第一节 长眠香港
自杨杏佛遇害、中国民权保障同盟被迫停止活动后，蔡元培的社会性政治活动明显沉寂下来。随着年老体衰，他试图从繁杂的事务纷扰中摆脱出来，静心做点自己的事情。1935年7月，他印发了一个启事，宣布从8月起，辞去一切兼职，停止接受写件，停止介绍职业。其中所辞兼职多达二十三个，主要是些教育文化机关的名誉职务。也正是在此前后，蔡元培写了一些回忆性文章，如《我在北京大学的经历》，《我青年时代的读书生活》、《我所受旧教育的回忆》、《我在教育界的经验》等，开始对自己的生平经历作文字追述。或许是接受了胡适的劝说，蔡果真准备撰写个人的传记--《自写年谱》。劳累了几十年的蔡元培，真的步入了晚境。
1936年1月11日，蔡元培在最寒冷的季节里迎来了自己70岁的生日。家人置办的小型寿宴亲情融融自不必说，文化教育界的朋友和学生没有忘记利用这一机会来表达对这位忠厚长者的由衷敬意，却使他感奋不已。在中国科学社为他举行的庆寿会上，马君武代表该社理事会致祝词说：“人生七十以后，实为最好的服务时期……希望蔡先生在七十岁以后，领导全国科学家，本着苦干精神，为国奋斗。”蔡元培在答词中多少有些调侃地借用孔子七十岁时的生命自述来观照自己的人生历程，其中广征博引、雅趣横生。他说：“人生在世，一百二十岁为上寿，一百岁为中寿，八十岁才称下寿。只有社会的寿最长，可以祝万岁。中国科学社到现在虽只有二十多年的年龄，但外国学会在百年以上者很多，法兰西学院已到三百年，故学会也是万寿无疆的。今以长寿的团体来祝个人，真是荣幸。”于幽默中透出哲人的旷达。不久，画家刘海粟和钱新之、张寿镛等在上海国际饭店发起举行盛大活动，庆祝蔡元培七旬寿辰。在刘海粟看来，先前的庆寿场面太小，太冷清，“同蔡先生的历史地位和贡献太不相称了”，因此，“决计要大庆一番”。前来祝寿的多达千人，其中颇多知名人士，计有：沈钧儒、沈恩孚、黄炎培、陈树人、马寅初、许寿裳、于右任、梅兰芳、李金发、林风眠、林语堂、朱屺瞻、顾树森、朱孔阳、叶恭绰、张学良、雷震、王济远、谢海燕、黄自、肖友梅、王昆仑、俞剑华、李四光、丁西林等。其中既有政界要人，又有金融界巨头，更多的是文化教育科学界人士。蔡元培不愿如此张扬，曾极力推辞，但又拗不过众人的盛意，遂欣然到会。面对为他举行的盛大庆寿场面，这位生性恬淡的学界巨子内心欢愉而又感慨万端。在答词中，他不无激动地表示：
“鄙人是一个拿笔杆的人，所敢夸口的也只能在笔杆上多尽点力。‘假我数年’，鄙人想把刘（海粟）先生寿文中道及的‘以美育代宗教’的主张，著一本书；还想编一本美学，编一本比较民族学，编一本‘乌托邦’；胡适之先生常常劝鄙人写自传，如时间允许，鄙人也想写一本。愿心许得太多了，不敢再说下去了……”
祝大寿而许宏愿，本是一种习俗或惯例，但反映的则是人的内心企望和追求。蔡的这席话，除了那本“乌托邦”令人不解其意之外，其余各项差不多都是他生平治学的主要兴趣所在。显然，这些愿望萦绕心中多年，至古稀尚未实现，抱憾之心应所难免。惟其如此，他才申明这些宿愿，借以回复朋辈的热望，实在也是一种自励心理。蔡一生奔走国事，投身文化教育的组织领导工作，在国内几乎很少有充裕时间静心从事著述。然而，对中西学术长期求索而形成的独到见解积蕴于心，不发不快；中国文人又素有著书立说、“立言”传世的职业传统。人入晚境，回首往昔，世事纷扰；以有生之年力求补偿，该是一种进取的情愫。他在前述“辞去一切兼职”的启事中即表白道：“以元培之年龄及能力，聚精会神，专治一事，犹恐不免陨越，若再散漫应付，必将一事无成。”看来，晚年蔡元培确实想摆脱尘嚣，专心著述，完成未竟之业。从是年2月始，他开始撰写《自写年谱》。
