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第三节 西北纷乱，洪承畴督边
明朝末期，西北地区的动乱已经闹了许多年。万历末年，陕西各镇赴辽东作战的部队在战场上大溃败之后逃回老家，但不敢归伍，各地的长官和军官把这些残兵看作破坏性力量，也不让他们归伍，而是四处剿杀。这些败卒于是在各处落草为寇，先是抢劫富户，继而攻击官府。这时又正遇上西北地区连年发生严重的自然灾害，百姓穷困已极、饥饿已极，只好铤而走险，纷纷参加到造反的队伍里。这种情况到天启末年已经非常严重了，在陕西行省8府4镇的广阔地域里，到处都有小股的暴动武装在活动。
当崇祯帝兴高采烈登上皇帝宝座的时候，他不可能想到，他所接手统治的帝国也正处在一个最危险的时期。明帝国经过200多年的生息发展，人口已经从建国时期的6000万左右增长到差不多2亿。这个数字从万历后期一直维持到天启末年，基本上没有大的变化。也就是说，在崇祯帝开始他的统治的时候，明朝的人口发展曲线正好处于巅峰状态的一个平台的边缘（此后由于天灾人祸，人口开始逐年下降）。这个有史以来最巨大的人口数量（几乎相当于当时世界人口总数的1/3）需要同样数量巨大的物质资源来维持生命，最基本的需求就是粮食。但也正是在这个时期，自然条件的变化却恰恰十分不利于农业生产。我国的气候从14世纪起逐渐由暖变寒，到17世纪刚好发展到顶点。当时江南一带农作物的生长期比现在要短10天，北京附近则要短2周左右。这种严寒的气候对于农业，特别是粮食的生产显然造成了相当严重的危害。祸不单行，这个严寒的时期又正好赶上近500年来3次持续干旱中年头最长的一次，特别是黄河流域，出现了罕见的接连十几年的大旱。
严寒苦旱造成农业急剧减产，众多的人口却需要大量的粮食来维持，尖锐的供需矛盾就造成了全国性的大饥馑。这种情况是从万历末年就开始了的，但最初社会尚能承受。而当万历年的积存逐渐告罄，人民的肚子越来越空，正好到崇祯初年的时候，全国性的饥荒已经成为一条凶猛的怪兽，一面狂虐地吞噬着大批人民的生命，一面也把崇祯时代的社会危机推向最险恶的境地。
由于当时社会生产力的限制，这种人口膨胀与农业萎缩相结合的危机也许根本就无法克服。但如果有一个廉洁而有效率的政府，能拿出一套比较可行的救灾保民稳定社会的办法，或许至少可以缓和或是延迟这种危机。而崇祯时期的政府却又正好是一个极其腐败又毫无效率的政府，自最高统治者崇祯帝以下，直到各级官吏，既弄不清帝国正面临着一种什么样的危机，更从来没有通盘考虑过对付危机的政策。他们只知道头疼医头、脚疼医脚，最后是眼睁睁地看着帝国同他们一起灭亡。
全国性的大饥馑又以黄河流域最为严重，特别是陕西、河南两省尤为惨烈。明代的一级行政区分为两京（北京，直隶地区大体相当于今河北省和北京、天津两市；南京，直隶地区大体相当于今江苏、安徽两省和上海市）、13省，13省中又以陕西地域最为广大，大致相当于今天的陕西、甘肃、宁夏全部和青海、新疆的一部分，包括着明政权统治的整个西北地区。这里土地贫瘠，民风强悍，在明代是个强兵勇将的摇篮，也是暴动作乱的渊薮。
西北地区自天启中叶起就连年大旱，有些地方颗粒无收，到了崇祯初年，灾情已经严重到了令人发指的地步。行人司行人马懋才曾经向皇帝陈奏过自己家乡延安府安塞一带的灾情：“崇祯元年（1628年）八九月间，乡民争相采集山间蓬草而食，其子粒类似糠皮，味道苦而涩，吃了仅可以勉强不死。至十月以后而蓬草食尽，则剥树皮而食，各种树中只有榆树皮质地稍好，掺杂其他树皮，也能稍稍延缓生命。迨年终而树皮也吃尽了，只能挖掘山中的石块而食，石头性冷而味腥，吃一点就觉得饱，但数日以后则腹胀下坠而死。”
“最可怜的，如安塞城西有一个粪坑，每天必有几个弃婴被扔在里面，有的哭号呼其父母，有的吃那里的粪土。到第二天，弃婴全都死了，又有新的被抛弃。更可怪异的，年幼童稚及独行者一出城外，就会全无踪影。后来见到城门外有人用人骨作柴，煮人肉为食，才知道以前失踪的人都被吃掉了。而吃人的人几天以后也会面目赤肿，内发燥热而死。于是，死尸横陈，臭气熏天。县城外掘了几个大坑，每坑可容纳数百人，用来掩埋死者遗骸。看来已经装满三坑有余，而离县城稍远没有掩埋的又不知有多少。小县如此，大县可知；一处如此，他处可知。”在如此凄惨的情况下，人民只有造反一条路可走了。
何况，除了天灾还有人祸。各级官府并没有因为连年饥荒就停止征收赋税，由于辽东军事局势一直十分紧张，各地供应沿途兵马和国家的临时征派名目繁多，比平时反而更加苛重。一位在崇祯初年做过知县的官员回忆各种临时征派时说：“突然得到一件公文，要取豆米几千石、草几千束，运到某营交纳。突然得到一件公文要买健骡若干头、布袋若干条，送到某营交纳。突然得到一件公文，要制作铜锅若干口、买战马若干匹，送到某营交纳。所有这些都不说明应在哪项钱粮中开支，日后怎样报销核算，只是说迟误了就以军法论处。州县官吏不敢拖延，只能分派到民间。所以私派多于正赋，民不堪命，怨声四起。”
一些州县的酷吏只要完足钱粮，根本不顾人民死活，每当催逼赋税的时候，总是差役四出，抓人打人，有些地方县衙大堂竟然血流满阶。连基本生存都没有保证的老百姓负荷不了沉重的赋税，只能要么逃亡，要么死亡。但官府仍要征敛，就要由没有逃没有死的人户包下来，于是负担又要加倍，剩下的人户也只能或逃或死。如此恶性循环，许多地方都出现了赤地千里的局面。死者长已矣，活着的人为了摆脱迫近死亡的命运，只得揭竿而起。
就在崇祯帝即位的那一年，陕西澄城县的饥民因为不堪饥饿和知县张斗耀的残酷催科，用墨涂黑了脸，在山上聚众起义。饥民的首领高声问：“谁敢杀张知县？”众人齐声回答：“我敢杀！”这样大喊3遍，算作誓师，而后蜂拥着闯进县城，一直冲进县衙。知县张斗耀正在公堂催逼税收钱粮，见到暴动的农民们手执利器冲进来，吓得掉头逃进后衙住宅。农民们跟着进去，把张斗耀用乱刀砍死。澄城农民这次杀死朝廷命官的暴动，通常被看作是明末农民大起义的正式开端。
在澄城暴动之后，西北的农民起义更加风起云涌。崇祯元年（1628年）冬，西安府白水县王二纠合山西的逃兵举行暴动，抢掠了蒲城县的孝童镇和韩城县的淄川镇；几乎与此同时，延安府府谷的王嘉胤、宜川的王左挂、安塞的高迎祥，巩昌府成县的王大梁，都聚众而起，攻城陷地，只旬月之间已经各自发展成数万人的队伍。
这样涉及地域极其广大的大规模暴动不能不引起朝廷的高度重视了。自崇祯二年（1629年）起，崇祯帝和他的臣子们开始把西北的“流贼”当成一件很重大的事件，认真看待，想认真解决。这年三月，专门负责西北方面军政事务的陕西三边总督武之望死在任上，朝中推举继任者。因为解决民暴的事情过分棘手，朝中的官员互相推诿了好一阵子，最后才选中了左副都御史杨鹤。
杨鹤曾作过南赣巡抚，做官清谨，但并没有什么军事谋略。崇祯帝在他赴任前特别召见了他，问他对于平定西北有什么打算和安排。他只是说：“清慎自持，抚恤将卒而已。”到任之后，他发现手下道员洪承畴果决干练，就把指挥军事行动的事情交给了洪承畴。
洪承畴虽然是一介书生，但生逢乱世，一向热心于钻研军事。他校订过古代军事文献精华《武经七书》和明朝名将戚继光著的《南北平定略》等一大批军事著作，而且讲求理论与实践的结合，用兵作战常有过人之处。他在杨鹤麾下主持剿杀农民军，取得过不少次胜利，因而在崇祯三年（1630年）正月被提升为主管陕北地区军政的延绥巡抚，年纪轻轻就当上了封疆大吏。洪承畴勤于职守，与士卒同甘共苦，在陕西军民中颇得人心。据说有一次行军缺粮，附近乡民争相把口粮借给他的部队，一个老妇人背着粮食跌倒在路上，还向人说：“我为洪军门送干粮来了。”
洪承畴和西北地区的其他几位巡抚、总兵带着部队东挡西杀，哪里有农民暴动的警报就到哪里去扑灭，几乎每天都在向朝廷发出取得军事胜利的捷报。但农民起义有大批饥民和溃兵作为源源不绝的生力军，却越剿越多。在陕西官军的逼迫下，从这一年的春天起，农民军又纷纷渡过黄河，把活动的范围扩大到了山西。而山西各地同样有饥民饥军，于是风从响应，原来一省的动乱变成了两省的动乱。
杨鹤见到痛剿总是无效，渐渐明白这无休无止的动乱“总因饥荒之极，民不聊生”，只是调集大军四处围剿，“流贼”是“诛不胜诛”的。何况他的手中也并没有足够的军事力量，特别是崇祯二年（1629年）末京师戒严后，调各地兵马勤王，西北各镇部队调的调、溃的溃、兵力更少。为此他提出以抚为主的平定策略，并且率先实行。在崇祯三年（1630年）春，他先后在陕北招降了王虎、小红狼、一丈青、掠地虎、混江龙等农民军首领，给他们发了免死牒。一度农民军受降相当踊跃，但受抚的农民军却常常不能稳定，因为他们拿了免死牒解散回乡之后，等待他们的仍然是大饥荒。为了求食，这些受过抚的农民军只得再度起事，于是“旋抚旋叛”，没有宁日。
这种情况表明，抚要抚到实处，才能有效。朝廷中一些官员也认识到，只有充分地赈灾救济饥民，才能从根本上平定这场内乱。兵部职方司郎中李继贞在崇祯三年（1630年）十月上疏，请求赈济延绥。疏中说：“皇上用数万金钱救活数十万生灵，是无量的功德福泽；活数十万生灵而使之恢复农桑故业，以后收回的赋税，又不止数十万金钱，是莫大的利益。”这个动议很有道理，但因为要调用数十万金钱，却也让崇祯帝十分头疼。
自从崇祯帝接掌大权以来，一遇到哪里需要用钱，他的眉头就止不住要皱成一个疙瘩。他的帝国的财政情况实在是前所未有的坏。自从万历末年对后金作战以来，王朝的国防开支大大增加，到崇祯初年，全国的额设兵力已有50多万，额定常项军费开支粮饷每年多达白银1530余万，这还不包括临时战事耗费的大量资金。但明王朝的基础财政收入，即户部征收的土地税、户口税以及盐税、关税等项基本税，每年定额才只有1461万两多一点，就是说以全部征税用作军费还略有不足。但在实际上，除了军费的开支以外，庞大的官僚行政支出、庞大的宗室消费支出、还有庞大的皇家宫廷支出，都要国库出钱。入不敷出，这是任何人从账面上一眼就能看出来的基本财政情况，在算账方面相当内行的崇祯帝对这种情况更是一清二楚。
要解决巨大的常年财政赤字问题，只能老老实实地开源节流，可惜在这方面余地却非常有限。在开源方面，前朝的皇帝们已经把能开的门路开得差不多了。首先能想到的自然是从百姓身上多收一些税，就是所谓“加派”，这在万历末年，为了辽东用兵已经用过。当时接连三次增加过税收，合计每亩加银9厘，全国总共增加收入520万两，称为“辽饷”。因为辽东一直没有平定，“辽饷”也就没有废止，一直在征收。但“加派”等于剜肉补疮，崇祯初年继续征收前朝定下的“辽饷”，但对于增加新的“加派”，统治集团一时还有些犹豫不决。“加派”以外，还有打各级官僚主意的“捐助”，其实就是对各级官员强行摊派，这个办法当然会遭到官员们的强烈反对，实行起来困难重重。
开源无计，节流更难。各项开支要么是出于现实的急需，要么是祖宗传下来的定例，很难凭空减少甚至取消掉。但崇祯帝还是想尽办法，能省就省。崇祯二年（1629年）二月，给事中刘懋建言对全国驿站进行整顿，裁撤冗繁役卒，认为每年可以节省下数十万两银子。正为开支问题一筹莫展的崇祯帝见到这个奏章大为开心，立即升刘懋为兵科左给事中，命他专门负责整顿驿站的工作。
明末的驿站系统也同其他各个系统一样，确实已经腐败混乱之极，并非没有可以整顿之处。但这个烂摊子是烂在根子里，仅仅靠发几个文件，报一下账目，哪里就能整顿清楚呢？刘懋既然夸下海口，说是能节省几十万两白银，只能兑现，因此所谓的兴利除弊最后就变成了削减经费，裁减冗卒也就成了单纯的减少驿卒收入。这项措施实行下来，据说各省共节省银685720余两，对于整个的财政亏空来说实在是杯水车薪，解不了大渴。但各地的驿站却由于这次裁扣而大伤元气，许多驿卒因为难于维持生计而逃亡，其中不少人又加入了农民军的队伍。在逃亡的驿卒中有一位陕西米脂的汉子，名字叫李自成。十几年以后，就是这个当年驿站的马夫率军攻陷了北京，推翻了明王朝。这样的后果，崇祯帝在整顿驿站系统的时候是绝没有预料到的。
崇祯帝自己也在带头节流，在宫中朝中提倡勤俭节约、艰苦朴素，尽量减少一切开支。朝中惯例，每年端午节入夏皇帝要送给朝臣每人一把扇子，以示关怀。但崇祯帝即位后立即把这项开支省了，朝臣们要用扇子，只好自己去买。类似这样细微至极的小型支出，崇祯帝减免项目颇多。他自己也以身作则，至少按照当时做皇帝的标准来说，他的生活还是相当俭朴的。皇帝的衣食用度本来都是典例上有规定的，每年消耗资金不可数计，崇祯帝即位后因为府库空虚，也由于他生性较为节省，把可以裁减的项目都尽量裁减了。在饮食方面他并不太喜欢那些珍奇的山珍海味，爱吃的大多是家常食品。
不过，一位皇帝的家常饮食费用常常也会大得惊人。有一次崇祯帝突然想起要吃市面上卖的元宵，派人去买，经管太监后来报账，一碗元宵竟要一贯钱（约合一两银子）。崇祯帝同意报销，但告诉经管太监，当年在信王府的时候一碗元宵只要30文（其实已经大大超出市价）。管事太监吓出一身冷汗，但过后还是照样里克外扣——以皇帝的高贵身份，当然就得吃一两银子一碗的元宵。据记载，崇祯帝每月的伙食费用，除去厨料等杂项之外，仍有1046两白银之多，周皇后每月360两8钱，田、袁两妃各164两，皇太子154两9钱，他的另外两个儿子定、永二王各120两，这样仅崇祯帝一家7口每月的伙食费就高达2000多两，大概相当于平常百姓人家几辈子的消费。
