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小颜引谁不引谁

(2019-05-16 12:35:21) 下一个

小颜引谁不引谁

这几天城里因两Yan的文章搞得熙熙攘攘的,原因是在城里的大Yan说不在城里的小Yan在写她在《自然》杂志上发表的一篇关于XylE的论文的时候没有引用他的文章,因此有知情不报之嫌。知情不报在科学界有时重要,因为如果人家发现了的东西,你再发现就没有什么意义了,就像是城里有人发明了CS,我就不能说是我发明的一样,不仅如此,我如果要说CS,还要说这个是谁谁发明的,由于我这人品质有问题,所以我在这里就故意不提这个人的名字。

但是在科学上不行,如果你不提,人家也会知道,除非是这种发现或发明一点都不重要,否则即使你不提人家也知道,还有就是即使你不提,达到了发表的目地,也没有用,因为都是白纸黑字,人家一看就知道。这就是我今天想讲的问题,我为这个问题已经写了两篇文章了,这是第三篇,我为什么要这么努力呢,因为我觉得小Yan不在城里,应该有人为她说说话才算公平,此其一。其二,就是搞科学的人就应该有科学的态度和道德,不能随便乘人家不在的时候在背后连篇累牍地说人家的不是。

好了,说了这些没有用的话以后,再言归正传,说说小Yan的文章中还是很恰当地引用了前人的文章,做到了gave credit where credit was due。引用最多的Peter J. F. Henderson老兄。小颜在她的文章里虽然一次都没有提到大Yan,但却不断地提起这个亨德森先生,为什么呢,不是说小Yan不喜欢提为她铺路的人吗? 

不是的,因为写一篇文章提不提一个人看要看这个人以前做的工作是不是和所写的文章内容和发现有关。小Yan之所以老提这个亨先生,是因为他搞的东西和小Yan有直接相关性。

首先,他的团队对这个基因进行了定位。这篇文章是:
Davis, E. O., Jones-Mortimer, M. C. & Henderson, P. J. Location of a structural gene for xylose–H1 symport at 91min on the linkage map of Escherichia coli K12. J. Biol. Chem. 259, 1520–1525 (1984).

其次,他的团队克隆了这个基因,这篇文章是:
Davis, E. O. & Henderson, P. J. The cloning and DNA sequence of the gene xylE for xylose–proton symport in Escherichia coli K12. J. Biol. Chem. 262, 13928–13932 (1987).

第三,他阐述了大肠杆菌里和质子相连的-D-木糖转运的机理,小Yan的有一个结晶是用D-木糖和XylE结合物作的。这篇文章是:
Lam, V. M., Daruwalla, K. R., Henderson, P. J. & Jones-Mortimer, M. C. Proton-linked D-xylose transport in Escherichia coli. J. Bacteriol. 143, 396–402 (1980). 30. 

第四,他的工作证明脯乳类动物和细菌的糖转运体属于同源的,这个小Yan的工作很重要,因为她的目的是通过研究大肠菌的XylE的结构来推测人类的糖类运载体的结构。他的这篇文章是:
Maiden, M. C., Davis, E. O., Baldwin, S. A., Moore, D. C. & Henderson, P. J. Mammalian and bacterial sugar transport proteins are homologous. Nature 325, 641–643 (1987).

第五,他概括总结了细菌里面质子相连的-糖转运系统,让大家知道细菌里除了xylE还有哪些糖转运体。这篇文章是:
33. Henderson, P. J. Proton-linked sugar transport systems in bacteria. J. Bioenerg. Biomembr. 22, 525–569 (1990).

