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第四节 清军入关，洪承畴献策
洪承畴降清1年多之后，崇德八年（1643年）八月九日，皇太极突然去世。大约是积劳成疾，患了脑卒中、高血压之类可以迅即死去的病症，终年只有51岁。皇太极是突然离开人世的，事先又没有立皇太子，这样，他死后必然发生争夺皇位的斗争。经过激烈的角逐，诸王达成妥协，让皇太极的第九子，当时只有6岁的福临，继承了帝位，而由皇太极的弟弟和硕睿亲王、有权势的多尔衮，担任摄政王，改元顺治。顺治帝在沈阳的即位，结束了满洲贵族争夺皇位的斗争。于是，清统治者的注意力，重又投向关内。
天聪、崇德年间大批汉官降清后，曾多次把中原农民军的情况汇报给皇太极，特别是镇压过农民军，对其底细颇为知晓的洪承畴被俘投降后，清统治集团对农民军的情况不可能不略知一二。不过，此时多尔衮显然对农民军缺乏更为深入的了解，还没有意识到农民军攻取三边、威胁京畿，已成为他入主中原的最大威胁和潜在的对手，而试图与农民军建立联系，协同攻明。因此多尔衮与谋臣商议之后，于顺治元年正月派人去陕西与农民军联系，并写了一封信：
大清国皇帝致书于南据明地之诸帅：
朕与公等山河远隔，但闻战胜攻取之名，不能悉知称号，故书中不及，幸毋以此而介意也。兹者致书，欲与诸公协谋同力，并取中原，倘混一区宇，富贵共之矣，不知尊意何如耳。惟速驰书使，倾怀以告，是诚至愿也。
顺治元年正月二十六日。
第二天，多尔衮便派正白旗石廷柱手下的迟起龙、镶蓝旗李国翰手下的缪尚义以及蒙旗中的二人前去下书。三月初三日，他们到达陕西的榆林，迟起龙等将书信交给农民军榆林守将王良智，王良智阅信之后，亦写了一封回信，并将原信退给他们说：“信上有‘众帅’二字，又有给主上的意思，信拆了就不好再向上呈交了，所以把信退还，只把上面的话奏知主上。
可惜，我们不知道王良智答信的具体内容，更没有见到李自成对此事的反应，很可能是王良智将此事报告李自成时，北京已被农民军攻破，根本用不着联合清军来‘并取中原’了；或与明朝谈判如果成功，还要助师明朝制服‘辽藩’，也就不可能与清军联合。”
在迟起龙等人的回报到达之前，多尔衮无法安排统一的战略，只继续在朝中加强自己的地位。二月间，他曾以失朝罪轻罚了阿济格和多铎；以未经奉旨、擅自带领部员挑选八旗女子，罪罚多铎等人银两不等；以征锦州、松山、山东，以及攻克中后所、前屯卫等功劳，提拔了一大批将领；增设内三院学士。三月，又定摄政王及诸王仪仗，凡出猎行军，摄政王仪仗前导，奏乐而行，仪仗中再增红伞、大纛、红仗、撒袋、大刀、枪等，明显异于诸王。而且遇事摄政王正坐，而诸王两旁叙坐，其代摄国政之权已通过礼仪得到承认。
当然，多尔衮同时也做好了攻明的准备，三月十六日，防守锦州的镇国公艾度礼解回的逃人声称：清军攻下前屯卫等城后，宁远一带人心恐慌，闻风而逃。因此，多尔衮下令修整军器，储粮秣马，等四月初大举进讨明朝。但他不知此时关内李自成已进占居庸关、昌平，正在奋力攻打北京；宁远总兵吴三桂奉旨放弃宁远，带兵退入关内，火速回京救援。又过了十几天，三月二十九日，迟起龙的回书终于到了。虽然多尔衮从中并未得到什么重大情报，但得知大同也已被农民军攻下，京师的陷落已指日可待了。但他哪里料得到，这时候，北京换了主人已经10天了。
四月初四日，在清军即将出发之际，正在盖州温泉养病的内院大学士范文程急忙上书多尔衮，分析了当时的形势，提出了南取中原的计划和策略，积极促进了清军的出兵入关。这位谋士认为：
乃者有明，流寇距于西土，水陆诸寇，环于南服，兵民煽乱于北陲，我师燮伐其东鄙，四面受敌，其君若臣，安能相保耶？顾虽天数使然，良由我先皇帝忧勤肇造，诸王大臣祗承先帝成业，夹辅冲主，忠孝格于苍穹，上帝潜为启佑，此正是摄政诸王建功立业之会也。窃惟成丕业以垂休万祀者此时，失机会而贻悔将来者亦此时。何以言之？中原百姓蹇罹丧乱，荼苦已极，黔首无依，思择令主，以图乐业，虽间有一二婴城负固者，不过自为身家计，非为君效死也。是则明之受病种种，已不可治，河北一带，定属他人，其土地人民，不患不得，患得而不为我有耳。盖明之劲敌，惟在我国，而流寇复蹂躏中原，正如秦失其鹿，楚汉逐之，我国虽与明争天下，实与流寇角也。为今日计，我当任贤以抚众，使近悦远来，蠢兹流孽，亦将进而臣属于我。彼明之君，知我规模非复往昔，言归于好，亦未可知。傥不此之务，是徒劳我国之力，反为流寇驱民也。夫举已成之局而置之，后乃与流寇争，非长策矣。曩者弃遵化、屠永平，而径深入而返，彼地官民，必以我为无大志，纵来归附，未必抚恤，因怀携贰，盖有之矣。然而有已服者，有未服宜抚者，是当申严纪律，秋毫勿犯，复宣谕以昔日不守内地之由，及令进取中原之意。而官仍其职，民复其业，录其贤能，恤其无告，将见密迩者绥辑，逖听者风声，自翕然而向顺矣。夫如是，则大河以北，可传檄而定也。河北一定，可令各城官移其妻子避患于我军，因以为质，又拔其德誉素著者，置之班行，裨各朝夕献纳，以贤辅翼。王于众论中，择善酌行，则闻见可广，而政事有时措之宜矣。此行或直趋燕京或相机攻取，要当于入边之后，山海长城以西，择一坚城，屯兵而守，以为门尸，我师往来，斯为甚便，惟摄政王察之。
范文程于清军出师前的上书，从其内容来看，具有极为重要的战略意义。首先，明朝此时内忧外患，“受病种种，已不可治”，必须抓住这个大好时机，进兵中原，否则天下将为他人所得。其次，清政权的最主要敌人并非明朝，而是农民军，所以不要等农民军夺得天下后，再与其争夺。这个认识在当时是要高于农民军领导人的，尽管时间略迟，但仍为日后清军的胜利奠定了基础。最后，改变过去杀人掠财，攻城不守的屠掠作风，要“申严纪律，秋毫无犯”，安抚百姓，争取汉族官僚的支持。这些建议，实际上成为此次大举入关的战略指导思想。
正在此时，李自成攻下北京或关内发生巨变的消息，可能为清军所闻。也许是多尔衮彻底明白了范文程上书的战略实质。因此，在“数日之内，急聚兵马而行，男丁七十以下十岁以上，无不从军。”多尔衮决心倾巢出动，“成败之判，在此一举”。出发前，多尔衮召集王公大臣会议，并连忙将正在盖州汤泉养病的范文程“驿召决策”。范文程进一步指出：“闯寇涂炭中原，戕厥君后，此必讨之贼也。虽拥众百万，横行无惮，其灭道有三：逼殒其主，天怒矣；刑辱缙绅，拷劫财货，士忿矣；掠人赀，淫人妇，火人庐舍，民恨矣。备此三败，行之以骄，可一战破也。我国上下同心，兵甲选练，声罪以临之，恤其士夫，拯其黎庶。兵以义动，何功不成。”范文程又再次告诫到：“好生者天之德也，古未有嗜杀而得天下者。国家止欲帝关东则已，若将统一华夏，非义安百姓不可”。从范文程的话中来看，农民军攻入北京，崇祯帝自缢，尤其是农民军在北京追赃逼饷，纪律松弛，斗志涣散的情况，已为关外清军所知，范文程的这些建议多数为多尔衮所采纳，促使清兵入关时在政策上发生了很大的变化，且确实收到了一定的效果。
出发前，多尔衮在发布动员令中说：“曩者三次攻明，俱俘虏而行，今者大举，不似先番，蒙天眷佑，要当定国安民，以希大业。”
四月初九日，多尔衮同豫郡王多铎、武英郡王阿济格、恭顺王孔有德、怀顺王耿仲喜、智顺王尚可喜、多罗贝勒罗洛宏、固山贝子尼堪、博洛，辅国公满达海、吞齐喀、博和托、和托，及八旗固山额真、梅勒章京等出征将领，至堂子行礼，又陈列八纛向天行礼。然后统领满洲、蒙古兵三分之二和汉军全部，鸣炮起行。
多尔衮统率清军从沈阳出发以后，仍像前几次入关侵扰那样，准备绕过山海关，从蓟州、密云毁坏长城入边。四月十三日，清军抵达辽河边。多尔衮自初九日出发，由于没有明确的攻击目标，和对关内详情不甚了解，特别是还不知道吴三桂的变化，军队一路缓慢行进，三四天只走了一二百里。
在这里，多尔衮问计于随军同行的洪承畴。洪承畴认为：
我兵之强大，天下无敌，将帅同心，步伍整肃，流寇可一战而除，宇内可计日而定矣。今宜先遣官宣布王令，示以此行，特扫除乱逆，期于灭贼，有抗拒者，必加诛戮，不屠人民，不焚庐舍，不掠财物之意。仍布告各府州县，有开门归降者，官则加升，军民秋毫无犯，若抗拒不服者，城下之日，官吏诛，百姓仍予安全，有首倡内应立大功者，则破格封赏，法在必行，此要务也。况流寇初起时，遇弱则战，遇强则遁，今得京城，财足志骄，已无固志，一旦闻我军至，必至焚其宫殿府库，遁而西行，贼之骡马不下三十余万，昼夜兼程可二三百里，及我兵抵京，贼已远去，财物悉空，逆恶不得除，士卒无所荻，亦大可惜也。今宜计道里，限时日，辎重在后，精兵在前，出其不意，从蓟州、密云近京处，疾行而前，贼走则即行追剿。傥仍坐据京城以拒我，则伐之更易……抵京之日，我兵连营城外，侦探勿绝庶可断陕西、宣府、大同、真、保诸路，以备来攻，则马首所至，计日功成矣。流寇十余年来，用兵已久，虽不能与大军相拒，亦未可以昔日汉兵轻视之也。
洪承畴在谈话中再次重申了严肃军纪，安抚百姓的内容，并建议清军快速行进，从蓟州、密云南下，围攻北京。特别提醒多尔衮对于富于作战经验的农民军，不能等闲视之。多尔衮在以后的作战中，还是基本接受了洪承畴的建议。他在尚未正式入关，投入角逐之前，通过范文程、洪承畴二人的出谋献策，基本确定了此次出师的战略方针。四月十五日，多尔衮率军至翁后（今辽宁阜新一带）时，遇到了吴三桂派来的两名求援使者，自此以后，整个战局骤然改观。
吴三桂降而复叛于农民军，重据山海关后，立即派人召集山海关的士绅大户，紧急商议如何对付农民军的征讨。然后，吴三桂一方面把全体军民都武装起来，随时准备与农民军决一死战。另一方面又自知寡不敌众，于三月二十七日，派人出关向清军求援，以等待清军来助。
吴三桂自玉田叛归山海关，约在四月初消息便传入京师，但未得到确证。至唐通被击溃，吴三桂正式扯大旗宣布反对大顺政权时，已为李自成所确知。李自成便令吴三桂父亲吴襄，手书一封已由大顺军谋士牛金星写好的招降书。晓以利害，继续做劝降吴三桂的工作。信中说：
汝以君恩特简，得专阃任，非真累战功历年岁也；不过为强敌在前，非有异恩激劝，不足诱致英士，此管子所以行素赏之计，而汉高一见韩、彭即予重任，盖类此也。今尔徒饬军容，选蠕观望，使李兵长驱直入，既无批亢捣虚之谋，复乏刑格势禁之力，事机已去，天命难回，吾君已逝，尔父须臾，呜呼！识时务者亦可以知变计矣。昔徐元直弃汉归魏，不为不忠；子胥违楚适吴，不为不孝。然以二者揆之，为子胥难，为元直易。我为尔计，不若反手衔璧，负锧舆棺，及今早降，不失通侯之赏，而犹全孝子之名。万一徒恃愤骄，全无节制，主客之势既殊，众寡之形不敌，顿甲坚城，一朝歼尽，使尔父无辜并受戮辱，身名俱丧，臣子均失，不亦大可痛哉！语云‘知子莫若父’，吾不能为赵奢，而尔殆有异于括也。故为尔计，至嘱！至嘱！”
吴三桂以绝命书的形式，在复信中表示：
不孝男三桂泣血百拜，上父亲大人膝下：
儿以父荫，熟闻义训，得待罪戎行，日夜励志，冀得一当，以酬圣眷。属边警方急，宁远巨镇，为国门户，沦陷几尽。儿方力图恢复，以为李贼猖獗，不久即当扑灭，恐往复道路，两失事机，故尔暂稽时日。不意我国无人，望风而靡。吾父督理御营，势非小弱，巍巍百雉，何至一、二日内便已失坠。使儿卷甲赴关，事已后期，可悲，可恨！侧闻圣主晏驾，臣民戮辱，不胜眦裂。犹意吾父素负忠义，大势虽去，犹当奋椎一击，势不俱生，不则刎颈阙下，以殉国难，使儿缟素号恸，寝戈复仇，不济则以死继之，岂非忠孝媲美乎！何乃隐忍偷生，训以非义，既无孝宽御寇之才，复愧平原骂贱之弄。夫元直荏苒，为母罪人；王陵、赵苞二公，并著英烈。我父嚄唶宿将，矫矫王臣，反愧巾帼女子！父既不能为忠臣，儿亦安能为孝子乎！儿与父诀，请自今日，父不早图，贼虽置父鼎俎之旁以诱三桂，不顾也！
男三桂再百拜。
与此同时，吴三桂又发布檄文，表示与李自成势不两立，决心与农民军为敌到底。四月初十日，“平西伯吴三桂移檄至京，近京一路尽传”。京师人心浮动，李自成打算退归陕西，他说：“陕，吾之故乡也，富贵必归故乡，即十燕京未足易一西安！”十一日，李自成开始召集工匠熔化追赃所得金银器皿，将其铸成大锭，并征用骡马开始运往陕西。
四月十二日，李自成召集部下商议东征讨吴事宜，打算派刘宗敏、李过等将领出征。但这些人“耽乐不已，殊无斗志”，不愿出征。李自成无法，遂决定于次日起程，亲征山海关。行期一定，李自成便将明大学士陈演、定国公徐允贞、新建伯王光通等贵戚官员60余人斩于西华门外，留牛金星、李牟等人领兵2万守京师，以安后方。
