第一节 元老参政
辞职离京后，蔡元培在天津暂住了两个多月，才南返上海，后回绍兴。其间，曾到上虞白马湖，参观春晖中学。1923年7月20日，他与爱国女校初期的学生周养浩女士在苏州留园喜结良缘，这是蔡的第三次婚姻。十天后，蔡元培携带妻儿，搭乘“波楚斯”号客轮离沪赴欧，又一次旅居海外。
这一年的秋天和冬天的大部分时间，他是在比利时的布鲁塞尔度过的。抵欧伊始，他便重操旧业，着手编译《简明哲学纲要》一书，同先前一样，这是与商务印书馆约定的惯例，其预领稿酬用以维持举家旅欧的费用。此书于翌年8月在上海出版。在此期间，他应邀前往沙洛王劳工大学作《中国之文艺中兴》的演说，纵论中国和欧洲文明的发展程序，主旨仍是东西文化融合，该演说词后在《东方杂志》刊载。1924年初，为了便于妻女学习美术，蔡移居法国。3月底，他应留英学人之约，赶赴伦敦游说英国政府和各界人士，力促将退还的庚子赔款用于发展中国文教事业，并向当地散发《处理退还庚款的备忘录》。随后，他前往哥尼斯堡，代表北京大学参加德国学术界为康德二百周年诞辰举行的纪念大会，表达中国学界对这位哲学大师的“重视和尊敬”。返回法国后，又协助留法学生举办旅法中国美术展览，并为展品目录撰写序文，向欧洲公众介绍中国文化。同时，他还参与了里昂中法大学的部分事务。8月间，蔡到维也纳出席第六届国际世界语大会，其后，又在荷兰海牙和瑞典斯德哥尔摩参加国际民族学会召开的学术会议，其中心议题是哥伦布发现新大陆之前美洲的民族问题。此时，蔡对民族学产生浓厚兴趣，与会期间，适遇莱比锡大学的同学但采尔，这位德国民族学专家劝他不妨到汉堡去，因为那里的博物馆收藏资料甚丰。11月底，蔡元培即到汉堡大学报名入学，进行有关民族学的学习和研究，时年已58岁。从他初到德国留学迄今，已经流逝了近二十个春秋，其间经历了多少风风雨雨，却未曾改变他那童心般的求知欲。这除了秉性如此之外，似乎还找不到其他的解释。蔡一生不乏高官显位，但始终不失书生本色，世人服膺其人格，未尝不出于此。
1925年3月，孙中山在北京病逝的消息传到欧洲，蔡元培立即撰写挽联和祭文，深切悼念这位“中国自由神”。4月间，他前往伦敦，参加中、英人士举行的追悼会，并致悼词。孙、蔡二人均为真诚的民主主义者，在民国创立前后他们合作共事，交谊挚诚。孙作为革命领袖，倾力于社会政治的变革；蔡作为教育家，则主要侧重文化学术的建设。二人追求的总体价值目标完全相同，而在某些具体问题上的主张又不尽一致。孙充分理解蔡在北方推动新文化的积极意义，因而在一年前举行的国民党第一次全国代表大会上坚持将蔡选入领导机构。蔡高度崇信孙的三民主义和五权分立的构想，将此奉为晚年参政的政治基准，但对其思想体系的解释有时也不免见仁见智的成分。其所撰祭文称：“凡先生之所昭示，至大如《建国方略》，至高如《三民主义》，无不以学术为基础，而予吾人以应出之途程。尤扼要者，谓革命之根本，在求学问之深且闳。”于此可见一斑。
同年“五卅运动”发生后，不少外国报刊大肆渲染中国的“排外倾向”，以当年的义和团比附之，甚至散布中国有“赤化危险”，鼓噪由日本和英国动用武力了结争端。为此，蔡元培撰写《为国内反对日英风潮敬告各列强》一文，澄清事件真相，驳斥无稽之谈。此文被译为英、法、德等文字，在欧洲各报发表。这篇文章中有两点值得注意：一是提出各国对华不平等条约乃酿成事端之主因，急应无条件废除，从而触及到问题的实质；二是反驳所谓“赤化”时，蔡氏对于国内的反共团体及其活动颇为了然，几乎能够信手拈来用作驳论的证据，可知他虽远在欧洲，而对国内的时局演变还是比较关心和了解的。此次旅欧，蔡元培始终无法解脱来自北京大学的缠绕，代理校长蒋梦麟和北大评议会不时来电，催促他返校主政。就蔡而言，一方面为实际上卸下了校长重任和摆脱开北京官场环境而庆幸，另一方面在感情上又仍旧眷恋这所由他一手整顿而焕发生机的学府，在很大程度上与之藕断丝连。这样的矛盾心态，使得他数次婉拒和延宕请其回校的要求，同时，也不得不认真考虑重主校政的可能性。因此，当北京政府教育部电促其回国时，蔡元培终于踏上归程，于1926年初春返抵上海。
