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阎颜之争:大部分人都忽视了这个事实

(2022-11-10 05:30:48) 下一个

这个事实就是:单从蛋白质结晶体X光衍射数据解析出来的蛋白质3维结构是静态模型,无法推导出动态的功能机制。

阎润涛文章(Cell,1993;PNAS,1995,92:5973)描述了他们用氨基酸点突变进行半胱氨酸扫描实验的结果,发现TM7片段中260-282位置的氨基酸在喇叭口“开”与“关”的过程中起重要作用。

 

 

颜宁的Nature文章(Nature 2014,510:121)主体有六个部分:

  1. Structure determination of GLUT1
  2. Implications for ligand binding
  3. Mapping of disease-related mutations
  4. Critical role of the ICH domain
  5. The extracellular gate
  6. Discussion

1是颜宁实验室用蛋白质结晶体X光衍射数据解析出的蛋白质3维结构描述

2-5都是在用这个3维结构解释已发表文章中GLUT1蛋白的各种氨基酸突变带来的功能变化。文章中提到TM7片段里Tyr 292, Ser 294 and Thr 295的作用,但是并没有讨论阎的文章中260-282位置氨基酸的作用

6 在1-5基础上总结出一个动态模型

颜文章模型的关键在于TM7片段的“开”与“合”。没有引用阎的文章,如何能够推断出TM7片段在喇叭口的作用?这在逻辑上是非常不合理的。

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老泉 回复 悄悄话 这是2021的有关GLUT1的文章,比小颜的晶体结构分辩率更好,运转机理有更多细节。引了小颜的2012,2014文章。没有引Maloney的任何文章.
Structural comparison of GLUT1 to GLUT3 reveal transport regulation mechanism in sugar porter family
T?nia Filipa Custódio, Peter Aasted Paulsen, Kelly May Frain, View ORCID ProfileBj?rn Panyella Pedersen Correspondence email
Published 3 February 2021. DOI: 10.26508/lsa.202000858
iask 回复 悄悄话 “接下来我讲讲解析蛋白结构的大概流程。首先是需要得到这个蛋白的cDNA序 列,接着选择合适的表达系统表达蛋白,然后是长晶体(这步现在也可以没有 了),拿到晶体就可以送到专门的core去解析了。后续的工作都是由专业人员帮 忙做的,至少在我们这里我们是不需要关注结构是怎么算出来的。相信看到这里 有些人已经明白了,对于不同的蛋白,流程基本是一样的 (1. 蛋白表达纯化;2. 准备电镜Sample; 3. 做电镜;4. 处理数据;5. 发文章),需要改的就是实验 条件,当然膜蛋白会麻烦不少。据我所知(听说啊,并不是百分百确定),在颜 宁和施一公的组里,学生都是流水线作业的,学生只做自己那部分的工作,甚至 都不用读什么文献,只要照着protocol做,不同的蛋白改改条件、不停地试就可 以了,概括起来就是:费那看文献的劲干嘛?直接干不就完了?这样的好处自然 是效率很高,对老板来说是好的,可对于学生而言就不那么好了。因为phd阶段 重点要训练的是critical thinking,需要读很多文献,最终的目标是把学生培 养成independent researcher,而不是熟练的technician。虽然施一公和颜宁都是在资本主义的大本营美国接受的教育,但到自己当了PI之后,还是充分发挥了 社会主义制度集中力量办大事的优越性,集中力量解结构,而不是像很多美国PI 那样,让学生接受全面系统的科学训练。真正的科学家,除了发发paper,另一个更重要的任务,就是要给人类培养新的下一代的科学家。很遗憾,在这方面, 施一公和颜宁基本做到了一将功成万骨枯。 ”

业内人士的评价,方舟子的视频观点也与此类似。 这里懂行的网友对上述的 (1-5) 流程有异议吗? 可别拿专业词汇转着圈忽悠我们这些外行。

转自 https://bbs.wenxuecity.com/rdzn/4164466.html
圆老扁 回复 悄悄话 老阎是小颜的师叔啊,九泉之下的他早该释然了吧?我这外行看来小颜论文里如果真的提了自己的师叔或者导师的导师,就是报一下自己的师门,似乎没啥损失。不知道学术圈的怎么看?
Noahh 回复 悄悄话 开关的机理很普遍,为何非得引用他的?
颜宁的GLU1文章是研究人的蛋白,搞生物的人都知道,那个重要性比别的物种都要高得多,同一水平的人家就能上CNS,别人不能。她的引用文章有一大部分是人类疾病,也就是强调重要性。

