第三节 改土归流
一、改土归流的历史背景
土司制度发展到15世纪末16世纪初，由于各地土司长期在一地自恃雄长，世有其土，世有其民，世有其政，在各自的辖区内独断专横，成为称霸一方的统治者，权力欲不断膨胀，生活上日渐骄奢，因而对境内的土民在政治上实行残暴压迫，经济上采取残酷掠夺，强暴恣横，为所欲为，充分暴露出土司制度的腐朽性和反动性：
（一）肆虐土民
土司利用土民的人身依附关系，暴虐淫纵，作威作福。“土司杀人，不请旨，亲死不丁忧。”蓝鼎元对贵州土司的残暴淫虐有过深刻的揭露：“苗民受土司荼毒更极，可怜无官民礼，而有万世奴仆之势，子女财帛，总非本人所自有……土民一人犯罪，土司缚而杀之，其被杀者之族，尚当敛银以奉土司六十两、四十两不等，最少亦二十四两，名曰玷刀银。”有的地方曾改土归流，但“土司辇赂关税，又复改还土属，丁壮举家屠戮，妻、子没卖为奴，其他土部不得不吞声饮泣、忍受摧残”。土司还将土民当牲畜看待，动辄将土民买卖、转让或赠送。李心衡说四川土司“其有规避徭役，不遵土司饬遣者，例最严酷，籍没其家，将其人并家属分卖各部落为奴”。又如唐崖土司覃鼎夫人田氏在游玩峨眉山时，将随身带去的百余名婢女，若家奴一样，沿途择配，随意送人。土司生活糜烂，宴会有女歌舞，“官舍下乡，令民间妇女歌舞侑觞”。甚至有的土民结婚土司还要享受初夜权。土司还私设公堂，严刑摧残土民更是司空见惯，“有事控于本官，本官或判不公，负冤者惟私向老土官墓上痛哭，虽有流官辖土司，不敢上诉也”。其刑法重罪者皆斩，其余刑法有宫刑、断指、割耳，即土司所谓的“盖奸者宫，盗者斩，慢客及失期会者割耳，窃物者断指”。土民往往冤屈受此酷刑，且无处申诉，或有上诉者，土司必派人中途追杀之，因此土民只好忍气吞声，受其践踏。
（二）在经济上加强对土民的剥削
即超经济的强制掠夺到明末清初已经发展到极为严重的地步，土司肆意苛索土民亦为常事。土司往往借口向中央王朝缴纳钱粮（差发银）鱼肉土民，如乌撒土司按规定只向王朝缴纳钱粮不足300余两，而土司取于土民者却百倍，“一年一小派，三年一大派，小派计钱，大派计两”。土民所输丁粮较汉民的多出10倍。土司利用身为辖区内最高土地所有者的身份，将土地划分为庄田和份地（劳役田）强迫领种份地的土民（农奴）无偿为上司耕种庄田，同时土民还要为土司提供各种杂役。
（三）土司之间和土司内部仇杀侵扰
各个土司之间往往因为争夺土地、人口、财产，经常混战仇杀，“一世结仇，几世不休”，破坏了生产的发展和人民生活的安定。
土司制度的这些腐朽落后性，已经成为严重阻碍生产力发展的桎梏，引起土司统治区内广大人民群众的不满和愤怒，因而各族人民对土司的统治进行了强烈的反抗，土司制度在各族人民不断反抗斗争冲击下已经摇摇欲坠了。
清朝改土归流的全面正式实行是在康熙二十年（1681年）平定三藩之乱以后，但从清朝政府的主观条件看，当时的统治者从明代以来的播州杨应龙叛乱、永宁奢崇明叛乱、水西安邦彦叛乱到清初的“三藩之乱”，看到了土司势力对王朝统一、国家政权的巨大威胁，因此早就有意解决土司问题。康熙初年小范围的改土归流与平定吴三桂以后，对要否实行土司制度的争议，都是这种意图的具体表现，只是当时各方面条件尚不成熟而将此问题暂且搁置，仍旧采用了土司制度。此后，经过康熙数十年的大力经营，到雍正年间，政权巩固，经济发展，国力强盛，形成所谓“盛世”时期，中央王朝已有了解决土司问题的足够力量。由于土司世官其土，世有其民，故对境内人民实行政治压迫、经济掠夺。更有一些土司专横不法，为所欲为：一是暴虐淫纵，作威作福；二是私占横征，肆意苛索；三是扩充武力，专事劫杀；四是土司内部与土司间征战不已；五是抗命朝廷。由此可见，废除土司制度已成为一种历史的必然。
改土归流是一场具有进步意义的社会变革，它废除了落后的封建领主制度和奴隶占有制，有力地推动了社会迅速发展，为地主经济开辟道路，也为封建文化的传播打开了方便之门，是顺乎历史潮流的政治措施。所以，李世愉认为，改土归流的历史进步性表现在三个方面：第一，促进了国家的统一，边防的巩固；第二，促进了西南地区封建经济的发展；第三，促进了西南地区文化教育事业的发展。改土归流能否实现，主要取决于当时当地的经济和政治条件。一般说来，在交通便利，商品经济活跃，地主经济有所发展的地方，作为土司制度建立的基础已遭到破坏，改土归流比较顺利。倘若周围已经改流的土司成为一个孤岛，即令经济条件有所不足，但在大势所趋的情况下，政治、军事压力亦可摧毁土司统治。但是，在经济极端落后，土司势力根深蒂固，政治、军事力量有所不及的地方，改流是很难奏效的。因此乌江流域的改土归流，并不是一次完成，而是有先有后，前后经历了三个多世纪。
乌江流域的改土归流，开始于明初，完成于清代雍正年间。最早的一次是明洪武十八年（1385年）罢普定土府，自此以后层出不穷。明代有三次大规模的改土归流：第一次是永乐十一年（1413年）革除思州、思南两个宣慰司，第二次是万历二十九年（1601年）平播州杨应龙而废播州宣慰司及紧随其后的平定“奢（崇明）安（邦彦）之乱”，废除水东宋氏土司。第三次是顺治、康熙、雍正三朝的改土归流。从此之后，乌江流域的土司名存实亡。
二、明代的改土归流
《黔记》卷五十六谓：“环贵州而居者，国初有四宣慰：安、宋、田、杨，皆豪族也。”元末至正二年（1362年）镇远知州田茂安，“分割思州宣慰司地献明玉珍”大夏政权，创设思南道都元帅府，思州地遂分为二。洪武五年（1372年）置思州、思南两个宣慰司，隶湖广布政司。两思之地自古为交通孔道，乌江穿其境北入长江。