在李自成出师前，李岩、牛金星、宋献策等人都反对讨伐。李岩劝谏到：“主上不必兴师，招抚吴三桂，许以父子封侯，仍以大国封明太子，奉明祭祀，世世朝贡，与国咸休，则一统之基可成，干戈之乱可息矣！”主张对吴三桂继续招降，许以重利，不宜派兵讨伐。牛金星也对东征讨吴表示反对，他说：“不可，我新得京师，人心震叠，彼必不敢轻动，亟即真而颁爵赏，示激劝，偏师往击，未晚也。”宋献策更直截了当地说：“皇爷去，皇爷不利；三桂来，三桂不利。”李自成不听劝告，却认为：“吴三桂勤王兵仅三千，吾三十万，以一百捉一人，可靴尖踢倒耳！且三桂与北兵久相仇杀，必不相救，即或来救，北兵驻满洲，衣食马匹器械，尚需整顿而来，旷日累月。”
四月十三日，李自成与刘宗敏、李过等率领20万人马进军山海关，讨伐吴三桂。出东长安门赴通州，十五日抵密云，十七日至永平，十八日便派出先头部队去攻打山海关。
山海关之战的胜负，将决定农民军与清政权的命运。李自成得到吴三桂降而复叛的消息后立即出征，说明他意识到了山海关的重要性。但他并没有了解到，此时的吴三桂暗中已向清军请援，所以始终抱有招抚吴三桂的侥幸心理。他不仅把明太子朱慈烺和永王、定王，以及吴三桂之父吴襄带在军中，试图再以君父之德感而化之。而且还把明降臣张若骐，带在军中，为他出谋划策，也希望以张若骐与吴三桂的亲谊关系来说降吴三桂。因此，农民军并没有火速前行，延误了战机，一两天的耽搁，却导致农民军没有能在清军抵关之前，消灭吴三桂。
由于吴三桂拒而不降，十九日，大顺军开始三面包围山海关城，又以骑兵2万从山海关城西一片石北出口，东突外城，进抵关门，截断吴三桂关外的通道。
由于战局吃紧，二十日，吴三桂决定再次派遣郭云龙、孙文焕持书向清军告急。
清军一路缓行，四月十四日，多尔衮还传令于次日打猎，十五日清军抵翁后（今辽宁阜新一带）。这日早晨，刚刚起程走了5里，便接到多尔衮下达的停止前进的命令。因为此时遇到了吴三桂第一次请援的两位使者——副总兵杨坤、游击郭云龙。多尔衮立即召见两位使告，他们向多尔衮呈交了吴三桂的请援信函。
吴三桂在这封信中，除了说明当时形势及一些客套话之外，主要表明他站在明王朝立场上请求清军支援的态度，还没有表示降清，其条件是与清军分治中原，或说是“访东宫及二王所住，立之南京，黄河为界，通南北好”。再者，请清军入喜峰口、龙井关、墙子岭诸处，自己从山海关出兵，分兵合击北京，消灭农民军。吴三桂派出信使时在三月二十七日，显然还不知道后来李自成率农民军东征山海关之事，因此，在信中并未请清军直奔山海关。
多尔衮看了信，当然会感到意外。他没想到屡招不降，拒守山海关、宁远的吴三桂会投书乞降。特别是吴三桂根本不说降附清朝，而且让清军另道入关，不赴山海关，使多尔衮产生疑虑。他对多铎和阿济格说：“岂三桂知我南来，故设次诱耶？且吾尝三围彼都，不能遽克，自成一举破之，其智勇必有过人者。今统大众亲至，志不在小，得毋乘战胜精甲，有窥辽之意乎？”
虽然，多尔衮此时还不敢完全确定吴三桂的真实意图，但是他决心抓住这个机会，使战局向有利于自己的方向发展。于是，多尔衮派学士詹霸、来衮赴锦州，召谕汉军携带红衣大炮向山海关进发；同时，又派其妻弟拜然与郭云龙去山海关探听虚实，并将杨坤留在清军营中扣做人质。并立即下令：“自明日当为倍程。”四月十六日，多尔衮改变行军路线，但不是按照吴三桂要求的路线，而是向山海关进发，当日到西拉塔拉。在这里，多尔衮将已写好给吴三桂的复信，派人送去。
多尔衮这封信表面上冠冕堂皇，实际上就是一封招降书，他想让吴三桂明白乞援就是乞降，因此根本不理会吴三桂提出的什么“裂土分封”条件，而是以一国之主的口气，用“封以故土，晋为藩王”的条件招降吴三桂。在行动上也没有按照吴三桂的建议从中协、西协入边，而是径直南下，奔山海关而来。这一番书信来往，乃是多尔衮通过与吴三桂讨价还价，来逼使吴三桂步步就范。
四月二十日，即4天之后，多尔衮以平均每天60公里左右的速度来到连山驿（宁远以北，今锦西）。这时候，李自成的大队人马已经开始攻打山海关了，于是吴三桂又派出郭云龙和孙文焕持书告急。
多尔衮看到这封告急求援信后，答复道：“已迫旦夕，且急愿如约，促兵以救。”立即命令大军星夜出发，昼夜兼程。清军越过宁远进抵沙河地区，小驻于沙河驿（中后所与前屯卫之间，距连山城150里，距山海关100里），然后继续进发。二十一日，清军在距山海关十里外，得到吴三桂军中哨骑的报告，说：“贼已出边立营。”多尔衮遂命精兵往击，在一片石首遇大顺军唐通部数百人并迅速将其击溃。傍晚，清军再进离山海关10里处，已隐约可闻关内炮号轰鸣、喊声阵阵。清军发现山海关城中的炮火向东轰击，遂迟疑不敢冒进，扎营于关外欢喜岭。在对关内战况毫不掌握的情况下，多尔衮与阿济格、多铎说：“不如分兵固守，以觇动静。”然后，清军“披甲戒严”，“高张旗帜，休息士卒”，“蓄锐不发”，并遣人到吴三桂营中打探虚实，以免上当。
此时农民军正在与拒守关城的吴三桂军激烈交战，史上著名的山海关之战就在这天开始了。
号称“天下第一关”的山海关，古称榆关，是万里长城东部的起点。关城南临渤海，北依燕山，横亘辽西走廊，东西为出入关门的必经孔道。在明朝，它“外控辽阳，内护畿辅”，是明朝经营辽东的陆路咽喉之地，一关雄踞，万夫莫开。当时的山海关除县城以外，四面分别是东、西罗城和南北翼城，起着拱卫县城的作用，其中除南翼城偏近大海之外，其他三城均为攻取整个关城的障碍。
因此，李自成大军到达山海关之后，立即调兵遣将，攻击这三个城池。由于西罗城面向关内，前有石河，所以两军首先在这里接触，吴三桂与高第首先在石河西布阵迎敌，两军对垒自然有一番恶战。二十一日，从上午辰时一直杀到中午，历时四五个钟头。农民军力战得胜，首先在西北角击退敌军，然后以数千骑兵飞驰过阵，至西罗城北侧，准备登城。眼看西罗城就要被农民军拿下，守城将领又以伪降来骗取农民军的信任，然后令偏将从北坡连贯而下，偷袭农民军，城上又同时用大炮猛轰，里外夹攻，使农民军攻取西罗城的行动功败垂成。
就在农民军与吴三桂主力在石河西激战的同时，又有几支农民军分队在攻打北翼城和东罗城，当时北翼城的守将是山海关副总兵冷允登，面对农民军对此城的重点猛攻，他也拼命抵挡，几次打退农民军的攻击，但农民军为了“联络直下”，“故独日夜狠攻”。这样，守城官军军心不稳，有些人企图作农民军的内应，使冷允登忙于“御寇防奸，内外兼顾”，城池看来即将不保，东罗城的情况也同样不妙。当时除吴三桂在石河西与农民军主力接战，北翼城为山海关副总兵冷允登所率官军驻守之外，西罗城与东罗城都是山海关士绅马维熙、吕鸣章等10人率乡勇“总理”、“协理”守城，据说东罗城当时“孤当贼冲，危急劳瘁，倍于西城”，显然也处在危急存亡之际。特别是入夜后，吴三桂与高第已将主力撤回城中，连十几里处屯驻的清军都听见“关上炮声，夜深不止”。到二十二日黎明时分，吴三桂见情形不妙，又知清军已到关外，赶忙亲自出关搬兵求援。不几时，清军大举入关，战争的形势便从此发生转变。
四月二十一日，吴三桂就曾多次派人促请清军入关，据说“三桂遣使者相望于道，凡往返八次。”其中吴三桂曾派山海关士绅余一元、冯祥聘、吕鸣章、曹敏时、程印古5人去见多尔衮，并让他们速去速回。多尔衮接见这5人时，“赐座赐茶，款接温蔼”，并与范文程一起向他们说明了清军此番的来意，使得这些地主官绅感激涕零，认为“煌煌十数语，王言实大哉！”双方表示了相互信任之后，多尔衮便令范文程与这5人一齐到山海关城里“晓谕军民”，一方面以清军即刻便到来鼓舞士气，一方面对外宣扬清军此来为崇祯帝发丧的目的，表示严守军纪，以安民心。这样一来，增强了守城者的斗志，使农民军迅速解决战斗越来越困难了。
在双方使节多次交涉，山海关士绅又亲见了多尔衮的基础上，吴三桂决定亲自出城去见多尔衮，请他立即发兵。
二十二日天刚蒙蒙亮，吴三桂先用大炮猛轰关门外的大顺军，强冒矢林弹雨，率500骑从大炮轰出的路突围出关，赴欢喜岭拜见多尔衮。
在营中多尔衮与吴三桂对天盟誓，吴三挂剃发称臣，以白马祭天，乌牛祭地，歃血斩衣，折箭为誓。多尔衮并与吴三桂约定：“尔回可令尔兵各以白布系肩为号，不然同系汉人，以何为辨，恐致误杀。”令吴三桂先行一步，与农民军进行决战，并答应清军随后就到。然后，多尔衮召集诸王、贝勒、贝子、公及大臣告诫道：“尔等毋得越伍躁进，此兵不可轻击，须各努力，破此，则大业成矣！”
二十二日上午，三方军队，在关内摆开战场。李自成知道“成败待此一决，驱其众死斗。”农民军在石河以西列阵，马步兵20多万“北至山，南至海”，排成一字长蛇。吴三桂也是“悉锐而出”先行迎战。清军以英王阿济格为左翼，率领万骑入北水门；豫王多铎为右翼，率万骑入南水门，为吴三桂两翼助战。多尔衮自率主力部队殿后指挥，从关中门进，并即赴石河西。这时吴三桂已挥兵上阵，一场恶战开始了！这天，“大风迅作，尘沙蔽天，咫尺莫辨。因为几乎对面不见人，所以根本谈不上整整齐齐地交手。有些八旗将领不禁急躁起来，想乘势杀将过去，但都被多尔衮制止住。然后他把八旗主力部队面向大海，分层排开，主要针对农民军的阵尾。令吴三桂军为右翼之末，即最西端，实际上就是让他作为前锋，与列阵于石河西的农民军首先交战，自己衔住农民军长蛇阵的阵尾，使其无法合围自如，这体现了多尔衮战术的高明之处。
由于风卷黄沙，对面不见人，所以吴三桂军出农民军之不意，出现在农民军阵前。李自成在庙冈之上立马观战，见此情形，急令农民军包围吴军。一霎时，金鼓之声，呐喊之声传到百里之外，在农民军层层包围之下，吴三桂率军左冲右突，拼命死战，但农民军数量上胜于吴军，战斗力亦很强，因此步步进逼，前仆后继。吴三桂军被围在核心，向左突围，便有农民军号旗向左指，使军队向左迎击；吴军向右冲击，号旗便向右挥，农民军又向右堵截，吴三桂恰如瓮中之鳖，几无脱身之路，“阵数十交，围开复合”，“炮声如雷，矢集如雨”。双方苦战了大半日，直至下午时分，吴三桂开始支持不住了。就在他精疲力竭的时刻，多尔衮抓住战机，突令清军出击。于是清军三吹号角，呐喊3声，以白旗骑兵2万从吴三桂军右侧突入，“万马奔腾不可止”。农民军不畏强敌，仍然奋勇拼杀，刘宗敏勇冠三军，但亦中一箭负伤。
由于农民军已与吴三桂军相持了大半日，伤亡者较多，而且力气耗费甚大，因此无法抵挡一直养精蓄锐、在双方交战中作壁上观的清军。见到这种情况，李自成惊慌失措，当即下令撤退，自己麾盖先走，避开锋芒，于是农民军阵脚大乱，一败不可收拾。清军则乘胜追杀40余里。
农民军被杀者无计其数，投水溺死者，不知其几，横尸遍野，沟水尽赤。
夜幕降临了，两天来一直震耳欲聋的炮声和呐喊声渐渐停息了，清军追击还师后，在关内5里处扎营。至此，这场各方投入总兵力近40万人，连续激战两天一夜的山海关大战终于结束。
山海关之战对李自成农民军、清军，乃至吴三桂都是至关重要的，这场战役的结果已远远超过了战争胜负的意义，中国历史又将从此翻开新的一页。
取得山海关战役胜利的当日，多尔衮即封吴三桂为平西王，赐给他玉带、蟒袍、貂裘、鞍码、玲珑撒袋、弓矢等物，并令山海关城内军民一律剃发。以马步兵1万隶属吴三桂，让他和多铎、阿济格一起率兵前往追击李自成，充当剿杀农民军的急先锋。当日，吴三桂便将李自成派来议和的大顺军兵政府尚书王则尧绑送清军营中，王则尧遂被杀害。
为了改变清军烧杀屠掠的行为，以期夺取全国统治，大军出发前，多尔衮与诸将誓约：“此次出师，所以除暴救民，灭流寇以安天下，今入关西征，勿杀无辜，勿掠财物，勿焚庐舍，不如约者罪之。”
二十三日，吴三桂整兵向北京进发，追击李自成。
李自成自山海关兵败后，退至永平，稍稍整顿了兵马，准备与清军再战，但军心已散，许多部下拒不听命。二十三日，李自成在永平与吴三桂追兵再战，不胜。便在永平以西20里的范家庄杀掉吴襄后，迅速撤军，于二十六日退还北京。当日，吴三桂带兵逼近京畿，刘宗敏、李过等连兵十八营与之决战，刘宗敏负重伤，大顺军再次失利。
当时北京人心浮动，谣言四起，逃者无数。街市小贩唱道：“自成割据非天子，马上登基未许年。”从山海关逃回的大顺军士兵拖着疲倦的步履，又回到了原来的营地。李自成连遭挫折，士气大落，预料很难坚守北京，因而决定回师山、陕，以图东山再起。
二十七日，为了发泄仇恨，李自成杀了吴三桂全家的30余口，悬首城上示众。
为了证明自己曾经真正统治过天下，李自成最后决定在北京举行登基称帝仪式。二十九日，李自成在武英殿举行即皇帝位仪式，立妻子高氏为皇后，追尊七代考妣为帝后，牛金星代行郊天礼，并由六政府各颁一大诏书，以今年为大顺永昌元年。李自成身加衮冕，受各官朝拜，同时，出牌晓谕百姓速速出城躲避清兵。然后将木柴、硝磺之类运入承天门，这位大顺永昌皇帝计划烧毁这个自己刚刚享用过的宫殿。二更时开始放火烧宫，再烧九门城楼，五更时，农民军开始撤出北京，李自成命左光先、谷可成统领万骑殿后，载其所熔金饼数万狼戮地离开了北京。
与此同时，山海关的清军正以锐不可当之势，积极向北京进发。多尔衮一方面派出吴三桂军追剿李自成，一方面仍考虑到用招抚的手段争取民心，特别是争取汉族地主阶级分子的支持，这样，前途的障碍就会大大减少。
