第一节 哲理初探
1898年12月4日，章太炎到了日本占领下的台湾，被聘为《台湾日日新报》特约撰述。
这时，章太炎关注着康有为、梁启超等人的行止，中国政治革新道路的选择。
章太炎写了一系列文章，揭露慈禧太后“始听政，则有肃顺之狱；将反政，则有朝鲜大院君之狱；复出训政，则有康有为、谭嗣同之狱”，一贯“恶直丑正”；揭露张之洞“若张之洞，则外托维新，而其志不过养交恃宠。……乃自八月政变，张反倒戈新党，凡七发密电至京，谄谀长信，无所不至”；至于梁鼎芬、王仁俊、朱克柔等一班人，只不过是一批“自任正学而终于脂韦突梯者”的伪君子，一伙“甫叕糟粕，其黠者则且以迂言自盖，而诗礼发冢，无所不至”的“拘儒鄙生”。
章太炎的态度，使康有为十分感动，他致信章太炎说：
顷者政变，仆为戮人，而足下乃拳拳持正议，又辱书教之，何其识之绝出寻常，而亲爱之深耶！
章太炎也明白宣示：他与康有为“论学虽殊，而行谊、政术自合也”，论学也不是没有相合之处，“所与工部论辩者，特左氏、公羊门户师法之间耳。至于黜周王鲁、改制革命，则未尝少异也”。
经历了戊戌变法的失败，章太炎反清思想变得更为强烈了。在《台湾日日新报》上，他声讨清朝政府亲俄卖国政策将导致“东自大河，西自冈底斯山，其阴则必沦于俄”，其结果，将不仅贻害北方广大地区，而且将危及整个中国。清朝政府之所以必然奉行这一政策，是清朝统治这个事实本身造成的。他写道：俄人南侵，“满、汉之同祸，虽至愚劣，犹将与知之。今慈禧太后之言则曰：‘西方之公法，有亡国，无覆宗。吾守吾玩好，蓄吾金币，宁局促于一畿，而为其役属之帝。’夫岂能以一人持莠言？固满、蒙之甘心于为厮养走卒也久矣”。
他在《客帝论》中历数了清朝统治的种种罪恶，论证了“反满”是正义的行动。他写道：
扬州之屠，嘉定之屠，江阴之屠，金华之屠，啗肉也如黑鹫，窃室也如群麀。其他掊发窖藏，掘冢坏陵，而取其金鼎玉杯银尊珠襦之宝以为储藏者，不可以簿籍计也。及统一天下，六官犹耦，防营犹设。讬不加赋以为美名，而以胡骑之单襄，刓敝府库；迮有狱讼，则汉民必不可以得直；迮有剧寇，汉臣贤劳而夷其难，创夷既起，又置其同族于善地，以乱其治。吾义士之谋攘逐者，亦宁有过职乎？
但是，他担心“逐加于满人，而地割于白人”。同时，对光绪皇帝仍抱有很大希望，认为光绪皇帝已经“椎胸啮臂，以悔二百五十年之过矣”，“彼疏其顽童，昵其地主，以百姓之不得职为己大耻，将登荐贤辅，变革故法，使卒越劲，使民果毅，使吏精廉强力，以御白人之侮”，所以他又不赞成进行推翻清王朝统治的暴力革命，而建议虚尊孔子为“支那之共主”，光绪皇帝“引咎降名，以方伯自处”，主持实际政务。
更加值得注意的是这段时间，章太炎围绕着哲理或世界观问题所进行的探究。
《清议报》从第二册开始连载谭嗣同的《仁学》，梁启超在为此书所写的序言中说：“仁学》何为而作也？将以会通世界圣哲之心法，以救全世界之众生也。南海之教学者曰：‘以求仁为宗旨，以大同为条理，以救中国为下手，以杀身破家为究竟。’《仁学》者，即发挥此语之书也。”他要让《仁学》“公于天下”，“为法之灯，为众生之眼”。从第九册开始，《清议报》又连载康有为早期哲学著作《康子内外篇》，陆续发表了其中《阖辟》、《未济》、《理学》、《爱恶》、《性学》、《觉识》等篇。这两部著作的发表，提出了如何从世界观的高度批判旧世界和建设新世界的问题。