从这些引用文献看,小Yan把该引用的xylE文章都引用了。

有人说那她为什么没有引用大Yan的呢?这是因为至少四个方面的原因:

第一,不是一个基因,不仅不是一个基因,而且不是近亲,虽然是一个大家庭的,小Yan研究的基因是一房的,而大Yan研究的基因是四房的,就是说这两个蛋白的同序性和相似度都不会太大,所以说是Apple vs Orange,虽然两个都有糖,都是水果,但毕竟不是一个或者一亚类的东西。

第二,有人不停地找她没有引用大Yan的文章说事,说是她怕因为审阅的专家看了大Yan的文章后觉得她的文章没有新颖性。这个其实是无稽之谈。因为她并没有回避前人在这方面的工作,而是引用了至少五篇相关蛋白的结构研究成果的文章。

第一篇是Abramson在《科学》杂志上发表的乳糖通透酶的结构和机制的文章,虽然叫酶,但实际上是一个糖的转运体。这篇文章如下:
Abramson, J. et al. Structure and mechanism of the lactose permease of Escherichia coli. Science 301, 610–615 (2003).

第二篇是黄同学发在《科学》杂志上的大肠杆菌的甘油-3-磷酸转运蛋白的结构和机制的文章:
Huang, Y., Lemieux,M. J., Song, J., Auer, M. & Wang, D. N. Structure and mechanism of the glycerol-3-phosphate transporter from Escherichia coli. Science 301, 616–620 (2003).

第三篇是尹同学发在《科学》杂志上的关于大肠杆菌的药物转运蛋白EmrD的文章:
Yin, Y., He, X., Szewczyk, P., Nguyen, T. & Chang, G. Structure of the multidrug transporter EmrD from Escherichia coli. Science 312, 741–744 (2006).

第四篇是當同学在《自然》杂志上发的关于岩藻糖转运蛋白在向外开放构象结构的文章:
Dang, S. et al. Structure of a fucose transporter in an outward-open conformation.Nature 467, 734–738 (2010).

第五篇是Newstead同学发表在《欧洲分子生物学组织杂志》上的关于哺乳动物寡肽 - 质子同向转运体原核同系物的晶体结构的文章:
Newstead, S. et al. Crystal structure of a prokaryotic homologue of the mammalian oligopeptide–proton symporters, PepT1 andPepT2. EMBO J.30,417–426 (2011).

上面五篇是一起引用的,所以这些文在参考文献里的序号都被放在一个小号里见下(24-28)。退一步讲,如果当时小Yan认为大Yan的文章有相关性,大可将他的两篇文章加在里面,成为29和30,然后把那两篇文章的题目放在参考文献里,即使这样结果也不会有什么不同的一点都不会影响小Yan文章的发表,新颖性和影响力。

"The structures of several MFS members have been reported(24–28). Nevertheless, the lack of sequence similarity between these MFS proteins and GLUT family members has made it a daunting task to generate accurate structure-based models of GLUT1–4."

小Yan的这段话的大意是:文献中对几个MFS家族成员的结构已经有过报道(24-28)。尽管如此,这些MFS蛋白和GLUT家族成员的氨基酸序列没有多少相似性而让以结构为基础建立模型的工作非常困难。

这段话说得没有一点错,即使加上了大Yan的文章这句话一样也没有问题,这就是我上面为什么会说即使加上了大Yan的文章一点都不会影响小Yan文章的发表,新颖性和影响力。

第三个原因就是每个杂志引用文献都有一定的数量限制,看样子她的这篇文章是限制在50篇,在这种情况下,小Yan不可能把所有前人的工作都引用到,如果大Yan的文章只是檫边球,她可能只能忍痛割爱。

第四个原因她没有想到在多年后,大Yan会为这件事情去找她的麻烦。

哈哈,我觉得我在这个问题上已经写了不少了,即使是洗地为这样的既有才又有貌的美才人做也是心甘情愿的,况且我还是想让大Yan和其支持者们能够冷静下来,让事情过一段时间,再回头看看,到时就知道,颜美女不是故意不引用Yan俊男的文章的。

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评论
oplog 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 :
再说一遍,我是外行,不会对两颜谁对谁错评判。
但是,老闫的方式不合适,已经很多评论说明为什么不合适了,我就不重复了。
oplog 回复 悄悄话 老阎的思维惯性被我摸到了 http://bbs.wenxuecity.com/rdzn/4009341.html

老阎与小颜,文章读后感。http://bbs.wenxuecity.com/rdzn/4007376.html

老阎与小颜,不一样的地平线。http://bbs.wenxuecity.com/rdzn/4009303.html
Justness 回复 悄悄话 细胞内外靠蛋白质传递物质,必须弄清空间立体结构,才能搞清机理。