在穿衣上他也很不讲究，而且讨厌繁缛的文饰。除了礼仪上需要不能不穿规定的龙袍，平时他愿意穿着素色袍服。虽然依照旧制皇帝的内外衣裳都是穿过一次就不能再用，崇祯帝却觉得太可惜，经常穿下过水的浣衣，特别是内衣，甚至要穿多次。但内府的织造衙门从来只提供一次性消费的衣服，只注意外观，不讲求结实，袍服穿过几次之后很容易破损。
有一次崇祯帝参加经筵，发现袍袖有一点破了，颇为尴尬地用手把破处掖了起来。讲经的讲官正巧看到，就说：“衣服破敝，虽然过于俭省，却是美德，何必讳之？”崇祯帝才大为高兴起来。此后变本加厉，下令袍服大袖一律只留一尺五寸，以节约绸布，不但自己如此，而且定为天下共式。明朝的士大夫习惯于宽袍大袖，至此也不得不跟着皇帝一起实行紧缩政策。
他还把日常使用的金玉器皿改为瓷器，后来又用漆器，因为是木胎，就算是木器了。这当然只是一种形式上的俭省，因为瓷器少不了景德镇的极品细瓷，甚至是宋代的汝、官、均、哥、定五大名窖，漆器大多是重染精雕，即使在当时价值也不在金玉以下。
在皇帝作风的影响下，宫廷里也一改浮华旧貌。周皇后在夏天带头穿不加绣饰的素白衫，嫔妃宫女们也纷纷效法。为了跳色，又在白纱衫里面衬上绯红的里衣，红装素裹，清新喜人。
周皇后甚至还在宫里组织过一次大生产运动，让江南织造处给宫里送来一批纺车，亲自督促宫女集体纺线，宫女们却屡学不会，她一怒之下把纺车都当劈柴烧了，不了了之。宫中女眷本来时兴浓妆，但崇祯帝却不喜欢，说是“浑似庙中的鬼脸”。周皇后、田贵妃都是天生丽质，皮肤极好，就干脆不施脂粉。袁妃以下不敢效颦，却也一律是薄薄的粉黛，尽量追求贴近自然。应该说，崇祯帝自小成长于侈糜俗艳的深宫，却能够不但性情上有节俭的一面，在审美情趣上也颇为清雅，实在是很难得的。
但仅仅用裁驿卒、省宫费这些小打小闹的方式，无论如何也解决不了巨大的财政危机。何况宫中省减下来的费用仍然是落到皇帝自己的腰包里，一分一厘也没有节省国家财政支出。崇祯初年颇有一些官员打过皇帝内帑私财的主意，崇祯帝却总是哭穷说：“朕在宫中极力节省，仍然入不敷出。如果真有余钱，朕怎么会吝惜呢？”既然舍不得自己出血，他在左思右想之后，还是把眼光放在了“加派”上。他深知，绝大多数朝臣都是反对“加派”的，理由很简单：民力已竭，再加就将不堪于命了。可是在财源枯竭、国用急需的情况下，他却只有“加派”这唯一的办法了。按照他一贯的工作作风，所有明知是要受到舆论谴责，不那么理直气壮的决策，他都不愿意亲自提出来，总希望先由能同他默契的贴心大臣提出，作为抵挡攻击的盾牌。这一次给他充当盾牌的是不久前被他特别提升起来兵部尚书梁廷栋。
梁廷栋在崇祯二年（1629年）后金军入塞的时候还只是个小小的参政道，因为在己巳之警中表现突出，在两个多月里接连升任顺天巡抚和蓟辽总督，崇祯三年（1630年）正月又被任命为兵部尚书。在明代历史上，像这样破格提升的实在是绝无仅有。这体现了崇祯帝在用人方面有一种打破传统不拘一格的锐气，也让梁廷栋感激涕零，决心要矢死报效皇上的知遇之恩。为了报效皇恩，当然就不惜为皇帝作一次挡箭牌。崇祯三年（1630年）十二月，他不顾群臣的非议，上疏请求再增加“加派”数额，以解决财政危机。
因而崇祯帝经过同户部及兵部的磋商之后，就在这年年底正式推出了增税方案：提高“辽饷”定额，由原来的每亩平均9厘，增加到1分2厘，每亩增加3厘，全国每年共增收165万多两。
在“加派”方面，崇祯帝做得相当雷厉风行，后来军费仍然不足，“加派”也就只能再加，那是后来的事情。但在如何通过肃贪来减轻人民负担方面，崇祯帝却并没有立即拿出什么切实可行的举动。因此，不论数额多少，加派都给本来已经负荷沉重已极的天下百姓又加重了新负担。何况，在新增辽饷165万这个数字后面，又不知有多少官吏在增加征收、转运、损耗等项目的费用，以中饱私囊。人民的负担又要数倍于165万。
新的“加派”果然立即遭到许多朝臣的反对，人们不但背地里对这个决策深为不满，有些人还公开对此进行了批评。给事中吴执御上疏所言比较有代表性，他直接就把“加派”称作“剜肉医疮，去皮附毛”，认为绝对是个下策；即使非出此下策不可，也只能暂行一年两年，而且应该向百姓说明年限，免生是非。
他的这些认识都不错，但崇祯帝需要解决的是如何弄到钱的问题，而对这一点，吴给事就颇为含糊了。他只是强调，“理财应先理民，民富则财自充足，赋税也自然增多，”然后就是孔子怎么说，先朝怎么做，侃侃而谈一番，没有一点具体的办法。崇祯帝恨就恨朝臣只尚原则空谈毫无切实主意，见到吴执御一番肉疮皮毛之论，很不高兴。他抓住疏中的几句话反复苛责追问，让吴执御一遍又一遍地回奏，闹了将近一个月才不了了之。朝臣见皇帝执意要“加派”，批评议论也没有用，以后虽然时时还有人提起，反对的热情也就不那么高涨。
关于要不要“加派”的事情总算确定下来，但真正拿到钱还要等到第二年的秋天。可是用钱的事情却不等人，在崇祯四年（1631年）初就又出来了。
陕西三边总督杨鹤主持剿务将近两年，农民军却越剿越多，虽然也用了招抚的办法，但因财力有限，同样没有什么成效。他觉得，只有朝廷确定招抚政策，而且拿出钱来实行，真正解决了西北人民的生计问题，“流贼”才能最终扑灭。在这年正月，杨鹤把他的认识和主张向崇祯帝做了系统汇报，提出：“必实实赈济，使之糊口有资，而后谓之真解散。解散之后尚需安插，必实实给予牛种，使之归农复业，而后渭之真安插。”因为怕皇帝舍不得花钱，他还特别算了经济和政治两笔账：调军围剿需要大批粮饷，同样要花很多钱，但“费之于剿，金银一去不还，且斩首太多，上干和气。费之于抚，金钱去而民在，活一人即得一人性命，盗息民安，利莫大焉。”
应该说，杨鹤的这一套看法还是比较有道理的。但问题在于，在到处都是亏空，财政状况极其窘迫的情况下，到哪里去找那样一大笔钱财去赈济，去安插受抚的义军和大批流民呢？退一步说，即使真的凑齐了这样一笔钱，吝啬成性的崇祯帝又怎么会舍得拿出来，无声无响地散布到民间去呢？杨鹤看问题比较深，安排得也比较周全，但是他把一个长期积累下来的社会问题看得太容易解决了，没有想到人民的饥饿一方面是人口过剩和自然环境的变化造成的，另一方面又正是统治者横征暴敛的结果。朝廷自己不事生产，要有大笔银钱赈济安插，只能通过横征暴敛来解决。这是一个走不出去的怪圈，招抚（或是围剿）人民的暴动要用大批钱财，要钱只能通过对人民横征暴敛，横征暴敛又造成新的饥荒和新的暴动……整个崇祯时期，朝廷里的君臣们就一直在这个怪圈里面打滚。也正因为有这么个怪圈，杨鹤的主抚政策从一开始就注定了要失败。
崇祯帝这一次却被说动了心，觉得如果能一劳永逸地解决西北的暴乱，做出一些牺牲还是值得的，于是决定采用以抚为主的策略。他在廷中几次提到了招抚的问题。说“流贼原是中原赤子，不可纯以剿为事。”“寇亦我赤子，宜抚之。”他为此还痛下决心，要拨款赈救陕西，兼作招抚之用。皇帝掏腰包救济灾民当然是件功德无量的大事，他特此隆重颁布诏书，让全国官民个个知晓。诏书中说：“陕西屡报饥荒，小民失业，甚至被迫而从贼，自罹锋刃……今特发十万金，命御史前去，酌被灾之处，次第赈给。仍晓谕愚民，即已被胁从，误人贼党，若肯归正，即为良民，嘉与维新，一体收恤。”
原来郑重其事了半天，忍痛拿出来的才不过区区10万两银子，相当于他一家7口人4年的伙食费。这点钱对于西北的大饥荒和大动乱能起到多少缓解作用呢？当时有人为崇祯帝算过一笔账：以2银救活一人计算，也只能救活10万人；其时陕西粮价腾贵，1斗米要银7钱，1两银子只能买到1斗半米，最多能维持50天。这对于已经饥饿了几年的数百万饥民来讲，实在是太少了。但就是这10万两也已经让崇祯帝肉痛，而且让户部大为其难了。此后，杨鹤所筹划的那些赈济和安插怎样进行，赈济和安插的费用如何筹调，崇祯帝和他的朝臣们就再也没有做出过安排，甚至也没有认真地讨论过。这又是崇祯朝办理朝政的一个特点，办事处处需要花钱，常常还需要花大笔的钱，但朝臣们对花钱的问题通常都是讳莫如深的。一是因为国家没钱，一提钱就是没法解决的困难；二也是因为皇帝最不爱听花钱这两个字（相反，他很喜欢听省钱这两个字），谁提得多了谁可能就要倒霉。大家就干脆不提，等待着事态的自然发展。
杨鹤在西北招抚农民军得不到什么像样的财政支持，但基本政策既然已经定下来，他也只好硬着头皮去干。崇祯三、四年之交，西北的农民军大致可以分成东路、西路两大支。东路中的著名首领有王嘉胤、罗汝才、张献忠、蝎子块等人，他们当时的主要活动范围在黄河以东的山西省西部各县。西路中最大的一股是神一元、神一魁兄弟领导的农民军，主要在陕西的延安、庆阳两府一带活动。山西的剿抚大计自有山西的官吏和军队主理，而对于陕西的农民军各部，杨鹤则真是费尽心机。
崇祯四年（1631年）初，神一元已经死去，他的弟弟神一魁带着数万人从二月下旬开始围攻庆阳府城。杨鹤手中没有多少兵马，连忙派人去庆阳城外招抚。经过谈判，神一魁同意受抚，并派了几十个大小头目去杨鹤驻镇的宁州。为了扩大影响，杨鹤特地在宁州城楼安设“龙亭”，让受抚的大小头目们到“龙亭”前跪拜，高呼万岁，而后再到公署拜谒杨鹤，并一同到关帝庙宣誓。这样一番大张旗鼓的表演，表现了朝廷招安的诚意，神一魁在几天后也亲自来到宁州。杨鹤先当众宣布了神一魁的十大罪状，神一魁一一承认；然后宣读朝廷的赦免令，授神一魁守备官职。神一魁部下大部分都被遣散回乡，部分主力4000余人则安排在宁塞堡。
招抚神一魁是杨鹤主抚政策最重要的一个成就，但招抚之后的后续手段却不是以他个人的能力就可以解决的了。最要紧的当然还是赈济钱粮的问题。崇祯四年（1631年）四五月，朝廷咬牙掏出的10万两银子，再加上由藩王以下捐助的5万两以及2万石粮食，由御史吴甡押运到陕西，在发放的过程中又有大批小股农民军接受招安，领了钱粮。有了钱粮的时候，局势大好，陕西的农民军几乎全部受抚。但两三个月之后粮食吃光了，刚刚受了招安的农民军只能再到处打粮，又大乱起来。
对付这种局面，杨鹤实在没有什么办法了。他在七月给中央的报告里提到：“诸贼穷饿之极，无处生活，兵至则稽首归降，兵去则抢掠如故。此必然之势。”这种“必然之势”终于给他自己带来了厄运。七月末，一批降而复起的农民军竟然大举攻占了中部县（今陕西黄陵县）；不久之后，神一魁也率所部在宁塞营再次起事。此前杨鹤早已奏报朝廷，说庆阳的招抚全部安排妥当，这时候突然又有县城失陷，引起了朝中一批惯会挑刺的言官们啧啧烦言。有人说：“杨鹤先前说流贼已经遣散干净，而今中部县之贼难道是从天上掉下来的吗？”正巧也是在七月，在山西的农民军也发动了大规模的攻势，活跃于山西省的农民军号称有20万人，分为36营，在晋南、晋中各处抢劫富户，攻击官军。
接连出现的这些情况让崇祯帝大为恼火，他本来以为自己能够出钱出粮对“反贼”进行招抚，实在是体现了极大的宽仁，也体现了极大的耐心。既然如此，“反贼”们理应听到招抚就感激涕零，从此老老实实地做顺民，即便饿死也不再捣乱。但事实上这些“反贼”竟然一而再再而三地投降——叛乱、投降——叛乱，崇祯帝觉得这简直是一种恶意的冒犯。这时候，一些本来对招抚政策就不满意、不信任的官僚也纷纷抨击杨鹤的所作所为。放赈后就转任陕西巡按御史的吴甡是专责纠察地方官吏的，朝廷把有关弹劾杨鹤的奏疏下发给他核查，核查的结果是杨鹤主抚误国，“人恨招抚之失矣！”杨鹤的政治生涯和他的主抚政策从此都到了尽头。
崇祯四年（1631年）九月，恼羞成怒的崇祯帝不顾自己原本也批准过招抚政策，发出谕令：“杨鹤总制全陕，何等事权。乃听流寇披猖，不行扑灭，涂炭生灵，大负委任。著革了职，锦衣卫差的当官旗，扭解来京究问。”这样就把西北大乱和招抚失败的责任全都推到了杨鹤的身上。杨鹤被逮捕后，一度情势非常危急，几乎被问成死罪。他的儿子杨嗣昌当时任山海关兵备道，接连3次上疏请求代替父亲接受处罚。崇祯帝对于杨嗣昌的印象似乎很不错，这一次竟然破例对杨鹤从轻处分，最后定为遣戍袁州（今江西宜春）。4年以后，杨鹤死在了戍所。
杨鹤的被革职，标志着主抚派的破产。而这时候，另一种主张，即洪承畴的主剿已经在部分地区同时进行了。
崇祯三年（1630年）正月，明朝任洪承畴以都御史巡抚延绥（今陕西榆林），于是他立即部署兵力，对起义军进行镇压。是年六月，府备县农民军在王嘉胤的率领下，攻陷黄甫川等要塞，又陷府谷县城，而后他们假称要投降，主动退出县城。当官军来“收复”县城时，他们回戈一击，又重占领县城。洪承畴和总兵杜文焕率部从孤山进剿，一次击杀农民军400余人。与此同时，明朝山西部队，也剿杀这支农民军达300余人，王嘉胤被迫转入山谷。
那时，杨鹤尚在职，他虽然主抚，但在局部地区，明军也在发兵进剿农民军。杨鹤的招抚成效不大，早已引起主剿派的不满。他们把农民军形成的燎原之势，归罪于主抚派。而洪承畴和总兵杜文焕等，利用农民军起义初期，缺乏作战经验、各自为战、兵力分散的弱点，采取分割包围、各个击破的办法，剿杀农民军，的确见了成效。各地农民军遭到重大挫折。因此，尽管总督杨鹤主抚，而主剿派并不听其制，照样残酷镇压农民起义军。