可是，这年冬天，蔡元培患了一场大病，几乎一病不起。只是由于诊治得当，调养有方，才终于转危为安。然而，从此这位老人病魔缠身，精力大减。半年之后，他才稍稍恢复一些工作，参加在南京召开的中央研究院评议会第三次年会，并撰写了《记宗仰上人轶事》、《世界短篇小说大系》等有数几篇文章。1937年6月，蒋介石致电蔡，电云：“本年暑期庐山训练，甚望先生莅临训导。”蔡复电称：“培大病后，尚需调养，近日亦曾发热，一时未克启行。拟于七月中旬再定行止。”此时，中日战争一触即发，全民一致抗战已成大势，国共两党尚且再度合作，蔡对党内当权者的怨艾似亦不会全然不变。不过，病体孱弱，心有余力不支，应是基本的事实。因此，抗日战火燃起后，蔡除了以其名望呼吁世人谴责日寇外，不可能有更多作为。同年11月底，蔡元培由丁西林等人陪同离开上海，到达香港，一个月以后，周夫人亦携带儿女抵港。蔡一家人先借住在香港商务印书馆宿舍，主要由王云五照料，其后租定九龙柯士甸道156号居住。蔡移居港九，显然是为避难养病。香港沦陷之前，曾是国内人士奔赴西南内地或放洋出国的海路中转，蔡居此调养，使今后的行止具有较大灵活性。
此后的两年，蔡元培化名周子余隐居港九。他深居简出，静心养病，绝少公开活动。唯一分其心力者，是中央研究院的战时运作问题。1938年2月下旬，他在香港酒店主持了中研院院务会议，总干事朱家骅和各所所长均抵港与会，会议议决了七项议案。此时，中研院的各研究机构已迁到重庆、昆明等地，在极其困难的战时条件下，尽力维持科研工作。不久，因朱家骅“为党国要务所羁绊”，无法履行总干事职责，代行此职的傅斯年又提出坚辞。蔡在香港与已到内地的朱、傅及王世杰等人频致函电，磋商办法，最后终于推定任鸿隽继任总干事一职，以保证中研院的日常转运。据载：张静江经香港赴美国，邀请蔡元培同行。蔡当面辞谢了这位老友的好意，其理由是：“以身负中央研究院职责，文化学术工作，关系国家百年大计，未可一日停顿，实不能远离。”从蔡居港的日记中亦可知，这位风烛残年的老人始终关注中央研究院在西南大后方的情况，每有相关函电必载入日记。在他去世前数日，先后收到翁文灏、任鸿隽、竺可桢等人的来信，对其中有关中研院评议会改选一事仍甚为关心。蔡晚年摈除外务，希求静心养病和写作，但对于他视为“百年大计”的中研院的工作则是一个例外。
在香港的这段平静而又寂寥的日子里，蔡静养之余，便是阅读和写作。他阅览的书目主要有：王恺运《湘绮楼日记》、傅东华译《比较文学史》、郭沫若《石鼓文研究》、张元济《校史随笔》、李玄伯译《希腊罗马古代社会研究》以及《五十年来的德国学术》等。此外，他还设法从香港商务印书馆借书来读，王云五考虑到他的视力较差，特意找来大字本，其中有《王阳明全集》、《陆放翁全集》和《游志汇编》。同时，他应约为一些书籍撰写序文，如《鲁迅全集》序、肖瑜《居友学说评论》序、李宗侗《中国古代社会新研究初稿》序、任鸿隽《古青诗存》跋等。这期间，他的一项经常性写作，便是那部《自写年谱》。此谱自1936年2月14日开始动笔撰述，直到1940年2月底逝世前卧病时辍笔，系用商务印书馆印制的毛边纸绿行“记事珠”稿本三册，以毛笔书写。因为此谱是一部未完之作，故只有四万余字。所叙自家世、出生直至1921年赴欧美考察为止。该谱用白话文写作，文字简洁清丽，对家世、少年时代、科举考试及读书、供职北京翰林院、回乡从事教育、在上海的活动、留德四年及其后旅居法国的生活均作翔实记述；许多细节颇为生动感人，从中可以探知蔡思想人格的形成环境和过程。