第二节 沪上革命
20世纪初的上海，作为近代中国发展最快的通都大邑，常能独得风气之先。十里洋场，鱼龙混杂，信息灵便。戊戌政变后，国内仁人志士大多聚拢于此，各谋其宏愿。海外反清力量于庚子以后势焰渐炽，亦凭借沪上的租界联络同志，展开活动。大批文化人更是在这里办报兴学，倡扬各类新式学说，进而辐射到内地各省。蔡元培以学界闻人身份，在此天地中，由爱国义愤而倡言排满，终至主持团体，密谋革命，为时虽短短三四年，却因此而决定了他后半生的政治归属。
蔡元培等人主持的爱国学社，其活动主要集中于1903年上半年。该学社有意仿效日本西乡隆盛等人当年的办学主旨，“重在精神教育，而所授各科学，皆为锻炼精神、激发志气之助”。学社教师基本由中国教育会成员和本社高年级学生充任，其中，蔡元培讲伦理学，吴稚晖授天演论，章太炎教高级国文。此时，太炎已加入中国教育会，其上课“多述明清兴废之事，意不在学也”。学社学生完全自治，凡事须众议始决，自由空气甚浓，与官立各校的压制学生适成对照。事实表明，爱国学社并非一般教学机关，而更像是兼备讲习和革新的社会团体。这期间，蔡元培政治热情极高，自号曰民友，“已决意参加革命工作”。自是年2月中旬开始，他与教育会同人率领爱国学社学生每周到张园举行一次演说会，评析时事，发表政见，逐渐产生广泛的社会反响。3月以后，他们与留日学界遥相呼应，先后发起拒法、拒俄运动，揭露广西巡抚王之春以出让桂省路矿权为条件借助法国军队平息哥老会之乱的卖国图谋，抗议沙俄政府无视国际协议拒不撤兵而侵占中国东北的蛮横行径。蔡元培在张园这一讲坛上，屡屡发表充满爱国激情的演说，以警醒国人奋起御侮，并提议成立有关组织，协调行动。随后，爱国学社仿东京留日学生之例，成立拒俄义勇队，后改称军国民教育会，开始进行军事操练。36岁的蔡元培剪短头发，脱去长衫，与学生共同演练，躬身实践其“尚武求强”的主张。爱国学社上述种种活动，使其在社会上名声大振，几乎成为“国内唯一之革命机关”。4月，南京江南陆师学堂和杭州求是大学堂接连发生退学风潮，蔡元培、吴稚晖等致电或撰文对学生示以同情和支持，并协助章士钊等三十余名陆师学堂退学生转入爱国学社。
张园演说日益显露出来的反清革命情绪，引起顽旧之辈的极端反对，上海的《申报》、《新闻报》等几家具有全国影响的大报亦持反对论调。因此有人主张中国教育会和爱国学社须有自己的机关报，以为喉舌。同时，爱国学社成立之初经费拮据，教职员大多纯尽义务，生活来源一般另有所依，蔡元培兼任商务印书馆编译所之职，吴稚晖则任事于文明书局，章太炎亦靠译述取酬，至于理科教员几乎均由科学仪器馆人员兼任。显然，筹谋经费为爱国学社活动所必需。当官立各校学潮此伏彼起之际，陈范主办的《苏报》特辟“学界风潮”一栏，详予报道，颇令世人刮目。由此，教育会及学社遂与苏报馆合作，商定由蔡元培、吴稚晖、章太炎等七人轮流每日供评论稿一篇，报馆每月为爱国学社助银百元。这样，蔡元培等人反满兴汉，倾向革命的思想主张便通过新闻媒体广泛传播，其影响所及远胜于张园演说。《苏报》本为上海的一家小报，1896年创刊时在日本驻沪领事馆注册，戊戌年间，曾在江西任知县的陈范因教案被革职后迁居沪上，接办《苏报》，始而宣传维新变法，继而趋向反清革命。他与蔡、吴等人的联手，致使其《苏报》得获彪炳史册之誉。蔡元培为《苏报》所撰文章，大多已不可考，仅知者为《释“仇满”》一文，发表于1903年4月11、12日。