研究GLU的人很多,每个物种都有这个蛋白,多你一个不多,少你一个不少。她可以不引用你的文章,除非是行内里程碑的。老闫的文章是细菌的,毕竟不是人的蛋白。
你可以辩解说这一类的结构和功能很类似,那么以下颜宁引用的转运蛋白综述2013“自然结构和分子生物学”权威杂志就已经足够了。


Published: 05 June 2013
This is about the in and the out
Peter J F Henderson & Stephen A Baldwin
Nature Structural & Molecular Biology volume 20, pages654–655 (2013)Cite this article
时不时来看看 回复 悄悄话 这事唯一有关的人是颜宁,其他人按颜宁的话都是“吃瓜的”。颜宁不在乎,大家也没必要在乎了。我也不在乎,不发言了。
时不时来看看 回复 悄悄话 老阎受许多人的尊敬,有一个原因是他能早早地把骗子给区分出来,让大家警惕,小心上当,这是他的仁。颜宁偷他呕心沥血搞出来的成果,就像人贩子偷了自己的孩子在卖,当爹妈的能不一眼就看出来?老阎只想给大家证明那个结果是他的,这必然证明颜宁剽窃,故而写了一系列博文,至于结果如何,他无所谓,仅此而已。
时不时来看看 回复 悄悄话 以我对老阎的了解:他揭露颜宁剽窃这事的目的用两个字是“求是”,用四个字是“事实求是”。他担心颜宁回去做药,骗大家,但他管不着,也不会去管,管骗子是老天爷的事,“出来混迟早要还的”,我也信。
时不时来看看 回复 悄悄话 "润涛阎:颜宁剽窃实锤与中国政府应该调查此案 (2019-07-29 12:11:34)”博文中提到:

有用马甲在网上帮颜宁洗地的建议润涛阎去找《自然》杂志揭发颜宁剽窃一事。我写信了,也给当初在媒体上赞扬颜宁在2014年论文的大教授们写信了。就是问他们颜宁论文里的内容,他们能否帮她找到反驳的理由。如果能找到,告诉我。我还在等回音。

老阎还在等回音吧?
时不时来看看 回复 悄悄话 笑薇前编辑前审稿人:

"我相信,Nature 也是blind review 程序"这个似乎时间上与颜宁发文章的时间有点不符,Nature提供投稿人选盲审似乎是2015年开始的,依据是他们的公开文章,链接在这,https://www.nature.com/articles/518274b

“既然润涛阎提出诉讼,既然Nature 做了调查,一定有结果。”恕我没注意到老阎说过提出诉讼(您指的是法律诉讼还是别的诉讼?),Nature做了调查。请问您在哪里看到老阎这么说的?老阎的博文和答复网友问题都在,如果说过应该还能找到。


五等居民 回复 悄悄话 +100,君均臣诚-从实案例看颜宁“抄袭”,ft 发表评论于 2022-11-10 10:17:11
https://www.6parkbbs.com/index.php?app=index&act=view&cid=4078194

看看上面链接的帖子:从实案例看颜宁“抄袭”。
有谁知道这网站是哪里的?
据内容判断,博主应该是大学教授。
houtou72 回复 悄悄话 再写几句:

“无论如何,颜宁的文章没有引用闫先生在先发表过的文章,对于她自己的研究的论述水平来说,是一个降级别的观点。”

这是我对发生的事件的综合看法,或结论。

颜宁女士如果在她的文章中引用了闫先生的研究文章并予以论述和科研水平上的定位, 那么就是一个完整定位她自己在业界的位置了。那样的话,她的理论水平就更全面更高些。但是她没有引用应该引用的文章是事实。也就失去了给自己的研究成果在科学界定位的完美基础。这个事实很可惜。但这与过程,特别是事后的过程无关。这些在我看来已经是不重要的了。

科学界发表过的文章不都是完美无缺的。即便是超一流的杂志。但这并不影响人们对这些杂志水平的仰视。
笑薇. 回复 悄悄话 回复playnice,

我做过peer reviewer, 也做过editor,我熟悉审阅和出版过程, 所以我问调查结论是什么,怎么会被3个reviewers 通过。如果需要citation 或者 reference 的地方,reviewer会指出,并要求加上。我相信,Nature 也是blind review 程序,除非,3个reviewers 对颜的研究非常熟悉,一读就知道是她的研究报告,否则无从知道作者是谁。我也不认为所有3个reviewers 都故意不指出需要citation 或者reference,让颜女士丢丑。或者故意网开一面,放松一个citation/reference 的要求。

既然润涛阎提出诉讼,既然Nature 做了调查,一定有结果。可是结果是什么呢?润涛阎没说。我不想说,结果并没有favor 诉讼者,因为我不想猜测。为什么润涛阎自己只说他提交了诉讼,而不说调查结果呢?
houtou72 回复 悄悄话 无论如何,颜宁的文章没有引用闫先生在先发表过的文章,对于她自己的研究的论述水平来说,是一个降级别的观点。