明永乐年间，思州宣慰使田琛与思南宣慰使田宗鼎叔侄二人为争夺沙坑，“数相攻杀”，“所过，残害其民”。永乐十一年（1413年）二月，永乐帝以“思南、思州之民苦田氏久矣”为由，决定“灭以为府治”。废除思州、思南两宣慰司，以思州府地分设思州、新化、黎平、石阡4府，以思男南宣慰司地分设思南、镇远、铜仁、乌罗4府。这是全国最早一次改土归流。明王朝以强大兵力取围而不攻之势，迫使相互争斗的两大土司就范，兵不血刃地瓦解了两大土司的统治。虽就其地只设8府，实行流官统治，但原两大土司下属之长官司仍被保留下来，分别隶属于各府。在乌江流域的长官司有石阡府属的石阡、苗民、龙泉坪、葛彩葛商4长官司，思南府属的水德江、思印江、沿河�溪、郎溪、蛮夷5长官司，乌罗府辖的乌罗长官司，镇远府辖的施秉、偏桥2长官司。
明万历十四年（1586年）因贵竹长官所辖“皆流寓子孙，与夷民不同”，遂连同平伐长官司一起改设新贵县。
在乌江流域土司中，中央王朝改流用时最长、死人最多的是播州土司和水西土司。
播州东通思南，西接泸州，北走綦江，南脱贵竹，“万山一水，抱距萦回”，“民悍而财富”。有娄山，扼其西北，有乌江绝其东南，有天险之称。万历元年（1573年）杨应龙袭宣慰司职。适逢神宗大兴官室，杨应龙以土产楠杉巨木百数十根进献，每根值银数千，得升都指挥使职衔。后又统万兵助官军镇压邛部彝族人民反抗而立功。杨应龙日渐坐大，骄横残暴，滥杀属民。宣慰司所属田、张、袁、卢、潭、罗、吴等7姓民及真州、余庆、白泥、容山、重安等5土司不堪其势，上诉重庆府。四川巡抚李化龙以调杨应龙“防御松潘”为由，疏请暂免勘罪。“五司”及“七姓名”转诉贵州抚按，四川抚按遂捕杨应龙关押重庆拟处大辟。恰逢倭寇入侵朝鲜，明王朝征兵援朝。杨应龙闻讯，表示愿“起兵征倭自续”，遂得释。万历二十二年（1594年）四川巡抚王继先奏请讨伐杨应龙，杨应龙表示降顺，以4万金献朝廷作采木之用，并交次子杨可栋为人质留重庆。换取朝廷从轻发落：免死，革职，以其长子杨朝栋代职。不久，杨朝栋死于重庆，杨应龙恼恨，拥兵带僧千余取尸招魂。此时，杨应龙极力作军事部署，与朝廷作对。朝廷命李化龙总督四川、湖广、贵州三省军务，万历二十八年（1600年）正月，官军誓师重庆演武场，二月分兵8路攻杨应龙。由于官军长期围攻，至当年六月六日破海龙囤。杨应龙自焚，杨朝栋被俘，官军入囤肆意争抢财物，播州土司被削平。
平播之役，明朝相继动用陕、甘、浙、滇、川、黔、湖广7布政司官土军共30万，又运夫30万，耗饷800余万，为时一年。战争中播州兵被杀22000千余人，被俘7000余人。经杨应龙之乱及平播之役，播州人民生命财产惨遭损失，“仅存者十之一二耳，遗去田地多无主人”。平播后，朝廷废除播州宣慰司，以其地设遵义、平越2府。万历四十年（1612年）金筑安抚司金大章乞讨改土为流，建广顺州，以包一明为首任州判，届贵阳府管辖。
明朝末年，统治已日益腐朽，全国民不聊生。乌江流域中上游4大土司仅存水西宣慰司。水西宣慰司势力强大，贵州巡按史永安说：“黔中土司，莫大于水西。向累以征调，曾效忠勤”。水西与四川永宁、乌撒和云南的乌蒙、沾益毗邻，处于川、滇、黔三省交界地。这一带的土司均为彝族，相互世为姻亲，《明史・土司传》谓：“乌撒与永宁、乌蒙、沾益、水西诸土官，境土相连，世戚亲厚。”
万历四十四年（1616年）水西宣慰使安尧医卒，其子安位承袭。安位年仅10岁，未知政事，由其母舍社辉摄事，实权则由安位之叔、水西宣慰同知安邦彦掌握。天启元年（1621年）九月，永宁宣抚使奢崇明起兵反明自称梁王，率兵2万沿长江下重庆至内江，进围成都102天。安邦彦趁奢崇明起兵北上之机，于天启二年（1622年）二月“挟位应之”，自称“罗甸王”，统数万士兵渡六广河东向贵阳。在贵阳官兵毫无戒备的情况之下，于二月初七日清晨，“数万兵数万仲苗”，以“铁骑金戈”之势骤至贵阳城下，“环五门外山头”安营扎寨。时城内仅有守军5000余人，后虽有援军8000入城，共计不过13000余人。孤城被困，粮草断绝，从七月中旬起，“兵食益少，力益疲”；入冬后，士兵或战死或饿毙，所剩不足千人。后来贵阳四境入城避难居民40万，在被围300日贵阳围解后，城内官民幸存者不过200余人，城头街巷摆着装有煮熟待食的人头、人股及四肢，遍地是血衣血裤绣鞋汗巾。城内粮断人食人，城外积粮堆如山。
王三善解贵阳城围后，乘胜追击。天启三年（1623年）命副总兵刘超领兵5万由陆广河进，总兵张彦芳领兵6万自鸭池河入。安邦彦、奢崇明、安效良合力堵截官军，陆广一路，官军战死者4万余。鸭池一路，官军亦大败，被迫退保威清卫。后来双方暂处于相持阶段。不久，王三善领兵3万余人再次发起攻击，斩杀水西兵1万8千人，进驻大定城达三月之久。因粮尽，被迫于天启四年（1624年）撤离。行至内庄（在今黔西县境）中伏，王三善坠马被杀，同行之监军道、同知、副将、守备等文武官员百余人战死。出现“黔师大溃黔事大危”的局面。安邦彦势力复盛，于天启六年（1626年）三月率万人渡鸭池河与官军对阵。官军因数月无饷，战前纷纷散逃。水西兵前锋直抵贵阳城北之老鸦关，官军处于守势。崇祯二年（1629年）八月，安邦彦与奢崇明合兵攻永宁，兵败被杀。不久水西宣慰使安位乞降，历时7年的安邦彦事件平定。
