第一节 学术至上
民国五年（1916）初冬时节，蔡元培回到上海。“二次革命”后流居海外的一班同志已经陆续归来，可是在他抵沪的前一个星期，革命挚友黄兴却已长辞人世。追念故人，不胜依依。他慨允为亡友撰写碑文，随即托请黄的同乡章士钊等代觅有关资料。其间，回故乡绍兴小住数日，旋即返沪。多数友人对他就职北京大学之事不甚赞同，认为北大腐败，颓风难挽，整顿不成，徒毁名誉。但有的朋友却主张不妨前往一试，即令失败，亦已尽力。后者的意见颇合蔡元培的心愿，遂于12月下旬北上进京。抵京之后，他与范源濂、沈步洲等商讨数次，觉得“北京大学虽声名狼藉，然改良之策，亦未尝不可一试，故允为担任”。12月26日，大总统黎元洪正式任命蔡元培为北京大学校长，翌年1月4日，蔡到校视事。在其后不久写给尚在国外的汪精卫的信中，他陈述了自己的心迹：“在弟观察，吾人苟切实从教育入手，未尝不可使吾国转危为安。而在国外所经营之教育，又似不及在国内之切实。弟之所以迟迟不进京，欲不任大学校长，而卒于任之者，亦以此。”这位笃信“教育救国”理想的教育家主观上认定，担任大学校长是办教育，而非做官。故而，到京之初，他在接受“各政团招待时，竟老实揭出不涉政界之决心”。显然，他企望通过整顿教育达到改良社会的目的，而避免直接卷入政治，陷入纷扰。可以说，这至少是蔡元培出任北大校长之初所抱定的一个宗旨。
创立已近二十年的北京大学，对蔡元培来说，并不生疏。戊戌年间，作为变法新政之一的京师大学堂创办之时，他正在翰林院任职，其好友张元济即受命出任大学堂总办一职。八年之后，蔡担任大学堂所属译学馆的国文教习，并兼授西洋史，任教虽仅数月，却颇得学生推重。又过了六年，他主政教育部，改定大学名称，推荐校长人选（严复），变革学科设置，还亲临校内发表演说，倡明“大学为研究高尚学问之地”。他与曾先后主持该校的吴汝纶、马相伯等人亦均有交往。应当说，对于这所全国最高学府的兴废利弊，蔡元培大体上了然于心，亦因如此，他才不惜违逆众意而矢志有所作为。客观地讲，产生于清末“中西并用”时代的京师大学堂暨北京大学，经过张百熙及严复等主持人的努力，已经具备了一定的教育规模，尤其是进入民国之后，学生数量稳步增加，教学内容逐渐改进，呈现缓慢发展的势头。但是，与欧美近代大学相比，其校内体制、师生素质及学术风气等还存在相当一段距离。科举积习的流弊，晚清末世的颓风，深深浸染了这所处在历代帝都的学府。开办之初，学生均系京官，入学雇用差人，上课起居例称“老爷”，真心求学者寥若晨星，热衷功名利禄却趋之若鹜。名为学府，实与官衙无异。后来，虽历经嬗变，官僚政治的遗风却难以革除。辛亥以后，学生视法科为升官发财的终南捷径，蜂拥报考，而理工等科则倍受冷落。学风不正必然校纪松弛，一些师生甚而涉足风月场中，致使学校清名大受玷污。北大之腐败，深为一般社会所菲薄。蔡元培认为，北京大学“之所以不满人意者，一在学课之凌杂，二在风纪之败坏”。欲救其弊，关键是将大学改造为“纯粹研究学术之机关”。
蔡元培作为校长，来到北大的第一天，校役们照例排列校门两旁深深行礼，以示欢迎。这位新任校长竟摘下礼帽，鞠躬还礼。向来不受重视的校役们对这一举动惊诧不已，不禁感到：这位平等待人的蔡校长与以往的校长大人似乎很有些不同。1917年1月9日，蔡元培在校内发表就职演说，他向全校一千余名学生提出三项要求：“一、抱定宗旨，二、砥砺德行，三、敬爱师友。”其中，突出强调：大学乃研究高深学问之地，诸君须抱定宗旨，为求学而来；大学学生，当以研究学术为天职，不应以大学为升官发财之阶梯。这番讲话，将学术提到一个前所未有的高度，与他1912年在此所作演说的精神实质完全相同。可是，在有的学生看来，以为不过是校长训诫学生的泛泛之谈而已，并没有立刻引起足够的重视。随后，蔡发布了一个通告：“以后学生对校长应用公函，不得再用呈文。”原来，学生有事与学校当局接洽，须写呈文，待校长批复之后，公诸告示牌上。革除这一近乎官衙的形式，使学生们隐约感到某种清新气象。1月中旬，主编《新青年》杂志，宣扬“德先生”与“赛先生”的陈独秀应蔡之邀来北大出任文科学长，这一人事安排，使敏感的人们开始领悟到新校长整顿大学的决心和魄力。
