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1924年
12月04日上午11点30分左右，孙中山由日本返抵天津。
拜访完张作霖，回到下榻的张园行辕后，出现发烧及肝区疼痛症状，前往诊视的医生以感冒医治，在病情无改善下，随行人员建议孙中山返回北京疗养。
12月31日下午4时，孙中山返抵北京前门车站。
1925年
1月20日住在北京饭店的孙中山，高烧不退，饮食困难，由德国医院派何芬护士负责照护。
孙中山医疗团队中的德国医生，建议其住进东交民巷的德国医院接受治疗，孙中山以「东交民巷是租界，我不去！」为由，予以婉拒。
1月26日下午3点，因病况严重，由担架将孙中山「北京协和医院」，并立即安排手术。
耗时25分钟的手术，由外科主任泰勒医生主刀，发现整个肝脏表面、大网膜和大小肠面上，长满大小不等的黄白色硬结节，腹膜腔的内脏器官，都粘在一起了。
病理学家胡正祥就取出的肝脏组织做病理检查，诊断为「肝癌」。
手术后，孙中山于301号病房休养。
医院为肝癌末期的孙中山施以镭锭治疗，以期减缓癌细胞扩散。同时孙中山亦服用中药。
2月03日 协和医院代院长刘瑞恒医生与克礼医生（德）、泰尔医生（美）一起，将病情真相告诉了孙中山。
2月17日 发出病危通知书。
2月18日 孙中山认为，用镭锭治疗40多个小时后，病况并无起色，且，住院接受西医诊治，却又私自服用中药，是不以诚待人的行为，故，决定出院，入住北京铁狮子胡同5号行辕，接受中医治疗。
2月20日 因病况危急，相关人士推派代表至孙中山病榻，拿出笔记者署名汪精卫，预先拟妥之遗书稿两份，一份是国事，世人熟知的《总理遗训》，一份属家事，均由汪精卫念给卧床的孙中山听。
两份稿子，孙中山都满意，正待签字时，据说，因听闻宋庆龄在门外的哭声，而暂缓搁置。
2月26日 停止服用中药，改回西医治疗
3月11日 孙中山在两份遗嘱上签了字，并亲诉遗言——最后六个字就是「和平、奋斗、救中国」。
3月12日据侍从副官李荣所写《总理病前后》记载：「晨一时，即噤口不能言。四时三十分，仅呼『达龄』一声，六时三十分，又呼『精卫』一声。延至上午九时三十分，一代伟人，魂归天国。」。
孙中山于北京铁狮子胡同5号行辕的西院二进院的正房逝世。
当日遗体即被移至北京协和医院，由该院解剖系外籍讲师Stevenson Pall，依孙中山「保存遗体」的遗愿，负责进行遗体防腐处理。
3月13日由协和医院病理系主任James R.Cash负责遗体解剖，但仅针对病因所在的胸腔和腹腔的器官，进行病理分析，其余器官则由医院焚化炉火化。
孙生前的检查报告，病因是大家所熟知的肝癌；但验尸的结果却是「胆囊腺癌」。
协和医院「病案科」里，编号9954，上面名字写的是「孙逸仙」，内含一张肝脏标本照，两张病理组织切片照片以及共13页的部份英文验尸报告（中国历史博物馆的技术人员曾针对纸张仔细鉴定），报告内容是这样描述的「胆囊管梗塞；肿瘤直接侵犯肝脏及横膈，广泛播散至双肺、腹膜、空肠及结肠肠壁，导致结肠多处狭窄。而且有慢性胆囊炎、胆囊结石，全身动脉中度粥样硬化…」；协和医院于是凭此以认定，孙中山的死因应是「胆囊腺癌晚期、癌细胞广泛移植」
3月15日大殓时，肝脏已浸泡在装有福马林药水的大玻璃瓶里。
3月19日孙中山灵柩移往北京中央公园「社稷坛」（现为中山公园）。
1929年
5月26日孙中山灵柩开始移灵至南京。
5月28～31日举行公祭。
6月01日奉安南京中山陵，其肝脏则仍保存于北京协和医院。
1940年
4月01日蒋介石领导的国民政府明令，尊称孙中山为中华民国国父。（不是中华人民共和国国父，中华人民共和国人民是第一位的，没有国父国母国丈国舅这些称呼）
1941年
12月太平洋战争爆发后，侵华日军占领美国在华资产，进驻美国洛克菲勒基金会于1921年创办的北京协和医院。
1942年
3月02日（可能的日期），日军平井、铃木、松桥宝等三人，到协和医院「病案科」，查看所有中国军政要员的病历后，以「借阅」之名，由医院图书馆人员赵亭范手中，取走了孙中山的临床病历资料。
北京协和医院存放档案的地方有两处，「病理科——存放病理检查与尸检报告」和「病案科——存放病历」。现存编号9954的复印本是验尸报告，最先存放于病理科，后来才归档到病案科。原本孙逸仙的病案袋里，只剩一张署名松桥宝（日本医务官）的借据，相关所有，全部失踪。
