伊丽莎白最终没有放过玛丽，把她软禁了起来。关于这一点，史学家们的批评多于理解。一些人认为，玛丽本是无路可走投奔她而来，即使不想帮她，也可以放她走。如果当初伊丽莎白按照自己冲动时的想法，把她放了，爱去哪去哪，凭着她那浪漫，充满激情的性子，背负着杀夫淫妇的罪名，她又能怎么样呢？回苏格兰，去法国，甚至去丹麦找被囚禁的博斯维尔，无论她再惹出多少麻烦，又与你伊丽莎白有何干呢？凭借玛丽·斯图亚特那任性，不知进退的性格，又能掀起什么风浪？尽管让她浪迹天涯，让她自生自灭，历史上最多就留下淡淡几笔笑谈而已。史学家甚至认为，从某种角度说，是伊丽莎白对她采取的几十年的软禁成就了她，让她名垂史册，成了亘古不能被遗忘的悲剧女王！
那么真的就是因为伊丽莎白的小心眼儿，妒忌心作祟，一定要囚禁玛丽呢？其实并不尽然。稍微熟悉一点英国历史就会知道，自从亨利八世强硬与罗马天主教脱钩，事实上他差不多就是与全欧洲为敌了。之后柔弱的爱德华六世继位没几年就驾崩了，接着玛丽一世继位，她在位期间，不顾国人的反对与西班牙腓力二世联姻，开始全面的天主教复辟。彻底清除新教的影响，大开杀戒，烧死新教教士不知多少人，终于获得了血腥玛丽的称号。她在位五年，血洗英格兰，为了西班牙与法国打仗，丢了地盘不说还让国库所剩无几。经济，政治，宗教方方面面都是千疮百孔，伊丽莎白就是在这样风雨飘摇，矛盾重重，危机四伏的情形下战战兢兢，如履薄冰般地登上了女王的宝座。有多少人会相信她一个弱女子的肩膀如何能担负起灾难深重的英格兰！
话说伊丽莎白的继位，虽然她有英格兰新教大主教的支持和父亲亨利八世的遗嘱为证，有强而有力的法律依据而具有不容置疑的合法性。但是在罗马教皇和天主教的国家眼里，比如法国，西班牙，他们一致不认可她的母亲与亨利八世的婚姻，从而认为伊丽莎白只是个私生子而不具备继位的资格。而玛丽·斯图亚特就不一样了。她是亨利七世的女儿玛格丽特与苏格兰国王詹姆士四世的孙女。无论是苏格兰还是英格兰都无法否定这一事实，也就是说更没有争议性。而身为苏格兰女王玛丽的天主教身份更是成为本国，乃至全欧洲天主教徒们的希望。但凡有一点可能，他们就巴不得推翻恨之入骨的都铎王朝，推翻伊丽莎白，让玛丽·斯图亚特取而代之。
而总的来说，伊丽莎白在宗教问题上，她是温和派。虽然她主张并坚持父亲的遗愿信奉新教，但她并不想强行消灭天主教。她是全欧洲唯一的允许宗教自由的君王。她没有烧死过天主教神父，没有严格地禁止天主教的宗教活动，只要不公开，她都能网开一面。她亲眼看见宗教改革过程中的腥风血雨，亲身经历了恐惧的苦难，她真的不想让这样的事再次发生。但是，结果并不如她所期待的那般美好。她的宽容恰恰成了她的弱点，造成了天主教势力的卷土重来，从而使国家再次陷入了混乱。而她也终究不得不下狠手，毫不留情地镇压了北方叛乱。你死我活的政治斗争让伊丽莎白学会了残忍。
从这个角度来说，玛丽·斯图亚特与伊丽莎白·都铎之间的斗争不可避免地成为历史性的焦点。也就是说不管伊丽莎白心里怎么想，软禁玛丽·斯图亚特是历史的必然，玛丽的反抗也是历史的必然。这既是宗教之战也是皇权之战。伊丽莎白算是个仁君了，如果把两个人的位置换一下，玛丽会毫不犹豫地把伊丽莎白关进伦敦塔，直到她死，绝不会手软。
