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第一节 招抚江南，稳固清政权
清兵入京后，顺治帝对洪承畴十分器重，以洪承畴仕明时的原职衔任命他为太子太保、兵部尚书兼都察院右都御史，入内院佐理军务，授秘书院大学士，成为清朝首位汉人宰相。
清军入关后，洪承畴的作用逐渐显现了出来。尤其是顺治皇帝在北京登基，清军南下之后，抗清斗争此起彼此，令新兴的清王朝十分头痛，洪承畴就担负起了招抚江南，稳固清政权的重任。
多尔衮在山海关之战中运筹帷幄，击败了农民军，占领了北京城，开启了清皇朝入主中原的历史一页。特别是他占领北京之后，严禁抢掠，停止剃发，为明崇祯帝朱由检发丧，博得了北京士绅的好感，然后迎请顺治小皇帝赴京登基，很快稳定了占领区内的形势。这些功绩，在顺治元年开国大典上均得到表彰，不仅给他树碑立传，还赐他大量金银牲畜和衣物，并封他为叔父摄政王，确立了他不同于其他任何王公贵族的显赫地位。
李自成退入山陕之后，原明朝降官降将纷纷反水，但他在顺治元年（1644年）六月仍积极准备反攻，坐镇平阳（今山西临汾），分兵三路北伐。另一支农民军在张献忠率领下已建大西国于成都，统一了全川，而多尔衮对此尚不了解。其他小规模的农民军则更是活动频繁，使近畿地区常常飞章告急。除此之外，残明势力已于五月中拥戴福王朱由崧为帝，定都于南京，改年号为弘光。
在这种情况下，多尔衮的战略是：对农民军的主要力量坚决消灭，其中对地方小股起义、“土贼”则剿抚并用；而对南明政权则是“先礼后兵”。在此方针指导下，多尔衮先后派叶臣、石廷柱、巴哈纳、马国柱、吴惟华等进攻山西，十月攻陷太原，进而包围陕西。同时，多尔衮派出大量降清的明官对南明君臣招抚，并写信给南明阁臣史可法，提出“削号归藩，永绥福禄”。在南明派出左懋第使团来北京谈判过程中，他将其软禁起来，并不给予明确的答复。
此时，清军已于九月占领山东，十月进据苏北，与史可法的军队沿河相峙。在这种形势下，多尔衮认为全面进攻农民军和南明政权的时机已经成熟，便于十月先后命阿济格和多铎率军出征，向农民军和南明福王政权发起了战略总攻。就当时双方力量对比而言，多尔衮过高地估计了自己的实力。由于他双管齐下，本来不多的兵力却分兵作战，兵分则势弱，容易被分别吃掉；况且此举很容易引起汉民族的同仇敌忾，使他们暂释前嫌，有可能携手作战。
就在这年十月，大顺农民军2万余人进攻河南怀庆，获得大胜。败报传来，给多尔衮猛然敲了警钟，他立即令多铎暂停南下，由山东入河南，与北面的阿济格军对陕西形成前后夹击之势。历史的偶然性再一次救了多尔衮，使他得以在战略上改变两个拳头打人的方针，而集中优势兵力，各个击破。很快，多铎于十二月底破潼关，李自成放弃西安转移。多尔衮下令由阿济格追击农民军余部，而多铎则继续南下。至顺治二年（1645年）二月，农民军连战失利，五月十七日，李自成死于湖北通城县九宫山。这时多铎军已克扬州，史可法殉难。接着，清军渡长江，南京不战而克，朱由崧被俘，弘光政权灭亡。
人们往往在争取事业成功的时候小心谨慎，而在取得一定成功时，又会骄傲大意起来。足智多谋的多尔衮，也没有能避免常人容易犯的错误。他竟在顺治二年（1645年）六月初，下达了最能引起汉民反感的薙发令。前面说到，多尔衮入北京后不久，见薙发令遭到百姓反对，造成民情骚动，就下令停止薙发令。多铎入南京以后，斥责降清文官李乔剃发，并布告百姓有关剃兵不剃民的规定，同多尔衮的停止薙发令是一致的。不过，被胜利冲昏头脑的多尔衮，忘却了薙发令在北京城引起的骚乱，就在他接到多铎定南京的第二天，内院大学士们去见多尔衮，多尔衮就谈及薙发一事：
近览章奏屡以刺头一事引礼乐制度为言，甚属不伦。本朝何尝无礼乐制度，今不遵本朝制度，必欲从明朝制度，是诚何心！若云身体发肤受之父母，不敢毁伤，犹自有理；若谆谆言礼乐制度，此不通之说。予一向怜爱群臣，听其自便，不愿刺头者不强，今既纷纷如此说，便该传旨叫官民尽皆剃头。
在场的大学士等，包括洪承畴在内，对多尔衮的这番议论并不以为然，但由于他们多系汉人，也不好再说什么，只能建议他对此事不要逼得过急。于是，他们向多尔衮劝说：
王上一向恃爱臣民，尽皆感仰，况指日江南混一，还望王一宽容。
不过，多尔衮对大学士们的劝说并未听进去，几天以后，六月初五，他派侍卫尼雅达、费扬古带着皇上的敕书去慰问嘉奖多铎，同时让多铎传达：
各处文武军民，尽令薙发，倘有不从，以军法从事。
10天之后，多尔衮以顺治帝的名义谕礼部正式下达薙发令，且限期只有10天，迟疑者，“必置重罪”。更甚者，他还公然堵塞了言路，不许为此事再进奏章，进者“杀无赦”。二十八日，多尔衮又颁诏河南、江南、江北没有归降的地方，要他们从速归顺。诏文说：
传檄江南各省地方，速令归附，仍立与限期，近者一月，远者三月，各取薙发投顺遵依文册汇奏。
这样，剃发不剃发就成为投降不投降的标志，各地执行起来层层加码。有的地方限3日内全部剃发，有的甚至限令1日内就要剃完。有些百姓剃的发式不合满洲人式样，也被处死。薙发令下达以后，清兵带着剃发匠沿街巡视，看到留发的汉人，就拦住强行剃发，稍有反抗，就将他的头砍下悬挂起来示众。
本来，多铎至南京、无锡、苏州、杭州，都比较顺利，没有引起太大的骚动，甚至一些故明文人还称赞清军进入上述地方“秋毫无犯”。但是，多尔衮的一个薙发令，刺激了民族感情，如点火浇油，江南人民纷纷起而反抗。苏北的弘光政权总漕田仰，打起反剃发的旗帜，率众起事，杀死清朝通州、如皋、海门的牧令。安徽池州府推官朱盛浓，也起来反对薙发令，“统兵诈称十万，结寨石埭县七里地方”，攻破青阳，俘虏清任命的知县吴瑶，杀死典史林绍台；攻下石埭县，俘获典史赵云太。安徽宁国府所辖的宣城南湖地方，百姓聚集起来，不肯剃头。安徽旌德知县黄综，是清朝新委任的，原来县里的吏书都去路上迎接他，听说黄综来传达薙发令，中途都逃跑了。地方上的百姓，也不许县里的衙役去迎接县官上任。
湖南人民也起来反抗薙发令，柯正藩聚众劫掠保安等地方。湖北蕲水县的刘时习，率众半夜入城，反抗剃发。江西已降清的原农民军将领王体中，接到薙发令后，不肯剃发，“传集兵马，带领亲丁”，准备起事，投奔南明，后因事情泄露被杀。湖北白云寨主易道三、王光叔等，联络40处，其中还有原明朝兵部尚书张缙彦，这些人原来已经归顺清朝，“近因头，聚众复叛”。
西北的陕西、甘肃，也出现了人民反剃发活动，在这些反抗斗争中，最剧烈的是江南江阴和嘉定的人民的抗清斗争。
江阴是江南的大县，为长江下游采石以东的重要门户，是清军南下的战略要地。顺治二年（1645年）六月，清军占领江阴，派降清的新知县方亨到任。上任时，他还身着纱帽蓝袍，未改明朝装束。二十八日，他推行薙发令，诏令里还有“留头不留发，留发不留头”等语，群情愤怒，要求留发。方亨不允，百姓斥责他说：“你是明朝进士，头戴纱帽，身穿圆领，来做清朝知县，羞也不羞？”闰六月初，县北门少年起乡兵，四城响应的有上万人，他们来至县衙门前，放枪呐喊。方亨见事不妙，急令人关上县衙大门，他忙写信给常州太守说，“江阴已反，速下大兵来剿”。这封书信被民众缴获，大家更为愤慨，来到县衙，用手巾套住方亨的脖子，把他拽了出来，然后关入狱中。秀才许用等集合在文庙前，提出“头可断，发不可薙！”的口号，四乡人民纷纷赶来，达到十几万人之多。他们公推典史陈明遇为城主，后又请来前任典史阎应元进城，共同领导抗清斗争。