办好一所大学，最重要的莫过于聘任有真才实学的、高水平的教师，以满足青年学生的求知欲望，进而诱发其研究问题的兴趣，这是培养良好校风、提高教学质量的不二法门。蔡元培深悉此理，以极大的精力，从各个方面“广延积学而热心的教员”。进京伊始，他便采纳汤尔和、沈尹默二人的提议，决定聘任倡导新文化运动的陈独秀为文科学长，以接替业已辞职的原学长夏锡祺。其时，陈因事来京，客居前门附近。蔡往访数次，以诚相邀，并劝其将《新青年》迁京续办，陈欣然应允，并向蔡推荐《新青年》的投稿人，时在美国留学的胡适，蔡翻阅有关文稿后，嘱其促胡早日来校任教。几乎与此同时，刚刚二十三四岁的自学青年梁漱溟通过范源濂的介绍，慕名访谒蔡元培，并出示所撰《究元决疑论》一文请予垂教。蔡从《东方杂志》上已读过此文，对作者的佛学造旨印象颇深。此刻，他便邀梁到北大开设印度哲学课程，梁大感意外，极力辞却。此后，蔡与陈独秀约梁商谈，多方劝导，梁终于同意任教，到1917年冬，这位并无大学学历的青年便以讲师身份走上北大的讲坛。同年4月初，经许寿裳和鲁迅的推荐，曾任绍兴教育会会长的周作人应聘来到北大，由于时逢学期中间，不宜开设新课，蔡元培先安排他在附设于大学的国史编纂处任职，到新学期开始，便聘其为文科教授，讲授《欧洲文学史》等课程。7月间，曾继严复之后被任命为北大校长而未到任的章士钊，应聘为文科教授，主讲逻辑学，并兼任学校图书馆主任。这期间，蔡元培还曾分别函请吴稚晖和汪精卫，希望他们来学校担任学监或教学工作，但均无结果，只有李石曾“惠然肯来”，出任生物学教授。8月，学成归来，且因发表《文学改良刍议》而“爆得大名”的胡适应聘为文科教授。9月以后，曾在北大代课的钱玄同和《新青年》撰稿人刘半农，相继出任文科教授。11月，经章士钊提议，李大钊进北大担任了原由章氏兼任的图书馆主任之职。这一年，蔡元培还聘请了因列名“筹安会”而潦倒于天津的国学大师刘师培为文科教授，主讲中国中古文学史。
新聘教师的同时，蔡元培对北大原有教师进行甄别，视其学术造诣的深浅，分别予以留聘或解聘。精通多种外语，擅长英国文学的辜鸿铭，尽管思想守旧、行为怪诞，仍留任教授之职。章太炎的大弟子黄侃，素来恃才傲物，狂放不羁，因其国学根柢深厚，成果斐然，亦被留聘。此外，被留聘的知名学者还有：陈黻宸、陈汉章、康宝忠、沈尹默、马叙伦、沈兼士、马裕藻、朱希祖等。对于那些学业荒疏、滥竽充数的教师，蔡元培依照合同解除聘约，即使颇有些背景和来历的外国教师亦不例外。几位被裁汰的英、法教师扬言要与蔡诉诸法庭，此事甚至惊动了外交当局，北京政府外交总长亲自过问，英国公使竟然造访于蔡，始而劝诱，继而威胁。然而，这些压力，都被蔡元培学术至上的正气一一顶了回去。至于个别道德沦丧、毒化校风的学林败类，他则坚决予以除名，摈之于校园之外。
由于文科自北大创办以来即居于主干地位，故而蔡元培投入较大精力首先整顿和充实这一传统领域。而对学术规模相对薄弱的理科似乎有些无暇顾及。这一状况，曾引起留美学界的疑惑乃至不满。任鸿隽、朱经农曾先后致函胡适，认为，北大“尽管收罗文学、哲学的人才，那科学方面（物理、化学、生物等等）却不见有扩充的影响，难道大学的宗旨，还是有了精细的玄谈和火荼的文学就算了事了吗？”甚至批评说：“大学专重文科，把理工科看得无关紧要，这种见界太偏浅了。”留美学界的尖锐意见，自然有其道理。不妨说，这多少反映了美国式的大学观念与蔡元培崇奉的德国大学观念的微妙分野。然而，公平地讲，蔡元培在理念上极为尊崇科学的价值，平生倡导科学不遗余力。其主持北大，受到多方面的客观制约，科学落后的现实即其一，企望各个领域齐头并进，同时获取显著硕果，近乎有些苛求。