就在《清议报》开始连载《仁学》的同时，章太炎在《台湾日日新报》上也发表了一系列哲学论文，如1月8日发表了《视天论》，1月24日发表了《人定论》，2月19日和21日发表了《摘〈楞严经〉不合物理学两条》等。1月22日他在《答梁卓如书》中曾专论为什么必须重视哲学方面的研究与宣传，写道：
来教谓译述政书为第一义……鄙意哲学家言，高语进步退化之义者，虽清眇阔疏如谈坚白，然能使圆方趾知吾身之所以贵，盖亦未始不急也。
重视哲学的研究与宣传，归根到底，是为了“开濬民智”，使人们从狭隘诬妄的世界观中解放出来，明了究竟应当怎样正确地认识世界，创造未来。他在谈到中国统治哲学的主要支柱天命论的危害时，具体论证了这一点。他写道：
乘猋风而薄乎玄云之上，视苍苍之天者，其果能为人世祸福乎？抑亡乎？……禨祥之说，则上古愚人所以自惑，而圣人因其诬妄以为劝诫。……实验之学不出，而上古愚人之惑，亘千世而不解。是故前乎子厚者，有王仲任，后乎子厚者，有王介甫，其所立说，盖并以天变为不足畏，而迫于流俗，而时时蒙其讪议。自今之世，有实验也，而其惑始足以淘汰。然都会而外，然疑未谛，众不可以户说。
这里，章太炎说明了近代实验科学如何有助于冲破旧的狭隘诬妄的世界观，显示了这一时期他的哲学基本趋向。正因为如此，他对《仁学》、《康子内外篇》所阐述的一套哲学便不满意。
早在1897年在时务报馆时，章太炎就已读过谭嗣同《仁学》的抄稿，其时便“怪其杂糅，不甚许也”。《清议报》正式发表并大力推荐《仁学》，加上《康子内外篇》，促使章太炎比较系统地对哲学一系列重大问题进行思考与研究。他将《膏兰室札记》中用近代科学知识疏证《庄子·天下篇》及《淮南子》中《俶真训》、《天文训》、《地形训》、《览冥训》等的条目，以《东方格致》为名，在《台湾日日新报》上陆续发表；同时，又用疏证和解释《墨子·公孟篇》的方式，发掘了古代儒学中早已为人们所遗忘的无神论思想，写成《儒术真论》，并以专讲宇宙论的《视天论》、专讲进化论的《菌说》，为这篇文章的附录，首次以“章氏学”署名，寄交《清议报》发表。在这些文章中，他努力吸取西方近代自然科学和哲学知识，细心寻绎中国古代哲学遗产中的精华，对长期统治着人们头脑的正统哲学展开了批判，同时，也含蓄地对谭嗣同、康有为哲学中的许多论点提出了异议，标志着章太炎自具特色的学说开始形成。
天道观念是统治者神道设教的理论支柱。所谓“君万物者莫大乎天”、“天道福善祸淫”，就是宣布上天决定人间的一切，人决不可违背天的意志。近代，外国传教士又带来了上帝创世和造人的新说教。康有为、谭嗣同反对传统的天道观念，主张“以元统天”，说：“元者，气也，无形以起，有形以分，造起天地，天地之始也。”但是，在这同时，他们又极力把孔子说成“受命于天”，把孔子的话说成“天之言”，把孔子的主张说成“天之制与义”，利用“天”的古老权威来神化他们所塑造的孔子新偶像，要求人们对这尊新偶像“但观其制作，服从而已”，这就又重蹈了天道观念的覆辙。
章太炎早在《膏兰室札记》中，就依据西方19世纪天文学的重要成果天体运动理论，指出：“天为积气，古人已知之。然未明言其旨趣。苟误认为天自有气，为万物之元，则误矣。……盖恒星皆日，其旁皆有行星，行星皆地。凡地球不知恒河沙数，每一地球，皆有空气。自空气中望外，不甚了了，昔人谓之蒙气。合无数地球之蒙气，望之则似苍苍者，斯所谓积气，斯所谓天，仍皆地气，非自成一气也。……即苍苍之体，亦未尝于行星外自有一物也。天且无物，何论上帝！”《视天论》和《儒术真论》比之《膏兰室札记》对天道观念的批判又前进了一步。