初入国门，他便在沪上的沧州饭店接受《国闻周报》记者的采访，就政治、教育、共产主义诸项问题发表意见。关于国内政治，他只作泛泛而谈，无多新意。论及教育，他则明确表示：“今日学生界之浮嚣现象，余至不赞成”，并且认为，一些学生的活动，是“由少数操纵其间”，那种“强人以同，不惜出于恫吓无理之手段”，完全悖离思想言论自由之原则。至于共产主义，他说：“共产主义，为余素所服膺者。盖生活平等、教育平等，实为最愉快、最太平之世界。然于如何达到此目的之手段，殊有研究、讨论之余地。以愚观之，克鲁泡特金所持之互助论，一方增进劳工之智识与地位；一方促进资本家之反省，双方互助，逐渐疏濬，以使资本家渐有觉悟，以入作工之途，则社会不致发生急剧之变化，受暴烈之损失，实为最好之方法。若夫马克思所持之阶级斗争论，求效过速，为害无穷。”他甚至认为，俄国的共产主义试验，徒凭理想，已“遭遇失败”，中国“既有前车之失，又何必重蹈覆辙”。这番谈话，再清楚不过地反映了蔡元培对于现实“热点”问题所持的态度，须知，这是他回国之后第二天所表明的思想见解，足以说明他这一时期对国内问题的独立观察和认识。
回国之后，蔡元培显然面临着重要的政治抉择。是如约北上，仍旧充任北京政府的简任大学校长？还是“不合作”到底，为南方政府即将开始的北伐做政治上的策应？他选择了后者。这其中，既有他个人做出的决断，也有明察时局的朋友们进行劝导的因素。在此后的一年间，他参与了苏皖浙三省联合会的工作，以“联省自治”反对占据东南的军阀“联帅”孙传芳，配合北伐军的军事行动。并且，与褚辅成、陈仪等在杭州宣布浙江自治，进而筹组浙江省政府。此时，北伐军总司令蒋介石函请蔡为浙江政治会议委员及政务委员会委员等职，并请其在张静江返浙之前，代理政治会议主席职务。可以说，这是蔡元培以元老身份涉足国民党政权的开始，也是他与蒋介石建立直接政治联系的最初阶段。由于东南局势的反复，蔡与马叙伦等人为躲避孙传芳的通缉，曾于1927年初避走福州、厦门等地。随着2月中旬北伐军进占杭州，他便开始正式代行浙省政务。至于北京大学方面，尽管教职员一再促其返校重理校务，甚至连十年来“除教课外，于教务素不过问”的周作人也致长信促驾，而胡适更以不北来则“资格丧失”相警告，可是，在国内政局剧变前夕，蔡元培的选择颇为坚定，几十年的政治阅历和党派归属毕竟有其作用，这是他与自由主义知识分子又有所区别的一个方面。他曾正式提出辞去北大校长名义，只是由于师生们的坚持，北京政府才未予允准。到奉系军阀入主北京，将北大等数所国立高校合并为“京师大学校”后，蔡的校长名义事实上已不复存在。
北伐军进入长江流域以后，国民党内在对待共产党及其工农运动等问题上的分歧趋于表面化。蒋介石在南昌自成中心，抗命武汉的国民党中央。他在政治上的迅速“右转”，得到相当一些社会势力的支持。素称国民党四元老的蔡元培、吴稚晖、李石曾、张静江采取了一致的拥蒋立场。蔡没有张、吴等人与蒋的那种渊源关系，此前他与党内这位“后起之秀”的接触似乎也甚为一般。蔡之倾向于蒋，除了江浙势力的连带影响之外，恐怕与对时局的共同认识不无关系。1927年4月间，蔡在上海与蒋频繁往来，成为这一时期该政治圈内的一个重要人物。蒋与“四老”及其他军政要员就“清党”和在南京建立政府的连日密商，蔡与闻其间；国民党监察委员会的部分委员数次开会，以监委会名义讨论和通过由吴稚晖提出和拟就的弹劾共产党的文告，蔡则主持会议并提出“取消共产党人在国民党党籍”；蒋氏国民政府在南京成立，蔡代表国民党中央党部授印，同时发表演说，痛诋武汉政府为俄国人操纵之“破坏政府”。此后，蔡元培在南京政府中一度出任要职，从表面上看，这一时期成为他从政生涯的高峰。