阎应元是北通州人，原为明朝江阴典史，清朝入江阴，他携家出城，住在祝塘。陈明遇知他有胆略、有治才，于六月中旬请他共同抗清，阎应元说：“若等能听我则可，不然，不能为若主也。”陈明遇等表示可以。徽商程璧，把他的财产17万两银子全拿出来充饷，许多大户富商都慷慨解囊。清常州知府得知以后，派300兵丁前来镇压，行至途中就被江阴的乡兵消灭了。清朝又派步兵前来，也遭到江阴人民的阻击，只得不断增兵。阎应元、陈明遇有谋略，四门分堡而守，“仪容甚盛，清兵遥望，惊疑为将”。清兵用棺木、牛皮遮体攻城，城内射出砖石、火罐和毒箭，迫使他们撤退。阎应元、陈明遇身先士卒，昼夜不寝，巡视城防。全城百姓都投入战斗，盲人帮助拆下公房的砖瓦，供修补城墙用；老弱妇女负责做饭、救护。清军没有想到在江阴这样弹丸之地遇到如此顽强的反抗，久攻不下，多次派人劝降。
多尔衮亲自下令招安，豫王多铎也写信给阎应元、陈明遇劝降，降将刘良佐策马至城墙下说降。阎应元坚定地表示：“有降将军，无降典史”，并令城上火箭齐发，刘良佐慌忙逃回。清朝见劝降不成，又从松江等地调集兵力，从南京调来几十门西洋大炮。江阴人民血战了81天，终因寡不敌众，于八月二十一日城破。人民继续巷战，陈明遇战死，阎应元投水被俘，大骂清军而死。
清军为攻取江阴，共出动了24万军队，战死75000多人，当地还传说死了3个王爷、18个将军。不管这是不是事实，总之清兵在江阴一地伤亡惨重。为了报复江阴人民的抵抗，清兵入城，下令屠城三日，城内外被杀的达几十万，只有十二三岁的童子不杀，再就是躲在寺庙塔上的一些人幸免，“满城杀尽，然后封刀”。
距江阴东南200多里的嘉定城，也爆发了大规模的反剃发斗争。清军始入嘉定，并没有给嘉定人民带来较大的不安。自闰六月十二日，薙发令开始在嘉定推行，百姓开始恐惧。第二天，城内外人民纷纷组织义军，进攻驻在东关的清军，杀死84人，焚毁40多艘船。清军偏将梁得胜率残兵狼狈逃往吴淞。驻在吴淞的清将李成栋闻报，彻夜不敢睡觉，派40多骑奔太仓告急，没到太仓就遭到义军截击。
几天以后，嘉定人民推举故明进士黄淳耀、前左通政使侯峒曾领导义军抗清。他二人原打算不在清朝做官，留在家乡当遗民。清朝的薙发令激怒了他们，断然表示断头容易，断发难！清军来攻城，义军千方百计防御，攻城的清兵，很多人被杀死。嘉定人民共同死守了12天。到七月初三，清兵用重炮轰城，城墙坍塌，城内人民把泥装在大袋里，用袋堵塞城墙。黄淳耀的弟弟黄渊耀是个文弱书生，也参加守城。他竟然用长木杠起重数百斤的大袋，登上城墙，大家都为他的勇气惊呆了。
第二天大雨，城上义兵已经露天守卫了3昼夜，两眼肿烂，遍体淋湿，加之饮食断绝，个个筋疲力尽。清军乘机登城，侯峒曾仍在指挥战斗，他的两个儿子忙问他：“事急矣，何以为计？”他回答道：“有死而已，复何言。所恨者枉送一城百姓耳！”
他还没说完，城已破。侯峒曾归拜家庙，让两个儿子走避，二子都愿与父相从，父子三人投河而死。
城破以后，黄渊耀急忙去告诉哥哥黄淳耀，两人同骑一马来到城西寺中，随后兄弟二人悬梁自尽。
清兵入城后屠杀百姓2万多人，李成栋将掠夺的子女、金帛，用300只大船运走。20天之后，嘉定人民重振义军，将清军赶了出去。但几天以后，清军再次攻入嘉定，嘉定人民又遭到一次屠杀。八月中旬，原明朝把总吴之蕃起兵反攻嘉定，结果失败，嘉定人民遭到清军第三次屠杀。“嘉定三屠”反映了人民不甘屈服暴力的反抗精神，也反映了清军南下的残暴。
江阴人民和嘉定人民的抗清斗争，说明清朝民族压迫政策遭到了强烈反抗。这种反抗绝不只局限在江阴和嘉定，除前边所提到的地区外，还有太湖生员陆世钥起兵，原明职方主事吴易等起兵进攻苏州，原明朝中书舍人卢象观（即卢象升的弟弟）率兵攻打南京，原明朝御史金声等起兵于安徽绩溪。
清朝入关以后，最高统治者多尔衮由于采纳洪承畴等汉臣的正确意见，施行较为顺民心的政策，因此，统一北方，只用了短短1年时间。后来，多尔衮由于被胜利冲昏头脑，不顾内院大学士洪承畴等人的意见，急急下达薙发令，结果汉族人民“为保护他们的头发和服装所表现的悲愤和战斗勇气，甚于保护国家和皇帝，他们往往宁愿掉脑袋也不愿遵从鞑靼风俗”。这样造成清军南下受到重重阻碍，打乱了原来的统一计划，致使统一南方，用了整整17年的时间。
17世纪中期，中国的通讯设施还是沿用周朝古老的驿传制度，由信使和邮卒乘驿马或邮车，一站站地传递文件。因此，薙发令下达以后，各地尤其是江南掀起的巨大动荡，远在京师的多尔衮，并没有直接的感受。相反，在薙发令下达以后的1个月，英亲王阿济格镇压李自成农民军的捷报，才传到京师。
清廷确切得知李自成、刘宗敏均已被杀，多尔衮认为大局从此已定，尚未归降的地方，可以不必再动刀兵，只要派些大臣去招抚就可以了。顺治二年（1645年）闰六月初六，多尔衮召见内院大学士，得意地向他们说道：“金陵既已定，其余诸省即当遣人带诏招抚。”大学士们回答说：“各省抚按等官亲往招谕自己地方，责任定然，处事精详，百姓既有系属，草窃无不立解。”
从大学士的回答里可以看出，他们主张派当地抚按官员亲自去招抚，认为这样可以把事情做得更好些，几天以后，十二日，多尔衮为招抚的事，召见六部和都察院以及内三院的大臣，对他们说：“方今江南平定，人心归附，若不乘此开基一统，岂不坐先机会。诸臣各宜同心一力，因时建功，凡属职业当务，切实恪共底绩，毋尚虚名，徒饰浮说……果能矢忠矢公，清廉勤慎，各尽职业，天下自致太平。”
在场的吏部侍郎陈名夏和都察院副都御史刘汉儒立即表示，应天府、江西、湖广已经归顺，要尽快派抚按官员去安抚。多尔衮认为，对没有平定的地方，要先派大臣去招抚，然后再设抚按。刘汉儒建议用能力很强的人去招抚。陈名夏是应天府溧阳人，很有才干，他毛遂自荐去招抚江南。不过，在召见这些人之前，诸王、内院早已推荐洪承畴担当此任，多尔衮完全赞成。于是，他就对召见的人说：“我在东边，只闻洪军门是至清的好官，其用兵上阵亦有可观。松山之战时我就很费心思，亲自披甲上阵，现在身体病弱，就是那会儿留下的病根。”
冯铨听他的话对洪承畴不利，赶忙说：“洪军门以前有罪，如今到江南去总督军务，就可以立功赎罪。”
多尔衮认为冯铨误解了他的话，就接着说：“我亦见他做得来（指去任招抚工作），诸王也荐他好，故令他南去。”
洪承畴听了多尔衮后边这句话，忐忑不安的心，才平静下来。多尔衮讲这话，并非出于他和诸王对洪承畴的偏爱。事实是，在此之前，洪承畴已起了招抚原明朝大臣的作用。像明蓟镇总兵唐通，曾与吴三桂等在原明蓟辽总督洪承畴手下参加过松锦之战，后来又降过李自成。清军入关以后，作为洪承畴的旧部，唐通降清自然与洪承畴不无关系。还有明朝花马池副总兵董学礼，也是洪承畴的旧部，他的降清，也与洪承畴牵线有关。后来董学礼对清初安定陕西，起了相当的作用。
还有弘光政权的四镇将之一的刘泽清，在弘光帝派使臣至清议和时，他托使臣带信给吴三桂、洪承畴等，信中仍称洪承畴明时官称“洪制军”，目的显而易见是拉拢关系，为他的投清留条后路。后来，他果然降清。还有，顺治二年五月，多铎下江南时，沿途归降的很多。其中，有洪承畴任陕西三边总督时的旧部，原弘光政权的提督李本深，率众13万前来归降。
归降以后，李本深即随多铎大军南下，建立战功。李本深的归降应同董学礼等一样，也与洪承畴有关。可以说，洪承畴自随多尔衮入关以来，就不断招徕旧部或旧同僚，为清朝赢得一批明将明臣。正是由于他已经在招抚旧部方面作出了成绩，所以多尔衮才会说：“我亦见他做得来，诸王也荐他好，故令他南去。”
闰六月十三日，清朝正式任命洪承畴以原官总督军务，招抚江南各省地方，多尔衮还赐他衣帽。十四日，清廷为洪承畴铸了“招抚南方总督军务大学士”印。七月初三，多尔衮又以顺治帝名义赐敕洪承畴，这是临行前给洪承畴的指示，也是平定江南的具体政策，概括起来主要有以下几方面的内容。
首先表示对洪承畴的倚重。江南初定，人心还有疑虑，有些人还在观望，没有归顺，所以清廷安抚江南，就要靠洪承畴了。
