第二學年，山豐對自己的研究工作有了很大的困惑，覺得他們在進行一項不可能實現的工作，讓計算機能夠順利的處理自然語言是不可能的，有一陣子很少去實驗室，呆在宿舍，或者去圖書館，記得很清楚，當時完整地看了兩部電視劇《過把癮》和《編輯部的故事》，這都是王朔的作品，情節平常，完全靠語言取勝，對話俏皮和出奇，對接順滑，仿彿大型情景相聲， 透著北京式的洞察世事的智慧，帶著玩世不恭和滿不在乎。更多的時間是把柏楊的《資治通鑒》72冊幾乎通看了一遍。《資治通鑒》山豐接觸多次了，原版文言文讀起來有些困難，其中的大量古代地名、術語、官職等等不明就裡，白話翻譯版大都幹幹巴巴，既缺少原版文言文的文字美，又沒有將現代人需要的背景知識補充進去，而柏楊的大不相同，文中有大量順暢插入的解讀， 比如當時的地名現在所處何地，當時的官職大概與現在何官相當，還有人物之間的暗藏關係等等， 更妙的是柏楊的歷史功底和文字功夫遠勝一般譯者，歷史脈絡梳理更加清晰，文字曉暢嚴謹，不失趣味，不拘泥原文字眼，重在意義和文采的翻譯，沒有大陸學者在長期官壓下形成的僵化、呆板、味同嚼蠟。柏楊的史觀也很合山豐，他注入了自己的想法，甚至感情，山豐也常常有共鳴。
那段時間是山豐在北大最迷茫的時期，山豐懷疑自己該不該上研究生，或者該不該選擇這個方向，山豐其實一直很喜歡文字，但是喜歡閱讀和教計算機理解是完全不同的，山豐覺得這個領域的研究是沒有希望的。但山豐又深切地懷疑自己在企業的實際工作能力，山豐不太能夠安心坐下來腳踏實地地寫一些簡單但繁瑣枯燥的代碼，山豐的內心還是希望完成有挑戰的、帶有開創性質的任務。 那時的山豐處於了典型的「高不成低不就」的兩難困境中。
山豐就這樣一直困惑著進入了研究生三年級，這時候所里和中科院合作開展了一個機器翻譯項目，主導者是中科院計算所的杜鑫。 杜鑫當時碩士畢業不久，也在不斷嘗試，希望打開自己的研究局面。 杜鑫能力很強，特別是程式設計的能力，幾乎編寫了系統需要的所有代碼，北大主要提供各種詞典和規則，特別是把長期研究的《現代語言信息詞典》實用化，山豐主要參與了規則這部分工作。 他們在吳湛的組織下，很快給出了一套規則。 具體方法是，先找來一批句子，然後分頭完成每個句子的句法分析，並標註出來，然後用程式從中提取出句法規則。 這個方法與山豐最初的想法完全不同，山豐本來以為會組織大家閱讀整理《現代漢語語法》這類書籍，然後想辦法把那些規則寫成計算機可以接受的嚴格的形式，但是難度很大，山豐一直在想，看看吳湛或其他人有沒有什麼好的辦法，沒有想到吳湛用了這麼巧妙的方法解決了這個問題。他們把第一版規則提供給杜鑫，很快杜鑫反饋了意見，規則很粗糙，需要補充和精細地調整。 這個任務後來主要由鐘紅鈞和山豐來做，鐘紅鈞比山豐低一級，是中文系的研究生，但是他是跨學科培養的研究生，他也學了很多計算機方面的知識，顯然他是最適合這個工作的人選，山豐後來主要是輔助他。那時，他們天天一起去中科院計算所的實驗室，和杜鑫隨時交流，不斷改進系統，他們對山豐幫助很大，結下了深厚的友誼。
這項工作做著做著，山豐又開始有些喜歡計算語言學的研究了，其實不應該想得太遠太大，不要總去想那些終極的問題，從這種小的事情做起，盡可能地多解決一些問題，才是山豐當時應該有的研究態度和方法。 可是這個時候，已經錯過報考博士的報名了，另外，山豐也確實想到社會上去看看。 山豐那時定下了計劃，先好好完成碩士論文，然後出去工作，再根據碩士論文和工作情況來決定是不是重回學校讀博士。 三年級的第二學期開始不久，山豐就告別杜鑫的團隊，回到北大完成自己的碩士論文，記得特別清楚，最後那天，杜鑫還專門請山豐吃了一頓飯，鐘紅鈞也在一起，飯桌上杜鑫不僅給了一些研究的真知灼見，還給了山豐一個至今採用的選餐館秘訣，「當一條街上餐館很多時，如果不了解情況，就選新開張的店，新店不僅僅環境好，而且為了把名聲打出去，往往做菜很認真。」山豐很感謝他們一直給予的鼓勵和幫助。