其时，革命志士中排满情绪甚烈，寄居爱国学社的邹容等人甚至主张“驱逐住居中国之满洲人或杀以报仇”，蔡文即对此而发。文章以平和的笔调论证汉满两族在血统和习俗上渐趋同化的事实，认为，所谓“满洲人”实乃政治特权之符号，其特权有三：世袭君主，驻防各地，不治实业。而“近日纷纷仇满之论，皆政略之争，而非种族之争也”。文章批评了那种“无满不仇，无汉不亲；事之有利于满人者，虽善亦恶；而事之有害于满人者，虽凶亦吉”的狭隘偏执的“种族之见”，同时，也坚信“世运所趋，非以多数幸福为目的者，无成立之理；凡少数特权，未有不摧败者……民权之趋势，若决江河，沛然莫御”。可见，他热心革命的同时不失冷静求实的态度。不过，此论为反满兴汉的热潮所淹没，当人们发现其认识价值，已是时过境迁的辛亥以后了。
爱国学社的活动及《苏报》的放言高论，招致清廷及其督抚大员们的忌恨。从他们之间的公文往来和信函中可知，张园演说伊始，便引起有关当轴的密切注意，及至沪上拒法、拒俄运动兴起，官方即密令“查禁拿办”。清朝驻沪商约大臣吕海寰进而将蔡元培、吴稚晖、黄宗仰、陈范、章太炎等列为辑拿的首要对象。可以说，清朝当局旨在严厉纠弹革命志士的图谋一直在酝酿和布置。由于碍于外国租界的特殊法律，只得曲折间接地进行。租界工部局数次传讯蔡、吴诸人，名为核实情由予以保护，实则反映出清官方压力的增强。随着邹容《革命军》一书的刊行和章太炎为之所撰序及《驳康有为论革命书》等文在《苏报》的发表，终于引发一场轩然大波。而此前，在中国教育会和爱国学社之间却出现了内部分裂的迹象。学社知名度不断提高，经济状况随之改观，学生们不甘于仍由教育会代管财务，即欲求独立。5月间，矛盾渐趋公开化，倾向于教育会者认为学社乃教育会之一部分，而学生方面则发表文章，表明：会、社实为平行的两团体，均曾相互赞助，学社的主人即学社自身，与教育会不存在隶属关系。此时已改任教育会副会长的蔡元培对于学生大感失望，鉴于往昔梁启超与汪康年争办《时务报》，而相互损伤致贻敌视者以口实的教训，便与会长黄宗仰商洽，听由学社分立，黄亦赞成。不料章太炎持反对态度，吴稚晖却偏袒学生。从诸多情况分析，在爱国学社各项活动中，吴颇具影响力，从发起张园演说，到倡办机关报，甚至力主改选能够筹措经费的黄宗仰为教育会长，均由其推动，致使素与不睦的太炎斥其为篡权之宋江。会、社分立加之章、吴矛盾，使得蔡元培心灰意冷，此时官方欲行弹压的风声日急，他终于接受兄长及亲友们的再三规劝，于6月中旬辞去各项职务，前往青岛学习德语，准备赴德深造。半个月之后，震动海内的“苏报》案”发生，《苏报》封闭，章太炎、邹容被拘判刑，其他人逃避星散，爱国学社亦无疾而终。
这场被称为“癸卯大狱”的镇压行动，显然系清官方与租界当局合作所为，目的在扼制日益高涨的反清革命运动，但在“结案”过程中仅以文字证据定罪，涉及范围便大大缩小。王朝末世，人心涣散，清政府官员已非铁板一块。如果说两江总督魏光焘面对革命活动却“行同聋聩”还属某种疏忽，那么奉命赴沪查办此案的江苏候补道俞明震则明显地力求大事化小、网开一面，蔡元培能够远走青岛和“苏报》案”发及定案后“不涉孑民”，似乎均与此有关。在青岛期间，他经由陈范的书面介绍，跟从《胶州报》主人李幼阐学习德语，后又师从李推荐的一德国教士继续学习。蔡元培此时已对西洋哲学发生浓厚兴趣，他将留学国度定为德国，即由于那里是近代哲学的发祥地。