这一时期北大的理科，在夏元瑮等原有教员的基础上，陆续从欧美毕业留学生中招聘了李四光、丁燮林、王抚五、颜任光、李书华、何杰、翁文灏、朱家骅等一批杰出学者，随着他们的来校任教，西方近代自然科学开始比较系统地输入我国文化教育领域，逐渐形成一种新知识体系。此外，法科教学也改变了先前主要由政府官员兼课的状况，马寅初、陶孟和、陈启修、周鲠生、王世杰等专业学者相继应聘而来，法律、经济及社会科学等学科渐趋独立和完善。总之，蔡元培选聘教师，只有一个标准，那就是学术造诣，在这个神圣的标准之外，不曾有第二个标准。因此，国内各方面的名流硕学及后起之秀逐步汇集于北京大学，很快便形成了崇尚学术的良好氛围，大大激发起学生们的求知兴趣，衰颓的学风骤然为之改观。
在蔡元培主持北大的第一年，便出版了《北京大学日刊》，除发布校内各种规章、消息之外，还刊登师生对于改进教学及管理工作的建议，并发表学术论文，引起论辩，活跃校内空气。鉴于北大学生彼此关系松弛、自由散漫成风的情况，蔡元培召集学生骨干，敦劝他们分别发起组织各类学会，广泛吸引学生参与，学校则在经费、设施等方面予以鼓励和赞助。随后，诸如画法研究会、新闻研究会、书法研究社、体育会、哲学研究会、数理学会、化学研究会、音乐会、技击会等各类学术团体相继成立，学生根据兴趣爱好，自由参加，充分表现，健康的追求逐渐取代了低级趣味。即以新闻研究会为例，蔡元培兼任会长，以其办报体验及对新闻事业的独特见解，数次发表演说，从学理上阐发新闻与史学的异同；北大最年轻的教授徐宝璜为副会长，宣讲新闻理论及采编业务。该会还邀请著名报人、《京报》社长邵飘萍来校讲解他捕捉各类新闻的经验和技巧。凡此种种，使得教师与学生、知识与趣味融为一体，校园生活变得多彩多姿，丰富充实。1917年底，蔡元培与其他国立高等学校校长陈宝泉、汤尔和、金邦正、王家驹、张谨、洪镕等倡议组织“学术讲演会”，“以传布科学，引起研究兴趣为宗旨”。他们刊登启事称：“我国近年所以士风日敝、民俗日偷者，其原因固甚复杂，而学术消沉，实为其重要之一因。教者以沿袭塞责，而不求新知；学者以资格为的，而不重心得。在教育界已奄奄无气如此，又安望其影响及于一般社会乎！同人有鉴于此，特仿外国平民大学之例，发起此会，请国立高等学校各教员，以其专门研究之学术，分期讲演，冀以唤起国人研究学术之兴趣，而力求进步。”该讲演会自1918年2月以后每星期日上午举行活动，其办事处即附设在北京大学内。
蔡元培深知，大学教师要革除年年抄发旧讲义的陋习，而不断提高授课水平，就必须在教学之外从事必要的学术研究。到校一年之内，他便要求各学科成立相应的研究所，由专业教师和高年级学生共同研讨学术问题。最先创办并坚持开展活动的是国学研究所，其中的小说科由胡适、刘半农、周作人及两名学生组成。他们定期举行学术讨论，根据研究所得分别作了《论短篇小说》、《中国之下等小说》、《日本近代小说的发展》等专题报告，既浓厚了学术风气，也促进了各人研究问题的深度。当然，北大各学科研究机关的建立需要一个逐渐发展的过程，但蔡元培力主创办研究所的主张，使得素以完成教学为满足的中国大学增加了科学研究的成分，在一定程度上也改变了文化教育界固守已有知识不求进取的积习。为使学者们的研究成果转化为社会文化，蔡元培与张元济协议，由商务印书馆印行“北京大学丛书”，分批出版北大教师的学术著作。1918年7月，张元济访问北京大学，与蔡元培、陈独秀、夏元瑮及各科教授座谈，磋商丛书出版的具体事宜。两个月后，陈大齐的《心理学大纲》、陈映璜的《人类学》和周作人的《欧洲文学史》作为第一批北大丛书正式出版。对于某些立意新颖、方法独特的开创性学术专著，蔡元培极为欣赏，热情推荐，曾先后为胡适《中国古代哲学史大纲》、徐宝璜《新闻学大意》、黄右昌《罗马法》等书撰序，扶助青年学者迅速成长。1918年秋，他又提议创办《北京大学月刊》，作为师生发表学术论文的专刊，并为之撰写发刊词，系统阐发学术自由的宗旨，该刊遂成我国最早的大学学报。蔡元培这一系列举措，对于“振兴学术”产生了极大作用，史家吕思勉评述道：“北京大学的几种杂志一出，若干种的书籍一经印行，而全国的风气，为之幡然一变。从此以后，研究学术的人，才渐有开口的余地。专门的高深的研究，才不为众所讥评，而反为其所称道。后生小子，也知道专讲肤浅的记诵，混饭吃的技术，不足以语于学术，而慨然有志于上进了。这真是孑民先生不朽的功绩。”
