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三脚猫看阎颜之争 - 简评颜宁2014工作模型

(2019-08-03 14:23:18) 下一个

简评一下当下阎颜之争最为热议的话题 - 到底哪些是小颜Nature2014 讨论中与提出的工作模型有关的生化数据 (published biochemical data)?

首先要搞清楚2014 working model 有3部分即:a) 四构象循环构成转运的基本骨架(framework).  b) ICH Domain (内门闩).  这一内门闩是小颜团队的重要结果。非葡萄糖转运蛋白GLUT所特有,但也不是MFS 大家庭的共性。内门闩为糖转运蛋白的共性。小颜Nature2012 和2014都有重要结果包括点突变和生化功能测定的数据。SwipeTheFox已令人信服地考证出 published biochemical data 至少应指这个。  c) Extracellular Gate (外门一道)。主要由来自TM7-TM10及TM1-TM4 的残基组成。小颜有高精度3维结构在手. 这道门基本可说是“看见”的。这内门闩与外门一道可以“掛”进构象循环的骨架中去进而形成丰富一点的模型. 可以说大讨论的焦点之一是关于这四构象循环。 为了方便沒有机会直接看Nature2014原文的网友门,俺在这里把二个"外掛"拿掉重点显示这四象循环如下:

老阎一直在重锤追问的是这四象循环到底是怎么出来的 ? 有“published biochemical data”吗? 小颜上次用“碰瓷”说和马列经典说吓唬了一下吃瓜群众,这个不算数,可以理解谁都会在情急之中说错话的。尤其小颜刚从鲜花盛开的科普乐园出来不久。习惯于表演赛了, 从没碰到过老阎这种真刀真枪上来的。 因为至今小颜没再说什么,老阎实锤“剽窃”都上来了, 此时各尽所能小心考证也是求真求善之道。

本人认为从Nature2014行文看关于四象转换循环作者没有很相关的生化数据。但这不是问题,并无那条规矩每一部分必要有 “biochemical data”.  值得指出的是在2014图五细注中作者的用词是“predict".   Google 'Predict' 的定义为 - stated or estimated as likely in the future.  小颜解了整个领域盼望己久的人GLUT1结构,结束了"瞎子摸象"的时代,在这个意义上小颜爱predict什么就predict什么. 她不predict 恐怕编辑还要请她多predict一下呢 (your thoughts and insight will be greatly appreciated).

确如老阎指出的这Nature2014 working model 不可能是GLUT特有,因为其中二个构象源于XylE (木糖转运蛋白)。这个'源于'也是比较虚的关系。XylE 结构是ligand-bound outward PARTLY occluded, 你不可能用computational modeling 去做出GLUT ligand-bound outward (Fully) occluded的结构。 Here predicted is really just predicted.   当然不能瞎Predict.  本人认为需要指出的是四象循环这一基本骨架(Framework) 己经显示出是MFS大家庭的基本共性。证据嘛白纸黑字摆在那里。小颜2013生化进展综述图3a不是四构象循环是啥?“Schematic diagram to illustrate the alternating access mechanism for MFS transporter”.  文中的叙述是“To complete a transport cycle, a transporter must undergo distinct conformational shift, producing the outward-facing, occluded, and inward-facing, and inward-facing states for upload and release of substrate(s) across the lipid Bilayer”.   小颜在2013综述中作了进一步详细分析了。特别指出整个MFS领域还没有能从同一个蛋白上获得多个不同的构象(golden standard) 所以目前还得利用生化和生物物理的实验方法和数据。 “Owing to the lack of multiple conformations for any given MFS transporter, visualization of the transport cycle of MFS proteins was derived largely from biochemical and biophysical investigations”

这听起来有点意思了,小颜这里在讲“published biochemical data”了(:-)  那家的?