事实正是如此:她和施一公的研究成果可以说是先进水平,但绝不是超一流的科学指导性水平。仅仅是沿袭学界的惯性思维的推进:绝不是什么高瞻性的突破性开创成果。她和他更没有也没那个水平达到开创一个全新的研究方向。更不要说有这个水平的研究成果了。

这是我几年前给他和她的结论。至今仍未见到整个业界有在蛋白质结构的科研理论和研究成果有如我提出的如此界定水平的进展出现。

一览众山小:我能下此结论,便有能下此结论的眼界和水平。
雪花漂飘 回复 悄悄话 颜女士科研水平还是蛮高的, 闫先生水平也高,颜女士没用闫先生文章,只有她自己真正清楚原因。另外楼上 碧螺春珍珠奶茶 所言极是。

作为闫先生多年读者,虽然他有时演绎成分多,但的确很好看,也有一些道理。

他博文里写过,闫先生为了妻子及2个宝贝女儿选择帮助妻子经营其实验室,并不是差到只能到妻子实验室打工,他只是在自己事业和家庭之间做了一个自我牺牲的选择,以我人生经验,他是十分伟大的, 至少对家人。 凭他的专业水平回国不会比RAO等差, 他没有个人回国,他选择爱妻子女儿, 在美国陪伴女儿妻子。我向他致敬!

古龙 回复 悄悄话 阎颜之争不是那个领域的专家,谁也说不清。但从颜在当前中国的政治形势下,高调回国,宁肯回去做核酸被隔离,就可以看出她不是什么好鸟。一定是个骗子
BMC 回复 悄悄话 即使退一步来说,老阎对颜宁所有的指责都是事实,颜宁确实是看了他发表在Cell的文章而模仿并设计她的实验,他也不能说颜宁剽窃他的idea. 在科学研究中,剽窃的对象是未公开发表的idea和科研数据。一旦公开发表,它们就是公众财产。只有有商业价值的产品才可以申请专利,才有exclusive的性质。scientists 有权模仿他人公开发表的研究成果而不构成侵权。但模仿他人实验的人在学术界会被同行看不起,这些缺乏原创性的文章即使能发表也是在低档杂志。
Stegy223 回复 悄悄话 我的一点意见.
"解读阎颜之争这一半科学公案的一篇关键文献"
https://blog.wenxuecity.com/myblog/75502/202211/9844.html

TexasIns02 回复 悄悄话 真没必要和这里的一群固执自私的老者们辩论,他们就喜欢在中国城的茶馆里面闲坐的,胡说八道。。。
jty 回复 悄悄话 楼主的问题问到点子上了。基于以下两点,颜宁不需要知道老闫的工作也可以得出她的动态模型: (1)早在1975年就有论文用和老闫相似的逻辑的生化实验数据(虽然没有用基因突变的手段,而是用inhibitors)证明了喇叭口模型构型转换在Glut1的存在。(2)颜宁在2012年在自然杂志上发表过一篇XyIE三维结构的文章。XyIE是Glut在大肠杆菌里的homologue,其晶体的构型和Glut1晶体构型相反(一个朝里一个朝外)。颜宁通过对这两个蛋白的结构进行比较就可以推断出TM7在两种构型里和TM1怎样互动。当然,不需要不等于没有做。
北美_原乡人 回复 悄悄话 老阎当年与小颜连篇累牍的争辩时候,我跟了两句。第一句说好男不跟女斗!第二句说你要有那么多的时间和精力,早就可以写出搞出超过她的研究了。

无论有人怎么判断、怎么争辩,必须看到学术界科学界理论界至今为止任何人都没有办法推翻,都没有办法否定小颜的结果。实践的结果才是检验真理的唯一标准和最后标准。这个世界只看重结果,不注重过程。结果、结果、还是结果。有的人无论过程如何,所做的一连串的结果都是好的,都是对科学对人类有贡献的, 都得到了社会和国家很高的声望和报酬。少数人开始做出了好的结果,但接下去的十几年,几十年一事无成,去干其他的了,或者去当网络写手、写小说去了。这如同华大基因副总裁尹烨总结人生所说的,就算你是个B,往南就是NB,往北就是SB。每个人自己的格局最终决定了自己的选择,也决定了自己的命运。所以, 面对事情的结果,说什么、说再多也没有什么用。
红米2015 回复 悄悄话 ft 发表评论于 2022-11-10 10:17:11
https://www.6parkbbs.com/index.php?app=index&act=view&cid=4078194

看看上面链接的帖子:从实案例看颜宁“抄袭”。
有谁知道这网站是哪里的?
据内容判断,博主应该是大学教授。


哇,连爱因斯坦的原创性都敢质疑。
蓝天白云915LQB 回复 悄悄话 一个著名医学院的教授,文学城热门博主,居然说润涛阎是写文章的,就这个认知,就下结论说:文学城第一博主润涛阎可能冤枉颜宁。请问:一个写文章的,居然能在世界级的科学杂志以第一作者发表科学研究论文,可能吗?