在青岛，尽管心绪不宁，又缺乏必要的参考书，他还是将德国人科培尔《哲学要领》一书的日文本转译为中文，交由商务印书馆出版。大约在同年秋冬之际，蔡元培应家人电召返回上海。亲友先前应允集资助其留学实为促其离沪之计，此时沪上虽仍有谣传，但危险基本过去，留学之议遂搁置，蔡仍为《外交报》译日文以维生计。经此番历炼，他从事反清革命活动的方式变得策略而隐蔽，但涉足革命的程度愈加深化。中国教育会和爱国女学虽受冲击，却依然存在，他藉此联结同道继续开展活动。同时，定期看望狱中的章太炎、邹容二人。是年冬，沙俄军队强占奉天，拒俄风潮复起。12月，蔡元培与刘师培、叶瀚等人在静安寺愚园发起成立“对俄同志会”，并与陈镜泉等合作创刊《俄事警闻》日报，谋划和宣传拒俄运动。
《俄事警闻》初由王季同主编，蔡元培撰述论说兼译日文稿件。该报不用清朝年号，而以干支纪日，附注西历，文体亦兼采白话，颇有报界革新之势。鉴于《苏报》之祸，该报并不直言革命，而以民族激情启迪国人。总计印行73期，至1904年2月，由于日俄战争爆发，遂扩大版面改名《警钟》，由蔡元培主编。这份扩版后的刊物，“一面要国人鉴于日俄之争，即时猛省，一面译登俄国虚无党的历史，为国人种下革命思想”。蔡主编《警钟》，连续数月刊载日文译稿《俄国虚无党源流考》，与该报“抵御外侮，恢复国权”的既定宗旨有所背离，可知其仍“不免直接谈革命”。蔡主撰该报近半年之久，其间，除每日撰写文言和白话论说各一篇外，还要负责编务、印刷乃至发行，且常常为经费不济所困。但他意志坚韧，独立苦撑。这段办报生涯中蔡的代表性文字，是1904年2月中、下旬连载于《俄事警闻》最末几期上的白话小说《新年梦》。小说以朴实的笔触记述主人公“中国一民”在新年之际悠悠入梦，想望60年后中国强盛康乐，人类步入大同境界的美妙图景，情节融写实和虚构于一体，通篇寄寓了作者的爱国忧思和追求理想社会的情致。蔡元培自述：“是时西洋社会主义家，废财产、废婚姻之说，已流入中国，孑民深信之……揭《新年梦》小说以见意。”应当说，这篇文字十分清晰地反映了蔡此时的社会政治主张和思想取向，它在清末知识界有一定的代表性。正是在主撰《警钟》期间，这位前不久还自号“民友”的志士已经意识到“吾亦一民耳，何谓民友”？遂从《诗经大雅云汉》的“周余黎民，靡有孑遗”两句中各取一字，改号孑民，以示救亡图存的志向。
1904年7月，蔡元培重新担任爱国女学校长，于是辞去《警钟》日报的职务，由汪允宗接替。在此前的5月间，他受同人推举，复任中国教育会会长。此时，南方革命党人谋划武装暴动，反清革命跃入新阶段。蔡元培深受俄国虚无党（主要是民粹派）的影响，认定暗杀是改变社会政治的一种迅捷有效的方式，因而当留日学生组织暗杀团派何海樵来沪活动时，他随即加入这一秘密团体，并租赁房屋，介绍同志，共同试制炸弹。参与这一活动的还有杨笃生、苏凤初、钟观光、王季同、俞子夷及章士钊、陈独秀等。清末吴樾刺杀出国考察宪政的五大臣，即该团体促成。蔡认为暗杀于女子更为相宜，故在爱国女校“不取贤妻良母主义，乃欲造成虚无党一派之女子”。对年长的学生宣讲法国革命史和俄国民粹派的主张，并重点传授化学原理，期之将来有所作为，真可谓寓革命于教育之中。爱国女校这段时间隐然成为容留和联络革命志士的重要机关，龚宝铨、俞子夷等革命党人应蔡之邀来校任教，黄兴、陶成章、秋瑾等，亦曾在此与蔡晤谈。同年11月，蔡元培参与发起组织光复会，被推举为会长。