山豐的碩士論文題目是《中文句法規則分析算法》，山豐由於參加了漢語句法規則的編寫，且山豐一直認為句法分析是自然語言處理中目前切實可做的最關鍵任務，山豐因此選擇了這個題目，這個工作與山豐以前完成的編譯原理大作業有類似的地方，但是複雜很多，山豐一度懷疑自己能不能將程式調試成功，後來山豐不去想那麼多，只想盡量接近成功一些， 臨近論文最終提交的日期，山豐竟然修正了其中的所有bug，程序實現了自己預定的所有目標，算是順利完成了。 這是山豐第一次獨立完成的大型程式，給了山豐很大的信心，它讓山豐相信只要不放棄，再難的程式都是可以完成的，雖然時間來得晚了一些。如果山豐早有這樣的信心，山豐就會努力申請在所裡直接攻讀博士學位。
山豐的研究生宿舍在46樓，當時北大的規矩，研究生4個人一間宿舍，宿舍里還有三位同學：袁方，來自南開大學，家在湖北英山縣，普通話不好，記得當時對門宿舍買了一台簡陋的黑白電視機，大家每天會聚在一起看一會電視，特別是晚飯時間，電視換頻道的方式是旋轉按鈕，袁方總是把「轉一轉」說成「倦一倦」。羅驍軍，來自天津大學，家在河北石家莊市。魯冠毅，在職研究生，在雲南大學工作，畢業於四川大學。四人導師不同，研究方向不同，基本上各忙各的，平時都是早出晚歸，這一點與本科同學大不相同。 印象最深的是袁方，帶著厚厚的眼鏡。 袁方好像也是在二年級的時候，就覺得研究工作沒有意思，他似乎也急於掙一些錢，最開始他替人抄信封，一個信封大概掙幾分錢，後來他和其他同學一起翻譯計算機方面的書籍，比如word、excel使用寶典等等，畢業時幾乎著作等身，估計掙了不少，但是和導師幾乎鬧翻了。
與本科時一樣，山豐依然愛去串門，隔壁宿舍的同學中，印象比較深的有謝濤、錢江平、劉強。 劉強也早早失去對導師安排的任務的興趣，與袁方一樣，全身心投入到計算機書籍的翻譯中，都是一些手冊類的書籍，他們的翻譯速度驚人。錢江平和謝濤是化學系的，他們都比較健談。錢江平本科也是北大的，感覺他也沒有太認真對待導師的課題，忙著自己的事，後來才知他忙著各種考試和聯繫出國。謝濤來自湖南的一個小城，本科學校不太出色，能夠到北大讀研究生，估計在當地已經被視為轟動，他已經結婚，當時同学中一堆單身，不要說結婚，幾乎都沒有女朋友，對男女那點事充滿好奇，謝濤就故意賣弄，總講他老婆對他怎麼好，凡事不要他動手，把他照顧得周到，於是有人就起哄，「那你怎麼回報你老婆呢？ 」「好好做好俯卧撐囉。」 尤其臨近假期時，他就把「好好俯卧撐」掛在嘴上，讓一大堆人羨慕。
研究生二年級時，第一次在學生生涯里沒有了課程，時間第一次極大地富餘起來，山豐卻陷入萬般迷茫中。 山豐曾短暫地到一個公司里兼職工作，山豐已經忘記了是怎麼找到這家公司的，好像是同學介紹，當時比較有想法的同學在忙著考GRE，忙著聯繫國外大學，忙著出國，山豐對那些事一概不知，即使知道，山豐也知道這個過程需要很多錢，參加俞敏洪的培訓班要很多錢，GRE、Tofel的考試費也不便宜，還聽說申請美國大學要付美元，換算成人民幣也不少。研究生二年級基本完全無課，如果全身心地參加導師的項目，也不會有太多空餘時間，可是山豐與很多同學的感受一樣，對自己的研究方向產生了困惑，覺得導師的項目比較無趣，還在觀望自己要不要最終走向那樣的科研生活，導師的項目大都是集體參與，有時大家要相互等待進度，於是自然空餘的時間多了很多。山豐去的那個公司，據說是一個臺灣人投資的，這個臺灣人山豐見過一次，當時他到公司來，個子不高，住在亮馬河飯店，很高檔的飯店了，可見極其富裕，他雇了一位博士管理公司，這個人叫王明，沒想到有人居然敢取這樣的名字。王明瘦瘦高高，總是一身西裝，當時大概接近40歲，王明給大家安排任務，檢查大家的工作，記得山豐用Foxpro做介面程式，很單調枯燥，但項目總體好像很不順利，王明自己也不是很懂的樣子，他看起來也不像很嚴肅地對待這個項目的樣子，大概做了一個月，山豐就離開不去了，領沒領報酬，領多少，完全不重要，山豐都忘記了，這個經歷印證了山豐想像中的公司工作的無趣，也印證了山豐估計中的程式設計的無聊，不過大概也印證了山豐自己的「眼高手低」。
