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在國軍即將完成「精進案」達到人員編制精簡的政策後，基於戰力提升與指管統一，空軍在2003年夏季，將現有分屬3個單位的偵照、電戰及空中預警三大支援戰力統合編制，目前全案已朝向復編第6大隊的方向進行，擴編案在2005年通過編裝及完成初期「假編裝」程序，2008年夏季正式編成「第6電偵大隊」。
空軍偵察機部隊在1950及1960年代，曾有過1大隊及另2個獨立中隊的龐大編制，當時大隊的編制是屬於空軍第6大隊，大隊下轄第12中隊及第4中隊。而2個獨立中隊則是由美國中央情報局一手主導及安排任務，分別是執行低空電子偵察的第34中隊（蝙蝠中隊）及專飛高空任務的U2偵察機的第35中隊（黑貓中隊）。
第6大隊，可以說是空軍戰功最彪炳的部隊之一，但也因為時常執行高危險性的偵察任務，因此傷亡比率佔全軍之冠。不過，第34中隊及第35中隊都是由美國中央情報局指定空軍做任務派遣，自主較少。因此，偵正屬於空軍的偵察機部隊，就是只有第6大隊。
在空軍裡，偵照部隊的飛行員總是與其他戰機中隊的飛行員「保持距離」，因為任務等級相差太多，在台海數十年的空戰經驗中，幾乎每一次都是因為台灣派出偵察機執行中國大陸領空的偵照任務，因而引發雙方空戰的。也因此，偵察機部隊的機密性，也讓其他部隊的飛行員不願與其多接觸。
依據正式的記載，我國空軍自從國民黨政府撤守台灣之後，一共有1271位空勤人員在任務中殉職，其中屬於偵照與偵測部隊的約在200人左右。根據記錄顯示，在大陸上空一共有33架屬於台灣空軍偵察機部隊的大小飛機被擊落，大陸方面搜獲死亡空勤機組員162人，生擒8人。
其中，第4中隊有6架遭擊落，4人殉職。第12隊也有6架遭擊落，6人殉職。第34中隊有15架被擊落，148人殉職。第35中隊也有6架U-2被擊落，4人殉職。
第4中隊是解放軍眼中的「妖中妖」
第4中隊在台海偵照戰史中，曾是中國解放軍眼中的「妖中妖」，因為這個部隊曾使用美製的RF-101偵察機，而101的軍隊用語是「么洞么」，由於RF-101偵察機執行任務的頻率極高，造成中國軍方極大的困擾，因而將其稱為「妖中妖」。
RF-101偵察機時代結束後，第4中隊也隨之裁編。直到1995年空軍為因應RF-104G戰機的即將除役，在由新加坡做修改的RF-5E「虎眼式」偵察機返國服役之後，第4中隊也在裁編20年後再次復編。
RF-5E「虎眼式」偵察機，是由F-5E「中正號」戰機改型而成，外型上最大的不同處，在於機鼻動過「整容手術」機。RF-5E雖然是偵察機，但是仍可掛載AIM-9飛彈。
雖然戰術偵照任務因衛星科技的發展而式微，但基於戰術偵照是屬於我國自行哂玫能娛沦Y源，不必經由美國與法國等的協助，因此我國空軍在F-104戰機除役後，暫時以第4中隊的RF-5E擔負偵照任務。
至於隊史悠久的第12隊，在依計劃換裝美製的F-16A(MLU)戰機，並在美方提供偵照莢艙的裝備下，在2006年夏季已換裝完畢，繼續承擔我國戰術偵照任務。
就目前所得知的作戰記錄中，有關第4中隊的部分最壯烈的一次是在1965年3月18日，當天上午10時許，第4中隊的副隊長鄒寶書與輔導官張育保，駕駛RF-101A偵察機前往廣東靖海海域的汕頭、南澳、東山等地進行偵照。
10 時38分時，2架RF-101A偵察機遭到解放軍米格19戰機的攔截，張育保的「5656」號座機由於供油系不順，因此無法以最高速度衝出重圍，因而遭到解放軍戰機擊中，凌空分解，張育保中校殉職，成為解放軍米格19戰機首次作戰任務下的犧牲品。擊落張育保的是屬於解放軍空軍第18師的高長吉。
經過多年征戰，第4中隊在美方以提供更高性能偵察機裝備另一個中隊，也就是提供更新的RF-104G給獨立第12隊的交換條件下，正式裁撤。
但到了1992年，空軍基於RF-104G偵察機已面臨壽命極限，而在F-16仍未完成偵照挾艙接收之前，必須要執行最基本的偵照任務，因而將7架飛行時數較ˋ少的F-5E戰機交由新加坡「宇航」公司進行偵照機鼻的改裝。全案於1996年完成，1997年8月14日第60屆814空軍節慶祝典禮中，在台中清泉崗機場首度與國人見面，第4中隊復編成軍，裝備7架RF-5E及2架F-5F雙座機。
歷史悠久 戰績卓著的第12隊
除了第4中隊之外，空軍還有一支歷史悠久，戰績卓著的偵察機部隊，那就是第12獨立隊。目前第12隊已完成F-16戰機的換裝，而向美方採購的偵照挾艙則在2004年陸續接收。
在第12隊完成F-16戰機換訓之前，這個部隊是使用RF-104G偵察機，更早以前則是使用RF-84、RF-86F，以及由P-38改裝而來的F-5E及由P-51改裝而來的RF-51等機種。
不過，在12隊的裝備清單中，無疑的，「長距離高空掃瞄式相機（LOROP）」是最為機密的一項設備。這個代號為「始安計劃」的「PC-201」相機換裝作業，在換裝完成時，第12隊可以說是遠東地區最好的空偵機隊，偵照作業進行的相當完美。
只不過隨著F-104的除役，「始安計劃」也將不可避免的遭到封存的命摺 |
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