说实话，把玛丽软禁在哪里，找什么样的人作为她的监护人，伊丽莎白都是做了细致的考量。她找到一位富甲北方的贵族，善良忠厚，品格高尚的什鲁斯伯里伯爵，请他出山帮她“接待”这位女王贵客。事实证明，玛丽确实是好运碰上这么一个傻乎乎的容易被欺骗的老好人。但也有人认为，这是伊丽莎白的国务卿塞西尔刻意的安排，欲擒故纵罢了，好让玛丽女王有机会犯错，自取灭亡。
从1568年，玛丽在博尔顿城堡的软禁生活开始了。一开始，她毫不客气地大摆其谱，活该让伊丽莎白手下的人为自己跑腿。声称她绝不会穿别人给她的衣服，也瞧不上她表姑伊丽莎白的品味。她要求把苏格兰老家的家当全都搬来，一点都不含糊。她才不管麻烦不麻烦，谁让你要软禁我呢！没几天她浩浩荡荡的马车队就来了，她的土耳其挂毯，地毯，她的梳妆台，整套银饰餐具，她的亚麻床单，她的宠物，她的一队十六人的侍女随从，她的秘书，厨师，她的御医，她的裁缝，……，接待这样规模的要看守的犯人，没有家底的人家，谁能担负此任？！
应该说玛丽在物质生活方面没有什么可抱怨的。伊丽莎白同意给她每星期50镑的补贴，另外法国宫廷还给她每年2000镑的津贴，所以她不愁没钱花。再说什鲁斯伯里也不会亏待她，每天好吃好喝的伺候着，她的生活一如既往，除了不能随便外出，走哪都要有人陪同外，其它也没有什么约束。但是玛丽·斯图亚特从第一天起，虽然心里还抱着靠伊丽莎白帮她打回到苏格兰，帮她回复王位的希望，但在她内心深处是怀疑和不信任的，在她顺从的外表下其实没有一天她真正的消停过。她记得母亲临终前留给她的箴言：“每一个终点，都将是另一个新的起点”她对此深信不疑。后来她把这句话精练成“我的终结就是我的开始”并且把它绣在她一件缎子外套上。
回想自己走过的路，岂不正是这样？16岁，法兰克国王去世，刚成为法兰西皇后没几天，就成了寡妇。，她便不再是法兰西皇后。但是她回到了苏格兰，成了苏格兰女王；嫁给了达恩利，生下苏格兰的王储；丈夫被谋杀，又一次婚姻结束；之后又嫁给了博斯维尔伯爵。世事难料，后来她不得已逃亡英格兰。虽然如今落到了这个下场，是她又一个阶段的完结，但谁能说这不是她生命中的另一个开端呢！玛丽·斯图亚特对此坚信不疑。她说她的生命像大海的潮汐，退潮之后必定是又一次的高涨，并且生生不息，永不会停止，直到她升到天国，成为天国的王，她称自己为潮汐之王。
从后面发生的一系列事件来看，还真是符合她自说的这一套信念。从她被软禁的那一天起到她终于被送上断头台，十五年间，她没有一天真正地消停过。真的像潮汐一样，一次又一次徒劳地朝希望的岸边扑去，又不得不退回去。无论怎样的失败都没法让她安静下来。越是没有希望，她的冲撞就越是猛烈。长期的幽禁，尤其是到了后期，条件越来越差，更是不能叫她屈服，反而让她象是铁了心。她就是这样冲动，从不深思熟虑。不管可靠不可靠，只要有人提出所谓营救，她都不顾一切地跟随。她到底是永不停息的潮水，还是潮水退下，留在岸边濒临死亡的命运小鱼呢？真是让人忍不住这样想。