他指出，只有“视天”，而无“真天”。“万物之主，皆赖日之光热，而非有赖于天”。他根据康德的星云学说，说明了天体运动的物理性质：诸天体浮行于太空之中，“以己力绕本轴，以摄力绕重心，绕重心久，则亦生离心力，而将脱其缰锁”，这里不存在任何创世者或第一推动力。他断言宇宙不可能有固定不变的形体，宇宙在空间和时间方面都是无限的，“若是，则天固非有真形，而假号为上帝者又安得其至大之尽限而以为至尊也？故曰：知‘实而无乎处’，知‘长而无本剽’，则上帝灭矣，孰能言其造人与其主予夺殃庆耶？”《庄子·庚桑楚》说过：“有实而无乎处者，宇也；有长而无本剽者，宙也。”实，指空间的广延性；无乎处，指无有限制。长，指时间的连续性；无本剽，指没有最初的起源，也没有最后的终结。宇宙定形论与宇宙有限论，是上帝创世说与天道观念在“科学”上的所谓根据，在这里，被证明完全不能成立。这是利用宇宙的无限性和物质性证明上帝创世说与天道观念完全违背客观实际。
章太炎旅台期间，还根据近代胚胎学、生物学和进化论原理，对于生命、物种和人类的起源发展问题进行了专门探究。在《膏兰室札记》的《造人说》、《青宁生程程生马马生人说》、《海人至肖形而蕃》、《若菌》等条目中，章太炎多次谈到过生物进化与人类形成问题，批驳过上帝造人说。旅台期间所撰写的《菌说》中，征引了许多文献，说明了物种进化的自然历史进程。章太炎指出，在地球上，有机物是由无机物转化而来的，高级动物又是由最简单的微生物发展而成的。从无生命的物体演变为有生命的物体，从细菌演变为草木，从低等动物演变为高等动物，从鱼演变为鸟，演变为兽，演变为猴子，最后，演变为人。这一系列的发展都是自然历史过程，其动力是它们自身的“欲恶去就”，即它们自身内在的“爱力、吸力”与“离心力、驱力”的矛盾冲突。正是这种自身所固有的矛盾“相易、相生、相摩，渐以化为异物”，使旧物种演变为新物种，使物质运动由简单变为复杂，由低级进到高级，这里丝毫没有什么不可思议的神秘力量或冥冥主宰。人自身的衍生繁殖，同样也是一个正常的生理活动过程，“今夫生殖之始，在男曰精虫，在女曰泡蜑，泡蜑者即胚珠也。夫妇邂遘，一滴之精，有精虫十数入啮泡而破之，以成妊娠”。这里，是事物自己创造自己，“非有上帝之造之，而物则自造之”，也没有造物主存在的任何余地。
为了进一步说明人的本质并不具有任何神秘性，人生的意义并非不可捉摸，章太炎专门对“以太”作了考察。“以太”这一概念，是近代传教士从西方介绍进来的。笛卡尔假设以太充满整个空间，能够传递力和施加力于物体之上。牛顿以来，越来越多的学者将以太与引力作用、电磁现象、热辐射的传播、光的传播联系起来加以研究，设想它是一种渗透到所有物质之中、阻力很小或不受阻力的媒介质，可以通过自身的弹性或振动来传播上述引力、电力、磁力、热辐射和光。谭嗣同将以太引入他自己的哲学，却将“以太”说成超越于一切矛盾之上的绝对精神，和孔子所说的“仁”、佛教所说的“性海”、基督教所说的“灵魂”是一个东西，借助于以太，仁、性海、灵魂给说成先于物质世界而存在并高于全部物质世界。章太炎根据当时西方物理学的最新假设，说明以太是一种通过自身的振动传播光波和电磁波的物质，尽管比原子要小得多，但毫无疑问是一种“有形可量”的物质实体，绝对“不得谓之无体”。以太尽管非常微小，物质无限可分，自然必定还有比它更小的粒子存在。随着科学的发展，它必定能够永无止尽地分割为更加微末的质点，比之这些微末的质点，以太可算极大。以此，以太同“邈无倪际”的仁、性海、灵魂没有任何相似之处。
