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第二节 回京佐政，深得帝王信赖
顺治五年（1648年）四月，洪承畴奉召返京，再次入内院佐理机务。摄政王多尔衮对其慰劳备至，宠信有加，一连数日召见垂询各省应兴应革之事，所有建议，无不采纳。
从顺治五年（1648年）至顺治十年（1653年）五月，在这5年中，洪承畴所起的作用要比前次入京佐理机务的作用更大。但也有个过程，他二次入京的时候，恰恰是前面提到的两件涉及他本人的案件之后，尽管朝廷仍然信任他，但这两个案子多少对他有些影响，洪承畴并没有因在江南为清廷建树功勋而升迁。他回到京城虽然受到皇帝、太后的热情款待，但仍是原官原职。第二年，多尔衮任命洪承畴和范文程、刚林、祁充格、冯铨、宁完我、宋权，一同充任《太宗文皇帝实录》一书编纂的总裁官。
多尔衮在百务繁忙中，亲自过问“太宗实录”的编纂，是有政治目的的，那就是希望按照他的意思来剪裁史料。他命令总裁官刚林从太祖实录里，删去多尔衮生母、太妃纳喇氏不愿殉葬的记载。刚林同范文程和祁充格一齐把这一部分内容抹去。刚林等人为编太宗实录，还将在盛京时所录的太宗史册的内容加以增减；对多尔衮所做的一些不好的事，也没有写入史档。编纂的工作刚开始不久，多尔衮就去世了，很快又被指控谋逆，这项工作不得不停顿下来。
多尔衮在世时重用的刚林等人，均受到牵连，删改太宗实录和增减太宗史册，自然成为他们的罪状。这个权重一时的文臣领衔大臣刚林，虽然为官廉洁奉公，很有才干，只因受到多尔衮的荣宠，以所谓的密谋叛逆罪被处死。总裁官里的祁充格也被处死，只有范文程因多尔衮对他的疏远，得到顺治帝的保护，“仍留原任，前所行情罪已结，今后于委任职掌，当矢忠报效”。这次政治动荡波及编纂太宗实录的班子，为首的刚林、祁充格已经处死；受多尔衮宠信的冯铨，也在顺治帝亲政后对多尔衮势力的清洗中，被赶出了朝廷；洪承畴虽受多尔衮重视，但看来并未卷入这场政治斗争。不过编纂班子主要人员死的死，走的走，编纂工作不能继续进行。
到顺治八年（1651年）底，弘文院大学士希福又奏请编纂“太宗实录”，得到顺治帝的许可。希福是个有文才的满洲儒臣，兼通满、汉、蒙古三种语言。皇太极时，就以内院大学士参与翻译、编纂史籍的工作，只是由于多尔衮与满洲贵族争权，希福成为牺牲品，不仅没被任用，还被废黜了6年。直到顺治帝亲政，重新任命他为弘文院大学士。顺治九年（1652年）正月，顺治帝又一次命纂修“太宗实录”并重新任命编纂班子。
这次修纂与前次相比主要是班子的变化，两个班子都有的总裁官只有3人，即范文程、洪承畴和宁完我。而在这三人中，只有洪承畴一人没有涉及这场政治风波。当然，这个班子组成后1年多，洪承畴又一次被调往南方，也就没有再参加“太宗实录”的编纂工作。
除了编书，洪承畴还在顺治六年（1649年），做了会试的正考官。满洲贵族为了笼络和收买汉族地主知识分子，早在皇太极后金天聪三年（1629年），就开始在境内施行科举考试。崇德三年（1638年），清朝录取的举人有10名。清初缺少文官，中举的多被授官任职。清朝入关以后，为了消除读书人的反清情绪，更为了健全从中央到地方各级统治机构的需要，顺治帝于北京登基的诏书上，就定下了乡试和会试的时间。
此后，清初的不少汉臣，都一再提醒满洲最高统治者，要倡导科举使“读书者有出仕之望，而从逆之念自息”，这是“不劳兵之法”。
洪承畴本人是进士出身，自然也积极倡导科举，加之学识渊博，清朝统治者就令他担任会试的正考官。入关以后，清朝首次会试在顺治三年（1646年）二月，中试名额为400人。明代的科举，一般取300人左右，清初为收拢人才，增加了100名。原定顺治六年为第二次会试，为了广招人才，又于顺治四年增加了一次会试。所以，顺治六年的会试已是第三次了，中试名额仍为400人。这次考中的进士，著名的有：左敬祖、吴正治、汤斌、熊伯龙、郝浴、李本晟、王清、曹本荣、张士甄、马绍曾、施闰章，皆一时贤才。
这些进士经过殿试分为三甲，全部授官，一甲的授翰林院官，二甲的分授参议，三甲全授知府。那时两广初定，三甲的知府都分到两广等省补用。
回京以后，洪承畴任职的态度仍然是积极的，他时常上疏提出有利于治国安邦的各项建议。如，那时由于清统治者实行民族压迫政策，加之清初经济凋敝，各地人民的反清情绪高涨。尤其是顺治五年、六年的大同总兵姜瓖起兵反清，引起山西大部分和陕北一些地区的响应，波及面广，距清朝的统治中心又近，真可说京城之外烽火连天了。顺治六年（1649年）八月，尽管姜瓖的反清主力被镇压下去，但是，他的支持者仍在各地广为活动。洪承畴看到这种形势，提出加强京畿地区巡缉的建议。
在这段时间里，洪承畴上疏中影响较大的，是提出了选官的保举连坐法。清初从中央到地方缺官现象严重，多尔衮等清朝统治者，急于健全各级官僚机构，使国家机器能够正常运转起来，因此选官的范围比较广泛，对明朝降官，基本上是原官供职。多尔衮明确主张不必苛求，只要愿为清廷效力，都可委任。这样一来，不免泥沙俱下，鱼龙混杂，像福建的巡按周世科，倚仗自己是关外旧人，到地方上为非作歹，导致福建人民被迫起而反抗。像类似的事，不只一件。针对这种现象，洪承畴指出任官不能贤愚不分，尤其是封疆大吏，要用得其人。为此他提出了保举连坐法：
平治天下之道，在于各省督抚总兵，俱得其人。然人才难得，知人亦不易。旧时会推，原有成例。正为一人见闻有限，必合众论乃为无私。今欲用得其人，宜实行保举连坐之法。如督抚、总兵员缺，令吏、兵二部满汉堂官详加评注，自书姓名保举，再以咨询左右大臣，议论相合，方行点用。俟后有功效，保举者受荐贤之赏；若旷职偾事，保举者受妄昧之罪。庶封疆、民生，两有攸赖矣。
洪承畴的这个办法，可以促使举荐的人慎重行事，也可以在一定程度上避免滥荐亲信、门人，而不论品德才能。他的这个建议得到多尔衮的赞同，立即以皇帝圣旨下达：
以后用督抚镇，著内院九卿会推。若有独知灼见，情愿保举者许自行保举，得人者，升赏；误举者，连坐。
这种保举连坐法，不仅顺治时采用，康熙、雍正年间也仍然实行。
就在洪承畴二次入京佐理机务期间，满洲最高统治者政局发生了一次重大变化，这变化始于多尔衮的病逝。自多尔衮率清军入关，扶植顺治帝在北京二次登基，从而开创了清王朝统治中国的基业以后，多尔衮纵横捭阖，全力谋划统一中国。在他的指挥下，清军兵锋所至，势如破竹，很快席卷了大半个中国，在胜利的欢呼声中。多尔衮的权力和威望扶摇直上。顺治元年（1644年）十月，顺治帝在北京进封多尔衮为“叔父摄政王”；顺治二年十一月，又进封为“皇叔父摄政王”；顺治五年（1648年）十一月，又被尊为“皇父摄政王”。多尔衮一时大权在握，关内外大臣只知有摄政王。为了他工作方便，甚至连皇帝的印玺也放在他家。他和两个兄弟英亲王阿济格、豫亲王多铎，掌握了正白、镶白和正蓝三旗，还分化、拉拢两黄旗的许多大臣。多尔衮在皇太极死后，顺治帝亲政以前，实际上享有皇帝的尊荣和权力。
为了加强中央集权，在满洲贵族争夺权力的斗争中，他罢黜了和他共同辅政的郑亲王济尔哈朗，囚禁和除掉皇太极的长子、争夺帝位的肃亲王豪格。多尔衮进一步又限制和削弱满洲诸王的权力，罢诸王兼理政务的权力，各部的事务由各部尚书掌管，各部尚书直接听命于摄政王。多尔衮把皇太极时期加强中央集权的措施，通过改革政体，实行明朝官制，提倡汉文化等，又向前推进了一步。不过，这样做的结果，加剧了他和周围一些满洲贵族旧势力的矛盾，同时，也加剧了满洲贵族之间的权力之争。清朝统一战争取得的巨大进展，暂时掩盖了这些矛盾和斗争。正当多尔衮的权势达到登峰造极的时候，顺治七年（1650年）十一月，由于出边围猎，多尔衮突然发病，摔下马来，到十二月上旬，竟然在喀喇城一命呜呼，年仅39岁。顺治帝为多尔衮举行了隆重的国葬，追尊他为“诚敬义皇帝”，荣尊一时。
