强大的罗马军队很快粉碎了托勒密十三世反叛的力量。军队上下都认为此时的埃及该并为罗马领土了,但是恺撒却出人意料地将埃及的王冠献给了克娄巴特拉,并宣布自己仅仅是在为埃及的王后而战。罗马人对恺撒的转变感到不可思议,死里逃生的埃及臣民对克娄巴特拉感激涕零,宣誓永远忠诚。女王也应该稍稍安心了,埃及没有因为强国发生争权夺位而沦为附属国。相反,因为女王的机智埃及又重新迎来了和平和光明。罗马人把她想象成蛊惑英雄的妖魔,对她的大胆、风流津津乐道。这时,埃及人拥戴克娄巴特拉和她弟弟托勒密十四世共同执政。但她只是托勒密十四世名义上的妻子,实际上克娄巴特拉已经成为埃及女王。
美丽的尼罗河畔,恺撒陪着女王游玩宴饮,他已经深深地陶醉在女王迷人的身姿里了。不久以后克娄巴特拉为恺撒生下了一个儿子,欣喜若狂的恺撒为这个唯一的儿子起名为恺撒里昂。50多岁的恺撒不可能永远活着,想让埃及长久安宁,女王深知不能指望他。于是克娄巴特拉向恺撒提出了一个思虑已久的要求:希望恺撒正式娶她为妻,立恺撒里昂为他唯一的继承人。但这个时候恺撒的妻子还活着,恺撒显得很为难,他请求克娄巴特拉给他时间,让他把一切都处理妥当。罗马内部严峻的局势开始显现出来。为了平定庞培旧部的大规模叛乱并将罗马内部的各派争斗压制下去,恺撒不得不离开女王,踏上回罗马的征途。就这样时隔三年,战功赫赫的恺撒终于成为任期十年的罗马共和国独裁者,这个无冕之王离摘取皇冠仅仅一步之遥。克娄巴特拉应邀去罗马访问,享受了她一生恺撒塑像中从未经历过的殊荣。她端坐在一个巨大的狮身人面像模型上面,由八千名侍从牵引着穿过凯旋门。当恺撒再次见到克娄巴特拉和独生子的时候,不禁喜形于色。她住进了恺撒在罗马郊外的别墅,恺撒经常去那儿看望她。重新回到恺撒身边的克娄巴特拉,为了自己的国家,一心想让恺撒娶她,再让他们的独生子恺撒里昂成为罗马与埃及联合帝国的统治者,最终复兴埃及托勒密王朝!此时的恺撒为了巩固在罗马的地位,进行了一系列改革,有经济和政治方面的,还有文化方面的。但是他日益独裁的举动引起了元老院的不满,若是恺撒成为帝王,那么元老们就没有权力和地位可言了。克娄巴特拉也隐约感觉到了,她提醒恺撒要提高防备,而此时自信的恺撒却没有将之放在心上。公元前44年3月15日,恺撒在元老院会议上被人刺杀――他所谓的“好友”布鲁图在他毫无防备的时候狠狠地刺了他一刀!克娄巴特拉得知这个不幸的消息后,悲痛而沉着地登上地中海的航船,撤离了罗马,扬帆驶回自己的国家。恺撒死后,罗马公众把元老院、议事厅砸了个稀烂,愚蠢的凶手布鲁图被驱逐出境。罗马政局又开始动荡起来,结果是安东尼、李必达、屋大维三巨头控制了罗马的政局。克娄巴特拉从罗马逃亡而归,她输了一局政治豪赌。她的后夫托勒密十四世看见姐姐伤心懊恼,心中相当得意。他觉得没有恺撒撑腰的克娄巴特拉,再也不能拿自己这个“正牌”的国王怎么样了。克娄巴特拉很快就知道了托勒密十四世狂妄的想法,为求自保的她不得不警惕起来。一场杀夫案开场了:她将毒药注入了水果心里面,这样巧妙的设计连替国王品尝食物的侍卫都被蒙骗了过去。不知天高地厚的托勒密十四世因此付出了生命的代价。