者，至急莫如切肤，至审莫如量力。今日汉人，其智力岂足方行域外，则斯事固为后图矣”。他特别强调指出：“余向者所称说，固非以民族主义自画而已，人我法我，犹谓当一切除之，虽独唱寡和，然犹不惮烦辞，冀导人心于光大高明之路，乃至切指事情，则仍以排满为先务。”无政府主义，虽然很高妙，但是，“无政府主义者，与中国情状不相应。……为中国应急之方，言无政府主义，不如言民族主义也”。
《新世纪》攻击“排满”“反背科学，有乖公理”，不合进化，违反自然。在20世纪初新学风靡于青年学子中的时候，这四项确实是非常严重的罪名。为了回击这种骇人的责难，说明“排满”的正义性与合理性，维护同盟会正在致力的革命事业，章太炎写了一篇《四惑论》，对《新世纪》“以为神圣不可干”的“公理”、“进化”、“唯物”、“自然”，进行清理与辨析。
《新世纪》视若神圣不可侵犯的“公理”究竟是什么呢？章太炎说，《新世纪》之所谓“公理”，“其所谓公，非以众所同认为公，而以己之学说所趣为公”，其实是一偏之见。章太炎强调，在社会生活中，衡定是与非，只能是看它是否符合社会的实际需要，是否符合社会绝大多数民众的愿望与要求，而决不能是某一种预先就已规定了的先验观念或先验模式。而且，就个人与社会的关系而言，两者应当互相尊重，不可以一方压制另一方：“人类所公认者，不可以个人故凌轹社会，不可以社会故凌轹个人。”在社会生活中，必须做到“使万物各从其所好”，如果将某一种特殊的学说甚或一己偏见强行宣布为“公理”，强制人人必须依循，借社会之力以“抑制个人”，结果，势必剥夺社会广大成员的自由，社会的真正解放也将无从谈起。
对于进化的事实，章太炎并不否认；《四惑论》所反对的，是《新世纪》的“进化教”。他写道：“余谓进化之说，就客观而言之也；若以进化为主义者，事非强制，即无以使人必行。彼既标举自由，而又预期进化，……若是者，正可名‘进化教’耳。本与人性相戾，而强为训令以笼愚者曰：尔之天性然。若是而主持强权者，亦可为训令以笼人曰：服从强权者，尔之天性然。此与神教之说，相去几何？”
至于《新世纪》所说的崇尚“唯物”与遵循“自然规则”，章太炎以为，前者是“自物而外，不得有他”，其实只不过是“以物质文明求幸福者，不自量度，而妄尸惟物之名”。若“自物而外，不得有他”，势必致于使人们“不执鞭为隶于人，而执鞭为隶于物”，“其猥贱又甚于向之为隶者”。而后者，则只能将人们引向屈服于自然。他指出：“就人间社会言之，凡所谓是非者，以侵越人为规则为非，不以侵越自然规则为非；人为规则，固反抗自然规则者也。……循乎自然规则，则人道将穷，于是有人为规则以对治之，然后烝民有立。”要人们一切依循于自然规则，那就无疑要求放弃征服自然、改造自然的全部事业，放弃整个社会生活，这实际上就是要人们皈依于宿命论，继续俯首帖耳地遵从所谓天命：“承志顺则，自比于厮养之贱者，其始本以对越上神，神教衰而归敬于宿命，宿命衰而归敬于天钧。俞穴相通，源流不二。”
《四惑论》表现了浓厚的非理性主义的倾向。然而，它所表现的是对《新世纪》假借服膺于科学、顺应于进化、尊重唯物及信奉自然规则等等名义来否定同盟会纲领及群众实际斗争的愤懑，是对那些无政府主义者用以吓人的这些时髦理论的憎恶；它的目标，不是放在“高蹈太虚”，而是放在反对机械地套用从西方耳食而来的某些固定模式，坚持要依据中国自身的实际状况找到能够切实解决现实苦难的行动方案。
