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阎颜之争风云再起

(2019-07-10 06:33:55) 下一个

阎颜的事闹了大半个月,  阎关了博客,我以为这事就过去了。 阎回城接着发文,我们也不再追究, 没想到老阎旧事重提,又讨论了一天。 在这里把讨论结果再总结一下, 以正视听。

1。一个月前我存档了当时的总结。 阎颜之争的总结。  里面的内容不变。即阎不是喇叭口模型的首创。首创是Jardetzky.  并解释了诸如50年第一等的诸多误会与颜的躺枪。

2。 阎也不是第一个用该模型解释并用实验验证糖转运蛋白机理的, 见下面这篇1973年的论文. 里面的图一就是喇叭口. 而从1966到阎文得20多年, 到2012的近50年间, 可以推想,有众多科学家发表了几十,上百,甚至上千篇有关论文. 这一篇应该只是沧海一粟. 这里要特别给学数学或物理的特别解释一下. 生物模型的验证通常是这种一个文章一毫米地往前蹭,  几十年不断补充机理的步骤与细节. 。  不象定理一样一篇文章证完了完事。    所以阎的论文对机理贡献也是沧海一粟。   并且与颜文丛时间到内容上都差得很远。

An Explanation of the Asymmetric Binding of Sugars to the Human Erythrocyte Sugar-Transport Systems

3. 颜2012年着重讲晶体结构,没有过多讨论机理,所以没有引用1966. 2014年有了2012年的基础,加上其他实验室跟进的结果, 阐释了机理所以引用了1966, 并且阎特别注意的2014图5人家明确说这是Alternate Accessing Model. 颜2015年的论文对机理进一步阐述, 特别是人体糖蛋白特殊的机理有了更加深入的认识,把对机理的理解向前推进了一大步。 根本就不是阎用间接手段研究了12个跨膜区其中一个的几个关键位点所能比的。 

4. 颜的视频. 我昨天特别复习了颜的这个视频. 颜在介绍背景时说"We know that...." 我们知道葡萄糖转运是Alternate Accessing Model. 就跟我们知道转运蛋白有12个跨膜区一样,是背景知识. 并说我们的研究 "reviewed the model", 在后来总结自己的研究的贡献时说, "Update the model". 颜这里的英文用的不是很地道,我不在这里追究,但意思很清楚--基础模型是Alternate Accessing Model. 这是背景. 没有把模型的发现权据为己有.

https://www.youtube.com/watch?v=6PMg-0bwiTI&t=760s
 


最后总结一句话,象凡人说的, 阎欠颜一个道歉。
 

         

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阅读 ()评论 (31)
评论
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 :
其实,没受过实证科学训练的对待政治的态度对待科学问题并不奇怪。 有著名科学家,对待科学都用对待政治的态度。 Merchants of Doubt举了很多例子。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '雨女' 的评论 :

忘了说一句:欢迎光临:)
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '雨女' 的评论 :

如果是我,看了Pao 的综述后,甚至看了阎的题目和摘要是不会看原文的。 一来年代久远, 二来不同家族。(综述本身就年代久远, 光这一篇综述里就引了91篇)要做出成绩得prioritize。

说实话,我不知道颜看了没有, 我觉得这个问题不重要。 因为看了也没有引的必要, 有更多的更新更相关的文章。

雨女 回复 悄悄话 我也来问狐狸一个相同的问题。你觉得颜宁读了老阎的论文了吗?烦人和我一样。认为颜宁极有可能读到了。烦人说:一个好的科学家会把领域的重要文章和相关论文都会读。那么你认为呢?你认为颜宁读了吗?
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 :

同意。 

再小得意一下, 转个他人的赞美。。。


时不时来看看 2019-07-11 13:53:22

对2014图5如此清楚,您让我觉得是颜宁在用您的这个ID在发帖。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '老泉' 的评论 :

非常感谢提供文献:)
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :

颜宁的三篇没有做没有ICH蛋白转运葡萄糖的机理。 颜宁是根据结构中ICH与蛋白其他部分的强化学键的作用推测关门是常态。 这里有很多结构里残基与残基之间, 残基与底物之间的化学作用。 严格说,这是推测,有待以后证实。 科学就是这么一个脚印一个脚印向前走的。

====================================================================================
颜宁没做没有ICH蛋白转运葡萄糖的机理吗?颜宁用的结晶后的照相,如何确定的这个ICH就是转运葡萄糖的开关呢?如何确定的的动态开关呢?
老泉 回复 悄悄话 你这里讨论的有关小颜的结果是老阎文章没法涉及的,因为老阎没有结晶结构,老阎定了一个residual, 那也是前人已经指出的之一。下列92一文对此有描述(包括动态机理基本描述)。详细机理仍未定,因为小颜只确定一个构象状态的晶体结构,推断了另外构象状态的结果(她的类似结构研究),还有一构象结构待定。谁也不能说己破解其动态机理。
下面1992文对GLUT1-5,有关假设,结果, 动态机理有很好总结 ,具体提到TM7,3,5,8,11上的亲水基与葡萄糖结合机理。
FYI
1992 Mike M. Mueckler有关GLUCOSE ABSORPTION文章,描述动态机理. 他的文章与小颜研究体糸相同。