其次是给他布置去江南的具体使命：一是宣传清朝德义，兴利除害，让归附的人民得到一些实惠。遇到关系到国计民生的大利大害，要随时奏报，请旨兴革，官兵如有不法扰民的举动，要依法处理。二是对尚未归顺的地方，先招降，招降不成，再用兵，对于那些聚众于山林反抗的，令下面的抚镇官尽快消灭。三是对南方归降的水陆军队，挑选精壮的训练成水军，以备调用，但不要弘光政权新组织的军队。四是对隐居山林的和故明乡绅中有才德的，要寻访来录用，对文武官员中有才干、有政绩、有战绩的，要推荐提升；对奸诈、贪婪、庸懦之辈，要及时奏请罢免。至于在战争中，表现不好的，地位又较低的官员，要以军法从事；地位较高的官，要向朝廷反映。
再次是给他安抚江南的权限：对将来归附的各省，由他节制；敕文中没有涉及的事，可由他“便宜”行事。同时，对于官兵的统领，要他同固山额真叶臣及督抚镇等官，共同调遣。遇有军事上的大事，可与平南大将军多罗贝勒勒克德浑商议。
最后，在敕文里，再一次表明清廷对洪承畴的期望：“德威遐布，南服永清”，不要“有负倚托”。
从敕文内容上，明显地看出清朝对洪承畴的信任、倚重和期望。不过，洪承畴毕竟是汉族降臣，且地位尚不足以独当一面。所以，就在这篇敕文下达的同一天，清廷又命多罗贝勒勒克德浑为平南大将军，以固山额真叶臣佐之，让他们代替定国大将军、和硕豫亲王多铎在江南的位置。多尔衮同时致书多铎，令他班师回京，一切事务交付勒克德浑、叶臣和洪承畴办理。
面对遍及江南各地的抗清浪潮，洪承畴采取了以招抚为主、以剿灭为辅的策略。他认为应“以平贼安民为责任。贼之胁从数多，不招抚必不能平贼”。在江南的招抚，主要利用他在明朝为官时的旧关系。像原明朝兵部尚书张缙彦，原在陕西任知县六七年，和洪承畴是知交。后洪任兵部尚书，他又是兵科给事中，仍有来往。崇祯十六年（1643年），张缙彦升任兵部尚书时，洪承畴已经降清。李自成进北京以后，张缙彦率百官表贺。清军入关，李自成退出北京，张缙彦逃回河南新乡老家。福王在南京即位，他上疏建议“集义勇擒伪官，收复列城”。弘光政权仍授他兵部尚书，并让他总督河北、山西、河南军务。
清军都统叶臣征山西时，军队过河北，他到军门表示愿归顺的意思。清朝河北巡抚罗绣锦要他去北京正式入朝，他有些疑惧，称脚有病迟迟不去，反而渡河南下。罗绣锦听说他已经接受了南明弘光政权的三省总督职位，就将他在新乡的家产全部没收。后来，多铎率师统一河南，张缙彦躲到六安州（今安徽六安）商麻山中，那里地处江南（这里指清朝顺治二年设立的江南省）、湖广、河南三省交界处，地势险要，他在那里联络堡寨，据险自守。
洪承畴得知后，两次写信给张缙彦，信中告诉他：“皇叔父摄政王宽仁厚德，一经投顺，必不念既往，大清朝从来不失大信。”
经洪承畴多方开导晓谕，张缙彦解除了疑虑，终于投降了清朝。他亲赴江宁，面见洪承畴归顺，“赍缴总督印，及解散各寨士民册，承畴疏荐之”。洪承畴为此事向朝廷上报的题本中，说明了张缙彦归降的作用：
兹缙彦率两道具揭授诚，虽未报到安庆地方，而怀恩向化，归附已的。缙彦一投，则三省接界地方四十余寨，远近观感，自可渐次驯服。
清朝河南巡按宁承勋也为此事上奏邀功，并得到回旨，让张缙彦进京朝见。这更说明张缙彦投顺的作用，洪承畴只用了两封信，就解决了江南、湖广、河南三省交界处40余寨的抗清势力，避免了清军与这里抗清势力兵戎相见，这自然是他在清朝统一全国、招抚江南中的一大功劳。
还有明朝的总兵高进忠，有军队3000多人，战舰69艘，驻守在崇明（今上海崇明），观望形势的发展。洪承畴了解到高进忠的情况，认为应当设法招抚他，既可收复崇明，又能得到一支人马，尤其是战舰，对清军来说更为需要。于是，洪承畴又亲自写信招降，高进忠为他的信所动，投降了清朝。洪承畴向朝廷报告这件事的奏本中说：
进忠今已到江宁……臣等验系辽东镇江人，堪称勇壮，旦解甲投诚，忠顺可嘉，己檄行巡抚土国宝、提督吴胜兆，查给钱粮，悉心照管，无令失所，用副圣明安抚江南至意。
此后，崇明的收复以及沿海一带的安定，都与高进忠的降清分不开，洪承畴招抚江南又得一功。
洪承畴不仅招徕故明的文臣武将，还招徕农民军将领。顺治二年九月下旬，原李自成的泽侯田见秀、义侯张鼐等，在他的招抚政策影响下，“赴省投诚”。洪承畴将此情况上报，清廷“命照恩诏事例免罪录用”。
洪承畴招抚江南由于运筹得当，很快取得效果。九月底，他向清廷的奏报中说道：
江西南昌、南康（治所今星子县）、九江、瑞州（治所今高安市）、抚州、饶州（治所今鄱阳县）、临江、吉安、广信、建昌（治所今南城县）、袁州（治所今宜春市）及江南徽宁等府俱平。
为了使这些地方迅速归于清朝，他除了充分利用旧关系并做好地方上层包括原明朝官吏和乡绅地主的争取工作外，同时也很注意不去伤害百姓，注意安定民心。每到一处，他都发布告示晓谕“朝廷德意”。如，他和叶臣派军队进入徽州（今安徽歙县）后，令军队“驻营城外，不令一兵入城，出示安民，市肆如故”。清廷的最高统治者见到洪承畴的疏报，异常欣喜。多尔衮代顺治帝写信给洪承畴说：
得旨览卿奏，徽郡已经收复，兵不入城，秋毫无扰，具见运筹制胜，纪律严明，朕甚嘉悦。有功镇将及在事文武各官，通著察明叙录。抚辑善后及招谕事宜，俱听卿商确便宜行事。
从这道旨文里，看得出清廷由于他下江南后功绩卓著，不仅表扬了他，还更加信任他，给他更大的权限。也就是说，有关招抚的事，可以不必再请示朝廷或勒克德浑，也不必再与叶臣商议，而由他独自处理。这样，他招降明朝官员和农民军将领的活动就更加积极主动了。
这年十一月底，他一次向朝廷举荐“故明南京翰林卿寺科道部属等官黄义焕等一百四十九员，堪备任用”。他还具体地向朝廷建议这些人各适合担任何种职务。这些足见洪承畴为清朝竭尽心力考虑得多么周全，也看出他希望这些人在新王朝里能够做到人尽其才。洪承畴这样做，不但使江南许多地区迅速平静下来，而且为清廷招徕了大批人才。他作为一个故明降臣，如此热衷招降明朝故旧，并加以录用，是由于清朝中央对他的信任和他对清王朝的忠诚。
清廷令洪承畴招抚江南的任务，除总督军务之外，还要“兼理粮饷”，也就是说军队、政府的开销以及清政府的粮饷来源的一大部分，也要由他来筹理。这些开销的主要来源就是征收赋税。江南是富饶的地区，自唐宋以来，就成为历代政府税收来源的主要基地。清朝灭掉弘光政权以后，清统治者认为：“从此财货、贤能皆为我有，而一统之大业成矣！”清廷交给洪承畴的这副担子，并不比总督军务轻。正由于如此，洪承畴到江南以后，令地方各级官吏尽力“催征钱粮”。
据他本人于顺治四年底给朝廷的揭帖上统计，从顺治二年十一月至顺治四年十二月，由他经手，江南解北钱粮，“计先后起解十八次，共银七十三万七千三十两九钱”，湖广、江西各地的饷银还不在内。洪承畴对起解饷银十分重视，“每解一次，职会操江院臣陈锦，俱差有官舍同行管解、应用夫马及官役廪粮，并沿途护送官兵。”同时发给牌文等。由此可知，洪承畴招抚江南，不仅使清初在江南的统治得以迅速稳固，而且使清王朝的财政收入得以充实，从而为清政权的巩固立下了不朽的功绩。
洪承畴在江南任职期间，如上所述勤勤恳恳、兢兢业业，他所管辖的地域很广，除江南省本身以外，还需策应江南各省；所管的方面很多，除军事调动、策应外，还要负责经济上的赋税征收、解运，军队和地方的粮饷支出，地方行政事务及招抚降臣等。在江南形势动荡、连年战乱的情况下，他的担子是极其沉重的，很多复杂而棘手的问题，很多迫在眉睫必须当机立断的问题，都需要他“无不竭尽心力”地去解决。正像他自己所说的，在江南期间，他是“昼夜冰兢，不敢顷刻自逸”。不仅白天公务繁忙，晚上还要秉烛理事到五更天，天天如此。
在他任职1年以后，顺治三年七月，与他同赴江南的平南大将军勒克德浑班师回京的第二天，洪承畴也疏请回京。清廷以江南尚未大定，没有同意，并赐给他妻子银100两、貂皮200张，对他进行抚慰，让他继续在江南任职。刚去一年，洪承畴为什么就请求回京？看来，一方面是由于工作繁多，过度辛劳；更重要的另一方面恐怕还是由于他是汉臣，工作比较难做。不过，无论他怎样想，他也只能按清廷的命令继续干下去。
