牛顿有两部不朽的伟作，第一部是《数学原理》，1687年出版。17年后出版了第二部大作《光学》。
《数学原理》第三卷，卷名是〈世界的系统〉，其最后一段只有四页多长，名为〈总附注〉（General Scholium）。虽然称为附注，却是他这本书《自然哲学的数学原理》的最后结论。
牛顿在〈总附注〉里说：“ 太阳、行星、慧星，组成的这个最美丽的系统，只能是由一位有智慧、有权能的上帝计划支配之下，才会发生。若其它的恒星，也是其它相同系统的中心，这些也都是出于上帝的心意，也是在他的管理之下。……”
“ 在物质世界中，我们看见物体的体积、色彩，我们听见声音，我们摸到物体的外表，我们嗅到气味，我们尝到滋味。但对这些物体的本质，我们没有办法借著我们的 感觉，或者借著思想的探讨得以知道。同样，我们不是更无法知道上帝的本质吗？我们所得以知道的，是从上帝奇妙造物的匠意及最后之因而来的。”
在他另一部名著《光学》，第三卷第一节第29题下，牛顿写了更多有关上帝的思想，这些思想是与他的科学思想不能分开的，他说：“ 若是一切的物质都是上帝造的，我们还要在别的地方，去找世界的来源，或假定自然定律会叫世界从一片混乱中产生出来，这是不合乎科学的。”
他又说：“由此看来，我们借著自然哲学得知‘第一因’（这是指上帝而言），也知道上帝对人类掌握著何等的能力，那么我们从自然界的亮光中，也就知道了人类对他的本分，和人类彼此的关系。”
有人说，宗教是因人对自然规律无知，才会产生。
为什么其它动物没有宗教信仰呢？
因为只有人是按照上帝的形象造的（《创世记》1:27）
有上帝形象的“ 人”才可能思索宇宙的规律性，及其来源。是吗？
阅读圣经，会更明白这些自然规律背后的创造者是谁。
爱因斯坦（Albert Einstein）说：“ 科学无宗教是跛子，宗教无科学是瞎子。”
汤姆生（E. Thomson）说：“ 科学是宇宙定律的地图；宇宙定律是宇宙能力的渠道；宇宙能力是宇宙至高心灵的表达。”
美国地质学家林契（John Joseph Lynch）说：“ 自然律深藏在地层中；鼓励人研究自然律，可进而引导他认识自然律的作者。”