可是，很快，满洲贵族内部的夺权之争就爆发了。先是多尔衮的亲哥哥英亲王阿济格被议罪幽禁，赐死狱中，他管辖下的牛录，全部归到顺治帝的两黄旗之下。那时候，豫亲王多铎已死，阿济格是多尔衮势力的唯一支柱。而阿济格一死，多尔衮一派就没了依靠。
接着，13周岁的顺治帝，于顺治八年（1651年）正月，在太和殿举行亲政大典。他表现得很谦虚，尊重诸王大臣，有礼贤下士的风度，与多尔衮的独断专横形成鲜明对比。当然，他对多尔衮的专权早就不满，决心摆脱权臣的控制。诸王大臣中不少人对多尔衮也很不满。清除多尔衮势力，就成为当务之急。在多尔衮去世两个多月以后，他的反对派先拿正白旗的骨干罗什等5人开刀，将他们革职为民，就在同一个月，多尔衮又被告为“谋篡大位”。顺治帝公布了多尔衮的罪状，并掘坟鞭尸。显然，顺治帝这样对待多尔衮是不太公平的。不过，这是出于政治斗争的需要。事实上，多尔衮的反对派，政治上是保守的，以和硕郑亲王济尔哈朗等为首的这派势力抬头以后，不久就恢复了诸王管理六部部务的旧制，对多尔衮重用的满汉官员，如在接受汉族文化制度方面较为开明的大学士刚林等，均以各种罪名处死或革职，并从总体上表现出对汉官的排斥。
然而，清朝要统治全国，就不能不适应先进地区经济、政治和文化的发展状况，也不能不笼络汉族的上层人物。年轻的顺治帝头脑比较清醒，比一般少年早熟得多。他吸取以往多尔衮专权的教训，很快就亲手掌握起日常政务，并力图摆脱济尔哈朗对朝政的干预。他继承多尔衮的政策，不顾满洲大臣的反对，仍然重用汉族官吏，提倡汉文化，继续进行政治、经济方面的调整和改革。
在这场满洲贵族内部的政治斗争中，汉族大臣本来就涉及的很少，对个别受牵连的人员，顺治也没有深究。如前述刚林删改太祖实录的案子，曾涉及了范文程，顺治帝只令夺其官赎罪，随后又在当年恢复其原官。至于洪承畴，虽然受到了多尔衮的重视和荣宠，但由于在多尔衮身边工作的时间不长，又是个汉臣，加之洪承畴本人为官经验丰富，也比较清正，不会轻易地依附于某个人或某个派系。因此，他算不上多尔衮的亲信，也就没有受到牵连。相反，顺治帝在接受汉文化制度方面，比他的前人又进了一步。汉族大臣在内三院和六部等中央政府机构里得到了发展，大学士里的满族人选，一度只剩下额色赫一人，六部中的要害，吏部、户部和兵部，也任命汉臣做尚书。在这种形势之下，洪承畴也得到了重用。
顺治八年（1651年）二月，“以大学士洪承畴管都察院左都御史事”。都察院是国家的最高监察机构，明清以前称“御史台”，明朝洪武十五年（1382年），改为“都察院”。清仿明制，皇太极改国号为清，始设都察院。顺治初年，对都察院的职责规定为：
凡朝廷政事得失，民生利弊，以时条上，百官有奸赍、劣绩，亦得据实纠弹。
也就是说，都察院是“掌察核常官，整饬纲纪”的机关。左都御史是都察院的主管官员，品级定为正二品。其时，都察院汉臣左都御史是徐起元，顺治帝认为他不称职，就将他调离。左都御史的汉臣一时缺额，在没有物色到合适人选之前，出于对洪承畴的信任，就让他兼管左都御史事，直至这一年八月，才起用赵开心为左都御史。
清初的吏治与明末相比较好一些，注重选人。当然，由于入关以后，清从中央到地方各级政府缺乏官吏，于是大量录用明朝降官，这就造成官员的成分复杂，贪官也多了起来。而都察院是考察官吏的机构，因此，都察院官吏清廉称职与否，关系重大。为此，洪承畴上任以后，首先就甄别都察院的台员，经甄别后，能用的用，该升的升，该降的降，该革职的革职。这次甄别和处理的结果，得到朝廷的批准和好评。
接着，洪承畴在都察院贯彻顺治帝关于严惩贪官的谕旨。顺治帝的谕旨说：
朝廷治国安民，首在严惩贪官。欲严惩贪官，必在审实论罪……凡贪婪官员，一挂弹章，必非完璧，或降、调、闲散，或勒令休致，皆不得仍还原职。从前参问贪官，姑照恩赦月日，免罪追赃，自今颁谕之后，大贪官员问罪至应死者，遇赦不宥。在内该部院，在外督抚、巡按，刊刻告示，晓谕各司道、府、州、县，实力遵行。
顺治帝的谕旨主要的意思就是，凡贪官无论罪大罪小，均不得还原职，而且要求那些审问贪官的官员，必须照实情上报，上报不实的，要追究其罪；如审问官员受贿而为受审者开脱，也要受到处罚。对大的贪官判死罪的，即使遇大赦，也不宽恕他们。都察院完全贯彻了顺治帝这道谕旨，从而有利于清初官吏的清廉。
这一年三月上旬，在洪承畴的筹划之下，都察院又规定了御史巡方之制。为了能使都察院派出的御史到各地工作收到好的效果，洪承畴等都察院的主要负责人认真研究了巡视时需要注意的事，规定了5条，从这5条内容看：
一、规定了派往各地御史的数额，但由于当时御史数量不足，只能对那些最需要的地方先派。
二、规定了严格的出差期限及要求。要他们奉旨后，就像考官一样，在门上贴出回避不见客，不收条子，不得接受送来的书办、差役，不能参加宴会或饯行之类的活动。总之，在出发前，要断绝一切贿赂与私人托嘱的可能性。出差的期限规定得很严，要求接旨以后，三天就从都城出发，沿途不得任意停留，不得接受私人递的条子或赠送的礼物。到达目的地，也同样不得接受馈赠。这样才是真正明廉而有威信的御史。还要求御史不许到朝廷大臣的私宅去，以免生嫌疑。如有御史违背这些规定，都察院会首先参奏，绝不包庇。
三、规定御史到达目的地，只许带极少数的随行人员，其余人员衙役，由当地提供。这些人员衙役，待御史巡视完毕，就仍回原单位供职。这样也可以免去不少弊病。而在此之前，御史每到一个地方，设中军收听用等官，这些人内外相通、贿赂，肆无忌惮。地方各级政府为了能让御史说他们的好话，事先为御史铺设准备，馈赠御史银钱。这笔钱从哪儿来？结果还是百姓受害。为此，都察院请求按照新的规定去做，如有御史仍然依以往的办法下去，几个月后让都察院得知，就要请旨将这样的御史撤回查办。
四、规定每派一个御史到一个地方出差，都要立一册，记载这个御史出发日期和到达目的地的日期，以及这个御史上报的公文，都要挨日登记在册。都察院的负责人要亲自查看，并加以品评。对民间疾苦，地方利弊，御史有没有上疏，上疏的详细妥当与否，疏中有没有参劾有问题的官员，参劾之中有没有大的贪官、恶官；还是只参劾无关紧要的，或是一两个州县官，以敷衍塞责，而不去碰大官或地方高级机构。对这些，都要一一写入册子，使这个御史的工作能够一目了然，不等这个御史出差期满，就可以对他的工作，奏请定夺。
洪承畴说当前一些御史对国计民生漠不关心，也不上什么关系紧要的条陈，甚至以不上疏为好。而且，这些御史所举报的事，并没有经过自己的认真察访，只是凭着地方报上来的，是好是坏也没有个凭证。由于贿赂的关系，常常是贪官反不被举报，而只举报衙门小官，甚至是一些衙役，以此来混淆朝廷视听。他认为，立册的办法，就可以杜绝御史下去不负责任的状况。
五、关于任差的期限，洪承畴认为，一年一任差，地方送往迎来的事未免太多。为此议定，大差、中差，以1年6个月为期限。对于派出的御史，都察院负责人要认真察访，发现能安定民心、声望高的，应当立即请旨嘉奖，也不一定非等任差到期；发现不遵守规定、玩忽职守的，不到任差期限，也应立即请旨将他撤回来，再另选合格的去，到期不回的，也要受到参劾。