乌江流域总督杨述中，将杨应龙事件与安邦彦事件对比评述：“征播时，土司用命，曾调酉阳、石柱、天全、镇雄等十六司，得其一臂之力。今之土司，每有狐兔之悲，暗中佐敌。”安邦彦事件，充分暴露出明王朝的日益腐败、没落，少数民族地方统治集团势力的崛起和乌江流域各民族对明王朝腐朽统治的不满。
明代对几大土司实行改土归流，都是由于土司不听朝令或反对朝廷所引起的，是对不驯服土司在事平后的具体处置，并未因一些土司的反乱而导致朝廷对土司制度的怀疑及对土司的否定，甚至对挑起事端造成重大损失的安邦彦反乱事平之后，无论朝野，主张对水西实行改土归流者并不多。
改土归流是封建中央集权与地方分权斗争的过程，即《明实录》所云：“昔以土司世世相袭，而今流官矣；昔以土司雄长一方，而今丞薄矣。”
三、清代改土归流
清统治者在政治上，为了削除地方割据势力，稳定地方，巩固专制主义的中央集权；在军事上，为了争取战略要地，进而控制西南地区，巩固国防；在经济上，为了从西南各省获得更多的利益；在思想文化上，为了以汉族的传统观念影响西南各民族，达到“以汉化夷”，更好地控制西南各民族而采取了改土归流的措施。在一定意义上，清朝中央政府改土归流的目的，就是要使西南少数民族地区同内地一样，无条件地置于自己的统治之下，实现“大一统”。在这种思想支配下，乌江流域与西南地区其他地方一样，在清代也被迫进行改土归流。清代在乌江流域的改土归流始于吴三桂作平西王之时侯。
吴三桂乍领云贵，清廷见西南事平而欲削减其军。吴三桂则用激叛土司的办法以维持和扩充实力。首先是向朝廷禀报，水西宣慰使安坤谋叛，奏请兵剿水西。康熙四年（1665年）十一月，在“吴王剿水西”、并废除水西宣慰司及乌撒土府之后，以水西地设黔西、平远、大定3府，以乌撒地设威宁府。在“吴王剿水西”历时近3年的战争中，夷民死者总计不下10万，至于被焚毁之村寨、被戮掠之无辜无计其数。
康熙平定三藩、统一台湾，粉碎噶尔丹叛乱后，清王朝国力增强，政治鼎盛，封建政治统一形势迅速发展。继之而起的雍正在此基础上，采纳云贵总督鄂尔泰的建议，将“改土归流”作为既定政策大规模地予以推行。
雍正四年（1726年）鄂尔泰任云贵总督时，在《改土归流疏》中说，“为剪除夷官，清查田土，以增赋税，以靖地方”就必须进行改土归流。经过数年的大屠杀，于雍正八年（1730年）控制了苗疆，鄂尔泰得封襄勒伯，入廷为大学士。清王朝在以暴力开发苗疆后，乘势相继对乌江流域的一些小土司进行肢解或废除。至雍正十三年（1735年）乌江流域的改土归流已基本结束。
乌江下游的酉阳、石柱二土司，作为清代土家族六大宣慰司中的两个，其改流时间在土家族诸土司改流中属于较晚者。
清顺治十四年（1657年）随着清军吴三桂对重庆的占领，属于重庆卫的酉阳与石柱二土司相继归附清朝。同治《酉阳直隶州总志》卷10云：“顺治十五年，酉阳等）五土官始率众归诚，仍授原职。”酉阳土司归附的同时，其属下邑梅、石耶、地坝及平茶四长官司，也随之归附。《清史稿・土司志》载：“雍正十二年，土司（冉）元龄因事革职，以其地改设酉阳直隶州。”同治《酉阳直隶州总志》卷14引《四川通志》则云：“酉阳宣慰使冉元龄老病，以庶子广恒冒嫡长子请袭土司，性又贪暴，土民愿内属。四川巡抚鄂昌奏请改土归流，廷议从之，时雍正十三年也。”酉阳土司的改流设置，同治《酉阳直隶州总志》卷1沿革云：“雍正十二年迁土司于黔江，以地隶黔彭军民厅。十三年，于司治设县，尚未授官。乾隆元年，厅废，乃升县为州，直隶四川省，领秀山、黔江、彭水三县。”据此可知，酉阳土司于雍正十二年裁除。原酉阳宣慰司所属邑梅、平茶、石耶、地坝四长官司，《清史稿・土司志》谓“均于乾隆元年改流”。光绪《秀山县志》卷1载：雍正中，西南土夷先后改流，酉阳不烦一兵而服，于是平茶长官杨正栾、邑梅长官杨再相、石耶长官杨再镇、地坝副长官杨胜均，各献土请置吏。乾隆元年，析酉阳东南境来益之地，置县曰“秀山”，取境内高秀山为名。最初罢酉阳土官时，议并四洞地置酉阳县，立黔彭厅于彭水，以县隶之。不久，厅废，置酉阳直隶州，秀山为首治之。
石柱土司的投清比酉阳土司稍晚，时间在顺治十六年（1659年）道光《补辑石�厅新志》卷7土司志载：顺治十六年，“王师平蜀”，马万年率众投诚，上缴前明印敕，清廷颁印敕如前，仍治石柱土司事。石柱土司是土家族宣慰司中改流最晚的。据《清史稿・土司志》载，清乾隆二十一年（1756年）以夔州府分驻云安厂同知移驻石�。清乾隆二十五年（1760年）设石�直隶厅，改土宣慰使为土通判世职，不理民事，石�宣慰土司的改流在乾隆二十五年。关于石柱土司改流具体情况，据道光《补辑石�厅志・土司志》，可分三个阶段：先是乾隆十九年土司马孔昭的革职，其叔光仁任事；次是光仁复行革职，以云安厂同知理土司事；再次是乾隆二十五年改宣慰司为直隶厅，改宣慰使为土通判，完成改流。石柱宣慰司改土归流后，仍授予马氏土通判世职，俟马孔昭生子承袭。后马孔昭无子而卒，乃以马光仁子马图昭袭。自此，土通判一职，马氏世代相传，直至20世纪的40年代末（1946年）
四、改土归流的影响
改土归流就是在政治上除去土司的世袭制，在经济上取消奴隶制和封建领主制的残余，这就是说，改土归流是土司统治地区各民族政治、经济制度上的一种变革，对各民族地区社会政治、经济、文化有着较大影响，归纳起来其影响有4个方面：