在洪承畴的历史上，杀王左挂是个重要事件。王左挂是陕西清涧县人，为陕西最早的起义将领之一。他于崇祯元年（1628年），聚众万余人起兵宜川。后来转战于真宁、三水、耀州等地，曾被洪承畴围在云阳，后乘雷雨逃跑。此后又在怀宁河（今槐里河）再败，遂于崇祯三年（1630年）春，以120人向总兵杜文焕请降，杜文焕受之。李自成当时就在王左挂部下，他和一些头目对王左挂受降不满，就率众自谋出路。王左挂受降以后，并没有真心降明，暗中谋划再起。洪承畴本是主剿派，对招抚并不热心，看到王左挂三心二意，准备谋叛，就在同年八月同陕西巡按李应期、总兵杜文焕设计，将王左挂等98人全部杀害。洪承畴的杀降，不只这一次。崇祯四年（1631年）四月，洪承畴命守备贺人龙，慰劳投降的农民军，设酒宴款待，农民军个个喝得醉醺醺的。乘他们入谢告辞时，事先安排的伏兵四起，一次就斩杀了320人。
洪承畴和他手下的将领，不择手段地消灭农民军。崇祯四年（1631年）五月，王嘉胤的队伍进至山西东南的沁水、阳城一带。洪承畴派他手下的悍将曹文诏率部追击。然而，王嘉胤的力量相当大，安塞人高迎祥、延安人张献忠等，都是他的部下，听他号令和调遣。那时在洪承畴手下任延绥副总兵的曹文诏，不能战胜王嘉胤，就采取阴谋手段。曹文诏听说部下士卒张立位的姐姐被王嘉胤强娶为妻，就让张立位去诈降。王嘉胤信以为真，把他当成亲信。六月的一天，张立位同姐姐以及王嘉胤的部将串通一气，乘王嘉胤醉后熟睡时，将他刺死。曹文诏乘机出兵围攻，里应外合，起义军大乱，损失惨重。
洪承畴派出官军追剿陕西、山西的农民军，配合山西明军一起夹剿。崇祯四年（1631年）七月，农民起义将领点灯子（赵胜），在洪承畴的打击下，于陕西立足不稳，转战至山西。洪承畴和部将曹文诏等亲自追过黄河。九月，赵胜在晋西石楼县遭到明军夜袭，被砍杀。
镇压农民军接连取得一定成效之后，洪承畴得到崇祯帝的赞扬。崇祯帝得知他杀降农民军首领王左挂时，就得意地说：
贼势獗甚，招抚为非，杀之良是。
接着，崇祯四年（1631年）九月，洪承畴升任陕西三边总督，代替杨鹤的职位，由他主持镇压陕西农民军的事宜。
大约在洪承畴任三边总督前后，他的家人在今天的泉州鲤城区东街的一条名为洪衙埕的巷子里，建了一座府第，后来他的弟弟洪承畹也在洪承畴府第的旁边建了住宅。据当地人说，那时府第门前宽阔，还竖有旗杆，洪承畴忙于公务，回到泉州府第只有3次。
从崇祯二年（1629年）到崇祯四年（1631年），仅两年多的时间，洪承畴在镇压农民起义过程中，为明王朝屡立功绩，从一个粮道参政，晋升到三边总督，升迁之快是他出仕以来所未有的，其他官员也很少见。分析其原因，大约有四个方面：一是形势的需要，当时陕西农民起义风起云涌，对明王朝来说，社会动荡，已呈不可收拾的局面；二是明军纪律败坏，无战斗力，无法对付农民军的冲击；三是陕西农民起义，处于初发阶段，一呼百应，还没有严格组织起来，缺乏战斗力，可以对付腐败的明军和无能的明将，却很难应付有战斗力的明军以及有点武略的明将；四是洪承畴富有文韬武略的才能，对农民军疾恶如仇，对农民军的镇压手段坚决而残酷，而且，他有一支战斗力颇强的“洪军”。可以说，洪承畴是踏着农民起义军的血坐上三边总督宝座的。这段历史，在洪承畴的一生占有重要的位置。后来，他成为两朝重臣，若没有这两年的扶摇直上，是完全不可能的。
在对待农民起义的问题上，洪承畴是主剿派，杨鹤是主抚派，两人政治主张不一致。但是，洪承畴在杨鹤被拿问之后，却向崇祯帝上书，要求从宽处理杨鹤，还在书中摆出杨鹤在陕任职期间的许多功劳，从这点可以看出洪承畴的为人。至于对付农民战争，他主张坚决镇压，杨鹤被革职以后，他更是积极推行主剿政策。
洪承畴命总兵张应昌攻宁塞，总兵王承恩攻安塞，连战皆捷。崇祯五年（1632年）春，洪承畴留饷20万，遣甘肃总兵杨嘉谟、东援返回陕西的固原总兵杨麒、临洮总兵曹文诏、延绥总兵王承恩、宁夏总兵贺虎臣和定边营副将张应昌等各率镇兵大举进剿农民军。起义军在宁塞败后，退守东西川、铁角城、芦堡垒等处，杨嘉谟、贺虎臣统兵强攻坚守铁角城的数万起义军，遇挫而回。起义军趁势攻庆阳。洪承畴急忙来援，曹文诏率临洮新兵2000到来，宁夏贺虎臣的新兵也同时赶到，在西壕会合，洪承畴令其出兵，在西壕夹击农民军，双方展开了一场激战，交锋十余次，官军大胜，并追击数十里，起义军红君友，也为曹文诏设反间计被其党杀害，宁塞起义军，死伤不计其数。有记载说：“宁塞之强殆尽矣。”此役称西壕之捷，为几年来用兵西北的第一大捷。不久，洪承畴设伏擒斩不沾泥，曹文诏于环庆击败可天飞和李都司，又败郝临庵于耀州。陕西境内的农民起义军在官军的“四面围堵”下被基本上镇压下去了。
陕西战事渐息，山西战火又起。起义军王自用率36营避开陕甘明军主力，进入山西在晋东南开辟战场。起义军分三路作战，东路据泽州、潞安，西路攻平阳，中路攻汾州、太原一线。山西巡抚许鼎臣、宣大总督张宗衡穷于应付，战果平平。
崇祯帝对于西北战事的发展并不满意。不过，看到陕西义军被一一剿平后，他还是深信各支农民起义军并非如有人所说的那样剪灭不尽。可是，当起义军从山西入冀南、豫北进行流动作战，危及明廷心脏地区时，崇祯帝采取了几个重要步骤，以期尽快平“贼”。
第一、选精兵。调昌平副总兵左良玉率部往冀南与农民军作战。左良玉虽不知书，但具谋略，“长身赧面，骁勇，善左右射。”曾经受命援救大凌河，大败金军于松山、杏山之下，不辱崇祯皇帝的厚望。这次崇祯帝意在让左良玉专办河南的起义军。此后，左良玉就成了农民军的一个劲敌。
第二、朱由检于崇祯六年（1632年）春，以曹文诏节制山西、陕西各路兵马“讨贼”。三月，敕曹文诏诸将领，限三月“平贼”。这是朱由检部署西北剿“寇”的又一次大的人事变动。曹文诏在陕西镇压起义军的一系列战役中屡立战功，当时流传一民谣：“军中有一曹，西贼闻之心胆摇。”鉴于进入山西的起义军紫金梁（王自用）、混世王、姬关锁、八大王、曹操、闯塌天、兴加哈利七大郡多来自秦中，由曹文诏来节制山、陕人马是合适人选。他寄希望于左玉良与曹文诏同心协力，剿平“流寇”。还特谕山西各地，凡曹文诏所过地方应多积粮草进行犒劳。当得知有的地方不仅不给曹文诏部粮草，相反以炮台击伤曹部士卒时，他严旨责成御史按劾纠察，重重处罚。
第三、崇祯帝于同年五月，命太监陈大全、闫思印、谢文举、孙茂霖等出任曹文诏、张应昌、左良玉、邓圮等四支劲旅的监军。其职掌为“纪功过，催粮饷”。为此崇祯帝发内帑4万两，素红蟒缎400匹，红素1000匹，让他们于军前给赏。太监监军权始于明成祖，崇祯皇帝诛魏忠贤之后，处处约束太监势力，还政于本，依赖文官集团。无奈群臣既乏救世之材，又相互倾轧，于是又启用内臣，以为耳目。他曾对大臣们说：“诸臣若尽心任事，朕亦何需此辈。”表示他虽然对宦官不信任，却又不得不用他们。崇祯帝的这一招却并没有帮他多少忙。这倒并非由于所谓的刑余之人不可知“军国重事”，而是由于太监们不懂兵法，却又好恃势凌人，指手划脚，于将领掣肘甚多，造成监军的太监与将领之间矛盾重重。
在崇祯六年（1632年）的头六七个月里，曹文诏、左良玉二部与农民军多次展开激战，三月，曹文诏率官军在泽州击败起义军过天星，左良玉率官军在畿南擒获起义军首领上山虎。四月，王自用在济源战死，起义军失去领袖，各部陷于分散作战，数十万人东向攻入真定、沙河、大名、顺德等府县，曹文诏、左良玉乘机加紧围剿。
五月，曹文诏在沁水、辽城连败起义军。起义军看到曹文诏兵锋锐利，便有意躲避，趋豫北合营，高迎祥、李自成、张献忠、曹操、老回回等纷纷赶到，并于林县大败川兵和石柱土司兵赴豫北战场进剿的邓玘军，土司马凤仪战死，崇祯帝得知此情，立即命令曹文诏移师前往征讨。七月，曹文诏率五营兵乘夜突袭得手，斩杀起义军首领滚地龙，在济渠又败起义军，斩杀老回回。明军虽屡有捷报，但处处围堵、处处设防，使起义军以灵活的战略战术，连连取得胜利。
崇祯帝见中州“流寇蔓延”，特遣京营总兵倪宠、王朴率部卒6000，马5000，星夜兼程，驰赴河南支持，夹击农民起义军，并命太监杨进朝、卢九德监军。临行之前，为示对此次京营兵马出征的重视，朱由检还赐倪宠、王朴二将弓矢战马。明京营兵与汤九洲、左良玉部在豫北修武很快形成合击之势，迅速在林县、涉县、武安等地连败农民起义军，击杀起义军头目飞天圣、混海龙、插翅虎、黄莺子等。农民起义军在豫北冀南的频频失利，并有被围歼之险。
十月，气温渐寒，起义军饥困乏食，想向南突围，便重赂王朴诈降，监军杨进朝信而不疑，入奏朝廷。高迎祥率张献忠、罗汝才、马守应、惠登相、刘国能等各部起义军十余万人，乘天寒河冰的良好时机，策马涉河。十一月，起义军在明军毫无防备的情况下渡过了黄河，且接连攻陷渑池、伊阳、卢氏三县，越过崎岖山路，经内乡，直至郧阳。并分兵出击，张献忠率起义军攻信阳、邓州，经应山直至商洛，马守应等部攻南阳、汝宁，入枣阳、当阳，破夔州，进入四川。
起义军流动作战，连战连胜，各路起义军经过的官府，无力围堵，仅仅纷纷告警而已。起义军突破黄河南入河南、湖广、山西、陕西、四川交界地带的成功，宣告了崇祯帝三月“平贼”的计划，彻底破产。
以郧阳为中心的荆襄山区在明初为全国最大的封禁山区，位于今湖北、河南、陕西、四川诸省交界之处。自成化十二年（1476年）设郧阳府以来，流民屯聚，已合法化了，正统年间刘千斤、石和尚领导的荆襄流民大起义就曾令明廷胆寒。此后，郧阳的战略地位就显得更加突出。
崇祯六年（1633年）底，闯王高迎祥经崎岖山路，进抵郧阳，扮作香客，一举占领了郧西。房县也被起义军黑蝎子部攻破。明郧阳巡抚蒋元仪苦于手中无兵，难以抵挡起义军的猛烈进攻，便主动上书朝廷，请求一死，崇祯皇帝严旨逮问。起义军攻占郧阳府所属州县，迅速扩大战果，于湖广北部、四川、陕西等地多路出击。
鉴于战事规模的增大，其势将向陕西、山西、湖广、河南逐步发展，加上起义军所到之处的地方官员和军事力量，都无法阻遏。对此，明廷大臣议论纷纷，普遍认为，要固剿农民起义军，就必须统一事权，避免互相观望、推诿。由于洪承畴镇压农民军的战功赫赫，朝臣多推荐他担负此重任。然而，崇祯帝不以为然，他认为洪承畴在陕西三边负有重任，不能轻易移动。于是在崇祯七年（1634年）正月，他任命延绥巡抚陈奇瑜为兵部右侍郎，总督陕西、山西、河南、湖广、四川五省军务，并调重兵于河南、湖北、四川，追剿农民军。
陈奇瑜以进士授官知县，历任礼科、户科给事中，出任陕西副使，右参政分守南阳，再任陕西左右布政使。因此政绩卓著，又懂得用兵，于崇祯五年（1632年）迁右佥都御史巡抚延绥，长期以剿灭农民起义军为己任，多有建树，“名著关陕”，获崇祯帝嘉奖。到现在履此重任，即率师进抵均州，紧锣密鼓地部署进剿事宣。他下令陕西巡抚练国事驻商洛，遏制起义军之西北；郢阳巡抚卢象升驻房县、竹溪，遏制起义军西面；河南巡抚玄默驻卢氏，遏制起义军东面；湖广巡抚唐晖驻南漳，遏制起义军东南面，对起义军形成四面合围之势。陈奇瑜亲率兵马由竹溪至平利，在乌林关、乜家岭，蚋溪等战役中大败起义军。
几次战斗的胜利，陈奇瑜很是得意，急忙上疏表功：“楚中屡捷，一时大盗几尽”，流贼窜入山中，“臣督乡兵为向道，无穴不搜，楚中渐有宁宇。”崇祯皇帝得知，喜出望外，立即嘉令犒劳。随后，陈奇瑜一路追击，起义军多退入陕西。他又檄令游击唐通在汉中保护藩王，遣参将贺人龙、刘迁、夏镐扼守略阳、沔县，防其西遁；副将杨正芳、余世任扼守藵城，防其北逃；自督副将杨化麟、柳国镇驻扎洋县，防其东奔。另外，命卢象升、练国事、玄默各守要害，试图在陕南一口吃掉农民军。此时的陈奇瑜更是踌躇满志，宣称“贼不日平也，”得意之情溢于言表。六月，高迎祥、李自成、张献忠等农民军主力被陈奇瑜重重围困于兴安县的车厢峡，陷入绝境。
车厢峡长40里，四面绝壁。农民军一入峡口，即遭到地方武装的阻击，或垒石断路，从山顶投石飞击；或纵火烧林，使农民军损失惨重。时逢阴雨连绵，持续两月有余。“驽解刀蚀，衣甲浸，马蹄穿，数日不能一食。”真是人饥马乏，无以为继，死亡过半。在此起义军处境危急、走投无路之时，如果官军进击，可望全歼。怎奈李自成足智多谋，采纳顾君恩的诈降计策，用重金贿赂陈奇瑜左右，陈奇瑜不明底里，反以为李自成等是真投降，尤其是不动干戈，而收大功告成之利，如此美事，何乐而不为。他奏报朝廷，得到批准，同意受降。起义军100人编为一队，将近36000余人。于是，起义军在安抚官护送下，“整旅出栈，与奇瑜兵揖让酣饮，易马而乘，抵足而眠。贼之无衣甲者皆整衣，无弓矢者皆砺矣，数日不食者皆饱腹矣。
李自成等一出栈道，脱离险境，就将50余名安抚官一一杀掉，并会合他路起义军，连克麟游、永寿、灵台、崇信、白水、泾州等地，霎时间集众至20余万。此役也使李自成声名大显，其部遂成为农民军中最强劲的一支。这年冬季，起义军兵分三路，一路北向庆阳，一路南奔郧阳，一路东插河南，纵横于陕西、甘肃和河南三省。陈奇瑜的美梦变成泡影。崇祯帝震怒。