疏稿的最后说明，都察院主要负责人议决的这几条，刻不容缓，对与不对，立即上疏。这些都是当前最紧要的事，希望皇上能很快给回音，好严令诸御史振作精神，力行整顿“从前之旧习，作今日之新型”。由此不难看出洪承畴在都察院的任上，力主除旧布新，以清廉吏治，其目的还是为了巩固清朝统治，同时，可以起到使御史关心百姓疾苦，并使百姓不受其害以安民的作用。从这点看来，他所提的这些改革措施，在当时还是有利于社会和百姓的。
这个疏奏，很快得到顺治帝的赞同。他于5天以后，谕令出差御史应当严格按都察院规定办事。洪承畴关于吏治的思想有利于巩固中央集权和廉政措施，所以得到顺治帝的支持。这也是洪承畴在顺治帝亲政以后，得到重用的原因。
顺治帝亲政时期，统治阶级内部的矛盾还是很激烈的。前边说到由于多尔衮的去世，满洲贵族相互倾轧，斗争很激烈，经过一番较量，守旧的济尔哈朗等满洲贵族占了上风，控制了议政王大臣会议。但是，顺治帝自幼倾慕中原文化，守旧的满洲贵族，并没有达到排斥汉臣的目的，恰恰相反，汉臣更加受到顺治帝重用，其势力在中央的内三院和六部中，不断得到发展。这样满汉大臣之间的矛盾有增无减，同时，汉族大臣内部也产生了矛盾。
顺治帝亲政时，清军已经占领江南广大地区，江南的明朝官员已有不少人陆续降清。经过相互推荐，大批江南汉臣进入清朝政府。他们之中，不少人很有才华，很得顺治帝宠信。他们用人时一般偏爱江南籍故人，这就同满洲贵族以及北方籍的汉官有了矛盾。虽然没有形成像明末那样剧烈的党争，但以冯铨、宁完我为首的“北党”和以陈名夏为首的“南党”之间存在着明争暗斗。洪承畴本是江南人，由于出任招抚江南总督，推荐的江南明朝降官不少，同陈名夏、陈之遴等关系也不错，自然有南党的嫌疑。不过，他是入关前降清的，同北党中的宁完我、冯铨等共事的时间较长，所以，他在南北汉臣斗争中，处于一种微妙的地位。尽管如此，一开始，他还是被卷入了这场斗争。这场斗争始于张煊参劾陈名夏。
顺治八年（1651年）五月，河南道御史张煊上书参劾吏部尚书陈名夏十罪、两不法，其中一些条文涉及洪承畴。具体有以下几条，一条是：
名夏拟太仆寺卿，舍傅景星三年俸满之左通政，而越升黄微胤一年俸浅之少卿，微胤为洪承畴姻亲，任意迎合。
陈名夏当时任吏部尚书，权势很大，对中央京师内外各衙门的文职官员，有提名的权力。因此，像拟定太仆寺卿由谁出任，也是吏部尚书来提名。陈名夏在这项提名中，提了资历浅的黄徽胤，而舍去了资历长的傅景星。在封建社会论资排辈的铨选制度中，自然会惹来非议。不错，黄徽胤是洪承畴的姻亲，前面说到陈名夏同洪承畴关系也不错，而洪承畴当时在朝廷的地位、声望都高于陈名夏，所以张煊可以把越级提升黄徽胤，作为陈名夏迎合洪承畴的一条罪状。还有一条罪状是：
江南督学御史李嵩阳，两经科臣魏裔介纠参，物议沸腾，名夏以钟爱门生，私嘱洪承畴曲意保全，把持计典。
大约还是由于陈名夏与洪承畴的关系好，所以，陈名夏才私嘱洪承畴保全他的门生李嵩阳。至于李嵩阳该不该保全、如应当保全、洪承畴也保了；无论对陈名夏还是对洪承畴来说，就不能算什么问题了。张煊疏文中，最后的一件事有点吓人，内容是：
又名夏与洪承畴、陈之遴于火神庙屏左右密议，不知何事。
如果这条没有最后4个字，那问题就严重了，但因为有了最后4个字，就说明张煊只是听说他们都去过火神庙，而谈什么并不知道，仅就都去过火神庙密议，还不能说明什么问题，只是引起朝廷的怀疑罢了。张煊在疏文中，除主要弹劾陈名夏外，还专门弹劾洪承畴“不请旨私送其母回闽”。
张煊为什么对陈名夏、洪承畴等意见这么大呢？陈名夏的确有些事办的不怎么样，可以让人弹劾，而洪承畴一向为官谨慎，能让人抓到把柄的问题并不多。张煊所以弹劾他们，还是因为这两个人做了不利于他的事。前面说到洪承畴任都察院左都御史时，将都察院官员一一甄别，分为六等、分别予以差用：内升、外升、外调、降用、革职。当时张煊正在都察院掌计册，洪承畴将他列为外升人员。
洪承畴这些做法，必然要同吏部尚书陈名夏商议，而张煊并不愿外升，所以自然对陈、洪二人都有意见。他参劾陈名夏最主要的问题是“结党行私，铨选不公”，在他眼里，洪承畴自然是和陈名夏一党的。不过他在弹劾陈名夏、洪承畴的时候，并无一字提到他自己的外升问题，大约是不好启齿，也没有理由启齿吧。张煊上疏时，顺治帝正在外出狩猎，职掌吏部的巽亲王满达海，看到疏文后，经审理，一般属实，他认为此事关系重大，急忙派人飞驰奏闻顺治帝。满达海是努尔哈赤次子代善的儿子，为官较为正直。顺治帝知道后匆匆返京。同时，满达海命人拘禁了陈名夏和洪承畴，拨兵看守，并让诸王和各部大臣等在朝廷上讨论这个案子。
正在这时，满人吏部尚书谭泰，站出来咆哮朝廷，为陈名夏说话。诸王大臣惧怕谭泰的强暴，有的随声附和，有的一言不发，结果，就以谭泰的意见作为结论。谭泰原是皇太极的宠臣，后来逐渐骄纵。多尔衮当政时，为多尔衮器重。顺治帝亲政以后，明知他谄附多尔衮，但为使政局稳定，有意隐而不发，反授他为吏部尚书。谭泰藐视顺治帝年轻，专断独行。陈名夏虽也是吏部尚书，但当时汉官实际比满官地位低，陈名夏又善于同满人处好关系。而且，张煊弹劾陈名夏的疏文中说他提拔资浅的陈之遴，实际并非陈名夏提拔，而是谭泰推荐提升的，结论报到顺治帝面前，顺治帝先看张煊的疏文，见告陈名夏的罪状多至十条，也很吃惊。谭泰又挺身向顺治帝说：
诸款多属赦前，且有不实。煊向为御史不言，今言于外转之后，心怀妒忌，诬蔑大臣，张煊应论死。
他的意思是说，张煊所论陈名夏的罪状，有的是虚言，有些是降清以前时事，而且，这个疏文是在确定他外转之后，自然是有私心的，应当处死。顺治帝见大臣也都同意这个结论，就应允了。洪承畴被拘禁以后，一面“以送母回闽未明奏，自引罪”，一面对火神庙与陈名夏等密议的事，加以解释。他说，所谓的密议，“皆御史因甄别商酌应差用及升调革降者也”。陈名夏也做了一番申辩和解释。结果，顺治帝免了陈名夏、洪承畴等人的罪，而处死了张煊。
但是，谭泰此后更加专断，顺治帝对他深恶痛绝。到顺治八年八月，顺治帝下令逮捕谭泰，并很快将他处死。处死谭泰以后，顺治帝考虑到张煊当时告陈名夏的条款很多，将他处死是否有冤枉之处？于是，他又令将张煊的条款和陈明夏、洪承畴二人交给郑亲王济尔哈朗和承泽亲王硕塞以及内院刑部大臣再次审理。审理的结果，由于陈名夏的一些罪状是事实，而他在受审时，先是“厉声强辩，闪烁其词”，及至后来“诘问词穷，乃哭诉投诚之功”，这给顺治帝的印象极坏，“朕始知名夏为辗转矫诈之小人也”。于是，将陈名夏革任，发正黄旗汉军下，同闲散官随朝。不过，顺治帝对他仍十分宽大，“其官品俸禄仍旧”。
洪承畴在二次受审中，与陈名夏的态度全然不同，“承畴招对俱实”，也就是说，他是实事求是地回答的，既没有强辩、躲闪，也没有哭诉、乞求，只是对私自送母亲回闽的事，又一次引罪。顺治帝对洪承畴的这种态度是满意的，所以从轻发落，下旨曰：
洪承畴火神庙聚议，事虽可疑，实难悬拟；送母归原籍虽不奏私遣，然为亲甘罪，情尚可原。姑赦其罪，仍留原任，以责后效。
洪承畴的这场官司总算到此结束了。他虽没有受到任何处分，但经受的风险也不小，这件事够他后半辈子吸取教训的。那个冤死的张煊，总算得到昭雪，他的后代也得到抚恤。
不过，陈名夏并没有从中吸取多少教训，尤其是1年以后，他复补任秘书院大学士，不久，恢复了他的吏部尚书职位，渐渐地他又飘飘然起来。陈名夏竟在顺治十年（1653年）四月，联合陈之遴、金之俊等28名汉官上书，为陕西的一个总兵任珍辩护。不论上书内容如何，仅以能联合汉官28人共同上书这件事，在顺治帝看来，就显然是结党行为。于是，顺治帝令大臣聚集午门外，议处陈名夏等人的罪状，议论结果是：