国民党的“清党”，导致大批共产党人和进步青年惨遭屠戮，血雨腥风使知识界为之震惊。上海商务印书馆的青年编辑胡愈之目睹发生在宝山路的惨状，遂起草一份抗议书，经郑振铎、章锡琛、周予同、李石岑等同人签名，“交给国民党中央委员中的文化界著名人士蔡元培、李石曾、吴稚晖”。远在北方的周作人也在他主编的《语丝》上先后发表《怎么说才好》、《功臣》等文，抨击“清党”中的残虐行径，并不无愤慨地指出：“最奇怪的是智识阶级的吴稚晖忽然会大发其杀人狂，而也是智识阶级的蔡（元培）、胡（适）诸君身在上海，又视若无睹……”他认为，“南方之事全败于清党”，而“吴、蔡诸元老”难卸其责。当年曾是国民党左派的柳亚子在后来忆及其老师的这段经历时写道：“蔡先生一生和平敦厚，蔼然使人如坐春风，但在民国十六年上半年，却动了一些火气，参加清党运动。一纸用中央监察委员会名义发布的通缉名单，真是洋洋大观，连我也受影响。”显然，蔡元培参与“清党”，使得“五四”以来的知识分子中曾对之产生某种失望情绪，一些当事人更是印象深刻，以至耿耿于怀。应当说，蔡之介入“清党”，自有其思想意识上的根由，前述其自欧归国的言论，颇可窥知他反对俄国式阶级斗争的基本政治倾向；同时，他站在维护国民党的立场上，对吴稚晖所提“共党谋叛情形”抱有同感，因而很自然地投入到这场所谓“护党救国”的运动之中。当然，他毕竟仍是“书生从政”。在“清党”实施过程中，不赞成乱捕滥杀，而希望将这种政治上的弹压行动纳入较为规范的“法治”程序。如此斯文的主张与残酷的现实极不谐调，但它所透露出的某种价值取向，却埋下了他与国民党最高当权者之间产生一定程度心理裂痕的思想种源。
从1927年“宁汉合流”，到30年代中期，蔡元培在南京政府中的处境颇为微妙。他的活动重心仍在教育、科学和文化的行政管理方面，先是出任大学院院长，后又主持中央研究院，但也时常以元老身份调停各派之间的矛盾冲突，尽力维护统一的政治格局。同时，随着他对蒋氏集团认识的变化，开始与国民党内的左翼派别建立联系，合作共事，在保障人权和推动抗日方面用力尤著。
1928年8月，由于试行大学区制受挫，加之国民党内的派系倾轧，蔡元培提出辞去大学院院长和代理司法部长等本兼各职。10月，他致函蒋介石、胡汉民和谭延恺，表示：“此后，愿以中央监察委员之资格，尽力于党务；以政治会议委员之资格，尽力于政务；以中央研究院院长之资格，尽力于教育、学术。”不妨说，这是蔡遭遇事业上的重大挫折之后，为自己在南京政府中所选择和确定的基本位置，从后来的活动看，他大抵是依此行事的。1929年3月，蒋介石与桂系矛盾加剧，桂系主持的武汉政治分会擅自罢免唯蒋命是从的湖南省主席鲁涤平，酿成“湘案”。蒋请蔡等人“查办”此事。为了缓解宁汉冲突，蔡苦心孤诣，奔走调停，力避武力解决。然而这种种努力终归无效，蒋桂战事随即发生。两个月后，作为蒋桂战事的延长，粤桂战争又爆发在即，蔡急电李宗仁，劝其“即释兵柄，暂避海外”，以求“两粤得以息争”。1931年2月，蒋介石软禁胡汉民，致使宁粤分裂。“九一八”事变后，蔡出任艰巨，与张继、陈铭枢南下广东，谈判议和，促成“和平统一会议”在沪举行，实现了国难之际的“举党一致”。蔡元培的上述政治活动，尽管是代表南京方面进行的，但他的行动主旨是免除分裂、消弭内战，谋求一个和平、建设的局面。实际上，这个时期，蔡与蒋介石的关系已经发生着变化。蒋的刚愎自用、专断独裁，与蔡格格不入；其滥杀青年，诛锄异己，尤为蔡所反感。南京国民政府成立以来，内争频仍，战事连年，建设乏力，“宪政”缓慢，蔡的内心失望亦不难想见。因此，当蒋介石第一次下野后谋求复职时，蔡并不积极助力；蒋冯阎中原大战爆发之际，蔡致力于和平息争，曾有意促蒋去职。这些，无疑招致了蒋的不满乃至忌恨。从1930年开始，邓演达、宋庆龄等左派人士逐渐与蔡建立了密切联系，他们至少在争取民主、捍卫人权方面有着高度一致，其活动显然具有反蒋的性质。