在山海关之时，多尔衮就再次告诫将士：“不能乱杀无辜百姓，乱抢财物，乱烧房屋，否则，要论罪。”多尔衮曾发布令旨说：“谕官兵等人知道，曩者三次往征明国，俱俘掠而行。今者大举，不似前番，蒙天眷佑，要当定国安民，以希大业。人边之日，凡有归顺城池，不许杀害，除剃头而外，秋毫勿犯。其乡居散屯人民，亦不许妄加杀害，不许擅掠为奴，不许跣剥衣服，不许拆毁房舍，不许妄取民间器用。其攻取之城，法不可赦者，杀之；可以为俘者，留养为奴。其中一应财物，总收公用，其城屯不论攻取投顺，房屋俱不许焚烧。犯此令者，杀以儆众。”多尔衮反复严肃军纪，确实收到了一定的成效。清军“入关之初，严禁杀掠，故中原人无不悦服”。
此外，多尔衮还向百姓宣布清军严守军纪、安定国家的规定，招纳逃避四方的百姓还乡返里。多尔衮利用明朝地主阶级的复仇心理，宣布清军入关的目的是：“为尔等复君父之仇，非杀尔百姓，今所诛者惟闯贼也。”告诉明朝官民：“官者归来复其官，民者归来复其业，师律严肃，必不害汝。”由于吴三桂是明朝旧官，他的话更易为汉族官绅所接受、相信，所以多尔衮又让吴三桂以自己的名义发布檄文，号召汉族官民归顺清军。
京东州县，本来已无明军，农民军败退后，就更没有什么抵抗力量。用随军朝鲜人的话说，就是“已得破竹之势”，而且吴三桂已先发榜文到前路州县，所以各地士绅纷纷望风而降。
二十四日，多尔衮大军抵新河驿，并以进关击败李自成农民军捷音奏闻盛京。
二十五日，清军抵抚宁县，知县侯益光等率百姓迎出5里外。多尔衮赐侯益光袍服，让他仍旧供职，并发仓赈济百姓。多尔衮还发给告示一张，让百姓各安其业，军队不许入城，一律在县城之西10里外宿营。
二十六日清晨，清军出发，傍晚到昌黎。知县徐可大率百姓出迎，多尔衮仍赐袍服，戒谕一番，令其照旧供职，军队于城南宿营。
二十七日至滦州，州学学正孙维宁率百姓迎降。多尔衮提升他为知州，戒谕一番，让他开仓济民，军队宿营于滦州之南10里。
二十八日到开平卫，指挥陈任重、李培元等率部下投降。多尔衮分别赐袍服，军队宿于城西10里外。此时多尔衮见进兵顺利，便发檄文送往沿边各州县及山、陕等地，说农民军战败后必然西逃，各地义民应于各处截杀，毋令入城。结果各地地主官绅分别扼守城池，反抗农民军。
二十九日，多尔衮到玉田县，经历张彦、主簿王家春、守备卢文宇等率众迎降，多尔衮使王家春为丰润知县，并各赐袍服。
三十日，清军到达蓟州县界，多尔衮未进县城，而直往县治南20里的罗公店宿营，以免耽误战机。蓟州监军李永昌、丰润副将赵国祚等官员十数人来降，其中常义等3人是自通州而来，说农民军已撤出北京西逃，多尔衮便急令大军尾随追击，五月初一日晚，在通州以西12里处宿营，初二日一早开始动身，不多时便已见京城的轮廓了。
清军从山海关到北京这一路，可以说是一帆风顺。但多尔衮却利用这不到千里的路程，开始了他收买民心、招抚汉族地主阶级的计划。他每到一处，对百姓进行安抚，开仓济贫；还不让军队入城住宿，严申军纪；又对投降的地方官好言劝慰，赏赐袍服，保证他们原有的地位，这不仅使这些士绅感激涕零，也使当地百姓松了一口气，更重要的是对京城内外各阶层人士产生了较好的影响，为建立清朝未来的统治打下较好的基础。
李自成农民军撤出后的北京，已重新成为故明官员的天下。
御史曹溶自任城西巡视，在城隍庙中设立了崇祯帝的灵牌，故明遗老如高尔俨、孙承泽，梁兆阳等纷纷发丧哭灵，张懋爵、柳寅东、韩文铨、朱朗镕也自任五城中其他四城的御史，暂时行使起统治职权，恢复统治秩序。一些投降过农民军的明官如王鳌永，以及沈惟炳、骆养性等也与各官一起在午门设立崇祯牌位，行礼哭灵，准备恭迎吴三桂以及大清义师，以为他们奉还了崇祯太子，是想重新中兴大明王朝。
五月初二日，故明遗官遗民们早早就等候在朝阳门外，他们都以为是吴三桂奉太子回归。于是，锦衣卫指挥骆养性准备好銮仪法驾，百官随卤簿齐集朝阳门。远处一股尘埃扬起，众人连忙跪伏在大道左边，一些百姓烧香拱手，甚至有人高呼万岁。可车马行到眼前，既不见明太子，也不见吴三桂。不久，北京城里人才知道，此时的吴三桂已被多尔衮径直差去追击农民军，自卢沟桥向西而去，连京城的影子都未看到。众人等到的是衣服语言俱异的清朝军队，领头的是大清的摄政王多尔衮！多尔衮说：“我摄政王也，太子随后至，尔辈许我为主否？”众人不禁面面相觑，惊愕不解。此时清军大队已进入北京城，都门上遍插八旗中白旗标志。百官在相顾惊异后就迅速默认了现实，然后具劝进表。范文程告诉他们：“皇帝去岁登基矣，何劝进之有？”这些人又劝多尔衮乘辇进城，多尔衮推辞说：“我是效法周公辅佐幼主，不该乘辇。”众人叩头请求，“周公也曾是负扆摄国事的，现在应该乘辇。”于是，多尔衮不再推辞，说：“我如今来安定天下，自然不能违背众意。”
多尔衮下令把卤簿向宫门陈设，排仪仗于前，奏乐，从长安门进皇宫。在此对天行三跪九叩头礼，再向关外方向行三跪九叩头礼，然后乘辇直入武英殿，以金瓜、玉节等罗列于殿前。多尔衮下辇升座，接受故明大小官员以及宦官七八千人的朝拜。在一片欢呼万岁声中，多尔衮顺利地进占了北京城。
由于北京在40多天中经历了二易其主的变化，人心浮动，不知所适。多尔衮进占北京后，面临最大的任务就是恢复秩序，稳定人心。
首先，他下令严肃军纪，“诸将士乘城，厮养人等，概不许入，百姓安堵，秋毫无犯。”为了安定民心，多尔衮在进入北京之初，就立即下令军队留驻城外，城门把管得很严，清兵不得随便出入，当时，“凡军兵出入城门者，有九王标旗方得出入”；而且，“禁军兵进入百姓之家，“军兵之出入民家者，论以斩律”。宿营做饭也“于道旁埋锅而爨，无辄入百姓家者。”在这种情况下，“城中避乱者，稍稍还集”。对于多尔衮严禁杀掠的政策，“中原人士无不悦服”。
进京次日，范文程等人向多尔衮报告，说：“燕京百姓，假托搜捕贼孽，首告纷纷，恐致互相仇害，转滋惶扰。”多尔衮对他们的报告很同意，下令禁止乱告状的现象。
为了争取故明官员对新政权的最大支持，使清军在北京迅速站稳脚跟，多尔衮极力把自己打扮成拯救民众于农民军蹂躏之中的大救星，淡化与明朝的仇杀，将农民军视为明、清共同的心腹之患。他在进占北京后的第二天，就发布了一系列文告，向故明官民晓以大义。
首先是向京城内外发布了由范文程起草的安民告示。
大清国摄政王令旨：谕南朝官绅军民人等知道，曩者，我国与尔明和好，永享太平，屡致书不答，以至四次深入，期尔朝悔悟耳，岂意坚执不从，今被流寇所灭，事属以往，不必论也。且天下者非一人之天下，军民者非一人之军民，有德者主之，我今居此，为尔朝雪君父之仇，破釜沉舟，一贼不见，誓不反辙。所过州县，能削发投顺，开寝纳款者，即予爵禄，世守富贵。如抗违不遵，大兵一到，尽行屠戮。有志之士，干功立业之秋，如有失信，将何以服天下乎？特谕。
多尔衮同时又告诫官吏军民：
养民之道，莫大于省刑罚，薄税敛。自明季乱，刁风日竞，设机构讼，败俗伤财，心窃痛之！自今咸与维新，凡五月初二日昧爽殴，田、婚细故，就有司告理。以前，罪无大小，悉行宥免。违谕讼，以所告罪罪之。重大者经抚按结案，非机密要情，毋许入京越诉。讼师诬陷良民，加等反坐。前朝弊政，莫如加派，辽饷之外，复有剿饷、练饷，数倍正供，远者二十年，近者十馀年，天下嗷嗷，朝不及夕。更有召买、粮料诸名目，巧取殃民。今与民约，额赋外，一切加派，尽予删除。吏不从，察实治罪。
多尔衮很会收买人心，他及时抓住了故明百姓痛恨苛敛加派的心理，宣布“尽予删除”。政治诱惑与军事威胁，是清军入关后一直采取的策略，多尔衮控制北京入主武英殿的第二天，又谕令兵部：
今本朝定鼎燕京，天下罹难军民，皆吾赤子，出之水火而安全之，各处城堡，着遣人持檄招抚，檄文到日，剃发归故里，地方官各升一级，军民免其迁徙，其为首文武官员，即将钱粮册籍，兵马数目，亲自来京朝见。有虽称归顺而不薙发者，是有狐疑观望之意，宜核地方远近，定为期限，届期至京，酌量加恩。如过限不至，显属抗拒，定行问罪，发兵征剿。至朱姓各王归顺者，亦不夺王爵，仍加恩养。
又谕故明内外官民人等曰：
各衙门官员，俱照旧录用，可速将职名开报，如虚饰假冒者，罪之。其避贼回籍，隐居山林者，亦具以原官录用，兵丁愿从军，或愿归农者，许该管官送至兵部，分别留遣。凡投城官吏军民，皆着剃发，衣冠悉遵本朝制度，各官宜痛改故明陋习，共砥忠廉，毋刮民自利。我朝臣工，不纳贿，不徇私，不修怨。违者必重典。凡新服官民人等，如蹈此等罪犯，定治以国法，不贷。
多尔衮占领北京后，不厌其烦地发布文告、谕令，采取顺者昌、逆者亡，恩威并用的惯用手段，无非是为了获得支持，消灭反抗。通过系列安定百姓、笼络人心的措施，清军基本上稳定了北京的局势。初六日，多尔衮令在京故明内阁六部都察院等衙门官员，俱以原官同满官一体办事，又下令凡强取民间一切细物者，鞭八十，贯耳。
进入北京后，多尔衮一直保持着比较清醒的头脑。当时京城内外，“连经兵火，又值大旱，远近田畴，尽为兵马所蹂躏。城底数百里，野无青草；城中之人，相聚为盗，多有杀越夺掠之患”，人心颇为不稳，京中粮草，大多为农民军运走，所剩多是“积年陈腐之米”，糠土参半，吃了就会腹痛，尽管如此，八旗官兵也不得不以此充饥。多尔衮深知自己的艰难处境。
多尔衮还让前来帮助清军作战的蒙古部落人马暂且回去，等到秋天大举南侵之际再来相会。这样做一方面可以减少粮饷的消费，另一方面则可避免军队对民间的骚扰。十七日，多尔衮专门设立防守燕京内外城门的军队，“严禁士卒抢夺”。同时还宣布：“京城内流贼蹂躏之后，必有鳏寡孤独，谋生无计，及乞丐街市者，著一一察出，给予钱粮恩养。”这一切对稳定北京局势也起到了一定作用。
多尔衮必须兑现自己的诺言——替崇祯帝发丧，因为他打着这个旗号进关，打着这个旗号争取吴三桂，又打着这个旗号使京东一带，包括北京不战而降，这一条是争取汉族地主阶级的重要手段，即使一般汉族百姓也会对此表示满意，因为这至少表明清人对过去的敌人宽宏大量，不念旧恶。此外，在这个幌子下，可以大大激起汉族地主阶级对农民军的仇恨，充当多尔衮剿杀农民军的急先锋。在范文程等人的督促之下，五月初四日，多尔衮对“故明”的官员、耆老、兵民发下谕旨：
流贼李自成原系故明百姓，纠集丑类，逼陷京城，弑主暴尸，括取诸王、公主、驸马、官民财货，酷刑肆虐，诚天下人共愤，法不容诛者。我虽敌国，深用悯伤，今令官民人等，为崇祯帝服丧三日，以展舆情，著礼部、太常寺备帝礼具葬。除服后，官民俱著遵制剃发。
多尔衮下令从初六日开始，“为先帝设位帝王庙，哭灵三日，随议谥号，议葬隧”。礼部侍郎杨汝成称典礼浩繁，不能独任，要求增派主持丧礼的官员。多尔衮便问汉官中谁最贤明，沈惟炳等推举那位曾建议崇祯帝南迁的李明睿，多尔衮便彬彬有礼地请李明睿出任礼部左侍郎。李明睿以自己年老多病而推辞不干，多尔衮就对他说：“尔朝皇帝尚未收殓，明日即欲令京城官民人等哭灵，无神主，何以哭灵？无谥号，何以题神主？”多尔衮的这种姿态，使李明睿“闻言大恸”感激涕零，叩首接受了这任命，答应负责安排先帝的葬礼。多尔衮当即下令在朝房中讨论崇祯帝的谥号，并议定朱由检为怀宗端皇帝，周皇后为烈皇后、并安奉神主于帝王庙。
从初六日开始哭灵，至初八三天，多尔衮“命臣民为崇祯帝举哀”。曹溶等5人作为多尔衮肯定下来的五城御史，在帝王庙“监肃诸仪”，其他一些曾投降农民军的官员如熊文举、杨枝起、朱徽等都前来志哀。“洪承畴入京，哭灵帝丧，议改葬梓宫。士民乐从，无不哀泣。”其后，众人因田贵妃的坟墓宽大壮观，就决定不再为崇祯帝造陵，将他与周后、田妃一同葬于其中；崇祯帝棺椁居中，周后居左，田妃居右，命名为思陵。
无论如何，多尔衮此举的效果是显著的，汉族地主阶级无不为此而心怀感激之情。当时就曾有人说，“清兵杀退逆贼，恢复燕京，又发丧安葬先帝，举国感激清朝之情，可以垂名书，传不朽矣”。南明大学士史可法在给多尔衮的信中也写道：“殿下入都，为我先帝后发丧成礼，扫清宫殿，抚辑群黎，且免剃发之令，示不亡本朝，此等举动，震古烁今，儿为大明臣子，无不长跪北面，顶礼加额，岂但如明谕所云‘感恩图报’乎？”再加上范文程等加意抚绥，遣官护送抗拒农民军而自杀的大学士倪元璐的家属扶柩南归，凡死难者诸臣之棺木，又都“次第给文南还”，更使汉族地主阶级感恩戴德。拉拢汉族上层分子的一系列措施，使多尔衮在北京很快稳住了脚跟。
多尔衮能够采取上述一系列措施，主要还是他周围的汉臣在起作用，尤其是范文程和洪承畴两人所起的作用更大。正是由于他二人起的作用大，所以多尔衮比皇太极敢于任用汉臣，包括入京以后，征召的故明阉党大学士冯铨，也委以重任。对入关前降清，且为清军入关作出贡献的洪承畴，自然倍加重用。六月初一日，“令洪承畴仍以太子太保兵部尚书兼都察院右副都御史，同内院官佐理机务”，“遂为秘书院大学士”。
