在国民党奉行“消极抗日,积极反共”的反动政策时期,国统区甘肃暗无天日,政府大小官吏上下勾结,横征暴敛,人民生活无着。据统计,仅1941年至1943年间,国民党中央政府和甘肃省政府在甘肃境内就发行了总额达一亿多元的五种公债。国民党当局以抗日为名,到处大肆抓兵,1937年至1941年,甘肃全省共征壮丁20余万,“其中效命疆场者,百不及一,而因冻饿病死者,几乎占30%,逃跑者约占10%”,1940年甘肃省政府征粮达270万余石,民间粮食一扫而空,广大人民忍无可忍,人民起义之势,如箭在弦上。
抗战初,八路军驻甘办事处和中共甘肃工委在兰州开展的如火如荼的抗日斗争,深深影响了在兰的民主人士任谦、刘余生、王仲甲、肖焕章等人,为他们后来开展革命活动奠定了基础。
1941年1月,甘肃和兰州进入了异常黑暗的时期。14日,民主人士史鼎新、刘余生、王教五、王新潮、杨可显、许青琪、杨景周、张乾一、刘鸣等九人在兰州市横巷子二号杨可显家中秘密聚会,决定成立西北民主政团,并决定与八路军驻甘办事处密切联系,互相配合,一面反对国民党反动政府的残酷统治,一面为将要开展的抗日游击战做准备。会后,为进一步开发西北、坚持长期抗战、增进人民福利为宗旨,在八路军驻甘办事处工作的赵芝瑞同志为西北民主政团草拟了《西北民主政团十大纲领》。
1942年8月,经王新潮同志安排,西北民主政团在兰州市东关邓宝珊将军寓所召开了第二次会议。出席会议的委员有史鼎新、王教五、王新潮、杨可显、张乾一等五人,王仲甲、安华雄等二人也列席了会议。会议决定尽快在临洮、岷县、武都等甘肃南部地区举行武装起义。1943年1月16日,马福善、马继祖等人在临洮东峪沟伏击了国民党的接兵部队,并在边家湾与进剿的保安第四团吉猛之一中队展开激战。史鼎新闻讯后即派王仲甲、肖焕章等人前往支援,起义遂提前爆发,并公开喊出“官逼民反,不得不反,若要不反,免粮免款”的口号。随即,甘南肋巴佛及皋兰、榆中、陇西、渭源、武山等地贫苦农民先后揭竿而起,起义烈火成燎原之势。
1943年4月王仲甲于皋兰马坡村主持召开了各路首领联系会议,会上统一起义军名称为“甘肃农民抗日义勇军”,统一军事编制,建立了统一的领导核心,会议公推王仲甲为总司令兼第一路司令,马福善为第二路司令,毛克让为第三路司令,杨华如为第四路司令,黄作宾为第五路司令,肖焕章为第六路司令,安华雄为第七路司令,苟登甲为第八路司令,姚登甲为第九路司令,任廷祯为第十路司令,肋巴佛(藏族)为洮岷路藏军司令。
会后,各部依计划行动,安华雄、杨华如等活动于洮沙、皋兰、榆中,王仲甲、马福善、肖焕章、肋巴佛等游击于临潭、岷县、康乐等地,并一度攻占临潭县城,迫令县长徐文英剖腹自杀。此时,起义区域波及二十余县,起义军人数多达十万人,其中仅王仲甲直接率领者亦有五万余人。
此时,声势浩大的武装起义已严重威胁到全省政治、军事的中心兰州。在与兰州相距40余里的西果园发生了战斗,南面的阿干镇和东面的夏官营等处也局势紧张。西兰公路和其他交通干线均告断绝。其时,在兰州市的西北民主政团成员王教五等亦积极策应,分别由王新潮、王教五、魏自愚、陈伯鸿等起草印刷了《甘肃农民抗日义勇军布告》、《甘肃农民抗日义勇军总司令王仲甲告甘肃人民书》和一些标语,街头巷尾到处可见。
声势浩大的农民起义,极大地震撼了国民党反动派。朱绍良、谷正伦等反动集团头目经过一段时间的互相推诿、互相攻讦以至互相控告之后,迫于蒋介石的严令,乃联合用兵。调集正规军七个步兵师、两个骑兵旅、马步芳部三个骑兵团、4个保安团,另出动1个空军中队对起义军合击。另一方面纠结八战区特务头子赵锡光等组成“宣抚团”进行分化瓦解。在强大的军事镇压和政治瓦解下,起义军浴血奋战十几个月,以失败告终。
农民大起义虽然失败了,但它规模浩大,包括有汉、回、藏、东乡、撒拉、保安等民族参加,最多时有10万之众,延续将近一年,在西北各族人民中影响很大。这次起义沉重地打击了国民党在甘肃的统治。在战斗中,起义队伍消灭了大量国民党正规部队,地方保安团被歼二分之一以上,动摇了国民党在甘肃的统治。尽管这次起义失败了,但它迫使国民党甘肃省政府取消了一些苛捐杂税,如“鸡税”、“门捐”、“懒款”等,兵、粮也被迟缓征收。由于当时作为美国战地记者在华活动的白修德的报道,甘南暴动播闻海外。
起义失败后,周恩来同志对起义给予了高度评价:
国民党对甘肃人民在政治上、经济上、军事上搞全面统治和压榨,经济上搞竭泽而渔,政治上搞一党独裁,军事上消灭异己,甘肃人民敢于拿起武器与国民党反动派进行斗争,这是伟大的革命行动。甘南民变虽然失败,但是革命的火种是扑不灭的。