名夏、之遴屡获大罪，俱蒙恩留用，今复巧为欺蒙，俱应论死。
这次参加议处的大臣，以满臣和汉臣中的北方人为主，他们早对恃才倨傲的陈名夏等人不满，欲乘此机会将为首的几人置于死地，是必然的，对其余人的惩处也以严为主。这个处罚结论报给顺治帝，顺治帝没有同意这样严厉的处罚，他下达的旨意是这样的：
陈名夏、陈之遴、金之俊等深负朕恩，本当依拟，姑从宽典，著各削去官衔二级，罚俸一年，仍供原职。陈名夏著罢署吏部事，自今以后，从新省改。
顺治帝这样处理，应当说是比较宽大的。这大约由于考虑到涉及的汉臣比较多，那时候清朝入关不过10年，官吏缺乏，人心并未完全归附，团结汉臣以巩固清朝统治还十分必要；而且，这件事只反映了满族大臣和汉臣之间的矛盾，不像多尔衮的问题危及他的统治；再有，陈名夏等人的确有才，而顺治帝仰慕中原文化，偏爱才子，史载，顺治帝常找陈名夏谈论天下治道，而能得到满意的答复。
洪承畴没有卷入到这个案件之中，尽管他和陈名夏的关系很好，但前次因张煊状告陈名夏和他结党而受拘禁审问的事，仍然心有余悸，处处谨慎小心，不敢再与陈名夏等南官为伍。所以，这次陈名夏联系的27名汉官中，并没有洪承畴。而且，在此之前，顺治帝同洪承畴等谈论过满汉官之间的问题，等于提醒洪承畴对满汉官之间的矛盾应当注意，这次谈话是在顺治十年（1653年）二月初九。
那一天，顺治帝来到内院，看到一个条议，是少詹事李呈祥写的，内容是：
部院衙门，应裁去满官，专任汉人。
顺治帝看后大不以为然。尽管他比较重用汉官，在刚林等满官内院大学士因多尔衮案件被处死以后，内三院的满族大学士只剩下富察氏额色黑一人，而且，汉官在六部的势力也越来越大，一些汉官对满官的特权产生不满，像工科副理事汉官祁通格，就在这一年二月初，接连上疏，指责对待满汉官“其法不一”，具体指“今汉官有罪，或革、或降、或罚，其法甚备”，而满官有罪，就不是这样。他又举出：
满汉职官有犯，应鞭责、板责者，准与折赎。但汉官板责折赎，在革职之后；满官鞭责折赎，照旧办事。
因此，他提出对满汉官应当“立一体之法”，也就是应当平等对待，应当取消满官的特权。对此，顺治帝没有表态，只令有关部门详细研究。但看了李呈祥的这份条议，顺治帝忍耐不住了，从心灵深处看顺治帝并没有完全摆脱满洲贵族对汉人根深蒂固的猜忌和防范。触及到这类问题，他还是很敏感的。汉官祁通格的上疏，他没有表态，实际也是一种态度。不过，由于祁通格所提的意见有一定道理，他不好批驳。然而，李呈祥公然提出部院衙门，裁去满人，专用汉官，是赤裸裸的排挤满官，作为以满洲贵族为核心的清王朝最高统治者，当然不能容忍。他当即对大学士洪承畴、范文程、额色黑、宁完我、陈名夏等人说：
李呈祥此疏大不合理。夙昔满臣赞理庶政，并畋猎行阵之劳，是用得邀天眷大业克成，彼时可曾咨尔汉臣而为之乎！朕不分满汉一体眷遇，尔汉官奈何反生异意？若以理言首崇满洲，固所宜也。想尔等多系明季之臣，故有此妄言尔。
在场的洪承畴等汉人大学士听了很不是滋味，就向顺治帝表示：“臣等无以仰答圣谕矣。”
他们这样回答，无非表明，李呈祥的意见并不代表他们。
顺治帝发怒，满官立即行动起来，都察院副都御史宜巴汉等人，马上弹劾李呈祥：
讥满臣为无用，欲行弃置；称汉官为有用，欲加专任，阳饰辨明，阴行排挤。
于是，顺治帝革去李呈祥的职务，交刑部议处。刑部议处的结果，应当处死，顺治帝令免死，流徙盛京。这件事自然加剧了满汉大臣之间的矛盾，但对为官谨慎的洪承畴来说，又是一次重要的警钟，提醒他不要卷入满汉大臣之间的斗争。
就在李呈祥事件几天之后，顺治帝去内院，看到吏部侍郎孙承泽奏疏，内容是保举大学士陈名夏兼管吏部尚书，并说陈名夏“前任吏部，颇能持正”。顺治帝看后不以为然，他认为孙承泽原系陈名夏的部下，来推举本部尚书，“有乖大体”，更重要的是他认为孙与陈关系好，陈任尚书，对孙有利，这种推举实际仍有结党的嫌疑。因此，顺治帝立即对洪承畴、范文程、额色黑、宁完我、陈名夏等人说：
朕见承泽此疏，洞其隐徽，代为含愧。彼意允其所请，而用名夏，则与彼有利；如不允所请，又将使朕猜疑名夏也。
当然，顺治帝的话没有点明孙承泽举陈名夏结党之嫌，但却说明如他同意孙的推举，等于迁就了孙从私利出发的举荐；如不同意，又给人造成他对陈名夏的猜疑。这就是说孙承泽给他出了个难题，顺治帝虽然年轻，但也还是很有办法的。他当着陈名夏的面，就摊了牌，等于明确表示，这样的推举，他不能接受。但紧接着，他在说完上述话之后，又对陈名夏说，“尔可毋疑惧”。这样一来，又使陈名夏不太难堪。
第二天，顺治帝仍去内院看奏章以及明朝万历年间的史书，然后又对洪承畴等几位大学士谈到孙承泽的奏疏：
六部大臣，互相结党，殊不合理，止宜为君、为国，秉忠持义，善善恶恶为是。
在场的大学士包括陈名夏在内，都点头称是。这次顺治帝明确点出孙承泽的奏疏是一种结党行为，不过他说的缓和，是从正面教育入手来谈的。到第三天，顺治帝来内院看奏章，就看到了孙承泽的认罪奏疏。他肯定了孙承泽认罪的态度，并且说，这样事情就好了结，但如果“以非为是，强自置辩，获罪滋大，则结案难，承问官亦难也”。顺治帝这话虽说是针对孙承泽的认罪疏说的，实际是说给在场的洪承畴等大学士听的，尤其是说给陈名夏听的。因为张煊状告陈名夏时，陈名夏不是认罪的态度，而是“厉声强辩，闪烁其词”，结果被革任。顺治帝对孙承泽推举陈名夏虽然不满，但在几天之后，仍任命陈名夏为吏部尚书，从这里看出，顺治帝对陈名夏的赏识。不过，陈名夏对顺治帝的一再提醒并没有引起重视，结果如前所说，仅仅两个月以后，他又联名上书，捅了大娄子。
洪承畴同陈名夏相比，老成持重，对于顺治帝的话都能听进去，行事也很谨慎，没有再卷入“满汉之争”。基于这个原因，顺治帝对他很满意，并在陈名夏等28人案子了结以后，命他和大学士范文程、额色黑召集陈名夏等28人，于午门宣读谕旨：
尔等得罪，悉由自陷其身也。初议错误，则亦已尔，及再三申饬，即当省改，岂可仍行混议。凡事会议理应画一，何以满汉异议？虽事亦或有当异议者，何以满洲官议内无一汉官；汉官议内无一满洲官，此皆尔等心志未协之故也。本朝之兴，岂曾谋之尔汉官辈乎；故明之败，岂属误于满官之言乎！奈何不务和衷，而恒见乖违也。自今以后，务改前非，同心图效，以副朕眷顾之意。不然，朕虽欲尔贷，而国法难容。至于都察院、科道等官，职司言路，见有如此乖戾者，亦当即行纠弹。
顺治帝让洪承畴等满汉3位大学士去宣谕，除表示对洪、范二人的信任、重用外，还有希望陈名夏等向他们学习的意思。当然，更重要的是通过这件事，希望满汉大臣团结。这道谕旨自然主要批评汉官，甚至直言不讳地说清朝的兴起，完全是满官的功劳，这当然不那么实事求是。清朝的兴起，满洲贵族的确起了核心作用，然而如果清朝不任用汉官、不采用中原先进的统治措施，那么，清朝入关，以致入关后的统治，都将是不可能的。但是，顺治帝又指责了满官也有“心志未协”的问题。因此，这遵谕旨，又是对满汉大臣共同的要求，在汉臣中，洪承畴可算是能与满官合作的一个。
应当说洪承畴二次入京供职，无论是多尔衮，还是顺治帝，都很赏识他的忠心、才干和为人。尤其是顺治帝，对他十分信任，凡洪承畴举荐的人，几乎都任用无疑，像户部侍郎孙延銈、太仆寺卿卫周柞、顺天府丞魏琯以及都察院右佥都御史佟国器等，甚至包括地方大员广东广西总督李率泰，等等，都是洪承畴推荐的。而洪承畴的所作所为，也值得顺治帝信任。正由于如此，在清朝统治向全国发展的过程中，又一次面临抗清运动高潮的新危机时候，顺治帝再次请洪承畴南下，以力挽狂澜。