喇叭口模型不是老阎先提出的,见:http://bbs.wenxuecity.com/rdzn/4009303.html
(老阎与小颜,不一样的地平线。 南侠 于 2019-05-17 19:09:14)
山丘- 回复 悄悄话 老阎说的喇叭口当然是指他的那个机理模型图 即工作机制 不是指结构
老阎没有说小颜抄袭 他是盛赞小颜的工作的 小颜的工作和贡献我想没有人能否认得了的 高清膜蛋白结构非常了不起 是解这个蛋白结构第一人 她用到的方法技术应该都具有创新性 老阎二十年前是完全没有条件做膜蛋白结构的 你列的那三条老阎怎么可能会有呢 说了人老阎不是做晶体结构的 是通过其他方法研究出了机理模型 被二十年后小颜的结构证实了
不好意思 感觉自己到你这踢馆一样 我本意只是想理性探讨 因为你说你不是谁的粉 我也不是 所以看到你可能有误解的地方 指出来一下
SCNC 回复 悄悄话 樓主解釋的很清楚。Nature 是focus 在她的三各主要方面來評估這文章的。贊lz.
SCNC 回复 悄悄话 她用了typical 就承認了很多人的工作。
山丘- 回复 悄悄话 给你挑个错 The structures of several MFS members have been reported(24–28). 你列的这些文献是小颜引结构的 老阎研究的是机理不是做结构的 当然引不着 小颜是结构专家 是她和她的团队首次拿到了这个膜蛋白结构 很了不起 这个功劳和贡献没有人能跟她争 但是科学上最终探索的是机理机制 解结构也是为了这一目的服务的 没有机理研究的结构没有生物学意义 小颜也做了机理研究 得出了机理模型图 老阎在当时各种方法技术受限的条件下 用突变蛋白氨基酸等生化方法研究出了其机理模型 和二十年后小颜的机理模型图一样 这才是争论的关键 因为这些糖转运蛋白虽然二级结构不同 但是工作作机理机制从细菌到人却是一样的....
Justness 回复 悄悄话 Fanreninus:

配合毛衣战,转移视线。与Trump发推仅差3小时。

https://twitter.com/realDonaldTrump/status/1126106541004873730(@realDonaldTrump,5:48 AM - 8 May 2019)
http://blog.wenxuecity.com/myblog/1666/201905/8695.html(润涛阎的科学故事(一)Yan-Maloney模型 (2019-05-08 05:43:42))
lingzi68 回复 悄悄话 老阎就是要像秋菊一样打个官司 讨个说法
当初看那个电影的时候没那么懂 就讨个说法么就演了个电影?
现在明白了

科学研究好比前人栽树 后人乘凉
这样讲有些薄凉 但现实不?

总是有幸运的在林林总总中突破成功
木有办法 人家占了天时地利加人和

不甘啊 可也别像秋菊啊 到处讨说法 没完没了不说 越演越升级
好好的菜就这么滴凉拌了

黍子 回复 悄悄话 说颜用了半年就解决了其他科学家50年都解决不了的难题,这种说法不对,其实这50年中无数科学工作者做了无数研究,发现了很多相关机理,积累了知识,创造了新技术,难题的解决已到时候了,在这个基础上,颜及时抓住机会,做了最后的实验。即使那时颜不做实验,其他科学家也会做实验,得到结果。当然了,颜的工作贡献应得到相应认可。
oplog 回复 悄悄话 我是外行,不知谁对。但对楼主以及网友阿留和Justness的评论有同感,美国是有说理的地方的国家,为什么要在网上批斗式的攻击呢?
加一句,那么多的人没有保留地站在老闫一边,甚至阿谀奉承老闫,让人恶心。
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阿留 发表评论于 2019-05-17 11:07:47

润涛先生拿这个说事,一不符合科学讨论的惯例(惯例是如果有质疑可以直接发篇comment给原文所在的杂志),二有发动吃瓜群众搞“群众运动”之嫌疑。后者是他最不齿的太祖爷才做的事情。生在红潮,难免其余毒。