小颜中意的是老卡的文章! Kaback, HR.et al (2012) The alternating access transport mechanism in LacY.  J. Member. Biol. 239:85-93.   这篇文章内容很丰富, 值得一读。指出一点事实该文没引老阎的文章。

综上所述小顏Nature2014 讨论部分工作模型没大问题.  马后炮一句阐述及引文上是否可以更清淅些? 本来在这构象循环上做为MFS 大家族的一支GLUT1-4与MFS 是相辅相承的关系。没有什么GLUT 特异的构象循环基本骨架。 Nature2014 "Based on OUR structural analysis and published biochemical data we propose a working model ..." 就有点象一曲GLUT 咏叹调,一张口稍高了小半度,把MFS 大家庭的成果与背景全抛掉了.  设想一下假如小颜在此引了自己2013综述,老阎这么找来了第一反应就让老阎好好阅读学习一下自己这一综述。另外“Outward open conformation remains to be captured”也不是凭空猜的。可以指出来自MFS大家庭的FucP结构己有( Nature2012图五己用过了)。因为抛掉了MFS,  在2014文中四象循环基本骨架上GLUT是孤军奋战了。老阎这么个追问法很难一五一十讲清楚。看来predicted 就是predicted.  Predict 又怎么着了? 大家庭人们心中有数。

重要的是向前看。仅仅一年后小颜团队又破解了2个人葡萄糖蛋白结构,一定程度上解决了这个从同一个蛋白(GLUT1 和GLUT3 高度同源)获得多个不同构象的难题。Nature2016题目就是“Molecular basis of ligand recognition and transporter by glucose transporters”.  至此小颜可以在蛋白质三维结构的水平上正式开讲葡萄糖转运是怎么進行的- 即机理也。有道是男女老少皆爱听,都说抗癌有希望.

参考文献:

Deng, D., et al “Crystal structure of the human glucose transporter GLUT1” Nature 2014. 510:121-125

Yan, N “Structural advances for the major facilitator superfamily (MFS) transporters” Trends in Biochemical Sciences 2013, 38:151-159

Deng, D., et all “Molecular basis of ligand recognition and transporter by glucose transporters” Nature 2015. 526:391-396

SwiperTheFox_文学城博客: https://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201907/14748.html

 

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评论
Stegy223 回复 悄悄话 “讨论部分自由发挥”使得。当然也不能瞎claim. 放在一个working model 里是说得过去得。per JessAB
"working model还有另一层意思就是指这个GLUT1转运模型不是铁板钉钉, 还没有被完全搞清楚, 没有被百分之百确证, 还有待于进一步确定. 在科研中很多还没有被完全确定有叫working structure, working mechanism, working hypothesis."


Stegy223 回复 悄悄话 在别处见到一网友的评论觉得有一定道理也蛮来劲,这里做个学习笔记 - “(文章)讨论部分自由发挥”
老泉 回复 悄悄话 回复 'Stegy223' 的评论 : 她是用了AAM理论开头,在文中引了几次,文献26,27,33,因此是承认了共性。图五只谈GLUT1, 小范围但内容丰富,增加了只有GLUT1才有的细节。这只是glut1的working model. 因此文献28,29的生化数据才特别重要,因为要用替身。如果她谈整个家族的working model, 那就要其他数据。但是她也没有多少数据做generalization.
Stegy223 回复 悄悄话 回复 'Keyo' 的评论 : "Nature原文那个句子中的published biochemical data,是指整个图5需要用的所有生化数据。”

是的。如果在这里引一下文献28那意思就是文献28 is the only biochemical data which is relevant to the entire content of the working model. 这样似乎没多少生化数据嘛, also can't be the entire story。 反过来,那个冒冒头句子没引文献28不能说文献28不可以是biochemical data 的来源之一。

个人观点"Based on Our structural analysis and (our) published biochemical data ....". 这句话起调太强,完全排除了MFS 大家庭的所有有关的生化数据。譬如小颜2013综述中特别引了的老卡那篇综述中谈到的所有的数据。最重要的point是四构象循环是MFS 大家庭的共性而不是GLUT1小家庭的特性。在GLUT1 单一结构之前四构象循环己经摆在那儿了。完全抛开MFS来谈造成了仅就Nature2014来讲GLUT1孤军奋战这一状况。

