一个衣衫褴褛的植物学家
植物学家写的科普、时评、游记、散文
引言
这段时间，很多自媒体文章又开始声讨石正丽，怀疑石正丽团队制造了新冠病毒。笔者有位大学同学在群里分享一篇题为“有人质问石正丽：你八年前就研究冠状病毒，目的是什么？”并问笔者：“看到好多次这种文章了，能不能查证一下真伪？”前几天，“圣村的故事”群里有篇题为“石正丽是石头也该开口了”的文章，也怀疑石正丽 是“元凶”。此文竟然有超过100K的阅读和774人打赏。可见，石正丽可疑，已是很多人的“共识”。
其实，笔者早在2020年03月13日就发表了相关文章，那时笔者公众号仅有不过500粉丝，此文推出5天后被删时，已有12K的阅读。有读者留言：“这么有意思的第一手研究结果，发在微博上可惜了！希望博主能正式发表成研究论文！” 哈哈，作为植物学家，笔者并不在乎是否多一篇关于病毒的论文。这里，笔者重新整理原文，希望不会很快被删。
为什么石正丽可疑？
怎么会有这么多人相信，新冠病毒来自人工合成呢？甚至，笔者的在美国、中国当生物学教授的朋友，也在问笔者，会不会是石正丽他们实验室制造。
这几年，石正丽被推到风口浪尖。这里，还有个重要的原因，是他们2015年发表的一篇论文被扒出，这篇论文题为“A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence一个类似SARS的蝙蝠冠状病毒群显示了感染人类的可能性”。在该论文中，他们“制造了一中嵌合病毒（chimeric virus）”；他们的实验表明，这种嵌合病毒能够感染小白鼠的肺。
同为哺乳动物的小白鼠，在医学研究中广泛使用，因为在临床实验之前不能拿人来做实验；一般认为，在小白鼠身上起作用的医学机理，同样适用于人类。
也就是说，他们在实验室制造了一种病毒，而这种病毒很可能可以感染人类。只使得 “新冠病毒是武汉病毒所实验室泄漏”的传闻随之传开。
谁能为石正丽洗冤？
面对质疑，3年前，石正丽通过朋友圈声明：“ 2019新型冠状病毒是大自然给人类的不文明生活习惯的惩罚，我石xx用我的生命担保，与实验室没有关系。”
石 “用生命担保的声明”，也平息不了质疑：“石正丽应该拿出科学证据，而不是赌命。”可怜的石教授可能觉得，自己比窦娥还冤，但她没法为自己洗掉冤屈。
2020年2月29日，8国27名医学家包括世界卫生组织于在医学顶级刊物《柳叶刀 The Lancet》上呼吁，支持中国科学家在公共健康方面的研究。但是，说实在，这个呼吁可能也起不了多大作用，因为这些科学家也拿不出证据，证明2015年实验室制造的嵌合病毒跟新冠病毒是什么关系。
这3年来，因为对冠状病毒进化感兴趣，笔者查看了几乎所有重要的有关文献。笔者发现，石教授的团队近几年来在冠状病毒研究方面，做出了非常重要的贡献，发过不少高质量的科学论文，尤其是他们于2020年2月3日发在《自然（Nature）》上的那篇论文，首次揭示了中华菊头蝠（Rhinolophus sinicus）身上的病毒（简称“菊头蝠病毒”；RaTG13）是新冠病毒的姐妹群（sister to each other）。这篇论文的结果，迄今仍然是研究新冠病毒起源和进化方面最重要的发现，因为还没发现另一种病毒与新冠病毒的关系更近；虽然那篇论文的研究实际上并不复杂，想法也很简朴。
生物亲缘学帮忙
首先申明，我本人并不认识石教授：想想一个研究植物分类与进化的植物学家，跟一个研究病毒的微生物学家，有交集的机会几乎是零；而且我们还生活、工作在不同的两个国家。所以，笔者这篇推文的论断，正如笔者其他所有推文的论断，纯粹是基于科学，不会有半点私心。
好友缪博士、曹博士我们一直在“圣村的故事”群里一直讨论“人工制造说”。他俩都是病毒学家。一直苦于没有他们2015那个嵌合病毒的基因序列，在GenBank上查不到。在缪博士的鼓励下，2020年2月14日，笔者便分别给那篇论文的第一作者，北卡大学（University of North Carolina at Chapel Hill）的Vineet D. Menachery和同校的通讯作者Ralph S. Baric写信（石只是14名作者中排名第13的非通讯作者）：
“Dear Prof. xxx,
My name is xxx and I am a curator at xxx. I am interested in a phylogeny of Coronaviruses and am wondering if you could share the DNA sequence of the chimeric virus you reported in your 2015 Nature Medicine paper.”
石沉大海，一直没有回音！可以理解，估计这段时间以来，这两位教授也受到不少的质疑，收到不少的骚扰。也许，人家还是瞧不上我这个植物学家。
就在2月14日，缪博士在谷歌里找到了2015年他们申请的专利的全文，并在群里分享！喔啊，我在专利文本的第30和33页上找到了他们制造的两个嵌合病毒的氨基酸序列。这下就好办了。利用我们的生物分类学知识，建一颗进化树，看嵌合病毒跟新冠病毒的亲缘关系，不就解决问题了？！
建进化树的任务，交给了爱徒，良，他已是亲缘进化（phylogenetics）这方面世界级的科学家。因为我们想看到嵌合病毒跟新冠病毒间的细微差异（有可能只有细微差异），我们得用DNA序列而不是氨基酸序列。DNA序列的变异更快一些。但是，难题是，我们得把氨基酸序列反向翻译成DNA序列。这不容易也有很大的不确定因素。一段DNA序列只能翻译成固定的一段氨基酸序列，但反过来，就有多重组合，因为同一个氨基酸可以由不同的三个DNA碱基编码。那能否用简并碱基，比如将C或者T标定为Y，将A或C标定成M，等等。良试了一下，行不通：太多的简并碱基会使得有限的数据失去有用信息。
那怎么办呢？最后，我们决定，只能用氨基酸序列建树。先看结果再说。
谢天谢地！2月24日，良把他建的进化树寄给我。一切都清楚了！
良取了66个样的氨基酸序列，包括了新冠病毒、萨斯病毒、实验室制造的嵌合病毒、菊头蝠病毒，还有很多其他的冠状病毒、非冠状病毒。
实验室制造的嵌合病毒，跟新冠关系不近
从这颗进化树上看，实验室制造的嵌合病毒并没有跟新冠病毒聚在一起，更不用说它们是一样的。我们的研究第一次证明，新冠病毒不是他们2015年制造的那两个嵌合病毒。
那么多国际上的医学家们，包括世界卫生组织和石教授本人，这么久了也没拿出半点证据，证明我们植物学家在这里证明的东西。主要原因，我估计懂生物亲缘学（phylogenetics）的医学家太少。我强烈呼吁，面对这么严重的流行病的威胁，医学院应该开设生物亲缘学的课程。跨学科合作，也应该大力提倡，以面对一次又一次的世界危机。
终于为病毒学专家石教授正名！可能她做梦也没想到，为她正名的居然是两位植物学家！希望这篇推文能有幸传到石教授的微信里。说不定将来有机会可以向她讨一杯茶喝？
致谢 良帮助重建了进化树，缪博士提供专利信息。
作者简介：植物学家、进化生物学家，业余写些游记、散文、科普和时评。四川雅安市石棉县人，兰州大学学士，中科院成都生物所硕士，德国美因茨（Mainz）大学博士，密苏里植物园资深研究员。微信：gonggashan1. email: gonggashan@gmail.com
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楼煮整个一大外宣