到这年年底，洪承畴又上疏请求回京，原因是由于过度劳累，在这一年的十一月二十九日，当他走进公署时，忽然一只眼睛看不清楚了，如他在上书中所说：“右目如有蒙蔽，及至衙门办事，右目瞳子已有内翳，若自掩左目，则右目径不能见字，数步之内，不能辨人物，必开左目，然后能见字。”
按他所说的病情，应当是患了白内障，这病自然不是三两天就能好的，何况当时的医疗条件很差，从十二月一日起，他不能再进公署办事，每天只好在私宅理事。他原想请医生调理几天就会好的，没想到十几天以后仍然不好。
在私宅理事，接见官员有很多不便，早晚也不能再秉烛看文件。他担心这样下去，左眼的负担太重，会导致双目失明，为此他再次上疏，将他的病情如实上报，希望朝廷能理解他目前的困难。
接着，他要求能把福建家属接到江宁来。这个要求很快得到回音，同意他的请求。然而，他还没来得及派人到福建接家属，他的弟弟、儿子和老家人陈应安，已于顺治四年（1647年）二月二十日从福建泉州老家赶到江宁，向他报告，其父洪启熙已于去年九月病逝。洪启熙多年生病，明末洪承畴忙于军务，不能照料父亲；降清以后，老家尚在明朝统治之下，他也无从回家乡探望。待洪承畴到了江南，公务更忙；后来清军进入福建，但福建还很不安定，他和家里书信往来时通时断。受儒家礼教训导成人的洪承畴，闻说父亲去世，自然会感到自己不孝。因此，他向朝廷请求让他“回京守制，终丧三年”，以“稍尽子道”。这个揭帖去后，仍然没有得到允许。于是在这年四月，洪承畴再次为父丧和眼病上揭帖，要求允许他回京守制。
由于父亲病死的消息传来，洪承畴病了一场，眼病加剧。但就是在这种身体条件下，他仍然是“一有传奉圣旨，则顷刻不可停留；一遇各省剿抚、兵食，则远近不可稽迟”。劳累的结果使他不但右眼“咫尺之内，不能见一人，辨一物”，而且左眼“益觉昏花”。但是，他没有接到“钦件”，“何敢停手！”在他一再请求之下，清廷终于在这一年的七月同意他回京师并入内院理事，但必须等到新任江南、江西、河南总督马国柱到任，方可离开江宁。他们的交接工作大约是拖到顺治五年三月进行的。
洪承畴几次请求回京，除身体劳累成疾和父丧之外，还有一层更为重要的原因，使他感到继续留在江南，已经不合适了。那就是故明宗室鲁王朱以海及手下的一些人，施反间计。由于洪承畴在清统一江南的过程里起的作用相当大，鲁王就想以封洪承畴为国公、封江宁巡抚土国宝为侯的办法，施反间计。他发下敕书，敕书里“有为内应，杀巴、张二将，则江南不足定”的话。鲁王派间谍谢尧文拿着这个敕书，准备偷偷送给洪承畴和土国宝，同时送去的还有鲁王手下黄斌卿写给洪承畴和土国宝的信。敕书里的巴、张二将是指清将巴山和张大猷，他二人是清军驻防江宁的提督。
结果，在顺治四年四月，巴、张二人手下的柘林游击陈可，抓获了谢尧文，搜出鲁王的敕书和黄斌卿的信。巴山和张大猷将这事上报朝廷，朝廷奖励巴山、张大猷二人“严察乱盟”，同时谕慰洪承畴、土国宝说：“朕益知贼计，真同儿戏，因卿等皆我朝得力大臣，故反间以图阴陷。朕岂堕此小人之计耶？”
朝廷命巴山和张大猷“与承畴会鞫谍者”。初兴的清朝，从多尔衮到满洲官员，头脑很清醒，对鲁王的反间计，自然不信。他们不但安慰洪承畴、土国宝，而且让他俩参加审问鲁王的间谍罪，以表示对他俩的信任。尽管清朝最高统治者对此事表现得毫不介意，但对洪承畴来说，毕竟内心有些不安。因此，他以病、父丧为理由，更为坚决地要求回京。
一波虽平，一波又起。广东的僧人函（或亟）可，是故明尚书韩日缵的儿子，出家多年，顺治二年春，从广东来到南京印刷藏经。不久，清军占领南京，函可久居江宁，想回广东。因韩日缵是洪承畴的会试房师，于是，函可就去找洪承畴，请他发给通行印牌，以便返回广东。洪承畴看在过去房师面上，又想函可是个和尚，没什么问题，就给了他通行印牌。
顺治四年十月，函可和随行的僧人金腊等5人一起出江宁城。巴山、张大猷手下的守城人，从函可带的竹箱里，查出福王答阮大铖书稿和《变纪》一书，都有反清内容，5人均被扣留审讯，送洪承畴处。巴山、张大猷将这事上报朝廷，洪承畴上疏引咎。吏部奏议，“以承畴徇情于给印牌，应革职”。多尔衮认为洪承畴“奉命江南，劳绩可嘉，姑从宽宥”，由顺治帝下旨没有革他的职。
洪承畴在招抚江南各省的这段时间里，为清朝的统一和安定江南作出了重大的贡献，效果是显著的。南明隆武政权的覆灭，以及其他部分抗清势力的剿平，都表明他招抚政策的成功。江南是抗清势力最活跃的地区之一，江南的稳定，对巩固清中央政权的统治有着重要意义。至于清王朝在江宁地区的统治机构和官员设置，也在他的筹划之下，逐步建立和充实起来。清中央政府通过洪承畴的征集，从江南得到了不少钱粮财富。
这些功绩，清最高统治者都十分清楚。尽管在任职后期，洪承畴出点差错，但同他对清朝的功绩来比，是微不足道的，而且有的差错，是由于工作太多太忙而出现的疏忽。如顺治四年九月，由于洪承畴工作疏忽，将清朝工部送江宁织造的诰轴式样看错，结果，织出的诰轴，仍是明朝样式。出现这种疏忽，是由于送诰轴样式的时候，即顺治三年八月，正是江宁“省城内外谋叛，关闭城门，孥审叛党之时”；同时，从“北京差来章京冯世爵等，调炮车赴湖南”。这些军事行动对洪承畴来说，已经搞得“手脚忙乱”，自然顾不上诰轴的事。不过，由于他的疏忽，花费3600两银子织出的诰轴，全部不能用，还得重织。所以，他上揭帖请求处分，并提出“将职福建原籍产业变价还官，另行造补”的补救办法。吏部部议应当“削宫保部院职衔”，旨意是免予处分，多用的钱自然也不会让他变卖家产去抵还。清初当政的多尔衮对洪承畴的功劳还是很肯定的，不会去计较相形之下的小差错。
无论对清廷还是对当时的中国来说，洪承畴招抚江南的贡献无疑是重大的。他推行的招抚政策，减少了武力征服，对百姓和社会来说也就减少了战乱和破坏，这自然有利于百姓和社会的安定和生产力的发展；在催征赋税的同时，洪承畴根据当地实际情况，注意民间疾苦，多次向朝廷申请减免赋税，呼吁朝廷救济重灾区。这对处在水深火热的人民来说，当然是极大的帮助，同时也有助于社会生产力的恢复和发展。
当然，洪承畴受命招抚江南，也镇压屠杀许多江南抗清义军。是时，隆武政权依然控制着福建、两广、湖广，以及安徽、江西等地，拥有数十万军队和义军。洪承畴首先将进剿的目标指向了金声所部。金声为徽州休宁人，原明御史，唐王（朱聿健）的隆武政权封他为兵部右侍郎兼都察院右都御史，巡抚徽、宁、池、太等地。金声募乡兵十余万，以徽宁四塞天险，各山置13营，守以13副将，又以绩溪一面当冲自任守之，再派重兵扼丛山关，多次攻击清军。洪承畴命都统叶臣、提督张天禄、总兵卜从善、李仲兴、刘泽泳等攻之，连破十余寨，于顺治二年月攻克绩溪，收复徽州。金声被俘后，以劝降不从被杀。
获悉徽州为清军攻克，隆武大学士黄道周于十二月率兵前往救援，直取婺源。洪承畴命总兵卜从善、李仲兴等出击，遂“斩杀多贼，生擒逆首”，黄道周亦被俘，以不屈押至江宁杀之。黄道周、金声等被杀，意味着隆武政权受到重创。所以，是役告捷，洪承畴称“东南事从此可定”。然而，此时尚有诸支明宗室结成的义军频频出击。
顺治三年正月，故明宗室瑞昌王朱谊泐、总兵朱君召等邀集同谋，合兵2万进攻江宁，并策动“内应”欲里应外合。洪承畴得报后，立即先诛内应，然后调集满汉官兵分力擒剿，既而大败之。由于瑞昌王朱谊泐逃脱，城内城外仍潜藏诸多谋叛之人，洪承畴下令关闭江宁各城门，亲统满汉官兵大肆搜捕，将“城内逆贼擒获甚多”。至顺治三年末，遂执明宗室瑞昌王朱宜泐、经略韦尔韬、总兵杨三贯等6人，十二月“就军前正法”，并传首江南各地以儆叛乱。至顺治四年二月，又先后擒获明宗室抗清者朱谊石、朱常淇、朱常災、朱谊贵、朱由摌等，以及经略、总兵数人，“并请命斩之”，于是，“江南众郡县以次定”。