由于他“闻望素隆”，随之入会者颇众。经他居中撮合，徐锡麟与陶成章分别统领的浙东两派会党开始合作，并成为光复会的主导力量。他还亲赴嘉兴，劝请浙西会党首领敖嘉熊加盟光复会，这位昔日爱国学社的故交慨然允以“有事相助”。可以说，蔡元培对于光复会颇具草创之功。1905年夏，中国同盟会在日本东京成立，孙中山委任蔡元培为上海分会主持人，不久，黄兴抵沪，将孙的委任书面交予蔡。蔡此后在江浙一带发展了黄炎培等一批同盟会员，并在后来协调同盟会与光复会的关系方面起到积极作用。
几年来的沪上革命，蔡元培始终以一介书生奔忙反清活动，虽然政治热情颇高，但终究有别于职业革命家。他由热衷救国而涉足革命，然而未能忘情学术而放弃教育救国的长远追求，就其自身而言，出国领略西洋文化的欲念也一直强烈存在。他企望以较短时间和较小的代价实现社会政治的变革，因而一度沉迷于暗杀活动。当种种努力收效不彰、革命目标显得遥遥无期之时，又不免感到茫然。蔡元培自述此时心绪：“在上海所图皆不成，意颇倦”。故而，在1906年春离开黄埔之畔，返回故乡，出任秋瑾等倡办的绍兴学务公所的所长，推动绍属八县的教育事业。他邀约裘吉生、杜海生等人相助，时在南京求学的周作人亦在被邀之列，周正等候赴日留学而未能应召。学务公所于4月下旬成立，蔡元培首先开办师范讲习班，培训师资，进而提议创建师范学校，但在筹集经费时受到阻挠，遂辞职。此次回乡兴学，前后不足两个月。当他准备离绍返沪之际，接到北京友人的来信，告知清政府拟派翰林院编检各员出国留学，敦劝其从速入京登记。不久，报上亦刊载了这一消息。期待已久的良机无异自天而降，蔡元培为此怦然心动。他于6月下旬先抵上海，迎送章太炎出狱并东渡日本，后又参加邹容死难周年纪念会，了却了为这位先逝的青年志士修建墓前纪念塔的心愿。这些举动多少有些象征性地为他几年来的沪上革命画上句号。
随后，蔡元培毅然入京，去捕捉那现实而又渺茫的留学机会。
蔡元培等人主持的爱国学社，其活动主要集中于1903年上半年。该学社有意仿效日本西乡隆盛等人当年的办学主旨，“重在精神教育，而所授各科学，皆为锻炼精神、激发志气之助”。学社教师基本由中国教育会成员和本社高年级学生充任，其中，蔡元培讲伦理学，吴稚晖授天演论，章太炎教高级国文。此时，太炎已加入中国教育会，其上课“多述明清兴废之事，意不在学也”。学社学生完全自治，凡事须众议始决，自由空气甚浓，与官立各校的压制学生适成对照。事实表明，爱国学社并非一般教学机关，而更像是兼备讲习和革新的社会团体。这期间，蔡元培政治热情极高，自号曰民友，“已决意参加革命工作”。自是年2月中旬开始，他与教育会同人率领爱国学社学生每周到张园举行一次演说会，评析时事，发表政见，逐渐产生广泛的社会反响。3月以后，他们与留日学界遥相呼应，先后发起拒法、拒俄运动，揭露广西巡抚王之春以出让桂省路矿权为条件借助法国军队平息哥老会之乱的卖国图谋，抗议沙俄政府无视国际协议拒不撤兵而侵占中国东北的蛮横行径。蔡元培在张园这一讲坛上，屡屡发表充满爱国激情的演说，以警醒国人奋起御侮，并提议成立有关组织，协调行动。随后，爱国学社仿东京留日学生之例，成立拒俄义勇队，后改称军国民教育会，开始进行军事操练。36岁的蔡元培剪短头发，脱去长衫，与学生共同演练，躬身实践其“尚武求强”的主张。爱国学社上述种种活动，使其在社会上名声大振，几乎成为“国内唯一之革命机关”。4月，南京江南陆师学堂和杭州求是大学堂接连发生退学风潮，蔡元培、吴稚晖等致电或撰文对学生示以同情和支持，并协助章士钊等三十余名陆师学堂退学生转入爱国学社。