还在皇太极时，清朝即仿照明朝内阁，设立内三院，即国史、秘书、弘文3院，每院设大学士1人，学士2人或1人。内国史院负责记注皇帝起居，撰拟诏令，收藏御制文字，编纂史册及历代实录。内秘书院负责撰拟致外国往来书札，录各衙门奏疏及皇帝敕谕祭文。内弘文院负责注释历代政事得失，向皇帝和皇子进讲，教育诸亲王，并颁行制度。内院大学士参与机要，起着皇帝助手和参谋、秘书的作用。内三院实际还是原来文馆的扩大，远没有明朝内阁的权力大。从地位上看，内三院比六部低，内阁是一品衙门，内三院是二品衙门，而汉官大学士，有的只有五品，六部地位高于内院的重要原因是因为六部尚书多为满洲贵族。
多尔衮初入京时，洪承畴实际上已在内院协助多尔衮办理机务。他发现内院所办的都是些关系不大的事，从加强中央集权的角度看，应当提高内院权力，才能协助当时实际上的皇帝多尔衮，处理好朝政。但是，那时洪承畴在名义上并非内院的大臣，不好对内院的权力问题提出意见。六月初一日，洪承畴得到多尔衮的正式任命，第二天，他就和冯铨向多尔衮进言：
国家要务莫大于用人行政。臣等备员内院，凡事皆当与闻。今各部题奏，俱未悉知，所票拟者，不过官民奏闻之事而已，夫内院不得与闻，况六科乎！倘有乖误，臣等凭何指陈，六科，凭何摘参？按明时旧例，凡内外文武官民条奏并各部院覆奏本章，皆下内阁票拟，已经批红者，仍由内阁分下六科，抄发各部院。所以防微杜渐，意至深远。以后用人行政要务，乞发内院票拟，奏请裁定。
从进言的内容可以看出洪承畴在内院办理事务非止一日，否则，他怎么会知道内院所票拟的不过官民奏闻的事情，而各部的题本奏章内院都不知道呢？正由于非止一日，他在到任的第一天，也才敢为内院权力事，向多尔衮提出建议。至于和他共同进言的冯铨，虽然人品不好，但由于在明朝时就任内阁大学士，对明朝内阁的权限、作用，自然熟知。他是多尔衮慕名征召来的，以原官，即明内阁大学士官衔，在内院佐理机务。洪承畴、冯铨的进言，绝不单是为他们个人争权，而是从有利于加强中央集权考虑的。
内院官员是帮助皇帝出谋策划、处理军国大事的。但洪承畴到任的时候，各部的题本奏章都不送内院，内院就谈不到参与处理这些题本奏章，如果有错误，也自然无从进谏。而且，内院都参与不了，更何况六科了。六科是明初时所设，各科设给事中，他们的主要任务是辅助皇帝处理奏章，同时稽察驳正六部工作中的错误。但给事中的地位较低，清初为正五品的官员。他俩认为帮助皇帝处理军国大事的机构如内院，辅助皇帝稽察六部工作的机构如六科，要是都不能发挥其应有的作用，就会影响最高统治者的决策，就容易犯错误。
因此，他们提出仍按明朝旧例，内外文武官民的奏章和各部院覆奏的本章，都要通过内院，由内院根据所奏情况，拟定办法，再送呈皇帝，由皇帝批红以后，仍回到内院，再由内院发到六科，由六科去抄发各部院。这样反复，就可以防微杜渐了。他们建议的实质，是要使内院成为皇帝之下的最高权力机构，即相当于明朝的内阁。从那时来看，他们的建议是有利于加强清朝统治的，因此得到多尔衮的赞同。
多尔衮很倚重内院大学士，也很信任他们，几乎和他们天天在一起议论军国大事。大学士中最有影响的，就有洪承畴一个。在多尔衮执政的时代，内三院并未成为皇帝之下的最高权力机构，而只是一个没有实权的顾问班子。这同多尔衮对汉人有所防范是分不开的。后来，多尔衮发现“凡陈奏本章照故明例，殊觉迟误”。所谓照故明例，就是一切本章均通过内院，他认为这样做太慢了，有时会误事。于是，他就在次年三月十五日，令各部院一切疏奏章本，可直接送给他本人；有关各部的，应先进有关各部，由部臣转奏，如各部处理不当，或有冤情，部臣不肯上达的，或是涉及告部臣本人的奏章，可以通过都察院上奏。这样一来，通过内院的题本奏章就很少了，即“其有与各部无涉，或条陈政事，或外国机密，或奇特谋略，此等本章，俱赴内院转奏”。
这样执行了没几天，多尔衮觉得这样做，又出现了洪承畴前面所提出的问题，于是又在四月十一日，重又下令一切奏章仍然要通过内院。这说明洪承畴等的建议是合理的，尽管执行中存在一些问题，但总的来说是行之有效的。这种由内院票拟的制度，一直行使到雍正帝时有了军机处，才改由军机处用面奉谕旨的名义对各部及各地发布指示。
内院由于洪承畴、冯铨的建议，地位提高了，但内院大学士比明朝内阁大学士的官小得多，地位也比较低。那时候，六部的大臣和出征的武将，经常参加各种宴会，有的人一天竟出席20次宴会，但内院大学士却很少被邀参加宴会。在顺治二年（1645）三月，各部院定品级时，六部由一品衙门降为二品衙门，内三院仍保持二品衙门的地位。几个月之后，朝廷定文武官员的品级时，六部尚书却与都察院、理藩院承政等，均定为一品；内院大学士只和六部、都察院、理藩院的副职即侍郎和参政相同，都定为二品官。到顺治帝亲政以后，内院的地位一度提高，甚至改名为内阁；内院大学士也成为与六部尚书相同的一品官，这种改革应当说是同洪承畴等人的努力分不开的。
为了安定北京的秩序，洪承畴还同冯铨上本，对北京的缉察工作提出具体的建议。七月下旬，多尔衮曾下令旨，说当时“京城门外及近郊”，“盗贼公行，居民不安”，原因是“巡缉不严”，令内院传谕“该管衙门，日夜上紧料理”，不得玩忽职守。冯铨和洪承畴认为，除原来的一些巡防布置外，由于弓兵皂役人员不多，只能在关城巡察，很难到远处缉捕。因此，他们提出参照明朝旧例，在京郊设巡捕营，配备两员参将，将东西二营改为南北二营，设把总10员，统领巡逻兵丁1760名。这样，京城外三四十里，都可巡逻到。对于巡逻兵的供给，他们也提出具体建议，那就是由原来旧例每名每月支米一石，改为支米五斗，外加支银五钱。这样就可以“补五城巡捕营之所不足”，而且还可以把地方发生的抢劫等事，及时上报本城御史，再由本城御史上报内院，同时又能及早跟踪追捕。冯铨和洪承畴还提出：凡能当场人赃擒获者，为上上功，次日人贼并获者，亦为上功，第三四日得获者，为中功，迟而获者为下。若隐匿不报或延迟后报……或获而诬陷平民者，该管员役必罪不宥。
洪承畴要求兵部和有关官吏“凡徇私滥用匪人，以致捕务不举，扰害平民”的，兵部不能推卸责任。同时，洪承畴认为这项差事也很艰苦，必须按时支给足够的粮饷。洪承畴和冯铨所上的这个奏文，对清初巩固中央政权在北京的统治和安定社会秩序，都很重要。当然他们所说要缉捕的盗贼，有些是真正扰害社会治安的，有些是为生计所迫，铤而走险的百姓，他们的建议自然是站在封建统治者的立场提出来的。
洪承畴佐理机务的另一件大事就是帮助筹办福临的登基大典。
顺治元年（1644年）十月初一日黎明，内院官员奏请福临，即顺治帝，前往天坛。7岁的福临身穿天青色礼服，乘坐辇车，出大清门去北京城南的天坛。前面有众多的仪仗，后面是多尔衮率众亲王和满洲贵族以及文武百官的长列。
祭天典礼在天坛大享殿（今祈年殿）前的圜丘举行。这是一座用蓝色玻璃砖砌成的圆坛，镶嵌在外方里圆的两重高大的围墙里。圆丘用于祭天，根据“天圆地方”的概念，建为圆形。站在圆坛上，抬头可看到蔚蓝的天空，脚下是一片蓝色，给人增加了“天”的感觉。自明成祖以来，皇帝祭天的大典，都在这里举行。皇帝即位，自命为天意，自然要到圜丘祭天。满洲虽为少数民族，但从皇太极即大清皇帝位时，就已采用了汉族封建皇帝的传统仪式，首先到盛京（今沈阳）德盛门外的天坛去祭告天地，表明“君权神授”。已经入关的福临即位仪式，在汉臣的影响下，自然更要这样去做。
福临由昭亨门乘辇入圜丘，百官列于东西两侧。奏乐开始，福临至神位前上香、行礼、献玉帛等，再读祝文。祝文中宣布，仍用大清国号、顺治纪元，定都北京。然后，皇帝和众臣再次行礼，还经过献礼、祝帛等程序。举行仪式时，天还没有大亮，圜丘南面的燎炉里，燃烧起松柏木、檀香木，香烟缭绕，香味袭人，给仪式增添了光彩，也增添了庄严、神秘的气氛。仪式过后，侍从才为福临黄袍加身，南面独坐，文武百官列于两厢，大学士刚林呈上宝玺，向他祝贺，百官向皇帝行三跪九叩礼。至此，祭天之礼结束，福临正式成为入关后的第一位清朝皇帝。
福临这个小孩子的入关即位，全部是摄政王多尔衮在汉族大臣帮助下安排的。早在多尔衮入京10天之后，汉族大臣都察院参政祖可法、张存仁就上疏指出北京城的重要地位。清廷决定以北京作为都城。福临车驾于八月二十日，从盛京浩浩荡荡起程，九月十八日到达通州，多尔衮率亲王贵族和文武百官前往迎驾。次日，福临进北京，由正阳门入宫。
多尔衮在迎接福临到来的同时，积极筹备福临在北京的登基大典。前面说过，福临在关外的盛京已经举行过即帝位的仪式，那么为什么还要在入关后再举行一次登基大典呢？这是多尔衮和内院大学士范文程、洪承畴等人精心安排的。无论是皇太极的即位，还是福临在关外的即位，都只能说明，他们是中国东北地区的一个民族政权的最高统治者。尽管清朝再强大，统治的地区也很有限，包括他们自己在内，谁也不会认为他是中国的统治者。而福临入关后的登基就不同了，他是在元、明两朝的都城登基，这就预示着他的统治范围不再是偏于一隅，也不仅限于北京、东北地区，而是要“定天下”，也就是定中国。因此，福临的第二次登基是非常重要的，无论对他本人还是对清朝来说，这次登基远比第一次重要。
正由于它如此重要，所以，多尔衮和洪承畴对这次登基大典的礼仪十分重视。多尔衮为了不致惹中原人笑话，明确指示，要有关人员按照历代传统制度去办，“不得草率溷乱，有亵大典”。也就是说，他要求筹办的人完全依中原的典章制度来筹办大典，这才能让福临做一个中原王朝的统治者。
福临在北京的登基仪式，完全按照中原王朝的登基制度举行。
而后，多尔衮又命将清太祖努尔哈赤及其皇后、清太宗皇太极及其皇后的神主灵位，奉安于太庙，并举行了仪式，宣读祝文。这就表明如今的清朝统治者实现祖先入主中原的遗愿。而这些典章制度、仪式，主要是靠故明降臣来制定的。实际上，清朝开国制度，除八旗制度外，其余官制、典章制度，基本沿袭明朝制度，这同清初任用汉族降臣是不无关系的。在他们的打扮之后，福临成为名副其实的中原之主。故明降臣起的作用，归结起来有三方面：一方面，出谋策划帮助清军入关，打天下；另一方面，出谋策划帮助清朝安定人心，使清朝在关内的统治站住脚跟；再一方面帮助清朝制定典章制度，建立封建统治秩序。在这些方面，洪承畴如前所述都有重要贡献。
洪承畴这时期的作用还表现在积极劝导满族贵族，尤其是最高统治者皇帝，学习汉族地主的封建文化。顺治二年（1645年）三月，他和冯铨等奏请选派满汉词臣向顺治帝进讲六经，奏言中说：
上古帝王奠安天下，必以修德勤学为首务。故金世宗、元世祖皆博综典籍，勤于文学，至今犹称颂不衰。皇上承太祖、太宗之大统，聪明天纵，前代未有。今满书俱已熟习，但帝王修身治人之道，尽备于六经，一日之间，万机待理，必习汉文，晓汉语，始上意得达，而下情易通。伏祈择满汉词臣，朝夕进讲，则圣德日进，而治化益光矣。
他们的意思就是要福临不仅熟习满书，更要学汉语，读汉书，精通儒家经典，才能够在中原地区进行统治，否则就做不到“上意得达，而下情易通”了。早在皇太极当政时，就已有汉官王文奎劝满洲贵族和皇太极本人要熟悉《四书》和史籍。王文奎在奏疏中说：
其帝王治平之道，微妙者载在《四书》，明显者详诸史籍，宜于八固山读书之笔帖式内，选一、二伶俐通文者，更于秀才内选一二老成明察者，讲解翻写，日进《四书》两段、《通鉴》一章。汗于听政之暇，观览默会，日知月积，身体力行，作之不止，乃成君子。
皇太极对王文奎的建议十分赞成，从他本人的爱好看，就“性嗜典籍”，读的史书很多，并令人翻译辽、宋、金、元四史中有关治要者，以供满洲贵族观览。皇太极时满洲贵族的统治还只限在关外，他就已经认识到读儒家经典和史书的必要，满洲贵族入关以后，这种必要就更成为不可缺少的了。从多尔衮的言谈中，可以看出他也是熟悉历史的。入北京以后，局势稍定，多尔衮令选满洲官员子弟入国子监读书，学习满文和汉书，他还组织人翻译《洪武宝训》，以供满洲贵族学习。这都说明他看到了满洲贵族需要熟悉经史的重要性。洪承畴等人的建议虽然没被多尔衮采纳，但福临亲政以后，很热衷于吸收先进的汉族文化和典章制度。
洪承畴这时期还参加了撰修《明史》的工作。顺治二年五月初二，洪承畴和冯铨、李建泰、范文程等奉旨总裁《明史》。他们又奏请设副总裁官，让学士詹霸、赖衮、伊图、宁完我等人担任；并选郎廷佐、图海等任纂修官，又选石图等7人为收掌官，吉录等10人为满字誊录官，吴邦等36人负责汉字誊录和收发草本等事宜，多尔衮都同意了。但是，当时由于明朝晚期的史料缺乏，洪承畴等对编明史也有许多顾虑，所以这次修史成效不大。