清军入关后，洪承畴的作用逐渐显现了出来。尤其是顺治皇帝在北京登基，清军南下之后，抗清斗争此起彼此，令新兴的清王朝十分头痛，洪承畴就担负起了招抚江南，稳固清政权的重任。
多尔衮在山海关之战中运筹帷幄，击败了农民军，占领了北京城，开启了清皇朝入主中原的历史一页。特别是他占领北京之后，严禁抢掠，停止剃发，为明崇祯帝朱由检发丧，博得了北京士绅的好感，然后迎请顺治小皇帝赴京登基，很快稳定了占领区内的形势。这些功绩，在顺治元年开国大典上均得到表彰，不仅给他树碑立传，还赐他大量金银牲畜和衣物，并封他为叔父摄政王，确立了他不同于其他任何王公贵族的显赫地位。
李自成退入山陕之后，原明朝降官降将纷纷反水，但他在顺治元年（1644年）六月仍积极准备反攻，坐镇平阳（今山西临汾），分兵三路北伐。另一支农民军在张献忠率领下已建大西国于成都，统一了全川，而多尔衮对此尚不了解。其他小规模的农民军则更是活动频繁，使近畿地区常常飞章告急。除此之外，残明势力已于五月中拥戴福王朱由崧为帝，定都于南京，改年号为弘光。
在这种情况下，多尔衮的战略是：对农民军的主要力量坚决消灭，其中对地方小股起义、“土贼”则剿抚并用；而对南明政权则是“先礼后兵”。在此方针指导下，多尔衮先后派叶臣、石廷柱、巴哈纳、马国柱、吴惟华等进攻山西，十月攻陷太原，进而包围陕西。同时，多尔衮派出大量降清的明官对南明君臣招抚，并写信给南明阁臣史可法，提出“削号归藩，永绥福禄”。在南明派出左懋第使团来北京谈判过程中，他将其软禁起来，并不给予明确的答复。
此时，清军已于九月占领山东，十月进据苏北，与史可法的军队沿河相峙。在这种形势下，多尔衮认为全面进攻农民军和南明政权的时机已经成熟，便于十月先后命阿济格和多铎率军出征，向农民军和南明福王政权发起了战略总攻。就当时双方力量对比而言，多尔衮过高地估计了自己的实力。由于他双管齐下，本来不多的兵力却分兵作战，兵分则势弱，容易被分别吃掉；况且此举很容易引起汉民族的同仇敌忾，使他们暂释前嫌，有可能携手作战。
就在这年十月，大顺农民军2万余人进攻河南怀庆，获得大胜。败报传来，给多尔衮猛然敲了警钟，他立即令多铎暂停南下，由山东入河南，与北面的阿济格军对陕西形成前后夹击之势。历史的偶然性再一次救了多尔衮，使他得以在战略上改变两个拳头打人的方针，而集中优势兵力，各个击破。很快，多铎于十二月底破潼关，李自成放弃西安转移。多尔衮下令由阿济格追击农民军余部，而多铎则继续南下。至顺治二年（1645年）二月，农民军连战失利，五月十七日，李自成死于湖北通城县九宫山。这时多铎军已克扬州，史可法殉难。接着，清军渡长江，南京不战而克，朱由崧被俘，弘光政权灭亡。
人们往往在争取事业成功的时候小心谨慎，而在取得一定成功时，又会骄傲大意起来。足智多谋的多尔衮，也没有能避免常人容易犯的错误。他竟在顺治二年（1645年）六月初，下达了最能引起汉民反感的薙发令。前面说到，多尔衮入北京后不久，见薙发令遭到百姓反对，造成民情骚动，就下令停止薙发令。多铎入南京以后，斥责降清文官李乔剃发，并布告百姓有关剃兵不剃民的规定，同多尔衮的停止薙发令是一致的。不过，被胜利冲昏头脑的多尔衮，忘却了薙发令在北京城引起的骚乱，就在他接到多铎定南京的第二天，内院大学士们去见多尔衮，多尔衮就谈及薙发一事：
近览章奏屡以刺头一事引礼乐制度为言，甚属不伦。本朝何尝无礼乐制度，今不遵本朝制度，必欲从明朝制度，是诚何心！若云身体发肤受之父母，不敢毁伤，犹自有理；若谆谆言礼乐制度，此不通之说。予一向怜爱群臣，听其自便，不愿刺头者不强，今既纷纷如此说，便该传旨叫官民尽皆剃头。
在场的大学士等，包括洪承畴在内，对多尔衮的这番议论并不以为然，但由于他们多系汉人，也不好再说什么，只能建议他对此事不要逼得过急。于是，他们向多尔衮劝说：
王上一向恃爱臣民，尽皆感仰，况指日江南混一，还望王一宽容。
不过，多尔衮对大学士们的劝说并未听进去，几天以后，六月初五，他派侍卫尼雅达、费扬古带着皇上的敕书去慰问嘉奖多铎，同时让多铎传达：
各处文武军民，尽令薙发，倘有不从，以军法从事。
10天之后，多尔衮以顺治帝的名义谕礼部正式下达薙发令，且限期只有10天，迟疑者，“必置重罪”。更甚者，他还公然堵塞了言路，不许为此事再进奏章，进者“杀无赦”。二十八日，多尔衮又颁诏河南、江南、江北没有归降的地方，要他们从速归顺。诏文说：
传檄江南各省地方，速令归附，仍立与限期，近者一月，远者三月，各取薙发投顺遵依文册汇奏。
这样，剃发不剃发就成为投降不投降的标志，各地执行起来层层加码。有的地方限3日内全部剃发，有的甚至限令1日内就要剃完。有些百姓剃的发式不合满洲人式样，也被处死。薙发令下达以后，清兵带着剃发匠沿街巡视，看到留发的汉人，就拦住强行剃发，稍有反抗，就将他的头砍下悬挂起来示众。
本来，多铎至南京、无锡、苏州、杭州，都比较顺利，没有引起太大的骚动，甚至一些故明文人还称赞清军进入上述地方“秋毫无犯”。但是，多尔衮的一个薙发令，刺激了民族感情，如点火浇油，江南人民纷纷起而反抗。苏北的弘光政权总漕田仰，打起反剃发的旗帜，率众起事，杀死清朝通州、如皋、海门的牧令。安徽池州府推官朱盛浓，也起来反对薙发令，“统兵诈称十万，结寨石埭县七里地方”，攻破青阳，俘虏清任命的知县吴瑶，杀死典史林绍台；攻下石埭县，俘获典史赵云太。安徽宁国府所辖的宣城南湖地方，百姓聚集起来，不肯剃头。安徽旌德知县黄综，是清朝新委任的，原来县里的吏书都去路上迎接他，听说黄综来传达薙发令，中途都逃跑了。地方上的百姓，也不许县里的衙役去迎接县官上任。
湖南人民也起来反抗薙发令，柯正藩聚众劫掠保安等地方。湖北蕲水县的刘时习，率众半夜入城，反抗剃发。江西已降清的原农民军将领王体中，接到薙发令后，不肯剃发，“传集兵马，带领亲丁”，准备起事，投奔南明，后因事情泄露被杀。湖北白云寨主易道三、王光叔等，联络40处，其中还有原明朝兵部尚书张缙彦，这些人原来已经归顺清朝，“近因头，聚众复叛”。
西北的陕西、甘肃，也出现了人民反剃发活动，在这些反抗斗争中，最剧烈的是江南江阴和嘉定的人民的抗清斗争。
江阴是江南的大县，为长江下游采石以东的重要门户，是清军南下的战略要地。顺治二年（1645年）六月，清军占领江阴，派降清的新知县方亨到任。上任时，他还身着纱帽蓝袍，未改明朝装束。二十八日，他推行薙发令，诏令里还有“留头不留发，留发不留头”等语，群情愤怒，要求留发。方亨不允，百姓斥责他说：“你是明朝进士，头戴纱帽，身穿圆领，来做清朝知县，羞也不羞？”闰六月初，县北门少年起乡兵，四城响应的有上万人，他们来至县衙门前，放枪呐喊。方亨见事不妙，急令人关上县衙大门，他忙写信给常州太守说，“江阴已反，速下大兵来剿”。这封书信被民众缴获，大家更为愤慨，来到县衙，用手巾套住方亨的脖子，把他拽了出来，然后关入狱中。秀才许用等集合在文庙前，提出“头可断，发不可薙！”的口号，四乡人民纷纷赶来，达到十几万人之多。他们公推典史陈明遇为城主，后又请来前任典史阎应元进城，共同领导抗清斗争。
阎应元是北通州人，原为明朝江阴典史，清朝入江阴，他携家出城，住在祝塘。陈明遇知他有胆略、有治才，于六月中旬请他共同抗清，阎应元说：“若等能听我则可，不然，不能为若主也。”陈明遇等表示可以。徽商程璧，把他的财产17万两银子全拿出来充饷，许多大户富商都慷慨解囊。清常州知府得知以后，派300兵丁前来镇压，行至途中就被江阴的乡兵消灭了。清朝又派步兵前来，也遭到江阴人民的阻击，只得不断增兵。阎应元、陈明遇有谋略，四门分堡而守，“仪容甚盛，清兵遥望，惊疑为将”。清兵用棺木、牛皮遮体攻城，城内射出砖石、火罐和毒箭，迫使他们撤退。阎应元、陈明遇身先士卒，昼夜不寝，巡视城防。全城百姓都投入战斗，盲人帮助拆下公房的砖瓦，供修补城墙用；老弱妇女负责做饭、救护。清军没有想到在江阴这样弹丸之地遇到如此顽强的反抗，久攻不下，多次派人劝降。