其中有关民国政坛的记述，不乏史料价值，惜之所记较略。至于出掌北京大学以后的记载，则殊少新意。总之，这部没有完成的《自写年谱》给人的印象是：年谱的体例，自传的笔法；前半部分翔实，后半部分相对简略。看来，最初动笔撰写时，蔡颇为严谨投入，以后为病所扰，不免力不从心。蔡较早谈及这部《自写年谱》，是1938年11月7日复高平叔的信函中。高受蔡嘱托，编订《孑民文存》，来函切望蔡所撰“自传”能冠于文存卷首。蔡答曰：“自传因头绪颇繁，不适于旅行中之准备（参考书既不完全，工作亦时时中辍），故照年谱体写之，现已得三万言左右（写成时至少五万言）。”由于字数太多，且距写完时尚远等因，“故不适宜于冠‘文存’之上。”从中当可知晓蔡此项写作的一些设想及其写作情形。
深怀民族大义，充满爱国情感，是自古以来中国知识分子的优良传统。蔡元培秉承这一传统，其报国之志老而不衰。他虽病居香港，却心系天下。在港期间，他唯一的一次公开活动，是1938年5月20日应保卫中国大同盟和香港国防医药筹赈会之邀，出席在圣约翰大礼堂举行的美术展览，并发表演说。在包括香港总督罗富国在内的众多来宾面前，他讲道：抗战时期需要人人具有宁静而强毅的精神，不论是前方冲锋陷阵的将士，还是后方供给军需、救护伤兵、拯济难民的人员，以及其他从事于不能停顿之学术或事业者，有了这种精神，便能免于疏忽错乱散漫等过失，从而在全民抗战中担当起一份任务。他强调，推广美育，便是养成这种精神的一种方法。这位美育的倡导者此时将他深信不凝的精神陶冶法运用到了抗战大计之中，不论外界如何评论，蔡本人是十分认真的。正是基于这样一种精神，他对抗战胜利充满信心。在纪念北京大学成立40周年的题词里，他勉励北大师生“他日山河还我，重返故乡，再接再厉，一定有特殊之进步”。在抗战初期的困难时刻，蔡对未来表现出一种自信的乐观豪情。当然，战争使家园残破、生灵涂炭，这不能不使人心绪沉重；而面对敌寇的猖狂，又时时鼓荡起铁马金戈的壮烈情怀。这种思绪，在蔡元培的诗作中有强烈的表现。他写给陆丹林的红叶诗其三云：“枫叶获花瑟瑟秋，江州司马感牢愁。而今痛苦何时已，白骨皑皑战血流。”他为张一麐《八一三纪事诗》所题七绝云：“世号诗史杜工部，亘古男儿陆渭南。不作楚囚相对态，时闻谔谔展雄谈。”看来，病居香港的蔡元培既有“江州司马”的愁怀，又思慕那“亘古男儿”的大丈夫气概。一个人内心世界的激情岂是那病弱的肉体所能框限？最能说明蔡“壮心不已”的文字，莫过于他为国际反侵略大会中国分会所作的会歌词。这首著名的《满江红》词有云：“公理昭彰，战胜强权在今日。……文化同肩维护任，武装合组抵抗术。……我中华，泱泱国。爱和平，御强敌。……独立宁辞经百战，众擎无愧参全责。与友邦共奏凯旋歌，显成绩！”
国内外各方人士并未因战乱而忘记病居港九的蔡元培。1939年7月，国际反侵略运动大会中国分会推举他为名誉主席。不少海外友人亦不断来函，请他移居新加坡或菲律宾等地，但都被他婉言谢绝。蔡曾向王云五等人透露过转赴昆明的意向，因为中研院若干机构迁置于此，大概是病体不支，到底没有成行。初来香港之时，他还由家人和朋友陪同游览浅水湾、香港仔、道风山等处风景，后来就几乎足不出户了。时相过从的除王云五之外，还有一位张一麐先生。张曾任北洋时代政要，与蔡又属同辈，二老聚在一起，忆及前尘往事，平添几多逸趣。蔡寓居的柯士甸路一带，居民大多为江浙人，人们对这位儒雅和蔼的“周子余”老先生十分敬重，每有幼儿取名号之事，必来拜请，蔡来者不拒，谨为选字，邻人皆满意而去。蔡一生起居并无嗜好，独喜绍兴黄酒，每餐必饮。晚年大病之后，周夫人严加限制，用餐仅供一杯，老人无奈，只得遵命行事。