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得服人处且服人

(2019-05-15 18:11:23) 下一个

得服人处且服人

在前面一文《颜宁引证很恰当》,我提到了颜博士那文章引用和没引用的文章都没有可指之处,这是因为她研究的是一个和RT Yan不同的蛋白质,虽然两者都和糖在细胞膜上的转运有关,但她是通过晶体化学来研究结构,而且是另外一个载体或者通道,在这种情况下她没有义务去引用大Yan的成果。

Yan的成就主要是在细胞膜蛋白结构的研究上面,有人说这个是个体力活,说这话让人觉得好笑,因为科学家们研究东西时候所用的手段或方法不同,但不管是什么手段或方法都有其必要性,再说能够被一流的科学杂志采用肯定也不会比那些干“脑力”活的科学家差。在科学上,一流和二流是看成果而不是看手段的,不然,那谁的仪器先进谁就最厉害了。而且搞功能和机理的,不要看不起搞结构的,当年要不是华生和克里克将DNA的双螺旋链结构给提出来了,我们现在还有可能在黑暗中摸索着基因密码在哪里和如何藏着的呢!

膜晶体的结构的研究是有一定的难度的,因为这些蛋白不好搞成晶体,而且在离开膜后,其晶体结构可能会发生变化,所以得到一个晶体结构并不是一个很简单的过程。颜博士在这方面的成就是有目共睹的,不然也不会被普林斯顿大学这样的学校挖走,并被美国科学院评为外籍院士,她对葡萄糖载体或者通道的研究也是很有名望的,不信大家可以看看其他人写的有关方面的综述,如果说在城里的讨论不免有偏见的话,那么这些写综述的人应该不会吧。在下面所连接的一篇综述文里,作者就两次提到了小Yan的工作:

In 2014, Nieng Yan and colleagues described the crystal structure of GLUT1 bound to nonyl-β-D-glucoside [55]. This structure was locked in an inward-facing conformation. This was followed in 2015 by a crystal structure of GLUT3 from the Yan group [56].

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6243331/pdf/BCJ-475-3511.pdf 

再看一篇综述的引用吧:

In 2014, new GLUT1 and GLUT5 computer models were developed based on the XylE crystal structure, which is a bacterial d-xylose transporting homolog sharing a high degree of similarity and identity with GLUT1–4.81 

Finally, almost four decades after the first purified GLUT, a high resolution (3.2 å) crystal structure was reported in 2014. The purified protein was generated using a baculovirus transfection system with High Five insect cells.84 This GLUT1 model reveals a partially open inward facing conformation that is locked due to a single missense mutation, E329Q, and confirms a 12-TM transporter protein formed of two six-helical domains, with cytoplasmic N-domains and C-domains. One additional feature was the presence of a helical bundle, an intracellualr coiled heical, ICH, domain, within the long intracellular loop. This ICH domain has also been observed in other sugar transporter crystals, such as XylP and GlcP,85,86 and is believed to be unique to the sugar porter family and not in other MFS.

其中文献81,84和85都是小Yan的文章。

https://www.dovepress.com/structure-of-and-functional-insight-into-the-glut-family-of-membrane-t-peer-reviewed-fulltext-article-CHC#ref86

相比之下,这两位作者一次都没有提及大Yan的,原因不是说大Yan的成果不重要,而是和文章所写的内容无关。我们能不能为此说这人在故意忽视或者隐瞒大Yan的成果呢?显然不能。

我这么说不是因为小Yan是美女我就偏袒她,更不是因为我不尊重文城一博大Yan,相反我很尊重他正因为我尊重他,作为一个旁观者清的旁观者,我觉得我应该出来劝劝大Yan和其他为这事纠结的人,不要再纠结了,因为小Yan没有引用他并没有错,而且可以说不是故意的。

刚才看了有人鼓励大Yan写信给《自然》杂志去告小Yan,我觉得这样做不仅没有用,而且会成为笑话,因为她的那两篇文没有引用他的是因为没有直接的关联,而不是她有什么小人之心。再说,为什么在这么多年以后要去告人家呢?不是看到人家成为院士了自己心里七上八下的吗?所以,我想劝劝大家,科学就是科学,不要感情用事,退一步,海阔天空!再说,人家小Yan也不单单是靠那两篇文章成为院士的,不信看看下面这个链接里面她的文章吧,根据发表文章的数量和质量,相信搞膜蛋白晶体分析的人没有几个不知道小Yan的。