多尔衮亲自下令招安，豫王多铎也写信给阎应元、陈明遇劝降，降将刘良佐策马至城墙下说降。阎应元坚定地表示：“有降将军，无降典史”，并令城上火箭齐发，刘良佐慌忙逃回。清朝见劝降不成，又从松江等地调集兵力，从南京调来几十门西洋大炮。江阴人民血战了81天，终因寡不敌众，于八月二十一日城破。人民继续巷战，陈明遇战死，阎应元投水被俘，大骂清军而死。
清军为攻取江阴，共出动了24万军队，战死75000多人，当地还传说死了3个王爷、18个将军。不管这是不是事实，总之清兵在江阴一地伤亡惨重。为了报复江阴人民的抵抗，清兵入城，下令屠城三日，城内外被杀的达几十万，只有十二三岁的童子不杀，再就是躲在寺庙塔上的一些人幸免，“满城杀尽，然后封刀”。
距江阴东南200多里的嘉定城，也爆发了大规模的反剃发斗争。清军始入嘉定，并没有给嘉定人民带来较大的不安。自闰六月十二日，薙发令开始在嘉定推行，百姓开始恐惧。第二天，城内外人民纷纷组织义军，进攻驻在东关的清军，杀死84人，焚毁40多艘船。清军偏将梁得胜率残兵狼狈逃往吴淞。驻在吴淞的清将李成栋闻报，彻夜不敢睡觉，派40多骑奔太仓告急，没到太仓就遭到义军截击。
几天以后，嘉定人民推举故明进士黄淳耀、前左通政使侯峒曾领导义军抗清。他二人原打算不在清朝做官，留在家乡当遗民。清朝的薙发令激怒了他们，断然表示断头容易，断发难！清军来攻城，义军千方百计防御，攻城的清兵，很多人被杀死。嘉定人民共同死守了12天。到七月初三，清兵用重炮轰城，城墙坍塌，城内人民把泥装在大袋里，用袋堵塞城墙。黄淳耀的弟弟黄渊耀是个文弱书生，也参加守城。他竟然用长木杠起重数百斤的大袋，登上城墙，大家都为他的勇气惊呆了。
第二天大雨，城上义兵已经露天守卫了3昼夜，两眼肿烂，遍体淋湿，加之饮食断绝，个个筋疲力尽。清军乘机登城，侯峒曾仍在指挥战斗，他的两个儿子忙问他：“事急矣，何以为计？”他回答道：“有死而已，复何言。所恨者枉送一城百姓耳！”
他还没说完，城已破。侯峒曾归拜家庙，让两个儿子走避，二子都愿与父相从，父子三人投河而死。
城破以后，黄渊耀急忙去告诉哥哥黄淳耀，两人同骑一马来到城西寺中，随后兄弟二人悬梁自尽。
清兵入城后屠杀百姓2万多人，李成栋将掠夺的子女、金帛，用300只大船运走。20天之后，嘉定人民重振义军，将清军赶了出去。但几天以后，清军再次攻入嘉定，嘉定人民又遭到一次屠杀。八月中旬，原明朝把总吴之蕃起兵反攻嘉定，结果失败，嘉定人民遭到清军第三次屠杀。“嘉定三屠”反映了人民不甘屈服暴力的反抗精神，也反映了清军南下的残暴。
江阴人民和嘉定人民的抗清斗争，说明清朝民族压迫政策遭到了强烈反抗。这种反抗绝不只局限在江阴和嘉定，除前边所提到的地区外，还有太湖生员陆世钥起兵，原明职方主事吴易等起兵进攻苏州，原明朝中书舍人卢象观（即卢象升的弟弟）率兵攻打南京，原明朝御史金声等起兵于安徽绩溪。
清朝入关以后，最高统治者多尔衮由于采纳洪承畴等汉臣的正确意见，施行较为顺民心的政策，因此，统一北方，只用了短短1年时间。后来，多尔衮由于被胜利冲昏头脑，不顾内院大学士洪承畴等人的意见，急急下达薙发令，结果汉族人民“为保护他们的头发和服装所表现的悲愤和战斗勇气，甚于保护国家和皇帝，他们往往宁愿掉脑袋也不愿遵从鞑靼风俗”。这样造成清军南下受到重重阻碍，打乱了原来的统一计划，致使统一南方，用了整整17年的时间。
17世纪中期，中国的通讯设施还是沿用周朝古老的驿传制度，由信使和邮卒乘驿马或邮车，一站站地传递文件。因此，薙发令下达以后，各地尤其是江南掀起的巨大动荡，远在京师的多尔衮，并没有直接的感受。相反，在薙发令下达以后的1个月，英亲王阿济格镇压李自成农民军的捷报，才传到京师。
清廷确切得知李自成、刘宗敏均已被杀，多尔衮认为大局从此已定，尚未归降的地方，可以不必再动刀兵，只要派些大臣去招抚就可以了。顺治二年（1645年）闰六月初六，多尔衮召见内院大学士，得意地向他们说道：“金陵既已定，其余诸省即当遣人带诏招抚。”大学士们回答说：“各省抚按等官亲往招谕自己地方，责任定然，处事精详，百姓既有系属，草窃无不立解。”
从大学士的回答里可以看出，他们主张派当地抚按官员亲自去招抚，认为这样可以把事情做得更好些，几天以后，十二日，多尔衮为招抚的事，召见六部和都察院以及内三院的大臣，对他们说：“方今江南平定，人心归附，若不乘此开基一统，岂不坐先机会。诸臣各宜同心一力，因时建功，凡属职业当务，切实恪共底绩，毋尚虚名，徒饰浮说……果能矢忠矢公，清廉勤慎，各尽职业，天下自致太平。”
在场的吏部侍郎陈名夏和都察院副都御史刘汉儒立即表示，应天府、江西、湖广已经归顺，要尽快派抚按官员去安抚。多尔衮认为，对没有平定的地方，要先派大臣去招抚，然后再设抚按。刘汉儒建议用能力很强的人去招抚。陈名夏是应天府溧阳人，很有才干，他毛遂自荐去招抚江南。不过，在召见这些人之前，诸王、内院早已推荐洪承畴担当此任，多尔衮完全赞成。于是，他就对召见的人说：“我在东边，只闻洪军门是至清的好官，其用兵上阵亦有可观。松山之战时我就很费心思，亲自披甲上阵，现在身体病弱，就是那会儿留下的病根。”
冯铨听他的话对洪承畴不利，赶忙说：“洪军门以前有罪，如今到江南去总督军务，就可以立功赎罪。”
多尔衮认为冯铨误解了他的话，就接着说：“我亦见他做得来（指去任招抚工作），诸王也荐他好，故令他南去。”
洪承畴听了多尔衮后边这句话，忐忑不安的心，才平静下来。多尔衮讲这话，并非出于他和诸王对洪承畴的偏爱。事实是，在此之前，洪承畴已起了招抚原明朝大臣的作用。像明蓟镇总兵唐通，曾与吴三桂等在原明蓟辽总督洪承畴手下参加过松锦之战，后来又降过李自成。清军入关以后，作为洪承畴的旧部，唐通降清自然与洪承畴不无关系。还有明朝花马池副总兵董学礼，也是洪承畴的旧部，他的降清，也与洪承畴牵线有关。后来董学礼对清初安定陕西，起了相当的作用。
还有弘光政权的四镇将之一的刘泽清，在弘光帝派使臣至清议和时，他托使臣带信给吴三桂、洪承畴等，信中仍称洪承畴明时官称“洪制军”，目的显而易见是拉拢关系，为他的投清留条后路。后来，他果然降清。还有，顺治二年五月，多铎下江南时，沿途归降的很多。其中，有洪承畴任陕西三边总督时的旧部，原弘光政权的提督李本深，率众13万前来归降。
归降以后，李本深即随多铎大军南下，建立战功。李本深的归降应同董学礼等一样，也与洪承畴有关。可以说，洪承畴自随多尔衮入关以来，就不断招徕旧部或旧同僚，为清朝赢得一批明将明臣。正是由于他已经在招抚旧部方面作出了成绩，所以多尔衮才会说：“我亦见他做得来，诸王也荐他好，故令他南去。”
闰六月十三日，清朝正式任命洪承畴以原官总督军务，招抚江南各省地方，多尔衮还赐他衣帽。十四日，清廷为洪承畴铸了“招抚南方总督军务大学士”印。七月初三，多尔衮又以顺治帝名义赐敕洪承畴，这是临行前给洪承畴的指示，也是平定江南的具体政策，概括起来主要有以下几方面的内容。
首先表示对洪承畴的倚重。江南初定，人心还有疑虑，有些人还在观望，没有归顺，所以清廷安抚江南，就要靠洪承畴了。
