嘉靖三十九年(1560)以后,倭寇由于在浙江受到沉重打击,纷纷南下骚扰福建,北自福宁(今霞浦县),南至漳、泉,沿海千里,几乎处处有倭,局势非常紧张。而福建兵力空虚,无力抗倭,形势十分危急。福建巡抚游震得向京城告急,请求派在浙江抗倭中屡屡建功的戚继光前来帮助抗倭。朝廷同意了,于嘉靖四十一年(1562)七月命戚继光带兵赴福建剿倭。
戚家军在戚继光的带领下,向温州进发,从温州乘船到达平阳,然后从旱路到达福建,一路上纪律严明,秋毫无犯,给久受官兵骚扰的福建人民以良好的印象。当时戚家军已有6000人,战斗力很强,戚继光坚信,凭他的队伍,可以打败任何一支倭寇。他了解到,倭寇在福建有几个大的巢穴,如横屿、牛田、林墩等,便决定主动出击,拿下这些巢穴,以便切断倭寇的后路,最终取得胜利。八月初,戚家军开到宁德,驻扎在那里,准备收复横屿。横屿在宁德县城东北二十余里,是海中的一个小岛,离岸约十里,和大陆隔着一片浅滩。潮来时,一片汪洋;潮退后,都是烂泥。倭寇在岛上安营扎寨,筑起坚固的防御工事,和宁德、福清各地的倭贼互为声援,窜扰沿海州县。由于地势险要,陆军、水师进攻都有困难,因此倭寇据岛三年,明朝官兵无可奈何。这是戚继光入闽碰到的第一个倭巢,他决心攻拔倭寇的这一据点。戚继光拜会了福建巡抚游震得,把自己的作战计划告诉了他。游震得素闻戚继光的大名,对他十分佩服,表示将全力支持戚继光,让他放开手脚抗倭。军队休整几天后,戚继光开始动员收复横屿。
经过一番战前动员和部署,趁海潮退落之际,戚继光命士兵每人背一捆干草,把草铺在烂泥上,摆成鸳鸯阵式,在战鼓声中踏草前进。上岸后,勇士们如猛虎下山,英勇扑向敌人,和倭寇展开了一场激烈的肉搏战。硝烟和尘土弥漫了横屿上空,喊杀声和战鼓声盖过了大海的呼啸。经过三个时辰的激战,岛上倭贼全部被消灭,戚家军救出了被掳男女八百多人,打响了入闽抗倭的第一炮。
攻取横屿之后,戚家军在宁德稍作休整,便向福清挺进。福清县内有倭寇近万人,盘踞在县城以东的上薛、西林、木岭、葛塘、新塘、闻读、牛田等处,巢穴络绎三十余里,附近的百姓惶惶不可终日。戚家军到达福清,百姓奔走相告。戚家军刚进福建,就在宁德打了个大胜仗,百姓们早有耳闻。现在戚家军开了过来,老百姓觉得有盼头了。
牛田是福清县内最大的倭巢,离海很近。如果拿下牛田,可以切断倭寇的入海口,形成关门打狗的局势,也可以给别处的倭寇以威慑。考虑到这些,戚继光决定首先攻打牛田。福清县也有驻军,戚继光把当地驻军的军官和自己手下的将领都请来,一同商量对敌之策。最后,戚继光与众将歃血为盟,宣誓齐心协力攻下牛田。戚家军承担主攻牛田的任务,当地守军承担配合、牵制的任务。戚家军兵分三路:一路由戴冲霄率领,从仓下进攻;一路由戚继光带领,由锦屏山进攻;另一路一部分埋伏在林木岭,防止倭寇偷袭,一部分守住田原岭、上迳等处,切断倭寇归路。九月二十八日,戚继光指挥军队向牛田发起猛攻。牛田倭寇闻讯,列阵出营,战斗迅速展开,杀声震天,倭寇纷纷败退。这时,戴冲霄部队从仓下赶来,堵住倭寇去路。倭寇孤注一掷,拼力杀向戴冲霄部队,试图杀出一条血路,逃入海中。戚家军没给敌人任何可乘之机,倭寇成了笼中困兽。
这一战,戚家军获得了巨大的胜利,基本荡平了福清的倭寇,福清境内安定下来。戚家军举行了盛大的凯旋仪式。他们高唱凯歌,敲着战鼓,抬着战利品,热热闹闹地向县城进发。沿途百姓夹道欢迎,有的把平时家里都很少吃的好东西塞给士兵,戚继光庙士兵深受感动。离城还有几里,就见前方出城迎接的人群,他们以福建巡抚游震得为首,敲锣打鼓,把戚家军迎入城中。这一天,成了福清人民的节日。福清人民十分感激戚家军,他们纷纷写文章,写诗歌颂英勇的军队。戚继光的美名也在福建传扬出去,在福建倭寇中,得了“戚老虎”的称号。
