读懂颜三篇--预习题

这个系列是给真正对科学有兴趣的读者写的.

先考考大家的观察力, 做两道"找不同的"预习题, 做了这两道题目, 会对蛋白与机理有完全不同的认识.   用不着用科学术语, 说明白就行. 

预习题1  请找出 A 与 B 的区别.

预习题2  请找出 C 与 B 的区别.

 

 

[Stegy223]

“三脚猫看阎颜之争 - 俺也有个构象转换模型”。http://blog.wenxuecity.com/myoverview/75502/
欢迎光顾敝舍并指正。

[SwiperTheFox]

回复 'Stegy223' 的评论 :

2013文章本身是在XylE晶体后， 但本图（整个机理图里摘出的一个小图）在晶体前就知道得差不多了， 特别是这些氨基酸在Mueckler 2009就猜得七七八八了。 后来用晶体结构证实。 加上XylE 与Glut毕竟是有区别的， 所以是“粗略”地说。

认识这些与底物结合的特别的氨基酸与跨膜区的结构上的标识是有区别的。 见下一篇：）

[Stegy223]

回复'SwiperTheFox'的评论: "(第一题)A图, 象你说的给出了具体的葡萄糖结合的残基,与质子. 但是没有给出哪个跨膜区(TM). 粗略地说,代表有晶体结构以前的理解".

没有想到A图代表有晶体结构以前的理解。特别是标着2013'. 即使没该蛋白的3D结构作者要标出跨膜区(TM)也不难吧？ 都标出具体氨基酸残基了。

[SwiperTheFox]

回复 'Stegy223' 的评论 :

第一题, 是给个有更大区别的图,　也更简单． 并不是苹果跟桔子比

A图, 象你说的给出了具体的葡萄糖结合的残基, 与质子. 但是没有给出哪个跨膜区(TM). 粗略地说, 代表有晶体结构以前的理解.

B图:　显示了哪些跨膜区(TM)的作用．并描绘了外门与门闩．　更清楚地描述了对机理的推测．　

[SwiperTheFox]

回复 'Stegy223' 的评论 :

观察真仔细! 先评第二题: 满分100; 作为预习题, 给120分. 作为测验题给90分.
3. 门闩不是葡萄糖一房特有, 而应该是MFS第一家族特有. 老阎的UhpT也是葡萄糖转运蛋白,就没有这个门闩.
4. 小红方块应该是"外门", 我认为不但起到关门阻止流动的作用, 而且起到把TM1与TM7拉到一块的作用.

还有第5: C 图里, TM7 TM10伸出的几个几何形状以及TM4的质子也是很重要的. 上面把TM1 与TM7来在一起的虚线跟 B图里的小方块应该是一个作用, 但是具体机制有不同的地方, 决定了Symporter与 uniporter的区别.

[Stegy223]

从看图识字角度来说题一稍有点Apple vs. Orange.
1. Ianca2013图7重点显示和底物结合关键性的几个氨基酸基团。 颜2014图五没谈这点，不是说小颜不知道这个(:-).
2. Ianca2013图7特别标出质子H+ 对XylE 底物结合的重要性。

[Stegy223]

咱先做题二。
1. 二图大体很相似。但因是镜象对称，稍要转个弯来想。
2. 颜2014图五中TM7 不是直棍棍。颜文提到是discontinuous. 很重要地。
3. 颜2014 有内门闩( 桔紅色长方块)为葡萄糖一房特有。
4. 颜2014小红长方块中加一点象是个 inner gate.
5. Dang 2010 图中和底物一起脱离开的质子H+ 颜2014图中没有。