章太炎对人的欲望、要求、感觉、知性进行了考察。他指出：“盖有精虫，外有官骸，而人性始具。”假如官骸全部死亡，只有精虫仍然活着，那么，人的声、色、香、味等各种欲望就将不复存在，只剩下精虫追逐异性的欲求。“今人之死也，则淡、养、炭、轻（氮、氧、碳、氢）诸气，盐、铁、磷、钙诸质，各散而复其流定之本性，而人之性亡矣。”人们的知识水平之所以有高下之分，既有父母遗传的作用，更有后天因素的影响：“大抵形体智识，一成不移，而形之肥瘠，识之优劣，则外感相同，可入熔冶。不移者由于胚珠，可移者由于所染。”“一人之行，固以习化，而千世之性，亦以习殊。……故学可以近变一人之行，而又可以远变千世之质。”
在从自己的哲学引申出政治结论时，章太炎强调的是“天为不足称颂，而国命可自己制”，“一人则成亏前定，而合群则得丧在我”。他指出了面临国家危亡的严重危机，应当依靠合群的力量来掌握和扭转国家与民族的命运。在说到具体办法时，他所归结的只是相当笼统的“合群明分”，说“苟能此，则无不自立”，不过，在认识世界这个根本问题上，他既然坚持了比较清醒的唯物主义，这就为他在新的社会政治风暴面前能够冷静地检讨自己往昔的立场，坚持真理，修正错误，继续前进，提供了思想基础。
这时，章太炎关注着康有为、梁启超等人的行止，中国政治革新道路的选择。
章太炎写了一系列文章，揭露慈禧太后“始听政，则有肃顺之狱；将反政，则有朝鲜大院君之狱；复出训政，则有康有为、谭嗣同之狱”，一贯“恶直丑正”；揭露张之洞“若张之洞，则外托维新，而其志不过养交恃宠。……乃自八月政变，张反倒戈新党，凡七发密电至京，谄谀长信，无所不至”；至于梁鼎芬、王仁俊、朱克柔等一班人，只不过是一批“自任正学而终于脂韦突梯者”的伪君子，一伙“甫叕糟粕，其黠者则且以迂言自盖，而诗礼发冢，无所不至”的“拘儒鄙生”。
章太炎的态度，使康有为十分感动，他致信章太炎说：
顷者政变，仆为戮人，而足下乃拳拳持正议，又辱书教之，何其识之绝出寻常，而亲爱之深耶！
章太炎也明白宣示：他与康有为“论学虽殊，而行谊、政术自合也”，论学也不是没有相合之处，“所与工部论辩者，特左氏、公羊门户师法之间耳。至于黜周王鲁、改制革命，则未尝少异也”。
经历了戊戌变法的失败，章太炎反清思想变得更为强烈了。在《台湾日日新报》上，他声讨清朝政府亲俄卖国政策将导致“东自大河，西自冈底斯山，其阴则必沦于俄”，其结果，将不仅贻害北方广大地区，而且将危及整个中国。清朝政府之所以必然奉行这一政策，是清朝统治这个事实本身造成的。他写道：俄人南侵，“满、汉之同祸，虽至愚劣，犹将与知之。今慈禧太后之言则曰：‘西方之公法，有亡国，无覆宗。吾守吾玩好，蓄吾金币，宁局促于一畿，而为其役属之帝。’夫岂能以一人持莠言？固满、蒙之甘心于为厮养走卒也久矣”。
他在《客帝论》中历数了清朝统治的种种罪恶，论证了“反满”是正义的行动。他写道：
