历史上每次政权易手，新政权都对大教堂进行改造。这使大教堂留下了一千五百年中各个时代的历史印记。特别是大教堂被改为清真寺的时代，穆斯林用石膏等材料将上一个时代的马赛克彩画覆盖。到了近代人们才将这些石膏揭开，这些宝贵的马赛克彩画才重见天日。