公元698年,李显回到长安城,重新登上了太子的宝座。这时的上官婉儿眼光又落在了一个很有野心的女人身上――太子妃韦氏。神龙元年(705年),82岁的武则天终于病倒了。宰相张柬之等大臣强拥李显发动政变,冲入玄武门,斩杀了张易之张昌宗兄弟,武则天退位。二月初四,李显恢复了大唐的国号,武周王朝宣告终结。也就在这个时候,上官婉儿正式进入了中宗李显的后宫,成为李显的婕妤,官至三品。不久又进拜为九嫔之一的昭容,代中宗掌诏命。四十出头的上官婉儿,容貌艳丽、举止大方,也是第一次有了归宿,不用再厮混于个个情人之间了。在这之前,她与武三思就有过一场轰轰烈烈的恋爱。武则天没有去世的时候,武三思就开始处处讨好上官婉儿。武三思手里有权又有钱,经常带来一些外地进贡来的稀奇珍宝,抹了蜜似的嘴巴常常逗得她心花怒放。上官婉儿很快坠入了武三思的情网,面对权势显赫对她体贴入微的男子,体验了床笫之欢后,方才懂得人间竟有如此美好的男女情爱,遂与武三思频频幽会于后宫,后来已经成了后宫公开的秘密。为了更方便与武三思苟合,上官婉儿便要求在宫外建立私宅。把母亲沛国夫人接过来同住。每天早朝入宫,晚间无事便回到自己的私宅。后来上官婉儿虽然成为中宗的昭容,但是始终没有忘记武三思。武则天死后,李家天下恢复,武家的势力有所削弱,武三思甚至还有生命危险。于是,上官婉儿将武三思推荐给韦后,并且使武三思的儿子与韦后的女儿安乐公主结成姻亲。有了他们的加入,韦后的势力大增,以至于后来把唐中宗的权力完全架空了。这时的韦后,不但不打击武家的势力,而且还大力压制李氏。最直接的理由就是,韦氏希望自己也能够像当年的武则天那样操纵皇帝和朝政,甚至登上为所欲为的女皇宝座。当然,在其身后有个人功不可没,这个人自然是上官婉儿。上官婉儿在所草诏令中,经常推崇武氏而排抑皇家。朝廷上下眼看韦氏淫乱,武三思专权,当初拥立李显登位的五大臣十分焦急。为了李唐王朝,桓彦范向中宗上书,反对韦后临朝听政,中宗压根儿不买账。然而警觉的韦后发现事情的端倪后,就开始与武三思和上官婉儿商量,相继设计贬杀了张柬之、桓彦范、敬晖、袁恕己和崔玄五大臣。除掉了障碍的韦后更加坚信,上官婉儿将是能够帮助自己达成远大目标的关键人物,而上官婉儿也乐于效命。随着权力越来越大,韦后和武三思都觉得皇太子李重俊是未来的障碍。李重俊年纪渐长,明白了韦后及其一党的企图,便和魏元忠、李多祚等人密商,想要将武三思及上官婉儿等人杀掉。汉初的“清君侧”的政治大戏又一次在唐朝上演。神龙三年(707年)七月的一个夜晚,李重俊率三百多羽林军冲入武三思家中,杀死了武三思父子,他们提出擒拿上官婉儿的要求。太子李重俊声称,只要交出上官婉儿,以前的事情就不再追究了。熟知这场政变目的的上官婉儿为保住自己,对中宗与韦后说:“倘若先将我交出去,太子也不会善罢甘休的,他无非是想一步步逼近,最后想结束的还是皇上与皇后的性命。”她的这番话是把政变的矛盾变成了太子要杀皇上,从而激发唐中宗的恼怒。中宗与韦后对此竟深信不疑,他们一方面听从上官婉儿派兵遣将,一面迅速登上了玄武门城楼据守。在这场政变中,中宗显示出的胆量和气魄也是让人刮目相看的,其实不难想象,中宗亲自向城下的兵将劝降,这一立竿见影的做法就是上官婉儿在背后传授的。太子李重俊见势不妙,转身想逃走,最后被手下所杀。事后,唐中宗把太子的首级献至太庙祭奠武三思父子。