第一，有利于统一多民族国家的巩固和发展。改土归流消除了各地土司分散割据的封闭局面，各土司地区完全纳入了中央王朝的直接管辖之下，交通道路的畅通，加强了各民族地区人民之间的来往。湖北施南地区则是“商贾多江西、湖南之人”，“川、鄂、湘交界各族人民互通有无，密切交往，湖广、四川、江西、陕西、江、浙、闽、粤的商人和官吏皆来湖北，有的还定居下来，形成了一个多民族汇合的地区”。土司被废除后，清政府可以对原土司统治下的人民进行户籍清查，登记编册，转到清政府的直接控制之下，并将原土司的庄奴释放为自由农民，原来的那种依附关系不存在了，成为清政府的直接编民，这对缓和社会矛盾，促进生产的发展起了一定的作用，也就有利于多民族统一国家的发展和巩固。
第二，革除了一些旧制陋规。改土归流过程中清政府对土司地区一些旧制陋规作了一些改革。首先是革除土司的苛派和特权剥削，诸如“火坑钱”、“锄头钱”、“烟户钱”、“年岁钱”、“鞋脚钱”、“修衙门钱”、“破收银”等一律予以革除。然后税收由清政府统一管理，按亩进行征收，并在一段时间内“科粮从轻”，减轻了人民的负担，农民的生产积极性有了提高。革除一些土司长期统治造成的流弊，对于改流前土司自定的刑律、私设的公堂一律废除，还禁止土目擅管地方，禁止仇杀、掠抢人畜和勒索抢掠商人财物等。这些措施有利于地方的安定和发展生产、繁荣商业。革除了某些民族的陋俗，如禁革“骨种之习”。和同族婚姻，还“禁止端公邪术”、“禁乘丧讹诈”、“禁轻生”等。这些措施虽难以被当地各民族所接受，但都有利于各民族的繁荣和发展。
第三，促进了原土司地区社会经济的发展。由于土司的废除，使奴隶制和封建领主制得以彻底瓦解，土民从土司的束缚下解放出来，获得了较多的自由，再加上清政府在改流过程中比较重视恢复和发展生产，土民的生产积极性就高涨起来，结果使改流地区的社会经济有了新的发展。改流后，清政府允许土地自由买卖，鼓励开荒和招农开垦，使大量有主土地得以耕种，大量无主土地得以开垦，耕地面积大幅度增长。改流后，原土司地区的水利建设也有较大的发展，清政府根据各地的不同情况，对以往常造成灾害的江河湖泊进行了治理，并修建许多新的水利工程。鄂西地区“向来刀耕火种，不用灰粪”，因此鹤峰第一任流官知州即教民“积粪和灰”，“多收草粪”，引进铁犁、铁耙、铁镰等，使“高低田地，皆用牛耕”。改流后亦使手工业和商业有了较快的发展。对改流地区清政府鼓励从事多种经营，鄂西地区改流后“女勤于织，户有机声”，木匠、铜匠、裁缝各业俱有；施南府“百工多系本地居民……有精于艺者，或居肆置物”。改流地区商业的繁荣可见一斑。总之，改土归流促进了原土司地区社会经济的发展。
第四，促进了土司地区文化教育的发展。改流前土司往往以“恐土民向学有知，不便于彼之苛政，不许读书”，“向来土官不容夷人应考，恐其入学，与之抗衡”。改流后清政府下令废除“禁部中夷人不许读书”的旧规，提倡在各改流地区广设学校，凡有条件办学的地方，均设立学校和教职，还规定取士名额。为了扩大民间子女入学机会，在施南府设了府学。各县大都设了县学、乡学，实行科举考试。清政府为了笼络人心，还在一些州县专设苗童名额。学校的建立，使许多民族的子弟有机会上学，“文教事兴，人皆向学。不独世家巨室，礼士宾贤，各有家塾，即寒素子弟，亦以诵读为重”。文化教育事业的发展对改流地区各民族社会经济文化的发展有着深远的影响。
五、改土归流的意义和存在的问题
中央王朝废除少数民族地区的土司统治代之以流官统治的改土归流，最早实施于乌江流域，改土归流的任务在明代和清雍正年间以前就已基本完成。明清两朝对土司或武力威逼与和平招抚，或采取不同借口裁废土司，或集中力量打击强大不法土司。在改土归流的历史进程中，明清统治阶级采取的措施主要有：一是对革除土司的处理，清政府只是对个别罪恶昭著而又抗拒朝廷的土司处以重刑，而对绝大部分土司基本上采取了怀柔政策；二是慎重选用流官；三是查田编赋，实行保甲制度；四是对各种旧制陋规的禁革；五是对乌江流域少数民族地区既经略又开发。
明、清两代对众多的大小土司实行改土归流，实质上是封建地主制对封建领主制的斗争和中央集权对地方分权的斗争。嘉靖《贵州通志》谓，“土流之兼设”，“乃至势隔而不通，法泥而难行”。改土归流的基本实现，意味着封建地主制对封建领主制的基本胜利和中央集权对地方分权的基本胜利。改土归流有利于统一多民族国家对封建政治的巩固和发展，促进乌江流域传统封闭社会的被突破、瓦解，加深内地汉族先进的经济文化对乌江流域民族经济文化的影响，加快乌江流域社会历史发展进程，推动乌江流域民族地区社会发展的全面进步。
当然，我们也应当清楚地看到，在改土归流过程中存在着不少问题：
首先是改流中的残杀无辜问题。正如江应�认为，在改流的准备阶段中，鄂尔泰、张广泗等人在一些地区的改流，大量杀戮，继之以武力驱逐，强迫改流，给人民带来死亡，生产遭受破坏，民族关系。特别是清朝官兵以残杀无辜来建立和维护统治，迫使各族人民共同起义反抗。
其次是民族同化问题。有人认为改流中清政府对各族人民的军事镇压激化民族矛盾，破坏了社会生产力，改流后统治者加重对少数民族的压迫与剥削，严重阻碍了西南民族社会经济的发展；或认为改流取消了少数民族的自治权；还有人提出，改土归流是一种强迫民族同化，不仅具有封建性，而且具有极大的反动性。欧阳熙认为，雍正朝在改流过程中，对顽固土司进行军事围剿，焚烧村寨，殃及无辜；对归诚的土司，强迫“其土民悉令椎发，男妇依照内地饰服”，这些都是严重错误的，实际上带有民族同化的性质。
最后是改土归流的不彻底问题。正是由于改土归流是一种武力征服和不彻底的改革，因此，改土归流不可能解决阶级社会的根本矛盾，也不可能真正处理好民族间的矛盾和纠纷。