Justness 发表评论于 2019-05-17 09:25:55

老阎当初不质疑,拖到现在质疑,不在专业领域质疑,选择博客非专业人群中质疑,目的可疑。
SCNC 回复 悄悄话 利字当头。就会不明智。不是有人在调侃说好了讲故事。现在要打官司。哎。
SCNC 回复 悄悄话 看样子那个网友soft heart 写的是对的。他自己有几十个马甲。有专砸人的。有抬高他自己的。哎。
SCNC 回复 悄悄话 写得太好了。没人看得懂。哈哈。great logic.
SwiperTheFox 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 :

先不管时间和通讯作者的问题。 我觉得老阎应该先跟Nature私下里沟通。 Nature不答应据算了。  如果Nature回应是正面的,给予肯定, 那时拿到城里晒一晒, 说看:我对小颜的工作有贡献。 这样大家就都服气。  
阿留 回复 悄悄话 所以老Yan要发评论,不能立足于说人家没引他的文章,而要讲二者的异曲同工和互相佐证之处,提出一些新的insight。否则如您所说,木戏。
阿留 回复 悄悄话 回楼主:

如果老Yan投的评论有足够的干货,那么Nature是可以考虑送审,并根据审稿结果决定是否发表的。这样的事情并不罕见。一般评论是指出原文的疏漏,能不能发就看有没有足够重要的干货了。所以想发Nature Science,最简单的途径是纠错,当然纠错的文章一般引用率远不及原创。:)

如果没有干货,那么编辑就直接打回来了,那样也没什么可惜的,说明他的argument无法被学术界接受,也就不用再折腾了。
阿留 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 :

是的。在网上闹这个真的没有什么意思。如果老Yan愿意花时间精力写篇comment投Nature,自然能达到向同行介绍他以前工作的目的,这对他来说也是最佳选择——很多专业人士会读到这篇评论,以后也自然会有人因此而提及他的贡献。在网上吵架,搞群众运动,结果是两败俱伤。

您的分析非常详尽,赞!希望能让一些外行吃瓜群众的头脑冷静一下。
阿留 回复 悄悄话 回复 '农村干部' 的评论 :

老Yan的修养如果能赶上他父亲,那早就牛大了。同一套基因,这红潮教育出来的,难比民国那一代人哪。:)
阿留 回复 悄悄话 引用文献,作者有选择的自由;一般除非评委提出很重要的理由必须引用某些文献,否则很难去质疑为什么作者引用一些而不是另一些文章。

润涛先生拿这个说事,一不符合科学讨论的惯例(惯例是如果有质疑可以直接发篇comment给原文所在的杂志),二有发动吃瓜群众搞“群众运动”之嫌疑。后者是他最不齿的太祖爷才做的事情。生在红潮,难免其余毒。当然小颜确实没有做到厚德载物,回帖火药味太浓。完全可以不理,等着老Yan在专业杂志(Nature)的comment出来再说。
SCNC 回复 悄悄话 很在理。
晓龙东云 回复 悄悄话 分析得很好,看来是这行专家,点个赞!
Justness 回复 悄悄话 GLUTs(glucose transporters)共有14种,大约由500多个氨基酸构成,连接次序比较复杂,随着近十年研究方法的改进,可以确定空间立体结构,几十年前是不可想象的。颜宁研究了GLUT1(2012年)和GLUT3(2015年)。

The Uptake of Hexose Phosphates (Uhp,磷酸己糖吸收) is a protein system found in bacteria. It is a type of two-component sensory transduction pathway which helps bacteria react to their environment.

UhpT is a transporter protein which facilitates the uptake of phosphorylated hexose(磷酸化己糖) molecules into the cell.

二者研究没有交集。

老阎当初不质疑,拖到现在质疑,不在专业领域质疑,选择博客非专业人群中质疑,目的可疑。
农村干部 回复 悄悄话 哈哈,应该是老YAN和小YAN,差一辈呢!老YAN现在已被队友拱上神坛,走火入魔了。说好了写科学故事,咋又扯上官司了?^_^
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