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中医的关键问题并不是人们不承认中医的实用效果，而是中医理论基础的非科学成分和现行的研究手段（甚至谈不上研究！还不如说在背书）有很大问题。
西医有现在不能解决的问题，甚至一些错误，但那些主要是由于科学研究的不完全造成的，就像网友说的，随着科学的进步，会慢慢解决，建立在现代生物学的基础上，是个不断证伪的过程。
但是中医，哪怕是很资深的老中医，很多是没有经过科学研究训练的，连一些基本的生物化学，细胞生物学的常识都不懂。他们也许医术/经验不错，但基本上还在延续几千年来的经验型的方法手段来延续教学，这个本身就阻滞了中医的发展，非常不利于中医的推广和造福人类。师傅教学本身就是个非常落后的，无可奈何的学习方式。越是对老中医的推崇备至，越是会将中医拖入迟滞发展的泥潭。
那为什么中医不能很好的像西医一样教学呢，因为中医没有一套完备严谨的知识体系结构，很多东西只有经验，没有原理可言，可仿不可究。比如诊断四大法宝之一的摸脉，到现在还只能完全凭感觉经验，不能量化。试问有哪位老中医能告诉你一种他能确诊的疾病的脉象的压力，频率，振幅这几个最基本的物理统计数据？这几乎应该是任何一个做研究的人都可以立刻想到的吧（甚至一般的理科大学生都能想到）？就算这些基本数据现在不能被100%精确测量(就这几个参数来说,这几乎不可能)，或者我们也暂时不知道这些数据是否有用，或甚至这些数据可能最终会被拿来证明把脉的不可确定性的方面。但我们都知道，科学研究一路走来，多少数据不都是从很简陋的仪器收集开始，然后才慢慢改善的吗？问题是中医的教学/实践理念从根本上否决了这种收集数据的企图，而那些号称中医专家的人同样是对此嗤之以鼻，不屑一顾！
另外，中医本身的理论中有很多牵强附会的成分，听上去头头是道，但其实等于啥也没说。比如最基本的阴阳学说，我如果把一本中医书里的阴和阳二字都改成另一对相对的字（比如水/火，天/地，日/月，正/负），也听起来完全一样头头是道，但还是不知道是个啥东东。而中医也不打算去真正考证这个东东的物质载体（注意，这里也不光指有形的东西，比如电/磁场或其他物质形式也可能存在或不存在，尚需要科学的证明），只是变来变去的忽悠。反观西医或科学界，简单举个例子：经过几代人的努力反复设计各种试验研究细胞膜电位后，就慢慢搞清楚了细胞内外的正负电荷变化规律和一般模式，提供了理论基础。而可笑的是现在有些人搞中医的人竟然恬不知耻的挂上羊头说：“看哪！中医在几千年前就用阴阳理论来解释了！”说这些话的人，更多的是根本就没做过科研的人，更谈不上兼具科学的素质，光知道投机取巧，说他们是江湖医生一点都不过分。
中医里是有很多经验性的好药方和方法（比如某些针灸手段），但是其植根的土壤不对，可以说停留在非常肤浅的研究水平上，还总以经验和不可知论为借口，只用不研，要研也多是浅尝则止（这跟国内的浮躁学术气氛有很大关系，有些实验室并不是没钱）。青霉素是最简单的一个西医成功例子，同样最早是从日常生活中的霉菌中偶然发现的，按中医的方法就会很快弄个几两几钱的所谓秘方（也许这也算中医的博大精深之处吧）出来（比如西瓜霜），没几天就能当草药卖，宝库从此又多了一宝。可是在西医那里，研究人员就能静下心来不断的分离纯化，做对照实验，养细菌作不同的对照试验，动物实验，作临床试验（注意，中医常常直接用人就开试，治好了说神奇，治不好就打马虎眼，是负责的态度吗？），分析有效成分和化学结构，最终了解到其细胞学机制原理，从而还给抗药性（中医的药同样有）的研究和避免提供了理论依据，各种化学合成的改进型也推出，极大的降低了成本和生产周期，让更多的人能够使用。青霉素这种特效药花了近十年的时间才走完从发现到临床应用的过程。光这一种药，几十年间就以极低的成本救活了成千万的人。试问哪种中医的宝药曾为人类健康做出过这么大的贡献？当然，青霉素的例子可以算是运气好的，有些有效成分很可能涉及多种物质的相互作用，会花更多的时间，但是若按中医的方法，连最简单的也是无法深入的。所以方舟子用了一个词来总结他对中医的希望，说"弃医研药"（这里的药应该是广义的，还包括一些治疗方法手段，比如针灸，哪怕是研究证明一些东西的无效性也是不无裨益的），听上去好像伤感情，其实是直中要害。
西医之所以能在较短的历史时间内超越中医就是在于其方法论上的唯物性和科学性，中医要是不服输，就得改掉其自身糟粕，引进科学的态度和研究手段，老老实实（这点最重要）的补科学的课。否则，那些好药和方法的原理机制早晚被外国人用西医的研究方法证明了去，更不要说保护和利用祖国医学遗产了，根本就是在糟蹋东西和误导大众。
最后，就中医治好了过一些急/绝症，甚至于濒临死亡边缘，西医已束手无策的案例这一点来说，需要统计学上的显著性差异数据才能说明问题，不能只拿一些没有对照，没有抽样调查的个例来举例。因为可能的因素太多太多，简单的比如那个西医医生的医术，病人的个体差异，具体病因，心理治疗刺激等等。而且很多情况下，绝症病人一般会死马当活马医，什么都试试，没有很好的对照比较，又如何分得清是谁治好的呢？而从生物学上讲，比如同样是癌症，种类就不下几十种，而且每种还有很多细分的亚种，同样是乳癌细胞，实验室建立的细胞学模型就有多达上百种乳癌细胞系，每一种都有其不同的生物化学和基因学上的差异！科学界投入近一半的人力物力和几十年的时间都还在不断深入修正中，中医那种不求甚解的治疗理念，基本上就是瞎猫碰死耗子。
即便在纯西医的医院里，同样也有被宣布无救的病人自身恢复了的，这是很神奇，但肯定不是任何医学的功劳。
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