整饬北京大学的风纪，改变这所最高学府在社会上的腐败形象，是蔡元培出任校长之初即已确定的目标。当校内的学术风气开始初步确立之时，他便着手正面触及这个“难题”。1918年1月19日《北京大学日刊》发表了校长撰写的《北大进德会旨趣书》，随之，校方向师生们散发了参加该会的志愿书，一股“进德”之风迅即吹拂于校园之中。作为一个清正自守的知识分子，蔡元培对弥漫于清末民初社会之上的污浊风习十分反感，1912年他列名发起“六不会”及“社会改良会”，希望矫正世风，但实效甚微。袁世凯当政时期，收买议员，鼓动帝制，挥霍公款，投机钻营，世风日下，谬种流传。蔡从法国归来，目睹江浙一带在教育、实业各界崭露头角者无不以嫖赌相应酬，内心倍觉伤感。及至北京，方知此风尤甚，官僚阶层姑且不论，堂堂最高学府内竟存在什么“探艳团”、“某公寓之赌窟”之类名目，一些师生打牌听戏捧坤角，致使学校成为“浮艳剧评花丛趣事之策源地”。尤其使他感到不可思议的是，“往昔昏浊之世，必有一部分之清流，与敝俗奋斗……而今则众浊独清之士，亦且踽踽独行，不敢集同志以矫末俗，洵千古未有之现象！”为此，他曾在南洋公学同学会和译学馆校友会等小范围内提议实行禁止嫖、赌、娶妾的“三不主义”。此刻，他确信，将进德会的主张行之于北大，乃“应时势之要求，而不能不从事矣”。北大进德会的戒规类同于1912年“六不会”的基本内容，但会员分甲、乙、丙三种，视遵守条件的多少而定。同年5月底，进德会正式成立，教职员及学生入会者近五百人，约占全校总人数的四分之一。经过通讯选举，蔡元培为会长，李大钊等三十余人为纠察员。陈独秀、夏元瑮、胡适、温宗禹、马寅初、傅斯年、罗家伦、张申府等知名教授和学生骨干均为会员。其实，北京大学的腐败，不过是社会恶浊风气的一个缩影，蔡元培力矫时弊，执着地开辟一块“净土”，其精神、其境界，委实令人赞佩。进德会的一纸规范尽管不可能约束所有会员的行为，然而它在改变观念、扭转校风方面还是起到了应有的作用。
尽快使北京大学接近和赶上欧美近代大学的水平，乃是热衷高等教育的蔡元培奋力追求的大目标。为此，他对北大的教学体制和行政管理进行了一系列改革。这些改革的基本思路大体仿行德国的大学观念和体制，在某些方面也参照了美国大学的现行做法，其中心主旨，是学术至上和教授治校。蔡元培始终认为，大学是研究高深学问之地，应当偏重于学理。因而，他特别重视文、理两科，以此作为其他应用性学科的根本。还在1912年，他起草的《大学令》中即明确规定：“设法、商等学科而不设文科者，不得为大学；设医、工、农等科而不设理科者，亦不得为大学。”主持北大以后，又进而主张，大学只须设文、理两科，其它偏于“术”的应用学科可仿德国之制，另设专科性高等学校，其修业年限及毕业资格与大学相同。循此，他将北大原有的工科并归天津北洋大学，以办工科的经费充实理科；取消商科，改为商业学门，归入法科。他原设想将法科分离出去，另建独立的专科学校，由于遭到多方反对，未能实行。鉴于预科自行其事，课程与本科不相衔接，遂将预科分别归属各本科，统一管理，以求一致。经过调整，北大以原有的经费，集中扩充文、理等科，使基础理论的教学和研究得到突出和加强。其后，蔡元培又取消文、理界限，试行两科沟通式教学；并采纳留美教师的意见，以学分制取代年级制，促进教学质量的提高。在行政管理方面，蔡元培一改往昔校长独揽校政的传统，全面推行教授治校的体制：首先，成立由校长、各科学长及教授代表组成的校评议会，作为全校的最高决策机构，统领校政。评议员任期一年，由教授选举产生。随后，建立各学科（即学系）教授会，负责规划和组织各科教学活动，教授会主任亦经教授们选举产生，任期两年。后来又设立了教务长、总务长等职，均由教授出任。教授治校的实质，是校长将权力下放，交由教学及学术活动的主干人员自行管理，切实按照教学规律兴学办校。这一体制变革，在“五四”前后的北大产生了明显的积极作用，清末以来历久不衰的官衙习气得到了根本性克服，一个合乎近代大学规范的新型学校渐渐出现在世人面前。