清朝初建，最高统治者吸取明的教训，对臣下要求严格，像洪承畴这样的大臣，自然得到多尔衮的赏识，在这期间，多尔衮重赐洪承畴貂皮朝衣、貂褂、银两、庄园、奴婢及牛马等物。与他同时得到赏赐的有八旗的固山额真、内院大学士和六部尚书等官。不过，这些人每人的赐物只有一匹马，同洪承畴所得之多，无法相比。清军入关赐给降臣的物品不少，但像洪承畴一次得到如此多的赐物的也很罕见。何况，洪承畴是在入关前降清的，那时已经得到皇太极的赏赐。入关后对他的这次赏赐，说明洪承畴对清军入关作出了较大的贡献，同时也说明多尔衮很赏识他为官的才干和作风。
§§第三章 汉人首相，竭力助君王
天聪、崇德年间大批汉官降清后，曾多次把中原农民军的情况汇报给皇太极，特别是镇压过农民军，对其底细颇为知晓的洪承畴被俘投降后，清统治集团对农民军的情况不可能不略知一二。不过，此时多尔衮显然对农民军缺乏更为深入的了解，还没有意识到农民军攻取三边、威胁京畿，已成为他入主中原的最大威胁和潜在的对手，而试图与农民军建立联系，协同攻明。因此多尔衮与谋臣商议之后，于顺治元年正月派人去陕西与农民军联系，并写了一封信：
大清国皇帝致书于南据明地之诸帅：
朕与公等山河远隔，但闻战胜攻取之名，不能悉知称号，故书中不及，幸毋以此而介意也。兹者致书，欲与诸公协谋同力，并取中原，倘混一区宇，富贵共之矣，不知尊意何如耳。惟速驰书使，倾怀以告，是诚至愿也。
顺治元年正月二十六日。
第二天，多尔衮便派正白旗石廷柱手下的迟起龙、镶蓝旗李国翰手下的缪尚义以及蒙旗中的二人前去下书。三月初三日，他们到达陕西的榆林，迟起龙等将书信交给农民军榆林守将王良智，王良智阅信之后，亦写了一封回信，并将原信退给他们说：“信上有‘众帅’二字，又有给主上的意思，信拆了就不好再向上呈交了，所以把信退还，只把上面的话奏知主上。
可惜，我们不知道王良智答信的具体内容，更没有见到李自成对此事的反应，很可能是王良智将此事报告李自成时，北京已被农民军攻破，根本用不着联合清军来‘并取中原’了；或与明朝谈判如果成功，还要助师明朝制服‘辽藩’，也就不可能与清军联合。”
在迟起龙等人的回报到达之前，多尔衮无法安排统一的战略，只继续在朝中加强自己的地位。二月间，他曾以失朝罪轻罚了阿济格和多铎；以未经奉旨、擅自带领部员挑选八旗女子，罪罚多铎等人银两不等；以征锦州、松山、山东，以及攻克中后所、前屯卫等功劳，提拔了一大批将领；增设内三院学士。三月，又定摄政王及诸王仪仗，凡出猎行军，摄政王仪仗前导，奏乐而行，仪仗中再增红伞、大纛、红仗、撒袋、大刀、枪等，明显异于诸王。而且遇事摄政王正坐，而诸王两旁叙坐，其代摄国政之权已通过礼仪得到承认。
当然，多尔衮同时也做好了攻明的准备，三月十六日，防守锦州的镇国公艾度礼解回的逃人声称：清军攻下前屯卫等城后，宁远一带人心恐慌，闻风而逃。因此，多尔衮下令修整军器，储粮秣马，等四月初大举进讨明朝。但他不知此时关内李自成已进占居庸关、昌平，正在奋力攻打北京；宁远总兵吴三桂奉旨放弃宁远，带兵退入关内，火速回京救援。又过了十几天，三月二十九日，迟起龙的回书终于到了。虽然多尔衮从中并未得到什么重大情报，但得知大同也已被农民军攻下，京师的陷落已指日可待了。但他哪里料得到，这时候，北京换了主人已经10天了。
四月初四日，在清军即将出发之际，正在盖州温泉养病的内院大学士范文程急忙上书多尔衮，分析了当时的形势，提出了南取中原的计划和策略，积极促进了清军的出兵入关。这位谋士认为：
乃者有明，流寇距于西土，水陆诸寇，环于南服，兵民煽乱于北陲，我师燮伐其东鄙，四面受敌，其君若臣，安能相保耶？顾虽天数使然，良由我先皇帝忧勤肇造，诸王大臣祗承先帝成业，夹辅冲主，忠孝格于苍穹，上帝潜为启佑，此正是摄政诸王建功立业之会也。窃惟成丕业以垂休万祀者此时，失机会而贻悔将来者亦此时。何以言之？中原百姓蹇罹丧乱，荼苦已极，黔首无依，思择令主，以图乐业，虽间有一二婴城负固者，不过自为身家计，非为君效死也。是则明之受病种种，已不可治，河北一带，定属他人，其土地人民，不患不得，患得而不为我有耳。盖明之劲敌，惟在我国，而流寇复蹂躏中原，正如秦失其鹿，楚汉逐之，我国虽与明争天下，实与流寇角也。为今日计，我当任贤以抚众，使近悦远来，蠢兹流孽，亦将进而臣属于我。彼明之君，知我规模非复往昔，言归于好，亦未可知。傥不此之务，是徒劳我国之力，反为流寇驱民也。夫举已成之局而置之，后乃与流寇争，非长策矣。曩者弃遵化、屠永平，而径深入而返，彼地官民，必以我为无大志，纵来归附，未必抚恤，因怀携贰，盖有之矣。然而有已服者，有未服宜抚者，是当申严纪律，秋毫勿犯，复宣谕以昔日不守内地之由，及令进取中原之意。而官仍其职，民复其业，录其贤能，恤其无告，将见密迩者绥辑，逖听者风声，自翕然而向顺矣。夫如是，则大河以北，可传檄而定也。河北一定，可令各城官移其妻子避患于我军，因以为质，又拔其德誉素著者，置之班行，裨各朝夕献纳，以贤辅翼。王于众论中，择善酌行，则闻见可广，而政事有时措之宜矣。此行或直趋燕京或相机攻取，要当于入边之后，山海长城以西，择一坚城，屯兵而守，以为门尸，我师往来，斯为甚便，惟摄政王察之。
范文程于清军出师前的上书，从其内容来看，具有极为重要的战略意义。首先，明朝此时内忧外患，“受病种种，已不可治”，必须抓住这个大好时机，进兵中原，否则天下将为他人所得。其次，清政权的最主要敌人并非明朝，而是农民军，所以不要等农民军夺得天下后，再与其争夺。这个认识在当时是要高于农民军领导人的，尽管时间略迟，但仍为日后清军的胜利奠定了基础。最后，改变过去杀人掠财，攻城不守的屠掠作风，要“申严纪律，秋毫无犯”，安抚百姓，争取汉族官僚的支持。这些建议，实际上成为此次大举入关的战略指导思想。
正在此时，李自成攻下北京或关内发生巨变的消息，可能为清军所闻。也许是多尔衮彻底明白了范文程上书的战略实质。因此，在“数日之内，急聚兵马而行，男丁七十以下十岁以上，无不从军。”多尔衮决心倾巢出动，“成败之判，在此一举”。出发前，多尔衮召集王公大臣会议，并连忙将正在盖州汤泉养病的范文程“驿召决策”。范文程进一步指出：“闯寇涂炭中原，戕厥君后，此必讨之贼也。虽拥众百万，横行无惮，其灭道有三：逼殒其主，天怒矣；刑辱缙绅，拷劫财货，士忿矣；掠人赀，淫人妇，火人庐舍，民恨矣。备此三败，行之以骄，可一战破也。我国上下同心，兵甲选练，声罪以临之，恤其士夫，拯其黎庶。兵以义动，何功不成。”范文程又再次告诫到：“好生者天之德也，古未有嗜杀而得天下者。国家止欲帝关东则已，若将统一华夏，非义安百姓不可”。从范文程的话中来看，农民军攻入北京，崇祯帝自缢，尤其是农民军在北京追赃逼饷，纪律松弛，斗志涣散的情况，已为关外清军所知，范文程的这些建议多数为多尔衮所采纳，促使清兵入关时在政策上发生了很大的变化，且确实收到了一定的效果。
出发前，多尔衮在发布动员令中说：“曩者三次攻明，俱俘虏而行，今者大举，不似先番，蒙天眷佑，要当定国安民，以希大业。”
四月初九日，多尔衮同豫郡王多铎、武英郡王阿济格、恭顺王孔有德、怀顺王耿仲喜、智顺王尚可喜、多罗贝勒罗洛宏、固山贝子尼堪、博洛，辅国公满达海、吞齐喀、博和托、和托，及八旗固山额真、梅勒章京等出征将领，至堂子行礼，又陈列八纛向天行礼。然后统领满洲、蒙古兵三分之二和汉军全部，鸣炮起行。
多尔衮统率清军从沈阳出发以后，仍像前几次入关侵扰那样，准备绕过山海关，从蓟州、密云毁坏长城入边。四月十三日，清军抵达辽河边。多尔衮自初九日出发，由于没有明确的攻击目标，和对关内详情不甚了解，特别是还不知道吴三桂的变化，军队一路缓慢行进，三四天只走了一二百里。
在这里，多尔衮问计于随军同行的洪承畴。洪承畴认为：
我兵之强大，天下无敌，将帅同心，步伍整肃，流寇可一战而除，宇内可计日而定矣。今宜先遣官宣布王令，示以此行，特扫除乱逆，期于灭贼，有抗拒者，必加诛戮，不屠人民，不焚庐舍，不掠财物之意。仍布告各府州县，有开门归降者，官则加升，军民秋毫无犯，若抗拒不服者，城下之日，官吏诛，百姓仍予安全，有首倡内应立大功者，则破格封赏，法在必行，此要务也。况流寇初起时，遇弱则战，遇强则遁，今得京城，财足志骄，已无固志，一旦闻我军至，必至焚其宫殿府库，遁而西行，贼之骡马不下三十余万，昼夜兼程可二三百里，及我兵抵京，贼已远去，财物悉空，逆恶不得除，士卒无所荻，亦大可惜也。今宜计道里，限时日，辎重在后，精兵在前，出其不意，从蓟州、密云近京处，疾行而前，贼走则即行追剿。傥仍坐据京城以拒我，则伐之更易……抵京之日，我兵连营城外，侦探勿绝庶可断陕西、宣府、大同、真、保诸路，以备来攻，则马首所至，计日功成矣。流寇十余年来，用兵已久，虽不能与大军相拒，亦未可以昔日汉兵轻视之也。
洪承畴在谈话中再次重申了严肃军纪，安抚百姓的内容，并建议清军快速行进，从蓟州、密云南下，围攻北京。特别提醒多尔衮对于富于作战经验的农民军，不能等闲视之。多尔衮在以后的作战中，还是基本接受了洪承畴的建议。他在尚未正式入关，投入角逐之前，通过范文程、洪承畴二人的出谋献策，基本确定了此次出师的战略方针。四月十五日，多尔衮率军至翁后（今辽宁阜新一带）时，遇到了吴三桂派来的两名求援使者，自此以后，整个战局骤然改观。
吴三桂降而复叛于农民军，重据山海关后，立即派人召集山海关的士绅大户，紧急商议如何对付农民军的征讨。然后，吴三桂一方面把全体军民都武装起来，随时准备与农民军决一死战。另一方面又自知寡不敌众，于三月二十七日，派人出关向清军求援，以等待清军来助。
吴三桂自玉田叛归山海关，约在四月初消息便传入京师，但未得到确证。至唐通被击溃，吴三桂正式扯大旗宣布反对大顺政权时，已为李自成所确知。李自成便令吴三桂父亲吴襄，手书一封已由大顺军谋士牛金星写好的招降书。晓以利害，继续做劝降吴三桂的工作。信中说：
汝以君恩特简，得专阃任，非真累战功历年岁也；不过为强敌在前，非有异恩激劝，不足诱致英士，此管子所以行素赏之计，而汉高一见韩、彭即予重任，盖类此也。今尔徒饬军容，选蠕观望，使李兵长驱直入，既无批亢捣虚之谋，复乏刑格势禁之力，事机已去，天命难回，吾君已逝，尔父须臾，呜呼！识时务者亦可以知变计矣。昔徐元直弃汉归魏，不为不忠；子胥违楚适吴，不为不孝。然以二者揆之，为子胥难，为元直易。我为尔计，不若反手衔璧，负锧舆棺，及今早降，不失通侯之赏，而犹全孝子之名。万一徒恃愤骄，全无节制，主客之势既殊，众寡之形不敌，顿甲坚城，一朝歼尽，使尔父无辜并受戮辱，身名俱丧，臣子均失，不亦大可痛哉！语云‘知子莫若父’，吾不能为赵奢，而尔殆有异于括也。故为尔计，至嘱！至嘱！”
吴三桂以绝命书的形式，在复信中表示：
不孝男三桂泣血百拜，上父亲大人膝下：
儿以父荫，熟闻义训，得待罪戎行，日夜励志，冀得一当，以酬圣眷。属边警方急，宁远巨镇，为国门户，沦陷几尽。儿方力图恢复，以为李贼猖獗，不久即当扑灭，恐往复道路，两失事机，故尔暂稽时日。不意我国无人，望风而靡。吾父督理御营，势非小弱，巍巍百雉，何至一、二日内便已失坠。使儿卷甲赴关，事已后期，可悲，可恨！侧闻圣主晏驾，臣民戮辱，不胜眦裂。犹意吾父素负忠义，大势虽去，犹当奋椎一击，势不俱生，不则刎颈阙下，以殉国难，使儿缟素号恸，寝戈复仇，不济则以死继之，岂非忠孝媲美乎！何乃隐忍偷生，训以非义，既无孝宽御寇之才，复愧平原骂贱之弄。夫元直荏苒，为母罪人；王陵、赵苞二公，并著英烈。我父嚄唶宿将，矫矫王臣，反愧巾帼女子！父既不能为忠臣，儿亦安能为孝子乎！儿与父诀，请自今日，父不早图，贼虽置父鼎俎之旁以诱三桂，不顾也！
男三桂再百拜。
与此同时，吴三桂又发布檄文，表示与李自成势不两立，决心与农民军为敌到底。四月初十日，“平西伯吴三桂移檄至京，近京一路尽传”。京师人心浮动，李自成打算退归陕西，他说：“陕，吾之故乡也，富贵必归故乡，即十燕京未足易一西安！”十一日，李自成开始召集工匠熔化追赃所得金银器皿，将其铸成大锭，并征用骡马开始运往陕西。
四月十二日，李自成召集部下商议东征讨吴事宜，打算派刘宗敏、李过等将领出征。但这些人“耽乐不已，殊无斗志”，不愿出征。李自成无法，遂决定于次日起程，亲征山海关。行期一定，李自成便将明大学士陈演、定国公徐允贞、新建伯王光通等贵戚官员60余人斩于西华门外，留牛金星、李牟等人领兵2万守京师，以安后方。
在李自成出师前，李岩、牛金星、宋献策等人都反对讨伐。李岩劝谏到：“主上不必兴师，招抚吴三桂，许以父子封侯，仍以大国封明太子，奉明祭祀，世世朝贡，与国咸休，则一统之基可成，干戈之乱可息矣！”主张对吴三桂继续招降，许以重利，不宜派兵讨伐。牛金星也对东征讨吴表示反对，他说：“不可，我新得京师，人心震叠，彼必不敢轻动，亟即真而颁爵赏，示激劝，偏师往击，未晚也。”宋献策更直截了当地说：“皇爷去，皇爷不利；三桂来，三桂不利。”李自成不听劝告，却认为：“吴三桂勤王兵仅三千，吾三十万，以一百捉一人，可靴尖踢倒耳！且三桂与北兵久相仇杀，必不相救，即或来救，北兵驻满洲，衣食马匹器械，尚需整顿而来，旷日累月。”