土司制度发展到15世纪末16世纪初，由于各地土司长期在一地自恃雄长，世有其土，世有其民，世有其政，在各自的辖区内独断专横，成为称霸一方的统治者，权力欲不断膨胀，生活上日渐骄奢，因而对境内的土民在政治上实行残暴压迫，经济上采取残酷掠夺，强暴恣横，为所欲为，充分暴露出土司制度的腐朽性和反动性：
（一）肆虐土民
土司利用土民的人身依附关系，暴虐淫纵，作威作福。“土司杀人，不请旨，亲死不丁忧。”蓝鼎元对贵州土司的残暴淫虐有过深刻的揭露：“苗民受土司荼毒更极，可怜无官民礼，而有万世奴仆之势，子女财帛，总非本人所自有……土民一人犯罪，土司缚而杀之，其被杀者之族，尚当敛银以奉土司六十两、四十两不等，最少亦二十四两，名曰玷刀银。”有的地方曾改土归流，但“土司辇赂关税，又复改还土属，丁壮举家屠戮，妻、子没卖为奴，其他土部不得不吞声饮泣、忍受摧残”。土司还将土民当牲畜看待，动辄将土民买卖、转让或赠送。李心衡说四川土司“其有规避徭役，不遵土司饬遣者，例最严酷，籍没其家，将其人并家属分卖各部落为奴”。又如唐崖土司覃鼎夫人田氏在游玩峨眉山时，将随身带去的百余名婢女，若家奴一样，沿途择配，随意送人。土司生活糜烂，宴会有女歌舞，“官舍下乡，令民间妇女歌舞侑觞”。甚至有的土民结婚土司还要享受初夜权。土司还私设公堂，严刑摧残土民更是司空见惯，“有事控于本官，本官或判不公，负冤者惟私向老土官墓上痛哭，虽有流官辖土司，不敢上诉也”。其刑法重罪者皆斩，其余刑法有宫刑、断指、割耳，即土司所谓的“盖奸者宫，盗者斩，慢客及失期会者割耳，窃物者断指”。土民往往冤屈受此酷刑，且无处申诉，或有上诉者，土司必派人中途追杀之，因此土民只好忍气吞声，受其践踏。
（二）在经济上加强对土民的剥削
即超经济的强制掠夺到明末清初已经发展到极为严重的地步，土司肆意苛索土民亦为常事。土司往往借口向中央王朝缴纳钱粮（差发银）鱼肉土民，如乌撒土司按规定只向王朝缴纳钱粮不足300余两，而土司取于土民者却百倍，“一年一小派，三年一大派，小派计钱，大派计两”。土民所输丁粮较汉民的多出10倍。土司利用身为辖区内最高土地所有者的身份，将土地划分为庄田和份地（劳役田）强迫领种份地的土民（农奴）无偿为上司耕种庄田，同时土民还要为土司提供各种杂役。
（三）土司之间和土司内部仇杀侵扰
各个土司之间往往因为争夺土地、人口、财产，经常混战仇杀，“一世结仇，几世不休”，破坏了生产的发展和人民生活的安定。
土司制度的这些腐朽落后性，已经成为严重阻碍生产力发展的桎梏，引起土司统治区内广大人民群众的不满和愤怒，因而各族人民对土司的统治进行了强烈的反抗，土司制度在各族人民不断反抗斗争冲击下已经摇摇欲坠了。
清朝改土归流的全面正式实行是在康熙二十年（1681年）平定三藩之乱以后，但从清朝政府的主观条件看，当时的统治者从明代以来的播州杨应龙叛乱、永宁奢崇明叛乱、水西安邦彦叛乱到清初的“三藩之乱”，看到了土司势力对王朝统一、国家政权的巨大威胁，因此早就有意解决土司问题。康熙初年小范围的改土归流与平定吴三桂以后，对要否实行土司制度的争议，都是这种意图的具体表现，只是当时各方面条件尚不成熟而将此问题暂且搁置，仍旧采用了土司制度。此后，经过康熙数十年的大力经营，到雍正年间，政权巩固，经济发展，国力强盛，形成所谓“盛世”时期，中央王朝已有了解决土司问题的足够力量。由于土司世官其土，世有其民，故对境内人民实行政治压迫、经济掠夺。更有一些土司专横不法，为所欲为：一是暴虐淫纵，作威作福；二是私占横征，肆意苛索；三是扩充武力，专事劫杀；四是土司内部与土司间征战不已；五是抗命朝廷。由此可见，废除土司制度已成为一种历史的必然。
改土归流是一场具有进步意义的社会变革，它废除了落后的封建领主制度和奴隶占有制，有力地推动了社会迅速发展，为地主经济开辟道路，也为封建文化的传播打开了方便之门，是顺乎历史潮流的政治措施。所以，李世愉认为，改土归流的历史进步性表现在三个方面：第一，促进了国家的统一，边防的巩固；第二，促进了西南地区封建经济的发展；第三，促进了西南地区文化教育事业的发展。改土归流能否实现，主要取决于当时当地的经济和政治条件。一般说来，在交通便利，商品经济活跃，地主经济有所发展的地方，作为土司制度建立的基础已遭到破坏，改土归流比较顺利。倘若周围已经改流的土司成为一个孤岛，即令经济条件有所不足，但在大势所趋的情况下，政治、军事压力亦可摧毁土司统治。但是，在经济极端落后，土司势力根深蒂固，政治、军事力量有所不及的地方，改流是很难奏效的。因此乌江流域的改土归流，并不是一次完成，而是有先有后，前后经历了三个多世纪。
乌江流域的改土归流，开始于明初，完成于清代雍正年间。最早的一次是明洪武十八年（1385年）罢普定土府，自此以后层出不穷。明代有三次大规模的改土归流：第一次是永乐十一年（1413年）革除思州、思南两个宣慰司，第二次是万历二十九年（1601年）平播州杨应龙而废播州宣慰司及紧随其后的平定“奢（崇明）安（邦彦）之乱”，废除水东宋氏土司。第三次是顺治、康熙、雍正三朝的改土归流。从此之后，乌江流域的土司名存实亡。
二、明代的改土归流
《黔记》卷五十六谓：“环贵州而居者，国初有四宣慰：安、宋、田、杨，皆豪族也。”元末至正二年（1362年）镇远知州田茂安，“分割思州宣慰司地献明玉珍”大夏政权，创设思南道都元帅府，思州地遂分为二。洪武五年（1372年）置思州、思南两个宣慰司，隶湖广布政司。两思之地自古为交通孔道，乌江穿其境北入长江。