最初，当农民军车厢峡复叛时，他还以为陈奇瑜可将功补过，对于陈奇瑜上疏弹劾宝鸡知县李嘉彦、凤翔乡官孙鹏等拒纳就抚起义军和练国事杀降激变，阻挠抚局之事表示支持，下旨切责抚按异心，逮捕李嘉彦、练国事及士民50余人，且派遣陕西李乔赵代替练国事。不久，他在接到给事中顾国宝和陕西巡按御史傅永淳弹劾陈奇瑜主抚误事的奏疏之后，才发现陈奇瑜“玩寇”，贻误封疆。“开门揖盗，剿抚两妨”，而今“降贼陷城破且，所在骚然……皆奇瑜之流毒也。”各方言论大有置陈奇瑜于死地而后快之势。崇祯帝认为应该惩处的是陈奇瑜，而不是李嘉彦。然而，招抚是自己批准的，将何以交代？此事困扰得他拿不定主意。但为了平息臣僚的议论和愤怒，他顾不了这些，只好下达圣旨，削去陈奇瑜总督职。十二月，升任洪承畴为兵部尚书，兼督晋、陕、豫、川、楚诸省军务，统率各镇抚兵马镇压农民起义军。
洪承畴是崇祯帝对付农民军打出的一张王牌。陈奇瑜任五省总督期间，他正镇守三边，防御蒙古军南掠。到现在继为五省总督之职，以其战功与谋略而言，不失为最佳人选。崇祯帝特赐洪承畴尚方宝剑，得以便宜行事，并“以六月廓清”为期，希望马到成功。这时，农民军大多集于河南。明兵部议调西北边兵、天津、关宁（山海关、宁远）骑兵数十万往河南集结，发内帑银20万两，户部筹饷90余万，令洪承畴出关会各部在河南围歼农民军。
面对官军的围剿之势，崇祯八年（1635年）正月，农民军13家72营将领在荥阳召开紧急军事会议，商讨反围剿的作战方案。会上李自成慷慨陈词：“一夫犹奋，况十万众乎！官兵无能为也。宣分兵定所向，利钝听之天。”主张分兵出击，配合作战，与官军战斗到底，得到了众将领的赞同。会议决定：以贺一龙、贺锦南御四川、湖广之敌；马进忠、横天王西挡陕西之敌；罗汝才、惠登相扼守黄河一线，防御开封、归德方面之敌；高迎祥、张献忠东向出击，而马守应、九条龙则为机动部队，策应各部。各都依计而行，其中高迎祥部所向披靡，十余天内连克固始、霍丘、寿州、颚州等数十州县，前锋直指明中都凤阳。
凤阳为明代“龙兴”之地，埋葬明太祖朱元璋父母的皇陵，就设在这里。明朝在此设有留守司、班军、高墙军、操军和护陵新军6000余人，由一个太监、一个巡抚统领。迨至明末，各种社会矛盾尖锐，凤阳也不例外，城池倾圮，几无防守可言。崇祯七年（1634年），兵部尚书张风翼即请敕凤阳抚按加强防备。
但凤阳巡抚杨一鹏、巡按吴振缨昏庸无能；守陵太监杨泽唯财是贪，皇陵卫指挥侯定国恣横暴虐。为此凤阳发生兵变，侯定国成为刀下鬼。崇祯八年（1635年）初，城内居民忍无可忍，怒烧太监署，集众执香往颍州迎接农民起义军。起义军先秘密派遣300壮士扮作商人、僧道、乞丐等入城。时正元夕，城内仕女如云，笙歌贯耳，一片升平气氛。至此农民军里应外合，“官军无一人迎敌”，高迎祥、张献忠部顺利占领凤阳。农民军对明王朝的仇恨像决堤的洪水，淹没了凤阳城。他们放火烧掉了皇陵和“龙兴寺”，杀死留守署正朱国相，歼敌4000余人。农民军高举“古元真龙皇帝”大旗，表现出誓把皇帝拉下马的英雄气概。
崇祯帝的祖坟被农民起义军焚毁的消息传到北京，朱由检悲愤不已，朝野为之震惊，无不以农民军为不共戴天之敌。
攻陷凤阳后，张献忠与李自成因分配战利品问题发生纠纷，又分裂为两股。李自成随高迎祥从太和折回河南，经鹿邑、杞县、密县，在归德与罗汝才、惠登相等部会师。张献忠率部向东南进军，转战淮河流域。崇祯八年（1635年）二月，高迎祥、李自成等进入陕西境内，张献忠也由商州至秦川。农民军分股作战，飘忽不定，令官军十分头痛。农民军已乘虚入（潼）关，洪承畴则在河南运筹帷幄，围追堵截。
崇祯皇帝朱由检从祖陵被毁的悲愤中慢慢解脱出来，虽没有下诏罪己，但如何才能剿灭农民起义军，却是他时刻未曾忘记的。为此，他任命侍郎朱大典总督漕运，巡抚凤阳，协同洪承畴剿“贼”；发辽兵3000，令祖宽统领援剿农民军。可是，各地官军将领的表现，距皇帝的期望实在太远了。例如在河南，洪承畴、邓玘、汤九州和贺人龙诸部多次与农民军发生激战，每战都声称斩获不少，其实所杀多为良民。官军威严扫地，在百姓眼里，官军是最可恶的强盗。有谚云：“贼兵如梳，官兵如栉”。贺人龙部经过尉氏县时，知县害怕遭到洗劫，紧闭城门，不许官军入城。贺人龙不容分说，纵兵攻城，焚其城池，知县匆忙备厚金相送，方才离去。
官军“各处淫掠”，已成为一大社会公害。如此，还谈何“剿平”大业呢？给事中常自裕上疏请下圣旨，“以信军法。”并说“皇上赫然震怒，调兵七万，其实不过五万，且分之各处，未足遏贼。”为防止事权不一而设五省总督，而结果仍然不能协调统一，表面看来是将领统帅的指挥才能问题，实际上并非如此简单，根本原因在于崇祯皇帝本身及其统治下的社会和时代。
在总督洪承畴看来，要平贼必须先制定一个长远规划，简单的防堵追击是无济于事的。崇祯八年（1635年）四月，他在河南汝州召集群僚，磋商计策时说；“我至豫而贼走秦，我走秦而贼又走楚、豫，是自弊于道路，而郡邑皆残破矣。天子严旨刻期六月灭贼，今当分信地扼之，令不得流，吾当自率麾下搏击，使无遗类。”试图划区防守，伺机进击。
鉴于农民军多入陕西，便传令左良玉、汤九州、尤世威等防守豫、陕交界的北朱阳关、兰草川、瓦屋和吴村；陈永福守卢氏、永宁诸关；邓玘、尤翟文、张应昌等分防汉江南北诸要道，并请敕朱大典防江北，洪承畴自率贺人龙、曹文诏、刘成功入陕作战。然而，布防刚刚开始，漏洞就已百出，官兵因缺乏粮饷，鼓噪不安，邓玘被索要粮饷部卒杀死，好在有曹文诏相助，洪承畴才不致一筹莫展。
曹文诏先年获罪，崇祯七年（1634年）十一月，被判处充军边卫。多亏山西巡抚吴甡担保，向崇祯皇帝举荐他知兵善战，得以转授援剿总兵官，许以立功自赎。崇祯八年（1635年）五六月，农民军自西安、凤翔、清水、静宁、秦川至临洮，众至二、三十万。洪承畴苦于兵寡，又迫于“六月廓清”之期，急于进兵。乱马川一战，明军大败。不久，副将艾万年、柳国镇战死。曹文诏领兵3000追击农民军至真宁湫头镇，陷入重围，力战自刎而亡。曹文诏忠勇冠于一时，有“明季良将第一”之誉。
自曹文诏自杀后，农民军威势大振，而洪承畴有如臂膀之失，大哭不已。事至如今，洪承畴已难夸海口，只是叹息官兵不如当贼十分之一，不敢贸然轻击。农民军乘连胜之气，频频攻击，混世王、蝎子块与老回回、闯塌天、整齐王合营攻朱阳关，明守将徐来朝慌忙逃窜，一军尽没，李自成袭破关中重镇咸阳。官军处处设防，被动挨打，招架不迭。
崇祯八年（1635年）八月，湖广巡抚卢象升升任兵部右侍郎兼右佥都御史，总理直隶、河南、山东、四川、湖广五省军务，特赐尚方宝剑，得便宜行事。并同洪承畴、卢象升合剿农民起义军，具体分工是：洪承畴剿西北，卢象升剿东南，如农民军入陕西，卢象升则进关合击。还分别任命戴东旻、苗柞土和史可法为河南、湖广、南直隶监军御史。当崇祯皇帝得到兵部奏报陕西农民军半在河南后，在原调7万兵之外，又增调2万，用于辽东战场的精锐部队也有一部被派往河南。明廷调兵遣将，农民军左突右击。新任五省总督的卢象升对当时农民军有着充分的了解，他说；“贼横逞八年，狂奔七省，拥众四、五十万，分股百十余营，气候成矣。”
卢象升和洪承畴亦知身负使命的艰巨，尽力去做。于是，分别督令各路兵马遵旨速速出动，分路进剿。农民军仍然发挥流动作战的特点，避重击轻，能战则战，不能战则避，令官军十分头痛。双方交战无数次，官军战绩略占优势。尤其是辽东兵马“援剿”，的确剽悍能战，频频告捷。
崇祯八年（1635年）十一月，卢象升与辽东总兵祖宽于汝州夹击农民军整齐王部，整齐王败走，继而与闯王合攻洛阳，祖宽领兵来救，袭破农民军于龙门、白沙。十二月，祖宽部破高迎祥军于确山。崇祯九年（1636年）正月，卢象升、祖宽二部又在朱龙桥大胜围攻滁州的农民军。不过，战果虽多，但距全部歼灭，相差颇远。何况，漫长的相互争战，又不决于一时的胜负。革职副将汤九州请缨率部进攻嵩县农民军以功自赎，不料孤军深入反遭农民军全歼。农民军二三万人屯幕内乡、浙川山中，明关辽边骑不肯进山。卢象升诉苦不迭，称豫楚大山绵直，林箐深密，马不能行，羊肠小道，粮饷不继。以一夫负米二斗计，随兵马行进，“十日不见贼，兵夫俱饿死。”只好随农民军任意出没。
农民军虽有败绩，精锐犹在。闯王高迎祥部被官军视为“诸贼中最强劲者”。兵科给事中常自裕建议朝廷命令洪承畴、卢象升“专图迎祥。”官军渐将主力集中于对付闯王部。无奈天时不济，山西、陕西地区灾荒之祸接连不断，山西发生“人相食”的惨剧；宁夏士兵哗变，杀巡抚都御史王揖。饥民源源不断地汇入了起义队伍的洪流之中。
淮安卫三科武举陈启新伏朝上疏，向崇祯帝进呈医治“病根”的三剂药方，其中一为“速蠲灾伤钱粮，以苏屡岁无告之颠连”。崇祯皇帝深以为是，随即下令免山西被灾州县新旧二饷；免畿内，崇祯五年（1632年）以前逋贼。五月十日，崇祯帝下诏大赦，“胁从诸贼”；又施“招抚”之策，以瓦解农民军。崇祯帝既受两线作战的困扰，又怕饥民造反越来越多，于是来此软的一手，期望于时局有所补救。
兵部职方郎中包凤起带着崇祯皇帝的诏书，急匆匆赶往河南，树起“招抚”的大旗。包凤起吸收先前招抚的教训，力主抚之当地，就地安插，反对护卫就抚者回原籍。不过，他很快就发现，现在的问题不是朝廷如何去进行招抚，而是农民军是否愿意受抚。如南阳知县何腾蚊去招抚淅川山区农民军，碰了一鼻子灰；总兵解进忠独闯农民军营里劝降，被一刀砍死；郧抚苗柞土派通判祝锡范去劝降，也被农民军送上西天。一些大臣流露出对农民军进行招抚的忧虑和对崇祯皇帝两线作战兵力部署的怀疑。
吏科都给事中颜继祖疏陈“灭奴（后金）先灭寇”的战略，言语十分肯定，认为“寇”是腹心之患，已危及明廷中枢，后金好比“疥癣之疾”，而流寇则已成“膏肓之祟。”“寇祸更速奴”，因此必须先“专心剪寇，而后养全力以制奴。”他将农民军摆到了极为重要的位置。对于这一份重要的意见，崇祯皇帝未置可否，沉思代替了决定。
六月底快马飞报，清军从喜峰口入塞，直犯京畿。崇祯帝的犹豫消失了，代之以焦虑不安和手忙脚乱，面临灭顶之灾，他被迫从中原撤回精锐边兵入卫。九月，命卢象升总督各镇兵入援。
此刻，卢象升正向陕西追击农民军，与洪承畴统率的官军进行夹击。有人预测，农民军如入网之鱼，“旦暮可平”。卢象升奉调入卫，给农民军以极大的喘息机会。当卢象升打点人马，准备起程，未挪一步，又奉改调总督宣（府）大（同）、山西之命。前线大将如此调法，人们困惑不解。其实其中因由，简单得很。
内阁首辅温体仁不满卢象升不为己用，又忌其功高，明知卢象升不习边塞，却力推卢象升出任边塞，使卢象升身置重地，略有闪失，即可任意治罪。如此个中奥妙，自视颇高的崇祯帝对温体仁的阴暗心理，并未察觉，他甚至还以为卢象升改调边任，会保边境无恙。继任河南、湖广、山西、陕西、四川、江北军务总理者为原兵部左侍郎王家祯，不久又兼河南巡抚。此人实难有统摄诸镇兵马的魄力，上任后除在河南南阳进剿当地起义首领杨四外，举兵不知所进。奉命进讨安徽安庆起义军，足却未出中州一步；后院起火，家丁发难，更令王家祯脸上无光。好在王家祯还有自知之明，以身体有病为由连续上书，请辞总理之职。崇祯皇帝明白，王家祯是一个没有大志也不会有什么作为人，便批准他的辞职请求。
回想起这两年来的几惊几险，崇祯皇帝背上渗出了一股寒意，他的脸上总是阴沉沉的。也难怪，有什么事能让他开怀呢？七月份，新任陕西巡抚孙传庭在陕西黑水峪伏击拟攻西安的闯王高迎祥部，双方展开激战，起义军初战告捷，明军参将李遇春等溃败而逃，孙传庭以招降策略分化起义军。后来在马召厚的战斗中，起义军中接受招降的张二、黄尤将高迎祥的坐骑偷走，致使高迎祥被官军俘虏，械送北京，寸礤而死。
农民军自闯王高迎祥牺牲后，部众推李自成为领袖，继为闯王。但起义军将领间约束显然少了许多，闯王部实力受损，以张献忠部兵马较强。崇祯十年（1637年）正月，张献忠联合罗汝才、马守应、刘国能部自襄阳顺汉江东下，很快与在江北英山、霍山一带活动的“革左五营”中的贺一龙、贺锦会合，分攻江浦、六合、安庆等城，营火夜烛长达数十里，显示出其军势之盛。
后来，在安徽桐城、舒城、庐州遭到明将左良玉、刘良佐部的猛烈攻击，江淮危情暂时缓解。起义军退至英山，伐木为筏，准备渡江。漕运提督朱大典檄左良玉速从舒城发兵，入山搜捕，左良玉屯兵不发。山西总兵王忠统兵“剿贼”，声称有病，数月不进，士兵鼓噪而西。崇祯皇帝为此大发雷霆，下达严旨：
“王忠逮问，左良玉革职，杀贼自赎！”新任兵部尚书杨嗣昌请求逮捕失事诸帅，以肃军令，对于朱由检的严旨急下，起了重要的作用。
杨嗣昌，字文弱，湖广武陵人，万历年间进士。在任兵部尚书之前，并没有给人留下特别深的印象。其父杨鹤因招抚农民军失败被逮，杨嗣昌三疏请求代父死罪，崇祯皇帝有所感动，赦免杨嗣昌一死。崇祯七年（1634年），拜兵部右侍郎兼右佥都御史，总督宣府、大同、山西军务。以父亲杨鹤去世，回家守制；再守母丧久居不出。崇祯九年（1636年）十月，即起为兵部尚书，至此似无多少战功可述。不过，崇祯皇帝大胆拨擢，充分倚信杨嗣昌不是没有理由的。