现在可以来捋一捋这些年玛丽女王都干了些什么，让多少人为她送了命。以前当我看到很多历史记录上都把她看成是灾星，我也以为总之是她做了什么错事才导致别人的失败。但是当我重新再细读不同人写下的故事，我发现，其实玛丽只是虚妄了她的名。在别人的心中，她是无所不能的王，而事实上，她虽然聪明，虽然狡猾，虽然志气高昂，但她不懂政治，不懂运筹帷幄，不懂知人善任，不懂识别忠奸。别人想利用她，她却不知如何顺势，如何见机行事，她最多也就是给不上力而已，并没有做错什么。她的小叔，法国国王查理九世说，“这个倒霉的傻瓜，除非碰得头破血流，她是不会安生的。总有一天她会被砍头，而原因全在于她的愚蠢。我简直不知道要怎样帮她的忙！”而那个向她求婚的诺福克在临死前也说，“不管她干什么，不管别人替她干什么，都是事先就注定要失败的。”我以为，他们这类的说法对玛丽是不公正的，在我看来如果要说玛丽有错，那就错在她根本就不应该相信他们！是的，她谁都不应该相信。
伊丽莎白在把玛丽留在英格兰的时候，她是这么说的，你就先留在这里，等到恰当的机会，我们会把你送回去，并且帮助你复位。一开始应该说玛丽是相信的，但是架不住她身边的人不停地给她进言。比如她的罗斯主教，差不多每封信中都在说伊利莎白用心叵测，决不能信任；她的法国亲戚，罗马教皇，也没有一个是相信英格兰女王的。渐渐地，她也开始怀疑了。到1568年冬天，有一天她收到一封来自威斯特摩兰的密信，表示愿意帮助她逃跑，并且可以把她送到海边，然后乘船去法国。她并不认识此人，最多也就是听说过，知道他是信奉天主教的北方贵族大领主。玛丽收到信立刻就兴奋起来，既不问问具体细节，也不考量这逃跑的计划有几成把握。 以前惨败的经历没有给她留下一丝的教训。当送信人问她，什么时候可以，她竟然毫无不犹豫地说，就今天晚上。她竟然连一点准备都不要。就这么轻率，就这么任性，谁人可比！
当晚半夜，玛丽就叫她手下的男女侍从用一根绳子拴住她的腰，把她从三十几米高的城堡窗户放下来。当她刚刚落地，还没来得及跑，就被卫兵发现了。结果当然是让所有人大为紧张。伊丽莎白更是对她刮目相看。这么边远，这么高的城堡你都敢逃，那就给你换一个更远的，让你更难逃脱的的地方吧。
1569年新年伊始，什鲁斯伯里接到塞西尔的指令，让他把玛丽女王搬到图特伯里，一个更为边远的城堡。玛丽是百般地不情愿，但是谁让她自己要试图逃跑，谁让她让伊丽莎白不省心呢？！
这个家可真是难搬啊，玛丽的瓶瓶罐罐，大大小小用了三十几辆马车浩浩荡荡上路了。玛丽倒是什么都不用管，由什鲁斯伯里陪着，骑着马轻松地走在车队的前面。不是一溜小跑地跑进小树林里玩一会，就是徜徉在宽阔的草地上。出乎意料之外的是，沿途经过一些村庄和小镇，每到一处都见到村民们的夹道欢迎。他们挥手向她致敬，为她祈福。有些村民为了见她一面，不惜在冷风中站立一整天，等待她的出现。甚至什鲁斯伯里伯爵都觉得奇怪，难道他们没有听到传遍苏格兰的关于玛丽女王不端行为的种种传闻吗？虽然什鲁斯伯里事先都发了通知，沿路各镇不允许敲响教堂的钟声，也不允许女王弯下腰给孩子们祈福。但是老百姓不管那么多，他们还是像崇拜女神一样的崇拜她。天主教毕竟在英伦岛存在了几百年，在相对比较落后的英格兰北部，人们更保守。老百姓不能理解没有神父帮助他们的孩子洗礼，没有神父给他们的逝者送终，他们怎么活？他们更见不惯教堂被捣毁，修道院被拆散，穷人生病了也无处看病，碰到灾年也没有地方救助。他们的心无处安放，他们的罪过无处救赎，人心惶惶不可终日。圣公会新教到底是什么？他们茫然不知，不习惯改变信仰，几百年来天主教的影响早已深入人心，怎可能在一朝一夕中改变！