润涛阎是一个只要做一件事,就一定把它做到极致的人,他在做这个蛋白研究的时候,是花了很多心血,可惜的是,他没有继续做到底,所以,这样重大的发现,为别人做了嫁衣裳。

所以,没有专业知识的人,没有资格贬低润涛阎,润涛阎在激怒以后,直接就指责颜宁抄袭,实锤欺骗,因为他能拿出有力证据,颜宁和施一公没有半句申辩,象她们这样的公众人物,有权有势,岂能忍受如此大辱?
zl8y 回复 悄悄话 只要在学术界工作过,投稿审稿做过主编的都会了解,文章作者负全责对内容和道德的准确全面性,包括引用。主编和审稿即使是专家,也不会了解到每一篇文章,尤其是主编会自由分给审核任务, 很多因素决定那一刻分给谁,绝对不可能确保是那个特别领域的#1, 知道所有的每个学术观点。杂志只是一个提供同行平台各舒己见的地方,不会介入争纷中, 除非是被证明的剽窃和荒谬。杂志建议润涛阎备注他的问询,这就已经表明了杂志的立场。除非撤稿,杂志会保持中立。对于以发的文章,只要有一些新的贡献,杂志就会中立,不会轻易撤稿。
ft 回复 悄悄话 https://www.6parkbbs.com/index.php?app=index&act=view&cid=4078194

看看上面链接的帖子:从实案例看颜宁“抄袭”。
有谁知道这网站是哪里的?
据内容判断,博主应该是大学教授。
山乡不仕老了 回复 悄悄话 楼主是内行。
山乡不仕老了 回复 悄悄话 学术界这样的事情不少。回想一下DNA双螺旋结构的发现吧。
Wtp003 回复 悄悄话 其实简单的事实是颜在阎的成果上有针对性的高效率地
出了和阎结论一致的成果(当然进一步),但没给阎credit.连文献都不提。
花名鸭仔 回复 悄悄话 阎喜欢绕这样的弯子, 咋解释都行, 可科学不是这么回事, 必须直接, 客观。

”我记得阎先生提到过一个比喻,颜的工作只是看到码头站立的人,不能确定此人是从船上走下来,还是要上船过河。阎先生的工作是一个动态分析的试验方法。谢谢博主!“
二胡一刀 回复 悄悄话 科学上面有时候就是想到和没想到的区别,老阎想到了。颜宁也许看过他的文章也许没看过,死无对证,只能如此了。
playnice 回复 悄悄话 对同行评审的期望值太高了。在学术界的都知道这是怎么回事。

笑薇. 发表评论于 2022-11-10 06:57:46
那么,是怎么通过审稿人的? 润涛严给编辑部写了信,编辑部也做了调查。做出什么调查结论?
lostman 回复 悄悄话 颜宁要不是侮辱老阎的人格,老阎也不会跟她较劲。颜宁自以为老阎不在原来的领域,她企图凭借自己的名声来诋毁老阎,竟然说老阎要碰她的瓷,真是颠倒黑白
回首前尘 回复 悄悄话 因为绝大多数人其实都不懂阎颜之争的学术根据。结构生物学是一个狭窄的范围,内行人真的很少
FollowNature 回复 悄悄话 本人不懂结构生物学,但想信阎润涛的质疑一定有道理。 颜的碰瓷之说,实在太傲慢。
碧螺春珍珠奶茶 回复 悄悄话 不懂学术方面 但凭颜宁对润涛阎提出质疑的那种态度 就看低了这位名人几分 至少风度很差 不过世界上就是这种人吃得开 跟杨振宁似的 怎么都是恰到好处 对自己最划算 润涛阎有权力提出质疑 也有权力在文学城发表文章 如果颜觉得是诽谤 美国是法治国度 尽管起诉就好 她没这么干就说明问题了
笑薇. 回复 悄悄话 那么,是怎么通过审稿人的? 润涛严给编辑部写了信,编辑部也做了调查。做出什么调查结论?
葫芦岛 回复 悄悄话 我记得阎先生提到过一个比喻,颜的工作只是看到码头站立的人,不能确定此人是从船上走下来,还是要上船过河。阎先生的工作是一个动态分析的试验方法。谢谢博主!
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