不管我们是大男人还是小女人,该服人的时候还是要服!

https://academictree.org/chemistry/publications.php?pid=92877 

一个Glut3的晶体结构,图片来自Wikipedia

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评论
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 '山里人家168' 的评论 : 我这人就这样,就是经不起表扬,否则就会离谱! :)
山里人家168 回复 悄悄话 回复 'Fanreninus' 的评论 : 你的自信感都堪比那谁谁谁......,哈哈!
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 '老泉' 的评论 :
每个人都觉得自己的成果最重要,就像我们都觉得自己的孩子最好看一样,这个也可以理解。但是到底怎么样是要靠人家评判的,如果有影响,白纸黑字放在那里,没有人能够抹去的,我虽然不像两Yan那么牛,但在学界也混迹多年,从没有听说有人为他人没有引用他的文章这样过激的。
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 '山里人家168' 的评论 :
我一直都很靠谱,如果你觉得我不靠谱的时候,可以检查一下自己是不是有点离谱! :)
SCNC 回复 悄悄话 老泉,謝謝指出。不明真相的我一度還為他抱不平哪。
老泉 回复 悄悄话 看老阎的如下描述,好像是小说,不是学术研究。至于博客更不是学术交流,很不好。

“皮特(我老板Peter Maloney先生的名字)在打字,看到我喘不上来气一样,不知怎么回事,当即问:“润涛,发生了什么?”我一边喘气一边抹汗,然后把两胳膊合在一起,再把两手分开成喇叭口状。然后把两手的手指尖合在一起,手臂张开。反复重复这动作给他看。皮特看到我不说话而是胡乱比划,害怕我被将近三年搞出来了个无结果的结局给气疯搞成癫痫了,便仔细盯着我看。我跑到外边的实验室,拿两把板尺,都是一尺长,不用我的身体表演给他,而是用两把尺子继续表演喇叭口朝外转变成喇叭口朝里。他突然间明白了,我不是气疯了,而是在表演我的结果--葡萄糖载体的工作机理模型。

“葡萄糖载体蛋白的工作机理是这样的?”他惊喜地问。

六几年开始有人提出喇叭口,学术上用alternating access model. 但内含逐年增加。老阎九三年描述自己,好象不知道有喇叭口模型。Peter不看具体结果,凭比划,也同意了机理。
山里人家168 回复 悄悄话 有时你真的很靠谱。周末快乐!
Rosaline 回复 悄悄话 同意博主的观点。尤其是文字水平高的,不是让人看不懂的。这是一个逻辑思维问题。:)

虽然都是读业内的专业文章,总有一些实验室的文章读来更赏心悦目些。
SCNC 回复 悄悄话 博主很理性和公允。謝好文。
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 'Rosaline' 的评论 :
我不觉得她会去和他一般见识,如果我是她,我根本就不会理睬,因为两个人的东西都白纸黑字的放在那里,谁先谁后,谁对谁错,谁的更重要,谁的更全面,谁的更有影响力,一目了然,没有什么好裹经的。她没有做错什么!
再说他说他的导师写文水平高没有人能看得懂,本身就是逻辑问题,写得好的人应该让人一看就懂,如果把东西写得人家都看不懂,我看这个不一定是水平高。
看看Watson & Crick那篇关于DNA双螺旋结构的文章,就知道什么才算水平高!
Rosaline 回复 悄悄话 回复博主,阎润涛博士乡土气息浓厚,什么“好男不与女斗”。这应该不是“中国特色”的光辉形象。