在病居香港的寂寞岁月里，蔡元培与周夫人相依为命，夫妻间依旧不断作诗唱和，周夫人五十寿诞，蔡赠诗相贺，家中一派融融之气。1939年4月4日，是一年一度的儿童节，蔡氏夫妇在家中为他们的三个幼年子女举行庆祝活动，女作家沙菲（陈衡哲）携儿女参加，科学家何尚平也赶来庆贺。蔡郑重其事地致词，来宾亦分别演说，最后则是孩子们的精彩表演，或歌或舞或讲童话或做游戏。这是老教育家度过的最后一个欢快的儿童节。然而，在这欢快的背后，蔡家经济状况却令人堪忧。蔡有限的公职收入越来越难以抵付因兑换港币及物价上扬而骤然增多的支出，本来就俭朴的生活不得不加以节缩。知悉蔡家内情的蔡的秘书兼家庭教师余天民即认为，蔡先生晚年多病与营养不佳有关。蔡一生清廉自守，至最后的岁月仍不能摆脱贫病的厄运。悲哉！
1940年3月3日清晨，蔡元培在寓所起床时，忽觉头晕目眩，摔倒在地，随即口吐鲜血。经医生诊治，疑为胃溃疡，建议住院治疗。翌日，住进香港养和医院，不久即大量排血，陷入昏迷状态。虽经中外医师悉心救治，施以输血手术，仍归无效。延至5日上午九时三刻逝世，终年74岁。医生认为，其失足仆地，伤及内部，导致胃瘤出血，乃不治之因。蔡的遗体后被安葬在香港仔华人公墓。
蔡元培逝世后，全国各地举行悼念活动，多家报刊发表社论或载文，称誉他的功德，各主要党派和团体及其领导人也纷纷致电吊唁。人们同声赞扬他的品德，他的事功，他的开一代学风的巨大影响。从这时起，“一代宗师”、“人世楷模”等等赞誉之词与蔡元培的名字紧紧连在了一起。
悼念期间，各界人士所送挽联，蔚为大观，后有《哀挽录》印行于世。这些挽联从不同角度概论蔡元培的一生，颇为精到。姑录数联于后：
《哀挽录》中的一联云：“打开思想牢狱，解放千年知识囚徒，主将美育承宗教；推转时代巨轮，成功一世人民哲匠，却尊自由为学风。”
陈友仁的挽联云：“薄元首而不为亮节高风千秋曾有几辈；容百家之并起宏模雅量当代只见斯人。”
周恩来的挽联云：“从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；从五四到人权同盟，先生之行在民主自由。”
1936年1月11日，蔡元培在最寒冷的季节里迎来了自己70岁的生日。家人置办的小型寿宴亲情融融自不必说，文化教育界的朋友和学生没有忘记利用这一机会来表达对这位忠厚长者的由衷敬意，却使他感奋不已。在中国科学社为他举行的庆寿会上，马君武代表该社理事会致祝词说：“人生七十以后，实为最好的服务时期……希望蔡先生在七十岁以后，领导全国科学家，本着苦干精神，为国奋斗。”蔡元培在答词中多少有些调侃地借用孔子七十岁时的生命自述来观照自己的人生历程，其中广征博引、雅趣横生。他说：“人生在世，一百二十岁为上寿，一百岁为中寿，八十岁才称下寿。只有社会的寿最长，可以祝万岁。中国科学社到现在虽只有二十多年的年龄，但外国学会在百年以上者很多，法兰西学院已到三百年，故学会也是万寿无疆的。今以长寿的团体来祝个人，真是荣幸。”于幽默中透出哲人的旷达。不久，画家刘海粟和钱新之、张寿镛等在上海国际饭店发起举行盛大活动，庆祝蔡元培七旬寿辰。在刘海粟看来，先前的庆寿场面太小，太冷清，“同蔡先生的历史地位和贡献太不相称了”，因此，“决计要大庆一番”。前来祝寿的多达千人，其中颇多知名人士，计有：沈钧儒、沈恩孚、黄炎培、陈树人、马寅初、许寿裳、于右任、梅兰芳、李金发、林风眠、林语堂、朱屺瞻、顾树森、朱孔阳、叶恭绰、张学良、雷震、王济远、谢海燕、黄自、肖友梅、王昆仑、俞剑华、李四光、丁西林等。其中既有政界要人，又有金融界巨头，更多的是文化教育科学界人士。蔡元培不愿如此张扬，曾极力推辞，但又拗不过众人的盛意，遂欣然到会。面对为他举行的盛大庆寿场面，这位生性恬淡的学界巨子内心欢愉而又感慨万端。在答词中，他不无激动地表示：