从顺治五年（1648年）至顺治十年（1653年）五月，在这5年中，洪承畴所起的作用要比前次入京佐理机务的作用更大。但也有个过程，他二次入京的时候，恰恰是前面提到的两件涉及他本人的案件之后，尽管朝廷仍然信任他，但这两个案子多少对他有些影响，洪承畴并没有因在江南为清廷建树功勋而升迁。他回到京城虽然受到皇帝、太后的热情款待，但仍是原官原职。第二年，多尔衮任命洪承畴和范文程、刚林、祁充格、冯铨、宁完我、宋权，一同充任《太宗文皇帝实录》一书编纂的总裁官。
多尔衮在百务繁忙中，亲自过问“太宗实录”的编纂，是有政治目的的，那就是希望按照他的意思来剪裁史料。他命令总裁官刚林从太祖实录里，删去多尔衮生母、太妃纳喇氏不愿殉葬的记载。刚林同范文程和祁充格一齐把这一部分内容抹去。刚林等人为编太宗实录，还将在盛京时所录的太宗史册的内容加以增减；对多尔衮所做的一些不好的事，也没有写入史档。编纂的工作刚开始不久，多尔衮就去世了，很快又被指控谋逆，这项工作不得不停顿下来。
多尔衮在世时重用的刚林等人，均受到牵连，删改太宗实录和增减太宗史册，自然成为他们的罪状。这个权重一时的文臣领衔大臣刚林，虽然为官廉洁奉公，很有才干，只因受到多尔衮的荣宠，以所谓的密谋叛逆罪被处死。总裁官里的祁充格也被处死，只有范文程因多尔衮对他的疏远，得到顺治帝的保护，“仍留原任，前所行情罪已结，今后于委任职掌，当矢忠报效”。这次政治动荡波及编纂太宗实录的班子，为首的刚林、祁充格已经处死；受多尔衮宠信的冯铨，也在顺治帝亲政后对多尔衮势力的清洗中，被赶出了朝廷；洪承畴虽受多尔衮重视，但看来并未卷入这场政治斗争。不过编纂班子主要人员死的死，走的走，编纂工作不能继续进行。
到顺治八年（1651年）底，弘文院大学士希福又奏请编纂“太宗实录”，得到顺治帝的许可。希福是个有文才的满洲儒臣，兼通满、汉、蒙古三种语言。皇太极时，就以内院大学士参与翻译、编纂史籍的工作，只是由于多尔衮与满洲贵族争权，希福成为牺牲品，不仅没被任用，还被废黜了6年。直到顺治帝亲政，重新任命他为弘文院大学士。顺治九年（1652年）正月，顺治帝又一次命纂修“太宗实录”并重新任命编纂班子。
这次修纂与前次相比主要是班子的变化，两个班子都有的总裁官只有3人，即范文程、洪承畴和宁完我。而在这三人中，只有洪承畴一人没有涉及这场政治风波。当然，这个班子组成后1年多，洪承畴又一次被调往南方，也就没有再参加“太宗实录”的编纂工作。
除了编书，洪承畴还在顺治六年（1649年），做了会试的正考官。满洲贵族为了笼络和收买汉族地主知识分子，早在皇太极后金天聪三年（1629年），就开始在境内施行科举考试。崇德三年（1638年），清朝录取的举人有10名。清初缺少文官，中举的多被授官任职。清朝入关以后，为了消除读书人的反清情绪，更为了健全从中央到地方各级统治机构的需要，顺治帝于北京登基的诏书上，就定下了乡试和会试的时间。
此后，清初的不少汉臣，都一再提醒满洲最高统治者，要倡导科举使“读书者有出仕之望，而从逆之念自息”，这是“不劳兵之法”。
洪承畴本人是进士出身，自然也积极倡导科举，加之学识渊博，清朝统治者就令他担任会试的正考官。入关以后，清朝首次会试在顺治三年（1646年）二月，中试名额为400人。明代的科举，一般取300人左右，清初为收拢人才，增加了100名。原定顺治六年为第二次会试，为了广招人才，又于顺治四年增加了一次会试。所以，顺治六年的会试已是第三次了，中试名额仍为400人。这次考中的进士，著名的有：左敬祖、吴正治、汤斌、熊伯龙、郝浴、李本晟、王清、曹本荣、张士甄、马绍曾、施闰章，皆一时贤才。
这些进士经过殿试分为三甲，全部授官，一甲的授翰林院官，二甲的分授参议，三甲全授知府。那时两广初定，三甲的知府都分到两广等省补用。
回京以后，洪承畴任职的态度仍然是积极的，他时常上疏提出有利于治国安邦的各项建议。如，那时由于清统治者实行民族压迫政策，加之清初经济凋敝，各地人民的反清情绪高涨。尤其是顺治五年、六年的大同总兵姜瓖起兵反清，引起山西大部分和陕北一些地区的响应，波及面广，距清朝的统治中心又近，真可说京城之外烽火连天了。顺治六年（1649年）八月，尽管姜瓖的反清主力被镇压下去，但是，他的支持者仍在各地广为活动。洪承畴看到这种形势，提出加强京畿地区巡缉的建议。
在这段时间里，洪承畴上疏中影响较大的，是提出了选官的保举连坐法。清初从中央到地方缺官现象严重，多尔衮等清朝统治者，急于健全各级官僚机构，使国家机器能够正常运转起来，因此选官的范围比较广泛，对明朝降官，基本上是原官供职。多尔衮明确主张不必苛求，只要愿为清廷效力，都可委任。这样一来，不免泥沙俱下，鱼龙混杂，像福建的巡按周世科，倚仗自己是关外旧人，到地方上为非作歹，导致福建人民被迫起而反抗。像类似的事，不只一件。针对这种现象，洪承畴指出任官不能贤愚不分，尤其是封疆大吏，要用得其人。为此他提出了保举连坐法：
平治天下之道，在于各省督抚总兵，俱得其人。然人才难得，知人亦不易。旧时会推，原有成例。正为一人见闻有限，必合众论乃为无私。今欲用得其人，宜实行保举连坐之法。如督抚、总兵员缺，令吏、兵二部满汉堂官详加评注，自书姓名保举，再以咨询左右大臣，议论相合，方行点用。俟后有功效，保举者受荐贤之赏；若旷职偾事，保举者受妄昧之罪。庶封疆、民生，两有攸赖矣。
洪承畴的这个办法，可以促使举荐的人慎重行事，也可以在一定程度上避免滥荐亲信、门人，而不论品德才能。他的这个建议得到多尔衮的赞同，立即以皇帝圣旨下达：
以后用督抚镇，著内院九卿会推。若有独知灼见，情愿保举者许自行保举，得人者，升赏；误举者，连坐。
这种保举连坐法，不仅顺治时采用，康熙、雍正年间也仍然实行。
就在洪承畴二次入京佐理机务期间，满洲最高统治者政局发生了一次重大变化，这变化始于多尔衮的病逝。自多尔衮率清军入关，扶植顺治帝在北京二次登基，从而开创了清王朝统治中国的基业以后，多尔衮纵横捭阖，全力谋划统一中国。在他的指挥下，清军兵锋所至，势如破竹，很快席卷了大半个中国，在胜利的欢呼声中。多尔衮的权力和威望扶摇直上。顺治元年（1644年）十月，顺治帝在北京进封多尔衮为“叔父摄政王”；顺治二年十一月，又进封为“皇叔父摄政王”；顺治五年（1648年）十一月，又被尊为“皇父摄政王”。多尔衮一时大权在握，关内外大臣只知有摄政王。为了他工作方便，甚至连皇帝的印玺也放在他家。他和两个兄弟英亲王阿济格、豫亲王多铎，掌握了正白、镶白和正蓝三旗，还分化、拉拢两黄旗的许多大臣。多尔衮在皇太极死后，顺治帝亲政以前，实际上享有皇帝的尊荣和权力。
为了加强中央集权，在满洲贵族争夺权力的斗争中，他罢黜了和他共同辅政的郑亲王济尔哈朗，囚禁和除掉皇太极的长子、争夺帝位的肃亲王豪格。多尔衮进一步又限制和削弱满洲诸王的权力，罢诸王兼理政务的权力，各部的事务由各部尚书掌管，各部尚书直接听命于摄政王。多尔衮把皇太极时期加强中央集权的措施，通过改革政体，实行明朝官制，提倡汉文化等，又向前推进了一步。不过，这样做的结果，加剧了他和周围一些满洲贵族旧势力的矛盾，同时，也加剧了满洲贵族之间的权力之争。清朝统一战争取得的巨大进展，暂时掩盖了这些矛盾和斗争。正当多尔衮的权势达到登峰造极的时候，顺治七年（1650年）十一月，由于出边围猎，多尔衮突然发病，摔下马来，到十二月上旬，竟然在喀喇城一命呜呼，年仅39岁。顺治帝为多尔衮举行了隆重的国葬，追尊他为“诚敬义皇帝”，荣尊一时。