文学城里一片“美女科学家”,“老白男”的噪音,很为“文学”二字蒙羞了
SCNC 回复 悄悄话 Rosaline,

都懶得去他那個博客了。

從老泉的發言來看,那所謂的老閆的原創根本就是別人提出的,他和小嚴就是用不同的方法去證明。

Fanreninus 回复 悄悄话 回复 'SCNC' 的评论 : 哈哈,这个是人的情绪管理的一个部分和过程,就像死天要下雨,娘要嫁人一样,换成其他人大概也会当局者迷,他需要的是时间来思考和反省。
Rosaline 回复 悄悄话 文学城是注册在美国的企业。既然阎润涛是用的真实姓名,有已往发表过的论文可追溯,可以知道他本人在美国的身份地址。颜宁院士可以顾用律师对这场网络凌霸的defamatory 行为,提出法律起诉。

Fanreninus 回复 悄悄话 回复 'Rosaline' 的评论 : 我基本上同意你的看法,只是第一作者也很重要,对文章的贡献可以说是关键的,因为没有第一作者的工作就不会有该文章,当然,通讯作者也很关键,因为他们决定着研究方向和课题,就是说即使这位第一作者不做,通讯作者也可能会让另外一位第一作者来做。尽管如此,第一作者的功劳还是不能轻视。
在大Yan怼小Yan这个问题上,我觉得他点到为止即可,没有必要这么和人家叫劲,因为:
一,就像我刚才的一文里说的,即使小Yan当时引用大Yan的文章,也是一笔带过,不会对她的文章的发表,新颖性和影响力造成任何不良的影响。
二,她没有义务去引用他的文章,如果他不服,他应该找编辑部申述。我的估计是他会受到一封我在《自然杂志的回复》里放的一封恶搞的信,虽然是恶搞,但是我估计如果他真的写给编辑部,就我和这些杂志打交道的经验,我想他如果能收到回复,也会使类似的客客气气的反驳信。
三,小Yan不在城里,没有机会为自己辩护,即使有我这样的人为她主持一点正义,还是不公平。
四,如果我是老Yan,在这个情况下,就不再大肆地伸张了,因为他在城里的名望已经很高了,这样不但不会增加,而且会影响他的光辉形象。那些跟着他起哄的人实际上是在推波助澜,不是在帮组他。当然,他肯定不会觉得我在是在帮他,因为良药苦口!
Rosaline 回复 悄悄话 谢谢博主的回复。
颜宁院士是以通讯作者发表了系列科学文章,阎润涛博士是以第一作者发表的。我还在某处看到阎润涛博士谈他的老板如何文字水平一流的,编辑部对这相关的“Cell” and 一字未改就发表了。那么我们是否可以理解为这两篇文章是阎润涛的老板写的?

大家都知道,通讯作者和第一作者是完全不同的。颜宁院士可以说“我的文章”,而阎润涛博士的则是“我们的文章”。

况且,大学教授是一个极为繁忙的工作,无论在中国,还是美国。

我认为不首先给Nature 编辑部写信谈出自己的看法以澄淸,而是在一个包罗万象的论坛大说什么“欺世盗名”,“惜香怜玉”,是defamatory 行为。
SCNC 回复 悄悄话 唉,簡直就是造勢鼓動不明真相不懂專業的網友為他打鼓。要不得。
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 '蓝色的小溪' 的评论 : 谢谢!
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 'SCNC' 的评论 : 谢谢来访!
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 '农村干部' 的评论 : 农村干部也懂者深奥的科学研究? :)
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 'cng' 的评论 : sad!
SCNC 回复 悄悄话 你說得很對。
农村干部 回复 悄悄话 秋菊说 ”不是不服,就是讨个说法” - 摘自电影(秋菊打官司)
cng 回复 悄悄话 我看究诘的很有道理,争论的也很有价值,至少在文学城兴起了科学热!
蓝色的小溪 回复 悄悄话 到底是理工男,而且不是一般的理工男。从其文可见其功底深厚。有理有据,有其胸怀,更有其深度。谢谢
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 'Pillar' 的评论 : 我觉得更像单方面的! :)
Pillar 回复 悄悄话 "真的不可思议,两边在学术上都算个人物却带着亲朋好友徒子徒孙在杂货摊上干仗"

