1946年5月蒋介石的国民政府从重庆还都南京，仍以此地为国民政府府邸。1948年5月蒋介石当选为总统，国民政府即改为总统府。直至1949年4月23日结束。
解放后一直是各类机关用地，近几年党政军及各企事业单位陆续迁出。经数年修复，对外开放。成为世界各地来南京游客必到之处。