按理说人人都知道玛丽女王此刻不过就是一个被自己国家驱逐，名声狼藉的英格兰的囚徒，但是当这一队人马出现，大路两边的人便肃然起敬。在一群身穿差不多一样的旅行斗篷的人中间，人们一眼就认出她那美丽超群的形象。没有一个人会问，谁是女王？她高挑的身材，直直地骑在马背上，长长的睫毛遮不住闪亮的黑眼睛，面容像瓷器般细腻光滑。她一笑，就像是冬天里照进的阳光，整个世界都明亮了起来。当时是冬天，没有鲜花，人们挥动着长青树叶向她致敬，她简直就像是落入凡尘的天使。如果在这个时候，有人站出来告诉民众，她才是正统的皇家血脉的继承者，她才应该是我们的女王！大概一定会是一呼百应吧？所以，现在可以理解为什么伊丽莎白如此忌惮玛丽·斯图亚特如毒药了。
在1569年到1570年这段时间发生了两件看起来不相关，其实是相互呼应的事件。一个是英格兰的诺福克公爵在他第三个妻子去世以后，给玛丽·斯图亚特写了一封信，向她求婚，提出自己与玛丽的联姻是解决当下难题的最佳方案。第一，玛丽不用再寻求嫁给法国，或者西班牙而影响国家利益，第二，他可以帮助玛丽女王治理苏格兰，又可以让英格兰安心。而且还提到这个方案得到了议会很多大臣的认同。
这一封求婚信让玛丽异常振奋。是啊，她知道诺福克公爵是英格兰最富有的大家族，是伊丽莎白的表哥，是英格兰最有权势圈子里的人。和他结婚，苏格兰那帮蠢货还敢和她作对吗！他与苏格兰贵族之间有着千丝万缕的关系，完全有利于她玛丽在苏格兰的统治。而且，由此伊丽莎白也应该更放心吧？好歹托马斯·诺福克本人是个新教教徒，虽然家族信奉天主教。于是玛丽立刻就回了信，一口答应了求婚，并且声明，她和博斯维尔的婚姻非法，是不被承认的婚姻。虽然诺福克在信中明确地写道，这件事还未报告给陛下。但是玛丽信心满满，这样完美的结合岂有让伊丽莎白不高兴的理由？但是，如果说玛丽和伊丽莎白是下棋的对手，那玛丽永远只看得到一步，而伊丽莎白至少能看到三步，在她身边高参的帮助下，很多时候甚至可以看到五步。这世道，完全不是玛丽所想像的样子。
第二件事，在1569年的11月，经过长期酝酿的起义在北方大领主诺森伯兰伯爵和威斯特摩兰伯爵的带领下终于爆发了。他们组成了由700个骑士组成的军团。在布朗四佩斯城堡（Brancepeth Castle)聚集后向达勒姆（Durham）挺进。一路上他们没有受到任何阻拦，北方的城镇一座座被他们占领，还受到民众的夹道欢迎和跟随。他们打出的口号是：一要推翻伊丽莎白新教的统治，恢复天主教，二是释放玛丽·斯图亚特，拥戴玛丽女王继位为王！他们认定这一行动必然会得到法国和西班牙的支持，事实上他们是得到了不知多少次的口头承诺。于是毫不顾忌，在占领达勒姆之后，在达勒姆大教堂举行了盛大的天主教弥撒，公开向圣公教的伊丽莎白挑战。与此同时诺福克给玛丽送上一枚戒指作为信物，然后匆匆离开伦敦，躲进他肯特郡的老家。