山豐在北大7年，尤其後期的3、4年時間里，無數次一個人孤獨地在北大校園漫步，山豐最愛走的一帶是，南閣、俄文樓和第一教學樓這一帶，這一片是北大校園生活區向未名湖景區過渡的地帶，樹木高大繁茂，樓房建築不大，古色古香，綠蔭草地眾多，來往行人稀少，大部分學生要麼在生活區或教學區，要麼在未名湖區，因此這一帶非常幽靜。山豐所在的語言信息所也在這一帶，平時山豐在那裡學習、做事，南閣出來，東邊有個不大的草坪，中間立李大釗像，草坪的東邊就是俄文樓，這是山豐最愛去自習的地方。俄文樓也不大，好像就兩層，到這裡上課和自習的學生不多，也許是因為離宿舍比較遠。 草坪的北面是未名湖邊的山坡，有很多優美小路，開始進入未名湖區，雖然表面上顯得幽靜，但山豐覺得主要是成雙成對的學生戀人們去的地方，山豐一般不去，實際上，常常無意間撞見一些人，其實不幽靜，這是山豐不去的原因。山豐愛去的是再往東去的一條筆直悠長的小路，那時山豐沒有關心這條路的名字，現在山豐知道叫臨湖路，只有人騎車匆匆而過，（那時的北大校園裡汽車很少很少，能開到這一帶的更少更少。）像山豐這樣的散步者很少，走不遠，到第一教學樓，這也是一棟較小的古代風貌的樓，山豐有時也去那裡坐坐，純粹是坐坐，一般也不學習，發呆、遐想或者看閒書，第一教學樓有一個曲回帶簷的長廊連接東邊的另一棟更小的樓，那個樓好像不對學生開放，不過大學一、二年級時在那裡練習英語聽力，那是山豐在北大精神壓力最大的期間，完全忽略了這麼一個「妙在」。這個曲回的長廊也是山豐的所愛，長廊北面，很近的，有平行的一段臨湖路，臨湖路的北面是一個很大的凹地，裡面樹木濃密，望下去，有幾棟稀稀疏疏的小樓，旁邊是與未名湖一灣細水相連的一個小池塘，再往北，透過樹林，能看看一點點未名湖。有不是很正規的坡道下去，山豐曾下去過，人很少，那幾棟樓不知道做什麼用處，進出的人不多。臨湖路北沿砌了石欄，大概是出於安全的目的，騎行的自行車不至於不小心衝到坡下，石欄很寬大，幾乎就是石磴了，這是山豐的最愛，山豐常常一個人坐在石磴上，當山豐實在看不進書的時候，或者山豐不知道為什麼學習的時候。有時山豐也想，什麼時候不再孤獨，心裡有很多事，但只能和自己商量。
山豐常常會發呆的時候，目光投向光明的所在，想像能夠看到自己的容貌和頭像，想像它在陽光下的俊朗和堅定，那一定也是一個熠熠生輝的光明所在，仿彿能夠逼出內心中的可能出現的絲毫私心雜念，去迎接光明的未來，這大概就是孟子所言的「君子養浩然之氣」。山豐在研究生期間意識到，最晚從高中起，就養成了如下的學習精力規律，暑假過後的學年的第一個學期，學得特別投入，精力高度集中，成績會向上沖，寒假過後的第二個學期，就有些疲憊，精力無法保持高強度集中在課程學習上，不得不看一些所謂的閒書打發時間，主要是一些文藝和歷史書籍，後來也讀一點人文社科類著作，也會出門閒逛，比如校園散步、騎車逛校園周邊的衚衕，成績大致維持。
研究生三年感覺比本科四年快了很多，不同的是，更迷茫、更彷徨。 本科二年級，當山豐定下讀研究生的目標后，基本還是比較篤定地按部就班地生活學習。 而在研究生階段，山豐遲遲不能定下自己的目標，本來山豐是想讀博士的，但是研究中的困惑，再加上擔心自己一直呆在象牙塔成為不懂社會的「呆子」，山豐又很想到廣闊的社會中去看看。
實驗室的吳湛，算是山豐第一次近距離接觸清華人。記得，山豐剛去實驗室，導師很驕傲地說，「我這裡只有北大和清華的學生。」果然，比山豐高兩級的吳湛來自清華，高一級的柳凜來自北大本校，山豐後面一級又是一位清華的，而且是女同學，其實和山豐同級，只是清華讀5年，所以研究生晚山豐一級，這位女同學高中來自北大附中，山豐和她打交道很少，山豐能感覺到她的出色，但是她似乎「進入角色」的速度比山豐還慢，或者大概她忙著出國的事，實驗室來的就不多。當時北大計算機系和清華計算機系實行等名次交換，比如北大計算機系的第三名保送去清華，清華的第三名保送來北大，一般都是很高的名次，因此吳湛和後來那位師妹在清華也是很厲害的。山豐三年時，再進來的來自北大。個子小小，不苟言笑，但有了女朋友。吳湛是實驗室的頂樑柱，每次導師分配任務給他，徵求他意見，他說得最多的話是，「這個項目工作量比較大。」言下之意就是導師佈置的所有問題，再難的問題，都有辦法，只是時間長短，只是他投入的多少，山豐當時極其佩服，因為很多問題在山豐看來，不是工作量，而是難度很大，方法不一定能找到。但是，山豐後來學會了這句話，包括山豐後來在公司工作、在旭耀讀博士也用這句話回答領導，時間越長，越覺得是包含哲理的一句話，非常高明。