牛田战役后,倭寇们逃到林墩,盘踞起来。戚家军不给敌人以喘息之机,随后追去。林墩在兴化府(今莆田县)城东二十里,这里本来就是倭寇的一大巢穴,大约有4000人在这里盘踞。嘉靖四十一年十月九日,戚家军从福清出发,翌日进入兴化府。这天半夜,戚继光率军披星戴月向林墩进发,而倭寇一无所知。当时明月当空,戚继光怕被敌人哨兵发现,计划失败,令士兵原地休息。月亮落下去,天黑了下来,部队继续行军。林墩倭巢,四周水沟纵横交错,地形极为复杂,由于向导投敌,戚家军被引入非常难走的狭窄小路,东方发白时,才逼近倭巢,而这时倭寇早已发觉,战机早已错过。戚继光下令进攻,战斗开始,倭寇利用有利地形,打得十分顽强。戚家军连夜行军,体力消耗大,再加上地形不利,攻打好久也没攻下。但在戚继光的指挥下,士兵们振作精神,拚死反击。双方短兵相接,展开肉搏战,倭寇有些招架不住,开始溃败。戚家军士气更加高涨,奋力追杀。倭寇们四散而逃,落水淹死的不计其数。倭巢很快攻下,戚继光指挥军队追杀,追到黄石一带,收兵而回。这一仗取得很大的胜利,救出被掠百姓2100多人。戚家军出城时,城里居民没有察觉,直到捷报传来,大家才知道戚家军已经出兵,并且打了胜仗。戚家军凯旋归来,老百姓扶老携幼,出城十里迎接。
牛田和林墩两次胜仗,共歼敌3000名左右,救出百姓3000多人。同时,戚家军伤亡也不少。凯旋进城时,百姓们出城远迎,送上的彩旗和慰问品塞满了街道。戚继光拒绝对他个人的祝贺,说:“士兵们伤亡,我怎么忍心接受庆贺!”他亲自看望伤兵,安慰他们好好养伤,又安排专门人员,做好阵亡将士的抚恤工作。安葬士兵的大墓前,戚继光身着素衣,神情庄重。他眼中含泪,声音呜咽地说:“众位兄弟,你们远来自浙江,为了抗倭大计,和我一起南征北战。你们之中有多少英雄好汉,为杀倭寇耗尽了力,流尽了血。我们戚家军为有你们这样的汉子而骄傲,戚家军的将士忘不了你们,这里的百姓也忘不了你们。我以万分崇敬的心情,以手中这杯薄酒,告慰弟兄们的亡灵。”
戚家军到福建后,转战南北,荡平横屿、牛田、林墩三大倭寇巢穴,圆满完成了援闽任务后遂班师回浙江,进行休整并补充兵员。回浙江不久,因援闽有功,戚继光被升任为分守台州、温州、福州、兴化和福宁中路等处副总兵官,兼管水寨,参将、游击以下的武官都归他调遣。由一人担任横跨浙江、福建五府州的副总兵,历史上也是不多见的。
戚继光还浙后,倭寇高兴地说:“戚老虎去,吾复何惧?”于是,又大肆劫掠福建沿海,于1562年冬攻陷兴化府城,明人绘《倭寇图卷》在城中烧杀奸淫掠夺,无恶不作,盘踞两个多月后才弃城退出,攻陷平海卫(在莆田县东九十里),并以此为巢,四出骚扰。
嘉靖四十二年(1563)一月,戚继光接到援闽诏书。四月,戚继光奉命率领经过补充的戚家军万余人再度入闽剿倭。在平海卫战役中,戚家军正面进攻,另一位抗倭名将——福建总兵俞大猷和广东总兵刘显为两翼,配合出击。倭寇被歼2000多人,平海卫巢穴复亡,兴化城被明军收复,被掳百姓3000多人也得到解救,而戚家军仅阵亡十六人。大捷报京,明世宗甚喜,亲率文武百官至郊庙进行隆重的告谢典礼,以庆贺大捷。戚继光因在这一战役中立了首功,被晋升为总兵官,镇守福建全省及浙江金华、温州二府。
至嘉靖四十三年(1564)春,戚家军全歼福建境内的倭寇。第二年,戚继光挥师南下广东,与俞大猷配合,肃清广东境内的残倭。至此,猖獗二十年的沿海倭寇,经过沿海军民的浴血奋战和戚继光、俞大猷等抗倭将领的共同努力,基本上平定了。