至于遗脏，仍留在医院，被日军严密「保护」。
3月20日北平各大报纸发布了一则新闻「侵华日军在协和医院发现了国父孙中山的肝脏标本和相关病理档案。」。
3月25日南京「汪伪政府」的汪精卫，立即派外交部长，同时也是其连襟的褚民谊，到北平与日本驻华日军最高指挥官，陆军大将「冈村宁次」交涉迎回中山先生的遗脏，达成协议。
汪伪政府特别此次行动定名为《总理遗脏进京安放典礼》。
3月27日 褚民谊到北京协和医院，将孙中山的遗脏取出，带往天津。
3月28日 《中华社消息》报导：中国国民党总理孙中山灵脏，由友军根据道藏精神，移交国府后，昨日（二十七日）上午九时，经国府委员兼外交部长褚民谊氏，奉移至津，转道南下…（此处友军指日军，国府指的是汪精卫的国民政府）
中国第二历史档案馆研究院郭必强回忆：当时日本人拍摄了一部影片，音乐是樱花小调，（孙中山肝脏）标本上放的不是中国传统梅花和菊花，而是樱花，迎接官员有日本人，恰恰给这次活动（注上了）另外一个解释。
3月29日 褚民谊抵达南京浦口，汪精卫乘《江绥号》军舰前往迎接，随即共赴中山陵园，将肝脏标本暂时供奉于孙中山的灵榇后面。病理档案、切片和照片等，以「医学研究」名义，获汪精卫同意后，全部转给上海镭锭医院汤齐平医生。
1944年
11月10日汪精卫去世。
汪精卫生前把「南京中山陵管理机构」改组成「国父陵园管理委员会」，拥有管理全权的主委褚民谊，1945年抗战胜利前，秘密地将遗脏移至苏州亲戚家藏放，褚民谊成了掌握孙中山肝脏标本下落的唯一一人。
1945年
10月14日曾接受日本天皇授予一等旭日大绶章、汪伪政权第四号人物的汉奸褚民谊，在广州被军统局诱捕成功。
1946年
4月22日江苏省高等法院刑事第一庭开庭，审判长孙鸿霖宣读《民国35年特字第408号》判决：「被告褚民谊因汉奸案件，经本院检察官起诉，本院判决如下：褚民谊通谋敌国，图谋反抗本国，处死刑。褫夺公权终身。全部财产，除酌留家属必须生活费外，没收！」。
当庭，褚民谊即高喊：「你们不能杀我，我手中藏有国父孙中山的肝脏标本和其他国宝级档案（《孙文学说》及《建国大纲》的底稿），只有赦免我的死罪才能交出来。」。
当初，国民党可是公告天下，总理遗脏经火化，已随遗体入殓了，如今却成为褚民谊用做要胁之物，所以蒋介石相当震怒，令军统局局长毛人凤，派叶翔之和沈醉提审褚民谊后，从其亲戚家中，取回了孙中山的肝脏标本，经医学专家鉴定真实后，带往重庆。
5月22日军统局的郑介民上书蒋介石报告，已从上海协和医院汤齐平医生处，取回肝脏切片。
5月29日，对褚民谊汉奸案，南京最高法院特种刑事案做出「原判决核准」裁决；
6月24日，江苏高等法院亦做出维持死刑原判的裁决。于是，原想以遗脏交换减刑的褚民谊，打错如意算盘，在苏州狮子口第三监狱的刑场被枪决。
1947年后
蒋介石虽然将追回的遗脏，交予「中山陵管理委员会」负责保管，但时值战争期间，战事频频，孙中山的遗脏，不知何故，失了踪影。
有人说，遗脏由孙中山的长子孙科带到了台湾，可是，有什么理由会让孙科要隐瞒呢？
X光片的结局
北京协和医院病案科主任刘爱民回忆，1975年左右，和一群年青人被派去整理医院里陈年的放射科X光片（把片子撤出来送去炼银，封套留下来做病案的封面）。他说：「干着干着，我抽出一张，我会罗马拼音啊，拼出那名字是「孙逸仙」，我叫出来：这是孙中山的片子！大家都别动，千万别动！」；他将共十几张的X光片置于桌上：「但是我那时候二十五六岁，人微言轻，而且当时大家都干疯了。等到后来一找，那些片子都没了。该是混到其他片子一起了，从1921年开始的山一样的放射片子啊，找也没法找」。
悬…疑…！问号塞爆脑袋，相信有许多许多许多人，也是有满脑子的？？？
一、协和医院做完验尸后，保留了孙中山的肝脏，却不告知宋庆龄，为什么？
二、在国民党昭告天下，遗脏已火化，随遗体入敛后，协和医院仍不吭声，行径怪异，为什么？
三、对协和医院的私藏行为，没有任何的批判言论，想不透的奇怪。
四、当遗脏事件爆发后，协和医院没否认制作过肝脏标本，但也从未对大众做解释，媒体怎不追根究底呢？
五、肝脏标本保存于医院多年，被日军发现，经报纸报导，外界始得知遗脏尚在的真相，很奇怪，天大的大事，经手遗脏处理与归档的相关人等，怎会没人向外界报料？
悬…疑…！可有水落石出的一天？也许是一个永世的世纪之谜。