Keyo 回复 悄悄话 回复 'Stegy223' 的评论 : “... 其实没有在published biochemical data后引28,29已经明确了文献28,29不是生化数据的来源”

这点不成立。
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我把原句改一下:... 其实没有在published biochemical data后引28,29已经明确否定了文献28,29是published biochemical data的来源。

Nature原文那个句子中的published biochemical data,是指整个图5需要用的所有生化数据。对于问题”published biochemical data后为什么没引用文献28,29?“, 答案”文献28,29不是published biochemical data的来源“没有错。 所以我的原话在进一步明确”生化数据“的含义后依然是成立的。

我理解博主的质疑,即使那些质疑被完全确认,我的原话依然大部分成立。
Stegy223 回复 悄悄话 谢谢老泉下面这一段。讲的清晰有理。

老泉 回复 悄悄话 回复 'Keyo' 的评论 : 另外从小颜研究进展,发表结果的时间顺序及研究结果相关性方面谈为什么要引文献28,29的生化数据。2012年,小颜拿到XyIE晶体及分子构象,利用生化数据,她们模拟了GLUT1构象。她在2012文中说了,不用已知的LacY构象模拟GLUT1。到了2014,她们搞定了GLUT1的一个构象了,就开始谈其AAM机理。按照这个理论,她可画四个构象完成一个循环。开口向内构象己知。开口向外构象从分子模型上可作一些推断。对于半开半合的二个构象,则需要用替身来预测。2012文说了,LacY不是好替身,不用来作预测。但XyIE从生化角度与GLUT1相似度高,因此可作替身,用其构象预测GLUT1构象,更接近真实情况。这应该是内在逻辑,这也是为什么要用文献28,29的原因。在2014文中有几处引了28,29,说明是XyIE 构象,但是用这些构象去预测GLUT1 的相应构象,要根据二种分子结构不同作调整或预测,则需要有她自己的生化数据支持。如果是同行,了解她的研究及进展,对于她2014文中描述是清楚的。把2012到2014时间段发表二文与Maloney 生前活动联系是异想天开。把颜说的生化数据与Maloney93年文章中TM7三区示意图,硬扯在一起,也没有根据。至于是不是要其他生化数据证明向内向外构象转变,也是不一定的。小颜用了AAM作基础,也有各构象的计算机模型,而且只是propose working model (至少大家现在都同意这个是working model)。老阎现在不也改口,大提pathway了吗?他转得比谁都快。他们93年用的探针及突变方法,别人早就用过,他们也没有引有关探针的文献。
Stegy223 回复 悄悄话 另外想到一点。关于文献28与生化数据的关系Keyo 的推敲方法更适用于法律文件。小颜这里是科技文章讨论部分,行文方面作者有相当大的自由度。

Stegy223 回复 悄悄话 文献28怎么不能是工作模型中关于ICH domain (内门闩)的 生化数据 的来源呢?
Stegy223 回复 悄悄话 回复 'Keyo' 的评论 :
> "文献28,29是相关构象的来源,两处引用28,29的地方(图5说明和图5不远处文本中)都是这个意思"

都同意这点。

> “... 其实没有在published biochemical data后引28,29已经明确了文献28,29不是生化数据的来源”

这点不成立。
1. 颜文关于生化数据究竞指哪些没有注好是事实
2. 这里并不是现在摇身一变泛泛地说文献28, 29即是二个构象的来源又是生化数据的来源。而是specifically 文献28(即小颜自己的Nature2012) 对ICH domain 做了深入研究。点突变活蛋白经二种功能性生化实验测定。在这一点上a)白纸黑字加彩图写在Nature2012里,b) 当时天下还没有第二家有关于ICH domain 的同样水平的结果。文献28怎么不能是工作模型中关于ICH domain (内门闩)的来源呢?