张园演说日益显露出来的反清革命情绪，引起顽旧之辈的极端反对，上海的《申报》、《新闻报》等几家具有全国影响的大报亦持反对论调。因此有人主张中国教育会和爱国学社须有自己的机关报，以为喉舌。同时，爱国学社成立之初经费拮据，教职员大多纯尽义务，生活来源一般另有所依，蔡元培兼任商务印书馆编译所之职，吴稚晖则任事于文明书局，章太炎亦靠译述取酬，至于理科教员几乎均由科学仪器馆人员兼任。显然，筹谋经费为爱国学社活动所必需。当官立各校学潮此伏彼起之际，陈范主办的《苏报》特辟“学界风潮”一栏，详予报道，颇令世人刮目。由此，教育会及学社遂与苏报馆合作，商定由蔡元培、吴稚晖、章太炎等七人轮流每日供评论稿一篇，报馆每月为爱国学社助银百元。这样，蔡元培等人反满兴汉，倾向革命的思想主张便通过新闻媒体广泛传播，其影响所及远胜于张园演说。《苏报》本为上海的一家小报，1896年创刊时在日本驻沪领事馆注册，戊戌年间，曾在江西任知县的陈范因教案被革职后迁居沪上，接办《苏报》，始而宣传维新变法，继而趋向反清革命。他与蔡、吴等人的联手，致使其《苏报》得获彪炳史册之誉。蔡元培为《苏报》所撰文章，大多已不可考，仅知者为《释“仇满”》一文，发表于1903年4月11、12日。其时，革命志士中排满情绪甚烈，寄居爱国学社的邹容等人甚至主张“驱逐住居中国之满洲人或杀以报仇”，蔡文即对此而发。文章以平和的笔调论证汉满两族在血统和习俗上渐趋同化的事实，认为，所谓“满洲人”实乃政治特权之符号，其特权有三：世袭君主，驻防各地，不治实业。而“近日纷纷仇满之论，皆政略之争，而非种族之争也”。文章批评了那种“无满不仇，无汉不亲；事之有利于满人者，虽善亦恶；而事之有害于满人者，虽凶亦吉”的狭隘偏执的“种族之见”，同时，也坚信“世运所趋，非以多数幸福为目的者，无成立之理；凡少数特权，未有不摧败者……民权之趋势，若决江河，沛然莫御”。可见，他热心革命的同时不失冷静求实的态度。不过，此论为反满兴汉的热潮所淹没，当人们发现其认识价值，已是时过境迁的辛亥以后了。
爱国学社的活动及《苏报》的放言高论，招致清廷及其督抚大员们的忌恨。从他们之间的公文往来和信函中可知，张园演说伊始，便引起有关当轴的密切注意，及至沪上拒法、拒俄运动兴起，官方即密令“查禁拿办”。清朝驻沪商约大臣吕海寰进而将蔡元培、吴稚晖、黄宗仰、陈范、章太炎等列为辑拿的首要对象。可以说，清朝当局旨在严厉纠弹革命志士的图谋一直在酝酿和布置。由于碍于外国租界的特殊法律，只得曲折间接地进行。租界工部局数次传讯蔡、吴诸人，名为核实情由予以保护，实则反映出清官方压力的增强。随着邹容《革命军》一书的刊行和章太炎为之所撰序及《驳康有为论革命书》等文在《苏报》的发表，终于引发一场轩然大波。而此前，在中国教育会和爱国学社之间却出现了内部分裂的迹象。学社知名度不断提高，经济状况随之改观，学生们不甘于仍由教育会代管财务，即欲求独立。5月间，矛盾渐趋公开化，倾向于教育会者认为学社乃教育会之一部分，而学生方面则发表文章，表明：会、社实为平行的两团体，均曾相互赞助，学社的主人即学社自身，与教育会不存在隶属关系。