明永乐年间，思州宣慰使田琛与思南宣慰使田宗鼎叔侄二人为争夺沙坑，“数相攻杀”，“所过，残害其民”。永乐十一年（1413年）二月，永乐帝以“思南、思州之民苦田氏久矣”为由，决定“灭以为府治”。废除思州、思南两宣慰司，以思州府地分设思州、新化、黎平、石阡4府，以思男南宣慰司地分设思南、镇远、铜仁、乌罗4府。这是全国最早一次改土归流。明王朝以强大兵力取围而不攻之势，迫使相互争斗的两大土司就范，兵不血刃地瓦解了两大土司的统治。虽就其地只设8府，实行流官统治，但原两大土司下属之长官司仍被保留下来，分别隶属于各府。在乌江流域的长官司有石阡府属的石阡、苗民、龙泉坪、葛彩葛商4长官司，思南府属的水德江、思印江、沿河�溪、郎溪、蛮夷5长官司，乌罗府辖的乌罗长官司，镇远府辖的施秉、偏桥2长官司。
明万历十四年（1586年）因贵竹长官所辖“皆流寓子孙，与夷民不同”，遂连同平伐长官司一起改设新贵县。
在乌江流域土司中，中央王朝改流用时最长、死人最多的是播州土司和水西土司。
播州东通思南，西接泸州，北走綦江，南脱贵竹，“万山一水，抱距萦回”，“民悍而财富”。有娄山，扼其西北，有乌江绝其东南，有天险之称。万历元年（1573年）杨应龙袭宣慰司职。适逢神宗大兴官室，杨应龙以土产楠杉巨木百数十根进献，每根值银数千，得升都指挥使职衔。后又统万兵助官军镇压邛部彝族人民反抗而立功。杨应龙日渐坐大，骄横残暴，滥杀属民。宣慰司所属田、张、袁、卢、潭、罗、吴等7姓民及真州、余庆、白泥、容山、重安等5土司不堪其势，上诉重庆府。四川巡抚李化龙以调杨应龙“防御松潘”为由，疏请暂免勘罪。“五司”及“七姓名”转诉贵州抚按，四川抚按遂捕杨应龙关押重庆拟处大辟。恰逢倭寇入侵朝鲜，明王朝征兵援朝。杨应龙闻讯，表示愿“起兵征倭自续”，遂得释。万历二十二年（1594年）四川巡抚王继先奏请讨伐杨应龙，杨应龙表示降顺，以4万金献朝廷作采木之用，并交次子杨可栋为人质留重庆。换取朝廷从轻发落：免死，革职，以其长子杨朝栋代职。不久，杨朝栋死于重庆，杨应龙恼恨，拥兵带僧千余取尸招魂。此时，杨应龙极力作军事部署，与朝廷作对。朝廷命李化龙总督四川、湖广、贵州三省军务，万历二十八年（1600年）正月，官军誓师重庆演武场，二月分兵8路攻杨应龙。由于官军长期围攻，至当年六月六日破海龙囤。杨应龙自焚，杨朝栋被俘，官军入囤肆意争抢财物，播州土司被削平。
平播之役，明朝相继动用陕、甘、浙、滇、川、黔、湖广7布政司官土军共30万，又运夫30万，耗饷800余万，为时一年。战争中播州兵被杀22000千余人，被俘7000余人。经杨应龙之乱及平播之役，播州人民生命财产惨遭损失，“仅存者十之一二耳，遗去田地多无主人”。平播后，朝廷废除播州宣慰司，以其地设遵义、平越2府。万历四十年（1612年）金筑安抚司金大章乞讨改土为流，建广顺州，以包一明为首任州判，届贵阳府管辖。
明朝末年，统治已日益腐朽，全国民不聊生。乌江流域中上游4大土司仅存水西宣慰司。水西宣慰司势力强大，贵州巡按史永安说：“黔中土司，莫大于水西。向累以征调，曾效忠勤”。水西与四川永宁、乌撒和云南的乌蒙、沾益毗邻，处于川、滇、黔三省交界地。这一带的土司均为彝族，相互世为姻亲，《明史・土司传》谓：“乌撒与永宁、乌蒙、沾益、水西诸土官，境土相连，世戚亲厚。”
万历四十四年（1616年）水西宣慰使安尧医卒，其子安位承袭。安位年仅10岁，未知政事，由其母舍社辉摄事，实权则由安位之叔、水西宣慰同知安邦彦掌握。天启元年（1621年）九月，永宁宣抚使奢崇明起兵反明自称梁王，率兵2万沿长江下重庆至内江，进围成都102天。安邦彦趁奢崇明起兵北上之机，于天启二年（1622年）二月“挟位应之”，自称“罗甸王”，统数万士兵渡六广河东向贵阳。在贵阳官兵毫无戒备的情况之下，于二月初七日清晨，“数万兵数万仲苗”，以“铁骑金戈”之势骤至贵阳城下，“环五门外山头”安营扎寨。时城内仅有守军5000余人，后虽有援军8000入城，共计不过13000余人。孤城被困，粮草断绝，从七月中旬起，“兵食益少，力益疲”；入冬后，士兵或战死或饿毙，所剩不足千人。后来贵阳四境入城避难居民40万，在被围300日贵阳围解后，城内官民幸存者不过200余人，城头街巷摆着装有煮熟待食的人头、人股及四肢，遍地是血衣血裤绣鞋汗巾。城内粮断人食人，城外积粮堆如山。
王三善解贵阳城围后，乘胜追击。天启三年（1623年）命副总兵刘超领兵5万由陆广河进，总兵张彦芳领兵6万自鸭池河入。安邦彦、奢崇明、安效良合力堵截官军，陆广一路，官军战死者4万余。鸭池一路，官军亦大败，被迫退保威清卫。后来双方暂处于相持阶段。不久，王三善领兵3万余人再次发起攻击，斩杀水西兵1万8千人，进驻大定城达三月之久。因粮尽，被迫于天启四年（1624年）撤离。行至内庄（在今黔西县境）中伏，王三善坠马被杀，同行之监军道、同知、副将、守备等文武官员百余人战死。出现“黔师大溃黔事大危”的局面。安邦彦势力复盛，于天启六年（1626年）三月率万人渡鸭池河与官军对阵。官军因数月无饷，战前纷纷散逃。水西兵前锋直抵贵阳城北之老鸦关，官军处于守势。崇祯二年（1629年）八月，安邦彦与奢崇明合兵攻永宁，兵败被杀。不久水西宣慰使安位乞降，历时7年的安邦彦事件平定。