为了回击《新世纪》对《民报》和同盟会纲领的诋毁，章太炎还进一步揭露了这批无政府主义者灵魂深处的隐秘。他认为，这些“新世纪》记者”，其实只不过是“阳托名于无政府，而阴羡西方琛丽，一睹其士女车马宫室衣裳之好，魂精泄横，惧不得当，欲为顺民，复惧人之我诮，乃时吐谲觚之语，以震荡人”。
章太炎在说明民族革命的内涵时，自始至终突出了反对帝国主义侵略与奴役的内容。在同盟会所有领袖人物中，章太炎在这一方面旗帜最鲜明，所投入的力量也最多。
对帝国主义侵略问题，章太炎尖锐地指出，帝国主义在中国横行无忌，“矿冶阡陌之利日被钞略，邦交之法空言无施，政府且为其胥附”，循此以往，不出十年，必定会使中国“中人以下，不入工场被箠楚，乃转徙为乞丐，而富者愈与晳人相结，以陵同类”。他揭露了帝国主义对华经济侵略与政治控制的危害性，并清楚指出了“中人以下”是帝国主义侵略的主要受害者。
保皇主义者说，只要不革命，不去刺激帝国主义，帝国主义就不会干涉和瓜分中国。章太炎指出，事情恰好相反。英国窥伺西藏，沙俄染指东北、外蒙、新疆，这是出于他们由来已久的野心，“此虽满洲政府不亡，其势犹不可禁”。帝国主义之所以没有立即瓜分中国，保留着清朝政府和中国形式上的统一，主要还是自身的侵略利益：“诚知地大物博，非须臾所能摭拾，四分五裂之际，兵连不解，则军实匮而内乱生”。要避免帝国主义瓜分中国，唯一的指望就是革命，因为“革命果成，取此深根宁极之政府而复灭之”，“朝气方新，威声远播”，才能挫抑帝国主义者的侵略气焰。
章太炎大义凛然地对帝国主义侵略亚洲其他国家的罪恶行径进行了揭露和声讨。他痛斥“帝国主义则寝食不忘者，常在劫杀，虽磨牙吮血，赤地千里，而以为义所当然”。他特别痛斥法帝国主义作为“始创自由平等于己国之人”，而实施最不自由平等于他国，如对越南，便是“生则有税，死则有税，乞食有税，清厕有税，毁谤者杀，越境者杀，其酷虐为旷古所未有”。他反复重申：中国革命党人所说的民族主义，“非封于汉族而已，其他之弱民族，有被征服于他之强民族而盗窃其政权、奴虏其人民者，苟有余力，必当一匡而恢复之”。越南爱国志士阮尚贤在《东海赠章太炎先生》一诗中说：“烟涛万里一虚舟，岛国相逢话壮游，醉把奇书灯下读，满天风雨入西楼。”很生动地表现了章太炎与亚洲各国革命者的密切关系。章太炎的这些言行，与幻想“世界列国赞成中国之革新事业”的汪精卫、胡汉民等相比，确实是独树一帜。
正是基于这一立场，章太炎积极推动和支持亚洲各国革命者联合起来，共同进行反对帝国主义侵略与奴役的斗争。他到达日本后不久，印度志士缽逻罕、保什（即苏巴斯·钱德拉·鲍斯）慕名登门造访，“二君道印度衰微之状与其志士所经画者，益凄怆不自胜”，并询问中国近况。章太炎是时即提议，中印两国“当斟酌其长短，以相补苴”。这一倡议立即得到两位印度志士的赞同，缽逻罕并说，印度、中国、日本当如折扇，“印度其纸，支那其竹格，日本其系柄之环绳也”。眼看“百余年顷，欧人东渐，亚洲之势日微，非独政权、兵力浸见缩朒，其人种亦稍稍自卑”，中国、印度、日本的革命家都慷慨悲愤。为了改变这一状况，在章太炎、保什和日本著名社会主义、无政府主义活动家幸德秋水等人共同倡导下，1907年4月，在东京成立了以“反抗帝国主义，期使亚洲已失主权之民族各得独立”为宗旨的“亚洲和亲会”。据竹内善朔回忆，首次集会即在青山印度会馆的保什住所，与会者有中、日、印三国革命家；第二次集会在东京九段下一所唯一神教教会中，与会者除中、日、印三国革命志士外，还有安南、菲律宾等国志士参加。