ScientifiC America (January 1, 1992). How Cells Absorb Glucose. David E. James, Gustav E. Lienhard, Jan W. Slot and Mike M. Mueckler
时不时来看看 回复 悄悄话 > 这一点,你是不可能在其他文章里找到的。 特别是阎文,因为他的蛋白没有这个ICH。 他也没把机理叙述到这么详细。 到底他的蛋白是怎么操作的, 是否有其他的结构起到了门闩的作用,还是不用门闩? 平时是象颜蛋白那样关着还是不一样,平时是开着的或者是半开半闭的, 我还没有看到有发现。

抱歉。颜宁没做没有ICH蛋白转运葡萄糖的机理吗?颜宁用的结晶后的照相,如何确定的这个ICH就是转运葡萄糖的开关呢?如何确定的的动态开关呢?

谢谢。我不再问了,您几年后再回来看看您对我问题的回答能不能自己满意。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :

基本模型都符合1966经典。 这是不变的。 颜的在机理上的“创新”是对机理更深入详细地阐述。

这里牵涉很多细节--只能略述其一。

ICH是门闩。 平时是把门关起来。 葡萄糖“敲门“后,门闩打开, 再把葡萄糖放进来。 等葡萄糖进入细胞后, 门自动关闭,门闩扣上。

这一点,你是不可能在其他文章里找到的。 特别是阎文,因为他的蛋白没有这个ICH。 他也没把机理叙述到这么详细。 到底他的蛋白是怎么操作的, 是否有其他的结构起到了门闩的作用,还是不用门闩? 平时是象颜蛋白那样关着还是不一样,平时是开着的或者是半开半闭的, 我还没有看到有发现。 这些都是可以收到颜文启示去研究的。
时不时来看看 回复 悄悄话 谢谢!恕我对颜文没读完整,最后一小问:

>对ICH功能的阐述也是颜的创新,

这个ICH的新功能是否会或者已经引起对葡萄糖输送进细胞膜的机理不同于颜蛋白呢?这个不同在颜宁文章中有直接证据与结论吗?或者推测的有吗?
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :
补充一点,ICH是颜蛋白中的一小段,不是整个蛋白。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :

谢谢你的问题与态度

两个问题其实是同一个问题。 阎颜的蛋白属不同的家族。 其中一个重要的区别就是颜蛋白有ICH. 对ICH功能的阐述也是颜的创新, “超越”经典的地方。。

还有一点必须强调, 这些其他优秀科学家有了晶体结构也可以推出来。小颜高于“所有人”的地方仍是结晶了人体糖蛋白, “50年第一”。 最出色创新的地方不一定是最性感的地方。
时不时来看看 回复 悄悄话 谢谢!再浪费您时间问最后2个方面问题,就不再打扰了。

> 颜的ICH 阎蛋白根本就没有

意思是ICH也转运葡萄糖?且与阎蛋白转运葡萄糖进细胞膜的机理不一样?

那颜宁的机理与1966模型是完全一样的呢?还是有所创新呢? 创新是什么呢?
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 '时不时来看看' 的评论 :
每个人都认为自己是中立的。

你这个问题我早已回答好多遍了。 阎没有自己的模型。 同期其他文章也有类似或更好的示意图。 综述里对他的贡献只提topology , 并阐述了别人对机理的贡献。可以看出阎对机理没有突出的贡献。

1966是alternating access model是绝对不会错的。 这点吃瓜的不用再争了。。
说两个模型一样也是不准确的。 颜的ICH 阎蛋白根本就没有。
时不时来看看 回复 悄悄话 SwiperTheFox 博主:

我已经说了吃瓜到此,但看了您后续的回复,我还是到宝地留几句吧。

先说个稍跑题的:Nature/Cell的审稿者是编辑邀请的,如果您已经被邀请过评审这个专题的文章,说明您在这个领域是够格的,您是有能力写好对这两篇已发表文章的评论的;反之,请您三思。

问题的关键,我已经问过您了,再重复一遍:老阎认为葡萄糖转运进细胞膜的机理是相同的,只有一个,是他发现的。请注意问题的提法,即葡萄糖从细胞膜一侧到另一侧的机理.颜宁也“阐述”了葡萄糖转运进细胞膜的机理,这个“阐述”是从依从的说法。明显是说同一个问题吧?那么问题来了:颜宁的机理是不是老阎的机理?