“鄙人是一个拿笔杆的人，所敢夸口的也只能在笔杆上多尽点力。‘假我数年’，鄙人想把刘（海粟）先生寿文中道及的‘以美育代宗教’的主张，著一本书；还想编一本美学，编一本比较民族学，编一本‘乌托邦’；胡适之先生常常劝鄙人写自传，如时间允许，鄙人也想写一本。愿心许得太多了，不敢再说下去了……”
祝大寿而许宏愿，本是一种习俗或惯例，但反映的则是人的内心企望和追求。蔡的这席话，除了那本“乌托邦”令人不解其意之外，其余各项差不多都是他生平治学的主要兴趣所在。显然，这些愿望萦绕心中多年，至古稀尚未实现，抱憾之心应所难免。惟其如此，他才申明这些宿愿，借以回复朋辈的热望，实在也是一种自励心理。蔡一生奔走国事，投身文化教育的组织领导工作，在国内几乎很少有充裕时间静心从事著述。然而，对中西学术长期求索而形成的独到见解积蕴于心，不发不快；中国文人又素有著书立说、“立言”传世的职业传统。人入晚境，回首往昔，世事纷扰；以有生之年力求补偿，该是一种进取的情愫。他在前述“辞去一切兼职”的启事中即表白道：“以元培之年龄及能力，聚精会神，专治一事，犹恐不免陨越，若再散漫应付，必将一事无成。”看来，晚年蔡元培确实想摆脱尘嚣，专心著述，完成未竟之业。从是年2月始，他开始撰写《自写年谱》。
可是，这年冬天，蔡元培患了一场大病，几乎一病不起。只是由于诊治得当，调养有方，才终于转危为安。然而，从此这位老人病魔缠身，精力大减。半年之后，他才稍稍恢复一些工作，参加在南京召开的中央研究院评议会第三次年会，并撰写了《记宗仰上人轶事》、《世界短篇小说大系》等有数几篇文章。1937年6月，蒋介石致电蔡，电云：“本年暑期庐山训练，甚望先生莅临训导。”蔡复电称：“培大病后，尚需调养，近日亦曾发热，一时未克启行。拟于七月中旬再定行止。”此时，中日战争一触即发，全民一致抗战已成大势，国共两党尚且再度合作，蔡对党内当权者的怨艾似亦不会全然不变。不过，病体孱弱，心有余力不支，应是基本的事实。因此，抗日战火燃起后，蔡除了以其名望呼吁世人谴责日寇外，不可能有更多作为。同年11月底，蔡元培由丁西林等人陪同离开上海，到达香港，一个月以后，周夫人亦携带儿女抵港。蔡一家人先借住在香港商务印书馆宿舍，主要由王云五照料，其后租定九龙柯士甸道156号居住。蔡移居港九，显然是为避难养病。香港沦陷之前，曾是国内人士奔赴西南内地或放洋出国的海路中转，蔡居此调养，使今后的行止具有较大灵活性。
此后的两年，蔡元培化名周子余隐居港九。他深居简出，静心养病，绝少公开活动。唯一分其心力者，是中央研究院的战时运作问题。1938年2月下旬，他在香港酒店主持了中研院院务会议，总干事朱家骅和各所所长均抵港与会，会议议决了七项议案。此时，中研院的各研究机构已迁到重庆、昆明等地，在极其困难的战时条件下，尽力维持科研工作。不久，因朱家骅“为党国要务所羁绊”，无法履行总干事职责，代行此职的傅斯年又提出坚辞。蔡在香港与已到内地的朱、傅及王世杰等人频致函电，磋商办法，最后终于推定任鸿隽继任总干事一职，以保证中研院的日常转运。据载：张静江经香港赴美国，邀请蔡元培同行。蔡当面辞谢了这位老友的好意，其理由是：“以身负中央研究院职责，文化学术工作，关系国家百年大计，未可一日停顿，实不能远离。”从蔡居港的日记中亦可知，这位风烛残年的老人始终关注中央研究院在西南大后方的情况，每有相关函电必载入日记。在他去世前数日，先后收到翁文灏、任鸿隽、竺可桢等人的来信，对其中有关中研院评议会改选一事仍甚为关心。蔡晚年摈除外务，希求静心养病和写作，但对于他视为“百年大计”的中研院的工作则是一个例外。