在蔡元培主持北京大学的第二个年头，新建的红楼竣工投入使用，这座在当时堪称雄大的建筑物，似乎象征着“学风丕振，声誉日隆”的最高学府正在焕发着的勃勃生机。
创立已近二十年的北京大学，对蔡元培来说，并不生疏。戊戌年间，作为变法新政之一的京师大学堂创办之时，他正在翰林院任职，其好友张元济即受命出任大学堂总办一职。八年之后，蔡担任大学堂所属译学馆的国文教习，并兼授西洋史，任教虽仅数月，却颇得学生推重。又过了六年，他主政教育部，改定大学名称，推荐校长人选（严复），变革学科设置，还亲临校内发表演说，倡明“大学为研究高尚学问之地”。他与曾先后主持该校的吴汝纶、马相伯等人亦均有交往。应当说，对于这所全国最高学府的兴废利弊，蔡元培大体上了然于心，亦因如此，他才不惜违逆众意而矢志有所作为。客观地讲，产生于清末“中西并用”时代的京师大学堂暨北京大学，经过张百熙及严复等主持人的努力，已经具备了一定的教育规模，尤其是进入民国之后，学生数量稳步增加，教学内容逐渐改进，呈现缓慢发展的势头。但是，与欧美近代大学相比，其校内体制、师生素质及学术风气等还存在相当一段距离。科举积习的流弊，晚清末世的颓风，深深浸染了这所处在历代帝都的学府。开办之初，学生均系京官，入学雇用差人，上课起居例称“老爷”，真心求学者寥若晨星，热衷功名利禄却趋之若鹜。名为学府，实与官衙无异。后来，虽历经嬗变，官僚政治的遗风却难以革除。辛亥以后，学生视法科为升官发财的终南捷径，蜂拥报考，而理工等科则倍受冷落。学风不正必然校纪松弛，一些师生甚而涉足风月场中，致使学校清名大受玷污。北大之腐败，深为一般社会所菲薄。蔡元培认为，北京大学“之所以不满人意者，一在学课之凌杂，二在风纪之败坏”。欲救其弊，关键是将大学改造为“纯粹研究学术之机关”。
蔡元培作为校长，来到北大的第一天，校役们照例排列校门两旁深深行礼，以示欢迎。这位新任校长竟摘下礼帽，鞠躬还礼。向来不受重视的校役们对这一举动惊诧不已，不禁感到：这位平等待人的蔡校长与以往的校长大人似乎很有些不同。1917年1月9日，蔡元培在校内发表就职演说，他向全校一千余名学生提出三项要求：“一、抱定宗旨，二、砥砺德行，三、敬爱师友。”其中，突出强调：大学乃研究高深学问之地，诸君须抱定宗旨，为求学而来；大学学生，当以研究学术为天职，不应以大学为升官发财之阶梯。这番讲话，将学术提到一个前所未有的高度，与他1912年在此所作演说的精神实质完全相同。可是，在有的学生看来，以为不过是校长训诫学生的泛泛之谈而已，并没有立刻引起足够的重视。随后，蔡发布了一个通告：“以后学生对校长应用公函，不得再用呈文。”原来，学生有事与学校当局接洽，须写呈文，待校长批复之后，公诸告示牌上。革除这一近乎官衙的形式，使学生们隐约感到某种清新气象。1月中旬，主编《新青年》杂志，宣扬“德先生”与“赛先生”的陈独秀应蔡之邀来北大出任文科学长，这一人事安排，使敏感的人们开始领悟到新校长整顿大学的决心和魄力。