四月十三日，李自成与刘宗敏、李过等率领20万人马进军山海关，讨伐吴三桂。出东长安门赴通州，十五日抵密云，十七日至永平，十八日便派出先头部队去攻打山海关。
山海关之战的胜负，将决定农民军与清政权的命运。李自成得到吴三桂降而复叛的消息后立即出征，说明他意识到了山海关的重要性。但他并没有了解到，此时的吴三桂暗中已向清军请援，所以始终抱有招抚吴三桂的侥幸心理。他不仅把明太子朱慈烺和永王、定王，以及吴三桂之父吴襄带在军中，试图再以君父之德感而化之。而且还把明降臣张若骐，带在军中，为他出谋划策，也希望以张若骐与吴三桂的亲谊关系来说降吴三桂。因此，农民军并没有火速前行，延误了战机，一两天的耽搁，却导致农民军没有能在清军抵关之前，消灭吴三桂。
由于吴三桂拒而不降，十九日，大顺军开始三面包围山海关城，又以骑兵2万从山海关城西一片石北出口，东突外城，进抵关门，截断吴三桂关外的通道。
由于战局吃紧，二十日，吴三桂决定再次派遣郭云龙、孙文焕持书向清军告急。
清军一路缓行，四月十四日，多尔衮还传令于次日打猎，十五日清军抵翁后（今辽宁阜新一带）。这日早晨，刚刚起程走了5里，便接到多尔衮下达的停止前进的命令。因为此时遇到了吴三桂第一次请援的两位使者——副总兵杨坤、游击郭云龙。多尔衮立即召见两位使告，他们向多尔衮呈交了吴三桂的请援信函。
吴三桂在这封信中，除了说明当时形势及一些客套话之外，主要表明他站在明王朝立场上请求清军支援的态度，还没有表示降清，其条件是与清军分治中原，或说是“访东宫及二王所住，立之南京，黄河为界，通南北好”。再者，请清军入喜峰口、龙井关、墙子岭诸处，自己从山海关出兵，分兵合击北京，消灭农民军。吴三桂派出信使时在三月二十七日，显然还不知道后来李自成率农民军东征山海关之事，因此，在信中并未请清军直奔山海关。
多尔衮看了信，当然会感到意外。他没想到屡招不降，拒守山海关、宁远的吴三桂会投书乞降。特别是吴三桂根本不说降附清朝，而且让清军另道入关，不赴山海关，使多尔衮产生疑虑。他对多铎和阿济格说：“岂三桂知我南来，故设次诱耶？且吾尝三围彼都，不能遽克，自成一举破之，其智勇必有过人者。今统大众亲至，志不在小，得毋乘战胜精甲，有窥辽之意乎？”
虽然，多尔衮此时还不敢完全确定吴三桂的真实意图，但是他决心抓住这个机会，使战局向有利于自己的方向发展。于是，多尔衮派学士詹霸、来衮赴锦州，召谕汉军携带红衣大炮向山海关进发；同时，又派其妻弟拜然与郭云龙去山海关探听虚实，并将杨坤留在清军营中扣做人质。并立即下令：“自明日当为倍程。”四月十六日，多尔衮改变行军路线，但不是按照吴三桂要求的路线，而是向山海关进发，当日到西拉塔拉。在这里，多尔衮将已写好给吴三桂的复信，派人送去。
多尔衮这封信表面上冠冕堂皇，实际上就是一封招降书，他想让吴三桂明白乞援就是乞降，因此根本不理会吴三桂提出的什么“裂土分封”条件，而是以一国之主的口气，用“封以故土，晋为藩王”的条件招降吴三桂。在行动上也没有按照吴三桂的建议从中协、西协入边，而是径直南下，奔山海关而来。这一番书信来往，乃是多尔衮通过与吴三桂讨价还价，来逼使吴三桂步步就范。
四月二十日，即4天之后，多尔衮以平均每天60公里左右的速度来到连山驿（宁远以北，今锦西）。这时候，李自成的大队人马已经开始攻打山海关了，于是吴三桂又派出郭云龙和孙文焕持书告急。
多尔衮看到这封告急求援信后，答复道：“已迫旦夕，且急愿如约，促兵以救。”立即命令大军星夜出发，昼夜兼程。清军越过宁远进抵沙河地区，小驻于沙河驿（中后所与前屯卫之间，距连山城150里，距山海关100里），然后继续进发。二十一日，清军在距山海关十里外，得到吴三桂军中哨骑的报告，说：“贼已出边立营。”多尔衮遂命精兵往击，在一片石首遇大顺军唐通部数百人并迅速将其击溃。傍晚，清军再进离山海关10里处，已隐约可闻关内炮号轰鸣、喊声阵阵。清军发现山海关城中的炮火向东轰击，遂迟疑不敢冒进，扎营于关外欢喜岭。在对关内战况毫不掌握的情况下，多尔衮与阿济格、多铎说：“不如分兵固守，以觇动静。”然后，清军“披甲戒严”，“高张旗帜，休息士卒”，“蓄锐不发”，并遣人到吴三桂营中打探虚实，以免上当。
此时农民军正在与拒守关城的吴三桂军激烈交战，史上著名的山海关之战就在这天开始了。
号称“天下第一关”的山海关，古称榆关，是万里长城东部的起点。关城南临渤海，北依燕山，横亘辽西走廊，东西为出入关门的必经孔道。在明朝，它“外控辽阳，内护畿辅”，是明朝经营辽东的陆路咽喉之地，一关雄踞，万夫莫开。当时的山海关除县城以外，四面分别是东、西罗城和南北翼城，起着拱卫县城的作用，其中除南翼城偏近大海之外，其他三城均为攻取整个关城的障碍。
因此，李自成大军到达山海关之后，立即调兵遣将，攻击这三个城池。由于西罗城面向关内，前有石河，所以两军首先在这里接触，吴三桂与高第首先在石河西布阵迎敌，两军对垒自然有一番恶战。二十一日，从上午辰时一直杀到中午，历时四五个钟头。农民军力战得胜，首先在西北角击退敌军，然后以数千骑兵飞驰过阵，至西罗城北侧，准备登城。眼看西罗城就要被农民军拿下，守城将领又以伪降来骗取农民军的信任，然后令偏将从北坡连贯而下，偷袭农民军，城上又同时用大炮猛轰，里外夹攻，使农民军攻取西罗城的行动功败垂成。
就在农民军与吴三桂主力在石河西激战的同时，又有几支农民军分队在攻打北翼城和东罗城，当时北翼城的守将是山海关副总兵冷允登，面对农民军对此城的重点猛攻，他也拼命抵挡，几次打退农民军的攻击，但农民军为了“联络直下”，“故独日夜狠攻”。这样，守城官军军心不稳，有些人企图作农民军的内应，使冷允登忙于“御寇防奸，内外兼顾”，城池看来即将不保，东罗城的情况也同样不妙。当时除吴三桂在石河西与农民军主力接战，北翼城为山海关副总兵冷允登所率官军驻守之外，西罗城与东罗城都是山海关士绅马维熙、吕鸣章等10人率乡勇“总理”、“协理”守城，据说东罗城当时“孤当贼冲，危急劳瘁，倍于西城”，显然也处在危急存亡之际。特别是入夜后，吴三桂与高第已将主力撤回城中，连十几里处屯驻的清军都听见“关上炮声，夜深不止”。到二十二日黎明时分，吴三桂见情形不妙，又知清军已到关外，赶忙亲自出关搬兵求援。不几时，清军大举入关，战争的形势便从此发生转变。
四月二十一日，吴三桂就曾多次派人促请清军入关，据说“三桂遣使者相望于道，凡往返八次。”其中吴三桂曾派山海关士绅余一元、冯祥聘、吕鸣章、曹敏时、程印古5人去见多尔衮，并让他们速去速回。多尔衮接见这5人时，“赐座赐茶，款接温蔼”，并与范文程一起向他们说明了清军此番的来意，使得这些地主官绅感激涕零，认为“煌煌十数语，王言实大哉！”双方表示了相互信任之后，多尔衮便令范文程与这5人一齐到山海关城里“晓谕军民”，一方面以清军即刻便到来鼓舞士气，一方面对外宣扬清军此来为崇祯帝发丧的目的，表示严守军纪，以安民心。这样一来，增强了守城者的斗志，使农民军迅速解决战斗越来越困难了。
在双方使节多次交涉，山海关士绅又亲见了多尔衮的基础上，吴三桂决定亲自出城去见多尔衮，请他立即发兵。
二十二日天刚蒙蒙亮，吴三桂先用大炮猛轰关门外的大顺军，强冒矢林弹雨，率500骑从大炮轰出的路突围出关，赴欢喜岭拜见多尔衮。
在营中多尔衮与吴三桂对天盟誓，吴三挂剃发称臣，以白马祭天，乌牛祭地，歃血斩衣，折箭为誓。多尔衮并与吴三桂约定：“尔回可令尔兵各以白布系肩为号，不然同系汉人，以何为辨，恐致误杀。”令吴三桂先行一步，与农民军进行决战，并答应清军随后就到。然后，多尔衮召集诸王、贝勒、贝子、公及大臣告诫道：“尔等毋得越伍躁进，此兵不可轻击，须各努力，破此，则大业成矣！”
二十二日上午，三方军队，在关内摆开战场。李自成知道“成败待此一决，驱其众死斗。”农民军在石河以西列阵，马步兵20多万“北至山，南至海”，排成一字长蛇。吴三桂也是“悉锐而出”先行迎战。清军以英王阿济格为左翼，率领万骑入北水门；豫王多铎为右翼，率万骑入南水门，为吴三桂两翼助战。多尔衮自率主力部队殿后指挥，从关中门进，并即赴石河西。这时吴三桂已挥兵上阵，一场恶战开始了！这天，“大风迅作，尘沙蔽天，咫尺莫辨。因为几乎对面不见人，所以根本谈不上整整齐齐地交手。有些八旗将领不禁急躁起来，想乘势杀将过去，但都被多尔衮制止住。然后他把八旗主力部队面向大海，分层排开，主要针对农民军的阵尾。令吴三桂军为右翼之末，即最西端，实际上就是让他作为前锋，与列阵于石河西的农民军首先交战，自己衔住农民军长蛇阵的阵尾，使其无法合围自如，这体现了多尔衮战术的高明之处。
由于风卷黄沙，对面不见人，所以吴三桂军出农民军之不意，出现在农民军阵前。李自成在庙冈之上立马观战，见此情形，急令农民军包围吴军。一霎时，金鼓之声，呐喊之声传到百里之外，在农民军层层包围之下，吴三桂率军左冲右突，拼命死战，但农民军数量上胜于吴军，战斗力亦很强，因此步步进逼，前仆后继。吴三桂军被围在核心，向左突围，便有农民军号旗向左指，使军队向左迎击；吴军向右冲击，号旗便向右挥，农民军又向右堵截，吴三桂恰如瓮中之鳖，几无脱身之路，“阵数十交，围开复合”，“炮声如雷，矢集如雨”。双方苦战了大半日，直至下午时分，吴三桂开始支持不住了。就在他精疲力竭的时刻，多尔衮抓住战机，突令清军出击。于是清军三吹号角，呐喊3声，以白旗骑兵2万从吴三桂军右侧突入，“万马奔腾不可止”。农民军不畏强敌，仍然奋勇拼杀，刘宗敏勇冠三军，但亦中一箭负伤。
由于农民军已与吴三桂军相持了大半日，伤亡者较多，而且力气耗费甚大，因此无法抵挡一直养精蓄锐、在双方交战中作壁上观的清军。见到这种情况，李自成惊慌失措，当即下令撤退，自己麾盖先走，避开锋芒，于是农民军阵脚大乱，一败不可收拾。清军则乘胜追杀40余里。
农民军被杀者无计其数，投水溺死者，不知其几，横尸遍野，沟水尽赤。
夜幕降临了，两天来一直震耳欲聋的炮声和呐喊声渐渐停息了，清军追击还师后，在关内5里处扎营。至此，这场各方投入总兵力近40万人，连续激战两天一夜的山海关大战终于结束。
山海关之战对李自成农民军、清军，乃至吴三桂都是至关重要的，这场战役的结果已远远超过了战争胜负的意义，中国历史又将从此翻开新的一页。
取得山海关战役胜利的当日，多尔衮即封吴三桂为平西王，赐给他玉带、蟒袍、貂裘、鞍码、玲珑撒袋、弓矢等物，并令山海关城内军民一律剃发。以马步兵1万隶属吴三桂，让他和多铎、阿济格一起率兵前往追击李自成，充当剿杀农民军的急先锋。当日，吴三桂便将李自成派来议和的大顺军兵政府尚书王则尧绑送清军营中，王则尧遂被杀害。
为了改变清军烧杀屠掠的行为，以期夺取全国统治，大军出发前，多尔衮与诸将誓约：“此次出师，所以除暴救民，灭流寇以安天下，今入关西征，勿杀无辜，勿掠财物，勿焚庐舍，不如约者罪之。”
二十三日，吴三桂整兵向北京进发，追击李自成。
李自成自山海关兵败后，退至永平，稍稍整顿了兵马，准备与清军再战，但军心已散，许多部下拒不听命。二十三日，李自成在永平与吴三桂追兵再战，不胜。便在永平以西20里的范家庄杀掉吴襄后，迅速撤军，于二十六日退还北京。当日，吴三桂带兵逼近京畿，刘宗敏、李过等连兵十八营与之决战，刘宗敏负重伤，大顺军再次失利。
当时北京人心浮动，谣言四起，逃者无数。街市小贩唱道：“自成割据非天子，马上登基未许年。”从山海关逃回的大顺军士兵拖着疲倦的步履，又回到了原来的营地。李自成连遭挫折，士气大落，预料很难坚守北京，因而决定回师山、陕，以图东山再起。
二十七日，为了发泄仇恨，李自成杀了吴三桂全家的30余口，悬首城上示众。
为了证明自己曾经真正统治过天下，李自成最后决定在北京举行登基称帝仪式。二十九日，李自成在武英殿举行即皇帝位仪式，立妻子高氏为皇后，追尊七代考妣为帝后，牛金星代行郊天礼，并由六政府各颁一大诏书，以今年为大顺永昌元年。李自成身加衮冕，受各官朝拜，同时，出牌晓谕百姓速速出城躲避清兵。然后将木柴、硝磺之类运入承天门，这位大顺永昌皇帝计划烧毁这个自己刚刚享用过的宫殿。二更时开始放火烧宫，再烧九门城楼，五更时，农民军开始撤出北京，李自成命左光先、谷可成统领万骑殿后，载其所熔金饼数万狼戮地离开了北京。
与此同时，山海关的清军正以锐不可当之势，积极向北京进发。多尔衮一方面派出吴三桂军追剿李自成，一方面仍考虑到用招抚的手段争取民心，特别是争取汉族地主阶级分子的支持，这样，前途的障碍就会大大减少。