杨嗣昌头脑冷静，思路敏捷开阔，常有独到之见。他为人机警，能言善辩，而且具有一种强烈负责意识。还在五省总督陈奇瑜主剿农民军时，他目睹中原饥馑，“群盗蜂起”，即建议开金银铜矿场，以分散啸聚的民众。后又六次上疏朝廷，力陈边疆事宜，部署方略，才气横溢。崇祯帝见疏如见人，深以为他是一位不可多得的人才。兵部尚书张凤翼畏罪自杀
当崇祯帝兴高采烈登上皇帝宝座的时候，他不可能想到，他所接手统治的帝国也正处在一个最危险的时期。明帝国经过200多年的生息发展，人口已经从建国时期的6000万左右增长到差不多2亿。这个数字从万历后期一直维持到天启末年，基本上没有大的变化。也就是说，在崇祯帝开始他的统治的时候，明朝的人口发展曲线正好处于巅峰状态的一个平台的边缘（此后由于天灾人祸，人口开始逐年下降）。这个有史以来最巨大的人口数量（几乎相当于当时世界人口总数的1/3）需要同样数量巨大的物质资源来维持生命，最基本的需求就是粮食。但也正是在这个时期，自然条件的变化却恰恰十分不利于农业生产。我国的气候从14世纪起逐渐由暖变寒，到17世纪刚好发展到顶点。当时江南一带农作物的生长期比现在要短10天，北京附近则要短2周左右。这种严寒的气候对于农业，特别是粮食的生产显然造成了相当严重的危害。祸不单行，这个严寒的时期又正好赶上近500年来3次持续干旱中年头最长的一次，特别是黄河流域，出现了罕见的接连十几年的大旱。
严寒苦旱造成农业急剧减产，众多的人口却需要大量的粮食来维持，尖锐的供需矛盾就造成了全国性的大饥馑。这种情况是从万历末年就开始了的，但最初社会尚能承受。而当万历年的积存逐渐告罄，人民的肚子越来越空，正好到崇祯初年的时候，全国性的饥荒已经成为一条凶猛的怪兽，一面狂虐地吞噬着大批人民的生命，一面也把崇祯时代的社会危机推向最险恶的境地。
由于当时社会生产力的限制，这种人口膨胀与农业萎缩相结合的危机也许根本就无法克服。但如果有一个廉洁而有效率的政府，能拿出一套比较可行的救灾保民稳定社会的办法，或许至少可以缓和或是延迟这种危机。而崇祯时期的政府却又正好是一个极其腐败又毫无效率的政府，自最高统治者崇祯帝以下，直到各级官吏，既弄不清帝国正面临着一种什么样的危机，更从来没有通盘考虑过对付危机的政策。他们只知道头疼医头、脚疼医脚，最后是眼睁睁地看着帝国同他们一起灭亡。
全国性的大饥馑又以黄河流域最为严重，特别是陕西、河南两省尤为惨烈。明代的一级行政区分为两京（北京，直隶地区大体相当于今河北省和北京、天津两市；南京，直隶地区大体相当于今江苏、安徽两省和上海市）、13省，13省中又以陕西地域最为广大，大致相当于今天的陕西、甘肃、宁夏全部和青海、新疆的一部分，包括着明政权统治的整个西北地区。这里土地贫瘠，民风强悍，在明代是个强兵勇将的摇篮，也是暴动作乱的渊薮。
西北地区自天启中叶起就连年大旱，有些地方颗粒无收，到了崇祯初年，灾情已经严重到了令人发指的地步。行人司行人马懋才曾经向皇帝陈奏过自己家乡延安府安塞一带的灾情：“崇祯元年（1628年）八九月间，乡民争相采集山间蓬草而食，其子粒类似糠皮，味道苦而涩，吃了仅可以勉强不死。至十月以后而蓬草食尽，则剥树皮而食，各种树中只有榆树皮质地稍好，掺杂其他树皮，也能稍稍延缓生命。迨年终而树皮也吃尽了，只能挖掘山中的石块而食，石头性冷而味腥，吃一点就觉得饱，但数日以后则腹胀下坠而死。”
“最可怜的，如安塞城西有一个粪坑，每天必有几个弃婴被扔在里面，有的哭号呼其父母，有的吃那里的粪土。到第二天，弃婴全都死了，又有新的被抛弃。更可怪异的，年幼童稚及独行者一出城外，就会全无踪影。后来见到城门外有人用人骨作柴，煮人肉为食，才知道以前失踪的人都被吃掉了。而吃人的人几天以后也会面目赤肿，内发燥热而死。于是，死尸横陈，臭气熏天。县城外掘了几个大坑，每坑可容纳数百人，用来掩埋死者遗骸。看来已经装满三坑有余，而离县城稍远没有掩埋的又不知有多少。小县如此，大县可知；一处如此，他处可知。”在如此凄惨的情况下，人民只有造反一条路可走了。
何况，除了天灾还有人祸。各级官府并没有因为连年饥荒就停止征收赋税，由于辽东军事局势一直十分紧张，各地供应沿途兵马和国家的临时征派名目繁多，比平时反而更加苛重。一位在崇祯初年做过知县的官员回忆各种临时征派时说：“突然得到一件公文，要取豆米几千石、草几千束，运到某营交纳。突然得到一件公文要买健骡若干头、布袋若干条，送到某营交纳。突然得到一件公文，要制作铜锅若干口、买战马若干匹，送到某营交纳。所有这些都不说明应在哪项钱粮中开支，日后怎样报销核算，只是说迟误了就以军法论处。州县官吏不敢拖延，只能分派到民间。所以私派多于正赋，民不堪命，怨声四起。”
一些州县的酷吏只要完足钱粮，根本不顾人民死活，每当催逼赋税的时候，总是差役四出，抓人打人，有些地方县衙大堂竟然血流满阶。连基本生存都没有保证的老百姓负荷不了沉重的赋税，只能要么逃亡，要么死亡。但官府仍要征敛，就要由没有逃没有死的人户包下来，于是负担又要加倍，剩下的人户也只能或逃或死。如此恶性循环，许多地方都出现了赤地千里的局面。死者长已矣，活着的人为了摆脱迫近死亡的命运，只得揭竿而起。
就在崇祯帝即位的那一年，陕西澄城县的饥民因为不堪饥饿和知县张斗耀的残酷催科，用墨涂黑了脸，在山上聚众起义。饥民的首领高声问：“谁敢杀张知县？”众人齐声回答：“我敢杀！”这样大喊3遍，算作誓师，而后蜂拥着闯进县城，一直冲进县衙。知县张斗耀正在公堂催逼税收钱粮，见到暴动的农民们手执利器冲进来，吓得掉头逃进后衙住宅。农民们跟着进去，把张斗耀用乱刀砍死。澄城农民这次杀死朝廷命官的暴动，通常被看作是明末农民大起义的正式开端。
在澄城暴动之后，西北的农民起义更加风起云涌。崇祯元年（1628年）冬，西安府白水县王二纠合山西的逃兵举行暴动，抢掠了蒲城县的孝童镇和韩城县的淄川镇；几乎与此同时，延安府府谷的王嘉胤、宜川的王左挂、安塞的高迎祥，巩昌府成县的王大梁，都聚众而起，攻城陷地，只旬月之间已经各自发展成数万人的队伍。
这样涉及地域极其广大的大规模暴动不能不引起朝廷的高度重视了。自崇祯二年（1629年）起，崇祯帝和他的臣子们开始把西北的“流贼”当成一件很重大的事件，认真看待，想认真解决。这年三月，专门负责西北方面军政事务的陕西三边总督武之望死在任上，朝中推举继任者。因为解决民暴的事情过分棘手，朝中的官员互相推诿了好一阵子，最后才选中了左副都御史杨鹤。
杨鹤曾作过南赣巡抚，做官清谨，但并没有什么军事谋略。崇祯帝在他赴任前特别召见了他，问他对于平定西北有什么打算和安排。他只是说：“清慎自持，抚恤将卒而已。”到任之后，他发现手下道员洪承畴果决干练，就把指挥军事行动的事情交给了洪承畴。
洪承畴虽然是一介书生，但生逢乱世，一向热心于钻研军事。他校订过古代军事文献精华《武经七书》和明朝名将戚继光著的《南北平定略》等一大批军事著作，而且讲求理论与实践的结合，用兵作战常有过人之处。他在杨鹤麾下主持剿杀农民军，取得过不少次胜利，因而在崇祯三年（1630年）正月被提升为主管陕北地区军政的延绥巡抚，年纪轻轻就当上了封疆大吏。洪承畴勤于职守，与士卒同甘共苦，在陕西军民中颇得人心。据说有一次行军缺粮，附近乡民争相把口粮借给他的部队，一个老妇人背着粮食跌倒在路上，还向人说：“我为洪军门送干粮来了。”
洪承畴和西北地区的其他几位巡抚、总兵带着部队东挡西杀，哪里有农民暴动的警报就到哪里去扑灭，几乎每天都在向朝廷发出取得军事胜利的捷报。但农民起义有大批饥民和溃兵作为源源不绝的生力军，却越剿越多。在陕西官军的逼迫下，从这一年的春天起，农民军又纷纷渡过黄河，把活动的范围扩大到了山西。而山西各地同样有饥民饥军，于是风从响应，原来一省的动乱变成了两省的动乱。
杨鹤见到痛剿总是无效，渐渐明白这无休无止的动乱“总因饥荒之极，民不聊生”，只是调集大军四处围剿，“流贼”是“诛不胜诛”的。何况他的手中也并没有足够的军事力量，特别是崇祯二年（1629年）末京师戒严后，调各地兵马勤王，西北各镇部队调的调、溃的溃、兵力更少。为此他提出以抚为主的平定策略，并且率先实行。在崇祯三年（1630年）春，他先后在陕北招降了王虎、小红狼、一丈青、掠地虎、混江龙等农民军首领，给他们发了免死牒。一度农民军受降相当踊跃，但受抚的农民军却常常不能稳定，因为他们拿了免死牒解散回乡之后，等待他们的仍然是大饥荒。为了求食，这些受过抚的农民军只得再度起事，于是“旋抚旋叛”，没有宁日。
这种情况表明，抚要抚到实处，才能有效。朝廷中一些官员也认识到，只有充分地赈灾救济饥民，才能从根本上平定这场内乱。兵部职方司郎中李继贞在崇祯三年（1630年）十月上疏，请求赈济延绥。疏中说：“皇上用数万金钱救活数十万生灵，是无量的功德福泽；活数十万生灵而使之恢复农桑故业，以后收回的赋税，又不止数十万金钱，是莫大的利益。”这个动议很有道理，但因为要调用数十万金钱，却也让崇祯帝十分头疼。
自从崇祯帝接掌大权以来，一遇到哪里需要用钱，他的眉头就止不住要皱成一个疙瘩。他的帝国的财政情况实在是前所未有的坏。自从万历末年对后金作战以来，王朝的国防开支大大增加，到崇祯初年，全国的额设兵力已有50多万，额定常项军费开支粮饷每年多达白银1530余万，这还不包括临时战事耗费的大量资金。但明王朝的基础财政收入，即户部征收的土地税、户口税以及盐税、关税等项基本税，每年定额才只有1461万两多一点，就是说以全部征税用作军费还略有不足。但在实际上，除了军费的开支以外，庞大的官僚行政支出、庞大的宗室消费支出、还有庞大的皇家宫廷支出，都要国库出钱。入不敷出，这是任何人从账面上一眼就能看出来的基本财政情况，在算账方面相当内行的崇祯帝对这种情况更是一清二楚。
要解决巨大的常年财政赤字问题，只能老老实实地开源节流，可惜在这方面余地却非常有限。在开源方面，前朝的皇帝们已经把能开的门路开得差不多了。首先能想到的自然是从百姓身上多收一些税，就是所谓“加派”，这在万历末年，为了辽东用兵已经用过。当时接连三次增加过税收，合计每亩加银9厘，全国总共增加收入520万两，称为“辽饷”。因为辽东一直没有平定，“辽饷”也就没有废止，一直在征收。但“加派”等于剜肉补疮，崇祯初年继续征收前朝定下的“辽饷”，但对于增加新的“加派”，统治集团一时还有些犹豫不决。“加派”以外，还有打各级官僚主意的“捐助”，其实就是对各级官员强行摊派，这个办法当然会遭到官员们的强烈反对，实行起来困难重重。
开源无计，节流更难。各项开支要么是出于现实的急需，要么是祖宗传下来的定例，很难凭空减少甚至取消掉。但崇祯帝还是想尽办法，能省就省。崇祯二年（1629年）二月，给事中刘懋建言对全国驿站进行整顿，裁撤冗繁役卒，认为每年可以节省下数十万两银子。正为开支问题一筹莫展的崇祯帝见到这个奏章大为开心，立即升刘懋为兵科左给事中，命他专门负责整顿驿站的工作。
明末的驿站系统也同其他各个系统一样，确实已经腐败混乱之极，并非没有可以整顿之处。但这个烂摊子是烂在根子里，仅仅靠发几个文件，报一下账目，哪里就能整顿清楚呢？刘懋既然夸下海口，说是能节省几十万两白银，只能兑现，因此所谓的兴利除弊最后就变成了削减经费，裁减冗卒也就成了单纯的减少驿卒收入。这项措施实行下来，据说各省共节省银685720余两，对于整个的财政亏空来说实在是杯水车薪，解不了大渴。但各地的驿站却由于这次裁扣而大伤元气，许多驿卒因为难于维持生计而逃亡，其中不少人又加入了农民军的队伍。在逃亡的驿卒中有一位陕西米脂的汉子，名字叫李自成。十几年以后，就是这个当年驿站的马夫率军攻陷了北京，推翻了明王朝。这样的后果，崇祯帝在整顿驿站系统的时候是绝没有预料到的。
崇祯帝自己也在带头节流，在宫中朝中提倡勤俭节约、艰苦朴素，尽量减少一切开支。朝中惯例，每年端午节入夏皇帝要送给朝臣每人一把扇子，以示关怀。但崇祯帝即位后立即把这项开支省了，朝臣们要用扇子，只好自己去买。类似这样细微至极的小型支出，崇祯帝减免项目颇多。他自己也以身作则，至少按照当时做皇帝的标准来说，他的生活还是相当俭朴的。皇帝的衣食用度本来都是典例上有规定的，每年消耗资金不可数计，崇祯帝即位后因为府库空虚，也由于他生性较为节省，把可以裁减的项目都尽量裁减了。在饮食方面他并不太喜欢那些珍奇的山珍海味，爱吃的大多是家常食品。
不过，一位皇帝的家常饮食费用常常也会大得惊人。有一次崇祯帝突然想起要吃市面上卖的元宵，派人去买，经管太监后来报账，一碗元宵竟要一贯钱（约合一两银子）。崇祯帝同意报销，但告诉经管太监，当年在信王府的时候一碗元宵只要30文（其实已经大大超出市价）。管事太监吓出一身冷汗，但过后还是照样里克外扣——以皇帝的高贵身份，当然就得吃一两银子一碗的元宵。据记载，崇祯帝每月的伙食费用，除去厨料等杂项之外，仍有1046两白银之多，周皇后每月360两8钱，田、袁两妃各164两，皇太子154两9钱，他的另外两个儿子定、永二王各120两，这样仅崇祯帝一家7口每月的伙食费就高达2000多两，大概相当于平常百姓人家几辈子的消费。
