一个衣衫褴褛的植物学家
植物学家写的科普、时评、游记、散文
大凡中国的名人都有推特（Twitter）账户，像xx部发言人华xx、赵xx、《环球时报》的胡总编，还有名流如崔友元、司马南、孔庆东、罗援将军，等等。因为推特在国内被禁，这些人用推特算犯法吧，而且他们必须得翻墙。不知道，这些人用推特算不算双重犯法，还是国家实行“一国两制”的推特政策？
令我特别想写这篇推文的事情，是看到崔友元2月底在他的推特上的一个民调。
崔友元的民调显示，投票的快1万人中，51.1%的人认为新冠病毒是“人造病毒，疏忽遗漏”的结果。喔啊，这个结果吓我一跳！首先，能翻墙用推特的（估计不必翻墙的海外华人中，崔的粉丝不多！）的崔友元的粉丝中，短时间内能有差不多1万人投票，崔友元的粉丝还挺多的；其次，在中国怎么会有这么多人相信，新冠病毒来自人工合成呢？甚至，我的在美国、中国当生物学教授的朋友，也在问我，会不会是武汉病毒所的石正丽他们实验室制造。
新冠病毒在武汉首先爆发，武汉拥有中科院的病毒所，而这个病毒所拥有全中国唯一的最危险的P4病毒实验室，这些因素放在一起，自然有不少人会问，新冠病毒是不是从武汉病毒所制造？是不是从P4实验室逸出？
一时间，石正丽被推到风口浪尖。这里，还有个重要的原因，是他们2015年发表的一篇论文被扒出，这篇论文题为“A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence一个类似SARS的蝙蝠冠状病毒群显示了感染人类的可能性”。在该论文中，他们“制造了一中嵌合病毒（chimeric virus）”；他们的实验表明，这种嵌合病毒能够感染小白鼠的肺。
同为哺乳动物的小白鼠，在医学研究中广泛使用，因为在临床实验之前不能拿人来做实验；一般认为，在小白鼠身上起作用的医学机理，同样适用于人类。
也就是说，他们在实验室制造了一种病毒，而这种病毒很可能可以感染人类。只使得 “新冠病毒是武汉病毒所实验室泄漏”的传闻随之传开。
此间，印度学者在BioRxiv上传未经评审的一篇论文指出，新冠病毒的基因序列上发现艾滋病病毒的基因片段。这篇稿子，尽管很快撤下，给“人工制造说”添了油、加了醋。
面对质疑，2月2日，石正丽通过朋友圈声明：“ 2019新型冠状病毒是大自然给人类的不文明生活习惯的惩罚，我石正丽用我的生命担保，与实验室没有关系。奉劝那些相信并传播不良媒体的谣传的人、相信印度学者不靠谱的所谓“学术分析”的人，闭上你们的臭嘴。同时转发这个打脸的消息：印度学者已经决定撤回这篇预印本文章。”
石正丽“用生命担保的声明”，也平息不了质疑：“石正丽应该拿出科学证据，而不是赌命。”可怜的石教授可能觉得，自己比窦娥还冤，但她没法为自己洗掉冤屈。
这事闹大了，以致于8国27名医学家包括世界卫生组织于2月29日在医学顶级刊物《柳叶刀 The Lancet》上呼吁，支持中国科学家在公共健康方面的研究。但是，说实在，这个呼吁可能也起不了多大作用，因为这些科学家也拿不出证据，证明2015年实验室制造的嵌合病毒跟新冠病毒是什么关系。
3月10号，石正丽再发声：新冠绝非人造 建议去蝙蝠栖息地溯源。还是证明不了什么。
近两个月来，因为对冠状病毒感兴趣，我查看了几乎所有重要的有关文献。我发现，中国科学院武汉病毒研究所的石正丽教授的团队近几年来在冠状病毒研究方面，做出了非常重要的贡献，发过不少高质量的科学论文，尤其是他们于2月3日发在《自然（Nature）》上的那篇论文，首次揭示了中华菊头蝠（Rhinolophus sinicus）身上的病毒（简称“菊头蝠病毒”；RaTG13）是新冠病毒的姐妹群（sister to each other）。这篇论文的结果，迄今仍然是研究新冠病毒起源方面最重要的发现，因为还没发现另一种病毒与新冠病毒的关系更近；虽然那篇论文的研究实际上并不复杂，想法也很简朴。
