所有的生物表现，都是基因控制的结果，有的基因表达，有的不表达，所以有基因型和表现型，过去遗传上是显性和隐性。或者说是这些基因在某种条件下表达，在另外的条件下不表达。
杂-交就是把一个或几个优良品质的不知道是什么基因，不管是显性和隐性，通过杂-交技术整合到一个作物里。因为需要作物种植之后才能表现出来，过程复杂，周期长，工作量大，而且相对来说是盲目的，所以可能动不动就是几十年，甚至还不一定有好结果。
转基因是清楚地知道哪个基因有什么特点，是不是在作物里表达等等，然后通过一系列实验室操作，做出转基因作物，然后在做田间实验，可能几年就会出结果，而且结果可以预测。
虽然现在杂-交技术还在使用，但是，很快就会被淘汰的。将来的所有育种技术，都会是转基因。
袁隆平关于杂-交不是转基因的说法，其实就是白马非马论。下面是网友转载的袁隆平关于采访的原文：
但中国国内质疑-杂交稻实为转基因水稻的声音不绝于耳。
“我们杂交稻不是转基因，完全不同。”袁隆平斩钉截铁地回应。
他解释称，杂-交水稻是一种常规技术，是把两个遗传性不同，但是优良性状，特性能够互补的（品种）杂交。比如说，有一个穗子很大，但是籽粒很小（很多），但另外一个品种，籽粒很大，这样杂-交起来，这个杂-种就有优势：又多又大。
他也表示，杂-种优势是生物界小到细菌，大到人类的普遍现象。
这里，他说的杂交技术是一项常规技术，实际上就是原始的，传统的或者粗糙的意思。而转基因技术，是现代化的或者精准的杂交新技术。因为发现杂-种优势的时候，基因技术还不够发达，人类还没有认识到基因的重要性，还不知道是什么基因控制穗子大，什么基因控制籽粒小。现在已经完全清楚了，就可以通过转基因技术进行操作了。
杂-种优势在所有生物里都存在，那为什么是这样呢？因为所有的生物的外在表现，都是基因控制的结果，目的是为了后代更好地适应外界各种各样的环境。所以无性繁殖不如有性繁殖更先进，因为有性繁殖可以把两个个体的基因整合到一起，形成杂-种优势，让那些适应当时条件的基因表达，不适应的不表达，有利于后代的进化和适应环境。如果有些基因在当时的条件下长期不表达，生物有可能把这些基因剔除，而接受一些更适应环境的基因，于是，一个新品种或者亚种就出现了
