小颜Nature2012设计思想
文章来源: Stegy2232019-08-15 18:58:33

上次Nekono_88 把假三脚猫拉出来示众把俺这真三脚猫吓了一跳。不过到从此学到了“设计思想”这一新概念并留意起来。读文献不再只忙于抓细节,而是自己问自己作者的设计思想看明白了嘛。这一来还真管用,觉得一下子把颜宁Natur2012的设计思想看出来了。这设计思想绝大多数情况下是只可意会不可言传的。读文章细细体会,怎么好随便谈别人的设计思想呢。颜宁的Nature 2012比较特殊。经老阎中英文齐头并进非洲大草原故事与Nature 全方位质疑,就有了一个挥之不去的说法,那就是小颜在Nature2012中本也可以提出个糖转运工作模型,但因为老阎的恩师Dr. Maloney 尚在世,小颜不敢提,特意等到2014才拿出个工作模型。这事是真是假理应尽可能的探索一下。 从Nature2012的设计思想俺得出一个明确的结论即Nature2012没有可能涉及工作模型构象循环。在这点上应该说句公道话。

Nature2012有下列几节:

1 前言

2. Structure of D-xylose-bound XylE

3. Coordination of D-xylose

4. Specificity of substrate recognition by XylE

5. Coordination of D-glucose by XylE

6. XylE-based structure model of GLUT1

7. Functional significance of the SP signature motifs

颜宁设计思想之一: 集中力量打歼灭战

Nature2012报道的是细菌木糖转运蛋白三个与不同底物结合的结构。蛋白本身都处于同一个构象(即Outward-facing, partly occluded), 所以就构象转换而言没有什么说的。与三个不同底物结合使作者处于有利位置去深入研究底物识别与结合的特异性是由那些氨基酸残基决定的。所以第3,第4和第5节都是关于底物/糖识别特异性做了多方位深入细致的趼究。这就是充分利用优势力量打歼灭战。

颜宁设计思想之二: 深入发掘新事物

第7节关于细胞内侧Intracelluar Helix Domain ( 即ICH domain, 内门闩)作者做了深入的结构和生化功能性实验测定。比如通过13个位点的点突变加上功能性糖转运测定作者指出XylE中这一区域与质子联接的主动转运有关("may be involved in proton-coupled active transport"  ) (见Nature2012图5)。

颜宁设计思想之三: 买一送一

XylE 的结构虽然是个很有意义的成果,但考虑到至2012己有5个来自细菌的MFS大家族的结构发表了,XylE 能否发表在Nature上并不是自动板上钉钉的。 除了上面己讲到的二条设计思想外,为了打动编辑审稿,颜宁设计思想的第三条是买一送一。第6节基于XylE 结构通过计算机模拟做了人GLUT1 的三维结构。这样的工作一般可以单独发表在更专门的杂志上。把这一份工作放进来本身意义并不十分显著,但放进来也沒错。作者在结构分析基础上做了5个点突变加糖转运功能性测定从而对已知人遗传病所涉及到的GLUT1 Arg126 和Arg333的重要性有所认识 (Nature2012图4d)。编辑说好呀。现在常有人一个棒子掰二半,一稿多投追求论文数。小颜这次来了个买一送一,精神可佳,全部工作加起来份量可观应该予以发表。

颜宁设计思想之四:没有地方别多扯

因为加了计算机模拟人GLUT1 三维结构,最多5大页的地方全部用完了。所以Nature2012把Discussion全省去了。简单以下面一小段结尾:"Here we have reported three related crystal structured of XylE, a bacterial homologue of the human protein GLU1-4, in complex with D-xylose, D-glucose and 6-BrGlc.  The structural information, together with the biochemical inspections, provides a valuable framework for further deciphering the functional mechanisms of the physiological ly important glucose transporters GLUT1-4 and other members of the SP ( 注:糖转运蛋白) family"

综上所述砖家鉴定结果Nature2012是篇实实在在的好文章。作者在该文中既无相关内容也无任何空闲地方去扯出个工作模型/构象转换图。Nature2012与Dr. Maloney没有丝毫关系。  在这点上没有”猫腻"。

附注:第3,第4,第5,第6和第7节都在结构分析的基础上做了点突变及二种糖转运生化实验测定。