首先申明，我本人并不认识石正丽教授：想想一个研究植物分类与进化的植物学家，跟一个研究病毒的微生物学家，有交集的机会几乎是零；而且我们还生活、工作在不同的两个国家。所以，我这篇推文的论断，正如我其他所有推文的论断，纯粹是基于科学，不会有半点私心。
好友缪博士、曹博士我们一直在“圣村的故事”群里一直讨论“人工制造说”。他俩都是病毒学家。一直苦于没有他们2015那个嵌合病毒的基因序列，在GenBank上查不到。在缪博士的鼓励下，2月14日，我便分别给那篇论文的第一作者，北卡大学（University of North Carolina at Chapel Hill）的Vineet D. Menachery和同校的通讯作者Ralph S. Baric写信（石正丽只是14名作者中排名第13的非通讯作者）：
“Dear Prof. xxx,
My name is xxx and I am a curator at xxx. I am interested in a phylogeny of Coronaviruses and am wondering if you could share the DNA sequence of the chimeric virus you reported in your 2015 Nature Medicine paper.”
石沉大海，一直没有回音！可以理解，估计这段时间以来，这两位教授也受到不少的质疑，收到不少的骚扰。也许，人家还是瞧不上我这个植物学家。
就在14日，缪博士在谷歌里找到了2015年他们申请的专利的全文，并在群里分享！喔啊，我在专利文本的第30和33页上找到了他们制造的两个嵌合病毒的氨基酸序列。这下就好办了。利用我们的生物分类学知识，建一颗进化树，看嵌合病毒跟新冠病毒的亲缘关系，不就解决问题了？！
建进化树的任务，交给了爱徒，良，他已是系统进化（phylogenetics）这方面世界级的科学家。因为我们想看到嵌合病毒跟新冠病毒间的细微差异（有可能只有细微差异），我们得用DNA序列而不是氨基酸序列。DNA序列的变异更快一些。但是，难题是，我们得把氨基酸序列反向翻译成DNA序列。这不容易也有很大的不确定因素。一段DNA序列只能翻译成固定的一段氨基酸序列，但反过来，就有多重组合，因为同一个氨基酸可以由不同的三个DNA碱基编码。那能否用简并碱基，比如将C或者T标定为Y，将A或C标定成M，等等。良试了一下，行不通：太多的简并碱基会使得有限的数据失去有用信息。
那怎么办呢？最后，我们决定，只能用氨基酸序列建树。先看结果再说。
谢天谢地！2月24日，良把他建的进化树寄给我。一切都清楚了！
良取了66个样的氨基酸序列，包括了新冠病毒、萨斯病毒、实验室制造的嵌合病毒、菊头蝠病毒，还有很多其他的冠状病毒、非冠状病毒。
从这颗进化树上看，实验室制造的嵌合病毒并没有跟新冠病毒聚在一起，跟不用说它们是一样的。我们的研究第一次证明，新冠病毒不是它们2015年制造的那两个嵌合病毒。
那么多国际上的医学家们，包括世界卫生组织和石正丽教授本人，这么久了也没拿出半点证据，证明我们植物分类学家在这里证明的东西。主要原因，我估计懂现代生物分类学（phylogenetic systematics）的医学家太少。我强烈呼吁，面对这么严重的流行病的威胁，医学院应该开设现代生物分类学的课程。跨学科合作，也应该大力提倡，以面对一次又一次的世界危机。
终于为病毒学专家石正丽教授正名！可能她做梦也没想到，为她正名的居然是两位植物学家！希望这篇推文能有幸传到石正丽教授的微信里。说不定将来有机会可以向她讨一杯茶喝？
致谢 良帮助重建了进化树，缪博士提供专利信息。