Stegy223 回复 悄悄话 谢谢Keyo留言。老阎的地方己十分拥挤,另外来回说多了也会给人以碰瓷之嫌。俺这里很空,同一点可以从不同角度来回说三遍 (-:),希望这有助于讨论问题

Keyo 回复 悄悄话 抱歉, 改重要错字重贴

回复 '老泉' 的评论 : "回复 'ft' 的评论 : She had a parenthesis (Figure 5)after the sentence and then in Figure 5, she cited the actual reference 28. This is reasonable.
She uses her biochemical data to support her working model and her detail description about the model.
Older Yan is obsessed with particular old biochemical data used to prove his point. As Ms. Yan mentioned that she simply used the AAM model as the starting point and set her eyes on higher level description of the updated model. One can talk a simple model about outward/inward opening over and over again, or one can choose to provide new insight to make existing model better. Ms. Yan did the latter."

文献28,29是相关构象的来源,两处引用28,29的地方(图5说明和图5不远处文本中)都是这个意思,这件重要的事情重复两遍。

如果文献28,29是生化数据的来源,可在1.published biochemical data后;2,(FIG5.)括号前;3.(FIG5.)括号后;4.图5标题后四个地方引28,29. 不过这几个地方都没引28,29, 这就是说:“文献28,29不是生化数据的来源”被重复了四遍。

其实没有在published biochemical data后引28,29已经明确了文献28,29不是生化数据的来源。图5标题是和”published biochemical data“八竿子加一条胳膊都够不着的地方,引了28,28也不能表明文献28,29就是生化数据的来源,但是作者在图5标题后没引28,29,不留丝毫余地/完全彻底地否定了”文献28,29是生化数据来源“这一说。

图5说明中引28,29,无论怎么看都是单指”文献28,29是相关构象的来源“。硬把引用28,29和”published biochemical data“扯在一起,那不就是在引用28,29的句子里加入”published biochemical data“吗?要是能加”published biochemical data“,别的乱七八糟词组不就也能加到引用文献28,29的地方了?照此理颜宁的文章还有法读吗?!
Keyo 回复 悄悄话 看在这里能不能贴上

回复 '老泉' 的评论 : "回复 'ft' 的评论 : She had a parenthesis (Figure 5)after the sentence and then in Figure 5, she cited the actual reference 28. This is reasonable.
She uses her biochemical data to support her working model and her detail description about the model.
Older Yan is obsessed with particular old biochemical data used to prove his point. As Ms. Yan mentioned that she simply used the AAM model as the starting point and set her eyes on higher level description of the updated model. One can talk a simple model about outward/inward opening over and over again, or one can choose to provide new insight to make existing model better. Ms. Yan did the latter."

文献28,29是相关构象的来源,两处引用28,29的地方(图5说明和图5不远处文本中)都是这个意思,这件重要的事情重复了两遍。

如果文献28,29是生化数据的来源,可在1.unpublished biochemical data后;2,(FIG5.)括号前;3.(FIG5.)括号后;4.图5标题后四个地方引28,29. 不过这几个地方都没引28,29, 这就是说:“文献28,29不是生化数据的来源”被重复了四遍。

其实没有在unpublished biochemical data后引28,29已经明确了文献28,29不是生化数据的来源。图5标题是和”unpublished biochemical data“八竿子加一条胳膊都够不着的地方,引了28,28也不能表明文献28,29就是生化数据的来源,但是作者在图5标题后没引28,29,不留丝毫余地/完全彻底地否定了”文献28,29是生化数据来源“这一说。

图5说明中引28,29,无论怎么看都是单指”文献28,29是相关构象的来源“。硬把引用28,29和”unpublished biochemical data“扯在一起,那不就是在引用28,29的句子里加入”unpublished biochemical data“吗?要是能加”unpublished biochemical data“,别的乱七八糟词组不就也能加到引用文献28,29的地方了?照此理颜宁的文章还有法读吗?!
老泉 回复 悄悄话 回复 'Stegy223' 的评论 : Thanks for responding to ft on reference 28. People are so critical about every word in that 2014 paper. Frankly, they should look at they they said or commented in that blog . As for citation, the author makes decision based on relevance. For example, the following paragraph is from Yan's 93 paper and one may ask if they should add references in several sentence.