在山海关之时，多尔衮就再次告诫将士：“不能乱杀无辜百姓，乱抢财物，乱烧房屋，否则，要论罪。”多尔衮曾发布令旨说：“谕官兵等人知道，曩者三次往征明国，俱俘掠而行。今者大举，不似前番，蒙天眷佑，要当定国安民，以希大业。人边之日，凡有归顺城池，不许杀害，除剃头而外，秋毫勿犯。其乡居散屯人民，亦不许妄加杀害，不许擅掠为奴，不许跣剥衣服，不许拆毁房舍，不许妄取民间器用。其攻取之城，法不可赦者，杀之；可以为俘者，留养为奴。其中一应财物，总收公用，其城屯不论攻取投顺，房屋俱不许焚烧。犯此令者，杀以儆众。”多尔衮反复严肃军纪，确实收到了一定的成效。清军“入关之初，严禁杀掠，故中原人无不悦服”。
此外，多尔衮还向百姓宣布清军严守军纪、安定国家的规定，招纳逃避四方的百姓还乡返里。多尔衮利用明朝地主阶级的复仇心理，宣布清军入关的目的是：“为尔等复君父之仇，非杀尔百姓，今所诛者惟闯贼也。”告诉明朝官民：“官者归来复其官，民者归来复其业，师律严肃，必不害汝。”由于吴三桂是明朝旧官，他的话更易为汉族官绅所接受、相信，所以多尔衮又让吴三桂以自己的名义发布檄文，号召汉族官民归顺清军。
京东州县，本来已无明军，农民军败退后，就更没有什么抵抗力量。用随军朝鲜人的话说，就是“已得破竹之势”，而且吴三桂已先发榜文到前路州县，所以各地士绅纷纷望风而降。
二十四日，多尔衮大军抵新河驿，并以进关击败李自成农民军捷音奏闻盛京。
二十五日，清军抵抚宁县，知县侯益光等率百姓迎出5里外。多尔衮赐侯益光袍服，让他仍旧供职，并发仓赈济百姓。多尔衮还发给告示一张，让百姓各安其业，军队不许入城，一律在县城之西10里外宿营。
二十六日清晨，清军出发，傍晚到昌黎。知县徐可大率百姓出迎，多尔衮仍赐袍服，戒谕一番，令其照旧供职，军队于城南宿营。
二十七日至滦州，州学学正孙维宁率百姓迎降。多尔衮提升他为知州，戒谕一番，让他开仓济民，军队宿营于滦州之南10里。
二十八日到开平卫，指挥陈任重、李培元等率部下投降。多尔衮分别赐袍服，军队宿于城西10里外。此时多尔衮见进兵顺利，便发檄文送往沿边各州县及山、陕等地，说农民军战败后必然西逃，各地义民应于各处截杀，毋令入城。结果各地地主官绅分别扼守城池，反抗农民军。
二十九日，多尔衮到玉田县，经历张彦、主簿王家春、守备卢文宇等率众迎降，多尔衮使王家春为丰润知县，并各赐袍服。
三十日，清军到达蓟州县界，多尔衮未进县城，而直往县治南20里的罗公店宿营，以免耽误战机。蓟州监军李永昌、丰润副将赵国祚等官员十数人来降，其中常义等3人是自通州而来，说农民军已撤出北京西逃，多尔衮便急令大军尾随追击，五月初一日晚，在通州以西12里处宿营，初二日一早开始动身，不多时便已见京城的轮廓了。
清军从山海关到北京这一路，可以说是一帆风顺。但多尔衮却利用这不到千里的路程，开始了他收买民心、招抚汉族地主阶级的计划。他每到一处，对百姓进行安抚，开仓济贫；还不让军队入城住宿，严申军纪；又对投降的地方官好言劝慰，赏赐袍服，保证他们原有的地位，这不仅使这些士绅感激涕零，也使当地百姓松了一口气，更重要的是对京城内外各阶层人士产生了较好的影响，为建立清朝未来的统治打下较好的基础。
李自成农民军撤出后的北京，已重新成为故明官员的天下。
御史曹溶自任城西巡视，在城隍庙中设立了崇祯帝的灵牌，故明遗老如高尔俨、孙承泽，梁兆阳等纷纷发丧哭灵，张懋爵、柳寅东、韩文铨、朱朗镕也自任五城中其他四城的御史，暂时行使起统治职权，恢复统治秩序。一些投降过农民军的明官如王鳌永，以及沈惟炳、骆养性等也与各官一起在午门设立崇祯牌位，行礼哭灵，准备恭迎吴三桂以及大清义师，以为他们奉还了崇祯太子，是想重新中兴大明王朝。
五月初二日，故明遗官遗民们早早就等候在朝阳门外，他们都以为是吴三桂奉太子回归。于是，锦衣卫指挥骆养性准备好銮仪法驾，百官随卤簿齐集朝阳门。远处一股尘埃扬起，众人连忙跪伏在大道左边，一些百姓烧香拱手，甚至有人高呼万岁。可车马行到眼前，既不见明太子，也不见吴三桂。不久，北京城里人才知道，此时的吴三桂已被多尔衮径直差去追击农民军，自卢沟桥向西而去，连京城的影子都未看到。众人等到的是衣服语言俱异的清朝军队，领头的是大清的摄政王多尔衮！多尔衮说：“我摄政王也，太子随后至，尔辈许我为主否？”众人不禁面面相觑，惊愕不解。此时清军大队已进入北京城，都门上遍插八旗中白旗标志。百官在相顾惊异后就迅速默认了现实，然后具劝进表。范文程告诉他们：“皇帝去岁登基矣，何劝进之有？”这些人又劝多尔衮乘辇进城，多尔衮推辞说：“我是效法周公辅佐幼主，不该乘辇。”众人叩头请求，“周公也曾是负扆摄国事的，现在应该乘辇。”于是，多尔衮不再推辞，说：“我如今来安定天下，自然不能违背众意。”
多尔衮下令把卤簿向宫门陈设，排仪仗于前，奏乐，从长安门进皇宫。在此对天行三跪九叩头礼，再向关外方向行三跪九叩头礼，然后乘辇直入武英殿，以金瓜、玉节等罗列于殿前。多尔衮下辇升座，接受故明大小官员以及宦官七八千人的朝拜。在一片欢呼万岁声中，多尔衮顺利地进占了北京城。
由于北京在40多天中经历了二易其主的变化，人心浮动，不知所适。多尔衮进占北京后，面临最大的任务就是恢复秩序，稳定人心。
首先，他下令严肃军纪，“诸将士乘城，厮养人等，概不许入，百姓安堵，秋毫无犯。”为了安定民心，多尔衮在进入北京之初，就立即下令军队留驻城外，城门把管得很严，清兵不得随便出入，当时，“凡军兵出入城门者，有九王标旗方得出入”；而且，“禁军兵进入百姓之家，“军兵之出入民家者，论以斩律”。宿营做饭也“于道旁埋锅而爨，无辄入百姓家者。”在这种情况下，“城中避乱者，稍稍还集”。对于多尔衮严禁杀掠的政策，“中原人士无不悦服”。
进京次日，范文程等人向多尔衮报告，说：“燕京百姓，假托搜捕贼孽，首告纷纷，恐致互相仇害，转滋惶扰。”多尔衮对他们的报告很同意，下令禁止乱告状的现象。
为了争取故明官员对新政权的最大支持，使清军在北京迅速站稳脚跟，多尔衮极力把自己打扮成拯救民众于农民军蹂躏之中的大救星，淡化与明朝的仇杀，将农民军视为明、清共同的心腹之患。他在进占北京后的第二天，就发布了一系列文告，向故明官民晓以大义。
首先是向京城内外发布了由范文程起草的安民告示。
大清国摄政王令旨：谕南朝官绅军民人等知道，曩者，我国与尔明和好，永享太平，屡致书不答，以至四次深入，期尔朝悔悟耳，岂意坚执不从，今被流寇所灭，事属以往，不必论也。且天下者非一人之天下，军民者非一人之军民，有德者主之，我今居此，为尔朝雪君父之仇，破釜沉舟，一贼不见，誓不反辙。所过州县，能削发投顺，开寝纳款者，即予爵禄，世守富贵。如抗违不遵，大兵一到，尽行屠戮。有志之士，干功立业之秋，如有失信，将何以服天下乎？特谕。
多尔衮同时又告诫官吏军民：
养民之道，莫大于省刑罚，薄税敛。自明季乱，刁风日竞，设机构讼，败俗伤财，心窃痛之！自今咸与维新，凡五月初二日昧爽殴，田、婚细故，就有司告理。以前，罪无大小，悉行宥免。违谕讼，以所告罪罪之。重大者经抚按结案，非机密要情，毋许入京越诉。讼师诬陷良民，加等反坐。前朝弊政，莫如加派，辽饷之外，复有剿饷、练饷，数倍正供，远者二十年，近者十馀年，天下嗷嗷，朝不及夕。更有召买、粮料诸名目，巧取殃民。今与民约，额赋外，一切加派，尽予删除。吏不从，察实治罪。
多尔衮很会收买人心，他及时抓住了故明百姓痛恨苛敛加派的心理，宣布“尽予删除”。政治诱惑与军事威胁，是清军入关后一直采取的策略，多尔衮控制北京入主武英殿的第二天，又谕令兵部：
今本朝定鼎燕京，天下罹难军民，皆吾赤子，出之水火而安全之，各处城堡，着遣人持檄招抚，檄文到日，剃发归故里，地方官各升一级，军民免其迁徙，其为首文武官员，即将钱粮册籍，兵马数目，亲自来京朝见。有虽称归顺而不薙发者，是有狐疑观望之意，宜核地方远近，定为期限，届期至京，酌量加恩。如过限不至，显属抗拒，定行问罪，发兵征剿。至朱姓各王归顺者，亦不夺王爵，仍加恩养。
又谕故明内外官民人等曰：
各衙门官员，俱照旧录用，可速将职名开报，如虚饰假冒者，罪之。其避贼回籍，隐居山林者，亦具以原官录用，兵丁愿从军，或愿归农者，许该管官送至兵部，分别留遣。凡投城官吏军民，皆着剃发，衣冠悉遵本朝制度，各官宜痛改故明陋习，共砥忠廉，毋刮民自利。我朝臣工，不纳贿，不徇私，不修怨。违者必重典。凡新服官民人等，如蹈此等罪犯，定治以国法，不贷。
多尔衮占领北京后，不厌其烦地发布文告、谕令，采取顺者昌、逆者亡，恩威并用的惯用手段，无非是为了获得支持，消灭反抗。通过系列安定百姓、笼络人心的措施，清军基本上稳定了北京的局势。初六日，多尔衮令在京故明内阁六部都察院等衙门官员，俱以原官同满官一体办事，又下令凡强取民间一切细物者，鞭八十，贯耳。
进入北京后，多尔衮一直保持着比较清醒的头脑。当时京城内外，“连经兵火，又值大旱，远近田畴，尽为兵马所蹂躏。城底数百里，野无青草；城中之人，相聚为盗，多有杀越夺掠之患”，人心颇为不稳，京中粮草，大多为农民军运走，所剩多是“积年陈腐之米”，糠土参半，吃了就会腹痛，尽管如此，八旗官兵也不得不以此充饥。多尔衮深知自己的艰难处境。
多尔衮还让前来帮助清军作战的蒙古部落人马暂且回去，等到秋天大举南侵之际再来相会。这样做一方面可以减少粮饷的消费，另一方面则可避免军队对民间的骚扰。十七日，多尔衮专门设立防守燕京内外城门的军队，“严禁士卒抢夺”。同时还宣布：“京城内流贼蹂躏之后，必有鳏寡孤独，谋生无计，及乞丐街市者，著一一察出，给予钱粮恩养。”这一切对稳定北京局势也起到了一定作用。
多尔衮必须兑现自己的诺言——替崇祯帝发丧，因为他打着这个旗号进关，打着这个旗号争取吴三桂，又打着这个旗号使京东一带，包括北京不战而降，这一条是争取汉族地主阶级的重要手段，即使一般汉族百姓也会对此表示满意，因为这至少表明清人对过去的敌人宽宏大量，不念旧恶。此外，在这个幌子下，可以大大激起汉族地主阶级对农民军的仇恨，充当多尔衮剿杀农民军的急先锋。在范文程等人的督促之下，五月初四日，多尔衮对“故明”的官员、耆老、兵民发下谕旨：
流贼李自成原系故明百姓，纠集丑类，逼陷京城，弑主暴尸，括取诸王、公主、驸马、官民财货，酷刑肆虐，诚天下人共愤，法不容诛者。我虽敌国，深用悯伤，今令官民人等，为崇祯帝服丧三日，以展舆情，著礼部、太常寺备帝礼具葬。除服后，官民俱著遵制剃发。
多尔衮下令从初六日开始，“为先帝设位帝王庙，哭灵三日，随议谥号，议葬隧”。礼部侍郎杨汝成称典礼浩繁，不能独任，要求增派主持丧礼的官员。多尔衮便问汉官中谁最贤明，沈惟炳等推举那位曾建议崇祯帝南迁的李明睿，多尔衮便彬彬有礼地请李明睿出任礼部左侍郎。李明睿以自己年老多病而推辞不干，多尔衮就对他说：“尔朝皇帝尚未收殓，明日即欲令京城官民人等哭灵，无神主，何以哭灵？无谥号，何以题神主？”多尔衮的这种姿态，使李明睿“闻言大恸”感激涕零，叩首接受了这任命，答应负责安排先帝的葬礼。多尔衮当即下令在朝房中讨论崇祯帝的谥号，并议定朱由检为怀宗端皇帝，周皇后为烈皇后、并安奉神主于帝王庙。
从初六日开始哭灵，至初八三天，多尔衮“命臣民为崇祯帝举哀”。曹溶等5人作为多尔衮肯定下来的五城御史，在帝王庙“监肃诸仪”，其他一些曾投降农民军的官员如熊文举、杨枝起、朱徽等都前来志哀。“洪承畴入京，哭灵帝丧，议改葬梓宫。士民乐从，无不哀泣。”其后，众人因田贵妃的坟墓宽大壮观，就决定不再为崇祯帝造陵，将他与周后、田妃一同葬于其中；崇祯帝棺椁居中，周后居左，田妃居右，命名为思陵。
无论如何，多尔衮此举的效果是显著的，汉族地主阶级无不为此而心怀感激之情。当时就曾有人说，“清兵杀退逆贼，恢复燕京，又发丧安葬先帝，举国感激清朝之情，可以垂名书，传不朽矣”。南明大学士史可法在给多尔衮的信中也写道：“殿下入都，为我先帝后发丧成礼，扫清宫殿，抚辑群黎，且免剃发之令，示不亡本朝，此等举动，震古烁今，儿为大明臣子，无不长跪北面，顶礼加额，岂但如明谕所云‘感恩图报’乎？”再加上范文程等加意抚绥，遣官护送抗拒农民军而自杀的大学士倪元璐的家属扶柩南归，凡死难者诸臣之棺木，又都“次第给文南还”，更使汉族地主阶级感恩戴德。拉拢汉族上层分子的一系列措施，使多尔衮在北京很快稳住了脚跟。
多尔衮能够采取上述一系列措施，主要还是他周围的汉臣在起作用，尤其是范文程和洪承畴两人所起的作用更大。正是由于他二人起的作用大，所以多尔衮比皇太极敢于任用汉臣，包括入京以后，征召的故明阉党大学士冯铨，也委以重任。对入关前降清，且为清军入关作出贡献的洪承畴，自然倍加重用。六月初一日，“令洪承畴仍以太子太保兵部尚书兼都察院右副都御史，同内院官佐理机务”，“遂为秘书院大学士”。
还在皇太极时，清朝即仿照明朝内阁，设立内三院，即国史、秘书、弘文3院，每院设大学士1人，学士2人或1人。内国史院负责记注皇帝起居，撰拟诏令，收藏御制文字，编纂史册及历代实录。内秘书院负责撰拟致外国往来书札，录各衙门奏疏及皇帝敕谕祭文。内弘文院负责注释历代政事得失，向皇帝和皇子进讲，教育诸亲王，并颁行制度。内院大学士参与机要，起着皇帝助手和参谋、秘书的作用。内三院实际还是原来文馆的扩大，远没有明朝内阁的权力大。从地位上看，内三院比六部低，内阁是一品衙门，内三院是二品衙门，而汉官大学士，有的只有五品，六部地位高于内院的重要原因是因为六部尚书多为满洲贵族。