在香港的这段平静而又寂寥的日子里，蔡静养之余，便是阅读和写作。他阅览的书目主要有：王恺运《湘绮楼日记》、傅东华译《比较文学史》、郭沫若《石鼓文研究》、张元济《校史随笔》、李玄伯译《希腊罗马古代社会研究》以及《五十年来的德国学术》等。此外，他还设法从香港商务印书馆借书来读，王云五考虑到他的视力较差，特意找来大字本，其中有《王阳明全集》、《陆放翁全集》和《游志汇编》。同时，他应约为一些书籍撰写序文，如《鲁迅全集》序、肖瑜《居友学说评论》序、李宗侗《中国古代社会新研究初稿》序、任鸿隽《古青诗存》跋等。这期间，他的一项经常性写作，便是那部《自写年谱》。此谱自1936年2月14日开始动笔撰述，直到1940年2月底逝世前卧病时辍笔，系用商务印书馆印制的毛边纸绿行“记事珠”稿本三册，以毛笔书写。因为此谱是一部未完之作，故只有四万余字。所叙自家世、出生直至1921年赴欧美考察为止。该谱用白话文写作，文字简洁清丽，对家世、少年时代、科举考试及读书、供职北京翰林院、回乡从事教育、在上海的活动、留德四年及其后旅居法国的生活均作翔实记述；许多细节颇为生动感人，从中可以探知蔡思想人格的形成环境和过程。其中有关民国政坛的记述，不乏史料价值，惜之所记较略。至于出掌北京大学以后的记载，则殊少新意。总之，这部没有完成的《自写年谱》给人的印象是：年谱的体例，自传的笔法；前半部分翔实，后半部分相对简略。看来，最初动笔撰写时，蔡颇为严谨投入，以后为病所扰，不免力不从心。蔡较早谈及这部《自写年谱》，是1938年11月7日复高平叔的信函中。高受蔡嘱托，编订《孑民文存》，来函切望蔡所撰“自传”能冠于文存卷首。蔡答曰：“自传因头绪颇繁，不适于旅行中之准备（参考书既不完全，工作亦时时中辍），故照年谱体写之，现已得三万言左右（写成时至少五万言）。”由于字数太多，且距写完时尚远等因，“故不适宜于冠‘文存’之上。”从中当可知晓蔡此项写作的一些设想及其写作情形。
深怀民族大义，充满爱国情感，是自古以来中国知识分子的优良传统。蔡元培秉承这一传统，其报国之志老而不衰。他虽病居香港，却心系天下。在港期间，他唯一的一次公开活动，是1938年5月20日应保卫中国大同盟和香港国防医药筹赈会之邀，出席在圣约翰大礼堂举行的美术展览，并发表演说。在包括香港总督罗富国在内的众多来宾面前，他讲道：抗战时期需要人人具有宁静而强毅的精神，不论是前方冲锋陷阵的将士，还是后方供给军需、救护伤兵、拯济难民的人员，以及其他从事于不能停顿之学术或事业者，有了这种精神，便能免于疏忽错乱散漫等过失，从而在全民抗战中担当起一份任务。他强调，推广美育，便是养成这种精神的一种方法。这位美育的倡导者此时将他深信不凝的精神陶冶法运用到了抗战大计之中，不论外界如何评论，蔡本人是十分认真的。正是基于这样一种精神，他对抗战胜利充满信心。在纪念北京大学成立40周年的题词里，他勉励北大师生“他日山河还我，重返故乡，再接再厉，一定有特殊之进步”。在抗战初期的困难时刻，蔡对未来表现出一种自信的乐观豪情。当然，战争使家园残破、生灵涂炭，这不能不使人心绪沉重；而面对敌寇的猖狂，又时时鼓荡起铁马金戈的壮烈情怀。这种思绪，在蔡元培的诗作中有强烈的表现。他写给陆丹林的红叶诗其三云：“枫叶获花瑟瑟秋，江州司马感牢愁。而今痛苦何时已，白骨皑皑战血流。”他为张一麐《八一三纪事诗》所题七绝云：“世号诗史杜工部，亘古男儿陆渭南。