在穿衣上他也很不讲究，而且讨厌繁缛的文饰。除了礼仪上需要不能不穿规定的龙袍，平时他愿意穿着素色袍服。虽然依照旧制皇帝的内外衣裳都是穿过一次就不能再用，崇祯帝却觉得太可惜，经常穿下过水的浣衣，特别是内衣，甚至要穿多次。但内府的织造衙门从来只提供一次性消费的衣服，只注意外观，不讲求结实，袍服穿过几次之后很容易破损。
有一次崇祯帝参加经筵，发现袍袖有一点破了，颇为尴尬地用手把破处掖了起来。讲经的讲官正巧看到，就说：“衣服破敝，虽然过于俭省，却是美德，何必讳之？”崇祯帝才大为高兴起来。此后变本加厉，下令袍服大袖一律只留一尺五寸，以节约绸布，不但自己如此，而且定为天下共式。明朝的士大夫习惯于宽袍大袖，至此也不得不跟着皇帝一起实行紧缩政策。
他还把日常使用的金玉器皿改为瓷器，后来又用漆器，因为是木胎，就算是木器了。这当然只是一种形式上的俭省，因为瓷器少不了景德镇的极品细瓷，甚至是宋代的汝、官、均、哥、定五大名窖，漆器大多是重染精雕，即使在当时价值也不在金玉以下。
在皇帝作风的影响下，宫廷里也一改浮华旧貌。周皇后在夏天带头穿不加绣饰的素白衫，嫔妃宫女们也纷纷效法。为了跳色，又在白纱衫里面衬上绯红的里衣，红装素裹，清新喜人。
周皇后甚至还在宫里组织过一次大生产运动，让江南织造处给宫里送来一批纺车，亲自督促宫女集体纺线，宫女们却屡学不会，她一怒之下把纺车都当劈柴烧了，不了了之。宫中女眷本来时兴浓妆，但崇祯帝却不喜欢，说是“浑似庙中的鬼脸”。周皇后、田贵妃都是天生丽质，皮肤极好，就干脆不施脂粉。袁妃以下不敢效颦，却也一律是薄薄的粉黛，尽量追求贴近自然。应该说，崇祯帝自小成长于侈糜俗艳的深宫，却能够不但性情上有节俭的一面，在审美情趣上也颇为清雅，实在是很难得的。
但仅仅用裁驿卒、省宫费这些小打小闹的方式，无论如何也解决不了巨大的财政危机。何况宫中省减下来的费用仍然是落到皇帝自己的腰包里，一分一厘也没有节省国家财政支出。崇祯初年颇有一些官员打过皇帝内帑私财的主意，崇祯帝却总是哭穷说：“朕在宫中极力节省，仍然入不敷出。如果真有余钱，朕怎么会吝惜呢？”既然舍不得自己出血，他在左思右想之后，还是把眼光放在了“加派”上。他深知，绝大多数朝臣都是反对“加派”的，理由很简单：民力已竭，再加就将不堪于命了。可是在财源枯竭、国用急需的情况下，他却只有“加派”这唯一的办法了。按照他一贯的工作作风，所有明知是要受到舆论谴责，不那么理直气壮的决策，他都不愿意亲自提出来，总希望先由能同他默契的贴心大臣提出，作为抵挡攻击的盾牌。这一次给他充当盾牌的是不久前被他特别提升起来兵部尚书梁廷栋。
梁廷栋在崇祯二年（1629年）后金军入塞的时候还只是个小小的参政道，因为在己巳之警中表现突出，在两个多月里接连升任顺天巡抚和蓟辽总督，崇祯三年（1630年）正月又被任命为兵部尚书。在明代历史上，像这样破格提升的实在是绝无仅有。这体现了崇祯帝在用人方面有一种打破传统不拘一格的锐气，也让梁廷栋感激涕零，决心要矢死报效皇上的知遇之恩。为了报效皇恩，当然就不惜为皇帝作一次挡箭牌。崇祯三年（1630年）十二月，他不顾群臣的非议，上疏请求再增加“加派”数额，以解决财政危机。
因而崇祯帝经过同户部及兵部的磋商之后，就在这年年底正式推出了增税方案：提高“辽饷”定额，由原来的每亩平均9厘，增加到1分2厘，每亩增加3厘，全国每年共增收165万多两。
在“加派”方面，崇祯帝做得相当雷厉风行，后来军费仍然不足，“加派”也就只能再加，那是后来的事情。但在如何通过肃贪来减轻人民负担方面，崇祯帝却并没有立即拿出什么切实可行的举动。因此，不论数额多少，加派都给本来已经负荷沉重已极的天下百姓又加重了新负担。何况，在新增辽饷165万这个数字后面，又不知有多少官吏在增加征收、转运、损耗等项目的费用，以中饱私囊。人民的负担又要数倍于165万。
新的“加派”果然立即遭到许多朝臣的反对，人们不但背地里对这个决策深为不满，有些人还公开对此进行了批评。给事中吴执御上疏所言比较有代表性，他直接就把“加派”称作“剜肉医疮，去皮附毛”，认为绝对是个下策；即使非出此下策不可，也只能暂行一年两年，而且应该向百姓说明年限，免生是非。
他的这些认识都不错，但崇祯帝需要解决的是如何弄到钱的问题，而对这一点，吴给事就颇为含糊了。他只是强调，“理财应先理民，民富则财自充足，赋税也自然增多，”然后就是孔子怎么说，先朝怎么做，侃侃而谈一番，没有一点具体的办法。崇祯帝恨就恨朝臣只尚原则空谈毫无切实主意，见到吴执御一番肉疮皮毛之论，很不高兴。他抓住疏中的几句话反复苛责追问，让吴执御一遍又一遍地回奏，闹了将近一个月才不了了之。朝臣见皇帝执意要“加派”，批评议论也没有用，以后虽然时时还有人提起，反对的热情也就不那么高涨。
关于要不要“加派”的事情总算确定下来，但真正拿到钱还要等到第二年的秋天。可是用钱的事情却不等人，在崇祯四年（1631年）初就又出来了。
陕西三边总督杨鹤主持剿务将近两年，农民军却越剿越多，虽然也用了招抚的办法，但因财力有限，同样没有什么成效。他觉得，只有朝廷确定招抚政策，而且拿出钱来实行，真正解决了西北人民的生计问题，“流贼”才能最终扑灭。在这年正月，杨鹤把他的认识和主张向崇祯帝做了系统汇报，提出：“必实实赈济，使之糊口有资，而后谓之真解散。解散之后尚需安插，必实实给予牛种，使之归农复业，而后渭之真安插。”因为怕皇帝舍不得花钱，他还特别算了经济和政治两笔账：调军围剿需要大批粮饷，同样要花很多钱，但“费之于剿，金银一去不还，且斩首太多，上干和气。费之于抚，金钱去而民在，活一人即得一人性命，盗息民安，利莫大焉。”
应该说，杨鹤的这一套看法还是比较有道理的。但问题在于，在到处都是亏空，财政状况极其窘迫的情况下，到哪里去找那样一大笔钱财去赈济，去安插受抚的义军和大批流民呢？退一步说，即使真的凑齐了这样一笔钱，吝啬成性的崇祯帝又怎么会舍得拿出来，无声无响地散布到民间去呢？杨鹤看问题比较深，安排得也比较周全，但是他把一个长期积累下来的社会问题看得太容易解决了，没有想到人民的饥饿一方面是人口过剩和自然环境的变化造成的，另一方面又正是统治者横征暴敛的结果。朝廷自己不事生产，要有大笔银钱赈济安插，只能通过横征暴敛来解决。这是一个走不出去的怪圈，招抚（或是围剿）人民的暴动要用大批钱财，要钱只能通过对人民横征暴敛，横征暴敛又造成新的饥荒和新的暴动……整个崇祯时期，朝廷里的君臣们就一直在这个怪圈里面打滚。也正因为有这么个怪圈，杨鹤的主抚政策从一开始就注定了要失败。
崇祯帝这一次却被说动了心，觉得如果能一劳永逸地解决西北的暴乱，做出一些牺牲还是值得的，于是决定采用以抚为主的策略。他在廷中几次提到了招抚的问题。说“流贼原是中原赤子，不可纯以剿为事。”“寇亦我赤子，宜抚之。”他为此还痛下决心，要拨款赈救陕西，兼作招抚之用。皇帝掏腰包救济灾民当然是件功德无量的大事，他特此隆重颁布诏书，让全国官民个个知晓。诏书中说：“陕西屡报饥荒，小民失业，甚至被迫而从贼，自罹锋刃……今特发十万金，命御史前去，酌被灾之处，次第赈给。仍晓谕愚民，即已被胁从，误人贼党，若肯归正，即为良民，嘉与维新，一体收恤。”
原来郑重其事了半天，忍痛拿出来的才不过区区10万两银子，相当于他一家7口人4年的伙食费。这点钱对于西北的大饥荒和大动乱能起到多少缓解作用呢？当时有人为崇祯帝算过一笔账：以2银救活一人计算，也只能救活10万人；其时陕西粮价腾贵，1斗米要银7钱，1两银子只能买到1斗半米，最多能维持50天。这对于已经饥饿了几年的数百万饥民来讲，实在是太少了。但就是这10万两也已经让崇祯帝肉痛，而且让户部大为其难了。此后，杨鹤所筹划的那些赈济和安插怎样进行，赈济和安插的费用如何筹调，崇祯帝和他的朝臣们就再也没有做出过安排，甚至也没有认真地讨论过。这又是崇祯朝办理朝政的一个特点，办事处处需要花钱，常常还需要花大笔的钱，但朝臣们对花钱的问题通常都是讳莫如深的。一是因为国家没钱，一提钱就是没法解决的困难；二也是因为皇帝最不爱听花钱这两个字（相反，他很喜欢听省钱这两个字），谁提得多了谁可能就要倒霉。大家就干脆不提，等待着事态的自然发展。
杨鹤在西北招抚农民军得不到什么像样的财政支持，但基本政策既然已经定下来，他也只好硬着头皮去干。崇祯三、四年之交，西北的农民军大致可以分成东路、西路两大支。东路中的著名首领有王嘉胤、罗汝才、张献忠、蝎子块等人，他们当时的主要活动范围在黄河以东的山西省西部各县。西路中最大的一股是神一元、神一魁兄弟领导的农民军，主要在陕西的延安、庆阳两府一带活动。山西的剿抚大计自有山西的官吏和军队主理，而对于陕西的农民军各部，杨鹤则真是费尽心机。
崇祯四年（1631年）初，神一元已经死去，他的弟弟神一魁带着数万人从二月下旬开始围攻庆阳府城。杨鹤手中没有多少兵马，连忙派人去庆阳城外招抚。经过谈判，神一魁同意受抚，并派了几十个大小头目去杨鹤驻镇的宁州。为了扩大影响，杨鹤特地在宁州城楼安设“龙亭”，让受抚的大小头目们到“龙亭”前跪拜，高呼万岁，而后再到公署拜谒杨鹤，并一同到关帝庙宣誓。这样一番大张旗鼓的表演，表现了朝廷招安的诚意，神一魁在几天后也亲自来到宁州。杨鹤先当众宣布了神一魁的十大罪状，神一魁一一承认；然后宣读朝廷的赦免令，授神一魁守备官职。神一魁部下大部分都被遣散回乡，部分主力4000余人则安排在宁塞堡。
招抚神一魁是杨鹤主抚政策最重要的一个成就，但招抚之后的后续手段却不是以他个人的能力就可以解决的了。最要紧的当然还是赈济钱粮的问题。崇祯四年（1631年）四五月，朝廷咬牙掏出的10万两银子，再加上由藩王以下捐助的5万两以及2万石粮食，由御史吴甡押运到陕西，在发放的过程中又有大批小股农民军接受招安，领了钱粮。有了钱粮的时候，局势大好，陕西的农民军几乎全部受抚。但两三个月之后粮食吃光了，刚刚受了招安的农民军只能再到处打粮，又大乱起来。
对付这种局面，杨鹤实在没有什么办法了。他在七月给中央的报告里提到：“诸贼穷饿之极，无处生活，兵至则稽首归降，兵去则抢掠如故。此必然之势。”这种“必然之势”终于给他自己带来了厄运。七月末，一批降而复起的农民军竟然大举攻占了中部县（今陕西黄陵县）；不久之后，神一魁也率所部在宁塞营再次起事。此前杨鹤早已奏报朝廷，说庆阳的招抚全部安排妥当，这时候突然又有县城失陷，引起了朝中一批惯会挑刺的言官们啧啧烦言。有人说：“杨鹤先前说流贼已经遣散干净，而今中部县之贼难道是从天上掉下来的吗？”正巧也是在七月，在山西的农民军也发动了大规模的攻势，活跃于山西省的农民军号称有20万人，分为36营，在晋南、晋中各处抢劫富户，攻击官军。
接连出现的这些情况让崇祯帝大为恼火，他本来以为自己能够出钱出粮对“反贼”进行招抚，实在是体现了极大的宽仁，也体现了极大的耐心。既然如此，“反贼”们理应听到招抚就感激涕零，从此老老实实地做顺民，即便饿死也不再捣乱。但事实上这些“反贼”竟然一而再再而三地投降——叛乱、投降——叛乱，崇祯帝觉得这简直是一种恶意的冒犯。这时候，一些本来对招抚政策就不满意、不信任的官僚也纷纷抨击杨鹤的所作所为。放赈后就转任陕西巡按御史的吴甡是专责纠察地方官吏的，朝廷把有关弹劾杨鹤的奏疏下发给他核查，核查的结果是杨鹤主抚误国，“人恨招抚之失矣！”杨鹤的政治生涯和他的主抚政策从此都到了尽头。
崇祯四年（1631年）九月，恼羞成怒的崇祯帝不顾自己原本也批准过招抚政策，发出谕令：“杨鹤总制全陕，何等事权。乃听流寇披猖，不行扑灭，涂炭生灵，大负委任。著革了职，锦衣卫差的当官旗，扭解来京究问。”这样就把西北大乱和招抚失败的责任全都推到了杨鹤的身上。杨鹤被逮捕后，一度情势非常危急，几乎被问成死罪。他的儿子杨嗣昌当时任山海关兵备道，接连3次上疏请求代替父亲接受处罚。崇祯帝对于杨嗣昌的印象似乎很不错，这一次竟然破例对杨鹤从轻处分，最后定为遣戍袁州（今江西宜春）。4年以后，杨鹤死在了戍所。
杨鹤的被革职，标志着主抚派的破产。而这时候，另一种主张，即洪承畴的主剿已经在部分地区同时进行了。
崇祯三年（1630年）正月，明朝任洪承畴以都御史巡抚延绥（今陕西榆林），于是他立即部署兵力，对起义军进行镇压。是年六月，府备县农民军在王嘉胤的率领下，攻陷黄甫川等要塞，又陷府谷县城，而后他们假称要投降，主动退出县城。当官军来“收复”县城时，他们回戈一击，又重占领县城。洪承畴和总兵杜文焕率部从孤山进剿，一次击杀农民军400余人。与此同时，明朝山西部队，也剿杀这支农民军达300余人，王嘉胤被迫转入山谷。
那时，杨鹤尚在职，他虽然主抚，但在局部地区，明军也在发兵进剿农民军。杨鹤的招抚成效不大，早已引起主剿派的不满。他们把农民军形成的燎原之势，归罪于主抚派。而洪承畴和总兵杜文焕等，利用农民军起义初期，缺乏作战经验、各自为战、兵力分散的弱点，采取分割包围、各个击破的办法，剿杀农民军，的确见了成效。各地农民军遭到重大挫折。因此，尽管总督杨鹤主抚，而主剿派并不听其制，照样残酷镇压农民起义军。