办好一所大学，最重要的莫过于聘任有真才实学的、高水平的教师，以满足青年学生的求知欲望，进而诱发其研究问题的兴趣，这是培养良好校风、提高教学质量的不二法门。蔡元培深悉此理，以极大的精力，从各个方面“广延积学而热心的教员”。进京伊始，他便采纳汤尔和、沈尹默二人的提议，决定聘任倡导新文化运动的陈独秀为文科学长，以接替业已辞职的原学长夏锡祺。其时，陈因事来京，客居前门附近。蔡往访数次，以诚相邀，并劝其将《新青年》迁京续办，陈欣然应允，并向蔡推荐《新青年》的投稿人，时在美国留学的胡适，蔡翻阅有关文稿后，嘱其促胡早日来校任教。几乎与此同时，刚刚二十三四岁的自学青年梁漱溟通过范源濂的介绍，慕名访谒蔡元培，并出示所撰《究元决疑论》一文请予垂教。蔡从《东方杂志》上已读过此文，对作者的佛学造旨印象颇深。此刻，他便邀梁到北大开设印度哲学课程，梁大感意外，极力辞却。此后，蔡与陈独秀约梁商谈，多方劝导，梁终于同意任教，到1917年冬，这位并无大学学历的青年便以讲师身份走上北大的讲坛。同年4月初，经许寿裳和鲁迅的推荐，曾任绍兴教育会会长的周作人应聘来到北大，由于时逢学期中间，不宜开设新课，蔡元培先安排他在附设于大学的国史编纂处任职，到新学期开始，便聘其为文科教授，讲授《欧洲文学史》等课程。7月间，曾继严复之后被任命为北大校长而未到任的章士钊，应聘为文科教授，主讲逻辑学，并兼任学校图书馆主任。这期间，蔡元培还曾分别函请吴稚晖和汪精卫，希望他们来学校担任学监或教学工作，但均无结果，只有李石曾“惠然肯来”，出任生物学教授。8月，学成归来，且因发表《文学改良刍议》而“爆得大名”的胡适应聘为文科教授。9月以后，曾在北大代课的钱玄同和《新青年》撰稿人刘半农，相继出任文科教授。11月，经章士钊提议，李大钊进北大担任了原由章氏兼任的图书馆主任之职。这一年，蔡元培还聘请了因列名“筹安会”而潦倒于天津的国学大师刘师培为文科教授，主讲中国中古文学史。
新聘教师的同时，蔡元培对北大原有教师进行甄别，视其学术造诣的深浅，分别予以留聘或解聘。精通多种外语，擅长英国文学的辜鸿铭，尽管思想守旧、行为怪诞，仍留任教授之职。章太炎的大弟子黄侃，素来恃才傲物，狂放不羁，因其国学根柢深厚，成果斐然，亦被留聘。此外，被留聘的知名学者还有：陈黻宸、陈汉章、康宝忠、沈尹默、马叙伦、沈兼士、马裕藻、朱希祖等。对于那些学业荒疏、滥竽充数的教师，蔡元培依照合同解除聘约，即使颇有些背景和来历的外国教师亦不例外。几位被裁汰的英、法教师扬言要与蔡诉诸法庭，此事甚至惊动了外交当局，北京政府外交总长亲自过问，英国公使竟然造访于蔡，始而劝诱，继而威胁。然而，这些压力，都被蔡元培学术至上的正气一一顶了回去。至于个别道德沦丧、毒化校风的学林败类，他则坚决予以除名，摈之于校园之外。
由于文科自北大创办以来即居于主干地位，故而蔡元培投入较大精力首先整顿和充实这一传统领域。而对学术规模相对薄弱的理科似乎有些无暇顾及。这一状况，曾引起留美学界的疑惑乃至不满。任鸿隽、朱经农曾先后致函胡适，认为，北大“尽管收罗文学、哲学的人才，那科学方面（物理、化学、生物等等）却不见有扩充的影响，难道大学的宗旨，还是有了精细的玄谈和火荼的文学就算了事了吗？”甚至批评说：“大学专重文科，把理工科看得无关紧要，这种见界太偏浅了。”留美学界的尖锐意见，自然有其道理。不妨说，这多少反映了美国式的大学观念与蔡元培崇奉的德国大学观念的微妙分野。然而，公平地讲，蔡元培在理念上极为尊崇科学的价值，平生倡导科学不遗余力。其主持北大，受到多方面的客观制约，科学落后的现实即其一，企望各个领域齐头并进，同时获取显著硕果，近乎有些苛求。这一时期北大的理科，在夏元瑮等原有教员的基础上，陆续从欧美毕业留学生中招聘了李四光、丁燮林、王抚五、颜任光、李书华、何杰、翁文灏、朱家骅等一批杰出学者，随着他们的来校任教，西方近代自然科学开始比较系统地输入我国文化教育领域，逐渐形成一种新知识体系。此外，法科教学也改变了先前主要由政府官员兼课的状况，马寅初、陶孟和、陈启修、周鲠生、王世杰等专业学者相继应聘而来，法律、经济及社会科学等学科渐趋独立和完善。总之，蔡元培选聘教师，只有一个标准，那就是学术造诣，在这个神圣的标准之外，不曾有第二个标准。因此，国内各方面的名流硕学及后起之秀逐步汇集于北京大学，很快便形成了崇尚学术的良好氛围，大大激发起学生们的求知兴趣，衰颓的学风骤然为之改观。