随着“九一八”和“一二八”两大事变相继发生，民族危机的阴影再次笼罩国人心头，蔡元培的政治活动也明显地超出党派的框限，主要着眼于国家民族的根本利益。1932年12月，他与宋庆龄、杨杏佛、黎照寰、林语堂等发起成立的中国民权保障同盟，即是由社会、文化等各界知名人士组成的一个民间性组织。该同盟宣言称：“各先进国家皆有保障民权之世界组织，由爱因斯坦、觉雷塞、杜威、罗素及罗兰之流为之领导，此种组织之主要宗旨，在保障人类生命与社会进化所必需之思想自由与社会自由。”可知，他们组建民权同盟是援此而行，而所针对的却是国民党政府压制民主、蹂躏人权的黑暗现实。同盟正式成立前夕，蔡、宋等人为北平警方非法拘捕许德珩等人一事，致函蒋介石，指出：“年来国事凌夷，民气消沉，皆因民权不立，人民在家时怀朝不保暮之恐惧，对外何能鼓同仇敌忾之精神？欲求全国精诚团结，共赴国难，惟有即日由政府明令全国，保障人民集会、结社、言论、出版、信仰诸自由，严禁非法拘禁人民，检查新闻。”这是同盟发起人向主政当轴发出的正当吁请，同时也申诉了保障民权的现实重要性。12月30日，民权保障同盟正式成立，宋庆龄为主席，蔡元培为副主席，杨杏佛为总干事。同日，蔡向中外记者发表“个人感想”说：“我等所愿意保障的是人权。我等的对象就是人。即同是人，就有一种共同应受保障的普遍人权。”他提出，保障民权，第一，无党派的成见“决无专为一党一派的人效力，而不顾其他的”；第二，无国家的界限；第三，对于已定罪或未定罪的人，亦无甚区别。他特别强调，“希望诸君，对于普遍人权的保障，能超越国家党派的关系，以下判断。这是鄙人所盼望的。”在“天赋人权”的价值观念支配下，蔡的党派意识大大淡漠了。
中国民权保障同盟的实质性工作是营救被国民党当局拘捕的政治犯，在其存在的半年时间里，先后营救了许德珩、侯外庐、罗登贤、廖承志、陈赓、丁玲、潘梓年等各方面人士。并且，调查监狱情形，要求改善狱中待遇；抗议军政当局杀害作家应修人和记者刘煜生的暴行，等等。蔡元培积极参与这些活动，发挥了重要作用。但是，客观地分析，他与宋庆龄等左派人士在从事民权保障的内在动机上还是存在某种差别。1933年2月，蔡在上海八仙桥青年会发表题为《保障民权》的演讲，提出，保障民权是“国民党训政时期的需要”，也是“国难时期的需要”，况且，“各种事业，均感人才缺乏；若有为之才，偶因言论稍涉偏激，或辗转联带的嫌疑，而辄加逮捕，甚至处死，则益将感为事择人之困难，而无术以救国”。珍惜人才，为国家和民族保留元气，是他作为爱国教育家所秉持的崇高主旨，也是他参加民权保障同盟的基本动因，诚如鲁迅所说：“他同情革命者，也不过是为了民族而已。”6月18日，杨杏佛被刺身亡。这是对中国民权保障同盟的致命打击，它在蔡元培心里留下了深深的创伤。杨杏佛是蔡晚年事业上的主要助手，也是他从事政治活动所倚重的谋士和联络人，杨的遇难，表明国民党当权者在向蔡等人示警。此后，民权保障同盟终止了活动，蔡元培则仍以个人身份进行一些力所能及的保障民权的工作。
作为“党国元老”，蔡元培晚年的心境似乎有些悲戚，他平生追求的许多理想非但没有变为现实，国家和民族的现状却日非一日。1934年，辛亥革命二十三周年纪念日，他在青岛发表演说流露了这种心绪。他说：“辛亥革命，建立民国，本图实行三民主义，以造福于人民。乃二十三年来，人民生计，未能多大改良，不特水旱偏灾，频年不免；而工业不兴，外货倾销，农村有破产之虑，都市多失业之辈，是民生主义尚未能实现也。民权实行，以一省中各县能自治、一国中各省大多数能自治为条件；而今日，不特各省，即各县中能达到孙先生所举自治标准者，殆尚无一也。是民权主义亦未能实现也。至于民族主义，则不但次殖民地之资格未能提高，而‘九一八’以来，连失东北四省，至今不敢言恢复。”忧愤之中，隐含着对于当权者的失望和不满。在南京政府中与蒋介石地位相当的另一实力人物汪精卫，早年与蔡颇有交往，还在1932年初，汪、蒋合作后汪出任行政院长，即曾劝蔡常驻南京，“对于行政，时加指导”，却为蔡所婉拒。1937年初，汪从海外归国不久，又致函予蔡，试探请其相助的可能性。蔡复函称：“弟生性迂愚，对于政治问题，毫无兴会；即不得已而参加，亦常持急流勇退之态度；非不为也，实不能也。对于文化事业，虽无专长，要为性之所近，不贤识小，聊尽撮壤涓流之义务而已。”相对说来，蔡对于汪，尚能倾诉衷肠，但在涉足政事问题上依旧敬谢不敏，可以看出，他对南京政府能否真正有所作为存在疑虑。