此时已改任教育会副会长的蔡元培对于学生大感失望，鉴于往昔梁启超与汪康年争办《时务报》，而相互损伤致贻敌视者以口实的教训，便与会长黄宗仰商洽，听由学社分立，黄亦赞成。不料章太炎持反对态度，吴稚晖却偏袒学生。从诸多情况分析，在爱国学社各项活动中，吴颇具影响力，从发起张园演说，到倡办机关报，甚至力主改选能够筹措经费的黄宗仰为教育会长，均由其推动，致使素与不睦的太炎斥其为篡权之宋江。会、社分立加之章、吴矛盾，使得蔡元培心灰意冷，此时官方欲行弹压的风声日急，他终于接受兄长及亲友们的再三规劝，于6月中旬辞去各项职务，前往青岛学习德语，准备赴德深造。半个月之后，震动海内的“苏报》案”发生，《苏报》封闭，章太炎、邹容被拘判刑，其他人逃避星散，爱国学社亦无疾而终。
这场被称为“癸卯大狱”的镇压行动，显然系清官方与租界当局合作所为，目的在扼制日益高涨的反清革命运动，但在“结案”过程中仅以文字证据定罪，涉及范围便大大缩小。王朝末世，人心涣散，清政府官员已非铁板一块。如果说两江总督魏光焘面对革命活动却“行同聋聩”还属某种疏忽，那么奉命赴沪查办此案的江苏候补道俞明震则明显地力求大事化小、网开一面，蔡元培能够远走青岛和“苏报》案”发及定案后“不涉孑民”，似乎均与此有关。在青岛期间，他经由陈范的书面介绍，跟从《胶州报》主人李幼阐学习德语，后又师从李推荐的一德国教士继续学习。蔡元培此时已对西洋哲学发生浓厚兴趣，他将留学国度定为德国，即由于那里是近代哲学的发祥地。在青岛，尽管心绪不宁，又缺乏必要的参考书，他还是将德国人科培尔《哲学要领》一书的日文本转译为中文，交由商务印书馆出版。大约在同年秋冬之际，蔡元培应家人电召返回上海。亲友先前应允集资助其留学实为促其离沪之计，此时沪上虽仍有谣传，但危险基本过去，留学之议遂搁置，蔡仍为《外交报》译日文以维生计。经此番历炼，他从事反清革命活动的方式变得策略而隐蔽，但涉足革命的程度愈加深化。中国教育会和爱国女学虽受冲击，却依然存在，他藉此联结同道继续开展活动。同时，定期看望狱中的章太炎、邹容二人。是年冬，沙俄军队强占奉天，拒俄风潮复起。12月，蔡元培与刘师培、叶瀚等人在静安寺愚园发起成立“对俄同志会”，并与陈镜泉等合作创刊《俄事警闻》日报，谋划和宣传拒俄运动。
《俄事警闻》初由王季同主编，蔡元培撰述论说兼译日文稿件。该报不用清朝年号，而以干支纪日，附注西历，文体亦兼采白话，颇有报界革新之势。鉴于《苏报》之祸，该报并不直言革命，而以民族激情启迪国人。总计印行73期，至1904年2月，由于日俄战争爆发，遂扩大版面改名《警钟》，由蔡元培主编。这份扩版后的刊物，“一面要国人鉴于日俄之争，即时猛省，一面译登俄国虚无党的历史，为国人种下革命思想”。蔡主编《警钟》，连续数月刊载日文译稿《俄国虚无党源流考》，与该报“抵御外侮，恢复国权”的既定宗旨有所背离，可知其仍“不免直接谈革命”。蔡主撰该报近半年之久，其间，除每日撰写文言和白话论说各一篇外，还要负责编务、印刷乃至发行，且常常为经费不济所困。但他意志坚韧，独立苦撑。这段办报生涯中蔡的代表性文字，是1904年2月中、下旬连载于《俄事警闻》最末几期上的白话小说《新年梦》。小说以朴实的笔触记述主人公“中国一民”在新年之际悠悠入梦，想望60年后中国强盛康乐，人类步入大同境界的美妙图景，情节融写实和虚构于一体，通篇寄寓了作者的爱国忧思和追求理想社会的情致。蔡元培自述：“是时西洋社会主义家，废财产、废婚姻之说，已流入中国，孑民深信之……揭《新年梦》小说以见意。”应当说，这篇文字十分清晰地反映了蔡此时的社会政治主张和思想取向，它在清末知识界有一定的代表性。正是在主撰《警钟》期间，这位前不久还自号“民友”的志士已经意识到“吾亦一民耳，何谓民友”？遂从《诗经大雅云汉》的“周余黎民，靡有孑遗”两句中各取一字，改号孑民，以示救亡图存的志向。