其次是给他布置去江南的具体使命：一是宣传清朝德义，兴利除害，让归附的人民得到一些实惠。遇到关系到国计民生的大利大害，要随时奏报，请旨兴革，官兵如有不法扰民的举动，要依法处理。二是对尚未归顺的地方，先招降，招降不成，再用兵，对于那些聚众于山林反抗的，令下面的抚镇官尽快消灭。三是对南方归降的水陆军队，挑选精壮的训练成水军，以备调用，但不要弘光政权新组织的军队。四是对隐居山林的和故明乡绅中有才德的，要寻访来录用，对文武官员中有才干、有政绩、有战绩的，要推荐提升；对奸诈、贪婪、庸懦之辈，要及时奏请罢免。至于在战争中，表现不好的，地位又较低的官员，要以军法从事；地位较高的官，要向朝廷反映。
再次是给他安抚江南的权限：对将来归附的各省，由他节制；敕文中没有涉及的事，可由他“便宜”行事。同时，对于官兵的统领，要他同固山额真叶臣及督抚镇等官，共同调遣。遇有军事上的大事，可与平南大将军多罗贝勒勒克德浑商议。
最后，在敕文里，再一次表明清廷对洪承畴的期望：“德威遐布，南服永清”，不要“有负倚托”。
从敕文内容上，明显地看出清朝对洪承畴的信任、倚重和期望。不过，洪承畴毕竟是汉族降臣，且地位尚不足以独当一面。所以，就在这篇敕文下达的同一天，清廷又命多罗贝勒勒克德浑为平南大将军，以固山额真叶臣佐之，让他们代替定国大将军、和硕豫亲王多铎在江南的位置。多尔衮同时致书多铎，令他班师回京，一切事务交付勒克德浑、叶臣和洪承畴办理。
面对遍及江南各地的抗清浪潮，洪承畴采取了以招抚为主、以剿灭为辅的策略。他认为应“以平贼安民为责任。贼之胁从数多，不招抚必不能平贼”。在江南的招抚，主要利用他在明朝为官时的旧关系。像原明朝兵部尚书张缙彦，原在陕西任知县六七年，和洪承畴是知交。后洪任兵部尚书，他又是兵科给事中，仍有来往。崇祯十六年（1643年），张缙彦升任兵部尚书时，洪承畴已经降清。李自成进北京以后，张缙彦率百官表贺。清军入关，李自成退出北京，张缙彦逃回河南新乡老家。福王在南京即位，他上疏建议“集义勇擒伪官，收复列城”。弘光政权仍授他兵部尚书，并让他总督河北、山西、河南军务。
清军都统叶臣征山西时，军队过河北，他到军门表示愿归顺的意思。清朝河北巡抚罗绣锦要他去北京正式入朝，他有些疑惧，称脚有病迟迟不去，反而渡河南下。罗绣锦听说他已经接受了南明弘光政权的三省总督职位，就将他在新乡的家产全部没收。后来，多铎率师统一河南，张缙彦躲到六安州（今安徽六安）商麻山中，那里地处江南（这里指清朝顺治二年设立的江南省）、湖广、河南三省交界处，地势险要，他在那里联络堡寨，据险自守。
洪承畴得知后，两次写信给张缙彦，信中告诉他：“皇叔父摄政王宽仁厚德，一经投顺，必不念既往，大清朝从来不失大信。”
经洪承畴多方开导晓谕，张缙彦解除了疑虑，终于投降了清朝。他亲赴江宁，面见洪承畴归顺，“赍缴总督印，及解散各寨士民册，承畴疏荐之”。洪承畴为此事向朝廷上报的题本中，说明了张缙彦归降的作用：
兹缙彦率两道具揭授诚，虽未报到安庆地方，而怀恩向化，归附已的。缙彦一投，则三省接界地方四十余寨，远近观感，自可渐次驯服。
清朝河南巡按宁承勋也为此事上奏邀功，并得到回旨，让张缙彦进京朝见。这更说明张缙彦投顺的作用，洪承畴只用了两封信，就解决了江南、湖广、河南三省交界处40余寨的抗清势力，避免了清军与这里抗清势力兵戎相见，这自然是他在清朝统一全国、招抚江南中的一大功劳。
还有明朝的总兵高进忠，有军队3000多人，战舰69艘，驻守在崇明（今上海崇明），观望形势的发展。洪承畴了解到高进忠的情况，认为应当设法招抚他，既可收复崇明，又能得到一支人马，尤其是战舰，对清军来说更为需要。于是，洪承畴又亲自写信招降，高进忠为他的信所动，投降了清朝。洪承畴向朝廷报告这件事的奏本中说：
进忠今已到江宁……臣等验系辽东镇江人，堪称勇壮，旦解甲投诚，忠顺可嘉，己檄行巡抚土国宝、提督吴胜兆，查给钱粮，悉心照管，无令失所，用副圣明安抚江南至意。
此后，崇明的收复以及沿海一带的安定，都与高进忠的降清分不开，洪承畴招抚江南又得一功。
洪承畴不仅招徕故明的文臣武将，还招徕农民军将领。顺治二年九月下旬，原李自成的泽侯田见秀、义侯张鼐等，在他的招抚政策影响下，“赴省投诚”。洪承畴将此情况上报，清廷“命照恩诏事例免罪录用”。
洪承畴招抚江南由于运筹得当，很快取得效果。九月底，他向清廷的奏报中说道：
江西南昌、南康（治所今星子县）、九江、瑞州（治所今高安市）、抚州、饶州（治所今鄱阳县）、临江、吉安、广信、建昌（治所今南城县）、袁州（治所今宜春市）及江南徽宁等府俱平。
为了使这些地方迅速归于清朝，他除了充分利用旧关系并做好地方上层包括原明朝官吏和乡绅地主的争取工作外，同时也很注意不去伤害百姓，注意安定民心。每到一处，他都发布告示晓谕“朝廷德意”。如，他和叶臣派军队进入徽州（今安徽歙县）后，令军队“驻营城外，不令一兵入城，出示安民，市肆如故”。清廷的最高统治者见到洪承畴的疏报，异常欣喜。多尔衮代顺治帝写信给洪承畴说：
得旨览卿奏，徽郡已经收复，兵不入城，秋毫无扰，具见运筹制胜，纪律严明，朕甚嘉悦。有功镇将及在事文武各官，通著察明叙录。抚辑善后及招谕事宜，俱听卿商确便宜行事。
从这道旨文里，看得出清廷由于他下江南后功绩卓著，不仅表扬了他，还更加信任他，给他更大的权限。也就是说，有关招抚的事，可以不必再请示朝廷或勒克德浑，也不必再与叶臣商议，而由他独自处理。这样，他招降明朝官员和农民军将领的活动就更加积极主动了。
这年十一月底，他一次向朝廷举荐“故明南京翰林卿寺科道部属等官黄义焕等一百四十九员，堪备任用”。他还具体地向朝廷建议这些人各适合担任何种职务。这些足见洪承畴为清朝竭尽心力考虑得多么周全，也看出他希望这些人在新王朝里能够做到人尽其才。洪承畴这样做，不但使江南许多地区迅速平静下来，而且为清廷招徕了大批人才。他作为一个故明降臣，如此热衷招降明朝故旧，并加以录用，是由于清朝中央对他的信任和他对清王朝的忠诚。
清廷令洪承畴招抚江南的任务，除总督军务之外，还要“兼理粮饷”，也就是说军队、政府的开销以及清政府的粮饷来源的一大部分，也要由他来筹理。这些开销的主要来源就是征收赋税。江南是富饶的地区，自唐宋以来，就成为历代政府税收来源的主要基地。清朝灭掉弘光政权以后，清统治者认为：“从此财货、贤能皆为我有，而一统之大业成矣！”清廷交给洪承畴的这副担子，并不比总督军务轻。正由于如此，洪承畴到江南以后，令地方各级官吏尽力“催征钱粮”。
据他本人于顺治四年底给朝廷的揭帖上统计，从顺治二年十一月至顺治四年十二月，由他经手，江南解北钱粮，“计先后起解十八次，共银七十三万七千三十两九钱”，湖广、江西各地的饷银还不在内。洪承畴对起解饷银十分重视，“每解一次，职会操江院臣陈锦，俱差有官舍同行管解、应用夫马及官役廪粮，并沿途护送官兵。”同时发给牌文等。由此可知，洪承畴招抚江南，不仅使清初在江南的统治得以迅速稳固，而且使清王朝的财政收入得以充实，从而为清政权的巩固立下了不朽的功绩。
洪承畴在江南任职期间，如上所述勤勤恳恳、兢兢业业，他所管辖的地域很广，除江南省本身以外，还需策应江南各省；所管的方面很多，除军事调动、策应外，还要负责经济上的赋税征收、解运，军队和地方的粮饷支出，地方行政事务及招抚降臣等。在江南形势动荡、连年战乱的情况下，他的担子是极其沉重的，很多复杂而棘手的问题，很多迫在眉睫必须当机立断的问题，都需要他“无不竭尽心力”地去解决。正像他自己所说的，在江南期间，他是“昼夜冰兢，不敢顷刻自逸”。不仅白天公务繁忙，晚上还要秉烛理事到五更天，天天如此。
在他任职1年以后，顺治三年七月，与他同赴江南的平南大将军勒克德浑班师回京的第二天，洪承畴也疏请回京。清廷以江南尚未大定，没有同意，并赐给他妻子银100两、貂皮200张，对他进行抚慰，让他继续在江南任职。刚去一年，洪承畴为什么就请求回京？看来，一方面是由于工作繁多，过度辛劳；更重要的另一方面恐怕还是由于他是汉臣，工作比较难做。不过，无论他怎样想，他也只能按清廷的命令继续干下去。