可是，很快，满洲贵族内部的夺权之争就爆发了。先是多尔衮的亲哥哥英亲王阿济格被议罪幽禁，赐死狱中，他管辖下的牛录，全部归到顺治帝的两黄旗之下。那时候，豫亲王多铎已死，阿济格是多尔衮势力的唯一支柱。而阿济格一死，多尔衮一派就没了依靠。
接着，13周岁的顺治帝，于顺治八年（1651年）正月，在太和殿举行亲政大典。他表现得很谦虚，尊重诸王大臣，有礼贤下士的风度，与多尔衮的独断专横形成鲜明对比。当然，他对多尔衮的专权早就不满，决心摆脱权臣的控制。诸王大臣中不少人对多尔衮也很不满。清除多尔衮势力，就成为当务之急。在多尔衮去世两个多月以后，他的反对派先拿正白旗的骨干罗什等5人开刀，将他们革职为民，就在同一个月，多尔衮又被告为“谋篡大位”。顺治帝公布了多尔衮的罪状，并掘坟鞭尸。显然，顺治帝这样对待多尔衮是不太公平的。不过，这是出于政治斗争的需要。事实上，多尔衮的反对派，政治上是保守的，以和硕郑亲王济尔哈朗等为首的这派势力抬头以后，不久就恢复了诸王管理六部部务的旧制，对多尔衮重用的满汉官员，如在接受汉族文化制度方面较为开明的大学士刚林等，均以各种罪名处死或革职，并从总体上表现出对汉官的排斥。
然而，清朝要统治全国，就不能不适应先进地区经济、政治和文化的发展状况，也不能不笼络汉族的上层人物。年轻的顺治帝头脑比较清醒，比一般少年早熟得多。他吸取以往多尔衮专权的教训，很快就亲手掌握起日常政务，并力图摆脱济尔哈朗对朝政的干预。他继承多尔衮的政策，不顾满洲大臣的反对，仍然重用汉族官吏，提倡汉文化，继续进行政治、经济方面的调整和改革。
在这场满洲贵族内部的政治斗争中，汉族大臣本来就涉及的很少，对个别受牵连的人员，顺治也没有深究。如前述刚林删改太祖实录的案子，曾涉及了范文程，顺治帝只令夺其官赎罪，随后又在当年恢复其原官。至于洪承畴，虽然受到了多尔衮的重视和荣宠，但由于在多尔衮身边工作的时间不长，又是个汉臣，加之洪承畴本人为官经验丰富，也比较清正，不会轻易地依附于某个人或某个派系。因此，他算不上多尔衮的亲信，也就没有受到牵连。相反，顺治帝在接受汉文化制度方面，比他的前人又进了一步。汉族大臣在内三院和六部等中央政府机构里得到了发展，大学士里的满族人选，一度只剩下额色赫一人，六部中的要害，吏部、户部和兵部，也任命汉臣做尚书。在这种形势之下，洪承畴也得到了重用。
顺治八年（1651年）二月，“以大学士洪承畴管都察院左都御史事”。都察院是国家的最高监察机构，明清以前称“御史台”，明朝洪武十五年（1382年），改为“都察院”。清仿明制，皇太极改国号为清，始设都察院。顺治初年，对都察院的职责规定为：
凡朝廷政事得失，民生利弊，以时条上，百官有奸赍、劣绩，亦得据实纠弹。
也就是说，都察院是“掌察核常官，整饬纲纪”的机关。左都御史是都察院的主管官员，品级定为正二品。其时，都察院汉臣左都御史是徐起元，顺治帝认为他不称职，就将他调离。左都御史的汉臣一时缺额，在没有物色到合适人选之前，出于对洪承畴的信任，就让他兼管左都御史事，直至这一年八月，才起用赵开心为左都御史。
清初的吏治与明末相比较好一些，注重选人。当然，由于入关以后，清从中央到地方各级政府缺乏官吏，于是大量录用明朝降官，这就造成官员的成分复杂，贪官也多了起来。而都察院是考察官吏的机构，因此，都察院官吏清廉称职与否，关系重大。为此，洪承畴上任以后，首先就甄别都察院的台员，经甄别后，能用的用，该升的升，该降的降，该革职的革职。这次甄别和处理的结果，得到朝廷的批准和好评。
接着，洪承畴在都察院贯彻顺治帝关于严惩贪官的谕旨。顺治帝的谕旨说：
朝廷治国安民，首在严惩贪官。欲严惩贪官，必在审实论罪……凡贪婪官员，一挂弹章，必非完璧，或降、调、闲散，或勒令休致，皆不得仍还原职。从前参问贪官，姑照恩赦月日，免罪追赃，自今颁谕之后，大贪官员问罪至应死者，遇赦不宥。在内该部院，在外督抚、巡按，刊刻告示，晓谕各司道、府、州、县，实力遵行。
顺治帝的谕旨主要的意思就是，凡贪官无论罪大罪小，均不得还原职，而且要求那些审问贪官的官员，必须照实情上报，上报不实的，要追究其罪；如审问官员受贿而为受审者开脱，也要受到处罚。对大的贪官判死罪的，即使遇大赦，也不宽恕他们。都察院完全贯彻了顺治帝这道谕旨，从而有利于清初官吏的清廉。
这一年三月上旬，在洪承畴的筹划之下，都察院又规定了御史巡方之制。为了能使都察院派出的御史到各地工作收到好的效果，洪承畴等都察院的主要负责人认真研究了巡视时需要注意的事，规定了5条，从这5条内容看：
一、规定了派往各地御史的数额，但由于当时御史数量不足，只能对那些最需要的地方先派。
二、规定了严格的出差期限及要求。要他们奉旨后，就像考官一样，在门上贴出回避不见客，不收条子，不得接受送来的书办、差役，不能参加宴会或饯行之类的活动。总之，在出发前，要断绝一切贿赂与私人托嘱的可能性。出差的期限规定得很严，要求接旨以后，三天就从都城出发，沿途不得任意停留，不得接受私人递的条子或赠送的礼物。到达目的地，也同样不得接受馈赠。这样才是真正明廉而有威信的御史。还要求御史不许到朝廷大臣的私宅去，以免生嫌疑。如有御史违背这些规定，都察院会首先参奏，绝不包庇。
三、规定御史到达目的地，只许带极少数的随行人员，其余人员衙役，由当地提供。这些人员衙役，待御史巡视完毕，就仍回原单位供职。这样也可以免去不少弊病。而在此之前，御史每到一个地方，设中军收听用等官，这些人内外相通、贿赂，肆无忌惮。地方各级政府为了能让御史说他们的好话，事先为御史铺设准备，馈赠御史银钱。这笔钱从哪儿来？结果还是百姓受害。为此，都察院请求按照新的规定去做，如有御史仍然依以往的办法下去，几个月后让都察院得知，就要请旨将这样的御史撤回查办。
四、规定每派一个御史到一个地方出差，都要立一册，记载这个御史出发日期和到达目的地的日期，以及这个御史上报的公文，都要挨日登记在册。都察院的负责人要亲自查看，并加以品评。对民间疾苦，地方利弊，御史有没有上疏，上疏的详细妥当与否，疏中有没有参劾有问题的官员，参劾之中有没有大的贪官、恶官；还是只参劾无关紧要的，或是一两个州县官，以敷衍塞责，而不去碰大官或地方高级机构。对这些，都要一一写入册子，使这个御史的工作能够一目了然，不等这个御史出差期满，就可以对他的工作，奏请定夺。
洪承畴说当前一些御史对国计民生漠不关心，也不上什么关系紧要的条陈，甚至以不上疏为好。而且，这些御史所举报的事，并没有经过自己的认真察访，只是凭着地方报上来的，是好是坏也没有个凭证。由于贿赂的关系，常常是贪官反不被举报，而只举报衙门小官，甚至是一些衙役，以此来混淆朝廷视听。他认为，立册的办法，就可以杜绝御史下去不负责任的状况。
五、关于任差的期限，洪承畴认为，一年一任差，地方送往迎来的事未免太多。为此议定，大差、中差，以1年6个月为期限。对于派出的御史，都察院负责人要认真察访，发现能安定民心、声望高的，应当立即请旨嘉奖，也不一定非等任差到期；发现不遵守规定、玩忽职守的，不到任差期限，也应立即请旨将他撤回来，再另选合格的去，到期不回的，也要受到参劾。