不过，蔡元培回复汪精卫信函中的那段话，也确实道出了他在政治和文化事业两者间的真正兴趣所在，即其自谓的“性近于学术而不宜于政治”。大体说来，蔡乃学界中人，而非政治中人，虽然以元老身份参政，然其主要精力还是投入在教育、科学、文化方面，而成为世人公认的学界泰斗。
这一年的秋天和冬天的大部分时间，他是在比利时的布鲁塞尔度过的。抵欧伊始，他便重操旧业，着手编译《简明哲学纲要》一书，同先前一样，这是与商务印书馆约定的惯例，其预领稿酬用以维持举家旅欧的费用。此书于翌年8月在上海出版。在此期间，他应邀前往沙洛王劳工大学作《中国之文艺中兴》的演说，纵论中国和欧洲文明的发展程序，主旨仍是东西文化融合，该演说词后在《东方杂志》刊载。1924年初，为了便于妻女学习美术，蔡移居法国。3月底，他应留英学人之约，赶赴伦敦游说英国政府和各界人士，力促将退还的庚子赔款用于发展中国文教事业，并向当地散发《处理退还庚款的备忘录》。随后，他前往哥尼斯堡，代表北京大学参加德国学术界为康德二百周年诞辰举行的纪念大会，表达中国学界对这位哲学大师的“重视和尊敬”。返回法国后，又协助留法学生举办旅法中国美术展览，并为展品目录撰写序文，向欧洲公众介绍中国文化。同时，他还参与了里昂中法大学的部分事务。8月间，蔡到维也纳出席第六届国际世界语大会，其后，又在荷兰海牙和瑞典斯德哥尔摩参加国际民族学会召开的学术会议，其中心议题是哥伦布发现新大陆之前美洲的民族问题。此时，蔡对民族学产生浓厚兴趣，与会期间，适遇莱比锡大学的同学但采尔，这位德国民族学专家劝他不妨到汉堡去，因为那里的博物馆收藏资料甚丰。11月底，蔡元培即到汉堡大学报名入学，进行有关民族学的学习和研究，时年已58岁。从他初到德国留学迄今，已经流逝了近二十个春秋，其间经历了多少风风雨雨，却未曾改变他那童心般的求知欲。这除了秉性如此之外，似乎还找不到其他的解释。蔡一生不乏高官显位，但始终不失书生本色，世人服膺其人格，未尝不出于此。
1925年3月，孙中山在北京病逝的消息传到欧洲，蔡元培立即撰写挽联和祭文，深切悼念这位“中国自由神”。4月间，他前往伦敦，参加中、英人士举行的追悼会，并致悼词。孙、蔡二人均为真诚的民主主义者，在民国创立前后他们合作共事，交谊挚诚。孙作为革命领袖，倾力于社会政治的变革；蔡作为教育家，则主要侧重文化学术的建设。二人追求的总体价值目标完全相同，而在某些具体问题上的主张又不尽一致。孙充分理解蔡在北方推动新文化的积极意义，因而在一年前举行的国民党第一次全国代表大会上坚持将蔡选入领导机构。蔡高度崇信孙的三民主义和五权分立的构想，将此奉为晚年参政的政治基准，但对其思想体系的解释有时也不免见仁见智的成分。其所撰祭文称：“凡先生之所昭示，至大如《建国方略》，至高如《三民主义》，无不以学术为基础，而予吾人以应出之途程。尤扼要者，谓革命之根本，在求学问之深且闳。”于此可见一斑。
同年“五卅运动”发生后，不少外国报刊大肆渲染中国的“排外倾向”，以当年的义和团比附之，甚至散布中国有“赤化危险”，鼓噪由日本和英国动用武力了结争端。为此，蔡元培撰写《为国内反对日英风潮敬告各列强》一文，澄清事件真相，驳斥无稽之谈。此文被译为英、法、德等文字，在欧洲各报发表。这篇文章中有两点值得注意：一是提出各国对华不平等条约乃酿成事端之主因，急应无条件废除，从而触及到问题的实质；二是反驳所谓“赤化”时，蔡氏对于国内的反共团体及其活动颇为了然，几乎能够信手拈来用作驳论的证据，可知他虽远在欧洲，而对国内的时局演变还是比较关心和了解的。此次旅欧，蔡元培始终无法解脱来自北京大学的缠绕，代理校长蒋梦麟和北大评议会不时来电，催促他返校主政。就蔡而言，一方面为实际上卸下了校长重任和摆脱开北京官场环境而庆幸，另一方面在感情上又仍旧眷恋这所由他一手整顿而焕发生机的学府，在很大程度上与之藕断丝连。这样的矛盾心态，使得他数次婉拒和延宕请其回校的要求，同时，也不得不认真考虑重主校政的可能性。因此，当北京政府教育部电促其回国时，蔡元培终于踏上归程，于1926年初春返抵上海。