章太炎受命起草《亚洲和亲会约章》，有汉、英、日三种文本。约章规定：
凡亚洲人，除主张侵略主义者，无论民族主义、共和主义、社会主义、无政府主义，皆得入会。
亚洲诸国，或为外人侵食之鱼肉，或为异族支配之佣奴，其陵夷悲惨已甚。故本会义务，当以互相扶持，使各得独立自由为旨。
亚洲诸国，若一国有革命事，余国同会者应互相协助，不论直接间接，总以功能所及为限。
约章还规定：
会中无会长、干事之职，各会员皆有平均利权，故各宜以亲睦平权之精神，尽相等之能力，以应本会宗旨。
无论来自何国之会员，均以平权亲睦为主。
现设总部于东京、支那、孟买、朝鲜、菲律宾、安南、美国等处。
据目前所知，参加亚洲和亲会的，除去以上各国外，还有缅甸、马来亚、朝鲜等国革命志士。日本会员有幸德秋水、堺利彦、山川均、大杉荣、森近运平、竹内善朔等人，中国会员则有“章太炎（炳麟）、张溥泉（继）、刘申叔（师培）、何殷振（震）、苏子毂（元瑛，法名曼殊）、陈仲甫（独秀）”等人。从亚洲和亲会约章以及会员构成可以看出，这是亚洲各国革命家为反对帝国主义殖民统治、争取各民族的独立与解放而建立的反帝革命同盟。就章太炎来说，这个组织的建立和约章的撰写，标志着他的民族革命思想发生了新的重要的飞跃。这个飞跃，一是在近代中国首次提出了“反对帝国主义而自保其邦族”的宗旨，二是努力谋求亚洲各国民族解放运动的互相支持、互相联合。为声援亚洲各国人民反对帝国主义、争取民族独立的斗争，《民报》在章太炎主持下，刊登了报道这些斗争的许多文章。
章太炎还积极支持国内各地如火如荼开展起来的群众性的收回利权运动，并热切地要求使这一运动发展为群众性的直接战斗行动。
20世纪初，列强加紧攫夺中国的铁路建筑权、矿山开采权，各地人民为保护本国的主权，同列强和屈服于列强压力的清朝政府展开了针锋相对的斗争。章太炎身在东京，却很快地就认识到这些斗争可以成为革命军的强大后盾和有力的同盟军。1907年，江浙两省绅商各界为反对清廷将沪杭甬铁路建筑权出卖给英商，一再联名上书请愿，要求自行筹款修筑，以确保铁路主权。清政府为欺骗舆论，将直接出卖路权改为向英商借款筑路。为了将保护沪杭甬路权的这场斗争推向前进，11月10日，由章太炎发起，邀集在日本的江、浙两省人士与其他各省代表八百多人在锦辉馆集会，“首由章氏宣布宗旨，言发电报、举代表之无益，并言此次借款与造路为二事，今日办法，唯有由股东收回股本及自行断路，或运动省城罢市，庶可收回”。11月17日，由豫晋秦陇协会发起召开留学界全体大会，与会者4000余人，章太炎应邀在大会上发表演说，强调仅仅对清朝政府恐吓一番不会有多少作用，重申自己的主张：“积极的则罢工，消极的则断路。”在章太炎的积极倡议和推动下，江浙两省提出了远比先前激进的斗争口号，“商贾则议停贸易，佣役则相约辞工，杭城铺户且有停缴捐款之议。”斗争向纵深发展，并在全国许多地方引起了强烈的反响。