The amino acid sequences of more than 100 distinct
membrane carrier proteins are available as a result of molecular
studies, and there is general consensus that hydropathy
analysis can identify two main groups in this collection
(Ambudkar et al., 1990; Maloney, 1990; Saier,
1993). Members of the larger'group, which includes both
prokaryote and eukaryote examples, are expected to have
10-12 transmembrane segments, while members of the
smaller group, comprised largely of exchange carriers
from mitochondria and chloroplasts, are believed to have
5-7 transmembrane segments. Information from the few
model systems also accessible to biochemical study lends
added support to this simple classification.
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Stegy223' 的评论 :

我可以回答这个问题: 在回答之前特别强调一句: 所谓"鸡同鸭讲"的一个重要原因是有人没读paper, 特别是2014. 文中写得轻轻楚楚, 根本就是不该问的问题. 所以我一直跟阎润涛说让他把文章好好读懂了. 他问的问题都是好好读文章的基础上可以回答的问题.

ICH的重要性是从2012的生化实验的出来的结论. 而为何重要以及对机理的贡献来自对晶体结构的研究. 简短节说: ICH 的各部分互相以及与跨膜区之间形成了各种氢键, 互相作用.

并且颜2014并没有止步于此, 后面我没贴的一段,详细分析了Glut1 与 XylE 的 不同.

Nearly half of the mutations derived from GLUT1 deficiency syndrome
map to residues that mediate the inter-domain contacts on the
cytosolic side (Fig. 3c and Extended Data Fig. 5). In the outward-facing
XylE, several conserved GLUT1-deficiency-sydrome-associated residues
contribute to the interactions between the N and C domains along
the intracellular side of themembrane, thereby stabilizing the outwardfacing
conformation (Figs 2 and 3c).The guanidiniumgroup of Arg 153
at the intracellular end of transmembrane 5 (TM5) forms two hydrogen
bonds with the carbonyl oxygen of Lys 458 which is on the loop preceding
IC5. Arg 212 on IC2 interactswithGlu 461 on IC5.Most notably,
Asp 329 seems to have a critical role in themaintenance of the outwardfacing
conformation of XylE with its carboxylate group accepting two hydrogen bonds fromthe backbone amide groups of Gly 154 and Lys 155.
These hydrogen bonds are further stabilized by a pair of charge-stabilized
hydrogen bonds between Asp329 and Arg 333.
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小颜自己的生化数据可以肯定地说包括Nature2012. 小颜在Working model图五细注中 凭什么说"The ICH domain is illustrated as a latch that strengthens the intracellular gate in the outward-facing conformations"? 生化数据在Nature2012 "functional significance of the SP signature motifs" 一节中(364-365页)。点突变活蛋白经二种功能性生化测定(cell-based uptake and proteolipodomebased counterflow).
Nekono_88 回复 悄悄话 回复 'Stegy223' 的评论 : 胡适先生是我的同乡呢。
Stegy223 回复 悄悄话 “ft 2019-08-08 18:18:48 回复 悄悄话 老泉,你回复我的帖子时说小颜论文里图5标注的文献索引28,29就是生化数据的来源。下面是keyo的反驳。尤其keyo说小颜论文强调28,29不是生化数据。我想看看你对keyo这一评论的见解,你认同keyo的评论吗? ”
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小颜自己的生化数据可以肯定地说包括Nature2012. 小颜在Working model图五细注中 凭什么说"The ICH domain is illustrated as a latch that strengthens the intracellular gate in the outward-facing conformations"? 生化数据在Nature2012 "functional significance of the SP signature motifs" 一节中(364-365页)。点突变活蛋白经二种功能性生化测定(cell-based uptake and proteolipodomebased counterflow).
Stegy223 回复 悄悄话 回复 'Nekono_88' 的评论 : 谢谢Nekono 回复。本人是中途介入的旁观者,无队伍。相信胡适先生的经典“大胆假设,小心考证”。对于发表了的文章总能疏理出个来龙去脉的。