在蔡元培主持北大的第一年，便出版了《北京大学日刊》，除发布校内各种规章、消息之外，还刊登师生对于改进教学及管理工作的建议，并发表学术论文，引起论辩，活跃校内空气。鉴于北大学生彼此关系松弛、自由散漫成风的情况，蔡元培召集学生骨干，敦劝他们分别发起组织各类学会，广泛吸引学生参与，学校则在经费、设施等方面予以鼓励和赞助。随后，诸如画法研究会、新闻研究会、书法研究社、体育会、哲学研究会、数理学会、化学研究会、音乐会、技击会等各类学术团体相继成立，学生根据兴趣爱好，自由参加，充分表现，健康的追求逐渐取代了低级趣味。即以新闻研究会为例，蔡元培兼任会长，以其办报体验及对新闻事业的独特见解，数次发表演说，从学理上阐发新闻与史学的异同；北大最年轻的教授徐宝璜为副会长，宣讲新闻理论及采编业务。该会还邀请著名报人、《京报》社长邵飘萍来校讲解他捕捉各类新闻的经验和技巧。凡此种种，使得教师与学生、知识与趣味融为一体，校园生活变得多彩多姿，丰富充实。1917年底，蔡元培与其他国立高等学校校长陈宝泉、汤尔和、金邦正、王家驹、张谨、洪镕等倡议组织“学术讲演会”，“以传布科学，引起研究兴趣为宗旨”。他们刊登启事称：“我国近年所以士风日敝、民俗日偷者，其原因固甚复杂，而学术消沉，实为其重要之一因。教者以沿袭塞责，而不求新知；学者以资格为的，而不重心得。在教育界已奄奄无气如此，又安望其影响及于一般社会乎！同人有鉴于此，特仿外国平民大学之例，发起此会，请国立高等学校各教员，以其专门研究之学术，分期讲演，冀以唤起国人研究学术之兴趣，而力求进步。”该讲演会自1918年2月以后每星期日上午举行活动，其办事处即附设在北京大学内。
蔡元培深知，大学教师要革除年年抄发旧讲义的陋习，而不断提高授课水平，就必须在教学之外从事必要的学术研究。到校一年之内，他便要求各学科成立相应的研究所，由专业教师和高年级学生共同研讨学术问题。最先创办并坚持开展活动的是国学研究所，其中的小说科由胡适、刘半农、周作人及两名学生组成。他们定期举行学术讨论，根据研究所得分别作了《论短篇小说》、《中国之下等小说》、《日本近代小说的发展》等专题报告，既浓厚了学术风气，也促进了各人研究问题的深度。当然，北大各学科研究机关的建立需要一个逐渐发展的过程，但蔡元培力主创办研究所的主张，使得素以完成教学为满足的中国大学增加了科学研究的成分，在一定程度上也改变了文化教育界固守已有知识不求进取的积习。为使学者们的研究成果转化为社会文化，蔡元培与张元济协议，由商务印书馆印行“北京大学丛书”，分批出版北大教师的学术著作。1918年7月，张元济访问北京大学，与蔡元培、陈独秀、夏元瑮及各科教授座谈，磋商丛书出版的具体事宜。两个月后，陈大齐的《心理学大纲》、陈映璜的《人类学》和周作人的《欧洲文学史》作为第一批北大丛书正式出版。对于某些立意新颖、方法独特的开创性学术专著，蔡元培极为欣赏，热情推荐，曾先后为胡适《中国古代哲学史大纲》、徐宝璜《新闻学大意》、黄右昌《罗马法》等书撰序，扶助青年学者迅速成长。1918年秋，他又提议创办《北京大学月刊》，作为师生发表学术论文的专刊，并为之撰写发刊词，系统阐发学术自由的宗旨，该刊遂成我国最早的大学学报。蔡元培这一系列举措，对于“振兴学术”产生了极大作用，史家吕思勉评述道：“北京大学的几种杂志一出，若干种的书籍一经印行，而全国的风气，为之幡然一变。从此以后，研究学术的人，才渐有开口的余地。专门的高深的研究，才不为众所讥评，而反为其所称道。后生小子，也知道专讲肤浅的记诵，混饭吃的技术，不足以语于学术，而慨然有志于上进了。这真是孑民先生不朽的功绩。”