到这年年底，洪承畴又上疏请求回京，原因是由于过度劳累，在这一年的十一月二十九日，当他走进公署时，忽然一只眼睛看不清楚了，如他在上书中所说：“右目如有蒙蔽，及至衙门办事，右目瞳子已有内翳，若自掩左目，则右目径不能见字，数步之内，不能辨人物，必开左目，然后能见字。”
按他所说的病情，应当是患了白内障，这病自然不是三两天就能好的，何况当时的医疗条件很差，从十二月一日起，他不能再进公署办事，每天只好在私宅理事。他原想请医生调理几天就会好的，没想到十几天以后仍然不好。
在私宅理事，接见官员有很多不便，早晚也不能再秉烛看文件。他担心这样下去，左眼的负担太重，会导致双目失明，为此他再次上疏，将他的病情如实上报，希望朝廷能理解他目前的困难。
接着，他要求能把福建家属接到江宁来。这个要求很快得到回音，同意他的请求。然而，他还没来得及派人到福建接家属，他的弟弟、儿子和老家人陈应安，已于顺治四年（1647年）二月二十日从福建泉州老家赶到江宁，向他报告，其父洪启熙已于去年九月病逝。洪启熙多年生病，明末洪承畴忙于军务，不能照料父亲；降清以后，老家尚在明朝统治之下，他也无从回家乡探望。待洪承畴到了江南，公务更忙；后来清军进入福建，但福建还很不安定，他和家里书信往来时通时断。受儒家礼教训导成人的洪承畴，闻说父亲去世，自然会感到自己不孝。因此，他向朝廷请求让他“回京守制，终丧三年”，以“稍尽子道”。这个揭帖去后，仍然没有得到允许。于是在这年四月，洪承畴再次为父丧和眼病上揭帖，要求允许他回京守制。
由于父亲病死的消息传来，洪承畴病了一场，眼病加剧。但就是在这种身体条件下，他仍然是“一有传奉圣旨，则顷刻不可停留；一遇各省剿抚、兵食，则远近不可稽迟”。劳累的结果使他不但右眼“咫尺之内，不能见一人，辨一物”，而且左眼“益觉昏花”。但是，他没有接到“钦件”，“何敢停手！”在他一再请求之下，清廷终于在这一年的七月同意他回京师并入内院理事，但必须等到新任江南、江西、河南总督马国柱到任，方可离开江宁。他们的交接工作大约是拖到顺治五年三月进行的。
洪承畴几次请求回京，除身体劳累成疾和父丧之外，还有一层更为重要的原因，使他感到继续留在江南，已经不合适了。那就是故明宗室鲁王朱以海及手下的一些人，施反间计。由于洪承畴在清统一江南的过程里起的作用相当大，鲁王就想以封洪承畴为国公、封江宁巡抚土国宝为侯的办法，施反间计。他发下敕书，敕书里“有为内应，杀巴、张二将，则江南不足定”的话。鲁王派间谍谢尧文拿着这个敕书，准备偷偷送给洪承畴和土国宝，同时送去的还有鲁王手下黄斌卿写给洪承畴和土国宝的信。敕书里的巴、张二将是指清将巴山和张大猷，他二人是清军驻防江宁的提督。
结果，在顺治四年四月，巴、张二人手下的柘林游击陈可，抓获了谢尧文，搜出鲁王的敕书和黄斌卿的信。巴山和张大猷将这事上报朝廷，朝廷奖励巴山、张大猷二人“严察乱盟”，同时谕慰洪承畴、土国宝说：“朕益知贼计，真同儿戏，因卿等皆我朝得力大臣，故反间以图阴陷。朕岂堕此小人之计耶？”
朝廷命巴山和张大猷“与承畴会鞫谍者”。初兴的清朝，从多尔衮到满洲官员，头脑很清醒，对鲁王的反间计，自然不信。他们不但安慰洪承畴、土国宝，而且让他俩参加审问鲁王的间谍罪，以表示对他俩的信任。尽管清朝最高统治者对此事表现得毫不介意，但对洪承畴来说，毕竟内心有些不安。因此，他以病、父丧为理由，更为坚决地要求回京。
一波虽平，一波又起。广东的僧人函（或亟）可，是故明尚书韩日缵的儿子，出家多年，顺治二年春，从广东来到南京印刷藏经。不久，清军占领南京，函可久居江宁，想回广东。因韩日缵是洪承畴的会试房师，于是，函可就去找洪承畴，请他发给通行印牌，以便返回广东。洪承畴看在过去房师面上，又想函可是个和尚，没什么问题，就给了他通行印牌。
顺治四年十月，函可和随行的僧人金腊等5人一起出江宁城。巴山、张大猷手下的守城人，从函可带的竹箱里，查出福王答阮大铖书稿和《变纪》一书，都有反清内容，5人均被扣留审讯，送洪承畴处。巴山、张大猷将这事上报朝廷，洪承畴上疏引咎。吏部奏议，“以承畴徇情于给印牌，应革职”。多尔衮认为洪承畴“奉命江南，劳绩可嘉，姑从宽宥”，由顺治帝下旨没有革他的职。
洪承畴在招抚江南各省的这段时间里，为清朝的统一和安定江南作出了重大的贡献，效果是显著的。南明隆武政权的覆灭，以及其他部分抗清势力的剿平，都表明他招抚政策的成功。江南是抗清势力最活跃的地区之一，江南的稳定，对巩固清中央政权的统治有着重要意义。至于清王朝在江宁地区的统治机构和官员设置，也在他的筹划之下，逐步建立和充实起来。清中央政府通过洪承畴的征集，从江南得到了不少钱粮财富。
这些功绩，清最高统治者都十分清楚。尽管在任职后期，洪承畴出点差错，但同他对清朝的功绩来比，是微不足道的，而且有的差错，是由于工作太多太忙而出现的疏忽。如顺治四年九月，由于洪承畴工作疏忽，将清朝工部送江宁织造的诰轴式样看错，结果，织出的诰轴，仍是明朝样式。出现这种疏忽，是由于送诰轴样式的时候，即顺治三年八月，正是江宁“省城内外谋叛，关闭城门，孥审叛党之时”；同时，从“北京差来章京冯世爵等，调炮车赴湖南”。这些军事行动对洪承畴来说，已经搞得“手脚忙乱”，自然顾不上诰轴的事。不过，由于他的疏忽，花费3600两银子织出的诰轴，全部不能用，还得重织。所以，他上揭帖请求处分，并提出“将职福建原籍产业变价还官，另行造补”的补救办法。吏部部议应当“削宫保部院职衔”，旨意是免予处分，多用的钱自然也不会让他变卖家产去抵还。清初当政的多尔衮对洪承畴的功劳还是很肯定的，不会去计较相形之下的小差错。
无论对清廷还是对当时的中国来说，洪承畴招抚江南的贡献无疑是重大的。他推行的招抚政策，减少了武力征服，对百姓和社会来说也就减少了战乱和破坏，这自然有利于百姓和社会的安定和生产力的发展；在催征赋税的同时，洪承畴根据当地实际情况，注意民间疾苦，多次向朝廷申请减免赋税，呼吁朝廷救济重灾区。这对处在水深火热的人民来说，当然是极大的帮助，同时也有助于社会生产力的恢复和发展。
当然，洪承畴受命招抚江南，也镇压屠杀许多江南抗清义军。是时，隆武政权依然控制着福建、两广、湖广，以及安徽、江西等地，拥有数十万军队和义军。洪承畴首先将进剿的目标指向了金声所部。金声为徽州休宁人，原明御史，唐王（朱聿健）的隆武政权封他为兵部右侍郎兼都察院右都御史，巡抚徽、宁、池、太等地。金声募乡兵十余万，以徽宁四塞天险，各山置13营，守以13副将，又以绩溪一面当冲自任守之，再派重兵扼丛山关，多次攻击清军。洪承畴命都统叶臣、提督张天禄、总兵卜从善、李仲兴、刘泽泳等攻之，连破十余寨，于顺治二年月攻克绩溪，收复徽州。金声被俘后，以劝降不从被杀。
获悉徽州为清军攻克，隆武大学士黄道周于十二月率兵前往救援，直取婺源。洪承畴命总兵卜从善、李仲兴等出击，遂“斩杀多贼，生擒逆首”，黄道周亦被俘，以不屈押至江宁杀之。黄道周、金声等被杀，意味着隆武政权受到重创。所以，是役告捷，洪承畴称“东南事从此可定”。然而，此时尚有诸支明宗室结成的义军频频出击。
顺治三年正月，故明宗室瑞昌王朱谊泐、总兵朱君召等邀集同谋，合兵2万进攻江宁，并策动“内应”欲里应外合。洪承畴得报后，立即先诛内应，然后调集满汉官兵分力擒剿，既而大败之。由于瑞昌王朱谊泐逃脱，城内城外仍潜藏诸多谋叛之人，洪承畴下令关闭江宁各城门，亲统满汉官兵大肆搜捕，将“城内逆贼擒获甚多”。至顺治三年末，遂执明宗室瑞昌王朱宜泐、经略韦尔韬、总兵杨三贯等6人，十二月“就军前正法”，并传首江南各地以儆叛乱。至顺治四年二月，又先后擒获明宗室抗清者朱谊石、朱常淇、朱常災、朱谊贵、朱由摌等，以及经略、总兵数人，“并请命斩之”，于是，“江南众郡县以次定”。