没有介入当时你和Fox 讨论。在Yan-Maloney model 这点上俺从没评过一句。确实不知你说的转运蛋白模型一日游贴不见了是咋回事。

关于小颜图五引文28(Nature2012) 有无相关生化数据,俺确有话说。
Nekono_88 回复 悄悄话 回复 'Stegy223' 的评论 : 转个评论给你看看,狐仙儿坚决不回答我的问题。

回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 狐狸阁下,你为啥删掉了7月15日的帖子“转运蛋白模型一日游 (五)总结”以及后面的评论?

就因为在7月15日的帖子“转运蛋白模型一日游 (五)总结”的最初版本中,我和你讨论,你说“目前看过的文献来看, Yan_Maloney模型只出现在阎的博客里,没有出现在科学杂志里,就是说在科学界不存在”。我只好问你“‘The best characterized members of the family are UhpT and GlpT, both of E. coli, for which detailed topological models have been presented (29, 90, 91).’ 这是被引用了1281次的综述“Major facilitator superfamily(1998)”文章里的原话。其中文献90, 91分别是大阎1993和1995的文章。队友阁下,在这里"models"是啥意思?”。我再说“这就是你‘看了这么多文献,没有一篇文献用模型一词来提阎的两篇论文’。反证”,到这时你才无奈地承认你错了,有大阎的模型。

我当时对你勇于承认错误,这种有担当的行为,颇为欣赏。没想到你把帖子“转运蛋白模型一日游 (五)总结”以及后面的评论全删了,叫我怎么说你才好。
100年前,国学大师辜鸿铭一言以蔽之,他曾形容中国人:温和平静,稳重节制,从容练达。
绅士风度是西方国家公众,特别是英国男性公众所崇尚的基本礼仪规范。经要求在公众交往中注意自己的仪容举止,风姿优雅,能给人留下彬彬有礼和富有教养的印象。多指男士彬彬有礼的样子。 其基本要素是:礼貌 、尊重、尊严、礼仪。
但在半个世纪以来,中国人的样子似乎却慢慢消失了,“假装情义”、“揣度他人”、“戾气满满”、“好利急功”,“无利不往来”、“傲慢无节制”几乎变成了社会主流价值观和社会低落情绪。
且不论东方或西方,你以及你的队友们的所作所为对照一下,是不是还有颇多改进之处?

回复 'Fanreninus' 的评论 : 我有点明白了,狐狸为啥删掉了7月15日的帖子“转运蛋白模型一日游 (五)总结”以及后面的评论。因为我读了图5提到的28,29两篇文献,发现都是关于晶体结构的,在评论中我就直说是关于晶体结构的,没有直接支持的生化数据。这样狐狸的辩说就站不住脚了。然后的然后,这个帖子连同后边的评论,就悄悄地消失了。明白了,明白了。高实在是高,高家庄的高。
Nekono_88 回复 悄悄话 回复 'Stegy223' 的评论 : 我表扬的三脚猫JessAB,不是你,另外十万八千里也是专门表扬一位大牛人的,你应该能猜到是谁的。我一般是别人先表扬我,然后我再礼尚往来。
Stegy223 回复 悄悄话 8/8/2019 “无罪推论”与“自证清白”:
俺怎么看都觉得你偷了俺的东西,特别是俺的思想。其实你很难自证清白。前几年从NPR上听到一 位Scientific American 编辑不相信地球是圆的。怎么能让他相信呢? 把他用卫星送上天亲眼见一见? 他还可以说你们挑了个特殊时间把俺弄上了天。俺在地上的大部分时间地球不是圆的!

