嘉靖二年（公元1523年），浙江宁波发生了两伙日本人打斗的骚乱。骚乱之严重不亚于一场小型战争。一伙日本人为攻击另一伙日本人，把一处楼馆点着。被袭击者纵马飞奔，夺船逃跑。追逃马队穿过宁波闹市，一路洗劫。从宁波直到余姚，再到绍兴城下。前来维持治安的几个明朝武官被杀被俘，让大明朝廷毫无颜面。
史书的说法叫“争贡之役”。在其时，上贡是一件一本万利的事情，外国商船运载货物到中国来，贡献物产。朝廷收受贡物之后，以“国赐”形式回报中国物产。这种情况，总是进贡得少，赏赐得多。朝贡获利巨大，足以让日本国内的各股政治势力斗争厮杀。
嘉靖二年，这是日本盼着已久的朝贡期，日本大名大内氏组成上贡使团，由宗设谦道手持勘验名册、率领三船三百余人前往中国。而就在此时，他的政敌大名细川氏也派出使团赴明。这两队人马于四月底到达宁波，由于细川氏使团的副使宋素卿是中国人，深明市舶司时敝，暗中行贿于管理上贡团的市舶司大太监赖恩，遂先行验货。市舶司随后在嘉宾堂欢宴二个使团，在安排席位次时，又将细川氏使团置于首席。
眼看自己手持真正的贸易凭证，却被对手抢先，本就多海盗的大内氏使团对细川氏的使团发动了袭击，终于惊动了明廷。明朝政府要求日方惩办宗设及倡首数人，放回被掳中国官民，缴还旧有勘合，遵守两国所订之约，如此方许换给新勘合，继续贸易。然而日本拒绝了，加之“地理大发现”以来欧洲殖民者的接踵而来，沿海治安多次陷入危机，嘉靖干脆简单粗暴的一关了事——停止一切贸易活动，全面实行海禁，期望以围堵的政策来减轻倭寇的威胁。
只是日本人的需求在这里，海禁之路使得本就暴利的中国商品价格再次暴涨，这些经济利益能让人藐视一切风险，马克思早已说过说：“资本如果有百分之五十的利润，它就会铤而走险，如果有百分之百的利润，它就敢践踏人间一切法律，如果有百分之三百的利润，它就敢犯下任何罪行，甚至冒着被绞死的危险。”皇帝的圣旨无法堵绝日本人对各种物资的需求，既然无法通过贸易渠道获得，那就去抢吧，一场让嘉靖无法想象的倭患不可避免的到来了。
据历史学者陈懋恒的研究统计，在嘉靖三十一年（1552年）之后的15年内，倭患共计609次，占到了整个明朝倭寇侵扰记录的80%左右，及至隆庆与万历年间又骤减，平均每年不足1次。
对于这场倭患，按照中国主流舆论解释，譬如《中国历史大辞典》：“明时骚扰中国沿海一带的日本强盗。十四世纪初，日本进入南北朝分裂时期，在长期战乱中失败的南朝封建主组织武士、浪人到明朝沿海一带走私抢掠，进行海盗活动。从洪武时起，明朝致力于加强海防，永乐十七年（1419）明军于辽东望海埚全歼来侵之倭，此后海防较为平静。嘉靖以后，日本进入战国时代，在封建诸侯支持下，日本海盗与中国海盗王直、徐海等勾结一起，在江浙、福建沿海攻掠乡镇城邑，明朝东南倭患大起。明廷多次委派官吏经营海防，但因朝政腐败而难有成效。嘉靖后期爱国将领戚继光、俞大猷在广大军民支持下，先后平定江浙、福建、广东倭寇海盗，倭患始平。”
这解释说出了一部分真相，然而与历史仍存在着相当的距离。与日本倭寇勾结的远不止王直等人，嘉靖时期的倭患，不如说是海商对海禁政策惨烈抗议。
从宋朝以来，中国东南滨海地区人口增加迅速，当地居民一直将出海贸易视为衣食之源，海商、水手、造船、修理、搬运加上种种服务，可以说大海养活了起码百万计的沿海居民。在福建，有句话叫做：“海者，闽人之田。”明朝海禁令无情地把当地居民的“田”给剥夺了，饭碗跟着也砸了。在广东潮州、福建泉州、漳州地区一向是通商出海的发舶口，“潮漳以番舶为利”，不许贸易等于断了他们的生计。
对茫然失所的沿海居民来说，眼前摆着两条路：要么忍饥挨饿，要么铤而走险进行海上走私。走私利高，一旦被政府发现就以倭寇处置，被定性为寇的海商只能沦落海上，参与类似于倭寇抢劫活动；最终变成倭寇。
同时，倭寇大量掳掠中国居民，迫使他们加入倭寇行列。明朝的中国人是不剃发的，但被掠走的男性都被剃成日本人一样的顶秃发型，使得他们难以摆脱倭寇回到国内，不得不同流合污。由于对抗朝廷是死罪，为了避免家人和亲属受牵连，这些沦为海盗的中国人也情愿装成是日本人。
所以并不是一个两个，在倭寇中甚至出现中国人十之七八、日本人十之二三的情况。大量沿海居民自愿或不自愿的成为倭寇中的一员，或与日本海盗勾结在一起，从日本基地一次又一次的对中国沿海发起攻击。而他们比真正的日本倭寇熟知地情，又有广泛的群众接应，于是作战时，看似荒唐的一幕屡屡发生：倭寇天时地利无所不占，他们能避开明军，乘其不意，攻其不备。
参加过抗倭战争的明人万表记录道：“杭州城歇客的店家，明知是海贼，但贪图其厚利，任其堆货，且为打点护送。铜钱用以铸火铣，用铅制子弹，用硝造火药，用铁制刀枪……大船护送，关津不查不问，明送资贼。”“近地人民或送鲜货，或馈酒米，或献子女，络绎不绝；边卫之官，有献红被玉带者……（与）五峰（即王直）素有交情，相逢则拜伏叩头，甘心为其臣仆，为其送货，一呼即往，自以为荣，矜上挟下，顺逆不分，良恶莫辨。”
本来明军东南海防已日益废弛，兵器装备上也不如倭寇。失去了沿海群众的支持，明朝海禁政策在执行时异常困难，“禁之愈严，则其值愈厚，起之者众，私通不得，则掠夺随之”。于是倭寇横行，猖獗泛滥。
直道戚继光横空出世，针对日本军事化了的倭寇专门制造兵器、布置阵法，才大体上实现了“但愿海波平”的志向。
不过这并不能治本，戚继光等人只是剿灭了以中国人为首的倭寇，并没有深入到日本本土，因此，还有很多日本人或以日本为基地的倭寇继续做着海盗的营生。纵使戚继光几乎杀光闽广一带的倭寇，新的倭寇又总是马上出现。只要中国海禁未开，王直请降时的主要诉求“惟愿进贡通市而已”不能做到，倭寇之祸自是不能平息。
明后期后统治阶层也意识到了这一点，隆庆皇帝继位后便宣布开关，准许国内人民贩货于东西两洋，承认私人贸易的合法性。此政一出，中国海商终于有了走出国门的通道，嘉靖时期轰轰烈烈的倭寇也就自行消散了。