在洪承畴的历史上，杀王左挂是个重要事件。王左挂是陕西清涧县人，为陕西最早的起义将领之一。他于崇祯元年（1628年），聚众万余人起兵宜川。后来转战于真宁、三水、耀州等地，曾被洪承畴围在云阳，后乘雷雨逃跑。此后又在怀宁河（今槐里河）再败，遂于崇祯三年（1630年）春，以120人向总兵杜文焕请降，杜文焕受之。李自成当时就在王左挂部下，他和一些头目对王左挂受降不满，就率众自谋出路。王左挂受降以后，并没有真心降明，暗中谋划再起。洪承畴本是主剿派，对招抚并不热心，看到王左挂三心二意，准备谋叛，就在同年八月同陕西巡按李应期、总兵杜文焕设计，将王左挂等98人全部杀害。洪承畴的杀降，不只这一次。崇祯四年（1631年）四月，洪承畴命守备贺人龙，慰劳投降的农民军，设酒宴款待，农民军个个喝得醉醺醺的。乘他们入谢告辞时，事先安排的伏兵四起，一次就斩杀了320人。
洪承畴和他手下的将领，不择手段地消灭农民军。崇祯四年（1631年）五月，王嘉胤的队伍进至山西东南的沁水、阳城一带。洪承畴派他手下的悍将曹文诏率部追击。然而，王嘉胤的力量相当大，安塞人高迎祥、延安人张献忠等，都是他的部下，听他号令和调遣。那时在洪承畴手下任延绥副总兵的曹文诏，不能战胜王嘉胤，就采取阴谋手段。曹文诏听说部下士卒张立位的姐姐被王嘉胤强娶为妻，就让张立位去诈降。王嘉胤信以为真，把他当成亲信。六月的一天，张立位同姐姐以及王嘉胤的部将串通一气，乘王嘉胤醉后熟睡时，将他刺死。曹文诏乘机出兵围攻，里应外合，起义军大乱，损失惨重。
洪承畴派出官军追剿陕西、山西的农民军，配合山西明军一起夹剿。崇祯四年（1631年）七月，农民起义将领点灯子（赵胜），在洪承畴的打击下，于陕西立足不稳，转战至山西。洪承畴和部将曹文诏等亲自追过黄河。九月，赵胜在晋西石楼县遭到明军夜袭，被砍杀。
镇压农民军接连取得一定成效之后，洪承畴得到崇祯帝的赞扬。崇祯帝得知他杀降农民军首领王左挂时，就得意地说：
贼势獗甚，招抚为非，杀之良是。
接着，崇祯四年（1631年）九月，洪承畴升任陕西三边总督，代替杨鹤的职位，由他主持镇压陕西农民军的事宜。
大约在洪承畴任三边总督前后，他的家人在今天的泉州鲤城区东街的一条名为洪衙埕的巷子里，建了一座府第，后来他的弟弟洪承畹也在洪承畴府第的旁边建了住宅。据当地人说，那时府第门前宽阔，还竖有旗杆，洪承畴忙于公务，回到泉州府第只有3次。
从崇祯二年（1629年）到崇祯四年（1631年），仅两年多的时间，洪承畴在镇压农民起义过程中，为明王朝屡立功绩，从一个粮道参政，晋升到三边总督，升迁之快是他出仕以来所未有的，其他官员也很少见。分析其原因，大约有四个方面：一是形势的需要，当时陕西农民起义风起云涌，对明王朝来说，社会动荡，已呈不可收拾的局面；二是明军纪律败坏，无战斗力，无法对付农民军的冲击；三是陕西农民起义，处于初发阶段，一呼百应，还没有严格组织起来，缺乏战斗力，可以对付腐败的明军和无能的明将，却很难应付有战斗力的明军以及有点武略的明将；四是洪承畴富有文韬武略的才能，对农民军疾恶如仇，对农民军的镇压手段坚决而残酷，而且，他有一支战斗力颇强的“洪军”。可以说，洪承畴是踏着农民起义军的血坐上三边总督宝座的。这段历史，在洪承畴的一生占有重要的位置。后来，他成为两朝重臣，若没有这两年的扶摇直上，是完全不可能的。
在对待农民起义的问题上，洪承畴是主剿派，杨鹤是主抚派，两人政治主张不一致。但是，洪承畴在杨鹤被拿问之后，却向崇祯帝上书，要求从宽处理杨鹤，还在书中摆出杨鹤在陕任职期间的许多功劳，从这点可以看出洪承畴的为人。至于对付农民战争，他主张坚决镇压，杨鹤被革职以后，他更是积极推行主剿政策。
洪承畴命总兵张应昌攻宁塞，总兵王承恩攻安塞，连战皆捷。崇祯五年（1632年）春，洪承畴留饷20万，遣甘肃总兵杨嘉谟、东援返回陕西的固原总兵杨麒、临洮总兵曹文诏、延绥总兵王承恩、宁夏总兵贺虎臣和定边营副将张应昌等各率镇兵大举进剿农民军。起义军在宁塞败后，退守东西川、铁角城、芦堡垒等处，杨嘉谟、贺虎臣统兵强攻坚守铁角城的数万起义军，遇挫而回。起义军趁势攻庆阳。洪承畴急忙来援，曹文诏率临洮新兵2000到来，宁夏贺虎臣的新兵也同时赶到，在西壕会合，洪承畴令其出兵，在西壕夹击农民军，双方展开了一场激战，交锋十余次，官军大胜，并追击数十里，起义军红君友，也为曹文诏设反间计被其党杀害，宁塞起义军，死伤不计其数。有记载说：“宁塞之强殆尽矣。”此役称西壕之捷，为几年来用兵西北的第一大捷。不久，洪承畴设伏擒斩不沾泥，曹文诏于环庆击败可天飞和李都司，又败郝临庵于耀州。陕西境内的农民起义军在官军的“四面围堵”下被基本上镇压下去了。
陕西战事渐息，山西战火又起。起义军王自用率36营避开陕甘明军主力，进入山西在晋东南开辟战场。起义军分三路作战，东路据泽州、潞安，西路攻平阳，中路攻汾州、太原一线。山西巡抚许鼎臣、宣大总督张宗衡穷于应付，战果平平。
崇祯帝对于西北战事的发展并不满意。不过，看到陕西义军被一一剿平后，他还是深信各支农民起义军并非如有人所说的那样剪灭不尽。可是，当起义军从山西入冀南、豫北进行流动作战，危及明廷心脏地区时，崇祯帝采取了几个重要步骤，以期尽快平“贼”。
第一、选精兵。调昌平副总兵左良玉率部往冀南与农民军作战。左良玉虽不知书，但具谋略，“长身赧面，骁勇，善左右射。”曾经受命援救大凌河，大败金军于松山、杏山之下，不辱崇祯皇帝的厚望。这次崇祯帝意在让左良玉专办河南的起义军。此后，左良玉就成了农民军的一个劲敌。
第二、朱由检于崇祯六年（1632年）春，以曹文诏节制山西、陕西各路兵马“讨贼”。三月，敕曹文诏诸将领，限三月“平贼”。这是朱由检部署西北剿“寇”的又一次大的人事变动。曹文诏在陕西镇压起义军的一系列战役中屡立战功，当时流传一民谣：“军中有一曹，西贼闻之心胆摇。”鉴于进入山西的起义军紫金梁（王自用）、混世王、姬关锁、八大王、曹操、闯塌天、兴加哈利七大郡多来自秦中，由曹文诏来节制山、陕人马是合适人选。他寄希望于左玉良与曹文诏同心协力，剿平“流寇”。还特谕山西各地，凡曹文诏所过地方应多积粮草进行犒劳。当得知有的地方不仅不给曹文诏部粮草，相反以炮台击伤曹部士卒时，他严旨责成御史按劾纠察，重重处罚。
第三、崇祯帝于同年五月，命太监陈大全、闫思印、谢文举、孙茂霖等出任曹文诏、张应昌、左良玉、邓圮等四支劲旅的监军。其职掌为“纪功过，催粮饷”。为此崇祯帝发内帑4万两，素红蟒缎400匹，红素1000匹，让他们于军前给赏。太监监军权始于明成祖，崇祯皇帝诛魏忠贤之后，处处约束太监势力，还政于本，依赖文官集团。无奈群臣既乏救世之材，又相互倾轧，于是又启用内臣，以为耳目。他曾对大臣们说：“诸臣若尽心任事，朕亦何需此辈。”表示他虽然对宦官不信任，却又不得不用他们。崇祯帝的这一招却并没有帮他多少忙。这倒并非由于所谓的刑余之人不可知“军国重事”，而是由于太监们不懂兵法，却又好恃势凌人，指手划脚，于将领掣肘甚多，造成监军的太监与将领之间矛盾重重。
在崇祯六年（1632年）的头六七个月里，曹文诏、左良玉二部与农民军多次展开激战，三月，曹文诏率官军在泽州击败起义军过天星，左良玉率官军在畿南擒获起义军首领上山虎。四月，王自用在济源战死，起义军失去领袖，各部陷于分散作战，数十万人东向攻入真定、沙河、大名、顺德等府县，曹文诏、左良玉乘机加紧围剿。
五月，曹文诏在沁水、辽城连败起义军。起义军看到曹文诏兵锋锐利，便有意躲避，趋豫北合营，高迎祥、李自成、张献忠、曹操、老回回等纷纷赶到，并于林县大败川兵和石柱土司兵赴豫北战场进剿的邓玘军，土司马凤仪战死，崇祯帝得知此情，立即命令曹文诏移师前往征讨。七月，曹文诏率五营兵乘夜突袭得手，斩杀起义军首领滚地龙，在济渠又败起义军，斩杀老回回。明军虽屡有捷报，但处处围堵、处处设防，使起义军以灵活的战略战术，连连取得胜利。
崇祯帝见中州“流寇蔓延”，特遣京营总兵倪宠、王朴率部卒6000，马5000，星夜兼程，驰赴河南支持，夹击农民起义军，并命太监杨进朝、卢九德监军。临行之前，为示对此次京营兵马出征的重视，朱由检还赐倪宠、王朴二将弓矢战马。明京营兵与汤九洲、左良玉部在豫北修武很快形成合击之势，迅速在林县、涉县、武安等地连败农民起义军，击杀起义军头目飞天圣、混海龙、插翅虎、黄莺子等。农民起义军在豫北冀南的频频失利，并有被围歼之险。
十月，气温渐寒，起义军饥困乏食，想向南突围，便重赂王朴诈降，监军杨进朝信而不疑，入奏朝廷。高迎祥率张献忠、罗汝才、马守应、惠登相、刘国能等各部起义军十余万人，乘天寒河冰的良好时机，策马涉河。十一月，起义军在明军毫无防备的情况下渡过了黄河，且接连攻陷渑池、伊阳、卢氏三县，越过崎岖山路，经内乡，直至郧阳。并分兵出击，张献忠率起义军攻信阳、邓州，经应山直至商洛，马守应等部攻南阳、汝宁，入枣阳、当阳，破夔州，进入四川。
起义军流动作战，连战连胜，各路起义军经过的官府，无力围堵，仅仅纷纷告警而已。起义军突破黄河南入河南、湖广、山西、陕西、四川交界地带的成功，宣告了崇祯帝三月“平贼”的计划，彻底破产。
以郧阳为中心的荆襄山区在明初为全国最大的封禁山区，位于今湖北、河南、陕西、四川诸省交界之处。自成化十二年（1476年）设郧阳府以来，流民屯聚，已合法化了，正统年间刘千斤、石和尚领导的荆襄流民大起义就曾令明廷胆寒。此后，郧阳的战略地位就显得更加突出。
崇祯六年（1633年）底，闯王高迎祥经崎岖山路，进抵郧阳，扮作香客，一举占领了郧西。房县也被起义军黑蝎子部攻破。明郧阳巡抚蒋元仪苦于手中无兵，难以抵挡起义军的猛烈进攻，便主动上书朝廷，请求一死，崇祯皇帝严旨逮问。起义军攻占郧阳府所属州县，迅速扩大战果，于湖广北部、四川、陕西等地多路出击。
鉴于战事规模的增大，其势将向陕西、山西、湖广、河南逐步发展，加上起义军所到之处的地方官员和军事力量，都无法阻遏。对此，明廷大臣议论纷纷，普遍认为，要固剿农民起义军，就必须统一事权，避免互相观望、推诿。由于洪承畴镇压农民军的战功赫赫，朝臣多推荐他担负此重任。然而，崇祯帝不以为然，他认为洪承畴在陕西三边负有重任，不能轻易移动。于是在崇祯七年（1634年）正月，他任命延绥巡抚陈奇瑜为兵部右侍郎，总督陕西、山西、河南、湖广、四川五省军务，并调重兵于河南、湖北、四川，追剿农民军。
陈奇瑜以进士授官知县，历任礼科、户科给事中，出任陕西副使，右参政分守南阳，再任陕西左右布政使。因此政绩卓著，又懂得用兵，于崇祯五年（1632年）迁右佥都御史巡抚延绥，长期以剿灭农民起义军为己任，多有建树，“名著关陕”，获崇祯帝嘉奖。到现在履此重任，即率师进抵均州，紧锣密鼓地部署进剿事宣。他下令陕西巡抚练国事驻商洛，遏制起义军之西北；郢阳巡抚卢象升驻房县、竹溪，遏制起义军西面；河南巡抚玄默驻卢氏，遏制起义军东面；湖广巡抚唐晖驻南漳，遏制起义军东南面，对起义军形成四面合围之势。陈奇瑜亲率兵马由竹溪至平利，在乌林关、乜家岭，蚋溪等战役中大败起义军。
几次战斗的胜利，陈奇瑜很是得意，急忙上疏表功：“楚中屡捷，一时大盗几尽”，流贼窜入山中，“臣督乡兵为向道，无穴不搜，楚中渐有宁宇。”崇祯皇帝得知，喜出望外，立即嘉令犒劳。随后，陈奇瑜一路追击，起义军多退入陕西。他又檄令游击唐通在汉中保护藩王，遣参将贺人龙、刘迁、夏镐扼守略阳、沔县，防其西遁；副将杨正芳、余世任扼守藵城，防其北逃；自督副将杨化麟、柳国镇驻扎洋县，防其东奔。另外，命卢象升、练国事、玄默各守要害，试图在陕南一口吃掉农民军。此时的陈奇瑜更是踌躇满志，宣称“贼不日平也，”得意之情溢于言表。六月，高迎祥、李自成、张献忠等农民军主力被陈奇瑜重重围困于兴安县的车厢峡，陷入绝境。
车厢峡长40里，四面绝壁。农民军一入峡口，即遭到地方武装的阻击，或垒石断路，从山顶投石飞击；或纵火烧林，使农民军损失惨重。时逢阴雨连绵，持续两月有余。“驽解刀蚀，衣甲浸，马蹄穿，数日不能一食。”真是人饥马乏，无以为继，死亡过半。在此起义军处境危急、走投无路之时，如果官军进击，可望全歼。怎奈李自成足智多谋，采纳顾君恩的诈降计策，用重金贿赂陈奇瑜左右，陈奇瑜不明底里，反以为李自成等是真投降，尤其是不动干戈，而收大功告成之利，如此美事，何乐而不为。他奏报朝廷，得到批准，同意受降。起义军100人编为一队，将近36000余人。于是，起义军在安抚官护送下，“整旅出栈，与奇瑜兵揖让酣饮，易马而乘，抵足而眠。贼之无衣甲者皆整衣，无弓矢者皆砺矣，数日不食者皆饱腹矣。
李自成等一出栈道，脱离险境，就将50余名安抚官一一杀掉，并会合他路起义军，连克麟游、永寿、灵台、崇信、白水、泾州等地，霎时间集众至20余万。此役也使李自成声名大显，其部遂成为农民军中最强劲的一支。这年冬季，起义军兵分三路，一路北向庆阳，一路南奔郧阳，一路东插河南，纵横于陕西、甘肃和河南三省。陈奇瑜的美梦变成泡影。崇祯帝震怒。