这件事确实在英格兰北方地区引起了骚动，并得到了广泛的响应。虽说玫瑰战争已经过去了一百多年，但约克家族和兰开斯特家族之间深埋在骨子里的矛盾，或者说对都铎王朝的不满是难以彻底清除的。1536年到1537年间，亨利八世就曾经残酷地镇压过一次北方天主教徒的暴乱，那个痛苦的记忆至今还难以抹去，新的反叛又来了。不能不说，这是对伊丽莎白在位期间最为严峻的考验。
伦敦已是人心惶惶，人们害怕战乱被无谓殃及，都已纷纷离开。皇室以及枢密院大臣也都撤到了温莎堡，整个英格兰笼罩在一片恐慌中。
就在此时，苏塞克斯伯爵结集了10万大军迎北而上。他们没有直接进攻约克，而是转向了巴纳德城堡。诺森伯兰和威斯特摩兰的军团一听到大名鼎鼎的苏塞克斯伯爵挂帅带领10万大军压境而来，顿时惊慌失措朝改变攻打伦敦的计划，朝海边港口撤去，指望西班牙派军舰前来支援他们。结果西班牙的腓力二世只是嘴巴说说而已，根本没有行动。就这样，北方起义军不战而败，溃不成军，逃的逃，被抓的抓，诺森伯兰和威斯特摩兰也逃到了苏格兰。就这样有惊无险，平息了一场叛乱。
在此期间，玛丽又被迫搬家，只允许她带了简单的随身物品，搬到哪她也不知道。此刻所有人都是忧心忡忡，没人理会她的好奇。而且就凭塞西尔又派来的冷酷的黑斯廷伯爵加强看守就知道形势严峻了。这回玛丽一点也没闹，虽然没人告诉她发生了什么，但她心知肚明。有一天一个机灵的小侍童朝她走来说：向日葵，然后诡异地一笑。玛丽知道这是民间拥护玛丽派的暗语，玛丽会心一笑，说，小家伙，你还小，不要搅进这样的事。可是这个小男孩走过来说，他们是要把你送到考文垂，你要是需要送信给什么人，我可以帮忙。这可是重要的情报啊！足以让起义军知道她的去向，好来营救她。这个小男孩就是后来为了玛丽女王英勇牺牲的那个巴宾顿。
这段时间玛丽每天都是在心急如焚的等待中，等待着北方大军来解救她，等待诺福克公爵带给她好消息。似乎一切都将时来运转，尤其她的罗斯主教大人，约翰·莱斯利，每封信都在激励着玛丽，仿佛恢复自由和登上王位都是指日可待。她兴奋得像一只跃跃欲试的小鹿，围着自己的房间团团转。她没有忘记每天给诺福克公爵写一封信，在这种时刻，玛丽知道这次联姻事关重大，她知道如何抓住男人的心。可是没想到，过了好几天还是没有动静，不但收不到来自诺森伯兰和威斯特摩兰的信，连她的主教大人的信也没有。看着周围的人似乎平静了下来，心里暗暗叫苦。果然约翰·莱斯利终于来了信，告诉她起义失败了。
随后就都是可怕的消息了。这一回伊丽莎白不再仁慈，她最终还是学会了残忍。对北方叛军进行了残酷处罚。诺森伯兰虽然逃到了苏格兰，但被莫里抓住，把他出卖给了伊丽莎白，随后在约克被斩首，没收全部土地财产；威斯特摩兰逃掉了，一辈子逃亡，死在了贫困中；跟随他们的700位骑士全部绞死，把他们的尸体挂在他们村镇的路口示众……。英格兰北部，约克地区一直是都铎王朝的眼中钉，肉中刺，。通过这一次的较量，北方起义的落败标志着英格兰北部贵族力量的彻底没落。
