在印度河文明消失之后的漫长历史岁月中,由中亚侵入印巴次大陆的雅利安人,一直都是印度河与恒河流域广大地区的当然主人,所以近代的英国学者最早提出,是雅利安人从西北山口入侵后,导致了印度河城市的逐一毁灭。
这种观点的一个典型例证,就是在摩亨佐・达罗城内的一个居址中,发现了13具男女老幼的尸骨,上面都有被刃器伤残过的痕迹,这种暴力事件的发生,很可能就是由于雅利安人攻打摩亨佐・达罗时留下的暴行记录。学者同时还引述雅利安人的古老诗篇《梨俱吠陀》,其中提到雷神因陀罗用水淹没城市,火神阿耆尼烧毁城市,来作为雅利安人是经过惨烈的攻城掠地才成为次大陆主人的旁证。
对此种观点提出异议的人则认为,虽然在公元前1500年以前,就有中亚和西亚各地的移民陆续迁入印巴次大陆,但他们都溶入了印度河文明的整体而成为其中的一分子,当整个印度河流域的哈拉巴文化衰亡之后,雅利安游牧民族的大举入侵才成为事实。也就是说,雅利安白种人攻掠的城镇,不过是印度河衰败城市的残余。
有考古证据表明,印度河文明的大城镇,在湮灭之前,并未发生过普遍的武力冲突现象,虽然在一些遗址,如哈拉巴和摩亨佐・达罗发现过青铜斧、矛、弯刀等武器,但都为数极少,它们仅能说明当时是存在过一些为上层阶级服务的武士,这些卫队并不足以应付大规模的战争。
还有证据表明,印度河城市的衰败是渐变的过程。印度河流域传统的各种地方文化类型,大约从公元前2600年到公元前1900年,逐渐融合成了一个独特的文化系统,就是人们常称的“哈拉巴文化”,它在彩陶、装饰品和宗教物品以及文字符号系统等特征上,都具有以城市为中心的文化统一性,这标志着这一时期印度河城市文明已达到了它的全盛期。此后,印度河城市便进入了政治和经济衰落的时代,与哈拉巴等大城市衰败形成鲜明对比的是,从印度河传统的地区,并延伸到恒河的一些地区,兴起了一些新的城邦,在文化上后者也显现了一些新的地方色彩,而这些城邦的崛起,都是发生在雅利安人的大举入侵之前。
近年来,考古学家和体质人类学家又对印巴次大陆北部、以及中亚地区遗址、墓葬出土的先民遗骨作了研究分析,也认为在公元前1700年以前,上述地区并没有大量新移民入居的证据,而这些地区,也正是后来雅利安人席卷而入的必经之路。
印度河城市的衰亡既然是与白种雅利安人的攻掠无关,这就使人们又想到了一个有关洪水毁灭世界的传说。