当然,或许您并不认为这个问题就是关键,即使如此,要回避它似乎是不太可能的。这只是我不再吃瓜的看法,相信是中立的吧。
lostman 回复 悄悄话 关于颜宁2个不实,1,她不是美女,2,她的英语确实太一般了,比较稚嫩的中国口音,当然这是她学术之外的事,她可能没有足够的精力改善英语,不知道闫润涛的口语如何,想看看他们PK一下
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 :

其实我也不想再在这上面花时间了,阎及阎粉继续在阎的博客散布错误的言论。。实在是忍不住。 我尽量克制吧, 谢谢提醒。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'yangcen' 的评论 :

再举一例阎的错误: 只有两家阎/颜用试验证明了载体动态模型。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2802108/pdf/nihms156903.pdf
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 :

译得真好,多谢啦!
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'yangcen' 的评论 :

嘿嘿. 科学上理论不过只好攻击别人的英语. 人家是做生命科学,不是社会科学好伐?

2. 骚扰别人的说被骚扰的态度不好. 阎及粉丝的态度是提问吗? 而且连文章都没仔细看,基本的知识都没有,难道不应该先补补课再提问吗?

3。 阎回城后不再揪着这事不放,我也懒得再理。 有很多别的课题要关注,这个热度还是少别蹭的好。
yangcen 回复 悄悄话

看了这视频,这英语也能到普林斯顿做教授? 还有润涛阎提出疑问,居然以润涛阎碰瓷来回击,也让人见识了清华牛人的水平。

老阎当然可以提出疑问。至于对不对那是另外一回事。。
这事被你们一帮人追着声讨,只能说你们是在蹭热度。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 :

实在没时间这么耗下去,先简单回答几句:

1。我没拉黑阎,我都不知道技术上怎么操作。

2. 关于美国教授评价颜的我是跟一个叫“哭比笑好”的ID讨论的。 怎么变成了阎? 而且我说的是一个教授,怎么变成了三个?

3。阎现在承认他的模型是离子泵一样的机理了,当初颜给他1966模型时他可不是这么说的。。

阎在这里的原话: 直到我们发明了新的方法在活体蛋白中证明了葡萄糖载体也遵循着离子泵的机理

他在 颜博士的回应一文里可是这么说的:

葡萄糖载体membrane carrier变成membrane pump 了?这不是橘子跟苹果比,而是橘子跟核桃比了。
Nekono_88 回复 悄悄话 怕你看不到,帮你转贴过来,供你进一步声讨批判。
润涛阎:
回复 'SwiperTheFox' 的评论 :

你拉黑了我,却来我这里评论。

你如何spin也改变不了以下事实:

1. 在这个地球上,只有两家阎/颜用试验证明了载体动态模型。

2. 颜承认了在她引用的27参考文献里的假设:所有的载体都是同一个机理。也就是说,不论用拿个载体,证明了其动态机理,就是通用的载体动态机理。这就堵死了你以前说的阎与颜研究的载体不是同一蛋白。而事实上,二者是同一家族的载体。

3. 颜在2012年的论文里就没推理出工作模型(动态模型、机理模型,叫法不同),而在2014年同样的方法同一载体的同系物就推理出了工作模型。刚好我老板死于2013年。

4. 你反复给我看的链接,是国内媒体的报道,有三位美国教授对颜宁2014年论文的评价。而你找不到这三位教授的英文评论来源。等于是三位教授私下里跟颜宁谈的?根据西方的文化,私下里的言论不能作为公开的评价。大家都搜索不到这三位美国教授的英文评论。你一直用这三位教授的评价挺颜贬阎,可你连这三位教授讲的出处都找不到。

5. 你总拿1966年钠离子泵说事。我跟你讲过多次了,分子载体是否遵循钠离子泵的机理,一直是假说。有两个系统一直被认为都是遵循离子通道机理:一个是葡萄糖载体系列,一个是CFTR。发现CFTR不是离子泵机理的是在1992年《细胞》发表的论文,震惊了整个膜蛋白领域。直到我们发明了新的方法在活体蛋白中证明了葡萄糖载体也遵循着离子泵的机理。你说什么其他人一直在研究葡萄糖载体的机理,你找到了哪家发表过葡萄糖载体机理模型的论文?完整的一套科学试验证明葡萄糖载体的机理模型是我们首先发表在《细胞》、《美国科学院院报》上的。

6.颜宁的图5跟我们的图6是一回事,而她没给出参考文献。她在图5的解释是:根据我们的资料和已发表过的生化资料,我们提出该葡萄糖载体的工作模型”,她没给出她参考了谁的生化资料?谁发表过葡萄糖载体的机理模型?

你的意思是她没说她首先搞出了葡萄糖工作模型,可她的图5就是啊。她又没给出她参考了谁的生化资料,那不就等于图5就是她自己的结论了?她越是只提1966年离子泵的模型,她越是暗示从1966年到她这里,葡萄糖载体的研究等于空白,只不过有点“生化资料”而已。而事实上,detailed topological model早就搞出来了。这评价是权威葡萄糖载体专家的综述所说。你从不提这样的综述,反复讲的就是那三位美国教授的评价,可你找不到那三位教授的评价英文来源。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 :

承蒙厚爱, 多谢:)
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