1904年7月，蔡元培重新担任爱国女学校长，于是辞去《警钟》日报的职务，由汪允宗接替。在此前的5月间，他受同人推举，复任中国教育会会长。此时，南方革命党人谋划武装暴动，反清革命跃入新阶段。蔡元培深受俄国虚无党（主要是民粹派）的影响，认定暗杀是改变社会政治的一种迅捷有效的方式，因而当留日学生组织暗杀团派何海樵来沪活动时，他随即加入这一秘密团体，并租赁房屋，介绍同志，共同试制炸弹。参与这一活动的还有杨笃生、苏凤初、钟观光、王季同、俞子夷及章士钊、陈独秀等。清末吴樾刺杀出国考察宪政的五大臣，即该团体促成。蔡认为暗杀于女子更为相宜，故在爱国女校“不取贤妻良母主义，乃欲造成虚无党一派之女子”。对年长的学生宣讲法国革命史和俄国民粹派的主张，并重点传授化学原理，期之将来有所作为，真可谓寓革命于教育之中。爱国女校这段时间隐然成为容留和联络革命志士的重要机关，龚宝铨、俞子夷等革命党人应蔡之邀来校任教，黄兴、陶成章、秋瑾等，亦曾在此与蔡晤谈。同年11月，蔡元培参与发起组织光复会，被推举为会长。由于他“闻望素隆”，随之入会者颇众。经他居中撮合，徐锡麟与陶成章分别统领的浙东两派会党开始合作，并成为光复会的主导力量。他还亲赴嘉兴，劝请浙西会党首领敖嘉熊加盟光复会，这位昔日爱国学社的故交慨然允以“有事相助”。可以说，蔡元培对于光复会颇具草创之功。1905年夏，中国同盟会在日本东京成立，孙中山委任蔡元培为上海分会主持人，不久，黄兴抵沪，将孙的委任书面交予蔡。蔡此后在江浙一带发展了黄炎培等一批同盟会员，并在后来协调同盟会与光复会的关系方面起到积极作用。
几年来的沪上革命，蔡元培始终以一介书生奔忙反清活动，虽然政治热情颇高，但终究有别于职业革命家。他由热衷救国而涉足革命，然而未能忘情学术而放弃教育救国的长远追求，就其自身而言，出国领略西洋文化的欲念也一直强烈存在。他企望以较短时间和较小的代价实现社会政治的变革，因而一度沉迷于暗杀活动。当种种努力收效不彰、革命目标显得遥遥无期之时，又不免感到茫然。蔡元培自述此时心绪：“在上海所图皆不成，意颇倦”。故而，在1906年春离开黄埔之畔，返回故乡，出任秋瑾等倡办的绍兴学务公所的所长，推动绍属八县的教育事业。他邀约裘吉生、杜海生等人相助，时在南京求学的周作人亦在被邀之列，周正等候赴日留学而未能应召。学务公所于4月下旬成立，蔡元培首先开办师范讲习班，培训师资，进而提议创建师范学校，但在筹集经费时受到阻挠，遂辞职。此次回乡兴学，前后不足两个月。当他准备离绍返沪之际，接到北京友人的来信，告知清政府拟派翰林院编检各员出国留学，敦劝其从速入京登记。不久，报上亦刊载了这一消息。期待已久的良机无异自天而降，蔡元培为此怦然心动。他于6月下旬先抵上海，迎送章太炎出狱并东渡日本，后又参加邹容死难周年纪念会，了却了为这位先逝的青年志士修建墓前纪念塔的心愿。这些举动多少有些象征性地为他几年来的沪上革命画上句号。
随后，蔡元培毅然入京，去捕捉那现实而又渺茫的留学机会。
