我们知道，Omicron变体的特征是拥有大量的变异，特别是在spike基因S1区域。下面这张截图来自Nextstrain网站，纵坐标是S1变异的数量，可以看到Omicron（即21K，由红色标记）远高于其它变体：
这就产生了一个问题：如此大量的变异是如何产生的？分析表明，Omicron并不是由最近流行的其它变体演变而来，其祖先与其它新冠病毒分离的时间，远在2020年4，5月间，如上图中红线所示。
目前WHO认定的第一个Omicron阳性样品是今年11月9日，而据报道，南非最早发现PCR检测出现S基因缺失（意味着S基因出现变异）是在11月4日。根据南非和博茨瓦纳采集的77个基因序列反推，可以将Omicron最早出现的时间，大致确定在今年的9月下旬到10月。
因此，Omicron的祖先与其它新冠病毒分离之后，到Omicron出现，间隔了大约17个月，其间没有检测到任何的中间状态的病毒。这段时间里到底发生了什么？有以下三个可能：
1. 实际上有中间状态的病毒在人类中流传，但没有被检测到。专家们认为这种可能性非常低。
2. 病毒一直潜伏在一个免疫力低下的人身体中，比如AIDS病人，不断地演化与其免疫系统斗争，直到形成Omicron才传染给其他人。这个理论在一开始占据主流，特别是因为南非本身是AIDS流行的地区。但也有专家认为病毒不大可能在人体内潜伏如此之长时间。
3. 某种动物在去年4，5月感染了新冠，其后病毒一直在该动物种群中流传演变，直到形成Omicron后再次感染人。有一些理由支持这种解释，首先是已知很多动物都可以感染新冠，如水貂，宠物狗，猫，动物园的猫科动物，啮齿类，以及最近大量报道的北美白尾鹿，当然还有蝙蝠。甚至据说有饲养员被动物反向感染的。有些动物感染后并不表现出症状，如白尾鹿，导致病毒在种群中广泛传播并长期存在。
下面这张图总结了各种新冠变体中与人际传播及人与动物之间传播相关的一些变异，其中蓝色即表示Omicron中的变异，可以看到，其中一些是人和啮齿类共有的，但也有人与貂，狗，猫等共有的：
与其它两种可能性相比，这第三种更令人担心，因为能够感染的动物如此之普遍，几乎不可能把它们与人类完全隔离，意味着新冠在今后可能反复被动物传播回人类。
能与人接触的动物也不可能相隔这么长时间才在与人接触，况且若是真是这样，这么长时间，在动物群体内也会逐步变异，应该会有几个带分枝的变体。
也是。目前后两种可能性都不能排除，但也有各自的问题。我不知道有没有这种可能：这个病毒是多次重组的结果，导致无法确认与任何最近的变种的关联，只能辨认出很早期的一些特征，因为无论哪个变种，都有这些特征。