乌江流域总督杨述中，将杨应龙事件与安邦彦事件对比评述：“征播时，土司用命，曾调酉阳、石柱、天全、镇雄等十六司，得其一臂之力。今之土司，每有狐兔之悲，暗中佐敌。”安邦彦事件，充分暴露出明王朝的日益腐败、没落，少数民族地方统治集团势力的崛起和乌江流域各民族对明王朝腐朽统治的不满。
明代对几大土司实行改土归流，都是由于土司不听朝令或反对朝廷所引起的，是对不驯服土司在事平后的具体处置，并未因一些土司的反乱而导致朝廷对土司制度的怀疑及对土司的否定，甚至对挑起事端造成重大损失的安邦彦反乱事平之后，无论朝野，主张对水西实行改土归流者并不多。
改土归流是封建中央集权与地方分权斗争的过程，即《明实录》所云：“昔以土司世世相袭，而今流官矣；昔以土司雄长一方，而今丞薄矣。”
三、清代改土归流
清统治者在政治上，为了削除地方割据势力，稳定地方，巩固专制主义的中央集权；在军事上，为了争取战略要地，进而控制西南地区，巩固国防；在经济上，为了从西南各省获得更多的利益；在思想文化上，为了以汉族的传统观念影响西南各民族，达到“以汉化夷”，更好地控制西南各民族而采取了改土归流的措施。在一定意义上，清朝中央政府改土归流的目的，就是要使西南少数民族地区同内地一样，无条件地置于自己的统治之下，实现“大一统”。在这种思想支配下，乌江流域与西南地区其他地方一样，在清代也被迫进行改土归流。清代在乌江流域的改土归流始于吴三桂作平西王之时侯。
吴三桂乍领云贵，清廷见西南事平而欲削减其军。吴三桂则用激叛土司的办法以维持和扩充实力。首先是向朝廷禀报，水西宣慰使安坤谋叛，奏请兵剿水西。康熙四年（1665年）十一月，在“吴王剿水西”、并废除水西宣慰司及乌撒土府之后，以水西地设黔西、平远、大定3府，以乌撒地设威宁府。在“吴王剿水西”历时近3年的战争中，夷民死者总计不下10万，至于被焚毁之村寨、被戮掠之无辜无计其数。
康熙平定三藩、统一台湾，粉碎噶尔丹叛乱后，清王朝国力增强，政治鼎盛，封建政治统一形势迅速发展。继之而起的雍正在此基础上，采纳云贵总督鄂尔泰的建议，将“改土归流”作为既定政策大规模地予以推行。
雍正四年（1726年）鄂尔泰任云贵总督时，在《改土归流疏》中说，“为剪除夷官，清查田土，以增赋税，以靖地方”就必须进行改土归流。经过数年的大屠杀，于雍正八年（1730年）控制了苗疆，鄂尔泰得封襄勒伯，入廷为大学士。清王朝在以暴力开发苗疆后，乘势相继对乌江流域的一些小土司进行肢解或废除。至雍正十三年（1735年）乌江流域的改土归流已基本结束。
乌江下游的酉阳、石柱二土司，作为清代土家族六大宣慰司中的两个，其改流时间在土家族诸土司改流中属于较晚者。
清顺治十四年（1657年）随着清军吴三桂对重庆的占领，属于重庆卫的酉阳与石柱二土司相继归附清朝。同治《酉阳直隶州总志》卷10云：“顺治十五年，酉阳等）五土官始率众归诚，仍授原职。”酉阳土司归附的同时，其属下邑梅、石耶、地坝及平茶四长官司，也随之归附。《清史稿・土司志》载：“雍正十二年，土司（冉）元龄因事革职，以其地改设酉阳直隶州。”同治《酉阳直隶州总志》卷14引《四川通志》则云：“酉阳宣慰使冉元龄老病，以庶子广恒冒嫡长子请袭土司，性又贪暴，土民愿内属。四川巡抚鄂昌奏请改土归流，廷议从之，时雍正十三年也。”酉阳土司的改流设置，同治《酉阳直隶州总志》卷1沿革云：“雍正十二年迁土司于黔江，以地隶黔彭军民厅。十三年，于司治设县，尚未授官。乾隆元年，厅废，乃升县为州，直隶四川省，领秀山、黔江、彭水三县。”据此可知，酉阳土司于雍正十二年裁除。原酉阳宣慰司所属邑梅、平茶、石耶、地坝四长官司，《清史稿・土司志》谓“均于乾隆元年改流”。光绪《秀山县志》卷1载：雍正中，西南土夷先后改流，酉阳不烦一兵而服，于是平茶长官杨正栾、邑梅长官杨再相、石耶长官杨再镇、地坝副长官杨胜均，各献土请置吏。乾隆元年，析酉阳东南境来益之地，置县曰“秀山”，取境内高秀山为名。最初罢酉阳土官时，议并四洞地置酉阳县，立黔彭厅于彭水，以县隶之。不久，厅废，置酉阳直隶州，秀山为首治之。
石柱土司的投清比酉阳土司稍晚，时间在顺治十六年（1659年）道光《补辑石�厅新志》卷7土司志载：顺治十六年，“王师平蜀”，马万年率众投诚，上缴前明印敕，清廷颁印敕如前，仍治石柱土司事。石柱土司是土家族宣慰司中改流最晚的。据《清史稿・土司志》载，清乾隆二十一年（1756年）以夔州府分驻云安厂同知移驻石�。清乾隆二十五年（1760年）设石�直隶厅，改土宣慰使为土通判世职，不理民事，石�宣慰土司的改流在乾隆二十五年。关于石柱土司改流具体情况，据道光《补辑石�厅志・土司志》，可分三个阶段：先是乾隆十九年土司马孔昭的革职，其叔光仁任事；次是光仁复行革职，以云安厂同知理土司事；再次是乾隆二十五年改宣慰司为直隶厅，改宣慰使为土通判，完成改流。石柱宣慰司改土归流后，仍授予马氏土通判世职，俟马孔昭生子承袭。后马孔昭无子而卒，乃以马光仁子马图昭袭。自此，土通判一职，马氏世代相传，直至20世纪的40年代末（1946年）
四、改土归流的影响
改土归流就是在政治上除去土司的世袭制，在经济上取消奴隶制和封建领主制的残余，这就是说，改土归流是土司统治地区各民族政治、经济制度上的一种变革，对各民族地区社会政治、经济、文化有着较大影响，归纳起来其影响有4个方面：