1908年夏，山东人民为保护津浦铁路沿线矿产的主权展开了大规模的反对德国帝国主义的斗争。各处学堂毕业生站在斗争的最前列，他们散发传单，集会演说，并决定以限制开矿、抵制德货为后盾。山东巡抚袁树勋出来严厉弹压，且公然宣称：“中国办事，向由官家主持，民人本无议政之责。”为此，章太炎发表了专门评论，痛斥袁树勋和清朝政府的卖国谬论和卖国罪行，就如何坚持保护利权的群众斗争发出了强有力的呼吁：“山东士民，当以何术榰柱独有？要结齐民，坚不鬻地为可。不然，则限制开矿，抵制德货耳。而清政府必且遮禁之、格杀之，继自今，愿尔山东士民为义和团，无为衍圣公（衍圣公曾以军乐迎德皇画像至其第）；为林清、王伦，无为吕海寰。北出则拊建州之背，西迤则断燕京之喉，东下则捣胶州之脊。事不就，则尽六千万人归魂于泰山蒿里！”
1908年7月14日，日本内阁更迭，桂太郎内阁取代了原来的西园寺公望内阁。为了把外交的重点放在对华关系上，桂太郎特地任命以顽强地谋求实现日本对华侵略要求、坚决反对美国插足中国东北而著称的小村寿太郎为外相。9月25日，小村向内阁会议提出《对外政策方针》及《有关满洲若干问题之方针》两项议案，中心就是解决中国东北所谓各项悬案，对清、对英、对美、对法、对德诸政策，几乎都是为了实现这一目的。这两项议案都得到了内阁同意。10月2日，小村训令驻清公使伊集院彦吉与清政府开始谈判。为了诱使清政府屈从日本所提出的侵占中国东北各项权益的无理要求，日本政府下令封禁《民报》与中国革命党人在日本出版的其他革命刊物，以示对清政府的“亲善”。为抗议日本政府这一行动，章太炎同日本当局面对面展开了针锋相对的斗争。
1908年10月19日，经小村寿太郎与内务大臣平田东助秘密策划，日本警察总监龟井三郎签署了一份由平田东助发布的命令，借口《民报简章》和《民报》第二十四号发表的《革命之心理》一文违反了日本出版条例，勒令“停止其发卖颁布”。20日晚，由东京牛込警察署出面，向章太炎宣读了上项命令。
21日，章太炎致书平田东助，退回他的命令书，对他的无理决定表示强烈抗议，指出：“民报简章》六大主义，前经贵内务省认可，今未将此项保证退还，突令不许登载与此简章同一主义之事项，本编辑人兼发行人不能承认，特将此纸缴还贵内务省。如以扰害秩序为嫌，任贵内务省下令驱逐退出日本国境可也。”23日，牛込警察署长奉命对章太炎“恳切晓谕”，说服他接受平田东助发布的命令书。这位署长当着章太炎的面，承认“此事关于外交，不关法律”。章太炎于是给平田东助又写去一信，痛斥日本当局同清朝政府的肮脏交易，并严正表示：日本政府“若以威吓利啗之故，而以《民报》之革命宗旨与满洲政府所赠利益交换，本编辑人兼发行人宁为玉碎，不为瓦全”。信中还说：“贵内务省既勒令本报改变简章，请以新假定六大主义疏写呈览：一、灭尽世界立宪国；二、破尽世界伪平和；三、以中华帝国统一东亚；四、以专制政府攘逐蛮夷；五、不与兽性民联合；六、不求卖淫国赞成。若作是说，语语与现在简章异撰或且反对，未知贵大臣允许否也？”26日，章太炎又第三次致书平田东助，揭露日本政府“迫胁《民报》使变其革命宗旨”，其实是“舍永远停止之名而取永远禁止之实”，指出日本当局不敢将此事公诸日本报章而“惟欲深秘其事”，正暴露了他们干的是见不得人的鬼蜮勾当。