初入国门，他便在沪上的沧州饭店接受《国闻周报》记者的采访，就政治、教育、共产主义诸项问题发表意见。关于国内政治，他只作泛泛而谈，无多新意。论及教育，他则明确表示：“今日学生界之浮嚣现象，余至不赞成”，并且认为，一些学生的活动，是“由少数操纵其间”，那种“强人以同，不惜出于恫吓无理之手段”，完全悖离思想言论自由之原则。至于共产主义，他说：“共产主义，为余素所服膺者。盖生活平等、教育平等，实为最愉快、最太平之世界。然于如何达到此目的之手段，殊有研究、讨论之余地。以愚观之，克鲁泡特金所持之互助论，一方增进劳工之智识与地位；一方促进资本家之反省，双方互助，逐渐疏濬，以使资本家渐有觉悟，以入作工之途，则社会不致发生急剧之变化，受暴烈之损失，实为最好之方法。若夫马克思所持之阶级斗争论，求效过速，为害无穷。”他甚至认为，俄国的共产主义试验，徒凭理想，已“遭遇失败”，中国“既有前车之失，又何必重蹈覆辙”。这番谈话，再清楚不过地反映了蔡元培对于现实“热点”问题所持的态度，须知，这是他回国之后第二天所表明的思想见解，足以说明他这一时期对国内问题的独立观察和认识。
回国之后，蔡元培显然面临着重要的政治抉择。是如约北上，仍旧充任北京政府的简任大学校长？还是“不合作”到底，为南方政府即将开始的北伐做政治上的策应？他选择了后者。这其中，既有他个人做出的决断，也有明察时局的朋友们进行劝导的因素。在此后的一年间，他参与了苏皖浙三省联合会的工作，以“联省自治”反对占据东南的军阀“联帅”孙传芳，配合北伐军的军事行动。并且，与褚辅成、陈仪等在杭州宣布浙江自治，进而筹组浙江省政府。此时，北伐军总司令蒋介石函请蔡为浙江政治会议委员及政务委员会委员等职，并请其在张静江返浙之前，代理政治会议主席职务。可以说，这是蔡元培以元老身份涉足国民党政权的开始，也是他与蒋介石建立直接政治联系的最初阶段。由于东南局势的反复，蔡与马叙伦等人为躲避孙传芳的通缉，曾于1927年初避走福州、厦门等地。随着2月中旬北伐军进占杭州，他便开始正式代行浙省政务。至于北京大学方面，尽管教职员一再促其返校重理校务，甚至连十年来“除教课外，于教务素不过问”的周作人也致长信促驾，而胡适更以不北来则“资格丧失”相警告，可是，在国内政局剧变前夕，蔡元培的选择颇为坚定，几十年的政治阅历和党派归属毕竟有其作用，这是他与自由主义知识分子又有所区别的一个方面。他曾正式提出辞去北大校长名义，只是由于师生们的坚持，北京政府才未予允准。到奉系军阀入主北京，将北大等数所国立高校合并为“京师大学校”后，蔡的校长名义事实上已不复存在。
北伐军进入长江流域以后，国民党内在对待共产党及其工农运动等问题上的分歧趋于表面化。蒋介石在南昌自成中心，抗命武汉的国民党中央。他在政治上的迅速“右转”，得到相当一些社会势力的支持。素称国民党四元老的蔡元培、吴稚晖、李石曾、张静江采取了一致的拥蒋立场。蔡没有张、吴等人与蒋的那种渊源关系，此前他与党内这位“后起之秀”的接触似乎也甚为一般。蔡之倾向于蒋，除了江浙势力的连带影响之外，恐怕与对时局的共同认识不无关系。1927年4月间，蔡在上海与蒋频繁往来，成为这一时期该政治圈内的一个重要人物。蒋与“四老”及其他军政要员就“清党”和在南京建立政府的连日密商，蔡与闻其间；国民党监察委员会的部分委员数次开会，以监委会名义讨论和通过由吴稚晖提出和拟就的弹劾共产党的文告，蔡则主持会议并提出“取消共产党人在国民党党籍”；蒋氏国民政府在南京成立，蔡代表国民党中央党部授印，同时发表演说，痛诋武汉政府为俄国人操纵之“破坏政府”。此后，蔡元培在南京政府中一度出任要职，从表面上看，这一时期成为他从政生涯的高峰。