一针见血,佩服。
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 '小山人' 的评论 : 哈哈,我这是就事论事! :)
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 'Dalidali' 的评论 : 哈哈,我是夸张了一点,但你也太认真了一点,不过我同意你的说法,100%。 我本意是说那结构研究的重要性,没想到被你老兄揪了小辫子。
小山人 回复 悄悄话 这篇文章写得好。一个人牛不牛不是靠一篇文章就决定的。一个研究领域中相互关联的方法多了,不能有点关联就说别人抄自己的。大Yan除了早期写过一篇姐姐卖树杆的好文章外,其他瞎白呼的文章太多了。
Dalidali 回复 悄悄话 ""当年要不是华生和克里克将DNA的双螺旋链结构给提出来了,我们现在还有可能在黑暗中摸索着基因密码在哪里和如何藏着的呢!""
真的?

如此, 也可以说: "没有蔡伦, 我们至今还在竹子上刻字"? "没有牛顿, 我们至今还不知道万有引力, 我们还在初等数学里摸索"? "没有哥白尼, 我们至今相信太阳绕着地球转"?......

:)

没那么神秘, 不被他发现, 也会比其他人发现, 有时甚至是同时期的, 还要争个先后.......


Fanreninus 回复 悄悄话 回复 'Rosaline' 的评论 : 文学城是个大杂烩,什么事情大家都谈,而且懂不懂的都参与,多数时候一些人是只知皮毛就在那里义愤填膺,反正说错话也没有什么consequences,只要脸皮厚就行。
对于两Yan这件事,我觉得小Yan没有做错,她可以选择不提大Yan的文章,因为没有直接的关联,而且即使引用了,也不会影响其文章的新颖性和影响力,比较她做的是crystallography,Nature和Science这类杂志就喜欢这种文章,再说她在这方面的影响并非因那一篇和大肠杆菌的葡萄糖转运体的文章,而是很多很多的文章,很少有几个人在这方面有她这样的建树的。
如果是我的话,不会这么纠结的,因为一个人家没有做错,即使做错了也这么多年了。
Rosaline 回复 悄悄话 我完全认同“老泉”在此的论述和早上“阿留”先生在阎润涛先生回复颜宁的博文的观点。如果有疑问,此事应该按照学术界的习惯做法,写信给Nature 编辑部,而不是在这里大谈特谈。
Rosaline 回复 悄悄话 谢谢博主的文章。

我不明白为什么对颜宁的科学文章的质疑,写在海外华人谈生活,政治、电影旅游、升学和烧菜吃饭的论坛,引发许多非专业人员们的口水战。如果有问题,第一个反应,应该是写信给杂志编辑部去,这是应有的职业习惯做法。

颜宁虽然年轻,但是已经是普林斯顿大学的chair 教授,外籍院士。她的这么多年的系列文章是以通迅作者的身份发表的。 难道期待她来文学城争辨?!
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 '清水一隅' 的评论 : 见下面的回复。
Fanreninus 回复 悄悄话 回复 '老泉' 的评论 : 学术上这样的争议会常常有的,但是这个不应该有这样的争议,因为一个人的发现重不重要,不是一个两个人说了算的,如果有影响,人家想隐瞒也隐瞒不了,所以如果是我的话,会知趣一点。
清水一隅 回复 悄悄话 真的不可思议,两边在学术上都算个人物却带着亲朋好友徒子徒孙在杂货摊上干仗。号称求真!
科学是求真?
考古探案才是求真for the truth ,the one and only.
实用科技以解决问题完成工程为目的,国内为了科研而科研,大机械生产线都是西欧设计。纯科学是以解释现象让人明理。连自己圈子的人都不能说服怎么能说弄清了机理?
不是求真都是名利。
老泉 回复 悄悄话 Maloney 2008 综述提到transporter构象数据不够,结构难定。在此文中,他引用六篇自己的文章,但是没引93年一文。见”Inns and outs of major facilitator superfamily antiporter“ Annu. Rev. Microbiology, 2008. 62:289-305. 此类机理的研究从六几年提出喇叭口,八几年有以热力学为基础的论述。老颜九几年作了贡献,但是对晶体结构及分析没有涉及,因此说????出构象。小颜贡献了几个相关构象,不容易。搞大分子结构,有的一辈子搞不定一个。
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