扬州之屠，嘉定之屠，江阴之屠，金华之屠，啗肉也如黑鹫，窃室也如群麀。其他掊发窖藏，掘冢坏陵，而取其金鼎玉杯银尊珠襦之宝以为储藏者，不可以簿籍计也。及统一天下，六官犹耦，防营犹设。讬不加赋以为美名，而以胡骑之单襄，刓敝府库；迮有狱讼，则汉民必不可以得直；迮有剧寇，汉臣贤劳而夷其难，创夷既起，又置其同族于善地，以乱其治。吾义士之谋攘逐者，亦宁有过职乎？
但是，他担心“逐加于满人，而地割于白人”。同时，对光绪皇帝仍抱有很大希望，认为光绪皇帝已经“椎胸啮臂，以悔二百五十年之过矣”，“彼疏其顽童，昵其地主，以百姓之不得职为己大耻，将登荐贤辅，变革故法，使卒越劲，使民果毅，使吏精廉强力，以御白人之侮”，所以他又不赞成进行推翻清王朝统治的暴力革命，而建议虚尊孔子为“支那之共主”，光绪皇帝“引咎降名，以方伯自处”，主持实际政务。
更加值得注意的是这段时间，章太炎围绕着哲理或世界观问题所进行的探究。
《清议报》从第二册开始连载谭嗣同的《仁学》，梁启超在为此书所写的序言中说：“仁学》何为而作也？将以会通世界圣哲之心法，以救全世界之众生也。南海之教学者曰：‘以求仁为宗旨，以大同为条理，以救中国为下手，以杀身破家为究竟。’《仁学》者，即发挥此语之书也。”他要让《仁学》“公于天下”，“为法之灯，为众生之眼”。从第九册开始，《清议报》又连载康有为早期哲学著作《康子内外篇》，陆续发表了其中《阖辟》、《未济》、《理学》、《爱恶》、《性学》、《觉识》等篇。这两部著作的发表，提出了如何从世界观的高度批判旧世界和建设新世界的问题。
就在《清议报》开始连载《仁学》的同时，章太炎在《台湾日日新报》上也发表了一系列哲学论文，如1月8日发表了《视天论》，1月24日发表了《人定论》，2月19日和21日发表了《摘〈楞严经〉不合物理学两条》等。1月22日他在《答梁卓如书》中曾专论为什么必须重视哲学方面的研究与宣传，写道：
来教谓译述政书为第一义……鄙意哲学家言，高语进步退化之义者，虽清眇阔疏如谈坚白，然能使圆方趾知吾身之所以贵，盖亦未始不急也。
重视哲学的研究与宣传，归根到底，是为了“开濬民智”，使人们从狭隘诬妄的世界观中解放出来，明了究竟应当怎样正确地认识世界，创造未来。他在谈到中国统治哲学的主要支柱天命论的危害时，具体论证了这一点。他写道：
乘猋风而薄乎玄云之上，视苍苍之天者，其果能为人世祸福乎？抑亡乎？……禨祥之说，则上古愚人所以自惑，而圣人因其诬妄以为劝诫。……实验之学不出，而上古愚人之惑，亘千世而不解。是故前乎子厚者，有王仲任，后乎子厚者，有王介甫，其所立说，盖并以天变为不足畏，而迫于流俗，而时时蒙其讪议。自今之世，有实验也，而其惑始足以淘汰。然都会而外，然疑未谛，众不可以户说。
这里，章太炎说明了近代实验科学如何有助于冲破旧的狭隘诬妄的世界观，显示了这一时期他的哲学基本趋向。正因为如此，他对《仁学》、《康子内外篇》所阐述的一套哲学便不满意。