第一，有利于统一多民族国家的巩固和发展。改土归流消除了各地土司分散割据的封闭局面，各土司地区完全纳入了中央王朝的直接管辖之下，交通道路的畅通，加强了各民族地区人民之间的来往。湖北施南地区则是“商贾多江西、湖南之人”，“川、鄂、湘交界各族人民互通有无，密切交往，湖广、四川、江西、陕西、江、浙、闽、粤的商人和官吏皆来湖北，有的还定居下来，形成了一个多民族汇合的地区”。土司被废除后，清政府可以对原土司统治下的人民进行户籍清查，登记编册，转到清政府的直接控制之下，并将原土司的庄奴释放为自由农民，原来的那种依附关系不存在了，成为清政府的直接编民，这对缓和社会矛盾，促进生产的发展起了一定的作用，也就有利于多民族统一国家的发展和巩固。
第二，革除了一些旧制陋规。改土归流过程中清政府对土司地区一些旧制陋规作了一些改革。首先是革除土司的苛派和特权剥削，诸如“火坑钱”、“锄头钱”、“烟户钱”、“年岁钱”、“鞋脚钱”、“修衙门钱”、“破收银”等一律予以革除。然后税收由清政府统一管理，按亩进行征收，并在一段时间内“科粮从轻”，减轻了人民的负担，农民的生产积极性有了提高。革除一些土司长期统治造成的流弊，对于改流前土司自定的刑律、私设的公堂一律废除，还禁止土目擅管地方，禁止仇杀、掠抢人畜和勒索抢掠商人财物等。这些措施有利于地方的安定和发展生产、繁荣商业。革除了某些民族的陋俗，如禁革“骨种之习”。和同族婚姻，还“禁止端公邪术”、“禁乘丧讹诈”、“禁轻生”等。这些措施虽难以被当地各民族所接受，但都有利于各民族的繁荣和发展。
第三，促进了原土司地区社会经济的发展。由于土司的废除，使奴隶制和封建领主制得以彻底瓦解，土民从土司的束缚下解放出来，获得了较多的自由，再加上清政府在改流过程中比较重视恢复和发展生产，土民的生产积极性就高涨起来，结果使改流地区的社会经济有了新的发展。改流后，清政府允许土地自由买卖，鼓励开荒和招农开垦，使大量有主土地得以耕种，大量无主土地得以开垦，耕地面积大幅度增长。改流后，原土司地区的水利建设也有较大的发展，清政府根据各地的不同情况，对以往常造成灾害的江河湖泊进行了治理，并修建许多新的水利工程。鄂西地区“向来刀耕火种，不用灰粪”，因此鹤峰第一任流官知州即教民“积粪和灰”，“多收草粪”，引进铁犁、铁耙、铁镰等，使“高低田地，皆用牛耕”。改流后亦使手工业和商业有了较快的发展。对改流地区清政府鼓励从事多种经营，鄂西地区改流后“女勤于织，户有机声”，木匠、铜匠、裁缝各业俱有；施南府“百工多系本地居民……有精于艺者，或居肆置物”。改流地区商业的繁荣可见一斑。总之，改土归流促进了原土司地区社会经济的发展。
第四，促进了土司地区文化教育的发展。改流前土司往往以“恐土民向学有知，不便于彼之苛政，不许读书”，“向来土官不容夷人应考，恐其入学，与之抗衡”。改流后清政府下令废除“禁部中夷人不许读书”的旧规，提倡在各改流地区广设学校，凡有条件办学的地方，均设立学校和教职，还规定取士名额。为了扩大民间子女入学机会，在施南府设了府学。各县大都设了县学、乡学，实行科举考试。清政府为了笼络人心，还在一些州县专设苗童名额。学校的建立，使许多民族的子弟有机会上学，“文教事兴，人皆向学。不独世家巨室，礼士宾贤，各有家塾，即寒素子弟，亦以诵读为重”。文化教育事业的发展对改流地区各民族社会经济文化的发展有着深远的影响。
五、改土归流的意义和存在的问题
中央王朝废除少数民族地区的土司统治代之以流官统治的改土归流，最早实施于乌江流域，改土归流的任务在明代和清雍正年间以前就已基本完成。明清两朝对土司或武力威逼与和平招抚，或采取不同借口裁废土司，或集中力量打击强大不法土司。在改土归流的历史进程中，明清统治阶级采取的措施主要有：一是对革除土司的处理，清政府只是对个别罪恶昭著而又抗拒朝廷的土司处以重刑，而对绝大部分土司基本上采取了怀柔政策；二是慎重选用流官；三是查田编赋，实行保甲制度；四是对各种旧制陋规的禁革；五是对乌江流域少数民族地区既经略又开发。
明、清两代对众多的大小土司实行改土归流，实质上是封建地主制对封建领主制的斗争和中央集权对地方分权的斗争。嘉靖《贵州通志》谓，“土流之兼设”，“乃至势隔而不通，法泥而难行”。改土归流的基本实现，意味着封建地主制对封建领主制的基本胜利和中央集权对地方分权的基本胜利。改土归流有利于统一多民族国家对封建政治的巩固和发展，促进乌江流域传统封闭社会的被突破、瓦解，加深内地汉族先进的经济文化对乌江流域民族经济文化的影响，加快乌江流域社会历史发展进程，推动乌江流域民族地区社会发展的全面进步。
当然，我们也应当清楚地看到，在改土归流过程中存在着不少问题：
首先是改流中的残杀无辜问题。正如江应�认为，在改流的准备阶段中，鄂尔泰、张广泗等人在一些地区的改流，大量杀戮，继之以武力驱逐，强迫改流，给人民带来死亡，生产遭受破坏，民族关系。特别是清朝官兵以残杀无辜来建立和维护统治，迫使各族人民共同起义反抗。
其次是民族同化问题。有人认为改流中清政府对各族人民的军事镇压激化民族矛盾，破坏了社会生产力，改流后统治者加重对少数民族的压迫与剥削，严重阻碍了西南民族社会经济的发展；或认为改流取消了少数民族的自治权；还有人提出，改土归流是一种强迫民族同化，不仅具有封建性，而且具有极大的反动性。欧阳熙认为，雍正朝在改流过程中，对顽固土司进行军事围剿，焚烧村寨，殃及无辜；对归诚的土司，强迫“其土民悉令椎发，男妇依照内地饰服”，这些都是严重错误的，实际上带有民族同化的性质。
最后是改土归流的不彻底问题。正是由于改土归流是一种武力征服和不彻底的改革，因此，改土归流不可能解决阶级社会的根本矛盾，也不可能真正处理好民族间的矛盾和纠纷。