不作楚囚相对态，时闻谔谔展雄谈。”看来，病居香港的蔡元培既有“江州司马”的愁怀，又思慕那“亘古男儿”的大丈夫气概。一个人内心世界的激情岂是那病弱的肉体所能框限？最能说明蔡“壮心不已”的文字，莫过于他为国际反侵略大会中国分会所作的会歌词。这首著名的《满江红》词有云：“公理昭彰，战胜强权在今日。……文化同肩维护任，武装合组抵抗术。……我中华，泱泱国。爱和平，御强敌。……独立宁辞经百战，众擎无愧参全责。与友邦共奏凯旋歌，显成绩！”
国内外各方人士并未因战乱而忘记病居港九的蔡元培。1939年7月，国际反侵略运动大会中国分会推举他为名誉主席。不少海外友人亦不断来函，请他移居新加坡或菲律宾等地，但都被他婉言谢绝。蔡曾向王云五等人透露过转赴昆明的意向，因为中研院若干机构迁置于此，大概是病体不支，到底没有成行。初来香港之时，他还由家人和朋友陪同游览浅水湾、香港仔、道风山等处风景，后来就几乎足不出户了。时相过从的除王云五之外，还有一位张一麐先生。张曾任北洋时代政要，与蔡又属同辈，二老聚在一起，忆及前尘往事，平添几多逸趣。蔡寓居的柯士甸路一带，居民大多为江浙人，人们对这位儒雅和蔼的“周子余”老先生十分敬重，每有幼儿取名号之事，必来拜请，蔡来者不拒，谨为选字，邻人皆满意而去。蔡一生起居并无嗜好，独喜绍兴黄酒，每餐必饮。晚年大病之后，周夫人严加限制，用餐仅供一杯，老人无奈，只得遵命行事。在病居香港的寂寞岁月里，蔡元培与周夫人相依为命，夫妻间依旧不断作诗唱和，周夫人五十寿诞，蔡赠诗相贺，家中一派融融之气。1939年4月4日，是一年一度的儿童节，蔡氏夫妇在家中为他们的三个幼年子女举行庆祝活动，女作家沙菲（陈衡哲）携儿女参加，科学家何尚平也赶来庆贺。蔡郑重其事地致词，来宾亦分别演说，最后则是孩子们的精彩表演，或歌或舞或讲童话或做游戏。这是老教育家度过的最后一个欢快的儿童节。然而，在这欢快的背后，蔡家经济状况却令人堪忧。蔡有限的公职收入越来越难以抵付因兑换港币及物价上扬而骤然增多的支出，本来就俭朴的生活不得不加以节缩。知悉蔡家内情的蔡的秘书兼家庭教师余天民即认为，蔡先生晚年多病与营养不佳有关。蔡一生清廉自守，至最后的岁月仍不能摆脱贫病的厄运。悲哉！
1940年3月3日清晨，蔡元培在寓所起床时，忽觉头晕目眩，摔倒在地，随即口吐鲜血。经医生诊治，疑为胃溃疡，建议住院治疗。翌日，住进香港养和医院，不久即大量排血，陷入昏迷状态。虽经中外医师悉心救治，施以输血手术，仍归无效。延至5日上午九时三刻逝世，终年74岁。医生认为，其失足仆地，伤及内部，导致胃瘤出血，乃不治之因。蔡的遗体后被安葬在香港仔华人公墓。
蔡元培逝世后，全国各地举行悼念活动，多家报刊发表社论或载文，称誉他的功德，各主要党派和团体及其领导人也纷纷致电吊唁。人们同声赞扬他的品德，他的事功，他的开一代学风的巨大影响。从这时起，“一代宗师”、“人世楷模”等等赞誉之词与蔡元培的名字紧紧连在了一起。
悼念期间，各界人士所送挽联，蔚为大观，后有《哀挽录》印行于世。这些挽联从不同角度概论蔡元培的一生，颇为精到。姑录数联于后：
《哀挽录》中的一联云：“打开思想牢狱，解放千年知识囚徒，主将美育承宗教；推转时代巨轮，成功一世人民哲匠，却尊自由为学风。”
陈友仁的挽联云：“薄元首而不为亮节高风千秋曾有几辈；容百家之并起宏模雅量当代只见斯人。”
周恩来的挽联云：“从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；从五四到人权同盟，先生之行在民主自由。”