从法律的角度讲西方社会用的“无罪推论”确实是有道理的。指控方需要提出全部的证据。这些证据必须经得起严格的检验(beyond reasonable doubt). 这不是一个民意测验过程。 科普尽量要做。但这里确有一些大众不可能都成了科学家才能明白的“科学”。如果要用“民意测验”来给出最终结论,泥牛入海要自证清白怎么说得清?


Stegy223 回复 悄悄话 8/7/2019. 昨天发现Nekono_88把三脚猫拉了出来开涮。文学城里真的假的三脚猫多的去了。咱不能就自作多情对号入座。但这事今后还得多少留意着点

Hakuna Matata


Stegy223 回复 悄悄话 近来不知怎么地又多了关于匿名不匿名的讨论。以前沒留意。仔细想想这匿名还很有好处,可以帮着避免有意无意间狗眼看人低,斯坦福大学教授怎么怎么说了,哈佛大学教授怎么怎么说了 ... 斯坦福大学教授哈佛大学教授手中有真理也很方便来匿名点拨一下嘛。

匿名讨论其实可以帮着大家集中在对事不对人。前提是参与者要有基本素质和遵从基本文明准则。感觉至今绝大部分参与者都做到了这点。
Stegy223 回复 悄悄话 一直觉得working model 是个基本恰当的谦虚的说法。大体上比hypothesis 强一点. 明显地作者沒用Molecular basis, mechanism of sugar transport 之类的词。即还设有正式宣布要谈机理了。

英文特棒的JessAB 刚给working model 找到了一个挺合适的定义。在这里做个学习笔记。

JessAB (86/2019):. “Working”在英文字典里有很多意思, 当用在像在理论上有以下的meaning:
“working” meaning: (of a theory, definition, or title) used as the basis for work or argument and likely to be developed, adapted, or improved later.
Stegy223 回复 悄悄话 在文学城里转一转嚇然发现Nekono_88把三脚猫列在了下面。不可能是说俺吧?要是对俺有意见直接提一下多好。
Hakuna Matata


"回复 'Wtp003' 的评论 : 狐狸曾列出了一串所谓有生化知识背景的支持者,似乎这些人就摇身一变成立膜蛋白的专家,以貌似专业人士的口吻,复制,剪贴,拼拼凑凑,美其名曰科普。结果是漏润百出,要不断地用新谎言新谬论去掩盖前面的谎言和谬论。说老实话这几位所谓的砖家,自已从来就没有发表过有关膜蛋白传送机理的文章,更不用说在细胞和自然这类杂志上发过其它文章了。倒也有些自知之明,称为三脚猫评说膜蛋白传送机理。明明白白表现出只是读几篇文章和论文摘要,就显示自己比小颜还了解小颜的实验设计和论文构思,比大阎还要清楚如何做具体的试验。俨然都成了当今世界上最高水平的膜蛋白传送机理专家,视在细胞和自然发表文章,为探囊取物。然尔却弄出些风马牛,十万八千里之类的所谓“哥的不好”猜想。不过终于还是以第一作者在自然杂志发了超牛雄文,引得砖家们一片喝彩之声,纷纷连大脚指都竖起来了。正在彻夜更新简历,列上自然发表的最新文章。不料恶耗传来,雄文被自然杂志给rejected。昨晚还在爱人面前秀存在,显牛文,哪知道一大清早一盆凉水从头到脚。不仅是自己,连一旁的砖家也目瞪口呆,不行,这个场子一定要找回来。于是乎个个撸起袖子,人手一块板砖,粪不顾身,冲了出来。精彩,我给你们点赞、鼓掌,拍案叫绝。Cool!"
Stegy223 回复 悄悄话 回复'SwiperTheFox'的评论: “1. 门闩 2. TM7的Kink 都是自己的。 3. Extracelluar gate虽然不是首创,也是前沿。 三者的组合目前没有其他蛋白有”