早在1897年在时务报馆时，章太炎就已读过谭嗣同《仁学》的抄稿，其时便“怪其杂糅，不甚许也”。《清议报》正式发表并大力推荐《仁学》，加上《康子内外篇》，促使章太炎比较系统地对哲学一系列重大问题进行思考与研究。他将《膏兰室札记》中用近代科学知识疏证《庄子·天下篇》及《淮南子》中《俶真训》、《天文训》、《地形训》、《览冥训》等的条目，以《东方格致》为名，在《台湾日日新报》上陆续发表；同时，又用疏证和解释《墨子·公孟篇》的方式，发掘了古代儒学中早已为人们所遗忘的无神论思想，写成《儒术真论》，并以专讲宇宙论的《视天论》、专讲进化论的《菌说》，为这篇文章的附录，首次以“章氏学”署名，寄交《清议报》发表。在这些文章中，他努力吸取西方近代自然科学和哲学知识，细心寻绎中国古代哲学遗产中的精华，对长期统治着人们头脑的正统哲学展开了批判，同时，也含蓄地对谭嗣同、康有为哲学中的许多论点提出了异议，标志着章太炎自具特色的学说开始形成。
天道观念是统治者神道设教的理论支柱。所谓“君万物者莫大乎天”、“天道福善祸淫”，就是宣布上天决定人间的一切，人决不可违背天的意志。近代，外国传教士又带来了上帝创世和造人的新说教。康有为、谭嗣同反对传统的天道观念，主张“以元统天”，说：“元者，气也，无形以起，有形以分，造起天地，天地之始也。”但是，在这同时，他们又极力把孔子说成“受命于天”，把孔子的话说成“天之言”，把孔子的主张说成“天之制与义”，利用“天”的古老权威来神化他们所塑造的孔子新偶像，要求人们对这尊新偶像“但观其制作，服从而已”，这就又重蹈了天道观念的覆辙。
章太炎早在《膏兰室札记》中，就依据西方19世纪天文学的重要成果天体运动理论，指出：“天为积气，古人已知之。然未明言其旨趣。苟误认为天自有气，为万物之元，则误矣。……盖恒星皆日，其旁皆有行星，行星皆地。凡地球不知恒河沙数，每一地球，皆有空气。自空气中望外，不甚了了，昔人谓之蒙气。合无数地球之蒙气，望之则似苍苍者，斯所谓积气，斯所谓天，仍皆地气，非自成一气也。……即苍苍之体，亦未尝于行星外自有一物也。天且无物，何论上帝！”《视天论》和《儒术真论》比之《膏兰室札记》对天道观念的批判又前进了一步。
他指出，只有“视天”，而无“真天”。“万物之主，皆赖日之光热，而非有赖于天”。他根据康德的星云学说，说明了天体运动的物理性质：诸天体浮行于太空之中，“以己力绕本轴，以摄力绕重心，绕重心久，则亦生离心力，而将脱其缰锁”，这里不存在任何创世者或第一推动力。他断言宇宙不可能有固定不变的形体，宇宙在空间和时间方面都是无限的，“若是，则天固非有真形，而假号为上帝者又安得其至大之尽限而以为至尊也？故曰：知‘实而无乎处’，知‘长而无本剽’，则上帝灭矣，孰能言其造人与其主予夺殃庆耶？”《庄子·庚桑楚》说过：“有实而无乎处者，宇也；有长而无本剽者，宙也。”实，指空间的广延性；无乎处，指无有限制。长，指时间的连续性；无本剽，指没有最初的起源，也没有最后的终结。宇宙定形论与宇宙有限论，是上帝创世说与天道观念在“科学”上的所谓根据，在这里，被证明完全不能成立。这是利用宇宙的无限性和物质性证明上帝创世说与天道观念完全违背客观实际。