疏稿的最后说明，都察院主要负责人议决的这几条，刻不容缓，对与不对，立即上疏。这些都是当前最紧要的事，希望皇上能很快给回音，好严令诸御史振作精神，力行整顿“从前之旧习，作今日之新型”。由此不难看出洪承畴在都察院的任上，力主除旧布新，以清廉吏治，其目的还是为了巩固清朝统治，同时，可以起到使御史关心百姓疾苦，并使百姓不受其害以安民的作用。从这点看来，他所提的这些改革措施，在当时还是有利于社会和百姓的。
这个疏奏，很快得到顺治帝的赞同。他于5天以后，谕令出差御史应当严格按都察院规定办事。洪承畴关于吏治的思想有利于巩固中央集权和廉政措施，所以得到顺治帝的支持。这也是洪承畴在顺治帝亲政以后，得到重用的原因。
顺治帝亲政时期，统治阶级内部的矛盾还是很激烈的。前边说到由于多尔衮的去世，满洲贵族相互倾轧，斗争很激烈，经过一番较量，守旧的济尔哈朗等满洲贵族占了上风，控制了议政王大臣会议。但是，顺治帝自幼倾慕中原文化，守旧的满洲贵族，并没有达到排斥汉臣的目的，恰恰相反，汉臣更加受到顺治帝重用，其势力在中央的内三院和六部中，不断得到发展。这样满汉大臣之间的矛盾有增无减，同时，汉族大臣内部也产生了矛盾。
顺治帝亲政时，清军已经占领江南广大地区，江南的明朝官员已有不少人陆续降清。经过相互推荐，大批江南汉臣进入清朝政府。他们之中，不少人很有才华，很得顺治帝宠信。他们用人时一般偏爱江南籍故人，这就同满洲贵族以及北方籍的汉官有了矛盾。虽然没有形成像明末那样剧烈的党争，但以冯铨、宁完我为首的“北党”和以陈名夏为首的“南党”之间存在着明争暗斗。洪承畴本是江南人，由于出任招抚江南总督，推荐的江南明朝降官不少，同陈名夏、陈之遴等关系也不错，自然有南党的嫌疑。不过，他是入关前降清的，同北党中的宁完我、冯铨等共事的时间较长，所以，他在南北汉臣斗争中，处于一种微妙的地位。尽管如此，一开始，他还是被卷入了这场斗争。这场斗争始于张煊参劾陈名夏。
顺治八年（1651年）五月，河南道御史张煊上书参劾吏部尚书陈名夏十罪、两不法，其中一些条文涉及洪承畴。具体有以下几条，一条是：
名夏拟太仆寺卿，舍傅景星三年俸满之左通政，而越升黄微胤一年俸浅之少卿，微胤为洪承畴姻亲，任意迎合。
陈名夏当时任吏部尚书，权势很大，对中央京师内外各衙门的文职官员，有提名的权力。因此，像拟定太仆寺卿由谁出任，也是吏部尚书来提名。陈名夏在这项提名中，提了资历浅的黄徽胤，而舍去了资历长的傅景星。在封建社会论资排辈的铨选制度中，自然会惹来非议。不错，黄徽胤是洪承畴的姻亲，前面说到陈名夏同洪承畴关系也不错，而洪承畴当时在朝廷的地位、声望都高于陈名夏，所以张煊可以把越级提升黄徽胤，作为陈名夏迎合洪承畴的一条罪状。还有一条罪状是：
江南督学御史李嵩阳，两经科臣魏裔介纠参，物议沸腾，名夏以钟爱门生，私嘱洪承畴曲意保全，把持计典。
大约还是由于陈名夏与洪承畴的关系好，所以，陈名夏才私嘱洪承畴保全他的门生李嵩阳。至于李嵩阳该不该保全、如应当保全、洪承畴也保了；无论对陈名夏还是对洪承畴来说，就不能算什么问题了。张煊疏文中，最后的一件事有点吓人，内容是：
又名夏与洪承畴、陈之遴于火神庙屏左右密议，不知何事。
如果这条没有最后4个字，那问题就严重了，但因为有了最后4个字，就说明张煊只是听说他们都去过火神庙，而谈什么并不知道，仅就都去过火神庙密议，还不能说明什么问题，只是引起朝廷的怀疑罢了。张煊在疏文中，除主要弹劾陈名夏外，还专门弹劾洪承畴“不请旨私送其母回闽”。
张煊为什么对陈名夏、洪承畴等意见这么大呢？陈名夏的确有些事办的不怎么样，可以让人弹劾，而洪承畴一向为官谨慎，能让人抓到把柄的问题并不多。张煊所以弹劾他们，还是因为这两个人做了不利于他的事。前面说到洪承畴任都察院左都御史时，将都察院官员一一甄别，分为六等、分别予以差用：内升、外升、外调、降用、革职。当时张煊正在都察院掌计册，洪承畴将他列为外升人员。
洪承畴这些做法，必然要同吏部尚书陈名夏商议，而张煊并不愿外升，所以自然对陈、洪二人都有意见。他参劾陈名夏最主要的问题是“结党行私，铨选不公”，在他眼里，洪承畴自然是和陈名夏一党的。不过他在弹劾陈名夏、洪承畴的时候，并无一字提到他自己的外升问题，大约是不好启齿，也没有理由启齿吧。张煊上疏时，顺治帝正在外出狩猎，职掌吏部的巽亲王满达海，看到疏文后，经审理，一般属实，他认为此事关系重大，急忙派人飞驰奏闻顺治帝。满达海是努尔哈赤次子代善的儿子，为官较为正直。顺治帝知道后匆匆返京。同时，满达海命人拘禁了陈名夏和洪承畴，拨兵看守，并让诸王和各部大臣等在朝廷上讨论这个案子。
正在这时，满人吏部尚书谭泰，站出来咆哮朝廷，为陈名夏说话。诸王大臣惧怕谭泰的强暴，有的随声附和，有的一言不发，结果，就以谭泰的意见作为结论。谭泰原是皇太极的宠臣，后来逐渐骄纵。多尔衮当政时，为多尔衮器重。顺治帝亲政以后，明知他谄附多尔衮，但为使政局稳定，有意隐而不发，反授他为吏部尚书。谭泰藐视顺治帝年轻，专断独行。陈名夏虽也是吏部尚书，但当时汉官实际比满官地位低，陈名夏又善于同满人处好关系。而且，张煊弹劾陈名夏的疏文中说他提拔资浅的陈之遴，实际并非陈名夏提拔，而是谭泰推荐提升的，结论报到顺治帝面前，顺治帝先看张煊的疏文，见告陈名夏的罪状多至十条，也很吃惊。谭泰又挺身向顺治帝说：
诸款多属赦前，且有不实。煊向为御史不言，今言于外转之后，心怀妒忌，诬蔑大臣，张煊应论死。
他的意思是说，张煊所论陈名夏的罪状，有的是虚言，有些是降清以前时事，而且，这个疏文是在确定他外转之后，自然是有私心的，应当处死。顺治帝见大臣也都同意这个结论，就应允了。洪承畴被拘禁以后，一面“以送母回闽未明奏，自引罪”，一面对火神庙与陈名夏等密议的事，加以解释。他说，所谓的密议，“皆御史因甄别商酌应差用及升调革降者也”。陈名夏也做了一番申辩和解释。结果，顺治帝免了陈名夏、洪承畴等人的罪，而处死了张煊。
但是，谭泰此后更加专断，顺治帝对他深恶痛绝。到顺治八年八月，顺治帝下令逮捕谭泰，并很快将他处死。处死谭泰以后，顺治帝考虑到张煊当时告陈名夏的条款很多，将他处死是否有冤枉之处？于是，他又令将张煊的条款和陈明夏、洪承畴二人交给郑亲王济尔哈朗和承泽亲王硕塞以及内院刑部大臣再次审理。审理的结果，由于陈名夏的一些罪状是事实，而他在受审时，先是“厉声强辩，闪烁其词”，及至后来“诘问词穷，乃哭诉投诚之功”，这给顺治帝的印象极坏，“朕始知名夏为辗转矫诈之小人也”。于是，将陈名夏革任，发正黄旗汉军下，同闲散官随朝。不过，顺治帝对他仍十分宽大，“其官品俸禄仍旧”。
洪承畴在二次受审中，与陈名夏的态度全然不同，“承畴招对俱实”，也就是说，他是实事求是地回答的，既没有强辩、躲闪，也没有哭诉、乞求，只是对私自送母亲回闽的事，又一次引罪。顺治帝对洪承畴的这种态度是满意的，所以从轻发落，下旨曰：
洪承畴火神庙聚议，事虽可疑，实难悬拟；送母归原籍虽不奏私遣，然为亲甘罪，情尚可原。姑赦其罪，仍留原任，以责后效。
洪承畴的这场官司总算到此结束了。他虽没有受到任何处分，但经受的风险也不小，这件事够他后半辈子吸取教训的。那个冤死的张煊，总算得到昭雪，他的后代也得到抚恤。
不过，陈名夏并没有从中吸取多少教训，尤其是1年以后，他复补任秘书院大学士，不久，恢复了他的吏部尚书职位，渐渐地他又飘飘然起来。陈名夏竟在顺治十年（1653年）四月，联合陈之遴、金之俊等28名汉官上书，为陕西的一个总兵任珍辩护。不论上书内容如何，仅以能联合汉官28人共同上书这件事，在顺治帝看来，就显然是结党行为。于是，顺治帝令大臣聚集午门外，议处陈名夏等人的罪状，议论结果是：