整饬北京大学的风纪，改变这所最高学府在社会上的腐败形象，是蔡元培出任校长之初即已确定的目标。当校内的学术风气开始初步确立之时，他便着手正面触及这个“难题”。1918年1月19日《北京大学日刊》发表了校长撰写的《北大进德会旨趣书》，随之，校方向师生们散发了参加该会的志愿书，一股“进德”之风迅即吹拂于校园之中。作为一个清正自守的知识分子，蔡元培对弥漫于清末民初社会之上的污浊风习十分反感，1912年他列名发起“六不会”及“社会改良会”，希望矫正世风，但实效甚微。袁世凯当政时期，收买议员，鼓动帝制，挥霍公款，投机钻营，世风日下，谬种流传。蔡从法国归来，目睹江浙一带在教育、实业各界崭露头角者无不以嫖赌相应酬，内心倍觉伤感。及至北京，方知此风尤甚，官僚阶层姑且不论，堂堂最高学府内竟存在什么“探艳团”、“某公寓之赌窟”之类名目，一些师生打牌听戏捧坤角，致使学校成为“浮艳剧评花丛趣事之策源地”。尤其使他感到不可思议的是，“往昔昏浊之世，必有一部分之清流，与敝俗奋斗……而今则众浊独清之士，亦且踽踽独行，不敢集同志以矫末俗，洵千古未有之现象！”为此，他曾在南洋公学同学会和译学馆校友会等小范围内提议实行禁止嫖、赌、娶妾的“三不主义”。此刻，他确信，将进德会的主张行之于北大，乃“应时势之要求，而不能不从事矣”。北大进德会的戒规类同于1912年“六不会”的基本内容，但会员分甲、乙、丙三种，视遵守条件的多少而定。同年5月底，进德会正式成立，教职员及学生入会者近五百人，约占全校总人数的四分之一。经过通讯选举，蔡元培为会长，李大钊等三十余人为纠察员。陈独秀、夏元瑮、胡适、温宗禹、马寅初、傅斯年、罗家伦、张申府等知名教授和学生骨干均为会员。其实，北京大学的腐败，不过是社会恶浊风气的一个缩影，蔡元培力矫时弊，执着地开辟一块“净土”，其精神、其境界，委实令人赞佩。进德会的一纸规范尽管不可能约束所有会员的行为，然而它在改变观念、扭转校风方面还是起到了应有的作用。
尽快使北京大学接近和赶上欧美近代大学的水平，乃是热衷高等教育的蔡元培奋力追求的大目标。为此，他对北大的教学体制和行政管理进行了一系列改革。这些改革的基本思路大体仿行德国的大学观念和体制，在某些方面也参照了美国大学的现行做法，其中心主旨，是学术至上和教授治校。蔡元培始终认为，大学是研究高深学问之地，应当偏重于学理。因而，他特别重视文、理两科，以此作为其他应用性学科的根本。还在1912年，他起草的《大学令》中即明确规定：“设法、商等学科而不设文科者，不得为大学；设医、工、农等科而不设理科者，亦不得为大学。”主持北大以后，又进而主张，大学只须设文、理两科，其它偏于“术”的应用学科可仿德国之制，另设专科性高等学校，其修业年限及毕业资格与大学相同。循此，他将北大原有的工科并归天津北洋大学，以办工科的经费充实理科；取消商科，改为商业学门，归入法科。他原设想将法科分离出去，另建独立的专科学校，由于遭到多方反对，未能实行。鉴于预科自行其事，课程与本科不相衔接，遂将预科分别归属各本科，统一管理，以求一致。经过调整，北大以原有的经费，集中扩充文、理等科，使基础理论的教学和研究得到突出和加强。其后，蔡元培又取消文、理界限，试行两科沟通式教学；并采纳留美教师的意见，以学分制取代年级制，促进教学质量的提高。在行政管理方面，蔡元培一改往昔校长独揽校政的传统，全面推行教授治校的体制：首先，成立由校长、各科学长及教授代表组成的校评议会，作为全校的最高决策机构，统领校政。评议员任期一年，由教授选举产生。随后，建立各学科（即学系）教授会，负责规划和组织各科教学活动，教授会主任亦经教授们选举产生，任期两年。后来又设立了教务长、总务长等职，均由教授出任。教授治校的实质，是校长将权力下放，交由教学及学术活动的主干人员自行管理，切实按照教学规律兴学办校。这一体制变革，在“五四”前后的北大产生了明显的积极作用，清末以来历久不衰的官衙习气得到了根本性克服，一个合乎近代大学规范的新型学校渐渐出现在世人面前。
在蔡元培主持北京大学的第二个年头，新建的红楼竣工投入使用，这座在当时堪称雄大的建筑物，似乎象征着“学风丕振，声誉日隆”的最高学府正在焕发着的勃勃生机。