章太炎旅台期间，还根据近代胚胎学、生物学和进化论原理，对于生命、物种和人类的起源发展问题进行了专门探究。在《膏兰室札记》的《造人说》、《青宁生程程生马马生人说》、《海人至肖形而蕃》、《若菌》等条目中，章太炎多次谈到过生物进化与人类形成问题，批驳过上帝造人说。旅台期间所撰写的《菌说》中，征引了许多文献，说明了物种进化的自然历史进程。章太炎指出，在地球上，有机物是由无机物转化而来的，高级动物又是由最简单的微生物发展而成的。从无生命的物体演变为有生命的物体，从细菌演变为草木，从低等动物演变为高等动物，从鱼演变为鸟，演变为兽，演变为猴子，最后，演变为人。这一系列的发展都是自然历史过程，其动力是它们自身的“欲恶去就”，即它们自身内在的“爱力、吸力”与“离心力、驱力”的矛盾冲突。正是这种自身所固有的矛盾“相易、相生、相摩，渐以化为异物”，使旧物种演变为新物种，使物质运动由简单变为复杂，由低级进到高级，这里丝毫没有什么不可思议的神秘力量或冥冥主宰。人自身的衍生繁殖，同样也是一个正常的生理活动过程，“今夫生殖之始，在男曰精虫，在女曰泡蜑，泡蜑者即胚珠也。夫妇邂遘，一滴之精，有精虫十数入啮泡而破之，以成妊娠”。这里，是事物自己创造自己，“非有上帝之造之，而物则自造之”，也没有造物主存在的任何余地。
为了进一步说明人的本质并不具有任何神秘性，人生的意义并非不可捉摸，章太炎专门对“以太”作了考察。“以太”这一概念，是近代传教士从西方介绍进来的。笛卡尔假设以太充满整个空间，能够传递力和施加力于物体之上。牛顿以来，越来越多的学者将以太与引力作用、电磁现象、热辐射的传播、光的传播联系起来加以研究，设想它是一种渗透到所有物质之中、阻力很小或不受阻力的媒介质，可以通过自身的弹性或振动来传播上述引力、电力、磁力、热辐射和光。谭嗣同将以太引入他自己的哲学，却将“以太”说成超越于一切矛盾之上的绝对精神，和孔子所说的“仁”、佛教所说的“性海”、基督教所说的“灵魂”是一个东西，借助于以太，仁、性海、灵魂给说成先于物质世界而存在并高于全部物质世界。章太炎根据当时西方物理学的最新假设，说明以太是一种通过自身的振动传播光波和电磁波的物质，尽管比原子要小得多，但毫无疑问是一种“有形可量”的物质实体，绝对“不得谓之无体”。以太尽管非常微小，物质无限可分，自然必定还有比它更小的粒子存在。随着科学的发展，它必定能够永无止尽地分割为更加微末的质点，比之这些微末的质点，以太可算极大。以此，以太同“邈无倪际”的仁、性海、灵魂没有任何相似之处。
章太炎对人的欲望、要求、感觉、知性进行了考察。他指出：“盖有精虫，外有官骸，而人性始具。”假如官骸全部死亡，只有精虫仍然活着，那么，人的声、色、香、味等各种欲望就将不复存在，只剩下精虫追逐异性的欲求。“今人之死也，则淡、养、炭、轻（氮、氧、碳、氢）诸气，盐、铁、磷、钙诸质，各散而复其流定之本性，而人之性亡矣。”人们的知识水平之所以有高下之分，既有父母遗传的作用，更有后天因素的影响：“大抵形体智识，一成不移，而形之肥瘠，识之优劣，则外感相同，可入熔冶。不移者由于胚珠，可移者由于所染。”“一人之行，固以习化，而千世之性，亦以习殊。……故学可以近变一人之行，而又可以远变千世之质。”
在从自己的哲学引申出政治结论时，章太炎强调的是“天为不足称颂，而国命可自己制”，“一人则成亏前定，而合群则得丧在我”。他指出了面临国家危亡的严重危机，应当依靠合群的力量来掌握和扭转国家与民族的命运。在说到具体办法时，他所归结的只是相当笼统的“合群明分”，说“苟能此，则无不自立”，不过，在认识世界这个根本问题上，他既然坚持了比较清醒的唯物主义，这就为他在新的社会政治风暴面前能够冷静地检讨自己往昔的立场，坚持真理，修正错误，继续前进，提供了思想基础。