最初，当农民军车厢峡复叛时，他还以为陈奇瑜可将功补过，对于陈奇瑜上疏弹劾宝鸡知县李嘉彦、凤翔乡官孙鹏等拒纳就抚起义军和练国事杀降激变，阻挠抚局之事表示支持，下旨切责抚按异心，逮捕李嘉彦、练国事及士民50余人，且派遣陕西李乔赵代替练国事。不久，他在接到给事中顾国宝和陕西巡按御史傅永淳弹劾陈奇瑜主抚误事的奏疏之后，才发现陈奇瑜“玩寇”，贻误封疆。“开门揖盗，剿抚两妨”，而今“降贼陷城破且，所在骚然……皆奇瑜之流毒也。”各方言论大有置陈奇瑜于死地而后快之势。崇祯帝认为应该惩处的是陈奇瑜，而不是李嘉彦。然而，招抚是自己批准的，将何以交代？此事困扰得他拿不定主意。但为了平息臣僚的议论和愤怒，他顾不了这些，只好下达圣旨，削去陈奇瑜总督职。十二月，升任洪承畴为兵部尚书，兼督晋、陕、豫、川、楚诸省军务，统率各镇抚兵马镇压农民起义军。
洪承畴是崇祯帝对付农民军打出的一张王牌。陈奇瑜任五省总督期间，他正镇守三边，防御蒙古军南掠。到现在继为五省总督之职，以其战功与谋略而言，不失为最佳人选。崇祯帝特赐洪承畴尚方宝剑，得以便宜行事，并“以六月廓清”为期，希望马到成功。这时，农民军大多集于河南。明兵部议调西北边兵、天津、关宁（山海关、宁远）骑兵数十万往河南集结，发内帑银20万两，户部筹饷90余万，令洪承畴出关会各部在河南围歼农民军。
面对官军的围剿之势，崇祯八年（1635年）正月，农民军13家72营将领在荥阳召开紧急军事会议，商讨反围剿的作战方案。会上李自成慷慨陈词：“一夫犹奋，况十万众乎！官兵无能为也。宣分兵定所向，利钝听之天。”主张分兵出击，配合作战，与官军战斗到底，得到了众将领的赞同。会议决定：以贺一龙、贺锦南御四川、湖广之敌；马进忠、横天王西挡陕西之敌；罗汝才、惠登相扼守黄河一线，防御开封、归德方面之敌；高迎祥、张献忠东向出击，而马守应、九条龙则为机动部队，策应各部。各都依计而行，其中高迎祥部所向披靡，十余天内连克固始、霍丘、寿州、颚州等数十州县，前锋直指明中都凤阳。
凤阳为明代“龙兴”之地，埋葬明太祖朱元璋父母的皇陵，就设在这里。明朝在此设有留守司、班军、高墙军、操军和护陵新军6000余人，由一个太监、一个巡抚统领。迨至明末，各种社会矛盾尖锐，凤阳也不例外，城池倾圮，几无防守可言。崇祯七年（1634年），兵部尚书张风翼即请敕凤阳抚按加强防备。
但凤阳巡抚杨一鹏、巡按吴振缨昏庸无能；守陵太监杨泽唯财是贪，皇陵卫指挥侯定国恣横暴虐。为此凤阳发生兵变，侯定国成为刀下鬼。崇祯八年（1635年）初，城内居民忍无可忍，怒烧太监署，集众执香往颍州迎接农民起义军。起义军先秘密派遣300壮士扮作商人、僧道、乞丐等入城。时正元夕，城内仕女如云，笙歌贯耳，一片升平气氛。至此农民军里应外合，“官军无一人迎敌”，高迎祥、张献忠部顺利占领凤阳。农民军对明王朝的仇恨像决堤的洪水，淹没了凤阳城。他们放火烧掉了皇陵和“龙兴寺”，杀死留守署正朱国相，歼敌4000余人。农民军高举“古元真龙皇帝”大旗，表现出誓把皇帝拉下马的英雄气概。
崇祯帝的祖坟被农民起义军焚毁的消息传到北京，朱由检悲愤不已，朝野为之震惊，无不以农民军为不共戴天之敌。
攻陷凤阳后，张献忠与李自成因分配战利品问题发生纠纷，又分裂为两股。李自成随高迎祥从太和折回河南，经鹿邑、杞县、密县，在归德与罗汝才、惠登相等部会师。张献忠率部向东南进军，转战淮河流域。崇祯八年（1635年）二月，高迎祥、李自成等进入陕西境内，张献忠也由商州至秦川。农民军分股作战，飘忽不定，令官军十分头痛。农民军已乘虚入（潼）关，洪承畴则在河南运筹帷幄，围追堵截。
崇祯皇帝朱由检从祖陵被毁的悲愤中慢慢解脱出来，虽没有下诏罪己，但如何才能剿灭农民起义军，却是他时刻未曾忘记的。为此，他任命侍郎朱大典总督漕运，巡抚凤阳，协同洪承畴剿“贼”；发辽兵3000，令祖宽统领援剿农民军。可是，各地官军将领的表现，距皇帝的期望实在太远了。例如在河南，洪承畴、邓玘、汤九州和贺人龙诸部多次与农民军发生激战，每战都声称斩获不少，其实所杀多为良民。官军威严扫地，在百姓眼里，官军是最可恶的强盗。有谚云：“贼兵如梳，官兵如栉”。贺人龙部经过尉氏县时，知县害怕遭到洗劫，紧闭城门，不许官军入城。贺人龙不容分说，纵兵攻城，焚其城池，知县匆忙备厚金相送，方才离去。
官军“各处淫掠”，已成为一大社会公害。如此，还谈何“剿平”大业呢？给事中常自裕上疏请下圣旨，“以信军法。”并说“皇上赫然震怒，调兵七万，其实不过五万，且分之各处，未足遏贼。”为防止事权不一而设五省总督，而结果仍然不能协调统一，表面看来是将领统帅的指挥才能问题，实际上并非如此简单，根本原因在于崇祯皇帝本身及其统治下的社会和时代。
在总督洪承畴看来，要平贼必须先制定一个长远规划，简单的防堵追击是无济于事的。崇祯八年（1635年）四月，他在河南汝州召集群僚，磋商计策时说；“我至豫而贼走秦，我走秦而贼又走楚、豫，是自弊于道路，而郡邑皆残破矣。天子严旨刻期六月灭贼，今当分信地扼之，令不得流，吾当自率麾下搏击，使无遗类。”试图划区防守，伺机进击。
鉴于农民军多入陕西，便传令左良玉、汤九州、尤世威等防守豫、陕交界的北朱阳关、兰草川、瓦屋和吴村；陈永福守卢氏、永宁诸关；邓玘、尤翟文、张应昌等分防汉江南北诸要道，并请敕朱大典防江北，洪承畴自率贺人龙、曹文诏、刘成功入陕作战。然而，布防刚刚开始，漏洞就已百出，官兵因缺乏粮饷，鼓噪不安，邓玘被索要粮饷部卒杀死，好在有曹文诏相助，洪承畴才不致一筹莫展。
曹文诏先年获罪，崇祯七年（1634年）十一月，被判处充军边卫。多亏山西巡抚吴甡担保，向崇祯皇帝举荐他知兵善战，得以转授援剿总兵官，许以立功自赎。崇祯八年（1635年）五六月，农民军自西安、凤翔、清水、静宁、秦川至临洮，众至二、三十万。洪承畴苦于兵寡，又迫于“六月廓清”之期，急于进兵。乱马川一战，明军大败。不久，副将艾万年、柳国镇战死。曹文诏领兵3000追击农民军至真宁湫头镇，陷入重围，力战自刎而亡。曹文诏忠勇冠于一时，有“明季良将第一”之誉。
自曹文诏自杀后，农民军威势大振，而洪承畴有如臂膀之失，大哭不已。事至如今，洪承畴已难夸海口，只是叹息官兵不如当贼十分之一，不敢贸然轻击。农民军乘连胜之气，频频攻击，混世王、蝎子块与老回回、闯塌天、整齐王合营攻朱阳关，明守将徐来朝慌忙逃窜，一军尽没，李自成袭破关中重镇咸阳。官军处处设防，被动挨打，招架不迭。
崇祯八年（1635年）八月，湖广巡抚卢象升升任兵部右侍郎兼右佥都御史，总理直隶、河南、山东、四川、湖广五省军务，特赐尚方宝剑，得便宜行事。并同洪承畴、卢象升合剿农民起义军，具体分工是：洪承畴剿西北，卢象升剿东南，如农民军入陕西，卢象升则进关合击。还分别任命戴东旻、苗柞土和史可法为河南、湖广、南直隶监军御史。当崇祯皇帝得到兵部奏报陕西农民军半在河南后，在原调7万兵之外，又增调2万，用于辽东战场的精锐部队也有一部被派往河南。明廷调兵遣将，农民军左突右击。新任五省总督的卢象升对当时农民军有着充分的了解，他说；“贼横逞八年，狂奔七省，拥众四、五十万，分股百十余营，气候成矣。”
卢象升和洪承畴亦知身负使命的艰巨，尽力去做。于是，分别督令各路兵马遵旨速速出动，分路进剿。农民军仍然发挥流动作战的特点，避重击轻，能战则战，不能战则避，令官军十分头痛。双方交战无数次，官军战绩略占优势。尤其是辽东兵马“援剿”，的确剽悍能战，频频告捷。
崇祯八年（1635年）十一月，卢象升与辽东总兵祖宽于汝州夹击农民军整齐王部，整齐王败走，继而与闯王合攻洛阳，祖宽领兵来救，袭破农民军于龙门、白沙。十二月，祖宽部破高迎祥军于确山。崇祯九年（1636年）正月，卢象升、祖宽二部又在朱龙桥大胜围攻滁州的农民军。不过，战果虽多，但距全部歼灭，相差颇远。何况，漫长的相互争战，又不决于一时的胜负。革职副将汤九州请缨率部进攻嵩县农民军以功自赎，不料孤军深入反遭农民军全歼。农民军二三万人屯幕内乡、浙川山中，明关辽边骑不肯进山。卢象升诉苦不迭，称豫楚大山绵直，林箐深密，马不能行，羊肠小道，粮饷不继。以一夫负米二斗计，随兵马行进，“十日不见贼，兵夫俱饿死。”只好随农民军任意出没。
农民军虽有败绩，精锐犹在。闯王高迎祥部被官军视为“诸贼中最强劲者”。兵科给事中常自裕建议朝廷命令洪承畴、卢象升“专图迎祥。”官军渐将主力集中于对付闯王部。无奈天时不济，山西、陕西地区灾荒之祸接连不断，山西发生“人相食”的惨剧；宁夏士兵哗变，杀巡抚都御史王揖。饥民源源不断地汇入了起义队伍的洪流之中。
淮安卫三科武举陈启新伏朝上疏，向崇祯帝进呈医治“病根”的三剂药方，其中一为“速蠲灾伤钱粮，以苏屡岁无告之颠连”。崇祯皇帝深以为是，随即下令免山西被灾州县新旧二饷；免畿内，崇祯五年（1632年）以前逋贼。五月十日，崇祯帝下诏大赦，“胁从诸贼”；又施“招抚”之策，以瓦解农民军。崇祯帝既受两线作战的困扰，又怕饥民造反越来越多，于是来此软的一手，期望于时局有所补救。
兵部职方郎中包凤起带着崇祯皇帝的诏书，急匆匆赶往河南，树起“招抚”的大旗。包凤起吸收先前招抚的教训，力主抚之当地，就地安插，反对护卫就抚者回原籍。不过，他很快就发现，现在的问题不是朝廷如何去进行招抚，而是农民军是否愿意受抚。如南阳知县何腾蚊去招抚淅川山区农民军，碰了一鼻子灰；总兵解进忠独闯农民军营里劝降，被一刀砍死；郧抚苗柞土派通判祝锡范去劝降，也被农民军送上西天。一些大臣流露出对农民军进行招抚的忧虑和对崇祯皇帝两线作战兵力部署的怀疑。
吏科都给事中颜继祖疏陈“灭奴（后金）先灭寇”的战略，言语十分肯定，认为“寇”是腹心之患，已危及明廷中枢，后金好比“疥癣之疾”，而流寇则已成“膏肓之祟。”“寇祸更速奴”，因此必须先“专心剪寇，而后养全力以制奴。”他将农民军摆到了极为重要的位置。对于这一份重要的意见，崇祯皇帝未置可否，沉思代替了决定。
六月底快马飞报，清军从喜峰口入塞，直犯京畿。崇祯帝的犹豫消失了，代之以焦虑不安和手忙脚乱，面临灭顶之灾，他被迫从中原撤回精锐边兵入卫。九月，命卢象升总督各镇兵入援。
此刻，卢象升正向陕西追击农民军，与洪承畴统率的官军进行夹击。有人预测，农民军如入网之鱼，“旦暮可平”。卢象升奉调入卫，给农民军以极大的喘息机会。当卢象升打点人马，准备起程，未挪一步，又奉改调总督宣（府）大（同）、山西之命。前线大将如此调法，人们困惑不解。其实其中因由，简单得很。
内阁首辅温体仁不满卢象升不为己用，又忌其功高，明知卢象升不习边塞，却力推卢象升出任边塞，使卢象升身置重地，略有闪失，即可任意治罪。如此个中奥妙，自视颇高的崇祯帝对温体仁的阴暗心理，并未察觉，他甚至还以为卢象升改调边任，会保边境无恙。继任河南、湖广、山西、陕西、四川、江北军务总理者为原兵部左侍郎王家祯，不久又兼河南巡抚。此人实难有统摄诸镇兵马的魄力，上任后除在河南南阳进剿当地起义首领杨四外，举兵不知所进。奉命进讨安徽安庆起义军，足却未出中州一步；后院起火，家丁发难，更令王家祯脸上无光。好在王家祯还有自知之明，以身体有病为由连续上书，请辞总理之职。崇祯皇帝明白，王家祯是一个没有大志也不会有什么作为人，便批准他的辞职请求。
回想起这两年来的几惊几险，崇祯皇帝背上渗出了一股寒意，他的脸上总是阴沉沉的。也难怪，有什么事能让他开怀呢？七月份，新任陕西巡抚孙传庭在陕西黑水峪伏击拟攻西安的闯王高迎祥部，双方展开激战，起义军初战告捷，明军参将李遇春等溃败而逃，孙传庭以招降策略分化起义军。后来在马召厚的战斗中，起义军中接受招降的张二、黄尤将高迎祥的坐骑偷走，致使高迎祥被官军俘虏，械送北京，寸礤而死。
农民军自闯王高迎祥牺牲后，部众推李自成为领袖，继为闯王。但起义军将领间约束显然少了许多，闯王部实力受损，以张献忠部兵马较强。崇祯十年（1637年）正月，张献忠联合罗汝才、马守应、刘国能部自襄阳顺汉江东下，很快与在江北英山、霍山一带活动的“革左五营”中的贺一龙、贺锦会合，分攻江浦、六合、安庆等城，营火夜烛长达数十里，显示出其军势之盛。
后来，在安徽桐城、舒城、庐州遭到明将左良玉、刘良佐部的猛烈攻击，江淮危情暂时缓解。起义军退至英山，伐木为筏，准备渡江。漕运提督朱大典檄左良玉速从舒城发兵，入山搜捕，左良玉屯兵不发。山西总兵王忠统兵“剿贼”，声称有病，数月不进，士兵鼓噪而西。崇祯皇帝为此大发雷霆，下达严旨：
“王忠逮问，左良玉革职，杀贼自赎！”新任兵部尚书杨嗣昌请求逮捕失事诸帅，以肃军令，对于朱由检的严旨急下，起了重要的作用。
杨嗣昌，字文弱，湖广武陵人，万历年间进士。在任兵部尚书之前，并没有给人留下特别深的印象。其父杨鹤因招抚农民军失败被逮，杨嗣昌三疏请求代父死罪，崇祯皇帝有所感动，赦免杨嗣昌一死。崇祯七年（1634年），拜兵部右侍郎兼右佥都御史，总督宣府、大同、山西军务。以父亲杨鹤去世，回家守制；再守母丧久居不出。崇祯九年（1636年）十月，即起为兵部尚书，至此似无多少战功可述。不过，崇祯皇帝大胆拨擢，充分倚信杨嗣昌不是没有理由的。
杨嗣昌头脑冷静，思路敏捷开阔，常有独到之见。他为人机警，能言善辩，而且具有一种强烈负责意识。还在五省总督陈奇瑜主剿农民军时，他目睹中原饥馑，“群盗蜂起”，即建议开金银铜矿场，以分散啸聚的民众。后又六次上疏朝廷，力陈边疆事宜，部署方略，才气横溢。崇祯帝见疏如见人，深以为他是一位不可多得的人才。兵部尚书张凤翼畏罪自杀