多尔衮初入京时，洪承畴实际上已在内院协助多尔衮办理机务。他发现内院所办的都是些关系不大的事，从加强中央集权的角度看，应当提高内院权力，才能协助当时实际上的皇帝多尔衮，处理好朝政。但是，那时洪承畴在名义上并非内院的大臣，不好对内院的权力问题提出意见。六月初一日，洪承畴得到多尔衮的正式任命，第二天，他就和冯铨向多尔衮进言：
国家要务莫大于用人行政。臣等备员内院，凡事皆当与闻。今各部题奏，俱未悉知，所票拟者，不过官民奏闻之事而已，夫内院不得与闻，况六科乎！倘有乖误，臣等凭何指陈，六科，凭何摘参？按明时旧例，凡内外文武官民条奏并各部院覆奏本章，皆下内阁票拟，已经批红者，仍由内阁分下六科，抄发各部院。所以防微杜渐，意至深远。以后用人行政要务，乞发内院票拟，奏请裁定。
从进言的内容可以看出洪承畴在内院办理事务非止一日，否则，他怎么会知道内院所票拟的不过官民奏闻的事情，而各部的题本奏章内院都不知道呢？正由于非止一日，他在到任的第一天，也才敢为内院权力事，向多尔衮提出建议。至于和他共同进言的冯铨，虽然人品不好，但由于在明朝时就任内阁大学士，对明朝内阁的权限、作用，自然熟知。他是多尔衮慕名征召来的，以原官，即明内阁大学士官衔，在内院佐理机务。洪承畴、冯铨的进言，绝不单是为他们个人争权，而是从有利于加强中央集权考虑的。
内院官员是帮助皇帝出谋策划、处理军国大事的。但洪承畴到任的时候，各部的题本奏章都不送内院，内院就谈不到参与处理这些题本奏章，如果有错误，也自然无从进谏。而且，内院都参与不了，更何况六科了。六科是明初时所设，各科设给事中，他们的主要任务是辅助皇帝处理奏章，同时稽察驳正六部工作中的错误。但给事中的地位较低，清初为正五品的官员。他俩认为帮助皇帝处理军国大事的机构如内院，辅助皇帝稽察六部工作的机构如六科，要是都不能发挥其应有的作用，就会影响最高统治者的决策，就容易犯错误。
因此，他们提出仍按明朝旧例，内外文武官民的奏章和各部院覆奏的本章，都要通过内院，由内院根据所奏情况，拟定办法，再送呈皇帝，由皇帝批红以后，仍回到内院，再由内院发到六科，由六科去抄发各部院。这样反复，就可以防微杜渐了。他们建议的实质，是要使内院成为皇帝之下的最高权力机构，即相当于明朝的内阁。从那时来看，他们的建议是有利于加强清朝统治的，因此得到多尔衮的赞同。
多尔衮很倚重内院大学士，也很信任他们，几乎和他们天天在一起议论军国大事。大学士中最有影响的，就有洪承畴一个。在多尔衮执政的时代，内三院并未成为皇帝之下的最高权力机构，而只是一个没有实权的顾问班子。这同多尔衮对汉人有所防范是分不开的。后来，多尔衮发现“凡陈奏本章照故明例，殊觉迟误”。所谓照故明例，就是一切本章均通过内院，他认为这样做太慢了，有时会误事。于是，他就在次年三月十五日，令各部院一切疏奏章本，可直接送给他本人；有关各部的，应先进有关各部，由部臣转奏，如各部处理不当，或有冤情，部臣不肯上达的，或是涉及告部臣本人的奏章，可以通过都察院上奏。这样一来，通过内院的题本奏章就很少了，即“其有与各部无涉，或条陈政事，或外国机密，或奇特谋略，此等本章，俱赴内院转奏”。
这样执行了没几天，多尔衮觉得这样做，又出现了洪承畴前面所提出的问题，于是又在四月十一日，重又下令一切奏章仍然要通过内院。这说明洪承畴等的建议是合理的，尽管执行中存在一些问题，但总的来说是行之有效的。这种由内院票拟的制度，一直行使到雍正帝时有了军机处，才改由军机处用面奉谕旨的名义对各部及各地发布指示。
内院由于洪承畴、冯铨的建议，地位提高了，但内院大学士比明朝内阁大学士的官小得多，地位也比较低。那时候，六部的大臣和出征的武将，经常参加各种宴会，有的人一天竟出席20次宴会，但内院大学士却很少被邀参加宴会。在顺治二年（1645）三月，各部院定品级时，六部由一品衙门降为二品衙门，内三院仍保持二品衙门的地位。几个月之后，朝廷定文武官员的品级时，六部尚书却与都察院、理藩院承政等，均定为一品；内院大学士只和六部、都察院、理藩院的副职即侍郎和参政相同，都定为二品官。到顺治帝亲政以后，内院的地位一度提高，甚至改名为内阁；内院大学士也成为与六部尚书相同的一品官，这种改革应当说是同洪承畴等人的努力分不开的。
为了安定北京的秩序，洪承畴还同冯铨上本，对北京的缉察工作提出具体的建议。七月下旬，多尔衮曾下令旨，说当时“京城门外及近郊”，“盗贼公行，居民不安”，原因是“巡缉不严”，令内院传谕“该管衙门，日夜上紧料理”，不得玩忽职守。冯铨和洪承畴认为，除原来的一些巡防布置外，由于弓兵皂役人员不多，只能在关城巡察，很难到远处缉捕。因此，他们提出参照明朝旧例，在京郊设巡捕营，配备两员参将，将东西二营改为南北二营，设把总10员，统领巡逻兵丁1760名。这样，京城外三四十里，都可巡逻到。对于巡逻兵的供给，他们也提出具体建议，那就是由原来旧例每名每月支米一石，改为支米五斗，外加支银五钱。这样就可以“补五城巡捕营之所不足”，而且还可以把地方发生的抢劫等事，及时上报本城御史，再由本城御史上报内院，同时又能及早跟踪追捕。冯铨和洪承畴还提出：凡能当场人赃擒获者，为上上功，次日人贼并获者，亦为上功，第三四日得获者，为中功，迟而获者为下。若隐匿不报或延迟后报……或获而诬陷平民者，该管员役必罪不宥。
洪承畴要求兵部和有关官吏“凡徇私滥用匪人，以致捕务不举，扰害平民”的，兵部不能推卸责任。同时，洪承畴认为这项差事也很艰苦，必须按时支给足够的粮饷。洪承畴和冯铨所上的这个奏文，对清初巩固中央政权在北京的统治和安定社会秩序，都很重要。当然他们所说要缉捕的盗贼，有些是真正扰害社会治安的，有些是为生计所迫，铤而走险的百姓，他们的建议自然是站在封建统治者的立场提出来的。
洪承畴佐理机务的另一件大事就是帮助筹办福临的登基大典。
顺治元年（1644年）十月初一日黎明，内院官员奏请福临，即顺治帝，前往天坛。7岁的福临身穿天青色礼服，乘坐辇车，出大清门去北京城南的天坛。前面有众多的仪仗，后面是多尔衮率众亲王和满洲贵族以及文武百官的长列。
祭天典礼在天坛大享殿（今祈年殿）前的圜丘举行。这是一座用蓝色玻璃砖砌成的圆坛，镶嵌在外方里圆的两重高大的围墙里。圆丘用于祭天，根据“天圆地方”的概念，建为圆形。站在圆坛上，抬头可看到蔚蓝的天空，脚下是一片蓝色，给人增加了“天”的感觉。自明成祖以来，皇帝祭天的大典，都在这里举行。皇帝即位，自命为天意，自然要到圜丘祭天。满洲虽为少数民族，但从皇太极即大清皇帝位时，就已采用了汉族封建皇帝的传统仪式，首先到盛京（今沈阳）德盛门外的天坛去祭告天地，表明“君权神授”。已经入关的福临即位仪式，在汉臣的影响下，自然更要这样去做。
福临由昭亨门乘辇入圜丘，百官列于东西两侧。奏乐开始，福临至神位前上香、行礼、献玉帛等，再读祝文。祝文中宣布，仍用大清国号、顺治纪元，定都北京。然后，皇帝和众臣再次行礼，还经过献礼、祝帛等程序。举行仪式时，天还没有大亮，圜丘南面的燎炉里，燃烧起松柏木、檀香木，香烟缭绕，香味袭人，给仪式增添了光彩，也增添了庄严、神秘的气氛。仪式过后，侍从才为福临黄袍加身，南面独坐，文武百官列于两厢，大学士刚林呈上宝玺，向他祝贺，百官向皇帝行三跪九叩礼。至此，祭天之礼结束，福临正式成为入关后的第一位清朝皇帝。
福临这个小孩子的入关即位，全部是摄政王多尔衮在汉族大臣帮助下安排的。早在多尔衮入京10天之后，汉族大臣都察院参政祖可法、张存仁就上疏指出北京城的重要地位。清廷决定以北京作为都城。福临车驾于八月二十日，从盛京浩浩荡荡起程，九月十八日到达通州，多尔衮率亲王贵族和文武百官前往迎驾。次日，福临进北京，由正阳门入宫。
多尔衮在迎接福临到来的同时，积极筹备福临在北京的登基大典。前面说过，福临在关外的盛京已经举行过即帝位的仪式，那么为什么还要在入关后再举行一次登基大典呢？这是多尔衮和内院大学士范文程、洪承畴等人精心安排的。无论是皇太极的即位，还是福临在关外的即位，都只能说明，他们是中国东北地区的一个民族政权的最高统治者。尽管清朝再强大，统治的地区也很有限，包括他们自己在内，谁也不会认为他是中国的统治者。而福临入关后的登基就不同了，他是在元、明两朝的都城登基，这就预示着他的统治范围不再是偏于一隅，也不仅限于北京、东北地区，而是要“定天下”，也就是定中国。因此，福临的第二次登基是非常重要的，无论对他本人还是对清朝来说，这次登基远比第一次重要。
正由于它如此重要，所以，多尔衮和洪承畴对这次登基大典的礼仪十分重视。多尔衮为了不致惹中原人笑话，明确指示，要有关人员按照历代传统制度去办，“不得草率溷乱，有亵大典”。也就是说，他要求筹办的人完全依中原的典章制度来筹办大典，这才能让福临做一个中原王朝的统治者。
福临在北京的登基仪式，完全按照中原王朝的登基制度举行。
而后，多尔衮又命将清太祖努尔哈赤及其皇后、清太宗皇太极及其皇后的神主灵位，奉安于太庙，并举行了仪式，宣读祝文。这就表明如今的清朝统治者实现祖先入主中原的遗愿。而这些典章制度、仪式，主要是靠故明降臣来制定的。实际上，清朝开国制度，除八旗制度外，其余官制、典章制度，基本沿袭明朝制度，这同清初任用汉族降臣是不无关系的。在他们的打扮之后，福临成为名副其实的中原之主。故明降臣起的作用，归结起来有三方面：一方面，出谋策划帮助清军入关，打天下；另一方面，出谋策划帮助清朝安定人心，使清朝在关内的统治站住脚跟；再一方面帮助清朝制定典章制度，建立封建统治秩序。在这些方面，洪承畴如前所述都有重要贡献。
洪承畴这时期的作用还表现在积极劝导满族贵族，尤其是最高统治者皇帝，学习汉族地主的封建文化。顺治二年（1645年）三月，他和冯铨等奏请选派满汉词臣向顺治帝进讲六经，奏言中说：
上古帝王奠安天下，必以修德勤学为首务。故金世宗、元世祖皆博综典籍，勤于文学，至今犹称颂不衰。皇上承太祖、太宗之大统，聪明天纵，前代未有。今满书俱已熟习，但帝王修身治人之道，尽备于六经，一日之间，万机待理，必习汉文，晓汉语，始上意得达，而下情易通。伏祈择满汉词臣，朝夕进讲，则圣德日进，而治化益光矣。
他们的意思就是要福临不仅熟习满书，更要学汉语，读汉书，精通儒家经典，才能够在中原地区进行统治，否则就做不到“上意得达，而下情易通”了。早在皇太极当政时，就已有汉官王文奎劝满洲贵族和皇太极本人要熟悉《四书》和史籍。王文奎在奏疏中说：
其帝王治平之道，微妙者载在《四书》，明显者详诸史籍，宜于八固山读书之笔帖式内，选一、二伶俐通文者，更于秀才内选一二老成明察者，讲解翻写，日进《四书》两段、《通鉴》一章。汗于听政之暇，观览默会，日知月积，身体力行，作之不止，乃成君子。
皇太极对王文奎的建议十分赞成，从他本人的爱好看，就“性嗜典籍”，读的史书很多，并令人翻译辽、宋、金、元四史中有关治要者，以供满洲贵族观览。皇太极时满洲贵族的统治还只限在关外，他就已经认识到读儒家经典和史书的必要，满洲贵族入关以后，这种必要就更成为不可缺少的了。从多尔衮的言谈中，可以看出他也是熟悉历史的。入北京以后，局势稍定，多尔衮令选满洲官员子弟入国子监读书，学习满文和汉书，他还组织人翻译《洪武宝训》，以供满洲贵族学习。这都说明他看到了满洲贵族需要熟悉经史的重要性。洪承畴等人的建议虽然没被多尔衮采纳，但福临亲政以后，很热衷于吸收先进的汉族文化和典章制度。
洪承畴这时期还参加了撰修《明史》的工作。顺治二年五月初二，洪承畴和冯铨、李建泰、范文程等奉旨总裁《明史》。他们又奏请设副总裁官，让学士詹霸、赖衮、伊图、宁完我等人担任；并选郎廷佐、图海等任纂修官，又选石图等7人为收掌官，吉录等10人为满字誊录官，吴邦等36人负责汉字誊录和收发草本等事宜，多尔衮都同意了。但是，当时由于明朝晚期的史料缺乏，洪承畴等对编明史也有许多顾虑，所以这次修史成效不大。
清朝初建，最高统治者吸取明的教训，对臣下要求严格，像洪承畴这样的大臣，自然得到多尔衮的赏识，在这期间，多尔衮重赐洪承畴貂皮朝衣、貂褂、银两、庄园、奴婢及牛马等物。与他同时得到赏赐的有八旗的固山额真、内院大学士和六部尚书等官。不过，这些人每人的赐物只有一匹马，同洪承畴所得之多，无法相比。清军入关赐给降臣的物品不少，但像洪承畴一次得到如此多的赐物的也很罕见。何况，洪承畴是在入关前降清的，那时已经得到皇太极的赏赐。入关后对他的这次赏赐，说明洪承畴对清军入关作出了较大的贡献，同时也说明多尔衮很赏识他为官的才干和作风。
§§第三章 汉人首相，竭力助君王