同意这三样加在一起放入这个predicted 四象循环的骨架中 形成一个GLUT Working model 是恰当的。 很明显作者这里沒有用“mechanism”, "molecular basis" 之类的词,那是谈机理了。Working model is a step towards understanding the mechanism/机理。另外工作模型 is not something etched in stone. 工作模型可以被修正,改进和进一步深化。
Stegy223 回复 悄悄话 回复'SwiperTheFox'的评论:
“四象图早已存在,也就是业界早已predicted. 但是由于还没有一个蛋白拿到所有的四象,所以还没有确认。
完整地写应该是: Shown here are the conformations predicted by the scientific community / prior studies . 就这意思了,不字斟句酌了”

这一层意思原文没有表达我认为是一个缺陷。但又不能照你说的写“by the scientific community / prior studies ”. 太泛了,问起来引文呢? 感觉这正是tricky 之处。可以想象当时研究生都可以在实验室小黑板上画着这个四象图,但同时这个四象图并沒到处出现在相关献中。那么小颜能不能引自己2013的生化进展综述呢? 至少那里的四象图在Alternating Access 一节里有较充分的说明。
老泉 回复 悄悄话 回复 'SwiperTheFox' 的评论 : 看了一下原文,你对predicted 的解释是比较靠谱的。本来理论研究进展在那里(1966-2013结果)。为了2014working model, 就需要更多于2013内容。向内开口构象已经被拍到,无争论,向外开构象,待定,但是小颜在2014文中讨论部分从结构方面作了很好的说明。至于两个occluded 结构则需要借助XyLE, 那也是现成的(文献28,29),也是小颜的,有结晶及生化数据。因此她在2014文中说了our biochemical data。2014拿到GluT1的结构,此时提出working model机理,顺理成章。与老阎老板无关,66-92,92-2013之间AAM模型早在那,与老阎九三年模式(非常简单的有可能错的示意图)无关。老阎该休息一下吧。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 确切地说2014图5框架是前人有的。 即四象是predicted by prior studies (路人皆知)

1. 门闩
2。TM7的Kink
都是自己的。
3。 Extracelluar gate虽然不是首创,也是前沿。

三者的组合目前没有其他蛋白有。
SwiperTheFox 回复 悄悄话 关于Glut1 冲外的模型怎么从XylE的结构predict 出来的:

Notably, the structures of XylE bound to D-xylose or D-glucose enabled
homology-based modelling of GLUT1 (ref. 28)

具体homology-based modelling的方法出现在小颜与老卡合作的Paper Madej et al. 2014 (颜2014 文献45)

Homology Modeling. To draw functional conclusions with respect to the GLUTs, homology models of GLUT1, -5, and GlcPSe were generated based on the crystallographic coordinates of XylE (PDB ID codes 4GBY, 4GC0, and 4GBZ) (5).
SwiperTheFox 回复 悄悄话 我一直没在意这个关于predict的争议。 我觉得这一点你的理解有误:

文章写的是:predicted. 不是 " We predicted".

四象图早已存在,也就是业界早已predicted. 但是由于还没有一个蛋白拿到所有的四象,所以还没有确认。

完整地写应该是: Shown here are the conformations predicted by the scientific community / prior studies . 就这意思了,不字斟句酌了。  
SwiperTheFox 回复 悄悄话 我的印象:阎润涛或是阎粉已开始只问四象是怎么来的, 没有问Biochemical Data的出处。 所以会有颜宁给1966经典疑问。 和碰瓷说。 

Biochemical Data的疑问是后来的事。  
Stegy223 回复 悄悄话 老阎近期一篇博文提到了抗癌。 忙百度一下打入“颜宁抗癌”,
得到第一篇:“颜宁:打开攻克癌症的另一扇门. 这个高颜值的美女博导进入大众视野......”
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