国民党的“清党”，导致大批共产党人和进步青年惨遭屠戮，血雨腥风使知识界为之震惊。上海商务印书馆的青年编辑胡愈之目睹发生在宝山路的惨状，遂起草一份抗议书，经郑振铎、章锡琛、周予同、李石岑等同人签名，“交给国民党中央委员中的文化界著名人士蔡元培、李石曾、吴稚晖”。远在北方的周作人也在他主编的《语丝》上先后发表《怎么说才好》、《功臣》等文，抨击“清党”中的残虐行径，并不无愤慨地指出：“最奇怪的是智识阶级的吴稚晖忽然会大发其杀人狂，而也是智识阶级的蔡（元培）、胡（适）诸君身在上海，又视若无睹……”他认为，“南方之事全败于清党”，而“吴、蔡诸元老”难卸其责。当年曾是国民党左派的柳亚子在后来忆及其老师的这段经历时写道：“蔡先生一生和平敦厚，蔼然使人如坐春风，但在民国十六年上半年，却动了一些火气，参加清党运动。一纸用中央监察委员会名义发布的通缉名单，真是洋洋大观，连我也受影响。”显然，蔡元培参与“清党”，使得“五四”以来的知识分子中曾对之产生某种失望情绪，一些当事人更是印象深刻，以至耿耿于怀。应当说，蔡之介入“清党”，自有其思想意识上的根由，前述其自欧归国的言论，颇可窥知他反对俄国式阶级斗争的基本政治倾向；同时，他站在维护国民党的立场上，对吴稚晖所提“共党谋叛情形”抱有同感，因而很自然地投入到这场所谓“护党救国”的运动之中。当然，他毕竟仍是“书生从政”。在“清党”实施过程中，不赞成乱捕滥杀，而希望将这种政治上的弹压行动纳入较为规范的“法治”程序。如此斯文的主张与残酷的现实极不谐调，但它所透露出的某种价值取向，却埋下了他与国民党最高当权者之间产生一定程度心理裂痕的思想种源。
从1927年“宁汉合流”，到30年代中期，蔡元培在南京政府中的处境颇为微妙。他的活动重心仍在教育、科学和文化的行政管理方面，先是出任大学院院长，后又主持中央研究院，但也时常以元老身份调停各派之间的矛盾冲突，尽力维护统一的政治格局。同时，随着他对蒋氏集团认识的变化，开始与国民党内的左翼派别建立联系，合作共事，在保障人权和推动抗日方面用力尤著。
1928年8月，由于试行大学区制受挫，加之国民党内的派系倾轧，蔡元培提出辞去大学院院长和代理司法部长等本兼各职。10月，他致函蒋介石、胡汉民和谭延恺，表示：“此后，愿以中央监察委员之资格，尽力于党务；以政治会议委员之资格，尽力于政务；以中央研究院院长之资格，尽力于教育、学术。”不妨说，这是蔡遭遇事业上的重大挫折之后，为自己在南京政府中所选择和确定的基本位置，从后来的活动看，他大抵是依此行事的。1929年3月，蒋介石与桂系矛盾加剧，桂系主持的武汉政治分会擅自罢免唯蒋命是从的湖南省主席鲁涤平，酿成“湘案”。蒋请蔡等人“查办”此事。为了缓解宁汉冲突，蔡苦心孤诣，奔走调停，力避武力解决。然而这种种努力终归无效，蒋桂战事随即发生。两个月后，作为蒋桂战事的延长，粤桂战争又爆发在即，蔡急电李宗仁，劝其“即释兵柄，暂避海外”，以求“两粤得以息争”。1931年2月，蒋介石软禁胡汉民，致使宁粤分裂。“九一八”事变后，蔡出任艰巨，与张继、陈铭枢南下广东，谈判议和，促成“和平统一会议”在沪举行，实现了国难之际的“举党一致”。蔡元培的上述政治活动，尽管是代表南京方面进行的，但他的行动主旨是免除分裂、消弭内战，谋求一个和平、建设的局面。实际上，这个时期，蔡与蒋介石的关系已经发生着变化。蒋的刚愎自用、专断独裁，与蔡格格不入；其滥杀青年，诛锄异己，尤为蔡所反感。南京国民政府成立以来，内争频仍，战事连年，建设乏力，“宪政”缓慢，蔡的内心失望亦不难想见。因此，当蒋介石第一次下野后谋求复职时，蔡并不积极助力；蒋冯阎中原大战爆发之际，蔡致力于和平息争，曾有意促蒋去职。这些，无疑招致了蒋的不满乃至忌恨。从1930年开始，邓演达、宋庆龄等左派人士逐渐与蔡建立了密切联系，他们至少在争取民主、捍卫人权方面有着高度一致，其活动显然具有反蒋的性质。
随着“九一八”和“一二八”两大事变相继发生，民族危机的阴影再次笼罩国人心头，蔡元培的政治活动也明显地超出党派的框限，主要着眼于国家民族的根本利益。1932年12月，他与宋庆龄、杨杏佛、黎照寰、林语堂等发起成立的中国民权保障同盟，即是由社会、文化等各界知名人士组成的一个民间性组织。该同盟宣言称：“各先进国家皆有保障民权之世界组织，由爱因斯坦、觉雷塞、杜威、罗素及罗兰之流为之领导，此种组织之主要宗旨，在保障人类生命与社会进化所必需之思想自由与社会自由。”可知，他们组建民权同盟是援此而行，而所针对的却是国民党政府压制民主、蹂躏人权的黑暗现实。