为了冲破日本当局的新闻封锁，把封禁《民报》的真相公之于世，章太炎以“中国革命党”名义发表《报告〈民报〉二十四号停止情形》，并“以英文单行本投寄各方，吁请世界人士给予同情”。1908年12月7日檀香山《太平洋商业广告报》便曾全文刊登了这份报告的英文本。章太炎还与同盟会领导人黄兴、宋教仁等反复磋商，决定将《民报》迁往美国、法国或南洋出版，相约“勿以小挟灰心，勿以威武屈节，庶几松柏后凋，竟伸其志”。
在抗议封禁《民报》的斗争中，章太炎态度鲜明，立场坚定，斗争有力。他成了日本政府封禁《民报》的主要障碍。日本政府于是便想方设法试图将章太炎逼走。11月13日，“有人对民报社放火”。11月14日，牛込警察署派人来黄兴住处探询，章太炎是否愿意由日本外务省支助一笔旅费渡航印度。为此，章太炎专函小村寿太郎，严词拒绝。日本方面本想利用章太炎赴印计划，出一笔钱，将他送出境去，结果碰了一鼻子灰。他们承认：章太炎“对此非但不予理睬，且意志坚决，认为此际根本不屑收受日本政府支付之费用。……章之真意，乃想前往美国，在该地鼓吹抵制日货，打击日本政府。”日本当局这一招又遭失败，清廷驻日使馆于是亲自出阵，指使汪云于11月26日和30日两次潜入民报社在饮食中下毒，“社员汤增璧饮茗，几死”，章太炎提高了警惕，这一阴谋也没有能够得逞。
在这些伎俩统统失败后，日本当局只好自己撕破保障新闻与言论自由的“文明”假面具，在东京地方裁判所对章太炎开庭审讯。日本检事在叙述起诉理由时说：“民报》主张颠覆清朝，日本秩序并未受到什么扰害。然而清国作为日本邻邦，该国革命便与日本有重大关系。清国革命一旦爆发，日本人起而仿效，那就必导致严重后果。故此，必须判处《民报》为犯罪。”对此，章太炎反驳说：“日本国的新闻条例，原禁止人家扰害日本的秩序，并不禁人家扰害别国的秩序。我这个《民报》一向说的颠覆清国政府，并没有涉及日本，清国政府或者可以说我们扰害秩序，日本政府决不能说我们扰害秩序的。……日本国家对着日本的人民，是认革命为扰害秩序的；若在我们的中国，却不认革命为扰害秩序。因为中国的历史，全是革命的历史。……只能说谋反有罪，不能说革命有罪；谋反与革命，原是两样的观念。所以非但日本不能说我们扰害秩序，就是清国政府，若严密的照法律讲起来，也不能说我们扰害秩序。”章太炎的辩护律师后藤德太郎则指出：“检事谓清国革命将于日本有害，此乃系外交、政治上的问题，而法庭所论及的只应是法律问题，因此，检事的指控不能成立。”章太炎的其他几位辩护律师也分别从不同的方面驳斥了日本当局所提出的指控。
然而，封禁《民报》已是日本当局既定决策，尽管章太炎据理慷慨陈词，并有阵容很强的律师队伍，其实早已预先确定了审讯结论。12月12日上午9时，东京地方裁判所继续开庭，裁判长不容分辩地宣布了判决结果。根据判决，《民报》被禁止发行，而章太炎本人，作为《民报》编辑被判处罚款50日元，作为《民报》发行人另被判处罚金50日元，由于《民报》发行所地址变动未及时申报等，章太炎又被加处罚金15日元。后来，由于章太炎拒交罚金，东京小石川警察署1909年3月3日下令将章太炎拘留，并宣布，将章太炎押往劳役场服役，以每做一天苦工抵1元罚金。章太炎的几个学生闻讯，十分着急，“龚未生（宝铨）来找鲁迅商量，结果转请许寿裳挪用了《支那经济全书》译本的印费的一部分，这才解了这场危难”。这一事实证实了章太炎在帝国主义列强面前没有软骨与媚骨，他的民族革命理论不是空谈，而是行动的纲领，他本人就是这样身体力行的。
