卫军实行屯田制度。按规定,边地军丁三分守城,七分屯种;内地军丁二分守城,八分屯种。每个军丁授田一份,由官府供给耕牛、农具和种子,并按份征粮。洪武至永乐年间,全国军屯约有八九十万顷。除大量军屯外,还实行商屯作为补助手段,即按“开中法”,由商人在边地募人垦荒缴粮,以补充军粮。
明中期以后,由于大批屯田被豪右、将校侵占,商屯亦因“开中法”遭破坏而废弛,军卒生活无着而大批逃亡,卫所制逐渐崩溃。正统十四年(1449年)“土木之变”,京军覆没。为保卫京师,朝廷派官四出募兵以应急,大规模推行募兵制,募兵逐渐成为军队主力。大凡战斗力较强的军队都由招募而来,如抗倭名将戚继光之“戚家军”、俞大猷之“俞家军”等。但是,实行募兵制,养兵耗费大,募兵愈众,国库日绌,于是频繁地向民众勒索,激化了阶级矛盾。至明末,募集之兵训练废弛,战斗力转弱,并相继逃亡,终于无法挽救明朝的灭亡。
明初没有募兵制和征兵制,只有世兵制。世兵制的军士编制在卫所中,主要任务有二:一是守卫地方,一是屯田生产。守卫地方城池的称守军,进行屯田生产的称屯军。屯军以屯田生产的收获供给自己也供给守军。整个军队基本上是一个自给自足的武装集团。