同盟正式成立前夕，蔡、宋等人为北平警方非法拘捕许德珩等人一事，致函蒋介石，指出：“年来国事凌夷，民气消沉，皆因民权不立，人民在家时怀朝不保暮之恐惧，对外何能鼓同仇敌忾之精神？欲求全国精诚团结，共赴国难，惟有即日由政府明令全国，保障人民集会、结社、言论、出版、信仰诸自由，严禁非法拘禁人民，检查新闻。”这是同盟发起人向主政当轴发出的正当吁请，同时也申诉了保障民权的现实重要性。12月30日，民权保障同盟正式成立，宋庆龄为主席，蔡元培为副主席，杨杏佛为总干事。同日，蔡向中外记者发表“个人感想”说：“我等所愿意保障的是人权。我等的对象就是人。即同是人，就有一种共同应受保障的普遍人权。”他提出，保障民权，第一，无党派的成见“决无专为一党一派的人效力，而不顾其他的”；第二，无国家的界限；第三，对于已定罪或未定罪的人，亦无甚区别。他特别强调，“希望诸君，对于普遍人权的保障，能超越国家党派的关系，以下判断。这是鄙人所盼望的。”在“天赋人权”的价值观念支配下，蔡的党派意识大大淡漠了。
中国民权保障同盟的实质性工作是营救被国民党当局拘捕的政治犯，在其存在的半年时间里，先后营救了许德珩、侯外庐、罗登贤、廖承志、陈赓、丁玲、潘梓年等各方面人士。并且，调查监狱情形，要求改善狱中待遇；抗议军政当局杀害作家应修人和记者刘煜生的暴行，等等。蔡元培积极参与这些活动，发挥了重要作用。但是，客观地分析，他与宋庆龄等左派人士在从事民权保障的内在动机上还是存在某种差别。1933年2月，蔡在上海八仙桥青年会发表题为《保障民权》的演讲，提出，保障民权是“国民党训政时期的需要”，也是“国难时期的需要”，况且，“各种事业，均感人才缺乏；若有为之才，偶因言论稍涉偏激，或辗转联带的嫌疑，而辄加逮捕，甚至处死，则益将感为事择人之困难，而无术以救国”。珍惜人才，为国家和民族保留元气，是他作为爱国教育家所秉持的崇高主旨，也是他参加民权保障同盟的基本动因，诚如鲁迅所说：“他同情革命者，也不过是为了民族而已。”6月18日，杨杏佛被刺身亡。这是对中国民权保障同盟的致命打击，它在蔡元培心里留下了深深的创伤。杨杏佛是蔡晚年事业上的主要助手，也是他从事政治活动所倚重的谋士和联络人，杨的遇难，表明国民党当权者在向蔡等人示警。此后，民权保障同盟终止了活动，蔡元培则仍以个人身份进行一些力所能及的保障民权的工作。
作为“党国元老”，蔡元培晚年的心境似乎有些悲戚，他平生追求的许多理想非但没有变为现实，国家和民族的现状却日非一日。1934年，辛亥革命二十三周年纪念日，他在青岛发表演说流露了这种心绪。他说：“辛亥革命，建立民国，本图实行三民主义，以造福于人民。乃二十三年来，人民生计，未能多大改良，不特水旱偏灾，频年不免；而工业不兴，外货倾销，农村有破产之虑，都市多失业之辈，是民生主义尚未能实现也。民权实行，以一省中各县能自治、一国中各省大多数能自治为条件；而今日，不特各省，即各县中能达到孙先生所举自治标准者，殆尚无一也。是民权主义亦未能实现也。至于民族主义，则不但次殖民地之资格未能提高，而‘九一八’以来，连失东北四省，至今不敢言恢复。”忧愤之中，隐含着对于当权者的失望和不满。在南京政府中与蒋介石地位相当的另一实力人物汪精卫，早年与蔡颇有交往，还在1932年初，汪、蒋合作后汪出任行政院长，即曾劝蔡常驻南京，“对于行政，时加指导”，却为蔡所婉拒。1937年初，汪从海外归国不久，又致函予蔡，试探请其相助的可能性。蔡复函称：“弟生性迂愚，对于政治问题，毫无兴会；即不得已而参加，亦常持急流勇退之态度；非不为也，实不能也。对于文化事业，虽无专长，要为性之所近，不贤识小，聊尽撮壤涓流之义务而已。”相对说来，蔡对于汪，尚能倾诉衷肠，但在涉足政事问题上依旧敬谢不敏，可以看出，他对南京政府能否真正有所作为存在疑虑。
不过，蔡元培回复汪精卫信函中的那段话，也确实道出了他在政治和文化事业两者间的真正兴趣所在，即其自谓的“性近于学术而不宜于政治”。大体说来，蔡乃学界中人，而非政治中人，虽然以元老身份参政，然其主要精力还是投入在教育、科学、文化方面，而成为世人公认的学界泰斗。