名夏、之遴屡获大罪，俱蒙恩留用，今复巧为欺蒙，俱应论死。
这次参加议处的大臣，以满臣和汉臣中的北方人为主，他们早对恃才倨傲的陈名夏等人不满，欲乘此机会将为首的几人置于死地，是必然的，对其余人的惩处也以严为主。这个处罚结论报给顺治帝，顺治帝没有同意这样严厉的处罚，他下达的旨意是这样的：
陈名夏、陈之遴、金之俊等深负朕恩，本当依拟，姑从宽典，著各削去官衔二级，罚俸一年，仍供原职。陈名夏著罢署吏部事，自今以后，从新省改。
顺治帝这样处理，应当说是比较宽大的。这大约由于考虑到涉及的汉臣比较多，那时候清朝入关不过10年，官吏缺乏，人心并未完全归附，团结汉臣以巩固清朝统治还十分必要；而且，这件事只反映了满族大臣和汉臣之间的矛盾，不像多尔衮的问题危及他的统治；再有，陈名夏等人的确有才，而顺治帝仰慕中原文化，偏爱才子，史载，顺治帝常找陈名夏谈论天下治道，而能得到满意的答复。
洪承畴没有卷入到这个案件之中，尽管他和陈名夏的关系很好，但前次因张煊状告陈名夏和他结党而受拘禁审问的事，仍然心有余悸，处处谨慎小心，不敢再与陈名夏等南官为伍。所以，这次陈名夏联系的27名汉官中，并没有洪承畴。而且，在此之前，顺治帝同洪承畴等谈论过满汉官之间的问题，等于提醒洪承畴对满汉官之间的矛盾应当注意，这次谈话是在顺治十年（1653年）二月初九。
那一天，顺治帝来到内院，看到一个条议，是少詹事李呈祥写的，内容是：
部院衙门，应裁去满官，专任汉人。
顺治帝看后大不以为然。尽管他比较重用汉官，在刚林等满官内院大学士因多尔衮案件被处死以后，内三院的满族大学士只剩下富察氏额色黑一人，而且，汉官在六部的势力也越来越大，一些汉官对满官的特权产生不满，像工科副理事汉官祁通格，就在这一年二月初，接连上疏，指责对待满汉官“其法不一”，具体指“今汉官有罪，或革、或降、或罚，其法甚备”，而满官有罪，就不是这样。他又举出：
满汉职官有犯，应鞭责、板责者，准与折赎。但汉官板责折赎，在革职之后；满官鞭责折赎，照旧办事。
因此，他提出对满汉官应当“立一体之法”，也就是应当平等对待，应当取消满官的特权。对此，顺治帝没有表态，只令有关部门详细研究。但看了李呈祥的这份条议，顺治帝忍耐不住了，从心灵深处看顺治帝并没有完全摆脱满洲贵族对汉人根深蒂固的猜忌和防范。触及到这类问题，他还是很敏感的。汉官祁通格的上疏，他没有表态，实际也是一种态度。不过，由于祁通格所提的意见有一定道理，他不好批驳。然而，李呈祥公然提出部院衙门，裁去满人，专用汉官，是赤裸裸的排挤满官，作为以满洲贵族为核心的清王朝最高统治者，当然不能容忍。他当即对大学士洪承畴、范文程、额色黑、宁完我、陈名夏等人说：
李呈祥此疏大不合理。夙昔满臣赞理庶政，并畋猎行阵之劳，是用得邀天眷大业克成，彼时可曾咨尔汉臣而为之乎！朕不分满汉一体眷遇，尔汉官奈何反生异意？若以理言首崇满洲，固所宜也。想尔等多系明季之臣，故有此妄言尔。
在场的洪承畴等汉人大学士听了很不是滋味，就向顺治帝表示：“臣等无以仰答圣谕矣。”
他们这样回答，无非表明，李呈祥的意见并不代表他们。
顺治帝发怒，满官立即行动起来，都察院副都御史宜巴汉等人，马上弹劾李呈祥：
讥满臣为无用，欲行弃置；称汉官为有用，欲加专任，阳饰辨明，阴行排挤。
于是，顺治帝革去李呈祥的职务，交刑部议处。刑部议处的结果，应当处死，顺治帝令免死，流徙盛京。这件事自然加剧了满汉大臣之间的矛盾，但对为官谨慎的洪承畴来说，又是一次重要的警钟，提醒他不要卷入满汉大臣之间的斗争。
就在李呈祥事件几天之后，顺治帝去内院，看到吏部侍郎孙承泽奏疏，内容是保举大学士陈名夏兼管吏部尚书，并说陈名夏“前任吏部，颇能持正”。顺治帝看后不以为然，他认为孙承泽原系陈名夏的部下，来推举本部尚书，“有乖大体”，更重要的是他认为孙与陈关系好，陈任尚书，对孙有利，这种推举实际仍有结党的嫌疑。因此，顺治帝立即对洪承畴、范文程、额色黑、宁完我、陈名夏等人说：
朕见承泽此疏，洞其隐徽，代为含愧。彼意允其所请，而用名夏，则与彼有利；如不允所请，又将使朕猜疑名夏也。
当然，顺治帝的话没有点明孙承泽举陈名夏结党之嫌，但却说明如他同意孙的推举，等于迁就了孙从私利出发的举荐；如不同意，又给人造成他对陈名夏的猜疑。这就是说孙承泽给他出了个难题，顺治帝虽然年轻，但也还是很有办法的。他当着陈名夏的面，就摊了牌，等于明确表示，这样的推举，他不能接受。但紧接着，他在说完上述话之后，又对陈名夏说，“尔可毋疑惧”。这样一来，又使陈名夏不太难堪。
第二天，顺治帝仍去内院看奏章以及明朝万历年间的史书，然后又对洪承畴等几位大学士谈到孙承泽的奏疏：
六部大臣，互相结党，殊不合理，止宜为君、为国，秉忠持义，善善恶恶为是。
在场的大学士包括陈名夏在内，都点头称是。这次顺治帝明确点出孙承泽的奏疏是一种结党行为，不过他说的缓和，是从正面教育入手来谈的。到第三天，顺治帝来内院看奏章，就看到了孙承泽的认罪奏疏。他肯定了孙承泽认罪的态度，并且说，这样事情就好了结，但如果“以非为是，强自置辩，获罪滋大，则结案难，承问官亦难也”。顺治帝这话虽说是针对孙承泽的认罪疏说的，实际是说给在场的洪承畴等大学士听的，尤其是说给陈名夏听的。因为张煊状告陈名夏时，陈名夏不是认罪的态度，而是“厉声强辩，闪烁其词”，结果被革任。顺治帝对孙承泽推举陈名夏虽然不满，但在几天之后，仍任命陈名夏为吏部尚书，从这里看出，顺治帝对陈名夏的赏识。不过，陈名夏对顺治帝的一再提醒并没有引起重视，结果如前所说，仅仅两个月以后，他又联名上书，捅了大娄子。
洪承畴同陈名夏相比，老成持重，对于顺治帝的话都能听进去，行事也很谨慎，没有再卷入“满汉之争”。基于这个原因，顺治帝对他很满意，并在陈名夏等28人案子了结以后，命他和大学士范文程、额色黑召集陈名夏等28人，于午门宣读谕旨：
尔等得罪，悉由自陷其身也。初议错误，则亦已尔，及再三申饬，即当省改，岂可仍行混议。凡事会议理应画一，何以满汉异议？虽事亦或有当异议者，何以满洲官议内无一汉官；汉官议内无一满洲官，此皆尔等心志未协之故也。本朝之兴，岂曾谋之尔汉官辈乎；故明之败，岂属误于满官之言乎！奈何不务和衷，而恒见乖违也。自今以后，务改前非，同心图效，以副朕眷顾之意。不然，朕虽欲尔贷，而国法难容。至于都察院、科道等官，职司言路，见有如此乖戾者，亦当即行纠弹。
顺治帝让洪承畴等满汉3位大学士去宣谕，除表示对洪、范二人的信任、重用外，还有希望陈名夏等向他们学习的意思。当然，更重要的是通过这件事，希望满汉大臣团结。这道谕旨自然主要批评汉官，甚至直言不讳地说清朝的兴起，完全是满官的功劳，这当然不那么实事求是。清朝的兴起，满洲贵族的确起了核心作用，然而如果清朝不任用汉官、不采用中原先进的统治措施，那么，清朝入关，以致入关后的统治，都将是不可能的。但是，顺治帝又指责了满官也有“心志未协”的问题。因此，这遵谕旨，又是对满汉大臣共同的要求，在汉臣中，洪承畴可算是能与满官合作的一个。
应当说洪承畴二次入京供职，无论是多尔衮，还是顺治帝，都很赏识他的忠心、才干和为人。尤其是顺治帝，对他十分信任，凡洪承畴举荐的人，几乎都任用无疑，像户部侍郎孙延銈、太仆寺卿卫周柞、顺天府丞魏琯以及都察院右佥都御史佟国器等，甚至包括地方大员广东广西总督李率泰，等等，都是洪承畴推荐的。而洪承畴的所作所为，也值得顺治帝信任。正由于如此，在清朝统治向全国发展的过程中，又一次面临抗清运动高潮的新危机时候，顺治帝再次请洪承畴南下，以力挽狂澜。
